3A93A

Crystal structure of hen egg white lysozyme soaked with 30mm rhcl3
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
publication title Elucidation of Metal-Ion Accumulation Induced by Hydrogen Bonds on Protein Surfaces by Using Porous Lysozyme Crystals Containing Rh(III) Ions as the Model Surfaces
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme C
total genus 45
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2009-10-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3a93A00
1IP1A 1LZAA 2IHLA 1IR8A 2MEHA 2Y8PA 5APDA 1GWDA 2D4JA 4HJZA 3T6UA 2I25L 5K7OA 1UIBA 4HJVA 1WQMA 1XEJA 3WUNA 1TEWA 4QEQA 1DPWA 1MELL 4LT1A 4ETBA 1LHKA 5B1GA 1OUJA 4XJBA 2BLYA 5I4YA 4PJ2C 1LJFA 2A7DA 1LZEA 3TXKA 1YKZX 5KKJA 3A90A 4NWHA 1QDTA 4ET8A 3RW8A 2LHMA 4XYYA 2BQGA 4OOTA 3EO5A 3J4GA 3WU9A 5DN5A 3B6LA 1CJ6A 2LYOA 5LIOA 1IWUA 1IO5A 1GBWA 1LHJA 1WQQA 1IC5Y 4DD2A 5HQ1A 1PS5A 4RLMA 4CFOA 1GFAA 1HFYA 4GLVA 1LJ3A 5KJ9A 3B0OA 1LSBA 1WQPA 2H9KA 5APCA 5KXLA 1BB4A 1QTKA 1IEEA 135LA 1GFUA 3CB7A 1NKHA 134LA 1AT5A 4NGOA 4WLXA 2MEBA 2FBDA 1GE4A 1WQOA 5T3FA 4DDBA 1C7PA 1LZ4A 4IJ4A 2A7FA 5IELA 4WG1A 154LA 2DKVA 1LAAA 4HV1A 4LYMA 3WU7A 1IOSA 1HEMA 1LZ1A 3T36A 4UWUA 4LYOA 2Z39A 4O34A 2Z12A 2ZNWY 4NSIA 4DD3A 207LA 4II8A 1VDQA 3WXUA 5EBHA 2HECA 3LN2A 2N5ZA 4OWEA 4XJHA 5F16A 4BS7A 3LHMA 4DDAA 5I4XA 1B9OA 4KT3A 2D4IA 5HMVA 1A4VA 5L3HA 3FI7A 3WUAA 5ILCA 1GDWA 3WU8A 3W6DA 4WM4A 5B07A 2HU1A 1JTTL 1LKSA 1LZCA 3LYZA 1YILA 4R0FA 5KXNA 4D9ZA 5KXXA 4UWVA 1JITA 2DBTA 1H6MA 1G7HC 1B0DA 4G49A 4NG1A 4WM3A 1B7PA 1IP4A 1IOCA 1HEQA 1LSZA 4TUNA 1FN5A 1G7LC 1T6VL 4M4OA 3LYTA 1BB7A 4H91A 1IC7Y 3WULA 5B1FA 1GB7A 1OUGA 2XBRA 4G4BA 2Z2EA 5LYMA 2ZYPA 4TX7A 4YEMA 2DQIY 4HV2A 3A67Y 4WM2A 5I54A 5B59A 2XJWA 1UIHA 1B5UA 1NF5A 1B7QA 1JISA 3GXRA 1GBSA 4ML7A 2ZNXY 4N5RA 4OWCA 1HENA 5KKIA 1LSCA 2AUBA 2MEDA 3LZ2A 2Z37A 1GBOA 4UWNA 1KIQC 1UUZC 1GD6A 1BB5A 1LMPA 1P2CC 1AM7A 4GCEA 4H9EA 4J1BA 3TXEA 3ZEKA 2HU3A 4ETDA 4FDYA 1OUBA 1BWHA 3AZ6A 3G3BB 4ETEA 2CJLA 2EKSC 5FCPA 1OUCA 3WPKA 1YL0X 3IJUA 4LT0A 1LOZA 1LSYA 2YVBA 3CT5A 1LYSA 1LPIA 3A8ZA 2W1MA 2WARA 1B5WA 1ALCA 4NGVA 4TSCA 1D6PA 1LSDA 4HP0A 4NGJA 1B7NA 3FE0A 1GFTA 4IATA 5F14A 1LSGA 3LZTA 1LZRA 1DXJA 2X0AA 2ZQ3A 1KXYA 1EL1A 1W6ZA 4GLAA 4QGZA 5LVIA 1INUA 1QTEA 1CJ7A 5A3EA 3SP3A 1EQ5A 1JKAA 2HUBA 1GB9A 5F9UA 2BQJA 4J1AA 1HMLA 1B5YA 3AZ7A 4Z98A 4BAPA 2D91A 1GF6A 1UBZA 4LYCA 1HEOA 3B72A 5ILFA 1B7OA 1IC4Y 1LTMA 4GCFA 1HF4A 3VWOA 4B49A 4MCKA 1QUTA 1WTMA 153LA 1B7MA 5II3A 208LA 3B0KA 3AZ5A 4WM6A 3W6FA 4G9SA 1UCOA 4HTKA 1IOQA 3WH1A 1HFZA 5LVHA 3D9AC 1HEPA 1HEWA 1FKVA 4NHSA 3W6AA 1QUSA 1D6QA 3OK0A 1J1OY 1QQYA 1VAUA 1WVUA 1OUEA 1GF0A 1QIOA 1LZSA 5C6IA 1GAYA 1GB5A 4NG8A 1LJ4A 4GN5C 5IHGA 1CJ8A 4ETCA 1GF4A 2BQLA 4DD0A 1LSEA 4RW2A 1GB2A 1H87A 1JEFA 5LXWA 1JWRA 5D5FA 1BHZA 1KIPC 4H8YA 5IDDA 5KXSA 1YAOA 4G4HA 1WTNA 4NGWA 4NIJA 1GB6A 4NSGA 4PGJB 4QY9A 7LYZA 3N9EA 4LFPA 4OOOA 5LINA 5HNCA 5LYZA 5C6JA 1LHLA 2HEEA 193LA 1UICA 2ZIKA 1LSMA 1B7SA 2B5ZA 1JTPL 4PRUA 5L9JA 2FYDA 3EMSA 5FHWA 4BADA 1GDXA 4CJ2A 3WL2A 1HFXA 1GE2A 1XGRC 1F0WA 4WL7A 1IP5A 2BQEA 3P66A 5KXPA 6LYZA 1BB3A 1FBIX 4CGEA 1DPXA 3P65A 2Z38A 1LCNA 3AGIA 4MSTA 2G4QA 1GFRA 1IWWA 1HMKA 1LMCA 1XEIA 2MEGA 4KPMA 4TTDA 4B0DA 3AYQA 4WLTA 2Z18A 2VB1A 3AJNA 3BKHA 3CSQA 1HNLA 1LZTA 4I0CA 5M1YA 1WQNA 4H90A 1C43A 4OW1A 1GBXA 2BQDA 4M6DA 1FLWA 1JKBA 1YIKA 4GN4A 4XADA 1BVKC 1YAQA 5I53A 5C6LA 4N1CC 4NWEA 1BVXA 1NDMC 1VDTA 3RU5A 1QSAA 5HNLA 6LYTA 1IX0A 5DM9A 1I20A 1YL1X 3CSRA 1EQ4A 4KXIA 1V7TA 2I26L 2DQFC 3TXIA 1GF7A 2BQNA 5FDJA 3WPJA 1IY3A 4EMNA 4YF2A 4DD9A 5A3ZA 4TSBA 1B2KA 1C45A 1KXWA 1OUHA 1QSWA 5FEKA 4Z3MA 1HELA 1RI8B 4TWSA 3W6BA 1GE0A 3AW6A 1GB0A 1LJEA 4WM5A 1OUAA 1ZVYB 5JENB 4WM1A 1DI4A 4H1PA 5D5CA 4B4IA 4QDNA 2C8PA 4B4EA 4Z46A 4XN6A 1LSAA 4WO9A 4BAFA 3ATOA 4B1AA 1GHLA 2BQHA 3G3AB 4E3UA 2BLXA 2DQEY 2LZTA 1ZV5L 3A3QA 3ATNA 1IWXA 3TXDA 4H9IA 3WVYA 3LYMA 4H94A 4WL6A 5LA5A 4ZEEA 1AZFA 1REXA 4N1EI 3TXHA 1BQLY 4NHQA 1CNSA 3K3TA 1JJ3A 4L41A 4H9CA 1BWIA 4NHPA 4XJGA 4YM8A 3A6CY 5APFA 2BQBA 1GFJA 4LFXA 2DQDY 194LA 1GXXA 4FJRA 4N9RA 4NGYA 4Z41A 5LVGA 1LZ5A 1HSWA 1NWGA 1TDYA 1CKGA 5KXWA 1FLUA 1B5ZA 1YQVY 1HC0A 1IWVA 1J1XY 4U3XB 4R6CA 1LJJA 4W94A 1DI3A 3QE8A 1QDRA 1IP2A 4WLYA 2F30A 5KXTA 1CKCA 1FDLY 3QY4A 3A93A 1LJGA 1LMTA 1GB3A 1JIYA 4H8XA 5KXOA 2DQGY 5E4PA 2RSCA 4DDCA 4HJYA 3W6EA 1UIEA 4DD7A 1DKJA 1UA6Y 3MGWA 5KXZA 5LVKA 1GBYA 4WLDA 1GF8A 1JSFA 3CQLA 1LHMA 5DN4A 3WUMA 1LZNA 2W1XA 2HEFA 4GCDA 1GF9A 4GCBA 4H9HA 3P64A 1C08C 3RNXA 1LJHA 1NDGC 4YEOA 1D9UA 3EXDA 1OQMA 4LYZA 5APEA 2BQOA 5I5QA 5KXYA 2HEAA 5B05A 9LYZA 1VDSA 1RJCB 1TBYA 3A94A 1WQRA 2BQKA 1PZYA 2H5ZA 1REYA 3IWRA 1GAZA 3WW5A 2YBIA 3ZVQA 4NY5A 132LA 4LZTA 4NGIA 4AXTA 1NBZC 1T3PA 4KL7A 1IP6A 1GFGA 1I1ZA 2PC2A 4NHIA 4WOAA 1YKYX 3A95A 4PHIA 1IP3A 1YROA 1O23A 3QNGA 2I6ZA 3TMVA 3A3RX 1FLYA 1BGIA 4HSFA 1UIGA 1UC0A 4OWAA 1VEDA 2ZWBA 1OUDA 1LYZA 1JKDA 2D4KA 4H92A 1DI5A 1GFVA 2BQFA 3AB6A 4HPIA 4NFVA 2ZYCA 4YENA 3A91A 4ETAA 1IVMA 4N0JA 1LYYA 1IWZA 1B5VA 2EPEA 5F9XA 3CSZA 2DQJY 4LYBA 4HTQA 2HEDA 3TMUA 4H93A 3HFMY 1J1PY 1GE1A 1Z55A 2XBSA 5KY1A 2MECA 1HHLA 4H8ZA 1AKIA 2GV0A 3TMXA 3W6CA 4CFPA 2DQAA 1D0MA 3F6ZA 3IJVA 4RLNA 4J0LA 4DC4A 1LJNA 1IP7A 2EQLA 2IFFY 1DZBX 1XGQC 1HSXA 3P4ZA 3RZ4A 2DQHY 4HPEA 4DYGA 4GN3A 2YBLA 1JUGA 1YAPA 1LZGA 5AMYA 5LYTA 3RT5X 1UIFA 4NGZA 1AT6A 2FBBA 5HMJA 1F10A 2BQMA 2YBHA 4NGKA 4LYTA 3B0IA 4H9AA 4YOPA 5DL9A 4PPOA 3ULRA 4J7VA 1REZA 2ZQ4A 3EBAB 4WMGA 2ZIJA 1YKXX 4XJIA 5LA8A 1YANA 3AW7A 1G7IC 1VATA 4ZIXA 1GB8A 4G4CA 1RE2A 1LSNA 1LSPA 2LYZA 4B4JA 4N8ZA 4CHXA 2YBNA 4LT3A 1D0KA 3A92A 1LZ9A 2W1YA 4ZFPA 3HBEX 3N9CA 5I4WA 1OUFA 2F4GA 5HLLA 5L3IA 1GBZA 1HERA 2MEEA 5LAFA 4A7DA 1BB6A 5LVJA 3N9AA 1LMNA 3TXFA 2YBJA 3WYHA 3AZ4A 1BWJA 1CJ9A 1TAYA 2CGIA 1GEZA 1MLCE 2XTHA 4NEBA 1JPOA 2BPUA 4W96A 1LMQA 2LZ2A 1N4FA 3LYOA 2G4NA 3M18B 3WVXA 3CT1A 4WO6A 1VDPA 1GPQC 2LYMA 3M3UA 4DD1A 1LKRA 1UIAA 3HBHA 4XENA 2YBMA 1NHEA 2BQAA 1LZYA 5FELA 2H9JA 1OP9B 1RFPA 1LMAA 1GF3A 1LJIA 1LZDA 1XGUC 4RW1A 1XGPC 4ET9A 1OUIA 4OWHA 1G7MC 3A96A 4X3BA 1IWTA 1W08A 1GF5A 3TXGA 3J6KA 5B06A 1NBYC 5KXMA 2F4AA 2Z2FA 2ZILA 1XSFA 2D6BA 3A34A 1F6RA 1REMA 1YAMA 5F81A 3WPLA 3WW6A 4HTNA 1XEKA 4MR1A 4XJDA 4LGKA 1DQJC 4AGAA 1RCMA 2HTXA 1EQEA 1LZ6A 1B5XA 1SQ2L 1DKKA 1C10A 1WVVA 3AGGG 4DT3A 1JKCA 1XGTC 1JSEA 1GEVA 2CDSA 2BQCA 5LAGA 4IASA 1IY4A 3D3DA 3KAMA 1ZVHL 3E3DA 2BAAA 1C46A 3GXKA 4NSJA 4RDSA 4WG7A 1VFBC 3TMWA 2NWDX 1TCYA 1LZ8A 2MEAA 4PRQA 3WXTA 3BKVA 3ZVQB 5FSTA 1XFPL 4NHTA 1LYOA 1IORA 2CWIA 4NGLA 2MEFA 1F6SA 1GE3A 1GFHA 1KXXA 1UIDA 1LZBA 2W1LA 4C3WA 5KXKA 1LHHA 4EOFA 1LSFA 4C5FA 1JTOL 1IR7A 1FLQA 1I56A 2HEBA 1NQIA 3TXJA 1D0LA 1SLYA 2YSSC 3W3EA 8LYZA 1G7JC 1IWYA 5DLAA 3AGHA 5E9RA 3HBDA 2G4PA 1LMOA 2YDGA 2F2NA 1KIRC 2Z19A 1GXV2 2MEIA 4LT2A 1NMMA 1CKDA 1GFKA 1UACY 1E8LA 4ANRA 1IOTA 3A6BY 1JJ0A 1JJ1A 1LHIA 2EIZC 5KXRA 4XJFA 3P68A 4P2EA 4OWBA 4GCCA 1V7SA 2DQCY 3CT0A 2FYCA 1FKQA 1GFEA 1LJKA 1ZMYL 2Q0MX 4H9FA 4I8SA 4H9BA 4DWXA 1IIZA 1IR9A 3OJPA 1B7RA 1JHLA 1CKFA 5J7CA 2C8OA 1A2YC 3TXBA 1CKHA 3WMKA 1B7LA 2BQIA 133LA 4NSHA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2IHLA 5APDA 2D4JA 3T6UA 5K7OA 1XEJA 4QEQA 1DPWA 3JR6A 4PJ2C 2A7DA 1LZEA 3TXKA 1KW5A 1YKZX 257LA 3GULA 4NWHA 4ET8A 1CU5A 3DN1A 1C6CA 1IC5Y 1G0LA 5KJ9A 3B0OA 5APCA 5KXLA 183LA 4NGOA 5T3FA 4DDBA 1C7PA 154LA 2DKVA 1LAAA 4HV1A 114LA 2Z39A 4O34A 1DYGA 1XJUA 2Z12A 4DD3A 207LA 1LWGA 5EBHA 3LN2A 162LA 1L54A 1B9OA 2OTZX 4EXMA 1GDWA 3WU8A 5B07A 1L38A 1YILA 1LYHA 139LA 5KXXA 1JITA 3NY8A 1L02A 1B7PA 1IP4A 1LPYA 4W53A 1T6VL 3LYTA 1GB7A 1OUGA 4YEMA 4WM2A 1UIHA 3SB8A 258LA 5KKIA 2AUBA 1GBOA 4UWNA 1P2CC 1LMPA 1L10A 1AM7A 4ETDA 1BWHA 221LA 3G3BB 2EKSC 5FCPA 3V2WA 3WPKA 1G06A 1YL0X 1QSQA 1D2WA 1LPIA 2W1MA 2WARA 1B7NA 1GFTA 1C6LA 1DXJA 5LZMA 1L83A 1QTEA 1L0JA 103LA 1GB9A 4J1AA 3OE6A 1B5YA 4YXCA 200LA 230LA 4BAPA 1HEOA 3C80A 4GCFA 1L22A 2O4WA 1QUTA 1B7MA 232LA 4G9SA 4HTKA 1HFZA 1P37A 3C8RA 4NHSA 1WVUA 1OUEA 1QIOA 1GAYA 2RB0X 4NG8A 2OTYX 1CJ8A 213LA 4RW2A 1GB2A 1H87A 137LA 1C6HA 1OVKA 1BHZA 4H8YA 5KXSA 3L2XA 4NGWA 3ODUA 1GB6A 1JTMA 5HNCA 2ZIKA 1P2LA 2NTHA 1JTPL 3EMSA 5FHWA 2L78A 1GDXA 1HFXA 1IP5A 2BQEA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1IP1 A;  1LZA A;  2IHL A;  1IR8 A;  2MEH A;  2Y8P A;  5APD A;  1GWD A;  2D4J A;  4HJZ A;  3T6U A;  2I25 L;  5K7O A;  1UIB A;  4HJV A;  1WQM A;  1XEJ A;  3WUN A;  1TEW A;  4QEQ A;  1DPW A;  1MEL L;  4LT1 A;  4ETB A;  1LHK A;  5B1G A;  1OUJ A;  4XJB A;  2BLY A;  5I4Y A;  4PJ2 C;  1LJF A;  2A7D A;  1LZE A;  3TXK A;  1YKZ X;  5KKJ A;  3A90 A;  4NWH A;  1QDT A;  4ET8 A;  3RW8 A;  2LHM A;  4XYY A;  2BQG A;  4OOT A;  3EO5 A;  3J4G A;  3WU9 A;  5DN5 A;  3B6L A;  1CJ6 A;  2LYO A;  5LIO A;  1IWU A;  1IO5 A;  1GBW A;  1LHJ A;  1WQQ A;  1IC5 Y;  4DD2 A;  5HQ1 A;  1PS5 A;  4RLM A;  4CFO A;  1GFA A;  1HFY A;  4GLV A;  1LJ3 A;  5KJ9 A;  3B0O A;  1LSB A;  1WQP A;  2H9K A;  5APC A;  5KXL A;  1BB4 A;  1QTK A;  1IEE A;  135L A;  1GFU A;  3CB7 A;  1NKH A;  134L A;  1AT5 A;  4NGO A;  4WLX A;  2MEB A;  2FBD A;  1GE4 A;  1WQO A;  5T3F A;  4DDB A;  1C7P A;  1LZ4 A;  4IJ4 A;  2A7F A;  5IEL A;  4WG1 A;  154L A;  2DKV A;  1LAA A;  4HV1 A;  4LYM A;  3WU7 A;  1IOS A;  1HEM A;  1LZ1 A;  3T36 A;  4UWU A;  4LYO A;  2Z39 A; 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 1F6R A;  1REM A;  1YAM A;  5F81 A;  3WPL A;  3WW6 A;  4HTN A;  1XEK A;  4MR1 A;  4XJD A;  4LGK A;  1DQJ C;  4AGA A;  1RCM A;  2HTX A;  1EQE A;  1LZ6 A;  1B5X A;  1SQ2 L;  1DKK A;  1C10 A;  1WVV A;  3AGG G;  4DT3 A;  1JKC A;  1XGT C;  1JSE A;  1GEV A;  2CDS A;  2BQC A;  5LAG A;  4IAS A;  1IY4 A;  3D3D A;  3KAM A;  1ZVH L;  3E3D A;  2BAA A;  1C46 A;  3GXK A;  4NSJ A;  4RDS A;  4WG7 A;  1VFB C;  3TMW A;  2NWD X;  1TCY A;  1LZ8 A;  2MEA A;  4PRQ A;  3WXT A;  3BKV A;  3ZVQ B;  5FST A;  1XFP L;  4NHT A;  1LYO A;  1IOR A;  2CWI A;  4NGL A;  2MEF A;  1F6S A;  1GE3 A;  1GFH A;  1KXX A;  1UID A;  1LZB A;  2W1L A;  4C3W A;  5KXK A;  1LHH A;  4EOF A;  1LSF A;  4C5F A;  1JTO L;  1IR7 A;  1FLQ A;  1I56 A;  2HEB A;  1NQI A;  3TXJ A;  1D0L A;  1SLY A;  2YSS C;  3W3E A;  8LYZ A;  1G7J C;  1IWY A;  5DLA A;  3AGH A;  5E9R A;  3HBD A;  2G4P A;  1LMO A;  2YDG A;  2F2N A;  1KIR C;  2Z19 A;  1GXV 2;  2MEI A;  4LT2 A;  1NMM A;  1CKD A;  1GFK A;  1UAC Y;  1E8L A;  4ANR A;  1IOT A;  3A6B Y;  1JJ0 A;  1JJ1 A;  1LHI A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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