The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
90
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sequence length |
340
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structure length |
311
|
Chain Sequence |
GMYLKELSMMPGVSGDEGKVRDFIKSKIEGLVDNLYTDVLGNLIALKRGRDSSKKLLVSAHMDEVGFVVSKIEKDGKVSFLPVGGVDPRILPGKVVQVKNLKGVIGYRPPRFENLRIDFGFSSADEAKKYVSIGDYVSFVSDYIEKNGRAVGKAFDDRAGCSVLIDVLESGVSPAYDTYFVFTVQEESAVVVEQLKPTCAIVVETTTAGDNPELEERKWATHLGDGPAITFYHRGYVIPKEIFQTIVDTAKNNDIPFQMKRRTYGVPAGVISTPARYIHSPNSIIDLNDYENTKKLIKVLVEEGKIVEVVS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of Endoglucanase (tm1049) from THERMOTOGA MARITIMA at 2.01 A resolution
rcsb |
| molecule keywords |
endoglucanase
|
| molecule tags |
Hydrolase
|
| source organism |
Thermotoga maritima
|
| total genus |
90
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| structure length |
311
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| sequence length |
340
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2006-01-30 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF05343 | Peptidase_M42 | M42 glutamyl aminopeptidase |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Beta Barrel | Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 | Peptidase M42, domain 2 | ||
| Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | Aminopeptidase | Zn peptidases |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2JBJ A; 2PJB A; 4MHY A; 4OID A; 3SJG A; 2AFU A; 5I4M A; 5K8P A; 4ZX8 A; 4WWV A; 4R8F A; 1BPM A; 1PYT B; 1VGY A; 1EE3 P; 4MCR A; 5THW A; 3MRU A; 3FF3 A; 1BPN A; 3FVL A; 1NSA A; 2JBK A; 2PJ2 A; 3K2K A; 3PB8 X; 4WJB A; 4MXU A; 4OME A; 1HEE A; 4MRI A; 3H8E A; 3PFE A; 4X3R A; 1ARM A; 3KR5 A; 1TF9 A; 1BLL E; 2I3C A; 3L2N A; 4ZY2 A; 1CPX A; 5JH9 A; 3VH9 A; 1LAN A; 2BCO A; 3JRU A; 3VAR A; 1DE4 C; 2RB7 A; 2PVW A; 1XFO A; 3N5F A; 2QJ8 A; 4ZI6 A; 1BAV A; 4FAI A; 5K8N A; 3NH8 A; 3KR4 A; 2PJ5 A; 3HUV A; 5IB9 A; 3FJU A; 4PXB A; 1VHE A; 1LOK A; 2ZEN A; 3B3W A; 2OOT A; 2PCU A; 4NJR A; 4JYW A; 3WC5 A; 2AFM A; 3I1U A; 4A94 A; 4AXV A; 4F9U A; 2NYQ A; 4Z65 A; 1AYE A; 2WZN A; 4P4F A; 1LFW A; 4R76 A; 2ANP A; 2J9A A; 1TXR A; 1YW6 A; 3H8F A; 1Z8L A; 2RFH A; 3PB4 X; 4OKO A; 3D68 A; 1XMB A; 2CIJ A; 3HLP A; 3PB6 X; 4H2K A; 1QQ9 A; 1HDU A; 4TWE A; 4R6T A; 1Z2L A; 1H8L A; 3CPA A; 3B35 A; 2PJ1 A; 4NGS A; 1LAP A; 3BI1 A; 3D4U A; 1CPS A; 1XBU A; 4X8I A; 2Q51 A; 2ZEE A; 5J1Q A; 4R7M A; 2V8V A; 4PXC A; 2F7V A; 4OC1 A; 4FBE A; 2AFS A; 4P10 A; 2CF4 A; 3FMC A; 1GYT A; 1XJO A; 3IIB A; 1CX8 A; 3BXM A; 2FVG A; 1PCA A; 4F8Z A; 1ELL P; 2EK9 A; 1QMU A; 3DLJ A; 2JEW A; 3SI2 A; 3IC1 A; 4ONW A; 3V38 A; 2DEA A; 4EWT A; 4F9V A; 1AMP A; 2O53 A; 1LCP A; 2BOA A; 2AFX A; 3IEH A; 3S9N A; 4MCQ A; 3PRT A; 4NGR A; 5LYD A; 1ZLI A; 2XEJ A; 3TX8 A; 3IFE A; 5D8N A; 3WC6 A; 3PFO A; 3B3S A; 4OC5 A; 1Y0Y A; 1IGB A; 4W9Y A; 3QNV A; 5LYL A; 2GU2 A; 2ZOF A; 3D7D A; 2PJ4 A; 3CT9 A; 3SJF A; 3B3T A; 2GLF A; 4TNU A; 2ZEG A; 4DYO A; 4BD9 A; 2PJA A; 2GRE A; 3NH5 A; 2V8D A; 3RBU A; 4X2T A; 2IMO A; 4P4E A; 5LRK A; 1R3N A; 2CTB A; 1UWY A; 3PEI A; 2PE3 A; 5HVH A; 4MCS A; 2QYV A; 2ABZ A; 3SJX A; 5CPA A; 3BI0 A; 3NFZ A; 1ELM P; 3NA6 A; 4MCP A; 4OC2 A; 5HXD A; 2OR4 A; 4P6Y A; 2ZEF A; 4ZX9 A; 4EFD A; 4P4I A; 4JZ0 A; 3FX6 A; 2AFZ A; 4P4D A; 2PVV A; 3SJE A; 3PBE A; 4A39 A; 1VHO A; 5LRJ A; 5JGF A; 3V7Z A; 3D7F A; 4RUH A; 1DTD A; 3LMS A; 4EME A; 2WYR A; 2V77 A; 4GM5 A; 4UEF A; 4LQG A; 4ZY0 A; 5K8O A; 1TKH A; 4ZYQ A; 1Q7L A; 1ZG8 A; 2XEI A; 3H8G A; 2CTC A; 2IJZ A; 5LRG A; 2PJC A; 2XEG A; 2ZEH A; 4NGM A; 2NSM A; 1KWM A; 1CP6 A; 3PB9 X; 2ZED A; 2ZEP A; 5LYI A; 1CP7 A; 1TF8 A; 2GLJ A; 3GB0 A; 3CDX A; 3IO1 A; 1CG2 A; 1F2P A; 4DUK A; 1F2O A; 5DS0 A; 2ZEO A; 2V8H A; 3RAM A; 1XRY A; 4IK2 A; 4PPZ A; 2AFW A; 2IQ6 A; 3KHX A; 3GLJ A; 3KAS A; 5F09 A; 1RTQ A; 3FH4 A; 1R43 A; 3KZW A; 4MHN A; 2PIZ A; 4PQA A; 4PXD A; 3T8W A; 4A37 A; 4DJL A; 3ISX A; 4NGN A; 4NGP A; 3KQZ A; 2QVP A; 2C6C A; 3FED A; 3KGQ A; 2C6G A; 2PRQ A; 8CPA A; 1FT7 A; 5CBM A; 6CPA A; 3KQX A; 5ELY A; 2AFO A; 1YME A; 3D67 A; 2G9D A; 3VAT A; 3PB7 X; 1FNO A; 1JQG A; 2PJ3 A; 1ZG7 A; 1M4L A; 4UF4 A; 2PJ8 A; 2ZEL A; 1ZG9 A; 3K9T A; 3IWW A; 3WC7 A; 2V8G A; 4NGQ A; 4K3N A; 3SI1 A; 3RZA A; 1F57 A; 3S9M A; 1Y0R A; 3WT4 A; 4B6Z A; 1TKJ A; 1CBX A; 4MMO A; 4CPA A; 2HB6 A; 2Q43 A; 3CPX A; 3PBB A; 1TKF A; 4UEE A; 3GUX A; 2EWB A; 5D29 A; 1OBR A; 2ZOG A; 4ZY1 A; 1VIX A; 3S9L A; 4P4B A; 2VL1 A; 2Q4Z A; 4NFR A; 4OC4 A; 4Q7A A; 4IHM A; 7CPA A; 3B3C A; 4UIB A; 2PJ9 A; 1YSJ A; 4P4J A; 5HVG A; 3D66 A; 3KI9 A; 2PJ0 A; 2C1C A; 1ARL A; 3BHX A; 2F8H A; 2HC9 A; 4OC0 A; 4IAV A; 3NH4 A; 5LYF A; 1Y7E A; 3KHZ A; 2POK A; 4NGT A; 3WAB A; 5K8M A; 2PJ6 A; 2O4H A; 4O23 A; 1IY7 A; 4OIW A; 4OC3 A; 3B3V A; 4YWY A; 3D7H A; 4UEZ A; 3MN8 A; 3KL9 A; 3IJ3 A; 3FEE A; 2ZEM A; 2EK8 A; 4PXE A; 2PJ7 A; 3ISZ A; 3LWU A; 4P44 A; 2C6P A; 4FUU A; 2PIY A; 4MHP A; 2XEF A; 3DGV A; 4A38 A; 5JM6 A; 4OP4 A; 2BO9 A; 4G1P A; 5HVF A; 3SI0 A; 4KSI A; 4UIA A; 1YLO A; 3D7G A; 4YU9 A; 1YW4 A; 3B2Y A; 1ZLH A; 3TC8 A; 4FWU A; 1HDQ A; 4NJQ A; 1LAM A; 4P45 A; 1Z5R A; 4MHZ A; 3FEC A; 3B7I A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4MHY A; 3CES A; 2PJB A; 4OID A; 1YR0 A; 3AVV A; 2FS5 A; 1PJ7 A; 1YK3 A; 4MFZ A; 2HCJ B; 4RPD A; 2FT0 A; 1QST A; 3LOD A; 1QVG B; 4WWV A; 1EFC A; 2B7B A; 3MRU A; 4NXY A; 4E0A A; 3FVL A; 2JBK A; 3CXQ A; 4XPD B; 2WSS A; 3K2K A; 4PC2 A; 4MXU A; 1I12 A; 4WQM A; 3JUW A; 4P2N A; 2GAN A; 4R87 A; 1TF9 A; 2I3C A; 4XMY A; 2BF4 A; 5BSX A; 4ZY2 A; 4QV2 A; 1DDI A; 2VBT A; 4RDJ A; 1X10 A; 2Z6B D; 1R5O A; 1XE1 A; 3FYN A; 4QB9 A; 2ZL5 A; 2RB7 A; 1B2R A; 2ZXH A; 1XFO A; 4HNY B; 3N5F A; 2QJ8 A; 4ZI6 A; 4RD2 A; 3ZZI A; 4Z1M A; 1EFT A; 3NH8 A; 2D3N A; 3KR4 A; 4CGL A; 4RS2 A; 3I3G A; 1SKQ A; 2ZEN A; 3B78 A; 3JQQ A; 2OOT A; 4MFK A; 1A8P A; 4ZBG A; 1G7C A; 1TIQ A; 5FVJ A; 1AYE A; 4LBV A; 1LFW A; 1VQ8 B; 4KLW A; 3WNC A; 1G7R A; 4P25 A; 2PRB A; 3CW2 A; 3H8F A; 2RFH A; 3PB4 X; 1Q81 D; 4ORF A; 5A28 A; 3G4S B; 2WR8 A; 3WQZ A; 4MJ8 A; 1SM4 A; 1V0E A; 3PB6 X; 3OFN A; 2B58 A; 3N7Z A; 4HIZ A; 5CDF A; 1N0U A; 4QVT A; 4RN7 A; 1G7S A; 2FIW A; 3FPK A; 4M0L A; 2J8N A; 4C68 A; 2X7B A; 1GR1 A; 4PXC A; 2VBS A; 3QFS A; 2R98 A; 2QTL A; 4KUA A; 1EFU A; 3CCM B; 2REF A; 2YND A; 4XNF A; 2CF4 A; 4P10 A; 4P6V F; 4ACB A; 2X8K A; 2FVG A; 2QEX B; 1PCA A; 5KTC A; 3TO6 A; 3C26 A; 1NSL A; 3JVN A; 2BGJ A; 3GVJ A; 2DEA A; 3WBK A; 2Q6O A; 3BY1 A; 4RLZ A; 2YNC C; 4H9G A; 2O53 A; 2BOA A; 2HQY A; 1IYK A; 4MCQ A; 3PRT A; 2X6Y A; 2PMD A; 1QGY A; 3CMM A; 4Q7J B; 5LYD A; 4XLE A; 1G7T A; 1N08 A; 4PV6 A; 3IFE A; 1XB2 A; 2C78 A; 5D8N A; 3CRZ A; 2VZL A; 4XLA A; 2ZOF A; 3D7D A; 4B3X A; 4LBZ A; 1GJR A; 3CT9 A; 2ZZE A; 1S0U A; 4BD9 A; 1ZO0 A; 1XMT A; 4OP7 A; 2FXF A; 3IU1 A; 4CAX A; 2VEZ A; 2CTB A; 1UWY A; 2C5B A; 1E3Z A; 2ABZ A; 3SJX A; 5CPA A; 3NFZ A; 1ELM P; 2JIZ A; 2OR4 A; 4R9M A; 4AVB A; 3CP2 A; 3CCR B; 5C82 A; 4ZX9 A; 4EFD A; 2OK8 A; 2J7K A; 1YQE A; 2YWF A; 4P4D A; 3SJE A; 3PBE A; 4UWJ A; 1XF8 A; 1J4J A; 2WYR A; 4GM5 A; 4LQG A; 4ZY0 A; 4A33 A; 4QC6 A; 5EBV A; 5K8O A; 4E0F A; 4ZYQ A; 4OOX A; 1ZG8 A; 2XEI A; 3VWD A; 4YGO A; 4P12 A; 1D8T A; 1UMK A; 2IJZ A; 2JDI A; 4M1K A; 4NGM A; 3BCD A; 1KWM A; 1S7K A; 1JB9 A; 1CP6 A; 2ZED A; 2ZEP A; 4FD7 A; 4YAF A; 5IK2 A; 1TF8 A; 3IO1 A; 2PR8 A; 3MMP A; 1F2P A; 2GK7 A; 5DS0 A; 1EFR A; 2IQ6 A; 3H5Z A; 3KAS A; 4H89 A; 4Z4Z A; 3G8W A; 2V7X A; 3FIX A; 3D2M A; 2Z3L A; 3T8W A; 2D4P A; 4OAD A; 3KQZ A; 2C6C A; 4TMX A; 4KOU A; 1BPL A; 2X85 A; 1M4G A; 3AGQ A; 5IV0 A; 5CBM A; 3JQR A; 1R5B A; 3A35 A; 4AB7 A; 2DYI A; 3FBU A; 4AG9 A; 4KSF A; 1D1N A; 2AFO A; 3D67 A; 3VAT A; 3A8K A; 3PB7 X; 1FNO A; 3SXO A; 3WR7 A; 4CAF A; 4QVA A; 2O28 A; 1JQG A; 4AVA A; 1ZG7 A; 2ZZF A; 4XON A; 4UF4 A; 2ZEL A; 4MYT A; 1T6Z A; 1NB0 A; 2CY2 A; 1N05 A; 4K3N A; 3SI1 A; 2V7U A; 2PDO A; 4B14 A; 1UD8 A; 1F57 A; 3FXT A; 1QVF B; 1HVX A; 1Y0R A; 3CC7 B; 1S60 A; 4CRZ B; 4OPO A; 1JWQ A; 1GO2 A; 4MMO A; 1WDT A; 3T9Y A; 4BBH A; 4G7W A; 4X7D A; 5THX A; 4X5K A; 4RD3 A; 1AIP A; 1OBR A; 2ZOG A; 1VKC A; 4JMQ A; 4FD5 A; 3ZZT A; 4RDL A; 2Q4Z A; 4P26 A; 4OC4 A; 1Z9U A; 2G3A A; 2Z0Z A; 1XOV A; 4Y7C A; 4CS0 B; 4UIB A; 1I1D A; 1YSJ A; 5DN6 A; 3MCA A; 3R9E A; 2VYQ A; 4B48 A; 2EUI A; 1Q82 D; 1QG0 A; 2P6G A; 1PJ6 A; 3CCQ B; 1Z4E A; 4B13 A; 3PGP A; 3WAB A; 3VNV A; 4HE5 A; 4KOS A; 1VQL B; 3FB3 A; 4O23 A; 5AG6 A; 2P3M A; 1VQM B; 4Q38 A; 1E43 A; 3MN8 A; 3IJ3 A; 1Q2D A; 2EK8 A; 3Q6R A; 3WXM A; 1T6Y A; 1FDR A; 3PA1 A; 1NB9 A; 1ON0 A; 2PJ7 A; 4X0C A; 2Q4V A; 3LWU A; 3W2I A; 2REE A; 4P44 A; 2C6P A; 5H5J A; 4CYO A; 2YWG A; 1ZM2 A; 2JDD A; 1ZM4 A; 2BM1 A; 2XEF A; 4KSA A; 2Q6L A; 3OW7 A; 1XIX A; 4A38 A; 2ZXV A; 1B87 A; 3CMA B; 4GQN A; 2BO9 A; 3SI0 A; 4KSI A; 4LBY A; 3GKR A; 4AVC A; 1XEB A; 1KK3 A; 3IGR A; 4WZE A; 4MI4 A; 2ZZG A; 1YW4 A; 4MHD A; 1ZLH A; 4MFL A; 4FWU A; 1Q7Y D; 4NF1 A; 3G3S A; 4NJQ A; 1M4I A; 2PQ8 A; 2F5I A; 1IB0 A; 3IWG A; 5DSZ A; 2Q4Y A; 4I49 A; 2R7H A; 2X53 S; 3SJG A; 5I4M A; 5FO0 A; 3WY9 A; 4UCN A; 4XOT A; 2Z10 A; 2DCU A; 2VBU A; 2WSA A; 3S6K A; 1BPM A; 4MCR A; 1QFJ A; 2Z11 A; 1NSA A; 5FO1 A; 4KVM E; 4CGN A; 4M53 A; 1HA3 A; 2JJ1 A; 3HAG A; 1HEE A; 1IIC A; 4MRI A; 3PFE A; 4JXQ A; 3BY2 A; 2GIV A; 1BLL E; 3G71 B; 1EXM A; 1VQ6 B; 3F0A A; 2JLM A; 1VLY A; 1K73 D; 4RPB A; 3JRU A; 1DE4 C; 2ZW4 A; 3TFY A; 3CCL B; 2PVW A; 1Z8T A; 3A8J A; 2FX3 A; 3PEN A; 2V7T A; 3G05 A; 1YRE A; 2R8V A; 3CCJ B; 1J9Z A; 4DQK A; 2B3V A; 4XQF A; 4L8A A; 2HLD A; 5IYW A; 5G20 A; 3HUV A; 1H42 A; 4QUZ A; 3FJU A; 3KKW A; 3J81 k; 2PCU A; 4NJR A; 4PSX A; 3ONY A; 2GK6 A; 4JXR A; 1K8A D; 4F9U A; 1IU8 A; 1LRZ A; 4P4F A; 5F46 A; 4NBS A; 4NCZ A; 4TMV A; 4R76 A; 4KOR A; 2J9A A; 1COW A; 2XGJ A; 4Y49 C; 3OE7 A; 1YJN B; 4XOR A; 4OOV A; 3VO2 A; 4UZF A; 3TOB A; 2VI7 A; 4R71 A; 4IUS A; 4MYU A; 3EO4 A; 3MHP A; 3BJ8 A; 1UD6 A; 1W35 A; 3SXN A; 4TWE A; 4R6T A; 5EMN A; 1H8L A; 4XN0 A; 2BGI A; 3JU4 A; 1MJB A; 3AVX A; 4TMW A; 2PJ1 A; 3B35 A; 2QA4 B; 2W6J A; 1IOI A; 4ZCM A; 2B4B A; 1PKV A; 3OPO A; 1XBU A; 3D3S A; 2EBJ A; 1IJE A; 2Q44 A; 4PK2 A; 4EH1 A; 2F7V A; 5JQ4 A; 1F20 A; 4UCP A; 3TE4 A; 4FBE A; 2VBV A; 3GQB A; 3P27 A; 4YAO A; 4YEL A; 3FMC A; 2DF5 A; 3W6X A; 1CNE A; 4TN1 A; 3IIB A; 1IID A; 2FL4 A; 2A4N A; 2OZG A; 1JA1 A; 4RM0 A; 3SHP A; 3LVB A; 1QMU A; 1OB2 A; 2GJK A; 4ONW A; 4EWT A; 1QGZ A; 3T51 B; 4C43 A; 1YVK A; 2NMT A; 4F9V A; 2Y0M A; 1AMP A; 1KZF A; 1VQP B; 3IEH A; 4B3G A; 1VJS A; 1KC8 D; 2XEJ A; 4FD6 A; 4JJX A; 3WC6 A; 1CM0 A; 5G1Z A; 3S6H A; 3BCF A; 3B3S A; 4OC5 A; 1Y0Y A; 3CXS A; 2R6H A; 1CNF A; 3QNV A; 1RO5 A; 2H5M A; 1YHQ B; 1YVO A; 1BQE A; 4CAW A; 3Q3A A; 3B3T A; 2CBX A; 1DDG A; 4DYO A; 2DPS A; 2OTL B; 3S6G A; 4II9 A; 2XNC A; 3ZBT A; 3R95 A; 5I0C A; 3A9L A; 3PEI A; 2PE3 A; 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