1Z55A

Effect of alcohols on protein hydration
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
publication title Effect of alcohols on protein hydration: crystallographic analysis of hen egg-white lysozyme in the presence of alcohols.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme C
total genus 48
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2005-03-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1z55A00
1GB7A 2CGIA 3ATNA 1LSCA 5LYTA 1LMAA 2MEIA 1HEPA 1UACY 4CGEA 1VDPA 133LA 1JUGA 4WM1A 1LJ3A 3AZ5A 4LZTA 1CKCA 4B4IA 4NWEA 1J1XY 4KPMA 1IC4Y 1BVXA 4TWSA 4GCFA 1LZCA 3A3QA 4WMGA 3HBDA 4NGOA 1YKZX 4ETCA 1BWIA 1UIEA 3CB7A 3LYTA 4YENA 4QEQA 5L9JA 3EMSA 3A92A 3J4GA 1DKKA 2BQCA 2DBTA 4Z98A 1CJ8A 1LPIA 4OWEA 4LYOA 2D4KA 5LAGA 1LSAA 2G4NA 1LTMA 1GE3A 2W1LA 1B7QA 1LZRA 4CHXA 3B0KA 4J7VA 4NGLA 1IP3A 4H94A 1CKFA 4D9ZA 1GFGA 1GBYA 1BWHA 1JJ1A 2Z18A 3KAMA 1FN5A 1IVMA 5HNCA 3RT5X 4X3BA 3ULRA 1WQPA 1HEWA 1LKRA 3WYHA 1AT5A 1F6RA 3TMUA 1N4FA 4HTNA 5I5QA 1LSGA 1OUCA 2YBNA 2FYDA 3TMVA 5KXOA 1HFYA 4H92A 5LA8A 3M3UA 4DDAA 3TMWA 1UIAA 3WXTA 5DN5A 1NBYC 1OUAA 1GFUA 5D5CA 1RFPA 4J1AA 3WPLA 1RCMA 1T3PA 3OJPA 1D6PA 5KXNA 1GF8A 2LYZA 2W1XA 3A8ZA 5J7CA 1GF5A 1VDTA 1WTNA 1HMLA 1LZ1A 2HUBA 4DD0A 5DN4A 4PGJB 1LJGA 1QDRA 4B1AA 4NIJA 2D4JA 4BAFA 1ZVHL 2FYCA 4DYGA 1XEKA 1BB3A 5KXYA 1A2YC 4KT3A 2Z2EA 2MEAA 2Z19A 1LMPA 4H9IA 1IY4A 3CSRA 1H87A 1E8LA 3TXBA 5I54A 2YSSC 2H9KA 1NQIA 1O23A 4EOFA 2W1MA 4C5FA 8LYZA 1WQNA 4U3XB 2G4QA 1HENA 3TXGA 3IJUA 4WLYA 3WU8A 5HLLA 1CJ6A 5KXMA 4PPOA 5LA5A 1DI3A 1T6VL 2HEFA 4DD9A 1CJ7A 1GPQC 1MELL 1KIQC 3B72A 3CSQA 4DD2A 4I8SA 1IP2A 5AMYA 4Z46A 1HEQA 1BB7A 2BQBA 4AXTA 1LHLA 1W08A 1LZSA 2Z37A 3RZ4A 1HSWA 4IATA 4XJBA 4NSIA 1LOZA 1LYOA 4DWXA 2ZQ3A 1KXXA 5HNLA 1XGRC 1IWZA 5KXRA 3WUNA 1HEMA 1D9UA 2G4PA 1IR7A 3WPJA 1BB4A 1LMOA 3BKVA 3D3DA 1G7HC 5KJ9A 1GF6A 1B7MA 1EQ4A 1GE1A 4N1CC 4XADA 1HC0A 3A6CY 5HMVA 1BB6A 1OUHA 4LYCA 1BB5A 1FLQA 2XTHA 1G7MC 4NHIA 4UWNA 1DPXA 3TXKA 1LJFA 1UIFA 1GBZA 2MEEA 1NBZC 3TXEA 4GLAA 3W6CA 4Z41A 1B7OA 1IP5A 1JISA 3EXDA 3LZ2A 4PRUA 1WQMA 3BKHA 1WQRA 4RDSA 4C3WA 3B0IA 2BQGA 4G49A 1NDMC 1BHZA 2HEDA 3AW6A 1BGIA 3EBAB 4WG7A 3TXFA 1GAZA 4NEBA 4TTDA 2MEGA 3A95A 1GF3A 3J6KA 1JKAA 1IP4A 1LZYA 4H9AA 3TXHA 5LXWA 5KY1A 3FI7A 1AKIA 4RW1A 2I6ZA 1GFAA 1C46A 3AZ6A 2HECA 5LYMA 1FLUA 1LKSA 1LHIA 5E4PA 5I4XA 1HNLA 135LA 2MEDA 1KXYA 2XBSA 2HU3A 5B1FA 1IOSA 4HV2A 1JIYA 2DKVA 2F2NA 2BQDA 2B5ZA 1LZBA 1DI4A 2C8PA 3CT1A 1PZYA 3P64A 5APFA 3W6AA 1GFRA 3OK0A 4G4CA 4PRQA 5IHGA 1CKHA 2DQEY 1JTPL 1LZ6A 2CDSA 1YIKA 1I20A 1IR8A 2Z12A 4H90A 1REMA 2BQNA 4N1EI 5F9XA 2GV0A 4MSTA 4ETEA 4WO6A 4NGKA 4A7DA 5I4YA 4H9BA 1C43A 1ZVYB 1TDYA 4GCBA 4NGWA 4LT2A 4GCEA 4R6CA 3WPKA 5KKIA 1CJ9A 4RLMA 1GAYA 1FLYA 3GXRA 1LJ4A 4GLVA 4ANRA 1JTOL 2HEEA 1LMNA 2ZIKA 4DD3A 1JHLA 1LZEA 4WLDA 4H91A 1AM7A 132LA 1YKYX 4B49A 1RE2A 2YBHA 4DC4A 5FCPA 2Q0MX 1GBXA 5B05A 2D4IA 1LJIA 4H9CA 5FELA 1H6MA 3P68A 5KXZA 2F4GA 1NHEA 1YAQA 3AGHA 134LA 1WQQA 2BQIA 4HPIA 3T36A 4NSGA 5JENB 154LA 1INUA 5ILCA 4WM2A 1XGPC 1LHMA 1IY3A 4PHIA 2EIZC 5M1YA 5K7OA 4LFPA 4OWCA 3W6FA 4BS7A 5C6JA 4YEMA 1B7RA 5LIOA 3M18B 3W3EA 1TAYA 1LZTA 3AGGG 1LHJA 2FBBA 3WUAA 3WU9A 2DQFC 1YILA 4TSBA 1EL1A 1F10A 1IIZA 4HP0A 4XJDA 1QUTA 5KXXA 1NKHA 4H93A 2C8OA 3LYZA 1UIHA 4H8ZA 1LJJA 4J1BA 4NG1A 3N9CA 3WMKA 2ZNWY 2FBDA 2XBRA 4WG1A 1LMQA 3E3DA 1V7TA 3CT0A 3W6EA 2F4AA 1B5YA 3N9AA 1YAPA 4OOOA 4XJIA 3HBEX 1LHKA 1FBIX 1LSEA 1OUGA 2DQJY 1JSFA 3N9EA 4N8ZA 153LA 1XEIA 1UIBA 3G3AB 4ZFPA 2ZWBA 2YVBA 3A94A 4GN5C 3RU5A 4ET8A 3ZVQB 5B59A 3LN2A 3TMXA 1GE2A 1HERA 2BLYA 4IJ4A 1KXWA 4NGIA 2BQMA 4XENA 1B7NA 3CQLA 4LFXA 4I0CA 4LT3A 1GF0A 4RLNA 5DLAA 5F9UA 1JKCA 3WULA 5HMJA 1HF4A 1DPWA 1UC0A 1LAAA 3P66A 193LA 5F16A 1LSDA 1OUEA 1UBZA 1YKXX 2DQHY 2LZ2A 1QSWA 1JPOA 1JSEA 4RW2A 2YDGA 5KXWA 4GCCA 4H1PA 1BWJA 4OW1A 4M4OA 4Z3MA 1GFJA 5LYZA 4WL6A 9LYZA 4TX7A 4L41A 5LAFA 4XJFA 4TUNA 5LVJA 1UIDA 4G4HA 2YBLA 3QY4A 1QTKA 1WVVA 1HMKA 1LCNA 4HV1A 4LT0A 4WM3A 3EO5A 5IDDA 3A34A 1LZ8A 1VFBC 4FDYA 1HHLA 4N0JA 4YF2A 1FKVA 1HFZA 4B4JA 1IR9A 1YL1X 4WM6A 4B4EA 1YAOA 4GCDA 2BQJA 4NSHA 2MECA 4H8YA 1DI5A 6LYZA 2NWDX 2EQLA 4DDCA 1CNSA 1QUSA 4HTKA 2MEHA 1YAMA 1B5ZA 4KL7A 4BAPA 2ZILA 3W6BA 4G9SA 5L3IA 5D5FA 2Y8PA 2YBMA 2BQHA 4DDBA 1GF9A 4WO9A 1OUDA 4CFOA 3WU7A 4OWAA 3SP3A 1D6QA 1GFTA 5F14A 4MR1A 2LYOA 4QGZA 3D9AC 4NHTA 3AZ7A 2BPUA 5B07A 2BQEA 4E3UA 3CT5A 1IOTA 1KIPC 1B0DA 4J0LA 4GN3A 1HELA 5FEKA 4AGAA 1QSAA 4KXIA 4NSJA 2Z39A 3WVYA 5KXLA 4OWHA 1VEDA 1VAUA 1GXV2 2MEBA 3QNGA 5FDJA 2DQDY 1EQ5A 1LSNA 1HSXA 1G7IC 2H9JA 2LHMA 4NHSA 1GF7A 5HQ1A 1GB6A 3K3TA 5ILFA 3WL2A 3MGWA 2XJWA 1OP9B 5FSTA 2ZNXY 4HSFA 1GFEA 2HEBA 4EMNA 2CJLA 1REYA 1J1PY 1IP1A 1FDLY 4WLXA 1B5WA 4H8XA 1ALCA 1ZMYL 2BLXA 2ZIJA 1LSPA 1YQVY 1GFHA 1LYZA 4LGKA 1IC7Y 2D6BA 1GBOA 2DQAA 3IJVA 1WVUA 4W96A 1UICA 1YROA 208LA 5APCA 3WH1A 2BQKA 5B1GA 1LYYA 4BADA 1SQ2L 1JWRA 1GB8A 1IWUA 5KXPA 3LZTA 1YANA 1LJEA 1OUJA 2VB1A 5KXSA 4WOAA 2N5ZA 4H9EA 1LSZA 1FKQA 2I26L 4ETBA 1XFPL 1IP6A 1YL0X 3T6UA 1F6SA 1GBWA 1HEOA 1LZGA 5B06A 1CKDA 5II3A 1ZV5L 1TEWA 5KXTA 4PJ2C 4DT3A 1IP7A 1IORA 1G7LC 1GEVA 4NGZA 5IELA 1UIGA 1IO5A 3WW6A 1FLWA 3RNXA 1NWGA 1GDWA 1BQLY 1LZ4A 1XEJA 1LSMA 4ETDA 3IWRA 1JKBA 1IWTA 4HJYA 3AYQA 207LA 1GE4A 1IWWA 4UWVA 1A4VA 1QDTA 4NG8A 1GE0A 4NHPA 2ZYCA 5F81A 1GFKA 3WUMA 1XGQC 1BVKC 3CSZA 2BAAA 1F0WA 2A7FA 3GXKA 4ML7A 5I53A 4H9HA 3A93A 3RW8A 1B9OA 1B5XA 1SLYA 1AT6A 4XN6A 3A90A 4IASA 1WQOA 1AZFA 1LJNA 2F30A 1REZA 4N9RA 5KXKA 1GDXA 3LYMA 1QIOA 5C6IA 5DL9A 1GXXA 3F6ZA 1GB0A 1RI8B 3HFMY 4WL7A 1CKGA 1XSFA 3AW7A 1GWDA 4NGJA 1OUIA 3TXIA 1C10A 1B5UA 1B7PA 1IWVA 1PS5A 4NWHA 4LYMA 4CFPA 4HPEA 2ZYPA 3P4ZA 4YOPA 1D0KA 1LZAA 4QY9A 4NGYA 1JITA 5A3EA 5LVIA 1VDSA 2LZTA 1C08C 1KIRC 1LSYA 1G7JC 1UA6Y 2A7DA 4WM4A 3G3BB 2H5ZA 4ET9A 6LYTA 2IFFY 2DQCY 2IHLA 1LJKA 4W94A 4O34A 1B7LA 4OWBA 2BQAA 4N5RA 3P65A 4B0DA 3ATOA 5A3ZA 3A91A 2BQOA 1LZDA 2RSCA 5EBHA 3A3RX 1REXA 4H9FA 1IOCA 1JKDA 2BQLA 5C6LA 1J1OY 4WLTA 1LJHA 3W6DA 4YM8A 5DM9A 3LYOA 1LSBA 1LYSA 1GBSA 1I1ZA 3AZ4A 1LHHA 4LYTA 3B6LA 1IWXA 1GF4A 3A67Y 2Z2FA 1DZBX 1EQEA 3QE8A 4YEOA 1GHLA 1Z55A 4ETAA 1JEFA 1OUBA 1GB9A 1DXJA 2Z38A 5APDA 1HFXA 2LYMA 2WARA 1LZNA 7LYZA 5L3HA 4HTQA 4R0FA 1I56A 5KKJA 2HEAA 1IC5Y 4TSCA 1RJCB 4M6DA 3WW5A 2HU1A 1UCOA 3A6BY 4ZEEA 3AJNA 4HJVA 1NF5A 4NGVA 1GB3A 3HBHA 3WVXA 3WXUA 4DD7A 1IWYA 1XGTC 1OQMA 3A96A 1QTEA 4CJ2A 1GB2A 2DQIY 194LA 5LVHA 1DQJC 3ZVQA 4II8A 1B2KA 1LMTA 2YBJA 2YBIA 1QQYA 5I4WA 4QDNA 4ZIXA 4XJGA 1OUFA 1GB5A 1UUZC 1C7PA 3B0OA 4GN4A 1LSFA 2D91A 1WTMA 2MEFA 2PC2A 3ZEKA 3VWOA 4P2EA 1IOQA 1JJ3A 1LMCA 1VDQA 1JTTL 1GD6A 2W1YA 2BQFA 1XGUC 4XYYA 1DKJA 4WM5A 1B7SA 1W6ZA 5LVGA 2I25L 4MCKA 1B5VA 1JJ0A 4NFVA 2AUBA 4G4BA 1GEZA 4UWUA 2HTXA 4NY5A 4LYZA 4NHQA 5LINA 4LT1A 5FHWA 1P2CC 3TXDA 2X0AA 1D0MA 4XJHA 4DD1A 1LZ5A 3AGIA 1NDGC 1NMMA 4OOTA 1IEEA 1LZ9A 1MLCE 2ZQ4A 4LYBA 3AB6A 3LHMA 1D0LA 2DQGY 2EPEA 4HJZA 5APEA 1TCYA 5LVKA 5E9RA 1IX0A 2CWIA 3TXJA 1VATA 1TBYA 4FJRA 3FE0A 1V7SA 2EKSC 1C45A 1GFVA 5T3FA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1P64A 182LA 133LA 4WM1A 1L34A 4LZTA 4I7OA 2B73A 4KPMA 1IC4Y 4TWSA 3ODUA 4DKLA 2O7AA 1QSQA 1DKKA 245LA 4Z98A 1EPYA 1LPIA 138LA 4OWEA 1XEPA 2HUMA 1ZYTA 3SB5A 2W1LA 3DN6A 4CHXA 1T8AA 4NGLA 3CDQA 2XQOA 1OWYA 1GFGA 1T8GA 1JJ1A 2Z18A 3KAMA 1IVMA 109LA 241LA 1WQPA 1HEWA 1L72A 1LKRA 3DMVA 3WYHA 143LA 1N4FA 195LA 1OUCA 256LA 1HFYA 4DDAA 2A4TA 3FADA 1GFUA 7LZMA 1RCMA 4LDLA 3C7ZA 4B1AA 156LA 1XEKA 2MEAA 210LA 2Z19A 1LMPA 1H87A 3TXBA 2H9KA 1NQIA 2W1MA 4U3XB 262LA 1HENA 3TXGA 229LA 5LA5A 1DI3A 1T6VL 2QB0B 2HEFA 4DD9A 1CJ7A 3CSQA 1KIQC 1HEQA 1L23A 248LA 1NHBA 1W08A 1C6BA 3RZ4A 1HSWA 4DWXA 1LYOA 2RBOA 5KXRA 188LA 3HTBA 2RB1X 5KJ9A 165LA 1SSYA 1EQ4A 1SSWA 4YXAC 2B75A 4LYCA 1G7MC 4NHIA 4UWNA 1DPXA 3TXKA 3LZ2A 3HDEA 1WQRA 4RDSA 1NDMC 2HEDA 1BGIA 3EBAB 3HTDA 246LA 1L68A 1L36A 3FI7A 3AZ6A 1GFAA 5LYMA 1FLUA 226LA 1LHIA 163LA 1KXYA 2HU3A 5B1FA 148LE 1IOSA 1JIYA 2DKVA 5IHGA 4PRQA 1CKHA 1JTPL 2Z12A 2BQNA 5F9XA 4ETEA 5I4YA 4NGKA 4LT2A 4R6CA 4ANRA 151LA 1JHLA 1LZEA 219LA 4B49A 3HUAA 1RE2A 2YBHA 5B05A 4ARJA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1GB7 A;  2CGI A;  3ATN A;  1LSC A;  5LYT A;  1LMA A;  2MEI A;  1HEP A;  1UAC Y;  4CGE A;  1VDP A;  133L A;  1JUG A;  4WM1 A;  1LJ3 A;  3AZ5 A;  4LZT A;  1CKC A;  4B4I A;  4NWE A;  1J1X Y;  4KPM A;  1IC4 Y;  1BVX A;  4TWS A;  4GCF A;  1LZC A;  3A3Q A;  4WMG A;  3HBD A;  4NGO A;  1YKZ X;  4ETC A;  1BWI A;  1UIE A;  3CB7 A;  3LYT A;  4YEN A;  4QEQ A;  5L9J A;  3EMS A;  3A92 A;  3J4G A;  1DKK A;  2BQC A;  2DBT A;  4Z98 A;  1CJ8 A;  1LPI A;  4OWE A;  4LYO A;  2D4K A;  5LAG A;  1LSA A;  2G4N A;  1LTM A;  1GE3 A;  2W1L A;  1B7Q A;  1LZR A;  4CHX A;  3B0K A;  4J7V A;  4NGL A;  1IP3 A;  4H94 A;  1CKF A;  4D9Z A;  1GFG A;  1GBY A;  1BWH A;  1JJ1 A;  2Z18 A;  3KAM A;  1FN5 A;  1IVM A;  5HNC A;  3RT5 X;  4X3B A;  3ULR A;  1WQP A;  1HEW A;  1LKR A;  3WYH A;  1AT5 A;  1F6R A;  3TMU A;  1N4F A;  4HTN A;  5I5Q A;  1LSG A;  1OUC A;  2YBN A;  2FYD A;  3TMV A;  5KXO A;  1HFY A;  4H92 A;  5LA8 A;  3M3U A;  4DDA A;  3TMW A;  1UIA A;  3WXT A;  5DN5 A;  1NBY C;  1OUA A;  1GFU A;  5D5C A;  1RFP A;  4J1A A;  3WPL A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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