5HR7A

X-ray crystal structure of c118a rlmn from escherichia coli with cross-linked in vitro transcribed trna
Total Genus 132
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
132
sequence length
360
structure length
358
Chain Sequence
GKINLLDLNRQQMREFFKDLGEKPFRADQVMKWMYHYCDNFDEMTDINKVLRGKLKEVAEIRAPEVVEEQRSSDGTIKWAIAVGDQRVETVYIPEDDRATLAVSSQVGCALECKFCSTAQQGFNRNLRVSEIIGQVWRAAKIVGAAKVTGQRPITNVVMMGMGEPLLNLNNVVPAMEIMLDDFGFGLSKRRVTLSTSGVVPALDKLGDMIDVALAISLHAPNDEIRDEIVPINKKYNIETFLAAVRRYLEKSNANQGRVTIEYVMLDHVNDGTEHAHQLAELLKDTPCKINLIPWNPFPGAPYGRSSNSRIDRFSKVLMSYGFTTIVRKTRGDDIDAAGQLAGDVIDRTKRTLRKRMQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Oxidoreductase/rna
molecule keywords tRNA Glu
publication title Crystallographic capture of a radical S-adenosylmethionine enzyme in the act of modifying tRNA.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
total genus 132
structure length 358
sequence length 360
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.1.1.192: 23S rRNA (adenine(2503)-C(2))-methyltransferase.
pdb deposition date 2016-01-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF04055 Radical_SAM Radical SAM superfamily
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.150.530 Mainly Alpha Orthogonal Bundle DNA polymerase; domain 1 DNA polymerase; domain 1 5hr7A01
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 5hr7A02
2PRMA 4BI7A 2A2IA 1OF8A 3DENA 4N9DA 3BW3A 3C6CA 1XM3A 5CG7A 3BLEA 1Z41A 4LS0A 2QCNA 3KXQA 2DORA 5FEZA 4OT7A 4Z1DA 2ZA1A 3LCLA 2O7QA 2Y63A 1RQHA 2ZRYA 2GVLA 3DHFA 1AK5A 1N7KA 3LB0A 2ZTKA 3T78A 4FNQA 3NDOA 2TPSA 1YADA 4WY0B 1OK4A 5FEXA 1WOAA 3H55A 2I14A 2X30A 2Y61A 4O13A 1IIHA 1LOSA 1EUAA 1RQBA 1A5CA 3PM6A 3CHVA 3QMRA 4YXGA 1OVDA 4LS1A 3BG5A 2CFFA 2ZZ3A 1L2UA 4M6PA 1PV8A 1KFJA 3NQ7A 3NPXA 5CZSA 4ADUA 4TMBA 3IRDA 2NXHA 3S1UA 3FIGA 4EF8A 3HPXA 1YXYA 4RK8A 3PR2A 1XC4A 2HSAA 1F2JA 3G3DA 1I2PA 3IVUA 3OHIA 3SZ8A 2W79A 3QW3A 3UWWA 4O18A 2Q8LA 5DCDA 4OV9A 1F6KA 3LBMA 4N9CA 3G8EA 4XZ9A 3TCEA 1L6SA 5AC7A 2FB2A 5D37A 4M6QA 5HJLA 1FWRA 2HMCA 4UTTA 4I7UA 4Z1CA 4Z1AA 2J88A 4OV4A 5LSMA 3ELFA 3MP3A 3G0UA 3CQ0A 5J5DA 2OCZA 1QPQA 3TXVA 1UASA 4XUGA 3U6WA 4QIUA 3UWVA 4FHAA 2Q8ZA 3L68A 1TPDA 2QDGA 4OQVA 2OX1A 3W7KA 1JRCA 1ME7A 4JX6A 3BGJA 4CNOA 3C56A 1ADOA 1HFBA 1E51A 3EXSA 2YSWA 3HG5A 4UTIA 1PHWA 5HULA 1RZMA 4NT0A 1TTQA 2E6AA 4IWWA 5D03A 1WAUA 1Q6RA 1KW1A 3O16A 1I2NA 1AMKA 3M5ZA 5LKYA 1D3HA 4ADSA 5DCEA 4AAJA 4MKNA 1W5PA 3DFQA 3GAYA 5DBTA 4UR8A 2QAFA 4Y6GA 3LHVA 4WX2A 2OT1A 4TIMA 4GUIA 1THFD 2A85A 3W2LA 1AG1O 1RQEA 4FXSA 5LNWA 4MJZA 1TJRA 3GKFA 3P67A 3MP5A 4HIBA 3W1UA 4FX7A 4K7VA 5IBXC 3LCIA 5LNVA 4O1DA 1W3TA 4K37A 1YXCA 3CWOX 4YLWA 3E96A 4BK9A 2DZUA 1Q6LA 1NVMA 4PODA 1FY6A 2QF7A 1XBXA 1R47A 4JICA 1J5TA 1RV8A 3G0SA 5LHFA 2E1DA 3UWUA 2VOMA 3R2GA 4POCA 3W23A 3HOJA 1TQJA 2DJXA 4EVZA 3STFA 4RX0A 3L0KA 1ZAJA 2QUTA 4JYFA 3W7HA 2J24A 3L9CA 2WSYA 1BKSA 4O53A 3R12A 4M6VA 3GYEA 3IIXA 4WD0A 2GOUA 3W7GA 5CZTA 3G3MA 2JK2A 3STCA 3TFXA 4EIVA 2CLLA 4UIOA 3PG9A 3NNTA 1DVJA 2F84A 3TKFA 4AMAA 2FFCA 2A4AA 3TC6A 1NFBA 2GPTA 3GXTA 2I9EA 2P10A 3RLVA 2WPBA 3LRKA 3W83A 1W56A 1GYLA 2DJLA 1M7OA 1OX5A 4TX9A 1QOQA 3OA3A 3W1MA 1KM0A 1SPQA 4NNCA 3QJAA 1J4EA 1GTHA 2OT0A 1PHQA 3SGZA 1SU5A 1VQTA 2C14A 3W84A 4HT3A 4O19A 2WQPA 4U4MA 3W07A 3GKAA 4LOCA 2C1HA 4Y9AA 2JBMA 3Q94A 1XUZA 4MIMA 4JTLA 1MZHA 4UFMA 2XN2A 2CLFA 1OX6A 3W2NA 3QRHA 3NQFA 1ALDA 1QOPA 3QMTA 4CCDA 1UUMA 3KRUA 1G67A 4HNTA 4UFIA 1DQWA 3SECA 1OK6A 4GUJA 4RZ4A 3UD6A 3BV4A 1W1ZA 4OGZA 3UY8A 1TTJA 1KM1A 4GBUA 1OFOA 3O8AA 4IUOA 2XN1A 4WUIA 4IGHA 2H3BA 2VFFA 3O06A 4E2BA 1I2QA 1EX5A 3CM4A 1O5KA 2XN0A 2I1OA 2C15A 3IIOA 2E6DA 2OZ0A 3ZR4A 5F1UA 3W3OA 2PURA 3G1SA 2D73A 2ZZ7A 2ZBTA 1K3UA 4LV9A 4NNAA 2BX7A 3BW2A 3UXAA 3SI9A 2ZZ5A 4UTKA 3W2JA 5BNKA 4ORMA 2VXNA 2Z0IA 3W7EA 3WJSA 4JTTA 1QMLA 1M6JA 2CW6A 5DXXA 3NL3A 5AFDA 4DPPA 7TIMA 4JTIA 1OFBA 2QJIA 2A5HA 3PS7A 1HO4A 3EXTA 4CQ8A 2W0UA 4MVAA 5K4ZA 1JQXA 4O1AA 5F2LA 1R2SA 4D2JA 1WXJA 3DGRA 2V30A 4JY9A 4WXYA 1VR6A 3P7YA 3QF0A 2QCDB 1O4UA 5KTLA 3DU0A 4K8HA 1XFBA 3CTLA 1H7RA 2YW4A 4HHPA 3USBA 4NJGA 5LGXA 3G8RA 4C1LA 4FEZA 1PCWA 1K02A 2GQ9A 4RKAA 3NO5A 3S0CA 4FNPA 3CEPA 4UFJA 4DF2A 4XTDA 5I3JA 3CIXA 3G1XA 1WDWA 2QCEA 3DKLA 3L0NA 2YXGA 4O0ZA 4JNMA 1XKYA 2R14A 2ZDRA 1WYIA 5D09A 5EL1A 1GG0A 1W54A 4IMDA 1TMHA 1FBAA 4DF1A 3W73A 3TW7A 3MJYA 3UWQA 3W7DA 3LTPA 5FF7A 3QPZA 4LUIA 1JVNA 1SFJA 3HGOA 1MEWA 4XTIA 1N8FA 1LROA 4S2BA 4X3ZA 2NUWA 3KVJA 3GR7A 1GOXA 1VLWA 3IEBA 4N6EA 4C1KA 4CQAA 1Z48A 3V75A 3LTSA 3QM3A 2WNQA 3R13A 3DH7A 1O94A 5FI8A 1AL7A 4O4VA 4WOZA 5FEWA 3WK0A 3N2MA 4AHOA 2B7PA 4IQLA 4AVFA 1H1YA 4DELA 5LZLA 2Y62A 4FX6M 1LP6A 3T7VA 1JUKA 1Z42A 2J9ZA 3BLIA 4UTMA 4JXCA 1YDNA 2CZEA 3UZJA 4R7JA 5DY3A 3W75A 2FPTA 1P0NA 3W7JA 4GFSA 4BI5A 3DFOA 5AYXA 2ALDA 3N3MA 5G2IA 2ZTJA 1K7EA 1EPXA 2AQWA 5D2TA 3SY5A 3T55A 3P61A 5DBUA 4NNBA 5KSWA 3W85A 3O15A 3MBDA 1F7BA 1UBSA 2NUXA 2CZFA 2NLIA 3MHGA 3SR7A 1JRBA 1FWWA 1SSGA 4NXKA 3W1NA 3W7PA 4XKYA 4R34A 1KV8A 3GAKA 5D33A 4AWSA 3HGJA 1KM4A 1FXQA 1HL2A 3EWZA 3L65A 3LLDA 2H3DA 2CWNA 4GJ1A 2BXVA 4Z08A 5G5IA 5EMUA 1ZHAA 3C8FA 4QSHA 4AWTA 1QCWA 3S5ZA 3I7SA 4W9TA 3KOFA 3JR2A 2YPIA 3NGJA 1X1OA 3W2UA 3NR0A 1TIMA 4M7TA 5AHNA 3QQ0A 3WJXA 4X22A 2EF9A 3L21A 1G4SA 1Q6OA 3WK3A 5AYYA 3MBFA 5LNSA 5AB3A 1OX4A 1SZFA 5AHEA 3QYQA 1H7NA 4GWEA 4QITA 4LWWA 3UY7A 5BMWA 1TRDA 4O8RA 1NF0A 3IGUA 2O7SA 4LVDA 2OMAA 4NJIA 1G6CA 2J6XA 3TW6A 4RXGA 1SO5A 1XBZA 4NJHA 1Y0EA 1H7PA 1IXOA 3VNDA 4OWGA 2WOQA 1VYRA 4I9AA 1GJPA 2YX0A 2H8XA 4E0CA 3B4UA 5E93A 3KRSA 1UJPA 4S1FA 4EOUA 4FXRA 3DI1A 3BVJA 3LRLA 2EAWA 1MEIA 5A5WA 5D02A 3PC0A 2RFGA 2ZCGA 4O14A 3P8IA 3G22A 1ZCOA 3I7QA 3TV8A 1S5TA 4FIQA 2WNZA 3C0JA 1JULA 8TIMA 4XKYB 4KFOA 4LVGA 2A1YA 2DZPA 4UCGA 2KZHA 1W5NA 1GPWA 5BW6A 4BR1A 2ISWA 2GQ8A 1VCGA 3NEVA 5CKSA 3S8HA 3L5MA 1ZAIA 1TREA 2YFOA 2RKXA 1ONRA 1GT8A 4CCCA 1IF2A 4O12A 1OYBA 1T8XA 1EP2A 3GNDA 3G1VA 4MZYA 5KMYA 1X8FA 3FLUA 3W7NA 5FESA 4GNJA 2VFEA 3FS2A 1W3NA 4NZJA 4NX0A 3B04A 3NL5A 5AHIA 3LI0A 4WJEA 2BSLA 4N9EA 2E68A 1K8YA 3QQ1A 2ZRUA 3SGUA 2CLKA 1WOBA 3VFLA 4ZQMA 1SZNA 2WO5A 2VFDA 4H4IA 5LGZA 2X1TA 2ZQ0A 3LV6A 1H63A 3I68A 4MJMA 2YDAA 1FQ0A 3G1YA 1TPB1 3IGXA 3CWNA 1FCVA 1LBLA 3MHFA 3NQVA 1A53A 4JS3A 2QCLA 4K36A 1JCJA 1V7YA 3STEA 1R2RA 3ZWSA 1I8JA 5HMSA 1F6PA 2DZTA 3EWYA 1W31A 3S42A 4XBKA 5LNRA 3EB2A 4GE8A 1R30A 2JKPA 4JEQA 2X2GA 3OIXA 5DELA 1VJIA 2FPVA 2PRLA 4RV8A 3FKKA 3GDLA 5FF4A 1H5YA 4FNRA 5CPLA 3M43A 3ANYA 1FDJA 3CPRA 1VHCA 2G96A 1HUVA 2DZWA 2FB3A 4QAIA 3M5VA 3BGGA 2JGYA 2Z2UA 1X7FA 3NZ1A 1TCDA 5CZ0A 3LXCA 1VYSX 3OBKA 1NAL1 1PE1A 2R94A 4HN4A 4YWIA 3VE7A 4BWLC 3HMJG 4Y90A 3GVGA 3PBVA 1XCFA 3EWBX 1VCFA 4PFMA 3CIWA 3NG3A 4LT9A 3ZFHA 3G1AA 1W3IA 3IIVA 1W5QA 3NQMA 5HWNA 4P2VA 4RZ5A 3TU9A 3PAJA 1SW0A 5G4EA 1IXPA 3SJ3A 3I6RA 2WJZA 2EHHA 1VPXA 2R8WA 3TX9A 4LW7A 3INPA 4WY0F 5KITA 5U7SA 3HQ1A 4A29A 1G69A 1TPUA 1A50A 1BWKA 3HB9A 2CZ5A 5G2HA 3QZEA 3NM3A 4DBDA 1GG1A 4RR4A 3SSJA 3FFSA 1S5WA 2JGQA 4IPIA 3ABRA 2FPYA 4NQ1A 1QO2A 5AHMA 1VCVA 3OVQA 1LDCA 3FJ6A 4K8EA 3S1VA 3TR2A 3P8JA 1FCQA 2RDWA 4HPJA 3TJLA 3TC7A 4FB7A 1DORA 2NWRA 4PH6A 2A6NA 3E0IA 4IX0A 3TDFA 2ATMA 3BPWA 1VRDA 3NA8A 3RNDA 3UWZA 4UR7A 3DFSA 1EP1A 4HKPA 1UUOA 1DJNA 2H90A 1YYAA 3SIZA 3PF3A 3ABQA 2Y7FA 2QAPA 3C61A 2H6RA 1DBTA 1ZY9A 1W8SA 4QQ3A 4HSNA 3FOKA 4N4QA 2AAMA 4G1KA 1O95A 5TBOA 3SW6A 1QPOA 3HIJA 5D05A 1T0OA 4J9JA 4LVAA 1G7VA 1TPVA 3UYCA 5KINA 4IOTA 2VENA 3DKJA 5HWMA 4GC4A 3W2MA 3M16A 3GXPA 1YTKA 4JIPA 2VFIA 5TQLA 1YPFA 3QW4B 2J9YA 1EEPA 1FWNA 3FA5A 4HNVA 4FNUA 1P0KA 3DFPA 4I7WA 4UNKA 2JKAA 1L6WA 5F4SA 3N9SA 4O15A 4UTWC 3M9YA 5L6UA 2ABAA 3CC1A 4ALDA 1EA0A 3RU6A 3NYZA 3HF3A 5AOUA 3LGEA 3EX6A 4FX8A 3ABOA 3W7RA 2Y7DA 1TJPA 4NVTA 3O07A 4OHQA 4KKXA 3N73A 3HPSA 3DFTA 1AW5A 1K8ZA 4NU7A 3LCGA 3NQAA 3G0XA 3W1PA 2P0OA 1FWTA 4MZ8A 1EP3A 3LCFA 1K7XA 1G4TA 3C2VA 3STGA 1K8XA 4NJJA 3PUEA 1CI1A 1W5OA 3TMLA 2QCFA 5E0KA 5AHFA 2TSYA 4M7SA 1RR2A 3BARA 4HSOA 3W1TA 4CQ9A 3NPVA 3T4CA 2WKJA 4JGDA 3P74A 4KWWA 2NXIA 4ZQRA 1F5ZA 3O6CA 2V8ZA 3LLFA 2A7NA 3SFKA 1W0MA 4ADTA 4DXVA 3ZS4A 1XDMA 3TXZA 1WA3A 1QWGA 3LV5A 1YPIA 3QC3A 4CCEA 1SR9A 5KZMA 3E12A 5I3HA 4Z0JA 1K7FA 4FNTA 2B4GA 5IM51 1KBIA 6TIMA 1LRTA 3I7RA 2J9XA 3LRMA 3LTYA 4WZHA 3DXIA 1GWJA 5D32A 3UPWA 3W86A 4O11A 4UMAA 3HG4A 1Z44A 1B4EA 1TPFA 3NVTA 4HNNA 3W76A 3IIPA 1GZGA 1FXPA 5C2XA 2DZVA 3GZ3A 3IVSA 2QJHA 3U8GA 3M44A 1KFBA 5EA9A 5T26A 4ZQCA 3H53A 3N2XA 1GTEA 1EWEA 1LLWA 3TNOA 2VEMA 3OEXA 2P1FA 2QCCA 4LUJA 1JJKA 1KM5A 2V2DA 4DBEA 5AN7A 3B8DA 2CLMA 3NQ8A 3NM1A 1I2OA 2YGYA 3W7MA 4K7YA 2YW3A 4E38A 5G2WA 1XBYA 2CZDA 3HGRA 3F4NA 2DZXA 3GDRA 1FX6A 4IXXA 3IV3A 1QFEA 3LHTA 1LM1A 5CGQA 2CLOA 1ML1A 3LI1A 1I4NA 3IVTA 4AH7A 2QCMA 3LBCA 3QH2A 3KVKA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1EGV A;  4QZ8 A;  1PPI A;  4NKC A;  3VIH A;  3WML A;  3RM9 A;  1E43 A;  5JMU A;  5ALW A;  1P43 A;  5FJJ A;  2W9C A;  5FEZ A;  4K4G A;  1FH7 A;  2ZA1 A;  4Q3M A;  2O7Q A;  3CL8 A;  1ZQX A;  1Z3N A;  4GKL A;  4YVV A;  4IFO A;  3T5J A;  3DEC A;  2I1Q A;  5FL1 A;  2GVL A;  4NRR A;  1AK5 A;  1A0P A;  5CRX A;  2DEP A;  1GON A;  3UJR A;  3K46 A;  5TIS U;  4LYP A;  4IS7 A;  3RG6 A;  3H55 A;  4TUF A;  2X30 A;  1IIH A;  5ENL A;  3ALG A;  2X0Y A;  4DXK A;  3GH4 A;  1XLC A;  1SIJ A;  2DUY A;  4TTG A;  2J7C A;  4GY1 A;  3M0X A;  1L2U A;  4M6P A;  4KWO A;  2JEI A;  4W7V A;  3SSZ A;  1KFJ A;  3NQ7 A;  2INZ A;  3NPX A;  2NXH A;  3NYD A;  2CNC A;  5XIN A;  3WQO A;  3T5L A;  2JEP A;  2FHF A;  1YXY A;  8ICW A;  1I2P A;  3WSU A;  1F0M A;  3VZY A;  1L2Q A;  2DT1 A;  2Q8L A;  5DCD A;  3SUS A;  3ZO9 A;  3LBM A;  2INE A;  4JEJ A;  1Z1B A;  2AKZ A;  3L4W A;  1BPD A;  4CQB A;  2HMC A;  3ARV A;  1SZR A;  2V38 A;  2XIJ A;  4I7U A;  3ZM8 A;  1O68 A;  3VUP A;  3G0U A;  3CQ0 A;  5IDZ A;  4GVG A;  4B3K A;  4B5W A;  5KFR A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
 2PRM A;  4BI7 A;  2A2I A;  1OF8 A;  3DEN A;  4N9D A;  3BW3 A;  3C6C A;  1XM3 A;  5CG7 A;  3BLE A;  1Z41 A;  4LS0 A;  2QCN A;  3KXQ A;  2DOR A;  5FEZ A;  4OT7 A;  4Z1D A;  2ZA1 A;  3LCL A;  2O7Q A;  2Y63 A;  1RQH A;  2ZRY A;  2GVL A;  3DHF A;  3K1Z A;  1AK5 A;  1A0P A;  1N7K A;  2ZTK A;  3LB0 A;  3T78 A;  4FNQ A;  5CRX A;  3NDO A;  2TPS A;  1YAD A;  4WY0 B;  1OK4 A;  1Z19 A;  5FEX A;  1WOA A;  2KEY A;  3H55 A;  2I14 A;  2X30 A;  2Y61 A;  4O13 A;  1IIH A;  1LOS A;  1EUA A;  1RQB A;  1A5C A;  3PM6 A;  3CHV A;  3QMR A;  3M6K A;  1OVD A;  4LS1 A;  3BG5 A;  2CFF A;  2ZZ3 A;  4YXG A;  1L2U A;  4M6P A;  1PV8 A;  1KFJ A;  3NQ7 A;  3NPX A;  5CZS A;  4ADU A;  4TMB A;  3IRD A;  2G09 A;  2NXH A;  3S1U A;  3FIG A;  4EF8 A;  3HPX A;  1YXY A;  4RK8 A;  3PR2 A;  1XC4 A;  2HSA A;  1F2J A;  3G3D A;  1I2P A;  3IVU A;  3OHI A;  3SZ8 A;  2W79 A;  3QW3 A;  3UWW A;  4O18 A;  2Q8L A;  2R18 A;  5DCD A;  4OV9 A;  1F6K A;  3LBM A;  4N9C A;  1Z1B A;  3G8E A;  4XZ9 A;  3TCE A;  1L6S A;  5AC7 A;  2FB2 A;  5D37 A;  4M6Q A; 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