1T8GA

Crystal structure of phage t4 lysozyme mutant l32a/l33a/t34a/c54t/c97a/e108v
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
158
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHAASLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGVTGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
publication title Alanine-scanning mutagenesis of the beta-sheet region of phage T4 lysozyme suggests that tertiary context has a dominant effect on beta-sheet formation.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 158
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2004-05-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1t8gA00
3UONA 2OE9X 1QTVA 2B73A 1L34A 1L24A 1C6NA 107LA 3HT9A 217LA 181LA 1OWZA 1QUDA 1P36A 1CUQA 1L42A 205LA 221LA 3OE6A 1L63A 222LA 3DN1A 1ZWNA 168LA 147LA 201LA 185LA 1L69A 120LA 3HTGA 1L01A 1SX2A 4I7RA 4EJ4A 2LC9A 4S0WA 158LA 2B70A 161LA 170LA 119LA 4K5YA 1L58A 162LA 110LA 173LA 2L78A 1L85A 198LA 1SX7A 165LA 164LA 259LA 3ODUA 1L27A 233LA 218LA 2O79A 4EKPA 1L92A 1LYHA 102LA 1L97A 3DN8A 1L05A 1P56A 157LA 1L16A 223LA 1DYDA 2B72A 4W55A 4I7PA 178LA 200LA 1L53A 2HULA 3CDVA 163LA 3SB7A 1L61A 1QTDA 3L2XA 3CDOA 3HDEA 1CU6A 4ARQB 2NTHA 257LA 1JTNA 1L90A 1D2WA 2RBOA 128LA 1L19A 1QT3A 210LA 195LA 1DYEA 3L64A 1SWZA 1KY1A 1CU0A 1LYJA 1L87A 131LA 1L17A 3C80A 1G0LA 3HH3A 2OU9A 1L15A 1L99A 1WTHA 1QUGA 171LA 1L04A 111LA 2B6TA 1CX7A 1PQDA 1L26A 209LA 1L65A 1OVKA 1LYDA 1T8GA 3K2RA 3CDTA 1L11A 3HH5A 1C6AA 248LA 4IAPA 1LWGA 1JTMA 1L07A 169LA 2RH1A 3OE8A 3HWLA 215LA 253LA 143LA 1QT7A 1G0PA 1C6EA 1ZURA 2OEAX 251LA 6LZMA 1KS3A 3SB9A 4I7SA 3HU9A 1L21A 2HUMA 4I7NA 1C6IA 4E97A 1L89A 3C82A 4LDEA 188LA 4W58A 1OYUA 2RBNA 191LA 1L41A 1KNIA 250LA 2QARC 3NY8A 234LA 236LA 1C60A 2HUKA 1P5CA 240LA 1L81A 1CV4A 1G0KA 174LA 2NTGA 1L93A 1OVJA 1P6YA 1CUPA 148LE 1C6LA 3DMXA 3DMVA 3SB6A 1L10A 1C68A 2Q9DA 1L67A 1T8AA 3G3XA 1PQJA 3DN2A 261LA 172LA 1KY0A 2OE4X 4W54A 1CVKA 152LA 1L66A 1C62A 1CV0A 1PQMA 3DKEX 1LYEA 1L30A 4DJHA 125LA 1D3JA 3DN3A 3C81A 151LA 1L0JA 1L20A 4W51A 1L23A 1C6MA 1L68A 3HUKA 4I7OA 1L36A 2CUUA 1C69A 3PBLA 1L70A 2LZMA 1CV6A 3C8QA 4PJZA 1LI6A 1L35A 4I7QA 1XJUA 1L18A 1L02A 1C66A 1LI2A 2O7AA 3D4SA 1K28A 1C6PA 1G1VA 235LA 3HT6A 1KW5A 2B74A 4W52A 2RBRA 1L39A 1NHBA 1L55A 1QTCA 4EPIA 7LZMA 1C67A 2RB1X 3HT7A 3CDRA 239LA 2RBSA 138LA 2OU0X 1C6DA 130LA 2LCBA 2B6XA 4GRVA 4LZMA 1LGWA 1L98A 231LA 1I6SA 213LA 4YX7C 1DYGA 1LYIA 1L25A 1L09A 167LA 186LA 1L75A 108LA 1L82A 2B6ZA 1L60A 1L29A 4DAJA 2B6WA 1G1WA 243LA 3G3WA 242LA 177LA 1L22A 1CV5A 1L12A 1ZYTA 216LA 228LA 4ARMA 2B7XA 4AQNA 1LI3A 3HUQA 4LDLA 3DN6A 1QTZA 1T6HA 3DNAA 1P2LA 4EKQA 1L88A 1LLHA 112LA 1L62A 1L08A 3SBAA 103LA 1C6BA 1C63A 3C7YA 146LA 2B75A 3DN0A 4EXMA 258LA 1D3NA 1TLAA 230LA 3FI5A 1L13A 1G0MA 232LA 1L83A 1PQIA 2OTZX 3GUIA 175LA 3NYAA 2OU8A 184LA 2Z6BA 180LA 1L40A 4DKLA 3F8VA 196LA 212LA 226LA 2OTYX 4I7TA 3LZMA 166LA 1L14A 3C8RA 5I14A 1QT6A 1QT8A 2QB0B 4EKRA 118LA 262LA 1OWYA 219LA 1L86A 1CV3A 187LA 249LA 1DYCA 1T97A 1L84A 1P37A 3HH4A 197LA 225LA 1L50A 1D9WA 1EPYA 1L56A 3G3VA 159LA 2F47A 3QAKA 1CV1A 229LA 2RAYX 4W53A 260LA 1C6TA 1L96A 1L31A 2IGCA 1L51A 227LA 3HTBA 214LA 1L79A 4I7JA 160LA 4I7KA 4EKSA 1OV5A 3F9LA 3OE9A 109LA 199LA 1JQUA 1L48A 206LA 1QTBA 1QSQA 182LA 140LA 3V2YA 1SWYA 245LA 3SB8A 1G0QA 1CTWA 1G0JA 1D2YA 1PQKA 1XEPA 1DYFA 104LA 3HH6A 155LA 1L44A 1DYBA 1LPYA 1C6QA 3DN4A 4LDOA 1L54A 5LZMA 4ARQA 141LA 1P3NA 1LYGA 3HU8A 3GUNA 3V2WA 1L0KA 237LA 1L80A 3RZEA 145LA 1L94A 1L57A 3FADA 238LA 1LYFA 3VW7A 3GUJA 2ANXA 2A4TA 1DYAA 1LW9A 1L47A 1QTHA 113LA 1LWKA 127LA 1D3MA 4I7LA 1L91A 4W59A 189LA 2OE7X 1C6KA 4OO9A 4I7MA 1L06A 1L46A 241LA 3CDQA 1C6FA 3HDFA 3OE0A 1L52A 3SB5A 224LA 3GUPA 256LA 122LA 4W56A 4YXCA 2B6YA 2RB0X 4YXAC 1C6HA 1SSWA 1L72A 1L37A 4ARPA 1L38A 1XJTA 1C64A 3GULA 1KW7A 3SBBC 1OVHA 1C65A 129LA 1G07A 1C6CA 1B6IA 2O4WA 1G06A 144LA 3GUOA 1L74A 2ANVA 1L76A 220LA 4ARLA 1PQOA 3HUAA 3HTDA 1CU3A 1L45A 3HTFA 139LA 3RUNA 1QT4A 4EPFA 1L71A 4ZPUA 252LA 115LA 1P7SA 3GUKA 3EMLA 1C6JA 2F32A 176LA 2RBPA 1CX6A 1L33A 3FA0A 1CU5A 1QSBA 211LA 1L00A 3DMZA 1L77A 3C83A 190LA 254LA 1QS9A 3JR6A 1D3FA 123LA 1L49A 3NY9A 156LA 2F2QA 255LA 1QT5A 114LA 246LA 4ARMB 192LA 183LA 1C61A 3C7ZA 1CU2A 3PDSA 2RB2X 1QS5A 1QUHA 1L73A 149LA 1P2RA 1P64A 1T8FA 3C7WA 1L03A 4PK0A 1P46A 1L95A 3HT8A 1L32A 3GUMA 142LA 1L59A 1SSYA 150LA 3SN6R 1OV7A 4ARJA 1L64A 3C8SA 4GBRB 244LA 1C6GA 1G0GA 1LGUA 247LA 1L28A 126LA 2RBQA 4W57A 1LGXA 137LA 2Q9EA 2RAZX 1QUOA 1L43A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1B0DA 3WPKA 1L24A 4IASA 4DWXA 2BQMA 2DQEY 1L42A 221LA 1L63A 3DN1A 4TSCA 4BAPA 147LA 4I7RA 1HEPA 4NSGA 2B70A 2LHMA 1LJEA 4XADA 170LA 5E9RA 1L58A 162LA 4NIJA 3W3EA 5KXKA 2L78A 1L85A 3B0KA 4P2EA 1SX7A 1YKZX 1YAMA 1L97A 3WH1A 1UIBA 1L16A 1XGRC 3BKHA 4W55A 1DXJA 4G9SA 178LA 1L53A 4NSHA 4D9ZA 1LYOA 1GPQC 1LJFA 1LOZA 3L2XA 2LZ2A 1GDWA 4EOFA 2NTHA 5LYMA 4N9RA 210LA 1L19A 154LA 1KY1A 4H8YA 1L17A 2MEFA 1GAYA 3HH3A 2OU9A 1IWZA 3ATNA 3HBEX 1LJ4A 3WU7A 3WUAA 3WPJA 2C8OA 4RLMA 3K2RA 1HHLA 3AZ6A 1PZYA 3LZTA 4IAPA 3CT1A 1LZAA 3HWLA 3WW6A 1GFTA 1QT7A 4CFPA 153LA 2ZIKA 3W6BA 5I54A 251LA 1QSAA 3HU9A 2Z2FA 3RZ4A 3AJNA 4NHSA 3RNXA 2MEHA 2RBNA 250LA 2YBNA 234LA 236LA 2HUKA 1LMTA 1BWHA 1G7JC 1LYYA 1CUPA 3LYZA 1BB3A 1C6LA 3SB6A 1IWTA 1KIRC 5LAFA 2YBHA 2X0AA 1CKDA 172LA 1CKHA 1YL0X 3DKEX 4DJHA 125LA 151LA 5L3HA 2Y8PA 1L0JA 4L41A 1L23A 4OWAA 4J0LA 1YL1X 2CUUA 1AM7A 3CSQA 4I7QA 1L35A 1XJUA 2O7AA 2YBMA 3QY4A 3HT6A 235LA 1KW5A 3LZ2A 4ETCA 5B1FA 1F0WA 4E3UA 4A7DA 2F30A 1L39A 2HECA 4M6DA 1UA6Y 3FI7A 3A93A 1L55A 4PRUA 5LYTA 208LA 3WL2A 7LZMA 3HT7A 2RB1X 239LA 5KXSA 2RBSA 5HQ1A 2C8PA 130LA 2LCBA 2B6XA 2HEEA 1I6SA 4DD0A 1LJHA 1LYIA 1JPOA 4H9HA 3EXDA 3A6BY 167LA 3LYMA 1CJ8A 1L82A 1AT5A 2YBIA 1A2YC 5LVHA 177LA 1WQOA 4GCCA 4LYOA 1TDYA 4LGKA 1B5ZA 1GB5A 4NEBA 1RE2A 1OUHA 4DC4A 1L88A 1LLHA 2LZTA 112LA 1L62A 1B5VA 4NHQA 3SBAA 4NY5A 3DN0A 1BQLY 258LA 1HNLA 5LVJA 5L3IA 1CKGA 4GCBA 1G0MA 4J1AA 3AZ4A 232LA 5HLLA 2AUBA 1JKAA 2OTZX 3NYAA 2Z6BA 4DT3A 2LYMA 180LA 1L40A 1LMCA 4DKLA 212LA 1LCNA 226LA 2OTYX 4I7TA 1GF0A 3LZMA 166LA 1QT8A 3P4ZA 4H9BA 1OWYA 2CDSA 1L86A 1YQVY 249LA 1T97A 1P37A 4KPMA 1GF6A 1LZCA 2BQAA 3ZEKA 1LMPA 1L50A 3WUNA 4HV2A 1LMOA 1XSFA 1LJKA 1L96A 1GB6A 4Z3MA 214LA 3KAMA 160LA 1UIGA 5F9UA 3F9LA 5KXTA 182LA 1GEVA 1IX0A 3SB8A 1G0QA 1G0JA 1D2YA 1EQ5A 4NHTA 1DYFA 1NHEA 3HH6A 1HMKA 1C7PA 1XEKA 2I25L 5I5QA 1UIEA 5LZMA 1B5UA 1UC0A 3GUNA 5LVKA 4YF2A 7LYZA 1DKKA 1DYAA 1AKIA 189LA 1GB7A 2WARA 1BB6A 3W6DA 4OWBA 1LJIA 2OE7X 5KY1A 4XJFA 4C5FA 5KXLA 1GFVA 4RW2A 1YIKA 1L52A 3SB5A 3GUPA 122LA 2B6YA 4YXAC 1C6HA 3IJUA 4W96A 1VDTA 1L38A 1XJTA 1LZTA 3A6CY 3GULA 2XJWA 1C65A 1G07A 3J6KA 4XJGA 2O4WA 1GFJA 2ANVA 3TMXA 4WLXA 9LYZA 4HJZA 1L45A 5KKIA 1J1PY 1VATA 5HMJA 1IOCA 3WXTA 2F32A 4G4CA 2RBPA 4B1AA 3FA0A 211LA 2LYZA 1L77A 190LA 3JR6A 1D3FA 5K7OA 255LA 1G7LC 1QT5A 1MLCE 4R6CA 4B4IA 5F81A 4NGVA 3A3QA 1CU2A 3PDSA 3W6AA 2RB2X 4NG8A 1IORA 4WOAA 4XJDA 4B4JA 1LYZA 3HT8A 1L95A 4H94A 1C46A 3GXKA 5FDJA 1L59A 1DQJC 1OV7A 1JIYA 1VFBC 4GBRB 1C6GA 4GLAA 1QQYA 1OUIA 1IC7Y 1L43A 3UONA 1QTVA 3TXDA 1UBZA 1C6NA 107LA 1QUDA 2Z39A 1SLYA 1O23A 222LA 1NBYC 5APEA 168LA 201LA 1L69A 120LA 3HTGA 1L01A 4EJ4A 2LC9A 2XQOA 161LA 110LA 4PRQA 2BQHA 4UWVA 4MSTA 2D91A 3SP3A 233LA 4EKPA 4XN6A 1L92A 1T3PA 4KXIA 4HTQA 3MGWA 1P56A 4HTNA 1IEEA 1LSBA 4I7PA 5J7CA 1GWDA 4N1CC 4LFPA 3CB7A 4N1EI 2HULA 1H87A 1OP9B 1GBSA 163LA 3RU5A 3CDOA 4HJYA 1CU6A 257LA 2G4QA 1D0LA 1QT3A 4DQJA 195LA 1Z55A 3L64A 5APCA 1W6ZA 1CU0A 5LVGA 2XBSA 131LA 1GXXA 1HF4A 5T3FA 111LA 2B6TA 4LZTA 5IHGA 1PQDA 1VAUA 1OVKA 4NGLA 1C6AA 4H9FA 1ZVYB 4MCKA 2IHLA 253LA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1B0D A;  3WPK A;  1L24 A;  4IAS A;  4DWX A;  2BQM A;  2DQE Y;  1L42 A;  221L A;  1L63 A;  3DN1 A;  4TSC A;  4BAP A;  147L A;  4I7R A;  1HEP A;  4NSG A;  2B70 A;  2LHM A;  1LJE A;  4XAD A;  170L A;  5E9R A;  1L58 A;  162L A;  4NIJ A;  3W3E A;  5KXK A;  2L78 A;  1L85 A;  3B0K A;  4P2E A;  1SX7 A;  1YKZ X;  1YAM A;  1L97 A;  3WH1 A;  1UIB A;  1L16 A;  1XGR C;  3BKH A;  4W55 A;  1DXJ A;  4G9S A;  178L A;  1L53 A;  4NSH A;  4D9Z A;  1LYO A;  1GPQ C;  1LJF A;  1LOZ A;  3L2X A;  2LZ2 A;  1GDW A;  4EOF A;  2NTH A;  5LYM A;  4N9R A;  210L A;  1L19 A;  154L A;  1KY1 A;  4H8Y A;  1L17 A;  2MEF A;  1GAY A;  3HH3 A;  2OU9 A;  1IWZ A;  3ATN A;  3HBE X;  1LJ4 A;  3WU7 A;  3WUA A;  3WPJ A;  2C8O A;  4RLM A;  3K2R A;  1HHL A;  3AZ6 A;  1PZY A;  3LZT A;  4IAP A;  3CT1 A;  1LZA A;  3HWL A;  3WW6 A;  1GFT A;  1QT7 A;  4CFP A;  153L A;  2ZIK A;  3W6B A;  5I54 A;  251L A;  1QSA A;  3HU9 A;  2Z2F A;  3RZ4 A;  3AJN A;  4NHS A;  3RNX A;  2MEH A;  2RBN A;  250L A;  2YBN A;  234L A;  236L A;  2HUK A;  1LMT A;  1BWH A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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