The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
235
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sequence length |
758
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structure length |
758
|
Chain Sequence |
STGILTNKQAVARHFGVKQSEVVYFSVGVDLGGYKVIYDKETQRAYSLPVGIASGTTAVSLSTAAVLVHSAGSVDLGSLAVSREEYVTLPGSFDSGSTLNVKNELLTYTDGKYRWDGILPKTVAPGSTPASTGGVGLGAWISVGDASLRTQLANGDGSLIGIHPQGTLNNVLTVRTPEQYNAVGDGIADDTSKLKEMLSDINNVPETLPDAAAVNSYMEQVAVKIDLTKLYRFTETLYIPPGVSIEIPTSNFFTRECKQGLFYDPVDKNTAAISLMVYRKQPDGSYKLNKDVDYYPTGLDIDNGDAITCARKIDINNLNLITAPGVKVGVKWIGGAGCTTKGLSIGENTGSDITTARLPRVGLLQSASWGSIHENLRILYKTQGAVFIDSNGGAAVNNAYISRLGNTNGELEQAVYKPAGFTEVGDVAVTQFAGSEVKFNSPIIEQASFDFVHAGRDTDSYGLFMVDKPHIESSGGKKKHSFYLINTSSNVTLSGVGLSGQDPDLDSMYFLKNCPETARNVVRGQMPISGVKLVRGTGNYPTLVLDCTNMGSQFQFGEVGDIFYIKDVVGVKADTLYIDPVNGNNYNWGTNGTKPIRELTNIAKICQLFRCKSVYLNAGESVITSNTELPMVVFEGPGSLKANSGSSFLIKAGGTLSLIGLSGISTDGGHMFRVSTVEKVNIHTNCSVNAGAAYVVLSEVQGNIEYRQLFYSVNCSKYIGATAGQTIAGIMVKTATRPTGIDAAPVDGNVSLTYKIIE
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of ORF210 from E. coli O157:H1 phage CBA120 (TSP1), a putative tailspike protein.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Viral protein
|
| source organism |
Escherichia phage cba120
|
| molecule keywords |
Tailspike protein
|
| total genus |
235
|
| structure length |
758
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| sequence length |
758
|
| chains with identical sequence |
B, C
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2014-01-20 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF18668 | Tail_spike_N | Tail spike TSP1/Gp66 receptor binding N-terminal domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | DNA polymerase; domain 1 | DNA polymerase; domain 1 | ||
| Mainly Beta | Ribbon | Seminal Fluid Protein PDC-109 (Domain B) | Seminal Fluid Protein PDC-109 (Domain B) | ||
| Mainly Beta | 3 Solenoid | Pectate Lyase C-like | Single-stranded right-handed beta-helix, Pectin lyase-like | ||
| Mainly Beta | 3 Solenoid | Pectate Lyase C-like | Pectate Lyase C-like |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1O8M A; 2VJJ A; 5C1E A; 3KRG A; 4Z06 A; 2O17 A; 3EQO A; 1WMR A; 2O0V A; 4XLH A; 1O8F A; 1RMG A; 4XN3 A; 4I84 A; 4XLF A; 3GQA A; 4OZZ A; 2O04 A; 4YZQ A; 1H80 A; 1QJV A; 1K5C A; 4XKW A; 4XLE A; 3SUC A; 1DBG A; 1OFM A; 1OFL A; 2NT6 A; 2X6Y A; 4OZY A; 3ZSC A; 1EE6 A; 1PLU A; 3VMV A; 3EQN A; 1X0C A; 1NHC A; 5C1C A; 3UW0 A; 1IDJ A; 4XQF A; 2X6W A; 2Z8G A; 1VBL A; 4HWV A; 4QNL A; 4XL9 A; 4NK6 A; 4XLA A; 2UVE A; 4XNF A; 1KTW A; 4PMH A; 2X6X A; 3T9G A; 3GRH A; 4XOP A; 1O8L A; 4Z03 A; 3LMW A; 4NK8 A; 1HG8 A; 2VBE A; 2QXZ A; 2PYG A; 4XLC A; 3VMW A; 3GQ8 A; 1IDK A; 2INU A; 4W8Q A; 1O8I A; 2BSP A; 1JRG A; 4YZX A; 4MR0 A; 4U4B A; 3VSV A; 4W8R A; 4W8S A; 4XOT A; 2QY1 A; 1IB4 A; 4OJ5 A; 1JTA A; 1O8H A; 1KCC A; 4XKV A; 1AIR A; 1PXZ A; 2PEC A; 4XM3 A; 4YZA A; 2PYH A; 2IQ7 A; 4XON A; 4YEJ A; 1RU4 A; 4XN0 A; 1O8E A; 1XG2 A; 1BN8 A; 1DBO A; 1O8K A; 1O88 A; 3VSU A; 4YEL A; 2X85 A; 1KCD A; 3VST A; 2X3H A; 5AMV A; 1OGM X; 2O0W A; 1IA5 A; 2VJI A; 4OJL A; 4OJO A; 2NST A; 1O8D A; 2VBM A; 4U49 A; 4XMY A; 4XR6 A; 2EWE A; 4XOR A; 2NTB A; 4YZ0 A; 1RWR A; 2VBK A; 4URR A; 2O1D A; 1O8G A; 4W8T A; 3ZPP A; 4AVZ A; 1OGO X; 3B4N A; 4MXN A; 2NZM A; 1OOC A; 2QX3 A; 3GQ7 A; 1BHE A; 1CZF A; 2INV A; 4C2L A; 2ODL A; 1O8J A; 1PE9 A; 3B8Y A; 4Z05 A; 3JUR A; 4EW9 A; 3GQ9 A; 1QCX A; 2NTQ A; 3B90 A; 3WWG A; 2NSP A; 3FY3 A; 1GQ8 A; 4OJP A; 2NTP A; 2UVF A; 2NT9 A; 4OJ6 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4KLG A; 2KJ8 A; 1UA0 A; 4Y2Y A; 1N2X A; 1ZQO A; 4KLD A; 2Y2N A; 1DAB A; 2FJ6 A; 4XLF A; 3UXO A; 1MQ3 A; 4Y2R A; 4BGD A; 4F5R A; 2DUY A; 2F3L A; 2PFP A; 3SUC A; 4LG2 A; 4RQ0 A; 1JAL A; 4J9Q A; 5AIA A; 2AU0 A; 2H5X A; 4NY8 A; 5F3X B; 4XL9 A; 1Z00 B; 2WF6 A; 2VFN A; 5KG3 A; 4KLO A; 3KBB A; 3MBY A; 8ICW A; 1ZJM A; 2I5H A; 4XQ8 A; 2W7P A; 4GHL A; 2XC9 A; 4UAR A; 5AI8 A; 2Y9U A; 2ZJ8 A; 4IS7 A; 2P66 A; 2QLT A; 2Y2J A; 1JRO A; 4QZB A; 2IA6 A; 5DQG A; 8ICR A; 1T94 A; 7ICG A; 2ZIX B; 2M0N A; 4AYB C; 1ZQI A; 2XT4 A; 2BGW A; 4QZH A; 2PYH A; 3C28 A; 1O8E A; 3DU1 X; 4J9P A; 5AI0 A; 2B6G A; 4C7Y A; 4PGQ A; 4OM9 A; 4UAY A; 2X85 A; 2A19 A; 2W04 A; 3UMC A; 3ML3 A; 3SQV A; 3ZI4 A; 4O3O A; 3L4P A; 3G6X A; 4PPX A; 1TSP A; 1KTQ A; 4I2G A; 4NL9 C; 2W11 A; 2G0Y A; 2NO4 A; 4U49 A; 4O0I A; 1TYW A; 3QEA Z; 1BPD A; 4MEX A; 2W54 A; 4P0P B; 3RIQ A; 4ECS A; 2KIC A; 2E8N A; 2Y1J A; 5HML A; 3C1Y A; 4GIB A; 1NK9 A; 4YEI A; 3SMV A; 1BPB A; 3NAW A; 4YG2 A; 2QX3 A; 2C2R A; 1L6N A; 3M8S A; 2K4E A; 2W03 A; 4Y2U A; 2IOF K; 2KFN A; 4FE3 A; 2ZIU B; 3UXN A; 2JV3 A; 2RLT A; 2BM4 A; 3TI0 A; 4DEZ A; 4OJP A; 1QSL A; 2NTP A; 2XO7 A; 2BCV A; 2K4P A; 1X9M A; 1L3V A; 2G08 A; 3C2M A; 1QTM A; 4NL9 A; 3T5K A; 2O0V A; 3TFS A; 3VCB A; 1XNS A; 1NK0 A; 3RF9 A; 1QJV A; 4OPW A; 1TAM A; 9ICT A; 4XLE A; 4ELU A; 2KHV A; 2FLL A; 4OZY A; 2VIX A; 5AK4 A; 4QZE A; 4Y2S A; 5ALF A; 3T79 A; 5KFB A; 5C1C A; 3UW0 A; 1L3U A; 3LWM A; 4ECY A; 3HSH A; 3WKB A; 1J97 A; 2EZY A; 2ALZ A; 4C8N A; 3TKA A; 3M9N B; 4GC6 A; 3E58 A; 1ZQA A; 4P2H A; 1HG8 A; 4RQM A; 1N62 A; 3HKZ F; 2BDU A; 1YU1 A; 8ICN A; 4I27 A; 1AQ6 A; 3JPS A; 1W1Y A; 3IHQ B; 3JPP A; 2H3Z A; 4PJ0 U; 4M6W A; 5J2B A; 3NUQ A; 4DQS A; 3M1Y A; 3Q8R B; 3MGH A; 2KKV A; 1E6R A; 3BH7 B; 5ALU A; 3GV5 B; 2AGO A; 5J0U A; 3ETL A; 5ALW A; 2EWE A; 4ED6 A; 1JUD A; 5CR0 A; 1CEZ A; 2R8I A; 9ICV A; 4YMO A; 3QU2 A; 5CJ7 A; 1NJW A; 5AI6 A; 2IOF A; 2O1D A; 2XID A; 2XT2 A; 3G6V A; 3GQ7 A; 4I2A A; 1KLN A; 3BQ0 A; 2R8G A; 4KN7 A; 3QU7 A; 3PX4 A; 1CLW A; 3RAX A; 3GV7 B; 1QA1 A; 2RHF A; 2FMS A; 2HBM A; 4I28 A; 2DF4 B; 1ZQY A; 2DQN B; 3JPN A; 2G07 A; 3B90 A; 4HMC A; 1WWV A; 5HP4 A; 2GO7 A; 4PHP A; 2Y2G A; 4LZG A; 3SEI A; 4AP9 A; 7ICO A; 9ICI A; 4EX7 A; 4DLE A; 1NOM A; 4XLH A; 5DDM A; 3OJS A; 4JV2 A; 1H8P A; 2LYH A; 4TUS A; 2ZXH A; 2HCF A; 4IBJ A; 1W1V A; 2VAN A; 5J2C A; 2OCE A; 2I9G A; 3RB6 A; 3ZDC A; 4EBD A; 4YR2 A; 2NYV A; 5ALI A; 1WG8 A; 4BUG A; 5ALG A; 5DKW A; 4XLA A; 1COO A; 2EH9 A; 2AHO B; 1D8Y A; 4XOP A; 1ZQZ A; 5KFO A; 4NYY A; 4TUQ A; 3T5L A; 2XTW A; 5F9L A; 1DXS A; 2NV3 A; 3RFA A; 4ECR A; 1DRG A; 2V5O A; 5J2G A; 4EYI B; 4IQV A; 1HUO A; 3FDS A; 4Y2J A; 2H3V A; 3WKD A; 1SKW A; 2YB4 A; 1T3Q A; 4DOB A; 1O8I A; 2FMP A; 4W8S A; 4XOT A; 1SL2 A; 2D6F C; 9ICU A; 2XY6 A; 2ZTD A; 3H8M A; 2R8J A; 1KQQ A; 2QB1 A; 2JZB A; 2OYY A; 3PSP A; 5ALZ A; 5EOZ A; 5TIS U; 1TFR A; 2YY6 A; 4F93 B; 1SIJ A; 1WCN A; 1Z19 A; 2N1R A; 4I2H A; 4IBE A; 5KFF A; 4M9J A; 3RH6 A; 4FS2 A; 4IJE A; 2Z7J A; 4I2E A; 2XTY A; 5AM2 A; 2CXY A; 8ICV A; 5GTI U; 4CE6 A; 1L3T A; 3RR7 A; 4MXN A; 3WD1 A; 2QYU A; 3GZF A; 2P6U A; 3TAD C; 5J2H A; 4MFA A; 3HT3 A; 2INV A; 3ZD9 A; 1ZQC A; 1OGG A; 2DWQ A; 3RB3 A; 3JUR A; 2JHD A; 3EUB 2; 4Y2P A; 5D49 A; 2XI9 A; 2BCR A; 1RQN A; 4EBE A; 3D2N A; 1EAK A; 1B43 A; 5JTI A; 4Q44 A; 4M9L A; 2ZXI A; 4YDT A; 3PMN A; 1OUQ A; 5AKG A; 5HHI A; 1TKD A; 3PY8 A; 1PUZ A; 5HHH A; 2FPL A; 1YZ7 A; 3EZ5 A; 5J2I A; 2KG5 A; 2O04 A; 2O6K A; 4UAZ A; 5AKY A; 1K5C A; 1K1S A; 4XKW A; 1ZXI A; 3PML A; 3SD7 A; 8ICQ A; 4IQU A; 3PSF A; 1PLU A; 3PET A; 2Y0S F; 3KKA A; 7ICR A; 5FP0 A; 1N5X A; 5JU5 A; 3JPQ A; 1BPY A; 1V97 A; 4TUP A; 2AXT U; 3MQL A; 4NK6 A; 4M0A A; 4IRC A; 3T3F A; 5H2F U; 1QRC A; 2G5I B; 2E3T A; 3GRH A; 1A76 A; 2JRZ A; 2LM4 A; 2W3S A; 1S9F A; 5JLV C; 5DQI A; 4NK8 A; 3F5A A; 3NS1 A; 4CCH A; 1NNL A; 5KG0 A; 3CP8 A; 4ZH4 A; 1H38 A; 2HHW A; 1ZQE A; 3AUO A; 5AK3 A; 2W7Z A; 3AM9 A; 2IMW P; 1K8F A; 4PZO A; 3TFR A; 3THV A; 2B0R A; 2NRZ A; 1IIP A; 2JCH A; 1SV0 C; 2QZA A; 5AK6 A; 1AIR A; 3OSN A; 2ZJ5 A; 4R8U B; 2BCQ A; 4NZ5 A; 4YZA A; 3TH0 A; 5DDY A; 1KRP A; 2BM6 A; 2C28 A; 7ICI A; 3V6K A; 1NKB A; 5IIK A; 3UQ2 A; 3PW4 A; 4KTQ A; 1RPL A; 4LJX A; 5E79 U; 8ICH A; 1DGS A; 2K8B B; 5KFC A; 3KHG A; 9ICE A; 1SB3 C; 2XGP A; 2P6R A; 4DLG A; 1CUK A; 2ASJ A; 4Z6F A; 3WKC A; 2KSO B; 1U9L A; 1E8B A; 1DK3 A; 9ICX A; 3NTU A; 4BXO A; 1X9W A; 2IOU A; 4O3R A; 3PR4 A; 4M9H A; 4AVZ A; 3V72 A; 5B5E U; 4IBB A; 4RQ8 A; 5ALD A; 4QZG A; 4QIW F; 4PZN A; 1ZJN A; 4KMO B; 5BPV A; 1H0G A; 1L6J A; 5L1K A; 2F8L A; 1XU4 A; 3GIK A; 1NKC A; 1TV9 A; 2RTS A; 2Y2L A; 2C2E A; 3GQ9 A; 2BZF A; 3NVV A; 2HOF A; 4YXM A; 2H3I A; 1RYU A; 4UB3 A; 2W9C A; 2ZJA A; 2WTF A; 3WKA A; 3OHB A; 4DF4 A; 9ICG A; 2JMG A; 2VJ4 A; 3AU2 A; 4F8R A; 1ZYQ A; 1K5O A; 3N7R C; 3N7P D; 4IBI A; 3GQA A; 4PGY A; 1QRB A; 4BWJ A; 1Z3E B; 1YUE A; 2XTX A; 1ZD5 A; 4Z2H A; 1GXD A; 2DFL A; 2CPR A; 2K4I A; 1IDJ A; 5KFE A; 5CWR A; 8ICL A; 3HON A; 4EZ9 A; 1SGG A; 1GOI A; 7ICH A; 1ZQF A; 2UVU A; 9ICQ A; 1OGB A; 2KE7 A; 1O8L A; 4CF5 A; 2HHS A; 4UB6 U; 2WF9 A; 3N6Z A; 9ICC A; 3BS5 A; 4DSL A; 4C0Z A; 4KLI A; 2W43 A; 4CF4 A; 2V9W A; 3RB4 A; 2VBE A; 3KHR A; 4ECT A; 3C1Z A; 4JV1 A; 2RQ5 A; 2MUT A; 1JRG A; 3VSV A; 2BPC A; 5AKE A; 4NM2 A; 1L7N A; 4O3S A; 1KS0 A; 4C8K A; 1PXZ A; 4XM3 A; 1A77 A; 3BS7 A; 2FI1 A; 2YMM A; 2F1H A; 4YFK A; 3SZE A; 3BQ1 A; 3PW2 A; 5AMV A; 3OTQ A; 4YFO A; 3PZP A; 2EAM A; 2O0W A; 2KVC A; 1NJY A; 1ZQU A; 2LPE A; 2AH5 A; 5IIL A; 4Z6E A; 1L8L A; 3MR6 A; 2JXJ A; 5ALR A; 3L5K A; 1O8G A; 2XCA A; 4OO1 J; 1IXR A; 2VA8 A; 2W9M A; 2NRW A; 2O6W A; 4YVZ A; 5KFU A; 2KN7 A; 3WK6 A; 3H09 A; 5BPC A; 4EX6 A; 1KDH A; 2KZ3 A; 4Y2T A; 4QJF B; 1TK8 A; 3N4M B; 1LM1 A; 1S0N A; 4O5E A; 1PE9 A; 2P35 A; 3BH6 B; 4KLM A; 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2HOQ A; 3HIL A; 4KN4 A; 2VA3 A; 1H0I A; 3I1Y A; 9ICN A; 2Y2M A; 3V7K A; 4OJO A; 3PVX A; 3B0Y A; 2VJJ A; 4P4O A; 1LB2 B; 1O6I A; 1L8O A; 2O17 A; 4F4X A; 1T4G A; 4ELV A; 3AU6 A; 3PV8 A; 1PVQ A; 4OZZ A; 4YZQ A; 3B9J A; 8ICM A; 1QQ5 A; 1OFM A; 3F2B A; 4K4H A; 3GFK B; 3VMV A; 4GFJ A; 5J0Q A; 4HAI A; 2KV2 A; 4UB8 U; 2BX6 A; 3OGU A; 5DNS A; 1KTW A; 5KG4 A; 3TQ1 A; 1SXE A; 1FFV A; 1UT5 A; 8ICO A; 2K89 A; 3LVW A; 2LYA A; 3TAN A; 8ICY A; 5J8Y A; 2KZZ A; 2EAO A; 3MGV A; 3MR3 A; 9ICR A; 2E8O A; 2JEI A; 5ALN A; 3MR5 A; 2PYG A; 4IRD A; 3GQ8 A; 3AEV A; 3KFU F; 5DLG A; 2JZB B; 5AK5 A; 2BPG A; 9ICB A; 3WD2 A; 7ICS A; 2QY1 A; 4C4R A; 8ICP A; 4OJ5 A; 1XS9 D; 2VFO A; 3IRU A; 3H8S A; 2YMQ A; 3Q8Q B; 3RAQ A; 3JPO A; 5KFL A; 2Y2P A; 4F4K A; 4MEY A; 4ECV A; 2XC1 A; 4DFJ A; 2WF8 A; 3QUB A; 3H8W A; 1V38 A; 2FE9 A; 4YN4 A; 2KP7 A; 4NLZ A; 1YT3 A; 3H7I A; 5KFN A; 5AIB A; 1ZQT A; 4DL7 A; 4YCX A; 1X9S A; 5GTH U; 1WCL A; 4DL6 A; 2ESE A; 4YQW A; 4IBK A; 3FKE A; 1Z4N A; 2LKY A; 4DS5 A; 4M9G A; 7ICP A; 9ICK A; 4I2I A; 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