1QTHA

The introduction of strain and its effects on the structure and stability of t4 lysozyme
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAMLINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords LYSOZYME
publication title The introduction of strain and its effects on the structure and stability of T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 55
structure length 162
sequence length 162
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1qthA00
4OO9A 1D3FA 107LA 114LA 1G0QA 4I7PA 4DKLA 1LYDA 175LA 1D3MA 3C7YA 103LA 1QTDA 4W59A 1QS5A 246LA 1L95A 1L04A 2IGCA 1C6IA 3DKEX 1CU3A 1OVHA 3PDSA 3HUQA 3C80A 4I7OA 217LA 111LA 120LA 1LW9A 3HH5A 185LA 1L97A 1C67A 1L11A 1QT8A 1WTHA 4I7SA 1L44A 219LA 2RH1A 3FI5A 1L70A 2RB2X 2RBOA 3DMXA 102LA 222LA 141LA 4W58A 1L15A 3DN0A 1L76A 144LA 3DMVA 164LA 1KY0A 2QARC 1P3NA 242LA 3NY9A 3PBLA 1LWKA 3DNAA 4YX7C 1QT4A 1CX6A 1L90A 1L92A 1L08A 1LI3A 183LA 1L66A 1L60A 1T97A 2OEAX 3DMZA 1C6NA 1ZWNA 178LA 3HDFA 1C60A 1L84A 251LA 230LA 1L80A 118LA 4LDLA 1L24A 129LA 2RBSA 1QT3A 4I7LA 2HUKA 137LA 232LA 4PK0A 1L20A 4ARMA 4ARPA 4E97A 3FADA 1PQMA 108LA 3GUJA 240LA 2HULA 1L19A 3HH4A 131LA 140LA 1OYUA 3DN2A 233LA 1L57A 2RBNA 3OE9A 1L82A 4IAPA 2RAYX 2B6WA 1C6EA 1LYEA 1C6JA 1QUHA 104LA 1QT7A 1L05A 113LA 4LZMA 2ANVA 238LA 245LA 3HTGA 4PJZA 1C6KA 262LA 1L01A 1LYHA 4I7KA 3SB8A 1G0KA 2RB0X 250LA 147LA 4LDEA 1L13A 4I7NA 1DYDA 1LYJA 3OE8A 1QTZA 1C68A 3CDRA 1T8GA 171LA 1C65A 143LA 220LA 3F9LA 212LA 216LA 3DN3A 1D2WA 215LA 1L23A 253LA 1L29A 2B72A 2O7AA 5I14A 1L63A 1L99A 1LGUA 1NHBA 2B6ZA 1L47A 1P56A 2RB1X 1L45A 1QSQA 1C6FA 4ARJA 3HTDA 1L87A 1CU5A 3LZMA 1L98A 1QTCA 1CV4A 150LA 1P2RA 139LA 1C6HA 186LA 227LA 151LA 1C62A 3FA0A 4YXCA 1LPYA 1LYIA 1P7SA 125LA 1QS9A 1QUGA 1L12A 155LA 1G0MA 201LA 1CV6A 2NTHA 126LA 1CV5A 4GBRB 3SB9A 3ODUA 4ARQA 168LA 2O4WA 3EMLA 234LA 3HU9A 1L89A 2F47A 1L21A 3GUIA 4W51A 261LA 180LA 1C6TA 1PQDA 1C69A 145LA 1PQOA 1CV3A 2OU0X 2B74A 1CUQA 1DYGA 1QT6A 3SBAA 2NTGA 1KW7A 2RAZX 3HT6A 1P36A 3SB5A 5LZMA 3HT8A 218LA 3GUNA 4I7QA 2B70A 3CDVA 1QTBA 1L74A 128LA 213LA 2B75A 4EPIA 109LA 1KS3A 247LA 3L2XA 3OE6A 1C66A 169LA 6LZMA 226LA 1PQJA 142LA 1L46A 260LA 127LA 189LA 1P2LA 7LZMA 2RBRA 1QUOA 182LA 1L28A 259LA 2OTZX 1CX7A 1L72A 1L94A 2LZMA 1L81A 239LA 1L18A 3C7WA 190LA 160LA 2F32A 1OV7A 1P46A 3C82A 196LA 1L49A 3CDQA 1P5CA 174LA 1D3JA 3HTBA 3RZEA 2B6YA 1CU0A 228LA 1T8AA 110LA 1L96A 1L22A 1P6YA 2HUMA 3HWLA 3NY8A 4EKPA 1C63A 3HH3A 3V2YA 1L79A 1L06A 4DJHA 3CDOA 1L61A 1L85A 210LA 1OVJA 3RUNA 1L16A 1CUPA 3C83A 1SX7A 236LA 1L83A 1SWYA 1G07A 3QAKA 3C8SA 235LA 1L62A 3HUAA 3GUKA 149LA 2B6TA 1L03A 1L40A 3C8RA 4YXAC 221LA 3HU8A 4K5YA 1L43A 2QB0B 1CVKA 1TLAA 255LA 1L41A 206LA 1JTNA 225LA 195LA 1C61A 165LA 1L59A 1L0KA 2Q9DA 3GUMA 4EPFA 167LA 188LA 1JQUA 241LA 1KW5A 2B73A 3HT7A 1L10A 123LA 1DYBA 205LA 3F8VA 184LA 1OV5A 162LA 1CU2A 1XJUA 1JTMA 3GUOA 1LYGA 2A4TA 1G0PA 1C6DA 1QTVA 1L33A 1L27A 4EJ4A 3G3XA 1L64A 156LA 1L54A 2B7XA 3C8QA 237LA 4W54A 1G06A 1L58A 1C6PA 1DYCA 1L39A 157LA 3SBBC 1G0LA 3JR6A 1L69A 2CUUA 1C6QA 1D9WA 1LI6A 177LA 2RBQA 2Q9EA 248LA 1L93A 1PQIA 1C64A 199LA 1LYFA 1EPYA 1C6CA 138LA 192LA 2F2QA 3DN1A 1LI2A 4EKSA 1L77A 3C81A 1OWZA 1T8FA 4I7JA 1C6LA 1G1VA 1L32A 1L91A 1DYAA 1QUDA 3HDEA 130LA 1ZYTA 2L78A 3OE0A 4W56A 4I7RA 152LA 1L30A 172LA 258LA 1L56A 173LA 2OE9X 3C7ZA 2O79A 3DN4A 1XEPA 3G3WA 1L73A 146LA 1L09A 2OE4X 1L07A 3SB6A 4EKRA 2B6XA 3VW7A 1B6IA 1CTWA 1L86A 3SN6R 243LA 1G0JA 1L71A 3UONA 1L51A 1QT5A 1C6MA 249LA 4ARMB 1L53A 1KNIA 1L37A 1G1WA 1SWZA 3GULA 3G3VA 1L55A 1PQKA 122LA 2ANXA 1L67A 1CV1A 254LA 1QTHA 229LA 2Z6BA 200LA 1CV0A 1L48A 1L31A 1L17A 1SSYA 3GUPA 209LA 4ZPUA 4W53A 4ARLA 211LA 214LA 3HTFA 166LA 181LA 2OTYX 1L38A 3K2RA 4I7TA 1L36A 1D3NA 1L52A 1LGWA 1ZURA 252LA 1L25A 4EKQA 159LA 1L35A 4GRVA 1L00A 223LA 1C6AA 4AQNA 4W55A 1L0JA 1L14A 1L42A 2OU8A 2OU9A 1L88A 3HUKA 3CDTA 198LA 3V2WA 4I7MA 224LA 1I6SA 3D4SA 4W57A 2LC9A 1OVKA 176LA 1L34A 3L64A 1C6BA 2LCBA 1KY1A 256LA 1C6GA 1P37A 1LWGA 1OWYA 170LA 1QSBA 1SSWA 1DYFA 197LA 112LA 1CU6A 3DN8A 4S0WA 191LA 3SB7A 3HT9A 2RBPA 257LA 231LA 3DN6A 1L75A 1LLHA 3NYAA 158LA 4EXMA 1DYEA 4DAJA 161LA 3HH6A 4ARQB 4W52A 163LA 1L50A 4LDOA 1L02A 148LE 1SX2A 119LA 2OE7X 1L65A 115LA 1G0GA 1P64A 1L68A 1L26A 1D2YA 1K28A 1LGXA 244LA 187LA 1XJTA 1T6HA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4OO9A 3AJNA 1G0QA 4DKLA 4HP0A 1LYDA 3P4ZA 3W6BA 103LA 246LA 1L04A 1C6IA 3AZ4A 4H9AA 1GE3A 4N1EI 4CFPA 2BAAA 1JWRA 1IWVA 1N4FA 3HUQA 3C80A 217LA 111LA 4NGZA 120LA 5KXTA 5LA8A 1LSDA 4YM8A 3B6LA 1CKGA 1REMA 4FJRA 4TWSA 1WTHA 2RB2X 1TEWA 5HNLA 141LA 2Z37A 1QTKA 2BLYA 1LZRA 2QARC 4PHIA 1P3NA 3DNAA 1QT4A 2Q0MX 1L92A 183LA 1IP1A 3HDFA 1C60A 1L84A 230LA 1T6VL 1L80A 2BQEA 1GF3A 3FI7A 1LHLA 2RBSA 1OUDA 4I7LA 2HUKA 232LA 4OWHA 4ANRA 3TMWA 4ET8A 5B06A 4H92A 3FADA 3GUJA 2HULA 4AGAA 233LA 1L82A 1L05A 5KXWA 113LA 1LMOA 2ANVA 4LFXA 3HTGA 1WQPA 2D4IA 1QQYA 2IFFY 4I7KA 1A2YC 132LA 1G0KA 4I7NA 1DYDA 1NDMC 1HNLA 3A91A 1GFHA 1C68A 1WQOA 1AKIA 216LA 4H93A 1LYYA 1WQNA 1L29A 3CSRA 1L47A 1GDXA 4DD0A 3LZMA 5F16A 5AMYA 4O34A 1ZVYB 1FN5A 4RW2A 1G7MC 1P2RA 1P7SA 1NBYC 2Y8PA 2ZWBA 155LA 1G0MA 3N9EA 5K7OA 2CWIA 4WL6A 5FSTA 5KKJA 3HU9A 1GBOA 1UIFA 1F0WA 2CDSA 1GE4A 3T6UA 1PQDA 2HEDA 5DN4A 3SBAA 2BQGA 2RAZX 5FDJA 5LZMA 3HT8A 135LA 4IASA 3J6KA 2B70A 1B5VA 213LA 1WTNA 4DYGA 4LT1A 1C66A 4WG7A 169LA 6LZMA 226LA 1LSFA 142LA 1L46A 1HC0A 127LA 1P2LA 2RBRA 1QUOA 3MGWA 4H1PA 1IORA 1AZFA 3P65A 1GPQC 1W08A 239LA 3CT0A 3C7WA 190LA 1NF5A 3W6DA 1OV7A 3C82A 1D3JA 4QGZA 1CU0A 1P6YA 1L79A 4DJHA 1XGPC 3CDOA 1J1XY 3RUNA 1L16A 1CUPA 1SX7A 1SWYA 2DKVA 3C8SA 1NQIA 3F6ZA 149LA 1IX0A 5DLAA 4YXAC 1XGUC 1TCYA 3RT5X 1L43A 2YBNA 1CVKA 1L41A 1IIZA 206LA 225LA 1OUHA 2WARA 4U3XB 3QE8A 241LA 4C5FA 1LMPA 2B73A 3RW8A 3J4GA 1B5UA 1YAOA 1DYBA 1JKCA 3IJUA 4WM3A 4NWEA 4TTDA 1GF4A 4TSCA 3TXFA 162LA 5LAFA 5B59A 1IP2A 1L33A 4OWCA 1GBZA 4EJ4A 1QUSA 1YQVY 3G3XA 1L64A 4NSGA 2A7DA 5APDA 1NHEA 1IWUA 5APEA 4W54A 1G06A 1GBWA 5LVHA 3SBBC 5M1YA 1KIPC 1L69A 4XJDA 1C6QA 1D9WA 1REZA 3WVYA 5KXNA 1RI8B 3QY4A 2HEBA 1YKYX 248LA 4M6DA 1IP7A 3WW6A 4B1AA 5LXWA 1LMAA 1LI2A 1LZEA 4BAPA 3C81A 1OWZA 4R0FA 1L32A 5APFA 2DQAA 4MSTA 130LA 2L78A 4N5RA 4HV1A 152LA 1TDYA 1GFVA 1GB8A 2HTXA 1WQQA 1VDPA 2OE9X 2Z38A 2O79A 1GFGA 1XEPA 2DQDY 3G3WA 1LJJA 146LA 2LHMA 3SB6A 1L07A 4EKRA 3VW7A 2BQOA 1LJIA 1OUBA 1G0JA 1NMMA 3UONA 1L51A 1KNIA 1L37A 1SWZA 1YROA 2HU3A 2DBTA 1CV1A 4G4CA 2H9KA 2Z6BA 1LAAA 1SSYA 3GUPA 4WL7A 4ARLA 211LA 1TAYA 3HTFA 2ZYPA 4NGVA 1IC7Y 5IDDA 2OTYX 3TXJA 4X3BA 3K2RA 1LOZA 5D5CA 3ZEKA 5APCA 1LGWA 4I0CA 9LYZA 1LZAA 2BQHA 252LA 1L35A 4GRVA 223LA 1BGIA 1CKHA 2LYMA 2MEFA 5KXOA 4HPIA 1L14A 1UIDA 4ZEEA 198LA 3HUKA 1B7SA 5F9XA 1I6SA 3D4SA 3A94A 2D4KA 176LA 4NSHA 2W1MA 3L64A 4QDNA 2LCBA 3BKHA 5JENB 1LWGA 1SSWA 1QSAA 1YL0X 4ZIXA 112LA 1CU6A 191LA 5LA5A 257LA 1L75A 1LLHA 1NDGC 3A8ZA 3LHMA 1XFPL 3AZ5A 3HH6A 1GFKA 1MLCE 1YILA 1SLYA 2BQNA 4LDOA 4R6CA 1L02A 1BB7A 3A95A 115LA 1G0GA 1JJ0A 1ZMYL 244LA 2FBDA 187LA 3LYOA 2ZNXY 4NGOA 5L3IA 1D3FA 1JIYA 2BQCA 1B7LA 4LYMA 1GB2A 1I1ZA 1L95A 194LA 1LJHA 3DKEX 1LJ3A 1CU3A 4PRQA 4BS7A 3OJPA 4ML7A 4HJVA 5LVKA 4XJFA 4Z3MA 3N9CA 1UIEA 1L11A 1L44A 1CJ6A 1IOQA 1JJ1A 1HF4A 1LMTA 4HTKA 1L76A 144LA 164LA 1GD6A 4YX7C 1L90A 3DMZA 1DPWA 1GXXA 2I26L 2Z2EA 4XENA 133LA 5I54A 4HV2A 2F2NA 1JKAA 207LA 3WUNA 1QT3A 1LHJA 2MEDA 137LA 1D9UA 3M18B 4YEMA 4PK0A 1LZ1A 4FDYA 1L20A 1LJNA 4ARMA 1YANA 1LSMA 4ET9A 108LA 1F6SA 1LSCA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4OO9 A;  3AJN A;  1G0Q A;  4DKL A;  4HP0 A;  1LYD A;  3P4Z A;  3W6B A;  103L A;  246L A;  1L04 A;  1C6I A;  3AZ4 A;  4H9A A;  1GE3 A;  4N1E I;  4CFP A;  2BAA A;  1JWR A;  1IWV A;  1N4F A;  3HUQ A;  3C80 A;  217L A;  111L A;  4NGZ A;  120L A;  5KXT A;  5LA8 A;  1LSD A;  4YM8 A;  3B6L A;  1CKG A;  1REM A;  4FJR A;  4TWS A;  1WTH A;  2RB2 X;  1TEW A;  5HNL A;  141L A;  2Z37 A;  1QTK A;  2BLY A;  1LZR A;  2QAR C;  4PHI A;  1P3N A;  3DNA A;  1QT4 A;  2Q0M X;  1L92 A;  183L A;  1IP1 A;  3HDF A;  1C60 A;  1L84 A;  230L A;  1T6V L;  1L80 A;  2BQE A;  1GF3 A;  3FI7 A;  1LHL A;  2RBS A;  1OUD A;  4I7L A;  2HUK A;  232L A;  4OWH A;  4ANR A;  3TMW A;  4ET8 A;  5B06 A;  4H92 A;  3FAD A;  3GUJ A;  2HUL A;  4AGA A;  233L A;  1L82 A;  1L05 A;  5KXW A;  113L A;  1LMO A;  2ANV A;  4LFX A;  3HTG A;  1WQP A;  2D4I A;  1QQY A;  2IFF Y;  4I7K A;  1A2Y C;  132L A;  1G0K A;  4I7N A;  1DYD A;  1NDM C;  1HNL A;  3A91 A;  1GFH A;  1C68 A;  1WQO A;  1AKI A;  216L A;  4H93 A;  1LYY A;  1WQN A;  1L29 A;  3CSR A;  1L47 A; 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