1OV5A

T4 lysozyme cavity mutant l99a/m102q bound with 2-allylphenol
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCAAINQVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
publication title Testing a Flexible-receptor Docking Algorithm in a Model Binding Site
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 60
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2003-03-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1ov5A00
2F47A 214LA 3G3VA 3FI5A 1L40A 3RZEA 1ZURA 1L46A 2B7XA 1LGXA 1TLAA 1KS3A 1C68A 188LA 1C6NA 3C82A 169LA 1G0KA 1L04A 3OE6A 1QS9A 2RBSA 2B6WA 168LA 183LA 1L65A 215LA 1L53A 4EPFA 2A4TA 205LA 1WTHA 1C6DA 1C6PA 1OWZA 3JR6A 3HDFA 1L05A 1CU5A 1QT5A 1C69A 4W59A 1L95A 1PQDA 2B73A 155LA 1L80A 147LA 255LA 127LA 1LI3A 4YXCA 3GUKA 172LA 3HT6A 1L60A 175LA 1CV0A 1L64A 130LA 4EPIA 2B6YA 1L73A 4PK0A 1C65A 1L0JA 1G0JA 223LA 1L87A 4ARMA 3SB9A 240LA 1T8GA 187LA 1C60A 1QTBA 1L20A 1G0QA 1L92A 4I7TA 1L44A 2Q9EA 1G0PA 253LA 1D2YA 3HTBA 4S0WA 2OTYX 1T6HA 2RB0X 1LGWA 126LA 1C6HA 195LA 4DJHA 248LA 144LA 225LA 113LA 1CTWA 2B72A 184LA 3GUNA 1K28A 1C66A 1L21A 145LA 1L67A 1L75A 120LA 226LA 1QSQA 4PJZA 3HUKA 1L58A 3DN1A 1QUDA 103LA 1L72A 1P7SA 189LA 1LYEA 238LA 1L84A 1JQUA 4W53A 1CUQA 1L71A 3DNAA 3DMZA 1PQOA 3C7WA 1PQMA 1DYCA 198LA 1L32A 3GUPA 165LA 1L00A 1B6IA 3HT9A 4ARQA 1L91A 1SSWA 166LA 1P46A 1QTVA 161LA 1CV3A 1QTCA 242LA 158LA 2RB1X 1P36A 1CUPA 1L61A 3SBBC 4I7MA 4EKPA 3F9LA 2LC9A 1L63A 129LA 1XJTA 261LA 1QTDA 1T97A 206LA 3HTDA 123LA 249LA 1QTZA 1L98A 3C8QA 1L59A 4I7NA 1L28A 1D3FA 4I7KA 2RBRA 2NTGA 222LA 1LYFA 186LA 1DYDA 173LA 212LA 1L07A 211LA 232LA 228LA 112LA 3L64A 3HUAA 7LZMA 1C6AA 4ARJA 3HU8A 1L55A 1L51A 1QT4A 181LA 209LA 227LA 3DN0A 3NYAA 4W55A 1LLHA 219LA 2RH1A 110LA 256LA 1C6LA 2B70A 5LZMA 1CV1A 4W52A 2Q9DA 4ARMB 230LA 2RBOA 142LA 1KY0A 229LA 233LA 2B6TA 245LA 236LA 137LA 1L49A 139LA 2OE9X 1L66A 2OE4X 192LA 1P2LA 119LA 1L31A 1C6QA 1C6FA 174LA 1G1VA 4K5YA 1G1WA 3CDVA 4W58A 3VW7A 3SN6R 3DKEX 4EKSA 4EXMA 3HWLA 1L23A 2B6XA 1KW7A 262LA 1C6IA 4W54A 220LA 176LA 260LA 1OV5A 213LA 1G07A 1L57A 1L69A 141LA 1G0GA 235LA 3HTGA 4I7SA 1QUHA 3DN4A 199LA 1L85A 1PQKA 252LA 201LA 3HT8A 4I7LA 109LA 1EPYA 1OV7A 3NY8A 2RBQA 4I7JA 241LA 3GUOA 1L37A 1CV4A 254LA 1LPYA 104LA 2F32A 3SBAA 1L14A 1C63A 1XJUA 1LYGA 178LA 1QT6A 3GULA 4I7PA 1L18A 4W56A 1JTMA 128LA 1C6JA 1L68A 3DMXA 1CX7A 156LA 138LA 1L30A 1L81A 2RBPA 2RAYX 2IGCA 4EKRA 2OEAX 1C64A 1SWZA 1L83A 3DMVA 170LA 1L97A 3DN2A 231LA 1L19A 1QUGA 1OWYA 1G0LA 1L89A 3G3XA 4GBRB 1L52A 1L01A 221LA 163LA 157LA 4E97A 3SB6A 1QT7A 1G0MA 1L47A 3L2XA 243LA 1L48A 3F8VA 1L03A 1CV6A 131LA 1QT8A 257LA 2B6ZA 122LA 1L12A 182LA 1DYBA 1I6SA 4ARPA 3DN3A 1L09A 1QUOA 177LA 1SWYA 1L90A 239LA 114LA 1CX6A 191LA 3GUMA 1C6MA 251LA 1DYEA 2HUKA 2O4WA 1L08A 4I7QA 2L78A 146LA 2LCBA 3HH5A 6LZMA 1KNIA 3C83A 1L38A 3PDSA 162LA 1CVKA 250LA 2QB0B 258LA 1SX2A 3GUIA 3EMLA 237LA 1L13A 1L25A 1LYIA 3DN8A 217LA 3OE9A 1OYUA 2NTHA 1OVKA 1L99A 1L36A 3OE8A 224LA 2ANVA 1P56A 1OVHA 1ZWNA 3V2WA 3CDOA 2F2QA 3HH6A 1LW9A 1D2WA 1SSYA 1L94A 1PQJA 3C7YA 1L82A 4I7OA 1L33A 2CUUA 3NY9A 3G3WA 3GUJA 5I14A 1L29A 1LGUA 1L06A 2RBNA 1CV5A 1L76A 4OO9A 2RB2X 1QTHA 244LA 1L35A 3UONA 1JTNA 3OE0A 3FADA 1L70A 218LA 1C67A 3CDTA 3CDQA 2RAZX 3HTFA 1L39A 1L74A 3PBLA 197LA 1LYDA 4AQNA 1CU3A 107LA 4YXAC 1XEPA 200LA 1C6KA 4ARLA 190LA 247LA 3V2YA 259LA 1C6CA 1P64A 1L41A 1CU2A 1L88A 1C62A 3HH3A 1D9WA 210LA 3C80A 1L96A 2ANXA 234LA 3HT7A 1C6EA 1L56A 1P5CA 1LYHA 4LDEA 3DN6A 2HUMA 1G06A 1P37A 125LA 4ARQB 1L22A 118LA 1LYJA 3RUNA 1L79A 1C6TA 1CU0A 1T8FA 1L86A 1NHBA 3SB7A 1P2RA 1LI6A 1SX7A 2OE7X 1L45A 2Z6BA 1LWKA 140LA 3FA0A 1L02A 1ZYTA 1DYFA 3CDRA 3HUQA 1L34A 1C6GA 4W57A 216LA 4GRVA 1CU6A 2HULA 143LA 1L26A 3QAKA 1L50A 111LA 2O79A 4YX7C 102LA 1L43A 1T8AA 151LA 1OVJA 2QARC 2B75A 1L16A 1L17A 1L42A 115LA 1D3JA 3K2RA 1C61A 3LZMA 1L10A 4EJ4A 3SB5A 246LA 2B74A 3HDEA 1KW5A 1DYAA 4LZMA 1L15A 2OTZX 3HU9A 4ZPUA 152LA 149LA 167LA 2LZMA 3C8RA 4EKQA 4IAPA 1LI2A 2OU8A 171LA 4DAJA 1QS5A 180LA 1QT3A 164LA 196LA 1LWGA 2OU0X 1L24A 1P3NA 1QSBA 3D4SA 108LA 1L27A 1PQIA 150LA 148LE 1L54A 1C6BA 1D3NA 4LDLA 3C8SA 159LA 160LA 2O7AA 4I7RA 1L93A 185LA 3C7ZA 4LDOA 1D3MA 3HH4A 3C81A 3SB8A 1L11A 2OU9A 4W51A 3ODUA 4DKLA 1L77A 1L62A 1DYGA 1KY1A 1P6YA 1L0KA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2F47A 1B7MA 1GBXA 2MEDA 1C68A 1XGQC 1G7IC 168LA 2ZYPA 215LA 4W96A 1IP3A 3A8ZA 1LZ8A 1XEKA 1I1ZA 1D0KA 1GB7A 1CKFA 1CU5A 3OJPA 5B1FA 2Z2FA 2B73A 147LA 1C46A 1IVMA 1GXV2 5I53A 172LA 1UIHA 2IHLA 1CV0A 3HBEX 2B6YA 2G4NA 3N9AA 223LA 3SB9A 187LA 1YKZX 1T6VL 7LYZA 4NHIA 3LYZA 1L20A 2B5ZA 4NSHA 5DLAA 1GHLA 1D2YA 3BKHA 1T6HA 3A6BY 2Z38A 5C6IA 248LA 144LA 1CTWA 2B72A 2Z37A 3AGHA 4DD2A 145LA 1L67A 3AGIA 5LAFA 120LA 1FLWA 4UWVA 5KKIA 1KIPC 1QUDA 3A6CY 4R6CA 1L72A 189LA 4HP0A 1GF5A 2HEFA 1CUQA 4NGYA 1PQOA 1B7SA 3GUPA 4LYCA 1L00A 1B6IA 3HT9A 3HBDA 4XADA 1L91A 1SSWA 1LPIA 1HEWA 1CV3A 4ZIXA 1ZVYB 1IWUA 4HJYA 1H87A 1OUHA 1YANA 2DQFC 4DD1A 3WL2A 1A4VA 129LA 1XJTA 1T97A 1IIZA 4TUNA 1UA6Y 9LYZA 3HTDA 3RU5A 1YKYX 2HEEA 207LA 3C8QA 1D3FA 1GB0A 4WL6A 5LYMA 1C7PA 1LSYA 4QEQA 3TXJA 5HNCA 222LA 3G3BB 1WQQA 1L07A 5FELA 211LA 112LA 1KXWA 1IP2A 5EBHA 3HU8A 1CKHA 1L51A 5LAGA 219LA 1YKXX 1B0DA 3WVXA 5LVKA 2EPEA 1O23A 230LA 2RBOA 1L49A 4H9HA 1IWTA 1L31A 3VW7A 1OUIA 4WLXA 5I4YA 4LZTA 3SN6R 4EKSA 4EXMA 2XBRA 1NKHA 5KXOA 3TXDA 4LT3A 4GCCA 1GFKA 1QUHA 2CWIA 3DN4A 2BQGA 5FHWA 1L85A 4LT0A 2HU1A 252LA 5D5CA 4OOTA 4PGJB 4I7LA 5DL9A 3WU8A 2D4KA 3GUOA 1L37A 3HFMY 4DYGA 3A3RX 4NGIA 104LA 1GF7A 3SBAA 3WUAA 1LYGA 4N1EI 2MEEA 5ILFA 4I7PA 5KXWA 3B0KA 4C5FA 8LYZA 3DMXA 2BQFA 156LA 1L30A 1L81A 5C6LA 4DT3A 1LYSA 2OEAX 1LJFA 1FBIX 4H1PA 1CKGA 1GF4A 3G3XA 5T3FA 1L01A 1GBZA 4HTNA 3TXFA 1IR9A 4QDNA 1QUSA 1QT7A 1BB3A 1G0MA 1LSAA 1J1PY 3AZ5A 1LYYA 4NGWA 5JENB 5KY1A 1GE0A 122LA 1BWIA 1OP9B 4ARPA 5LVJA 1C08C 4II8A 2O4WA 1L08A 1GFVA 1TBYA 2HEAA 1H6MA 3C83A 1CVKA 250LA 4LYOA 1JSFA 2BQNA 1L13A 3OE9A 1OYUA 3AYQA 2LHMA 1L36A 5A3ZA 4DD3A 2ANVA 4TX7A 1P56A 5KXSA 1OVHA 1ZWNA 2F4GA 4I8SA 3V2WA 4HTQA 1IOCA 1QTKA 1UIBA 4I7OA 1GDXA 3W3EA 3GUJA 5I14A 1REMA 1G7HC 1DXJA 1L06A 2VB1A 2RB2X 4NFVA 4MR1A 3W6DA 1JWRA 1N4FA 1YQVY 5IDDA 1DPXA 4ET9A 3CT0A 2DQIY 3PBLA 1GBYA 5APEA 1CU3A 3AW7A 1ZVHL 4ARLA 190LA 1B7QA 259LA 1C6CA 2IFFY 4DWXA 1CU2A 4NSGA 210LA 4A7DA 1L96A 1LYHA 1UIEA 1B7NA 4GLVA 1RJCB 1LSMA 1LZEA 4D9ZA 2ZWBA 4H92A 1L79A 4G4BA 1L86A 1MELL 4QGZA 3A67Y 2BPUA 1P2RA 5I4XA 1DKJA 2LYOA 2OE7X 4H8ZA 1L45A 5LVIA 4M4OA 140LA 4HTKA 4WOAA 4DQJA 1GPQC 4BS7A 1DYFA 1B7PA 3HUQA 4L41A 4GRVA 4Z98A 2D4IA 1L26A 5IELA 2O79A 4YX7C 102LA 1FKVA 1L43A 1OVJA 1L17A 1INUA 133LA 1C61A 1GDWA 2MECA 3LZMA 4N5RA 3SB5A 4HV1A 1LZSA 3WU9A 2OTZX 4ZPUA 1WQPA 167LA 4WL7A 2FBBA 4RLMA 4FJRA 1HC0A 5HLLA 1HSWA 164LA 2ZIKA 1LWGA 1P3NA 4XYYA 1YAQA 150LA 2BQEA 159LA 4NGLA 1LHLA 2O7AA 4I7RA 1L93A 3C7ZA 1F10A 4UWNA 4YEOA 3CSQA 1TAYA 3C81A 3EO5A 193LA 2OU9A 2Z19A 1CKCA 2W1YA 4LFXA 1DYGA 1GFUA 3RZEA 2F2NA 2F4AA 3LHMA 1KS3A 188LA 1BGIA 3C82A 1G0KA 4NG1A 1QS9A 132LA 2MEBA 183LA 4ETCA 4OWCA 4Z41A 2A4TA 3TMWA 1XGPC 5ILCA 1NBZC 154LA 5DN4A 4RW1A 1NWGA 3HDFA 1L05A 1PZYA 4OOOA 5KXLA 1VATA 1A2YC 153LA 1YL0X 255LA 127LA 1LI3A 4LGKA 3HT6A 4Z46A 175LA 1OQMA 130LA 4EPIA 3WPJA 1LJIA 1L87A 5KXYA 1LYOA 3M3UA 1JJ3A 4G9SA 1VEDA 3N9CA 2W1XA 3WXUA 4J0LA 4U3XB 1GFJA 1G0QA 2CGIA 1JISA 253LA 4S0WA 2OTYX 4M6DA 3TXBA 195LA 225LA 3WW6A 184LA 3GUNA 1GB6A 1K28A 4BADA 1C66A 1L75A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2F47 A;  1B7M A;  1GBX A;  2MED A;  1C68 A;  1XGQ C;  1G7I C;  168L A;  2ZYP A;  215L A;  4W96 A;  1IP3 A;  3A8Z A;  1LZ8 A;  1XEK A;  1I1Z A;  1D0K A;  1GB7 A;  1CKF A;  1CU5 A;  3OJP A;  5B1F A;  2Z2F A;  2B73 A;  147L A;  1C46 A;  1IVM A;  1GXV 2;  5I53 A;  172L A;  1UIH A;  2IHL A;  1CV0 A;  3HBE X;  2B6Y A;  2G4N A;  3N9A A;  223L A;  3SB9 A;  187L A;  1YKZ X;  1T6V L;  7LYZ A;  4NHI A;  3LYZ A;  1L20 A;  2B5Z A;  4NSH A;  5DLA A;  1GHL A;  1D2Y A;  3BKH A;  1T6H A;  3A6B Y;  2Z38 A;  5C6I A;  248L A;  144L A;  1CTW A;  2B72 A;  2Z37 A;  3AGH A;  4DD2 A;  145L A;  1L67 A;  3AGI A;  5LAF A;  120L A;  1FLW A;  4UWV A;  5KKI A;  1KIP C;  1QUD A;  3A6C Y;  4R6C A;  1L72 A;  189L A;  4HP0 A;  1GF5 A;  2HEF A;  1CUQ A;  4NGY A;  1PQO A;  1B7S A;  3GUP A;  4LYC A;  1L00 A;  1B6I A;  3HT9 A;  3HBD A;  4XAD A;  1L91 A;  1SSW A;  1LPI A;  1HEW A;  1CV3 A;  4ZIX A;  1ZVY B;  1IWU A;  4HJY A;  1H87 A;  1OUH A;  1YAN A;  2DQF C;  4DD1 A;  3WL2 A;  1A4V A;  129L A;  1XJT A;  1T97 A;  1IIZ A;  4TUN A; 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