1OUGA

Contribution of hydrophobic residues to the stability of human lysozyme: x-ray structure of the v2a mutant
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
KAFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWESGYNTRATNYNAGDRSTDYGIFQINSRYWCNDGKTPGAVNACHLSCSALLQDNIADAVACAKRVVRDPQGIRAWVAWRNRCQNRDVRQYVQGCGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
molecule keywords LYSOZYME
publication title Contribution of the hydrophobic effect to the stability of human lysozyme: calorimetric studies and X-ray structural analyses of the nine valine to alanine mutants.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 52
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1996-08-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1ougA00
1REYA 2Z2EA 1D0LA 2AUBA 1DZBX 5KXMA 5F9UA 1IP6A 1VDQA 1XEJA 1JKDA 1XGTC 4E3UA 2BQLA 1QSWA 3A6BY 3TXBA 2YBIA 4LYOA 5LAFA 1YAMA 4XJDA 2XTHA 1QSAA 6LYTA 1DKJA 2G4PA 1I56A 1OUAA 1HFYA 2Z38A 1HEOA 4OWCA 4R6CA 1G7LC 4HP0A 4GCEA 1GAYA 1GF5A 1GBZA 1UIDA 4OWAA 1I1ZA 1LZNA 4H9EA 4KL7A 1T6VL 4DT3A 4HJZA 3CB7A 3M3UA 5HNCA 1GBYA 1DI5A 1CJ8A 1PZYA 4QDNA 1HEMA 2H5ZA 1GF6A 4CFOA 4NWEA 3LN2A 1UIEA 5C6IA 5I5QA 4RLNA 1LYYA 2I25L 1LZRA 3EMSA 4NY5A 1OUFA 4H9AA 5KY1A 3A3QA 1DPXA 4HSFA 4G4CA 1D0KA 3HBEX 4ZIXA 5M1YA 1GFRA 3LHMA 5KKJA 1INUA 1GB2A 5LVGA 2BQBA 3FE0A 1WVUA 4QGZA 1LSBA 4OWEA 5A3EA 3TXDA 5JENB 1FLUA 1CNSA 4HJYA 4WL6A 4OOOA 4J7VA 4OWBA 1UBZA 3WUAA 1REZA 4WG7A 1IIZA 1BQLY 4BS7A 1IOTA 3J6KA 1EQ5A 4H1PA 1BVKC 1LMCA 1NWGA 4WMGA 2VB1A 4H9FA 3AZ7A 4KPMA 4CHXA 4HTKA 3TXGA 4ZEEA 1YROA 1B5YA 4LYBA 3TMVA 2Z39A 3A91A 1KIQC 2D4JA 5A3ZA 3QNGA 2BQKA 4II8A 1OUJA 2BQFA 1GF0A 5HLLA 1GB3A 5KJ9A 4LYMA 3EBAB 1LJIA 1N4FA 4U3XB 3LZTA 193LA 4GLVA 1LZGA 1UUZC 3AW6A 4WM4A 1C45A 1JJ3A 2XBSA 3A67Y 5LVJA 1UIAA 1LJJA 5LIOA 2DQFC 3LZ2A 1XFPL 3WUNA 4ANRA 1B2KA 1YKZX 1Z55A 2DQAA 3TXJA 2LHMA 3ZEKA 1TDYA 4DD2A 1IO5A 1LJ4A 4H9IA 4WO6A 4MR1A 1BB4A 1AZFA 1IWYA 1H6MA 1YAPA 5IELA 1LJHA 5KXRA 3GXRA 4WLDA 3TXKA 6LYZA 3AW7A 5E4PA 5I4XA 154LA 2G4NA 4H8XA 2EPEA 1LYSA 4EMNA 3QE8A 3M18B 4YEOA 4W94A 4BAPA 4NHQA 1W08A 1DI3A 1IC7Y 4FDYA 5FHWA 3WW5A 4B4EA 1JSFA 2LYOA 1J1OY 4WLXA 2FBDA 3P4ZA 5DN4A 4D9ZA 2B5ZA 3HFMY 1MLCE 4LT3A 1OUIA 2D4KA 3TMWA 5T3FA 4G49A 5DN5A 5LYTA 4IJ4A 3D9AC 1CKGA 1HHLA 1VATA 2YBLA 3HBHA 4NG8A 4ETEA 4LFPA 4GCBA 4DD3A 3AGIA 4NSHA 5APCA 1AT5A 2Z18A 4QEQA 1FDLY 1EQ4A 3ZVQB 4M4OA 2Y8PA 1QTKA 1GF4A 4LT1A 4LYCA 1HNLA 1LJNA 2EIZC 3RU5A 5I4YA 5L9JA 1LZCA 1HF4A 4MCKA 3WXUA 4QY9A 1GFUA 1JIYA 1LZ1A 4NEBA 4IASA 4Z3MA 5LYMA 3A94A 3AGHA 1B5VA 5KXOA 4HV2A 1IVMA 1GF8A 2MEEA 4WM6A 3OJPA 1UACY 3HBDA 4NGVA 1HSWA 3AB6A 3IJUA 5DL9A 135LA 5EBHA 3EXDA 1BHZA 1GPQC 4H8YA 5DLAA 3B0IA 4H92A 1IWZA 4DD7A 2CJLA 5K7OA 3TXIA 4XYYA 3W6EA 4NGWA 1SQ2L 3OK0A 1WQQA 1D6QA 4H94A 5KXSA 3A95A 1BWJA 1CJ6A 3CSZA 5HMJA 1AT6A 1DI4A 2MEBA 3WYHA 1LSFA 1LMAA 2GV0A 4GCDA 1EL1A 4N0JA 5II3A 5ILFA 1LSEA 1BB7A 4NSGA 1GBWA 4RLMA 1JUGA 1LJ3A 2WARA 4HTQA 2F30A 1DXJA 3KAMA 3J4GA 1LZSA 1NDGC 3RT5X 1GFTA 3A90A 4Z46A 1B7SA 2HU1A 3B72A 3GXKA 4G4HA 4LYTA 3LYMA 4A7DA 3AJNA 1LZ6A 2W1LA 4IATA 1QUSA 4WG1A 2HEAA 3B0OA 3F6ZA 4B4JA 2ZNXY 3WMKA 4Z98A 4P2EA 5AMYA 1WTNA 1H87A 4XJBA 2LZTA 1P2CC 4LGKA 1HMLA 3WPLA 1ALCA 5LVKA 1CKDA 4H90A 1LMPA 3ZVQA 1WQNA 1LSMA 2ZNWY 4LT0A 1XGRC 5FSTA 1O23A 4NGZA 5KXYA 1VAUA 4EOFA 2BLXA 1BB3A 1LZTA 2CWIA 2W1XA 4XADA 1GXXA 5FCPA 4ML7A 2ZILA 5KXLA 2ZYPA 4XENA 1GEZA 2BQCA 1GHLA 1IORA 4B4IA 1PS5A 1TCYA 1BWHA 5L3HA 1QIOA 1JPOA 1UIHA 1VDTA 1GF7A 4DD0A 9LYZA 5LINA 2D91A 3G3BB 1LHKA 1V7SA 2YVBA 1B5XA 4NGKA 1IP7A 4NIJA 1IEEA 2FYDA 4GN4A 1LMOA 4LYZA 4WOAA 2DQIY 1TBYA 2BQEA 4B1AA 1B7RA 4KT3A 2DQDY 2H9JA 1LJGA 1C43A 1GDXA 1XGPC 1JTOL 2HU3A 5LYZA 1QDTA 3W6AA 1RE2A 1QTEA 1QQYA 5IDDA 134LA 1JEFA 1T3PA 1LSDA 4HPEA 2BQAA 4PRQA 4PHIA 1GEVA 4RW1A 1LSYA 1NMMA 2Z12A 5FELA 1B5UA 1KIPC 1IC4Y 4PPOA 4UWNA 1WQRA 2XJWA 3CSQA 4OW1A 5LA8A 5APDA 2PC2A 3BKHA 1RFPA 5J7CA 4N1EI 1I20A 1LZ8A 3LYTA 1OUDA 5E9RA 8LYZA 1LMTA 4UWUA 4N5RA 5LVHA 2BQHA 3A34A 2HEBA 1GDWA 1HERA 3WH1A 1GFKA 1YILA 1IC5Y 4DDCA 3MGWA 3A6CY 5LVIA 1D0MA 4CJ2A 1B5WA 4DDAA 4ETBA 1B7PA 4H9BA 5LAGA 1YL0X 4WM1A 4H8ZA 1G7MC 4NGLA 4DDBA 4YM8A 2LZ2A 2ZYCA 1JISA 4TX7A 133LA 1OUEA 1UIFA 1GB6A 1OQMA 1LZ4A 4N9RA 5C6LA 1LHJA 4XJHA 1GAZA 4LFXA 1DQJC 4WM5A 5KXPA 3A93A 1QDRA 2YBMA 4GN3A 1G7IC 1C08C 1OUHA 5IHGA 1XGQC 1ZV5L 2DQHY 3TXFA 4YEMA 1KXYA 4YF2A 194LA 1VDSA 2ZWBA 3B0KA 2MEIA 5DM9A 1F6RA 1GE2A 2MECA 4OOTA 1IOQA 2HTXA 2ZQ3A 4HPIA 1LCNA 5D5FA 2C8OA 2DQJY 2W1MA 2YBNA 3WVYA 2HEFA 2MEHA 4XN6A 3W6FA 2YDGA 1GBXA 132LA 2LYMA 4Z41A 3A92A 4G9SA 1HEPA 4NHIA 1JSEA 5B06A 2DQEY 2EQLA 4WLYA 1CKHA 5B05A 4FJRA 4R0FA 4B49A 207LA 1LZAA 1IR8A 1LSNA 1B7QA 2DQCY 4TWSA 1F0WA 1YL1X 1V7TA 3W6BA 1GE4A 5HMVA 1NBZC 1SLYA 3CQLA 4AGAA 4PGJB 1GFJA 4TUNA 1FLQA 1IWXA 4CFPA 1LSPA 1LPIA 1TEWA 4H91A 3TXEA 4KXIA 5ILCA 1LZDA 1LYOA 4C5FA 4H9CA 4NHTA 3N9AA 1LMQA 5KXZA 2Z2FA 4NGOA 4XJIA 1DKKA 3RNXA 1GFEA 1LYZA 4WM3A 4HJVA 3CT5A 5F9XA 1YKXX 3B6LA 5HQ1A 1JJ1A 1KXXA 3VWOA 1B7OA 1YANA 3N9EA 5C6JA 1FBIX 2HECA 2Z37A 4UWVA 1GF9A 5FEKA 3WU9A 2EKSC 1IOCA 3WPJA 2HEEA 1GE0A 1YAOA 1GD6A 2MEGA 1DPWA 1YQVY 2MEAA 5APEA 1B7LA 1AKIA 3N9CA 1LHHA 2I26L 4ETCA 3RW8A 2G4QA 5D5CA 2BQOA 1LSZA 3TXHA 4CGEA 1UA6Y 1LTMA 1NKHA 1NQIA 3LYOA 4DC4A 2N5ZA 4X3BA 4NHSA 1UIGA 5KXKA 1YAQA 1HFXA 4H93A 4L41A 1YIKA 1TAYA 1JITA 1XEIA 2F4GA 2YBHA 5B07A 1LKRA 1HFZA 2A7DA 4BAFA 5KXWA 2FBBA 2YSSC 1BWIA 1F10A 2CGIA 4WO9A 1JKCA 4G4BA 3QY4A 5LA5A 1G7JC 1GBOA 2HUBA 1WQMA 2RSCA 3P68A 4NSJA 3TMXA 3W6DA 1LHLA 3WPKA 3K3TA 1GB7A 4B0DA 3WW6A 2H9KA 1LJEA 5B59A 4C3WA 4I0CA 3AGGG 1VFBC 1F6SA 4NGYA 5I54A 3CT0A 2D4IA 2MEFA 4NGJA 4DD1A 5APFA 1LZYA 2YBJA 2X0AA 1LJFA 1GBSA 1A2YC 1LZBA 1GFAA 4TSBA 1BVXA 3ATNA 4ETAA 1OUCA 3ULRA 1YKYX 1A4VA 4TSCA 4ET8A 1IY4A 1C7PA 1GF3A 1QUTA 4NWHA 4YOPA 1JTTL 1IP4A 1LSCA 1D6PA 3ATOA 1LJKA 1LOZA 1WVVA 1JTPL 2CDSA 1RI8B 1ZVYB 3AZ4A 4NHPA 5F14A 1GB8A 2NWDX 7LYZA 2BPUA 4N1CC 5KXNA 1REMA 1HEQA 2BQJA 3IWRA 4M6DA 2Z19A 4W96A 1GWDA 1XGUC 4DWXA 1EQEA 3T6UA 4TTDA 1IR7A 4NFVA 1XEKA 1AM7A 2C8PA 3WULA 2MEDA 3D3DA 4LZTA 5B1FA 4J0LA 1B7MA 1BB5A 1BB6A 1IWVA 1LSAA 1LZEA 4NGIA 208LA 1HC0A 2BQGA 1CJ7A 1RJCB 5L3IA 1JJ0A 1KIRC 4XJGA 2Q0MX 5I4WA 4I8SA 1IX0A 3CSRA 1FKQA 1GE3A 4XJFA 1MELL 1WQPA 1WQOA 2DBTA 3A96A 3BKVA 1HENA 1IP3A 3G3AB 5FDJA 1CKCA 1IP2A 5HNLA 5KKIA 1FLYA 3WU8A 1GFVA 1D9UA 3WUMA 1GFGA 1REXA 3AZ6A 3P66A 153LA 5I53A 4ETDA 1W6ZA 4AXTA 2ZQ4A 1JKAA 4GCCA 1LAAA 2DQGY 2BLYA 4MSTA 1B7NA 3WL2A 5F81A 1NBYC 2I6ZA 1LZ9A 1VEDA 1GB0A 4RW2A 1IR9A 3W6CA 2F4AA 2BQNA 3WVXA 1UCOA 4J1AA 3W3EA 2ZIJA 2BQDA 3WU7A 3E3DA 4WLTA 3LYZA 1E8LA 1LMNA 3A3RX 4NG1A 4DD9A 2IHLA 1IWTA 4O34A 4GCFA 1VDPA 1XSFA 4GLAA 1FLWA 1GB5A 1OUBA 4YENA 1IWWA 1C10A 4BADA 1WTMA 3EO5A 4NSIA 3A8ZA 1GXV2 1FN5A 1GFHA 1B5ZA 2XBRA 4RDSA 4WL7A 3SP3A 1HSXA 4J1BA 2HEDA 1HELA 1IWUA 3FI7A 1NF5A 4HTNA 2W1YA 1IP5A 5KXXA 1LSGA 5KXTA 1UC0A 4ZFPA 1JKBA 3CT1A 1UIBA 4OWHA 4PJ2C 3P65A 1HMKA 1OUGA 2BQMA 1HEWA 4LT2A 4N8ZA 1J1XY 2D6BA 1KXWA 4GN5C 4ET9A 2F2NA 3AYQA 3AZ5A 4DYGA 2A7FA 1C46A 1CJ9A 1CKFA 2LYZA 5LXWA 1ZVHL 1UICA 2IFFY 3T36A 1JWRA 1GB9A 3TMUA 1IOSA 1RCMA 1IP1A 1B9OA 1FKVA 1NHEA 1ZMYL 1OP9B 1LKSA 3IJVA 4PRUA 1JHLA 2BAAA 1B0DA 4H9HA 4HV1A 5F16A 5B1GA 1IY3A 1J1PY 3P64A 2BQIA 4WM2A 3WXTA 3RZ4A 2DKVA 1BGIA 1LZ5A 1NDMC 2ZIKA 2FYCA 1LHMA 1LHIA 1G7HC 1GE1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2B7XA 2B6XA 2AUBA 1L77A 139LA 5F9UA 1T8FA 1VDQA 1XGTC 4E3UA 1QSWA 4LYOA 5LAFA 1YAMA 3SB5A 6LYTA 1LI6A 1OUAA 1HFYA 1HEOA 4R6CA 1G7LC 1B6IA 3M3UA 5HNCA 1L35A 1DI5A 1HEMA 3HWLA 1L96A 5C6IA 158LA 4NY5A 5KY1A 1DPXA 1D0KA 3HBEX 1GFRA 5KKJA 1P3NA 2LC9A 1INUA 4OO9A 4OOOA 4OWBA 3WUAA 1REZA 1IIZA 1BQLY 1L00A 210LA 2Z39A 5A3ZA 253LA 1L26A 215LA 2BQKA 4EKRA 4U3XB 4WM4A 1L42A 1G1VA 1L55A 4ANRA 1B2KA 2DQAA 3TXJA 123LA 3ZEKA 1TDYA 4DD2A 154LA 1L87A 4W94A 2RAZX 173LA 4NHQA 4FDYA 1J1OY 4K5YA 1L48A 1G0PA 3P4ZA 4LT3A 4E97A 1C64A 1OUIA 1XJTA 2D4KA 1CU5A 1CKGA 1CV0A 2YBLA 4ETEA 4LFPA 1L75A 4NSHA 1L44A 1K28A 1FDLY 3ZVQB 1QTKA 4LT1A 3EMLA 1JIYA 1LZ1A 4NEBA 3AGHA 5I14A 4W53A 1G0MA 1IVMA 1HSWA 5DL9A 1L24A 1EPYA 4H92A 1IWZA 2RBRA 2CJLA 4XYYA 1SQ2L 2B74A 3A95A 1CJ6A 1DI4A 1LSFA 4GCDA 2GV0A 2RBSA 1EL1A 5II3A 3HDFA 1PQMA 4RLMA 4I7TA 1JUGA 2F30A 1DXJA 3KAMA 1P56A 1B7SA 237LA 1L99A 3LYMA 4IATA 1QUSA 4W51A 4WG1A 2HEAA 3B0OA 3F6ZA 3FA0A 3GUNA 1H87A 4LGKA 1P2CC 1ALCA 1LSMA 2ZNWY 5FSTA 2CWIA 196LA 1BB3A 1LZTA 1GXXA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1REY A;  2Z2E A;  1D0L A;  2AUB A;  1DZB X;  5KXM A;  5F9U A;  1IP6 A;  1VDQ A;  1XEJ A;  1JKD A;  1XGT C;  4E3U A;  2BQL A;  1QSW A;  3A6B Y;  3TXB A;  2YBI A;  4LYO A;  5LAF A;  1YAM A;  4XJD A;  2XTH A;  1QSA A;  6LYT A;  1DKJ A;  2G4P A;  1I56 A;  1OUA A;  1HFY A;  2Z38 A;  1HEO A;  4OWC A;  4R6C A;  1G7L C;  4HP0 A;  4GCE A;  1GAY A;  1GF5 A;  1GBZ A;  1UID A;  4OWA A;  1I1Z A;  1LZN A;  4H9E A;  4KL7 A;  1T6V L;  4DT3 A;  4HJZ A;  3CB7 A;  3M3U A;  5HNC A;  1GBY A;  1DI5 A;  1CJ8 A;  1PZY A;  4QDN A;  1HEM A;  2H5Z A;  1GF6 A;  4CFO A;  4NWE A;  3LN2 A;  1UIE A;  5C6I A;  5I5Q A;  4RLN A;  1LYY A;  2I25 L;  1LZR A;  3EMS A;  4NY5 A;  1OUF A;  4H9A A;  5KY1 A;  3A3Q A;  1DPX A;  4HSF A;  4G4C A;  1D0K A;  3HBE X;  4ZIX A;  5M1Y A;  1GFR A;  3LHM A;  5KKJ A;  1INU A;  1GB2 A;  5LVG A;  2BQB A;  3FE0 A;  1WVU A;  4QGZ A;  1LSB A;  4OWE A;  5A3E A;  3TXD A;  5JEN B;  1FLU A;  1CNS A;  4HJY A;  4WL6 A;  4OOO A;  4J7V A;  4OWB A;  1UBZ A;  3WUA A;  1REZ A;  4WG7 A;  1IIZ A;  1BQL Y;  4BS7 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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