1I56A

Solution structure of ca2+-bound state of canine milk lysozyme
Total Genus 26
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
26
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
SKIFSKCELARKLKSMGMDGFHGYSLANWVCMAEYESNFNTQAFNGRNSNGSSDYGIFQLNSKWWCKSNSHSSANACNIMCSKFLDDNIDDDIACAKRVVKDPNGMSAWVAWVKHCKGKDLSKYLASCNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords LYSOZYME C
publication title Solution structure of Ca2+-bound state of canine milk lysozyme
rcsb
source organism Canis lupus familiaris
total genus 26
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2001-02-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1i56A00
2DQCY 1LMTA 4NGLA 5IDDA 1BB6A 1LHLA 4WLTA 5HMJA 1G7MC 2W1MA 2XBRA 4J1BA 5I5QA 4WLDA 4HTNA 3WU9A 2DBTA 2BQFA 1KIPC 1YAQA 5L3IA 2LYMA 4LT1A 1HNLA 3A8ZA 3TMXA 3A3QA 1LZDA 1LZ1A 1GE3A 4HV2A 1XSFA 5B07A 2VB1A 5LINA 4YF2A 3IJVA 2H9JA 1JJ1A 4WM2A 4NG1A 5L3HA 3RW8A 4PJ2C 1YKYX 4DD9A 2BQOA 4DDAA 4TSCA 1LSPA 1JKAA 1FLWA 3D9AC 4OWHA 5FEKA 1REXA 207LA 1YKXX 1FKVA 2H5ZA 5LAFA 4YENA 4I8SA 1JIYA 4BAPA 1LKRA 135LA 3AGGG 4GN3A 3FE0A 1LMQA 4NSGA 3P65A 1IORA 1INUA 2BLYA 1CKDA 1YROA 3A95A 4GCDA 4WL6A 4BAFA 4BADA 1OQMA 3CSZA 4WLXA 4OOTA 3M18B 1G7IC 2CJLA 4MR1A 3ATOA 1LHHA 1LZGA 2Q0MX 5DN5A 4CFPA 1IC5Y 3CQLA 1QSAA 4LYMA 4UWVA 1REMA 1ZV5L 3CSRA 4AGAA 1W08A 1HELA 4W94A 1TAYA 4Z3MA 1VATA 1GE1A 2XTHA 9LYZA 1LSCA 1GF3A 1LHJA 1YAOA 5KXOA 1B7OA 1I56A 1IR8A 4G4BA 1D0KA 4FDYA 4XJFA 4W96A 3B6LA 4KPMA 2HEFA 2LHMA 4IASA 4NIJA 3WU8A 1GF7A 1KXWA 2B5ZA 1LKSA 4J0LA 4DD2A 3TXDA 2CGIA 5APEA 1WQRA 1BB4A 1CJ6A 1B7RA 4NHPA 4WO9A 1JKDA 5KXWA 4EMNA 1GXXA 1XGUC 1HERA 4WM3A 3VWOA 2FBBA 5LYZA 1LYYA 1GD6A 4H92A 5HNLA 4YM8A 2G4PA 1LZ6A 1LSAA 4NGOA 1LHMA 1QQYA 1LZRA 3W6BA 2EKSC 4HJZA 3LYMA 2H9KA 3D3DA 3LYOA 4XADA 3P68A 5I53A 5A3ZA 1C7PA 1W6ZA 4LYOA 1D6PA 3CT1A 1UICA 2A7DA 4II8A 3AB6A 1UIDA 4HTQA 2HU1A 5FHWA 4Z46A 1DI4A 5J7CA 1F6SA 1GB3A 2BQNA 3TXJA 1GDXA 1MELL 1HC0A 3HBDA 5APDA 2I6ZA 4XJGA 3IWRA 1D0MA 1B7QA 1UCOA 4N0JA 3EO5A 1LSYA 3AZ5A 4I0CA 1OUBA 2ZYCA 4PPOA 4WL7A 4B49A 3T36A 4FJRA 2ZIJA 2BQMA 5E4PA 4QDNA 3WXTA 3A92A 3QY4A 4QY9A 1J1OY 1IVMA 4ET9A 2Z39A 3WPLA 1LJJA 1MLCE 1XGRC 1QDRA 2HEEA 2MEHA 1TDYA 4PHIA 1GBZA 2D4JA 5EBHA 1WTMA 4NGKA 1IP5A 3RT5X 2IHLA 3T6UA 4Z98A 1LZCA 1GE0A 3E3DA 4DDCA 2IFFY 2BPUA 4RDSA 1VAUA 1FLYA 2BQEA 3EBAB 4NG8A 4ANRA 1IC4Y 1B5YA 1JTPL 1LZ5A 2C8OA 1LYOA 2I25L 1JKBA 5JENB 3TMWA 1YANA 134LA 1FLUA 4GCCA 1UIHA 5KY1A 4GN5C 3TXIA 3A96A 3N9AA 1JWRA 1WQNA 5HQ1A 1XGTC 1FDLY 1LOZA 1F6RA 4YOPA 1GF5A 4XJIA 4BS7A 3WUAA 4H93A 3CB7A 1HFZA 4NWEA 1LSZA 3EXDA 4RW2A 1BVKC 1RE2A 5F9UA 4EOFA 5L9JA 1GB6A 1LSBA 1OUEA 1QUTA 1RCMA 4OWAA 2YDGA 1YL1X 5T3FA 1OP9B 1ZVYB 2RSCA 2XBSA 5HNCA 1WTNA 3TXFA 4YEMA 1LPIA 3CSQA 4WG7A 4WOAA 1LMNA 3WL2A 4LFXA 1JJ3A 5B59A 1CJ9A 1NBZC 4LYTA 1LZ8A 5IHGA 2BQIA 3N9CA 3HBEX 4GCFA 4ETCA 1LMOA 3ATNA 3A94A 1BWHA 4NSIA 1IR9A 1H6MA 2A7FA 1GEZA 1LHIA 2EIZC 3WMKA 3N9EA 1LSDA 4CHXA 1B5UA 4ET8A 2YBNA 2YBLA 1RI8B 4NGIA 5B05A 1GB5A 1OUGA 1LJNA 3CT5A 132LA 4NGVA 2ZWBA 1RFPA 4LT2A 4H9AA 1DKKA 4MCKA 1JJ0A 1JITA 1I1ZA 1LTMA 1XFPL 2Y8PA 6LYTA 5FDJA 5KXZA 2HU3A 5E9RA 1H87A 1B5WA 1UIAA 5D5FA 1DI3A 5C6IA 3B72A 5AMYA 3LYZA 2PC2A 4OWCA 1GFRA 3WH1A 1LSMA 3AW6A 3LN2A 1C43A 4H1PA 1AZFA 1GEVA 1GB8A 1CKFA 1J1XY 1JTTL 1UIBA 1IOQA 1FN5A 1IOCA 2F4GA 3J4GA 3TXBA 4XJBA 1T6VL 4KL7A 1LZEA 1SQ2L 1GFUA 1IO5A 2XJWA 1QTKA 1NWGA 1KXYA 2YSSC 1G7JC 4OW1A 1B7NA 4DDBA 4H94A 4H9FA 4NHSA 5LIOA 1PZYA 5KXKA 1GFEA 3BKHA 5LVHA 5FELA 2YVBA 4H8ZA 5M1YA 2DQIY 2ZIKA 1LZTA 5FCPA 4Z41A 1NF5A 1GAYA 1GWDA 3TXGA 2DQHY 4L41A 5FSTA 1OUFA 4XJHA 5HMVA 4LFPA 1BVXA 2MEBA 1LJ4A 3B0OA 4TX7A 2LZTA 1BB3A 3WUNA 3GXKA 4H9EA 4CJ2A 3F6ZA 3A6BY 3W6FA 2MEIA 1VDQA 3A34A 2MEDA 4LYZA 2HUBA 3WU7A 1QDTA 1BWJA 2N5ZA 2AUBA 3LZTA 3AZ4A 1HFYA 2BQJA 1BHZA 3AZ6A 4LYCA 1LZBA 4LGKA 5F9XA 2ZNWY 1OUAA 1GDWA 1LJKA 1YAPA 4ZFPA 1DKJA 1JTOL 8LYZA 1OUHA 2DQGY 1T3PA 5KXYA 3IJUA 1YKZX 3WPKA 3AGHA 1F10A 4G4HA 1XEIA 4WG1A 5LYTA 3FI7A 3WVYA 1GE2A 3LYTA 3CT0A 4ZEEA 1KIRC 3J6KA 2DKVA 4DWXA 2BQLA 5D5CA 1LZ4A 1NKHA 2YBHA 3ULRA 1G7HC 7LYZA 1IOSA 1CKCA 1LCNA 2D91A 2HEDA 4O34A 4B4IA 1GPQC 6LYZA 5LYMA 4KT3A 2EQLA 3TXKA 4LT0A 5KKIA 5KXTA 4ETEA 4ZIXA 3MGWA 1NDGC 3RZ4A 3AW7A 4PGJB 2ZNXY 1UUZC 2WARA 4B4JA 5C6LA 2MECA 1BWIA 1GFJA 2BQAA 4N1CC 3A91A 4XYYA 1B2KA 1LZNA 1D9UA 1OUJA 2F4AA 4GCEA 1UBZA 4R0FA 2MEEA 1E8LA 4HJYA 5B1GA 4DYGA 1UIFA 5F16A 3W6AA 1IR7A 1C46A 4IJ4A 1IWWA 5KXSA 4DD3A 2D4KA 1LSFA 1AT6A 5KXMA 1LZSA 2FBDA 2YBMA 1DI5A 3AGIA 4NHQA 4H91A 1GBYA 2Z12A 1BGIA 2CWIA 5KXNA 5KXPA 1DPWA 1GBSA 4DD0A 1HFXA 4D9ZA 1DXJA 4C5FA 2G4QA 3BKVA 2DQAA 1LZAA 1B7MA 208LA 2MEAA 1A4VA 1CJ7A 2HEBA 4XJDA 5DM9A 4TSBA 4ETBA 4NFVA 4NGWA 4R6CA 154LA 4DT3A 1C08C 1IIZA 1LYZA 1VDPA 2G4NA 4OWBA 5KJ9A 1XGQC 5II3A 1YL0X 1XEJA 4C3WA 5KXLA 1KIQC 2BLXA 3P64A 1BB7A 1JISA 2Z38A 3B0KA 4OWEA 1IWYA 5DL9A 1QUSA 1YIKA 1WQQA 4CGEA 4U3XB 5C6JA 4AXTA 5A3EA 5KXRA 5APCA 3ZEKA 3W6EA 1GXV2 4NGJA 1IY4A 2ZQ3A 5LVJA 3A93A 1BQLY 2DQEY 5ILFA 3QE8A 1CKGA 2W1LA 3P66A 4G49A 1LJFA 3TMUA 4CFOA 1JKCA 1LYSA 1IC7Y 3ZVQA 2MEFA 4QEQA 3W3EA 1LJ3A 1HMLA 1IP4A 1B7PA 1KXXA 2HEAA 194LA 1GFKA 1B9OA 1EQ4A 3OK0A 1GBWA 4NGYA 1GB9A 1TBYA 4WM4A 3WW5A 4M4OA 4NWHA 4ETDA 1DQJC 1GB0A 1WVVA 2X0AA 4HJVA 4NHTA 1GFAA 2LYOA 1IWXA 1ALCA 1B7SA 2HTXA 1V7TA 1D6QA 2W1YA 4YEOA 5KXXA 3HBHA 1QTEA 2BQCA 4LYBA 4XN6A 3W6DA 5I4XA 2D6BA 1F0WA 1GB2A 4M6DA 2Z18A 4TWSA 1IP6A 4RW1A 5F81A 1B0DA 5APFA 3A67Y 5HLLA 5LA5A 1QSWA 2ZYPA 3LHMA 2ZQ4A 1GB7A 1IOTA 1GAZA 1DPXA 1D0LA 3AYQA 1HEPA 4UWUA 3WPJA 3WXUA 4OOOA 1LZYA 1HEMA 4P2EA 1JEFA 1IX0A 1HMKA 1LSEA 3GXRA 1UACY 1G7LC 1GF8A 1O23A 2FYDA 1FLQA 5B1FA 1BB5A 3RU5A 4ML7A 4GLAA 2F30A 1GFGA 4KXIA 5LA8A 4NHIA 1GBOA 3TMVA 4GCBA 1PS5A 2C8PA 4RLNA 2LYZA 4WM5A 3WW6A 5LVKA 2BQKA 4B1AA 1LJGA 4WO6A 3TXHA 1JHLA 1IWUA 1IP3A 1YAMA 3B0IA 3G3BB 4G4CA 5I4YA 1DZBX 2BAAA 1JSEA 4DD7A 3K3TA 1CKHA 4H9HA 2MEGA 1NDMC 1GF4A 4TUNA 4N9RA 1CJ8A 1HSWA 1WVUA 4QGZA 1LSNA 1NHEA 1EL1A 1VDTA 2Z19A 3WYHA 1AM7A 1UIEA 1LMAA 3G3AB 4GN4A 3WVXA 1IY3A 1FKQA 1OUCA 4DC4A 1REZA 1AT5A 4HPEA 3P4ZA 1LMCA 4H90A 4RLMA 1LHKA 2Z2FA 4WM1A 4XENA 1NMMA 1IP2A 1JPOA 1NBYC 1GE4A 1UC0A 1Z55A 2LZ2A 2W1XA 2YBIA 2D4IA 4E3UA 193LA 2BQDA 2NWDX 1OUDA 1HSXA 4J1AA 1C45A 3OJPA 1GF0A 4HSFA 2DQFC 1V7SA 3QNGA 4IATA 5DLAA 1SLYA 2DQDY 1ZVHL 2HECA 1B5ZA 1XGPC 2BQGA 1N4FA 1FBIX 5DN4A 4HV1A 1LJHA 4HTKA 153LA 4GLVA 2Z2EA 3AJNA 1GHLA 4B4EA 1YILA 1IWVA 1LSGA 4HP0A 1A2YC 1GFTA 1HF4A 2ZILA 4J7VA 1GFVA 1IP1A 1WQMA 1IWZA 4H9BA 4G9SA 4MSTA 5ILCA 1HENA 4LZTA 1CNSA 1HHLA 1LAAA 3WULA 5K7OA 3A3RX 3HFMY 2I26L 4B0DA 4H9IA 1B5XA 1GBXA 3A6CY 1WQOA 2BQHA 1JUGA 5I4WA 4WMGA 5KKJA 1RJCB 5IELA 4A7DA 4LT3A 2BQBA 4N8ZA 4PRUA 1LMPA 4WM6A 2CDSA 1IP7A 133LA 3LZ2A 2YBJA 4N5RA 1GF6A 1J1PY 3ZVQB 1EQ5A 4N1EI 2FYCA 4UWNA 1HEQA 3W6CA 2F2NA 4HPIA 5B06A 1OUIA 1TCYA 4ETAA 1C10A 3RNXA 1B7LA 1HEWA 1IEEA 2Z37A 5F14A 4NSHA 3SP3A 4H8YA 4PRQA 1JSFA 3EMSA 1REYA 4WLYA 1LZ9A 1VEDA 1P2CC 3M3UA 1LJEA 3TXEA 4NGZA 4DD1A 5LAGA 5LXWA 1B5VA 1TEWA 3KAMA 4NSJA 4X3BA 2EPEA 4H9CA 1VFBC 2GV0A 1UA6Y 5LVGA 1WQPA 3AZ7A 3WUMA 1ZMYL 1LJIA 1NQIA 1IWTA 1GFHA 4H8XA 1I20A 1UIGA 1XEKA 1YQVY 2DQJY 1GF9A 4NEBA 5LVIA 4TTDA 1EQEA 1HEOA 1AKIA 3A90A 5I54A 4NY5A 1VDSA 1QIOA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4NGLA 4LDEA 5I5QA 4J1BA 3WU9A 2BQFA 3C7ZA 3A3QA 4WM2A 4NG1A 5L3HA 4PJ2C 4DD9A 4DDAA 4TSCA 175LA 1C6AA 3D9AC 4OWHA 2H5ZA 177LA 1JIYA 4BAPA 4GN3A 1L60A 104LA 1LMQA 3FE0A 1IORA 3A95A 1OQMA 4OOTA 4MR1A 1LHHA 5DN5A 1D2YA 1REMA 1ZV5L 4AGAA 4W94A 2XTHA 1LSCA 1GF3A 1L20A 2OE7X 1B7OA 1I56A 1IR8A 1D0KA 4DAJA 233LA 4ARMA 1DYCA 4DD2A 1LKSA 1L79A 1BB4A 241LA 1B7RA 131LA 1HERA 1CU6A 1L13A 4YM8A 2G4PA 1QTBA 197LA 4XADA 2H9KA 3LYOA 4ARLA 1C7PA 1W6ZA 1D6PA 3CT1A 1UICA 4Z46A 3TXJA 4XJGA 118LA 1UCOA 3PDSA 3EO5A 1OWYA 3AZ5A 3EMLA 4PPOA 4B49A 1CU2A 5E4PA 4QDNA 4QY9A 1IVMA 3WPLA 3C82A 2HEEA 3DMVA 4NGKA 3RT5X 2IHLA 1LZCA 3PBLA 1LZ5A 2I25L 3TMWA 5KY1A 4GCCA 4GN5C 1XGTC 4YOPA 1GF5A 1L59A 119LA 1C65A 3CB7A 1LSZA 4RW2A 1OUEA 1RCMA 2YDGA 5T3FA 1OP9B 1G0JA 2XBSA 1WTNA 3TXFA 3SBBC 4WOAA 1LMNA 1CJ9A 3DN8A 1LZ8A 3DN3A 113LA 1L56A 4GCFA 2O4WA 2RBNA 1LHIA 3DN4A 1LSDA 4ET8A 227LA 2YBNA 2YBLA 1OUGA 4NGVA 132LA 2ZWBA 1DKKA 6LYTA 1L27A 1L36A 2Y8PA 5FDJA 1P46A 5D5FA 1L09A 189LA 1C6TA 3WH1A 1GFRA 1LSMA 3AW6A 192LA 1AZFA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2DQC Y;  1LMT A;  4NGL A;  5IDD A;  1BB6 A;  1LHL A;  4WLT A;  5HMJ A;  1G7M C;  2W1M A;  2XBR A;  4J1B A;  5I5Q A;  4WLD A;  4HTN A;  3WU9 A;  2DBT A;  2BQF A;  1KIP C;  1YAQ A;  5L3I A;  2LYM A;  4LT1 A;  1HNL A;  3A8Z A;  3TMX A;  3A3Q A;  1LZD A;  1LZ1 A;  1GE3 A;  4HV2 A;  1XSF A;  5B07 A;  2VB1 A;  5LIN A;  4YF2 A;  3IJV A;  2H9J A;  1JJ1 A;  4WM2 A;  4NG1 A;  5L3H A;  3RW8 A;  4PJ2 C;  1YKY X;  4DD9 A;  2BQO A;  4DDA A;  4TSC A;  1LSP A;  1JKA A;  1FLW A;  3D9A C;  4OWH A;  5FEK A;  1REX A;  207L A;  1YKX X;  1FKV A;  2H5Z A;  5LAF A;  4YEN A;  4I8S A;  1JIY A;  4BAP A;  1LKR A;  135L A;  3AGG G;  4GN3 A;  3FE0 A;  1LMQ A;  4NSG A;  3P65 A;  1IOR A;  1INU A;  2BLY A;  1CKD A;  1YRO A;  3A95 A;  4GCD A;  4WL6 A;  4BAF A;  4BAD A;  1OQM A;  3CSZ A;  4WLX A;  4OOT A;  3M18 B;  1G7I C;  2CJL A;  4MR1 A;  3ATO A;  1LHH A;  1LZG A;  2Q0M X;  5DN5 A;  4CFP A;  1IC5 Y;  3CQL A;  1QSA A;  4LYM A;  4UWV A;  1REM A;  1ZV5 L;  3CSR A;  4AGA A;  1W08 A;  1HEL A;  4W94 A;  1TAY A;  4Z3M A;  1VAT A;  1GE1 A;  2XTH A;  9LYZ A;  1LSC A;  1GF3 A;  1LHJ A;  1YAO A;  5KXO A;  1B7O A;  1I56 A;  1IR8 A;  4G4B A;  1D0K A;  4FDY A;  4XJF A;  4W96 A;  3B6L A;  4KPM A;  2HEF A;  2LHM A;  4IAS A;  4NIJ A;  3WU8 A;  1GF7 A;  1KXW A;  2B5Z A;  1LKS A;  4J0L A;  4DD2 A;  3TXD A;  2CGI A;  5APE A;  1WQR A;  1BB4 A;  1CJ6 A;  1B7R A;  4NHP A;  4WO9 A;  1JKD A;  5KXW A;  4EMN A;  1GXX A;  1XGU C;  1HER A;  4WM3 A;  3VWO A;  2FBB A;  5LYZ A;  1LYY A;  1GD6 A;  4H92 A;  5HNL A;  4YM8 A;  2G4P A;  1LZ6 A;  1LSA A;  4NGO A;  1LHM A;  1QQY A;  1LZR A;  3W6B A;  2EKS C;  4HJZ A;  3LYM A;  2H9K A;  3D3D A;  3LYO A;  4XAD A;  3P68 A;  5I53 A;  5A3Z A;  1C7P A;  1W6Z A;  4LYO A;  1D6P A;  3CT1 A;  1UIC A;  2A7D A;  4II8 A;  3AB6 A;  1UID A;  4HTQ A;  2HU1 A;  5FHW A;  4Z46 A;  1DI4 A;  5J7C A;  1F6S A;  1GB3 A;  2BQN A;  3TXJ A;  1GDX A;  1MEL L;  1HC0 A;  3HBD A;  5APD A;  2I6Z A;  4XJG A;  3IWR A;  1D0M A;  1B7Q A;  1UCO A;  4N0J A;  3EO5 A;  1LSY A;  3AZ5 A;  4I0C A;  1OUB A;  2ZYC A;  4PPO A;  4WL7 A;  4B49 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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