102LA

How amino-acid insertions are allowed in an alpha-helix of t4 lysozyme
Total Genus 59
204060801001201401600102030405060
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
163
structure length
163
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
AH1 (3-11)AH5 (93-106)EMPTYS1 (14-19)TI'1 (54-57)TI1 (20-23)AH9 (137-141)S2 (25-28)AH3 (60-80)S3 (31-34)TIV3 (38-40)AH6 (108-113)AH7 (115-123)AH8 (126-134)AH10 (143-155)AH2 (41-50)AH4 (83-90)3H1 (159-161)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
publication title How amino-acid insertions are allowed in an alpha-helix of T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
total genus 59
structure length 163
sequence length 163
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1992-09-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 102lA00
122LA 1LI2A 211LA 217LA 1G1VA 1L57A 5I14A 138LA 1L64A 155LA 1L10A 1P3NA 195LA 214LA 1OYUA 215LA 3CDVA 3NYAA 4W51A 3D4SA 1C6MA 4GRVA 1L36A 1DYDA 3GUMA 1DYEA 2NTGA 3GUJA 2RBOA 2RBPA 3HH6A 1L38A 201LA 235LA 3GUPA 4I7MA 1P64A 4E97A 1PQIA 4DAJA 183LA 159LA 1C63A 2B6YA 223LA 1L04A 1LPYA 236LA 1L17A 3OE9A 4I7OA 254LA 260LA 1KW5A 2RAYX 4W58A 2B6ZA 3CDTA 1P56A 1L54A 1QSBA 1L49A 1L35A 2B6WA 131LA 150LA 1L47A 4DJHA 1L41A 1L30A 2IGCA 1L76A 1L09A 1JTNA 185LA 1CU5A 210LA 1T8FA 2RB1X 1JQUA 2B75A 163LA 1CU2A 1C67A 1CV6A 3DN1A 3OE0A 4EKPA 1KY0A 1QT7A 2CUUA 1P2RA 3HT9A 1L21A 3DMZA 1P6YA 4OO9A 1LYJA 190LA 177LA 1G07A 1C62A 1L89A 2B72A 1P36A 262LA 216LA 1CTWA 4I7RA 1QT8A 2RB0X 1L12A 1KW7A 3C81A 111LA 3OE6A 1QT6A 1C6JA 1LYIA 1L34A 3C82A 1P37A 3GUOA 1QTVA 1LGWA 1LGUA 1L07A 2OTYX 3PBLA 219LA 1L56A 1QUGA 1L39A 4ARQB 144LA 1L48A 1L67A 118LA 3K2RA 157LA 2OU9A 2Q9EA 119LA 1KNIA 1L0KA 1OV5A 1D2WA 5LZMA 1L65A 4EKQA 2RB2X 1C69A 1T8GA 1L90A 238LA 1L05A 3HDFA 4DKLA 1PQKA 4K5YA 261LA 126LA 174LA 1LGXA 3OE8A 1I6SA 3HH4A 1C66A 3GUIA 3SB8A 1G0GA 1OWZA 1L60A 1L87A 189LA 2OE4X 1T8AA 221LA 149LA 205LA 2RBSA 244LA 4GBRB 1L94A 1QTBA 1KS3A 213LA 1L20A 1L42A 142LA 2B74A 2B70A 1CX7A 1L43A 3G3VA 4ARMA 1G0MA 3SB6A 2B6TA 1C6KA 1L83A 1PQOA 1L22A 3DN3A 1LYGA 1OV7A 4ARPA 2RBRA 3HH5A 212LA 3SBBC 198LA 1C64A 1WTHA 161LA 2NTHA 2ANVA 3DMVA 2LZMA 4EKSA 148LE 4LDEA 1CUQA 1L40A 129LA 1PQDA 1L00A 108LA 253LA 3HUAA 110LA 102LA 3HT8A 3GULA 3NY8A 220LA 1CVKA 1QTZA 3RUNA 1ZURA 3DN0A 3RZEA 1L99A 1C68A 164LA 1L85A 1CU6A 3HT6A 1D9WA 152LA 1G0JA 1L93A 1L74A 3DN4A 1CV5A 127LA 1C61A 2ANXA 3LZMA 2OEAX 1L58A 1C6DA 1G0LA 2RBQA 4ARJA 2OU8A 109LA 4ARQA 225LA 3C7ZA 197LA 4LZMA 2F47A 206LA 184LA 188LA 1L86A 2F32A 147LA 2O79A 1L37A 1C6TA 1XJUA 199LA 250LA 139LA 166LA 3HUQA 1L66A 1C6CA 1JTMA 227LA 125LA 1C6HA 1L51A 231LA 1QTDA 228LA 3C8RA 104LA 1L75A 1L25A 7LZMA 1QT3A 3FI5A 247LA 1SWZA 1XEPA 3FA0A 4I7KA 1L19A 1L16A 1L88A 1L77A 4PJZA 1L70A 237LA 1L62A 3V2YA 4W52A 115LA 1L03A 1T97A 224LA 2LCBA 251LA 1L63A 3DN8A 1L68A 1PQJA 1L81A 1L95A 3SBAA 4I7QA 171LA 240LA 4EPIA 2HUMA 1QTHA 1LLHA 256LA 123LA 3SB9A 196LA 241LA 1LYDA 4LDLA 1DYCA 1L11A 120LA 1LI6A 1P46A 2OE9X 1CX6A 258LA 1G0QA 246LA 1LW9A 4W53A 1C6EA 3F9LA 1LWKA 4EPFA 1L14A 1OVKA 3NY9A 1B6IA 160LA 1OVHA 3C8SA 3HTBA 182LA 1LYHA 3CDRA 162LA 4W55A 4EKRA 248LA 1L02A 156LA 1P7SA 3SB7A 4YXCA 1L08A 239LA 1L92A 1CUPA 1L80A 2RBNA 1PQMA 2O7AA 3ODUA 1L45A 4AQNA 3C8QA 137LA 1LYEA 1CV0A 232LA 1C6IA 1L50A 3HT7A 1L91A 1L73A 1CU3A 1L97A 1D2YA 1SSWA 1L71A 255LA 113LA 1QT5A 1K28A 170LA 1C6BA 1L44A 1L27A 2OE7X 3F8VA 1OVJA 3DKEX 2O4WA 3CDQA 1QUHA 1OWYA 242LA 4I7SA 243LA 1L01A 1C6PA 3C7WA 2A4TA 3HTGA 140LA 1XJTA 4PK0A 233LA 1C6LA 180LA 1L23A 3VW7A 114LA 1DYFA 1L15A 245LA 4W56A 1L33A 130LA 1QTCA 2HULA 1L0JA 1C6FA 1L24A 1L31A 1G06A 1TLAA 4YX7C 1D3NA 2OU0X 4ZPUA 1L53A 176LA 4I7TA 3UONA 4YXAC 128LA 186LA 252LA 2L78A 3HWLA 1C6QA 2QB0B 4IAPA 1L79A 1D3FA 4EXMA 1L18A 1QS9A 234LA 4I7NA 1QT4A 3GUKA 4ARMB 1CV4A 3L64A 1QUDA 191LA 1QUOA 1T6HA 230LA 3DMXA 2B6XA 3CDOA 103LA 222LA 145LA 4W54A 4ARLA 175LA 3HU9A 2OTZX 1P5CA 1L61A 3G3XA 1L13A 3HDEA 3QAKA 1L98A 1CV3A 1L82A 3C80A 167LA 3EMLA 3DN6A 249LA 1LWGA 169LA 1L28A 1L52A 1G0PA 168LA 1L84A 2F2QA 3FADA 1ZYTA 2HUKA 1NHBA 165LA 1L72A 226LA 2B7XA 4LDOA 1EPYA 4I7JA 172LA 3JR6A 6LZMA 141LA 3HUKA 1G0KA 1KY1A 3HH3A 259LA 1L29A 229LA 3DNAA 146LA 1DYBA 2Z6BA 3C83A 1L59A 1LI3A 1SX2A 1C6AA 257LA 2Q9DA 1L26A 1SSYA 3SN6R 3HU8A 192LA 3C7YA 1QS5A 1L06A 1L69A 4I7PA 209LA 1ZWNA 1L96A 1CV1A 1P2LA 3HTDA 1L32A 1L55A 3GUNA 1D3MA 2RAZX 3G3WA 2RH1A 1C60A 112LA 173LA 187LA 1SWYA 2LC9A 1G1WA 1C6NA 3HTFA 158LA 2QARC 218LA 151LA 1LYFA 1DYGA 107LA 1CU0A 1C6GA 3V2WA 1C65A 4EJ4A 1D3JA 1QSQA 4S0WA 3PDSA 181LA 143LA 4W57A 4W59A 2B73A 3DN2A 3L2XA 178LA 1L46A 1DYAA 3SB5A 4I7LA 200LA 1SX7A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4ETCA 3AZ5A 4J1BA 3IJVA 195LA 1OUHA 1OYUA 3CDVA 4W51A 1C6MA 4GRVA 1DYDA 3N9EA 1DYEA 1GFAA 2RBOA 3HH6A 235LA 3BKHA 4NWEA 5LXWA 4NEBA 3G3BB 4DAJA 193LA 2D4IA 1LPYA 4YOPA 236LA 260LA 3P66A 4W58A 1GF8A 1YROA 1P56A 1NKHA 1IP1A 1QSBA 1TAYA 1L49A 5I54A 131LA 2Z12A 1LHLA 4DJHA 2DQIY 1GFGA 1L41A 1LZ5A 2IGCA 4L41A 1D6PA 1L76A 2Y8PA 5HLLA 1L09A 1IWWA 208LA 2DQFC 4UWVA 1GE4A 2EKSC 2RB1X 2B75A 1B5WA 3DN1A 4EKPA 1P2RA 1WVVA 3WVXA 1LYJA 3WL2A 4NSHA 4WL6A 1G07A 1L89A 1D9UA 262LA 3M3UA 3AZ4A 216LA 2HECA 2ZQ4A 1IY3A 4NHSA 4E3UA 3GUOA 1QTVA 1LGWA 1QUGA 1DI5A 1UBZA 1LSPA 1OUBA 1CJ8A 5LZMA 2RB2X 1KXWA 4DKLA 1PQKA 1HEWA 174LA 3HH4A 1LZYA 4LYTA 1OWZA 1L60A 4H9AA 205LA 6LYTA 1L94A 5A3EA 4QGZA 1JSEA 1GPQC 3K3TA 3ZVQA 4ARMA 2Z18A 1G0MA 3SB6A 1C6KA 4I8SA 1C46A 5LVJA 4H1PA 4WG7A 198LA 1IORA 1O23A 1WTHA 2BQKA 1B5YA 5FHWA 3DMVA 1JIYA 3WPLA 4EKSA 4HSFA 3TXDA 1CKCA 3AJNA 1CUQA 3WXUA 2DBTA 102LA 1LSDA 4PHIA 3RU5A 3RZEA 1NMMA 1LZ6A 5ILFA 3EXDA 1LHHA 1G0JA 1GAZA 4LFXA 4NGYA 5LVKA 4YM8A 4YENA 4OWCA 1L58A 1C6DA 5IDDA 4DD1A 4ARJA 3WU9A 4ET8A 3T36A 5C6LA 1QSAA 1LYZA 2CGIA 1C10A 1HELA 1LYSA 1IR7A 1OUJA 2F32A 1VAUA 4BADA 199LA 1CKGA 1LSCA 1LZDA 5KXNA 2DQAA 1L66A 1JTMA 5KXPA 1LMPA 1KIPC 125LA 1C6HA 3C8RA 1BHZA 1DXJA 3FI5A 1ZVYB 2XQOA 5KXSA 1XEPA 4PJZA 1L70A 4LYZA 1LPIA 1VDTA 3WVYA 4NGKA 115LA 5J7CA 5C6IA 2LCBA 5LA5A 1JKCA 4NGVA 5I4XA 4XYYA 4P2EA 3HBDA 4H91A 3RT5X 171LA 1WTNA 1YAOA 3A3QA 1LMNA 256LA 4ANRA 5LVHA 4I0CA 3WUMA 1DYCA 1L11A 1GE2A 1HC0A 1G0QA 4HJYA 4LZTA 1B5UA 1C6EA 3FE0A 2CDSA 134LA 4XJIA 1B6IA 1LYHA 248LA 156LA 4YXCA 1HEMA 239LA 5D5CA 1L80A 1PQMA 4AQNA 1LJKA 1FLYA 137LA 3A3RX 232LA 1LMCA 5EBHA 1L73A 1L97A 2W1LA 1SSWA 1L71A 1QT5A 1GDWA 2BQNA 1OUIA 1C6BA 1UCOA 2OE7X 4W96A 1OVJA 3DKEX 2O4WA 3RW8A 1QUHA 1B7MA 242LA 1LJ4A 1H87A 1G7LC 2IFFY 3C7WA 2A4TA 5KXWA 3B72A 233LA 3AGGG 114LA 4ZFPA 3W6FA 5KXOA 3TXJA 2MEIA 1W08A 1L33A 1QTCA 1L24A 2YBMA 1W6ZA 1F10A 1LJJA 1DI3A 2Z2FA 4HV2A 4I7TA 3HWLA 2L78A 4NSIA 4TWSA 7LYZA 1JKDA 1L18A 4B4JA 234LA 4I7NA 4G4HA 1CV4A 2ZIKA 191LA 1UC0A 3W3EA 103LA 1GF4A 222LA 5KXTA 1LJ3A 3EMSA 1ZVHL 1L98A 5A3ZA 1XGUC 1L82A 3VWOA 1QDRA 2X0AA 1HSXA 1G0PA 1L84A 4PGJB 3TXKA 3FADA 1ZYTA 3KAMA 2W1XA 5APCA 3MGWA 1JITA 2A7FA 4DT3A 1P2CC 226LA 2B7XA 3AZ7A 5IHGA 4LDOA 1YL1X 4NHQA 4I7JA 5LAGA 4AXTA 4HV1A 1G0KA 1GB5A 2BQEA 229LA 146LA 1B7LA 4CGEA 2YSSC 4DD7A 5C6JA 3D3DA 3C83A 3WYHA 257LA 3F6ZA 4CHXA 5L3HA 4Z98A 209LA 1P2LA 3A92A 1FDLY 3GUNA 2C8OA 2HUBA 1GXXA 1C60A 187LA 1G1WA 1C6NA 3TMUA 151LA 1DYGA 1LYFA 107LA 4II8A 1V7SA 4EJ4A 3TMXA 3AGHA 3WW6A 3DN2A 3L2XA 178LA 1L46A 122LA 2DQJY 1GAYA 211LA 217LA 4G9SA 1G1VA 4NHPA 2XBRA 138LA 155LA 1L10A 1IP4A 2BQCA 2F30A 4M4OA 3NYAA 1LJNA 4MSTA 1L36A 4GCCA 2MEBA 4DD9A 1B7NA 2PC2A 3GUPA 1IWXA 5B07A 2B6YA 1LHMA 2YBIA 1LSZA 1L17A 3OE9A 1OUEA 254LA 4LT0A 4WM4A 1BB4A 5FELA 2B6ZA 4ETBA 1IOSA 1QTEA 3CDTA 1L54A 1HF4A 1L35A 2B6WA 1L30A 1DKJA 2HU1A 5HMJA 2ZNWY 4N5RA 1BQLY 1AZFA 210LA 4AGAA 1GFKA 1JTOL 1T8FA 1PZYA 4LYOA 4FDYA 1CV6A 4RLNA 1L21A 2XBSA 2MEGA 1GF3A 3TMWA 2B72A 1P36A 154LA 4I7RA 4BAPA 2RB0X 2ZQ3A 2MEEA 2BQAA 1KIRC 1FKQA 1C6JA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4ETC A;  3AZ5 A;  4J1B A;  3IJV A;  195L A;  1OUH A;  1OYU A;  3CDV A;  4W51 A;  1C6M A;  4GRV A;  1DYD A;  3N9E A;  1DYE A;  1GFA A;  2RBO A;  3HH6 A;  235L A;  3BKH A;  4NWE A;  5LXW A;  4NEB A;  3G3B B;  4DAJ A;  193L A;  2D4I A;  1LPY A;  4YOP A;  236L A;  260L A;  3P66 A;  4W58 A;  1GF8 A;  1YRO A;  1P56 A;  1NKH A;  1IP1 A;  1QSB A;  1TAY A;  1L49 A;  5I54 A;  131L A;  2Z12 A;  1LHL A;  4DJH A;  2DQI Y;  1GFG A;  1L41 A;  1LZ5 A;  2IGC A;  4L41 A;  1D6P A;  1L76 A;  2Y8P A;  5HLL A;  1L09 A;  1IWW A;  208L A;  2DQF C;  4UWV A;  1GE4 A;  2EKS C;  2RB1 X;  2B75 A;  1B5W A;  3DN1 A;  4EKP A;  1P2R A;  1WVV A;  3WVX A;  1LYJ A;  3WL2 A;  4NSH A;  4WL6 A;  1G07 A;  1L89 A;  1D9U A;  262L A;  3M3U A;  3AZ4 A;  216L A;  2HEC A;  2ZQ4 A;  1IY3 A;  4NHS A;  4E3U A;  3GUO A;  1QTV A;  1LGW A;  1QUG A;  1DI5 A;  1UBZ A;  1LSP A;  1OUB A;  1CJ8 A;  5LZM A;  2RB2 X;  1KXW A;  4DKL A;  1PQK A;  1HEW A;  174L A;  3HH4 A;  1LZY A;  4LYT A;  1OWZ A;  1L60 A;  4H9A A;  205L A;  6LYT A;  1L94 A;  5A3E A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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