4X3BA

A micro-patterned silicon chip as sample holder for macromolecular crystallography experiments with minimal background scattering
Total Genus 42
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
42
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
publication title A micro-patterned silicon chip as sample holder for macromolecular crystallography experiments with minimal background scattering.
pubmed doi rcsb
total genus 42
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2014-11-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4x3bA00
4OW1A 1D0MA 1GFVA 2CJLA 2LYMA 4G4HA 5D5FA 3A6CY 135LA 1BVXA 5II3A 4WM2A 3CT5A 1D0KA 2LHMA 1HEPA 4X3BA 2WARA 1QTEA 1IP4A 3A93A 5APDA 2D4KA 1NDGC 2BAAA 3TXJA 1LYOA 2IHLA 4CFPA 3P65A 1QTKA 4H90A 2D4IA 4WLDA 2Z38A 1B2KA 1TCYA 2H9JA 2MEHA 4ZFPA 2F2NA 4WLYA 3AZ5A 2BQDA 1E8LA 2HU1A 5FEKA 3T6UA 4DD3A 1LHJA 4LGKA 4J1BA 4NGJA 1LMOA 1GPQC 4U3XB 1IWTA 4WLXA 1LZGA 1IY4A 1XEIA 4XJFA 5F9XA 1B7RA 3A6BY 1B7LA 2DKVA 3AJNA 2DQFC 5FDJA 2RSCA 4N1CC 1FLWA 1LJHA 1SQ2L 1LAAA 2BQCA 2Y8PA 4MCKA 1W08A 4UWVA 1VATA 2HEDA 3N9EA 1LZBA 1UICA 1P2CC 1LYSA 2EPEA 1LJ3A 1LZ6A 3N9CA 1RFPA 1HEMA 5B07A 3IWRA 3TXDA 1JTTL 1LKRA 4J7VA 4NEBA 1IP2A 1UIEA 1XGQC 1IORA 1ALCA 4Z46A 1RI8B 4RLNA 2F4AA 4H8XA 1JISA 4PHIA 5DN5A 4CFOA 3EXDA 1J1XY 1BWJA 1XEKA 3WU7A 4BAPA 3LYZA 4OWHA 3OK0A 1BWIA 1HFYA 4GN4A 2BPUA 4TX7A 3G3BB 3W6CA 4LFPA 2BQJA 1LHMA 2YDGA 3AZ7A 1IP6A 4KL7A 1GBSA 5DM9A 3WPJA 3J6KA 3AW7A 4LYZA 4NSJA 1OUDA 1IWUA 5LVJA 4EMNA 1CKGA 1GB2A 3A34A 1J1OY 1EL1A 1GF9A 2BQKA 2IFFY 1C43A 1LMCA 1IY3A 1FBIX 4XENA 4I8SA 2G4NA 5LVKA 4ML7A 1HELA 4GCCA 4LYTA 2LYOA 1GB6A 2HU3A 4LT1A 4B4JA 1UBZA 1B7PA 4H1PA 3KAMA 3SP3A 1VEDA 2XJWA 5KJ9A 1DI4A 3GXRA 2DQHY 1UIDA 1IVMA 4NGKA 4CJ2A 1SLYA 1OP9B 2Z37A 3AYQA 3A90A 1GFAA 2MEGA 1LHIA 1TBYA 4UWNA 1LOZA 4ETDA 4OWEA 1LZNA 1REMA 4R0FA 4ETAA 3A67Y 2EIZC 1BGIA 4QEQA 1XGTC 4B1AA 1OUHA 1LJIA 1JTOL 2YSSC 2Z2FA 2LZ2A 4IATA 4TUNA 3FI7A 4N5RA 2ZQ3A 2W1YA 4LYCA 4PRQA 1BWHA 1KIQC 5KXZA 1CNSA 4OOOA 4NGZA 208LA 3B0IA 3TXGA 3CQLA 1H87A 2F4GA 2F30A 3WUNA 2I6ZA 1GE1A 2B5ZA 4H92A 1C46A 4B49A 2FBBA 1FN5A 4PJ2C 2CDSA 3WYHA 2BQEA 4KXIA 4DWXA 5B05A 7LYZA 9LYZA 4WM3A 1GB8A 5KXMA 1LMTA 1YKXX 1BHZA 1HEOA 2FYDA 1KIPC 3HBHA 4YOPA 5FELA 3A94A 1WQPA 2N5ZA 5KXOA 3M3UA 1QDTA 1FKQA 1GDWA 4WG7A 4NWEA 3LYTA 5C6IA 133LA 5T3FA 2MEFA 3WW5A 1B5ZA 1JKAA 2EQLA 3ZEKA 5LINA 1LZSA 1LCNA 1LPIA 4I0CA 4XJIA 4NSHA 1WVUA 4EOFA 2MEEA 193LA 1G7JC 2HEFA 1IP3A 1ZV5L 4HJVA 1IP1A 1B5WA 4G4CA 1B7MA 1NBYC 5FCPA 1LMQA 2YBJA 1MLCE 2HEBA 1HERA 2W1MA 1BVKC 1YL0X 2ZNXY 3CSQA 1BB7A 4HV1A 5KXNA 5LA8A 4A7DA 4LT2A 4PRUA 3WU8A 3B72A 5DLAA 3WU9A 4H9BA 4B4EA 5IELA 2Z2EA 2EKSC 4YM8A 3G3AB 1BB6A 5K7OA 5KY1A 2ZYCA 3EMSA 3OJPA 1ZMYL 1HF4A 4QGZA 4NHSA 1LTMA 4N8ZA 1DZBX 2D91A 2XBRA 4H8ZA 1XEJA 2YBLA 4WOAA 1OUIA 1JSFA 1Z55A 3P4ZA 1EQ5A 5B1FA 1T6VL 1W6ZA 2YBHA 5L3HA 1LJJA 2DQDY 3EO5A 1G7IC 2D4JA 2H9KA 2YVBA 1GE4A 4OWCA 4R6CA 1LJKA 1YILA 4NG8A 1IEEA 1REXA 1OUJA 2DQJY 2MEDA 5LVIA 1GF7A 1HHLA 1LSCA 1WVVA 5KXWA 1B7SA 1PZYA 1GHLA 2MEBA 1GF3A 4N1EI 1B7OA 3VWOA 1DPXA 5DL9A 1GBWA 5HNLA 1LJEA 1GEVA 1F0WA 1GF0A 3ZVQB 1CJ7A 1LZ1A 4E3UA 1CKFA 1GXV2 5C6LA 1GB0A 4ANRA 1HSWA 3GXKA 2BQOA 4G9SA 1IWXA 4NHIA 1XFPL 1YKZX 2Q0MX 1TEWA 1LSDA 2DQGY 4LYBA 1IX0A 1FLQA 3CB7A 4XJGA 4RW2A 1CJ9A 4QY9A 1GAZA 2BQLA 4XJBA 2HEEA 3WVXA 8LYZA 1RCMA 1YAPA 3TMXA 3RW8A 4DD7A 1I56A 1HNLA 1LHHA 2FBDA 4M4OA 1B9OA 1JWRA 4FDYA 4CHXA 5LXWA 1VDSA 3D3DA 5EBHA 4PGJB 4H9HA 3W6DA 1D0LA 1B0DA 1QSWA 4NGIA 4DD0A 4DT3A 5KKIA 1IC5Y 3LN2A 4W94A 3P64A 4MR1A 1KIRC 1GD6A 4WO9A 1IR7A 2ZQ4A 1LZ9A 4XJDA 5IHGA 4DD1A 1I1ZA 3LZ2A 2GV0A 4XN6A 1F10A 1HMKA 1T3PA 4H9IA 4KT3A 4LT3A 2Z18A 1GFGA 1JJ0A 2HTXA 4HP0A 4XJHA 4YF2A 1UIBA 1LZCA 1QUTA 4ET8A 4GCDA 4NGWA 4NFVA 1BQLY 1WQNA 1AZFA 4NGYA 4NGLA 4Z41A 2BQGA 4II8A 3T36A 2C8OA 4Z3MA 1TAYA 1AM7A 4W96A 4AGAA 5I4XA 4YEOA 4NHQA 4GLAA 1C45A 1LYYA 5I53A 1LSAA 4YENA 4GCEA 3TXBA 5B59A 2CGIA 1UCOA 3P68A 5C6JA 4D9ZA 1VDTA 3IJVA 3QNGA 1GXXA 1QUSA 3TXHA 1GBZA 4WL6A 1GE2A 1IOCA 1LJ4A 5LVGA 1YKYX 3FE0A 1QQYA 1B5YA 2YBIA 1UIHA 1XGRC 3A91A 5FSTA 2FYCA 2ZIJA 1YROA 3EBAB 1GFKA 4WG1A 153LA 3K3TA 1JHLA 1JIYA 3LYMA 1WTMA 1JKCA 1UIGA 3TXIA 2HECA 2YBNA 1FLYA 1JPOA 5LIOA 3A92A 1G7MC 3B0OA 4YEMA 5B06A 2XBSA 1GFUA 2W1XA 5JENB 1HSXA 3WULA 3WPLA 2D6BA 1GF6A 4C3WA 1QIOA 2DQAA 4NSGA 5AMYA 1JJ3A 1LZ8A 3A3QA 1G7HC 2VB1A 3BKVA 2MEAA 1J1PY 3HFMY 2ZIKA 3LZTA 3TMWA 3W6FA 5J7CA 1JUGA 1LZEA 5F16A 1KXXA 4RDSA 1YAMA 1C08C 1GEZA 2BQNA 3AZ6A 2MEIA 4DD9A 1VAUA 1LSFA 4OOTA 1AT6A 4GLVA 1C10A 1GFHA 1LJFA 4PPOA 4C5FA 4H9AA 2ZYPA 4L41A 1LMPA 2Z12A 1WQQA 1A4VA 4H94A 1BB3A 1LMNA 4NSIA 1ZVHL 4J0LA 4GN5C 4TTDA 4ETBA 1UC0A 4IASA 1LSMA 1JKDA 1CKHA 2DQCY 3ZVQA 4H9EA 132LA 1REZA 3AW6A 3CT0A 5APCA 3TXFA 5IDDA 4N9RA 1OUAA 1N4FA 1NMMA 1YQVY 4RLMA 3RZ4A 3CSZA 1G7LC 1WQMA 2Z19A 4LFXA 1LZRA 1GAYA 1YL1X 1LSPA 2A7FA 3J4GA 4H9FA 4GN3A 4TWSA 5KXXA 1CJ8A 5KXYA 1NQIA 3A95A 4QDNA 1FLUA 1O23A 1VDQA 5I54A 3F6ZA 4HPIA 4HTKA 1LZTA 1DXJA 4HJYA 1NF5A 4UWUA 1B5UA 4G4BA 3AZ4A 2I25L 3TMUA 3WW6A 1WQOA 4WM6A 6LYTA 1GFEA 1D9UA 3ATNA 4ETEA 3MGWA 3WUAA 4XADA 1CJ6A 1GB7A 1MELL 5I4WA 5LYMA 1HENA 3HBDA 4WO6A 5HMJA 4DDAA 1JTPL 1RJCB 1GBYA 2ZILA 3AGIA 4O34A 4ET9A 4GCBA 5KXPA 1EQEA 4Z98A 5LAFA 4NWHA 1HEQA 2BQIA 2BQMA 5L9JA 1CKDA 4IJ4A 1B5VA 4H8YA 3QE8A 3TXKA 4DD2A 1AKIA 4H93A 4ZIXA 1C7PA 1GE3A 1OUBA 1V7TA 4FJRA 4H91A 1HEWA 1LSBA 3E3DA 1DKKA 1WQRA 4B4IA 5LAGA 3BKHA 3TXEA 1UIFA 1LSNA 2ZWBA 1YAOA 5APFA 3WUMA 1JITA 1REYA 1GBXA 1YIKA 2BQFA 5A3ZA 4CGEA 5KXKA 5I5QA 1F6RA 1OUFA 2BLYA 1D6QA 4WM1A 3A96A 1B5XA 2HEAA 1GF4A 1VFBC 4NG1A 3N9AA 4HSFA 4TSCA 2CWIA 3WPKA 2BQBA 3RU5A 2C8PA 1JEFA 4OWAA 1I20A 5LYTA 1EQ4A 5HLLA 4AXTA 4DYGA 1NDMC 4WM5A 1UACY 1LYZA 3WXTA 3CSRA 4J1AA 5KXSA 1KXWA 4B0DA 4WM4A 154LA 1TDYA 1HFXA 4ZEEA 1UIAA 2LZTA 3WH1A 4HTQA 3P66A 2Z39A 5L3IA 1DQJC 1OUCA 1GE0A 4OWBA 4HJZA 5ILCA 1QSAA 1XSFA 1VDPA 1QDRA 4G49A 4LYOA 1UA6Y 1LHLA 4NHPA 2MECA 3LYOA 4GCFA 1IIZA 2BQHA 4HV2A 1GDXA 1ZVYB 1LSYA 3WVYA 1LKSA 4WL7A 5APEA 1GWDA 1LSGA 1LZYA 4P2EA 3WL2A 1OUEA 1LZDA 4DC4A 4NHTA 5B1GA 3W3EA 3HBEX 4NGVA 5E4PA 4N0JA 2AUBA 2X0AA 5HNCA 4XYYA 1IWZA 3CT1A 1GB5A 1KXYA 1NKHA 1LJGA 3AGGG 4TSBA 3A3RX 3A8ZA 2W1LA 4M6DA 1A2YC 1GB9A 1NWGA 4LT0A 2I26L 2G4PA 1RE2A 4WMGA 5FHWA 1IOQA 194LA 4KPMA 1IP7A 5D5CA 1DPWA 1LJNA 3WMKA 1LZ4A 1IWYA 1IWVA 3B0KA 5KXLA 1FKVA 2DBTA 1LMAA 5ILFA 1FDLY 1OUGA 1NBZC 4HPEA 2LYZA 1B7NA 1GF8A 1LZ5A 4BS7A 1IC4Y 3ATOA 6LYZA 1DI3A 5A3EA 1OQMA 4NY5A 2H5ZA 2NWDX 1D6PA 3LHMA 5HQ1A 1GBOA 1IWWA 3AB6A 1GFRA 2ZNWY 3W6AA 5I4YA 1LSZA 3QY4A 3RNXA 1IO5A 1YAQA 1NHEA 134LA 1IR9A 2G4QA 2BQAA 1JKBA 1IC7Y 2A7DA 3RT5X 1GB3A 1HMLA 1IOTA 1HC0A 5LYZA 3IJUA 1HFZA 4H9CA 3B6LA 2DQEY 3W6EA 1B7QA 2YBMA 4LYMA 1H6MA 2HUBA 4BAFA 4NGOA 1AT5A 4ETCA 4NIJA 3TMVA 4BADA 5F81A 5LVHA 1CKCA 1DI5A 1WTNA 1DKJA 5M1YA 1IP5A 1F6SA 1JSEA 2BLXA 2XTHA 3AGHA 5DN4A 1BB4A 3W6BA 2DQIY 4MSTA 5KXRA 4HTNA 4DDBA 1INUA 1LZAA 2PC2A 3ULRA 1XGUC 1JJ1A 5F9UA 3D9AC 5E9RA 1LHKA 1PS5A 1GFJA 1IR8A 4RW1A 5KKJA 1BB5A 1GF5A 207LA 3M18B 4DDCA 5KXTA 4LZTA 1XGPC 1LSEA 1V7SA 5HMVA 1IOSA 3WXUA 4WLTA 5LA5A 1YANA 1UUZC 1GFTA 5F14A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4OW1A 4G4HA 2CJLA 1LGUA 5II3A 248LA 1L44A 1ZYTA 1NDGC 1LYOA 4H90A 2D4IA 2MEHA 4WLYA 2B6YA 2BQDA 4DD3A 1LHJA 1L30A 1LZGA 1L81A 1LGXA 3A6BY 3AJNA 3HTFA 2DQFC 5FDJA 1FLWA 1LJHA 1LAAA 1VATA 3N9EA 1L01A 3N9CA 1P2CC 1LYSA 1CU3A 1P6YA 1G0GA 3DKEX 3SB8A 3PDSA 4CFOA 1XEKA 2BQJA 1PQJA 5DM9A 4LYZA 1LW9A 1IWUA 4EMNA 1GB2A 2IFFY 1LMCA 1FBIX 3SBAA 2G4NA 4LYTA 1GB6A 161LA 2B7XA 2XJWA 1UIDA 1IVMA 4NGKA 3AYQA 1JTMA 1CX6A 1GFAA 2MEGA 2F2QA 4ETDA 1REMA 3PBLA 1BGIA 1LI2A 1G06A 2YSSC 4W56A 4LYCA 2W1YA 1L07A 205LA 3OE0A 4OOOA 1H87A 2F4GA 4ARQA 2B5ZA 216LA 4PJ2C 5B05A 2CDSA 7LYZA 4KXIA 4DWXA 1GB8A 3C7WA 236LA 1LMTA 2FYDA 1P7SA 1WQPA 2N5ZA 1GDWA 4NWEA 3WW5A 1L79A 1LCNA 4I0CA 4XJIA 1L0JA 137LA 3DN8A 198LA 230LA 4AQNA 1MLCE 1P2LA 2HEBA 1HERA 2W1MA 2ZNXY 4A7DA 4LT2A 4PRUA 3B72A 1P46A 5DLAA 235LA 3HU9A 4H9BA 3HT9A 1CU0A 4QGZA 1DZBX 197LA 3OE8A 1JSFA 3P4ZA 1T6VL 2YBHA 4W59A 5L3HA 2D4JA 3CDVA 2DQJY 1LSCA 1HHLA 180LA 1GF3A 4N1EI 1GBWA 1F0WA 1CJ7A 1CKFA 4EKSA 5C6LA 1L45A 1HSWA 1YKZX 2Q0MX 182LA 4IAPA 1FLQA 1G0LA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4OW1 A;  1D0M A;  1GFV A;  2CJL A;  2LYM A;  4G4H A;  5D5F A;  3A6C Y;  135L A;  1BVX A;  5II3 A;  4WM2 A;  3CT5 A;  1D0K A;  2LHM A;  1HEP A;  4X3B A;  2WAR A;  1QTE A;  1IP4 A;  3A93 A;  5APD A;  2D4K A;  1NDG C;  2BAA A;  3TXJ A;  1LYO A;  2IHL A;  4CFP A;  3P65 A;  1QTK A;  4H90 A;  2D4I A;  4WLD A;  2Z38 A;  1B2K A;  1TCY A;  2H9J A;  2MEH A;  4ZFP A;  2F2N A;  4WLY A;  3AZ5 A;  2BQD A;  1E8L A;  2HU1 A;  5FEK A;  3T6U A;  4DD3 A;  1LHJ A;  4LGK A;  4J1B A;  4NGJ A;  1LMO A;  1GPQ C;  4U3X B;  1IWT A;  4WLX A;  1LZG A;  1IY4 A;  1XEI A;  4XJF A;  5F9X A;  1B7R A;  3A6B Y;  1B7L A;  2DKV A;  3AJN A;  2DQF C;  5FDJ A;  2RSC A;  4N1C C;  1FLW A;  1LJH A;  1SQ2 L;  1LAA A;  2BQC A;  2Y8P A;  4MCK A;  1W08 A;  4UWV A;  1VAT A;  2HED A;  3N9E A;  1LZB A;  1UIC A;  1P2C C;  1LYS A;  2EPE A;  1LJ3 A;  1LZ6 A;  3N9C A;  1RFP A;  1HEM A;  5B07 A;  3IWR A;  3TXD A;  1JTT L;  1LKR A;  4J7V A;  4NEB A;  1IP2 A;  1UIE A;  1XGQ C;  1IOR A;  1ALC A;  4Z46 A;  1RI8 B;  4RLN A;  2F4A A;  4H8X A;  1JIS A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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