3FI5A

Crystal structure of t4 lysozyme mutant r96w
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRWCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
publication title Contributions of all 20 amino acids at site 96 to the stability and structure of T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 164
sequence length 164
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2008-12-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3fi5A00
3DN8A 1L05A 1L90A 3RZEA 145LA 3DMVA 1L91A 156LA 2LC9A 1QT4A 4I7QA 1L02A 1C6NA 142LA 119LA 1XEPA 4IAPA 185LA 1CV0A 1L11A 259LA 3HUQA 2LCBA 4PJZA 4I7RA 1LI3A 1ZYTA 3V2YA 1C6DA 235LA 138LA 1WTHA 1CV6A 1L53A 2B72A 201LA 3EMLA 146LA 261LA 1T97A 2B75A 3GUMA 112LA 126LA 1JQUA 1L49A 1L04A 1L59A 3L64A 2B6XA 217LA 4W59A 236LA 1C6PA 1QUHA 1I6SA 4I7TA 4W54A 4S0WA 4ARQB 2OU8A 258LA 4W57A 240LA 6LZMA 1LYHA 1QUDA 3CDOA 2RB1X 155LA 1OV5A 257LA 1CTWA 1QSBA 141LA 1CV3A 3C7ZA 3DN0A 187LA 1QTZA 1C66A 3DN6A 2RAZX 2NTGA 219LA 1L0JA 1PQKA 113LA 3OE9A 1L28A 1L14A 178LA 1D3JA 1L33A 3OE6A 3HDFA 188LA 176LA 1L20A 1D3NA 1L86A 4ARLA 239LA 1L57A 252LA 157LA 1L84A 3VW7A 4LDOA 1L83A 1L37A 1L39A 3OE0A 1CUQA 231LA 256LA 2B6ZA 1JTNA 1L18A 1QT5A 3SB5A 1C6LA 1L07A 107LA 2Q9EA 1C63A 128LA 1LW9A 4EKSA 139LA 1LWKA 3HTBA 4GRVA 1G0QA 1P64A 2OU9A 2OE7X 1DYEA 3FI5A 3GUJA 165LA 1JTMA 2RBSA 3L2XA 3GUPA 1LGWA 205LA 234LA 2O7AA 1L25A 4E97A 192LA 1L27A 4W55A 4EJ4A 166LA 1L29A 4ARQA 3C81A 1DYGA 3CDTA 3SB8A 1T8GA 2RB2X 3HH6A 118LA 253LA 2L78A 115LA 2OEAX 1L42A 2RAYX 129LA 3DN3A 1L69A 174LA 1KNIA 1LYFA 220LA 108LA 1L10A 226LA 3V2WA 1C6KA 3C83A 137LA 5I14A 3HH5A 3DN2A 4LDEA 1L08A 1G0PA 2HULA 1L17A 1EPYA 2OTYX 1KS3A 1L01A 198LA 1C64A 3DKEX 2O4WA 1PQJA 212LA 1QUGA 182LA 1SX2A 1C6CA 4I7NA 130LA 1NHBA 171LA 3CDQA 1L87A 1T8AA 1L65A 1P2RA 4I7LA 250LA 1LYGA 148LE 3OE8A 3PDSA 2F2QA 3DMZA 1C60A 1L16A 1QUOA 4YXAC 1C6HA 221LA 3GUIA 1L88A 1L73A 199LA 249LA 2F47A 147LA 1CU0A 1L52A 1C69A 1CX7A 1K28A 2NTHA 3JR6A 3C82A 3CDVA 3RUNA 1D3FA 1P6YA 1CU5A 1L40A 1C6IA 1L67A 4ZPUA 1C6AA 4LDLA 1L13A 159LA 1P46A 1L75A 3ODUA 1C67A 2RH1A 1C61A 1XJUA 1L22A 1L56A 4EPFA 3CDRA 3DN4A 4W51A 161LA 1LI2A 3SN6R 3C7YA 1L34A 111LA 247LA 1L12A 3C80A 1D9WA 3HWLA 1L46A 4W52A 1OWZA 120LA 1CX6A 1OVJA 206LA 1L60A 3HUKA 4ARPA 1P37A 1TLAA 2HUKA 114LA 223LA 1LYDA 1C6BA 175LA 150LA 1QTDA 3HT8A 191LA 4GBRB 251LA 2B7XA 243LA 3G3WA 190LA 4EXMA 1G0MA 246LA 2OE4X 3F8VA 1LGXA 1OWYA 2RBPA 125LA 4DAJA 2B6WA 3SBAA 3SBBC 1PQIA 2B6YA 4I7SA 230LA 1QTCA 1L80A 1LYEA 1OV7A 1G0GA 1QT7A 1LLHA 227LA 1C6EA 242LA 1G0LA 158LA 1D2WA 3SB6A 1L97A 3PBLA 1LYIA 1OYUA 1CV1A 1KW5A 5LZMA 149LA 1C6TA 3HU9A 4EKPA 4ARJA 210LA 1P5CA 1P3NA 1L45A 3GUNA 3HDEA 1L35A 4I7JA 1L81A 103LA 2LZMA 4W53A 1L61A 4AQNA 4EKQA 1LPYA 1L82A 3C7WA 3DMXA 3SB7A 3NYAA 3HT6A 3DNAA 3HU8A 248LA 3G3XA 1L92A 104LA 1L30A 140LA 2B74A 1L93A 3C8SA 195LA 127LA 180LA 1CU2A 1DYBA 1PQMA 1L66A 110LA 1P56A 1KY1A 186LA 173LA 1XJTA 4I7KA 1OVHA 1QT8A 2IGCA 3HT9A 7LZMA 2ANXA 229LA 1L64A 1SSWA 1C6GA 1G06A 3K2RA 1G1WA 4EPIA 3NY9A 1L62A 262LA 189LA 4I7PA 1P2LA 1L85A 1QT3A 2HUMA 1T8FA 1L38A 3GUOA 1C65A 1L98A 232LA 1L23A 162LA 1L06A 1QSQA 1L41A 2RB0X 1SWZA 1D2YA 143LA 1CV5A 222LA 3C8RA 1T6HA 1B6IA 1QTVA 160LA 218LA 216LA 4LZMA 1L68A 1L77A 1L79A 197LA 1G1VA 1L24A 4W58A 1PQOA 228LA 1LI6A 2F32A 3C8QA 1DYDA 102LA 3HTFA 1DYFA 4I7MA 4PK0A 2ANVA 1L54A 4DJHA 163LA 4YX7C 1KW7A 3HT7A 4EKRA 1L43A 183LA 109LA 3GUKA 211LA 1L95A 1C6QA 152LA 1L74A 3GULA 1C6JA 3NY8A 3QAKA 1L21A 245LA 3FADA 1P7SA 1G07A 3FA0A 3LZMA 1L89A 200LA 1ZURA 1QTBA 214LA 3HTDA 196LA 1QT6A 255LA 1L48A 1C6FA 3HH3A 4ARMB 1DYAA 1PQDA 1C6MA 1DYCA 241LA 2B70A 1L99A 1QTHA 1ZWNA 1L51A 1L0KA 1L00A 2RBNA 181LA 1G0KA 123LA 184LA 3F9LA 2RBOA 224LA 1CU6A 151LA 1LGUA 1L50A 167LA 2B6TA 1QS5A 1D3MA 2O79A 2OTZX 170LA 2Q9DA 4OO9A 1L44A 1CU3A 169LA 3SB9A 225LA 1L58A 2OU0X 1L26A 1L70A 244LA 164LA 209LA 3G3VA 1OVKA 1QS9A 215LA 168LA 3UONA 4K5YA 2OE9X 2B73A 2QB0B 3HH4A 2Z6BA 1LYJA 1L55A 1C62A 1SWYA 1G0JA 1L71A 2RBQA 4YXCA 4I7OA 1P36A 233LA 1L63A 254LA 1L19A 1L94A 260LA 2RBRA 177LA 1L72A 1L32A 3DN1A 2A4TA 144LA 237LA 238LA 1C68A 3D4SA 4W56A 1L15A 1L09A 1KY0A 4DKLA 172LA 122LA 1LWGA 1L96A 1SSYA 213LA 2QARC 1L31A 1L76A 1SX7A 1CV4A 1L47A 1CVKA 131LA 1L03A 1L36A 1CUPA 4ARMA 2CUUA 3HTGA 3HUAA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4TWSA 1L05A 5ILCA 3P65A 4H8XA 1GF4A 1CKDA 1I20A 4I7QA 4BAPA 1LJJA 142LA 4NGKA 4GCEA 3WUMA 259LA 1CJ7A 2LCBA 4ETCA 1BWJA 138LA 1JIYA 1L53A 261LA 4BAFA 4WG7A 5LA5A 1LSMA 4W59A 1DXJA 1LOZA 2ZNWY 4ARQB 4G4BA 194LA 3LYZA 6LZMA 1LYHA 4LT3A 155LA 1LSGA 1CTWA 1IOTA 1QSBA 3C7ZA 2BQBA 1LYYA 1LPIA 4WO6A 2RAZX 4H9CA 4B4JA 5KXWA 1L14A 1D3JA 1ZV5L 3B6LA 1L20A 3N9CA 1LYOA 4FJRA 5KXNA 4MSTA 1GE1A 3HBDA 252LA 157LA 1PZYA 2Z19A 1NF5A 1L39A 3TXJA 231LA 5L3HA 1JJ3A 3SB5A 107LA 1LJNA 4GRVA 1VDQA 2DKVA 4C3WA 165LA 1JTMA 3G3BB 1L25A 1L29A 4LGKA 4LYOA 4ARQA 1DYGA 3AZ7A 5KXZA 1GF8A 1JHLA 3A6BY 4HP0A 2LZTA 1L42A 4M6DA 2BQOA 2CWIA 4DD0A 4H94A 1QSAA 4DWXA 1KNIA 2HECA 220LA 2BQNA 1L10A 226LA 1LMTA 2BLXA 3A6CY 2W1MA 2ZQ3A 4YOPA 3DN2A 1L08A 1IWUA 1G0PA 4NHSA 1EPYA 1KS3A 2O4WA 212LA 1QUGA 1UIBA 3WPLA 4I7NA 1B7OA 4DD1A 130LA 1NHBA 4WM3A 2Z18A 2DQDY 3RU5A 250LA 1IY4A 1GFGA 3DMZA 4KXIA 4YXAC 4NGOA 3GUIA 2EQLA 2YDGA 1GB2A 1K28A 3JR6A 1P6YA 3FE0A 5JENB 4GN5C 2CGIA 3TMXA 5KXRA 4M4OA 1L13A 5B06A 1L75A 1C61A 1L56A 4NHQA 4XJDA 1UC0A 5HNCA 3A96A 3HWLA 4N0JA 120LA 1CX6A 1KXWA 3LYMA 4U3XB 1GBYA 4ARPA 1P37A 4N5RA 4XN6A 3K3TA 114LA 223LA 3BKVA 1QTDA 3ULRA 1LYSA 243LA 3G3WA 1G0MA 246LA 1CJ8A 4X3BA 4H8ZA 4DAJA 5LVKA 5LYMA 2B6WA 1JKBA 2ZWBA 4BADA 1LZ5A 3B0KA 1GXXA 1GF7A 1G7JC 1WTNA 1OV7A 3LZ2A 1HMKA 158LA 1D2WA 3SB6A 1L97A 1KW5A 2YBMA 2G4PA 4XJGA 4WMGA 1RFPA 4IJ4A 4AQNA 1L82A 1O23A 4IATA 1C10A 5FCPA 1XSFA 3G3XA 4CFPA 5LINA 1IWXA 1GAZA 1HFZA 1JKAA 5KXKA 195LA 1CJ9A 2F4GA 186LA 4Z46A 5D5FA 1OUFA 3HFMY 3HT9A 2ANXA 2I6ZA 1SSWA 7LYZA 1G06A 2DQCY 3OK0A 4N1EI 1L62A 5DL9A 1P2LA 3WUAA 5C6IA 1QT3A 1C65A 3AW7A 4WM4A 5KXYA 4OOOA 3AGIA 1L23A 3A3QA 1LZGA 4H9EA 5KXMA 2RB0X 1L41A 1WQPA 1D2YA 2YSSC 1GFUA 1VFBC 1XGQC 4KPMA 4NWHA 3C8RA 1I56A 4DT3A 2DQHY 1KXXA 1QTVA 4WOAA 2G4NA 216LA 1L77A 197LA 4PPOA 3C8QA 3QE8A 3HBEX 4QY9A 3HTFA 1FKVA 2ZIKA 1D6PA 4DJHA 3HT7A 2HU3A 1LHIA 1ZMYL 1GF0A 1NKHA 1C6QA 2EKSC 5J7CA 3NY8A 3WW6A 3A8ZA 3FADA 4WL6A 1G07A 1L89A 1D0KA 3J4GA 3T36A 1QTBA 2ZNXY 3P4ZA 3TXIA 196LA 1QTEA 1JTTL 1LJ3A 3P68A 1REMA 4TUNA 1RE2A 1GXV2 3LHMA 4CJ2A 1PQDA 1JWRA 2B70A 1L99A 1YAOA 1ZWNA 1LJIA 2RBNA 3WVYA 1G0KA 123LA 184LA 1IOQA 4HJVA 1LGUA 1LMNA 2MEGA 1IY3A 2O79A 2OTZX 1UACY 2Q9DA 1D0MA 5B05A 1WTMA 1P2CC 2YBJA 3HBHA 1IWVA 3SB9A 1L58A 6LYZA 1IR9A 244LA 5LVGA 1SQ2L 3AW6A 153LA 168LA 3UONA 3ZVQB 4AGAA 2FYDA 3HH4A 4DQ5A 4RLMA 2Z6BA 1L55A 1GBXA 1H87A 254LA 1L19A 1L94A 260LA 2MECA 4ET9A 5L9JA 4WLTA 4O34A 2BQIA 2A4TA 2BQDA 4W56A 4KT3A 4W94A 1UIEA 3WULA 4YENA 2BQHA 1GDXA 1VATA 4RLNA 1CKGA 1L76A 1WQMA 1LAAA 4WLDA 1L03A 3HTGA 3GXKA 4OWCA 1IWZA 145LA 1WQRA 1LKSA 1GB8A 1D9UA 4G4CA 4NGLA 1L02A 3KAMA 119LA 1XEPA 2LZ2A 1F6RA 185LA 5I5QA 1CV0A 3HUQA 3OJPA 4TSCA 1C6DA 3B0OA 1HSXA 5ILFA 4RW2A 1JSFA 1AM7A 3AYQA 3CB7A 3TXHA 112LA 3A90A 1C08C 1JQUA 1L49A 3LYOA 1OUEA 1LZBA 3ZVQA 1L04A 3L64A 217LA 1VDSA 2IHLA 3BKHA 1LMCA 1YROA 1BHZA 4W54A 1HEWA 4S0WA 4W57A 1TEWA 257LA 5KXTA 3D9AC 1G7IC 1GF3A 1HFXA 4GLAA 1C66A 1GBWA 5APEA 3WU7A 5KXLA 2NTGA 219LA 1B5UA 1GB0A 2XBSA 2ZILA 1DQJC 1L33A 188LA 3TXEA 1D3NA 1L86A 1JEFA 4ARLA 3M3UA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4TWS A;  1L05 A;  5ILC A;  3P65 A;  4H8X A;  1GF4 A;  1CKD A;  1I20 A;  4I7Q A;  4BAP A;  1LJJ A;  142L A;  4NGK A;  4GCE A;  3WUM A;  259L A;  1CJ7 A;  2LCB A;  4ETC A;  1BWJ A;  138L A;  1JIY A;  1L53 A;  261L A;  4BAF A;  4WG7 A;  5LA5 A;  1LSM A;  4W59 A;  1DXJ A;  1LOZ A;  2ZNW Y;  4ARQ B;  4G4B A;  194L A;  3LYZ A;  6LZM A;  1LYH A;  4LT3 A;  155L A;  1LSG A;  1CTW A;  1IOT A;  1QSB A;  3C7Z A;  2BQB A;  1LYY A;  1LPI A;  4WO6 A;  2RAZ X;  4H9C A;  4B4J A;  5KXW A;  1L14 A;  1D3J A;  1ZV5 L;  3B6L A;  1L20 A;  3N9C A;  1LYO A;  4FJR A;  5KXN A;  4MST A;  1GE1 A;  3HBD A;  252L A;  157L A;  1PZY A;  2Z19 A;  1NF5 A;  1L39 A;  3TXJ A;  231L A;  5L3H A;  1JJ3 A;  3SB5 A;  107L A;  1LJN A;  4GRV A;  1VDQ A;  2DKV A;  4C3W A;  165L A;  1JTM A;  3G3B B;  1L25 A;  1L29 A;  4LGK A;  4LYO A;  4ARQ A;  1DYG A;  3AZ7 A;  5KXZ A;  1GF8 A;  1JHL A;  3A6B Y;  4HP0 A;  2LZT A;  1L42 A;  4M6D A;  2BQO A;  2CWI A;  4DD0 A;  4H94 A;  1QSA A;  4DWX A;  1KNI A;  2HEC A;  220L A;  2BQN A;  1L10 A;  226L A; 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