5AC5A

Gh20c, beta-hexosaminidase from streptococcus pneumoniae in complex with glcnac
Total Genus 265
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
265
sequence length
625
structure length
625
Chain Sequence
VRFTGLSLKQTQAIEVLKGHISLPDVEVAVTQSDQASISIEGEEGHYQLTYRKPHQLYRALSLLVTVLAEADKVEIEEQAAYEDLAYMVDCSRNAVLNVASAKQMIEILALMGYSTFELYMEDTYQIEGQPYFGYFRGAYSAEELQEIEAYAQQFDVTFVPCIQTLAHLSAFVKWGVKEVQELRDVEDILLIGEEKVYDLIDGMFATLSKLKTRKVNIGMDEAHLVGLGRYLILNGVVDRSLLMCQHLERVLDIADKYGFHCQMWSDMFFKLMSADGQYDRDVEIPEETRVYLDRLKDRVTLVYWDYYQDSEEKYNRNFRNHHKISHDLAFAGGAWKWIGFTPHNHFSRLVAIEANKACRANQIKEVIVTGWGDNGGETAQFSILPSLQIWAELSYRNDLDGLSAHFKTNTGLTVEDFMQIDLANLLPDLPGNLSGINPNRYVFYQDILCPILDQHMTPEQDKPHFAQAAETLANIKEKAGNYAYLFETQAQLNAILSSKVDVGRRIRQAYQADDKESLQQIARQELPELRSQIEDFHALFSHQWLKENKVFGLDTVDIRMGGLLQRIKRAESRIEVYLAGQLDRIDELEVEILPFTDFYADKDFAATTANQWHTIATASTIYTT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords N-ACETYL-BETA-D-GLUCOSAMINIDASE
publication title A Second beta-Hexosaminidase Encoded in the Streptococcus pneumoniae Genome Provides an Expanded Biochemical Ability to Degrade Host Glycans.
pubmed doi rcsb
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 265
structure length 625
sequence length 625
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.52: Beta-N-acetylhexosaminidase.
pdb deposition date 2015-08-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00728 Glyco_hydro_20 Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain
A PF18088 Glyco_H_20C_C Glycoside Hydrolase 20C C-terminal domain
A PF18229 GcnA_N N-acetyl-beta-D-glucosaminidase N-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.120.670 Mainly Alpha Up-down Bundle Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) N-acetyl-b-d-glucoasminidase 5ac5A03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 5ac5A02
3.30.160.230 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Double Stranded RNA Binding Domain N-acetyl-beta-d-glucosaminidase 5ac5A01
5GNYA 1XSJA 5A95A 3FY1A 4U5IA 2ZOXA 2FHCA 2BXZA 3MUZ1 1WO2A 1QNPA 3VIOA 3VDHA 4KRTA 2EO7A 4M29A 3N1AA 1SR0A 3W6LA 1W3JA 2WWDA 5A8OA 5JBFA 4AZCB 1Q6DA 3K1DA 3BXWA 1QNSA 3F5LA 4Z2KA 1O7AA 4JFUA 3CIVA 1NQ6A 5D9NA 2YL6A 1CXKA 3VUPA 3OGSA 2IXVA 3VGHA 1C8XA 4KRUA 4FF5A 2XM1A 1Z32X 3HJEA 1OD0A 3WNKA 1QI0A 4ZXLA 3W38A 1TCMA 3U7BA 1E4IA 1FHDA 2GFTA 4NI3A 3WQWA 1MXDA 1B3XA 3VVGA 4M82A 3ZR6A 1UHVA 1US2A 1ISWA 3A4AA 2VZSA 5HPOA 4W8BA 1B30A 4CCDA 1WP6A 1TVPA 4A3YA 3WEMA 5ABHA 1B9ZA 4CD5A 3WNOA 3OLIA 1OINA 2V3DA 1ZL1A 4BQ3A 4NSBA 3EMQA 4XV0A 1TZ7A 1X6LA 1EHAA 4HPGA 1ZB5A 3CMJA 4P7LA 2ZUUA 3CZJA 5DMYA 1KQYA 4MDOA 5FIPA 2EEXA 4LQ1A 1E3ZA 3GDBA 3N17A 1BFNA 4W85A 1B3ZA 4AD2A 1WB0A 3WBAA 4URIA 3AOFA 4AD3A 1LLOA 4U3AA 3I3BA 4UFIA 1XC6A 4W93A 3DYPA 4H8HA 5E0CA 2WBGA 4KWUA 2FHBA 2J7DA 3UG3A 3WMBA 5HOSA 1J0ZA 1JNEA 3ARTA 3POHA 4MDPA 4UFLA 2WC3A 3GM8A 1G0CA 3AZSA 4ACYA 3PZGA 3OIHA 2DT2A 4GZEA 2D1ZA 1H4PA 3W4RA 3K46A 2UY5A 4TX8A 5EB8A 2CETA 2ZXQA 3THDA 3GXFA 3GBEA 1QBAA 4W5ZA 3RM4A 5I6SA 2YA2A 3U5YA 1HL9A 2J77A 2X05A 5BCAA 3WUBA 2OYKA 2XGIA 1JF6A 3PZIA 4HZ8A 2DSWA 4JKMA 2YKKA 3VILA 1ZJBA 1UWUA 3MSGA 1WE5A 4KGJA 3ZJ8A 2PWHA 1WNOA 2ZIDA 5HPCA 4WKFA 4TTGA 3WKZA 1UH2A 4YHEA 2WZEA 1WDRA 3WL0A 1KXVA 1ISYA 4PMUA 1RP8A 3WH8A 2XM2A 4AD5A 3S2CA 3AXIA 2PB1A 3F4VA 1TG7A 1VFFA 1QPKA 1V08A 1GUVA 6CGTA 1NARA 3RIKA 2XPKA 2EBNA 2PC8A 4W5UA 2YLLA 3PTKA 1GJWA 3T2PA 1LWHA 4WK9A 2PWEA 1XGZA 5FL1A 1ISZA 1OCQA 1TA3A 2YBUA 3KL0A 2D0FA 1GORA 1ZS2A 3G6MA 1F4HA 2WZHA 2J78A 4B3LA 3VGBA 1UH4A 2XIBA 5A8MA 2CCRA 3KWXA 3VD3A 1V02A 4P7NA 1NP2A 3UCQA 4BCEA 1IT0A 2WPGA 5I77A 1U33A 1UG6A 1GVYA 1B1YA 2C8NA 2O9RA 5FOOA 7CGTA 3W29A 4F8XA 3MO4A 2VZUA 3WSUA 1HVQA 1UQYA 3AIBA 1OIFA 4Z2HA 1BG9A 3FAWA 4HTYA 4WJXA 4JFVA 4F9DA 1J0IA 2D20A 1BGGA 3MUY1 3PZMA 1H2JA 3WEZA 5IXEA 3BCDA 1NWRA 1IV8A 2CNCA 2PF0A 1UKPA 1EDTA 3SUVA 3HN3A 3U7VA 2CYGA 3OLDA 5IHSA 1BQCA 4Q22A 4H04A 2J8GA 4CCCA 1GVIA 3VOCA 1BSIA 1BGAA 3WD1A 1ZJAA 4S3KA 2UY4A 2Y8KA 1MYRA 4GI9A 2WMKA 3AFBA 2FGLA 1E72M 4F9JA 3K4DA 2O9PA 1HJXA 1CLVA 3MV11 1KXTA 3WMSA 1GOWA 4UQ9A 3ZM8A 1GHSA 4JHOA 3M6DA 2VUYA 5E6YA 2QLYA 1QI3A 1QI5A 2GK1B 4UQCA 2OWWA 3PTMA 3WF3A 4V27A 2CKSA 3FW6A 2XYLA 2WZIA 2NT0A 3RILA 2WLYA 3WD3A 3CUGA 1UR2A 4L4OA 1ODUA 4NZCA 4W87A 1E15A 1CGWA 1PX8A 1DWJM 4CN1A 3ZT5A 1JAEA 2GVYA 4P7OA 3MKKA 2E40A 3WF0A 3AS2A 2J62A 2D22A 3W53A 3WF1A 2FDMA 2WLZA 1EQPA 2VTFA 5HNNA 5IDIA 1MVYA 1LG1A 2VCAA 3II1A 5I24A 5A2AA 2ZXDA 4AXNA 2DT0A 4AZ7A 3BSGA 1PBGA 2GJRA 4ATWA 1VBUA 1UKSA 4D71A 1LG2A 3WDQA 4PMZA 1UD2A 2E3ZA 2ZX6A 3M7SA 4DUVA 1MWOA 4KMQA 2CHNA 4CD7A 3CHCA 1RH9A 3IJ9A 3WENA 1HNYA 4CU8A 1OM0A 2BHYA 2V3EA 3QGVA 1E0WA 4EK7A 2WW5A 1V6YA 4AC1X 4J3TA 1MW3A 3TP4A 2YDRA 5TD4A 4BF7A 1XD0A 2XFRA 3OZOA 4QLKA 4OOUA 1UD5A 3DC0A 2XVKA 4MAZA 3L4YA 1BPLB 1W2VA 4UNIA 2XGBA 3CZKA 5A6LA 2VX6A 2G8ZA 1E5NA 3FHQA 2ZX7A 4TUFA 1JZ6A 2XG9A 1SFSA 3WDPP 3WFLA 4EANA 5FKYA 4HOWA 3TA9A 2CBVA 2TAAA 2XHYA 3BAIA 4UFKA 3VGGA 2VRKA 4PMVA 1CPUA 2AMGA 3K8LA 1CTNA 3WH6A 1OWQA 5E70A 1UKOA 4D72A 3GH4A 5CQ1A 1LL7A 2ZX8A 1PZ3A 3UG4A 1E3XA 3GBDA 3ARYA 4CU6A 2EPOA 1TA3B 1J01A 4ZXOA 1E9LA 4H8UA 4FLOA 4JIEA 1UZ4A 2EPNA 1QNRA 2A3BA 1O6IA 2Y8VA 1JNDA 1XH0A 3AZRA 3GXIA 1YHTA 3ARSA 3AMDA 3EDEA 2NT1A 4FLRA 4Y7EA 4IPLA 3OZPA 1H09A 1BYAA 3CUJA 3L4WA 5ABFB 2WHKA 2E8ZA 4PRWA 3ZMRA 5AYBA 1CBGA 1A3HA 1AQ0A 1B3VA 3MUIA 2F2HA 1CDGA 3VIGA 3J7HA 5CPQA 1BVNP 1W9BM 5A6AA 3U5UA 4MB1A 3MUAA 5FD0A 4GI8A 4EAMA 1XHGA 5GPRA 4J7RA 4DUWA 2X2YA 1J0YA 3AS3A 4MNKA 1C93A 4OBSA 4UR9A 5A6MA 2J7EA 1JDCA 1NP0A 2ZX5A 2J7CA 1M04A 5LYRA 2JIEA 3L2LA 3NYDA 3K8MA 1QHOA 1ZBWA 1GOMA 3MMDA 4W8AA 5A8NA 3VM7A 3B8SA 4JZ5A 1J0JA 1ISVA 2VX5A 4P8UA 1LWJA 5D9MA 4LYQA 1QHPA 2W92A 1CLXA 5A8PA 3UETA 3UERA 1WDSA 3N12A 2BHZA 3ECQA 1FP8A 3O6AA 2ZUNA 3LPPA 4HP5A 4JKLA 4JL1A 4Q7NA 3BAYA 4MAVA 1W1YA 1BAGA 4TX6A 3VPLA 1MFVA 4CCEA 1GJUA 2D3NA 1JZ4A 3OB8A 2QMKA 1KWKA 3ARWA 3VMPA 1UUQA 3GXDA 2GSJA 5CZKA 3W26A 5KEZA 1E1FA 5BRPA 4F66A 5A8QA 1HVXA 3CHDA 1KFWA 2Y2WA 2UWFA 5CSYA 1EOKA 2DGAA 4W7UA 4CUCA 1OT2A 5LA2A 3T0BA 1K6AA 3SCVA 3GZAA 5DFAA 1BF2A 4AEFA 2NW0A 4JFSA 1E40A 4AD4A 1J11A 4D6IA 3AYRA 1DP0A 1C8QA 1GHRA 3L4XA 3JUGA 2EPLX 1WZAA 1BTCA 3AMKA 3WMCA 2WB5A 3MU7A 3LPOA 3WDIA 3AQUA 1OT1A 1GZJA 1VB9A 1UKQA 1Q6GA 2VI0A 2YL8A 4OKDA 4JCMA 3SCRA 2E9LA 3TONA 3AIQA 5EFFA 1HJUA 1VENA 4P8XA 3VTRA 4GKLA 3SCWA 1HL8A 2CPUA 1CWYA 3UG5A 4ZE4A 1S46A 4W88A 1JDAA 3AHZA 1JZ8A 4S3JA 3WQ6A 3NDZA 2BY0A 4GINA 1V6WA 3IAPA 5DF0A 2OYLA 3CGTA 1UYQA 2W5FA 1MQRA 1OD8A 3BAWA 1CGTA 4X0VA 1IZJA 4AD1A 4B3KA 3FAXA 1FH9A 4B16A 4E4PA 5BYWA 3SUWA 1A47A 2WNWA 3AIEA 2CESA 1UWTA 4AZ6A 2AOSA 4UZUA 2OSYA 3ZJ6A 3E1F1 2IXUA 2XSBA 3RJXA 4HPHA 1EIBA 1CIUA 2XVLA 3ZSTA 1C92A 3CHFA 3VD4A 1HKMA 4H41A 1ECEA 1GOKA 1HJQA 1W3HA 4CKQA 3BH4A 1C3FA 3VIMA 4PMDA 3SURA 4YPJA 2W63A 4LGXA 3F5JA 2XWDA 3A47A 5A6BA 1N82A 1UWSA 1NWTA 1PIGA 4M8UA 4W84A 5HBFA 1MW2A 3EYPA 1JZ2A 1E4MM 2BY1A 3L4UA 4PMNA 3OGVA 1K9FA 1WKYA 4D6EA 5AC5A 3ARRA 1E71M 1WZKA 5D8ZA 2E0PA 1JYXA 1W9UA 4IPNB 4PTVA 3PZQA 2VURA 5D9OA 1UWRA 3UESA 2DSZA 2D24A 2D3LA 3BAKA 2HISA 3F5KA 4P8VA 4H8VA 1GQIA 2BHUA 4HZ6A 1PPIA 2BFGA 3W37A 1QW9A 2XFFA 4U31A 3ZQ9A 4B15A 4JL2A 3AMLA 1NOUA 4W7WA 1W9VA 2VVNA 4WIWA 1V0MA 4TVDA 4AZBA 3GNOA 5M03A 2WHLA 3CZLA 1VIWA 2C7FA 5AYIA 4AISA 3OA5A 2X0YA 2CIPA 1LQ0A 3ZJKA 1JI2A 2WMIB 4MB3A 2NSXA 2BNJA 2BVYA 3CLWA 4D6GA 3VNYA 3EDFA 3AROA 5CPSA 3WNPA 3ARQA 1CXHA 1I1XA 5EFDA 3EDKA 1HP5A 1XD1A 1ZU8A 2QV4A 2J4GA 1KR0A 1TMQA 2WK2A 1GOOA 3WH9A 1VFOA 1XV8A 3CZ8A 2Y24A 1DWAM 3AHYA 1H0GA 2J7BA 2WC7A 2PBOA 4OOZA 4PUEA 4QFUA 1WZMA 2CBUA 2YA0A 5A2BA 5CJ5A 1J0HA 3SUSA 5HXMA 3AIRA 4D6HA 3HMCA 3I3DA 1Q4NX 4AIUA 1EDQA 1VBRA 2VX4A 5A2CA 1R87A 2Y4SA 1KB3A 4GQRA 3M46A 1CENA 4P8WA 1BYCA 5A94A 3OBAA 3ALGA 3KL5A 4J27A 1GONA 2DQXA 1K9DA 1RD6A 3O9NA 1W1PA 4HU8A 1C7SA 3VIFA 1NWUA 2XVPA 4AYSA 2XWEA 3VIKA 1WDQA 1UWQA 3EDDA 2WMGA 3EDJA 3RPMA 3MV01 4DUXA 1H11A 4N0RA 5LA1A 1UOKA 3I3EA 1GPFA 1W9PA 5KZ6A 1CECA 3WH7A 3QR3A 5GQBA 2VZOA 3A4XA 2DEPA 2EPMX 4HMEA 4DM1A 2VCCA 1Q6CA 2UY2A 2VR5A 2CERA 1TE1A 4BA0A 4X9YA 2CXGA 3POCA 1E6NA 4PCTA 1UR9A 3CUHA 1E6SM 5CSUA 4QLLA 1UD8A 2VQUA 3PN8A 3PHAA 2G4FA 1QW8A 1LL6A 2GJXA 3GYCA 1ESWA 3QHMA 1CXLA 1LF1A 1MQQA 3B9EA 2WVSA 1CGVA 1HN1A 4E2OA 3DYMA 4PBGA 3KZSA 2G3IA 2OSXA 3MMWA 1SMAA 1SYTA 1VEPA 1OGGA 3CTTA 2XFYA 5I79A 1HP4A 1V6VA 1DTUA 3ARXA 4ZE5A 3VKKA 4OIFA 4BQ5A 3T2QA 2F61A 1RPKA 5A3HA 5A6SA 2J75A 1C8YA 2EPKX 2JF6A 5A6KA 4NRRA 4M24A 3PZUA 1KXHA 1E6QM 1Y7VA 4D6JA 3WEOA 5GNZA 4ZENA 1EHNA 3L2MA 2WVUA 3WIJA 4CVWA 3VD9A 2G41A 1E4LA 5CLTA 3THCA 2YDSA 5A1AA 4ZEPA 3NCOA 3T0AA 3EMCA 1DEDA 4X0NA 1CXFA 1C91A 2WM0A 2YA1A 1ODZA 4UOJA 3BGAA 2J79A 3VO0A 2J7FA 4W89A 4CU7A 5CG0A 3SCSA 5LA0A 4UFMA 1R8LA 1VJZA 6TAAA 3KEHA 1M7XA 4FK9A 4PMXA 5I23A 2G3MA 1E6ZA 4LYPA 1EGZA 1GQJA 2WYSA 2CKRA 3OGRA 1FFQA 2BVDA 2Q8XA 4GO9A 4PUDA 1CXEA 4FMVA 4Z2JA 3N13A 2ZICA 4CD8A 4XZWA 3N18A 3ZOAA 2WANA 1AQMA 1H1NA 1VEMA 4RE4A 3APGA 1MW1A 5AY7A 1CZ1A 1XCXA 2DT3A 4E8DA 3AICA 1J9YA 2VMFA 3W24A 1GOIA 4W8LA 2D23A 1KGWA 1M03A 3TTQA 4D6CA 3AJ7A 1UR1A 5BWFA 2G3JA 3PZ9A 2CBJA 2JE8A 3SCQA 3PTQA 3VINA 2V3FA 1F4AA 4NF7A 4E8CA 2J7GA 1TFVA 3O2LA 4ML4A 1E73M 1AQHA 4ZFMA 1JIBA 4U5KA 2FGZA 1X6NA 1E0VA 2WHJA 2DIEA 4JFWA 4HOXA 2O9TA 4OJYA 5ABEA 1HT6A 1QNQA 1AVAA 3WUEA 2WKGA 1E5JA 4CD4A 4GZJA 5ABGA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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