The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
98
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sequence length |
346
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structure length |
346
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Chain Sequence |
AMDLSLLKALSEADAIASSEQEVRQILLEEAARLQKEVRFDGLGSVLIRLNESTGPKVMICAHMDEVGFMVRSISREGAIDVLPVGNVRMAARQLQPVRITTREECKIPGLLDGDRQGNDVSAMRVDIGARTYDEVMQAGIRPGDRVTFDTTFQVLPHQRVMGKAFDDRLSCYLLVTLLRELHDAELPAEVWLVASSSEEVGLRGGQTATRAVSPDVAIVLDTACWAKNFDYGAANHRQIGNGPMLVLSDKSLIAPPKLTAWIETVAAEIGVPLQADMFSNGGTDGGAVHLTGTGVPTLVMGPATRHGHCAASIADCRDILQMEQLLSALIQRLTRETVVQLTDFR
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal Structure of hypothetical protein from Shigella flexneri 2a.
rcsb |
| molecule keywords |
hypothetical protein SF2450
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| molecule tags |
Structural genomics, unknown function
|
| source organism |
Shigella flexneri 2a str. 2457t
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| total genus |
98
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| structure length |
346
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| sequence length |
346
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| chains with identical sequence |
B, C, D, E, F
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2005-01-19 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Beta Barrel | Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 | Peptidase M42, domain 2 | ||
| Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | Aminopeptidase | Zn peptidases |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2NYQ A; 1Z2L A; 1CP6 A; 4WWV A; 2HC9 A; 1IGB A; 4H2K A; 3KAS A; 3KR5 A; 2ZEG A; 3ISZ A; 3KQX A; 6CPA A; 3PFE A; 4BD9 A; 1YLO A; 3H8F A; 4P4F A; 1Y0Y A; 3SI2 A; 2CIJ A; 1CBX A; 2AFM A; 1HDQ A; 4OC1 A; 5LRK A; 2V77 A; 4R6T A; 4PQA A; 2V8H A; 4OC2 A; 2ZEH A; 1TF9 A; 4OID A; 3BXM A; 4MMO A; 5D29 A; 3D7H A; 5HVF A; 2ZEO A; 1IY7 A; 3B3T A; 3PB4 X; 4EFD A; 5HVH A; 3IC1 A; 1TKF A; 4P6Y A; 3IJ3 A; 1LOK A; 3MN8 A; 2QVP A; 5J1Q A; 5K8N A; 5K8M A; 3D66 A; 2PJ8 A; 2IJZ A; 1LAN A; 1PYT B; 2RB7 A; 4NGN A; 3ISX A; 1R3N A; 1PCA A; 5LYI A; 4A37 A; 4B6Z A; 4MCQ A; 4FWU A; 4NGM A; 3FVL A; 2OR4 A; 4CPA A; 3K9T A; 5LRG A; 5HVG A; 3IWW A; 5LRJ A; 2PCU A; 4P4J A; 4ZY0 A; 2PJA A; 3D4U A; 3PB6 X; 4LQG A; 2PJ5 A; 3H8G A; 1TXR A; 3WT4 A; 2GU2 A; 2PVV A; 5F09 A; 5CPA A; 4P10 A; 1ZLI A; 3PB8 X; 1XFO A; 2PJ9 A; 3B3C A; 3CDX A; 4KSI A; 5DS0 A; 4GM5 A; 4NGQ A; 3GB0 A; 4NJQ A; 3DGV A; 3FED A; 1UWY A; 5HXD A; 2AFS A; 1XBU A; 4MHN A; 4YU9 A; 3KR4 A; 1TF8 A; 3GUX A; 3D7F A; 2AFZ A; 1VIX A; 2O4H A; 5JM6 A; 1CPX A; 2ZEE A; 4F9V A; 1F57 A; 2Q51 A; 3PBE A; 1NSA A; 2AFO A; 1ELL P; 1BAV A; 4WJB A; 5K8O A; 4OC3 A; 2BO9 A; 4ZI6 A; 3SI1 A; 1ELM P; 2ZOF A; 4YWY A; 4ZX9 A; 5LYL A; 2V8V A; 4RUH A; 4R8F A; 1CG2 A; 3SJE A; 1DE4 C; 3V38 A; 3FH4 A; 1BPM A; 1LAM A; 2AFW A; 2ZEN A; 4F9U A; 5IB9 A; 4OP4 A; 1LCP A; 3K2K A; 2CTC A; 4P45 A; 1HDU A; 1Q7L A; 4NGT A; 1R43 A; 4P44 A; 1TKH A; 3CT9 A; 4X2T A; 2IQ6 A; 3SJG A; 2FVG A; 2EK8 A; 2J9A A; 2G9D A; 5THW A; 2QJ8 A; 2F8H A; 1ZLH A; 3I1U A; 2JBK A; 4X8I A; 2PJ7 A; 2BCO A; 2PJ1 A; 2XEF A; 3IEH A; 3PBB A; 3FJU A; 3LWU A; 4Q7A A; 3S9N A; 1YME A; 3JRU A; 3WC5 A; 3NA6 A; 1EE3 P; 1F2O A; 5JGF A; 1CX8 A; 1LAP A; 2C6P A; 3NH5 A; 4FUU A; 2CTB A; 2GLJ A; 4FBE A; 4OME A; 3KHX A; 1CP7 A; 4AXV A; 1CPS A; 4W9Y A; 2IMO A; 3CPX A; 1OBR A; 4ONW A; 2PIZ A; 4DUK A; 4Z65 A; 3B3S A; 1XRY A; 3B3W A; 3NFZ A; 4EME A; 1BLL E; 5D8N A; 2V8G A; 4P4I A; 4UF4 A; 1F2P A; 3B7I A; 2NSM A; 1Y7E A; 4EWT A; 1ARM A; 1Z5R A; 2GLF A; 2OOT A; 3NH4 A; 3FEE A; 1RTQ A; 3S9L A; 7CPA A; 1VGY A; 1Z8L A; 4IK2 A; 4F8Z A; 3IIB A; 3KHZ A; 1ZG9 A; 2ZEM A; 3H8E A; 3HLP A; 2PJC A; 3L2N A; 1TKJ A; 2XEG A; 2WZN A; 1XJO A; 4NGS A; 4OC4 A; 3PRT A; 3B2Y A; 4OC5 A; 3WC6 A; 2EK9 A; 1YSJ A; 1LFW A; 5I4M A; 2AFX A; 2ZED A; 2ZOG A; 4MCS A; 3FMC A; 1DTD A; 3IO1 A; 3VAT A; 3B35 A; 2F7V A; 3PB7 X; 4PXB A; 3NH8 A; 4OKO A; 4FAI A; 1QMU A; 4G1P A; 3D7G A; 2CF4 A; 3T8W A; 1HEE A; 2V8D A; 2ANP A; 3KGQ A; 4PPZ A; 4UIA A; 1H8L A; 2EWB A; 3D67 A; 3N5F A; 4ZX8 A; 3SI0 A; 4K3N A; 2C6C A; 3S9M A; 4JYW A; 4UEZ A; 3KL9 A; 4PXC A; 4ZY2 A; 4MHP A; 2PJ0 A; 2AFU A; 3QNV A; 3RAM A; 4P4B A; 3TX8 A; 2RFH A; 4IAV A; 1YW6 A; 3KQZ A; 5LYF A; 2QYV A; 3BHX A; 1AYE A; 2ABZ A; 3DLJ A; 4O23 A; 3LMS A; 3RZA A; 4DYO A; 3IFE A; 4P4E A; 3SJF A; 1JQG A; 4X3R A; 3WC7 A; 1M4L A; 1VHO A; 1YW4 A; 2PJ2 A; 2POK A; 3KZW A; 3VAR A; 4UEF A; 3MRU A; 2C1C A; 1ZG8 A; 2PVW A; 2PE3 A; 1BPN A; 1FT7 A; 2PJB A; 2Q4Z A; 3VH9 A; 3GLJ A; 1FNO A; 8CPA A; 5CBM A; 4IHM A; 4A94 A; 3D7D A; 2GRE A; 1ZG7 A; 4P4D A; 4R7M A; 1Y0R A; 3PB9 X; 1VHE A; 3BI1 A; 4NGP A; 4A38 A; 5LYD A; 4MRI A; 3V7Z A; 3D68 A; 3PFO A; 4MCP A; 2BOA A; 5JH9 A; 3CPA A; 2XEI A; 1XMB A; 2ZEL A; 2VL1 A; 2ZEF A; 4UIB A; 2PJ4 A; 4MXU A; 2JBJ A; 2XEJ A; 2DEA A; 3SJX A; 4MHZ A; 3BI0 A; 4TNU A; 2C6G A; 3FF3 A; 4NGR A; 4NJR A; 2Q43 A; 2PIY A; 4NFR A; 3RBU A; 4UEE A; 2WYR A; 3FEC A; 2PRQ A; 5K8P A; 4R76 A; 4PXE A; 2PJ3 A; 1QQ9 A; 4OC0 A; 3PEI A; 3TC8 A; 4OIW A; 4A39 A; 2JEW A; 3KI9 A; 2HB6 A; 4ZYQ A; 2I3C A; 4PXD A; 4DJL A; 2O53 A; 1AMP A; 5ELY A; 4JZ0 A; 1ARL A; 4TWE A; 3B3V A; 4MHY A; 2PJ6 A; 4MCR A; 1GYT A; 4ZY1 A; 1KWM A; 3FX6 A; 3HUV A; 3WAB A; 2ZEP A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2Q6I A; 2D3L A; 2ZW5 A; 4L8A A; 1Z2L A; 1CP6 A; 4RD3 A; 4WWV A; 2YWF A; 2C77 A; 1MJ9 A; 2HC9 A; 3ZJ0 A; 5J3O A; 2W6J A; 4KVX A; 4G7X A; 2C4U A; 3KR5 A; 1XMT A; 4I49 A; 3KQX A; 1UFH A; 2WR8 A; 4TMZ A; 1CBX A; 2AFM A; 1HDQ A; 4OC1 A; 1KK2 A; 2DER A; 3U6B A; 2V77 A; 4X7F A; 4LBV A; 1XF8 A; 4YGO A; 2V8H A; 1E64 A; 2ZEH A; 1TF9 A; 5JPH A; 3BXM A; 1EFU A; 3OPO A; 1QSN A; 3AVU A; 2ZEO A; 1IY7 A; 3IC1 A; 1LOK A; 4QHY A; 3FPK A; 2QVP A; 4R3L A; 3F8K A; 5K8N A; 1G7R A; 1YGH A; 3D66 A; 4KOY A; 1D8T A; 2PJ8 A; 4NGN A; 3CC7 B; 2RB7 A; 1FNC A; 4PV6 A; 4B10 A; 1EFT A; 3ISX A; 1W0K A; 1WK4 A; 4XR6 A; 4DNR B; 1R3N A; 4HNX B; 4TMW A; 1W9X A; 3BLN A; 2LZJ A; 4H6Z A; 3QAH A; 4LBZ A; 3GVJ A; 2F4N A; 2OR4 A; 5LMZ A; 2B4D A; 4P22 A; 5LRJ A; 4CYN A; 1TIQ A; 1Z4E A; 3BJ8 A; 3CP8 A; 4LQG A; 2VNI A; 3ZPN A; 4II3 A; 4Y49 C; 3CCM B; 1YJ9 B; 1YRE A; 4XD7 A; 1UD5 A; 2REE A; 4KKS A; 2R7H A; 2GIV A; 4B3G A; 4KSI A; 3CCS B; 5DS0 A; 4GM5 A; 2BEI A; 4XPD B; 3DGV A; 3D2P A; 4YAW A; 1I8D A; 4Q7J B; 1E63 A; 2X3U A; 1TF8 A; 2D3N A; 3ASQ A; 2ZZE A; 2O4H A; 4XOR A; 1EP2 B; 2Q6L A; 4XM3 A; 4PSW A; 4F9V A; 3CXP A; 2Q51 A; 3V8I A; 3PBE A; 1M1K D; 1P0H A; 2AE6 A; 2AFO A; 4C2X A; 3NE5 B; 5K8O A; 1S5K A; 2BO9 A; 2ZOF A; 1EFC A; 5LYL A; 4C0S A; 4R9M A; 5THX A; 3G8W A; 4R8F A; 4YFJ A; 1KZF A; 4RPB A; 4UZF A; 3BY2 A; 4CGL A; 3RO0 A; 4DQL A; 5A88 A; 4KOR A; 1BPM A; 3V38 A; 3A35 A; 3W91 A; 4AVA A; 3PUN A; 4F9U A; 4OP4 A; 1LCP A; 5EMN A; 1IOI A; 3FBU A; 1WU8 A; 2ZTG A; 2ZZG A; 4NGT A; 4PK2 A; 3VNU A; 1NRK A; 3FIX A; 3BH4 A; 4X2T A; 2ZBV A; 2IQ6 A; 4TN1 A; 4P26 A; 4GQN A; 4M2L A; 1ZLH A; 2ZL7 A; 3Q6R A; 4DK1 A; 1Y7R A; 4Z4W A; 4X8I A; 4X0C A; 4XON A; 2BCO A; 1NDH A; 4C7H A; 2F5I A; 4Z4Z A; 3IEH A; 3FJU A; 3LWU A; 4XN3 A; 4GS4 A; 1K9M D; 3D8P A; 2PQ8 A; 4AVB A; 4EH1 A; 2ZZF A; 2BMW A; 1EE3 P; 5JGF A; 2GFQ A; 3DR6 A; 3S6H A; 4FUU A; 1IJF A; 4CYO A; 2GLJ A; 2XZO A; 1IU8 A; 4FBE A; 2QTZ A; 4HPS A; 5TRD A; 2B5O A; 4KKT A; 4MYT A; 4Z65 A; 3B3S A; 3ONU A; 3SLN A; 3OW7 A; 4G1V A; 1D1N A; 1VQ4 B; 4P4I A; 4B5P B; 3Q39 A; 1N8R D; 3IGR A; 4UF4 A; 2Q7S A; 4TMX A; 2F1L A; 2J7K A; 4PAB A; 2D4O A; 3Q3A A; 3B7I A; 2NSM A; 2XEX A; 3IWG A; 4UFX A; 2NV4 A; 5J8F A; 1M1D A; 3FJO A; 1OZP A; 2GJK A; 1VQ8 B; 4B5O A; 3FEE A; 5TV2 A; 2RC5 A; 3S9L A; 3W2G A; 2WPX A; 1VGY A; 1Z8L A; 1V0C A; 4CAE A; 4F8Z A; 3WND A; 2ZPA A; 4U9Y A; 2EFG A; 3KHZ A; 5AG6 A; 2WZN A; 3EXN A; 4NGS A; 1FY7 A; 3B2Y A; 1T6Z A; 1YSJ A; 1LFW A; 2R8V A; 1WOR A; 4LUA A; 1XQB A; 3D2M A; 1KC8 D; 4YXW A; 4J0Q A; 3D3S A; 2WJV A; 3IO1 A; 3DNS A; 1ZUN B; 4XNH C; 1KZL A; 2F7V A; 3AST A; 4Z4R A; 5CDF A; 2G0B A; 2GE3 A; 4PXB A; 2Z6B D; 3T53 B; 1S7F A; 5EC4 A; 1QUE A; 4G1P A; 2XOK A; 1XIX A; 1GO2 A; 1YX0 A; 1IB0 A; 1GAQ A; 2ANP A; 1VLY A; 4K3N A; 2C6C A; 1S60 A; 4JYW A; 4UEZ A; 3JUW A; 4TT3 A; 4G5G A; 4PXC A; 4MHP A; 2PJ0 A; 4FN5 A; 4X06 A; 3BQJ A; 3CCE B; 2YNC A; 5IV0 A; 1KD1 D; 4ROX A; 2QYV A; 2AHO A; 2A4N A; 4WQM A; 4DYO A; 3I1F A; 3IFE A; 4P4E A; 1EXM A; 4OAE A; 2DCU A; 1YW4 A; 2KCW A; 4G6I A; 2BL1 A; 2POK A; 3KZW A; 4UEF A; 4UA3 A; 3LQ6 A; 2ARH A; 2QTL A; 5KW9 A; 2PVW A; 1V5V A; 2PJB A; 3VH9 A; 2CK3 A; 1FNO A; 8CPA A; 5CBM A; 5IX3 A; 1R5N A; 2VNJ A; 2PDO A; 3D26 A; 4ACA A; 2H5M A; 4A30 A; 5IYW A; 1JA1 A; 4R7M A; 1V0F A; 3NE8 A; 1BPL A; 2EUI A; 4NGP A; 2GK7 A; 5LYD A; 1QFJ A; 5HKK A; 3VWD A; 2JDC A; 3VNV A; 1MK4 A; 4BPR A; 3SXO A; 3BJ7 A; 3CCL B; 2ZEF A; 1VQN B; 5HZA A; 3ZUG A; 2ZW4 A; 1EP1 B; 3OE7 A; 4HE6 A; 1WOS A; 4TNU A; 4NGR A; 4UCN A; 4NJR A; 4NFR A; 4B3F X; 4UEE A; 1IYL A; 4FXU A; 2WYR A; 3CZX A; 4RJL A; 1JWQ A; 4RDL A; 1H8H A; 3QAY A; 4PXE A; 4YRH A; 1WOP A; 3U6K A; 1S3Z A; 3PEI A; 1AUG A; 2HB6 A; 3DSB A; 4Y49 B; 3V76 A; 2R1I A; 2Z3L A; 2HQY A; 3S6F A; 2VJI A; 4DJL A; 4QVA A; 1DDI A; 1DAR A; 3CMA B; 5A28 A; 5B6I A; 5ELY A; 4IW3 B; 4YEL A; 2JN9 A; 4E2A A; 4B4D A; 1T5E A; 1AMO A; 3DDD A; 2FE7 A; 2Z3M A; 4MFJ A; 1S7K A; 3IWE A; 3DDY A; 3FX6 A; 3B8G A; 3HAG A; 4ZGQ B; 4UCP A; 4QB9 A; 1FNM A; 1B23 P; 4E0F A; 3CCR B; 3ES9 A; 2VQY A; 3OP1 A; 5BSY A; 4P25 A; 3VO1 A; 2ZEG A; 1QGZ A; 1TUI A; 3ISZ A; 3MGD A; 5AGE A; 3SI2 A; 2CIJ A; 1Q2D A; 2DOG A; 3CXQ A; 4B43 A; 3R1K A; 2OBR A; 4PQA A; 1SKQ A; 3AVT A; 5FO0 A; 1E3Z A; 1H8E A; 4OID A; 3TT2 A; 2GQF A; 2PLF A; 4MMO A; 5D29 A; 3D7H A; 1DDG A; 3PB4 X; 3EO4 A; 3R9F A; 1TKF A; 1N71 A; 1D2E A; 4XPK A; 4AF6 A; 2FIA A; 1R57 A; 4KOW A; 5G22 A; 5K8M A; 2B3U A; 4MFQ A; 1KK1 A; 1PYT B; 2ZIT A; 4JXR A; 1IOF A; 2DY1 A; 4A37 A; 1PCA A; 1WPC A; 4B6Z A; 2D9R A; 2OK7 A; 1GR1 A; 2FX3 A; 4NGM A; 4CPA A; 3K9T A; 4UZE A; 5LRG A; 5HVG A; 4TSF A; 3W5V A; 3WY9 A; 1QH0 A; 2BPO A; 4ZY0 A; 2GPJ A; 2YND A; 2KVO A; 4CQJ A; 1NMT A; 3H8G A; 4KLV A; 3OKX A; 2PVV A; 5F09 A; 2DEU A; 3TCV A; 3H94 A; 4P10 A; 1R5B A; 4UWI A; 4MYU A; 5BSX A; 1ZLI A; 2CY2 A; 4KOV A; 4LBY A; 1ZM2 A; 2C27 A; 3PB8 X; 5G21 A; 3KKW A; 3CDX A; 4NGQ A; 5GCN A; 1XEB A; 2P6G A; 4OOV A; 1UWY A; 5HXD A; 5A27 A; 2AFS A; 4R71 A; 3WBK A; 4YU9 A; 3I3G A; 2J8M A; 4NCN A; 3ZC3 A; 4C2Z A; 4A95 A; 4ASU A; 4N3N A; 3FB3 A; 1YLE A; 1CPX A; 2Z0Z A; 1WOO A; 4B12 A; 1G7T A; 3TTH A; 2Z3O A; 2FXF A; 4RD4 A; 3Q6Q A; 2EO8 A; 1YHQ B; 5AN9 A; 4ZX9 A; 3CMM A; 1VQ6 B; 1FDR A; 4RLZ A; 3I56 B; 2DXQ A; 2B5G A; 3R96 A; 2AFW A; 4NBS A; 2P0W A; 1I7P A; 1Z8W A; 1BO4 A; 4Y7C A; 1VQP B; 2QML A; 2VYQ A; 3K2K A; 4P45 A; 1FRN A; 1TTT A; 4XLH A; 3R6K A; 1QGY A; 3CT9 A; 5FNZ A; 4B47 A; 2X0K A; 3ZBU A; 3SJG A; 2J9A A; 2OYN A; 5HMN A; 1AIP A; 3I1U A; 4XNH B; 4KSA A; 1DG1 G; 1GJR A; 2PJ1 A; 2WZP P; 4MFK A; 3PBB A; 4Q7A A; 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