1T8GA

Crystal structure of phage t4 lysozyme mutant l32a/l33a/t34a/c54t/c97a/e108v
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
158
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHAASLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGVTGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Alanine-scanning mutagenesis of the beta-sheet region of phage T4 lysozyme suggests that tertiary context has a dominant effect on beta-sheet formation.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
total genus 59
structure length 158
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2004-05-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1t8gA00
1QUOA 1L00A 3PDSA 1DYEA 4W56A 1SWYA 244LA 3L64A 1G1WA 1L88A 1C6EA 1WTHA 1LLHA 3F9LA 3DNAA 168LA 4ARQB 102LA 1L26A 1L03A 1L48A 1L80A 192LA 1PQKA 1L61A 3OE6A 3C7ZA 3C83A 3CDTA 4W54A 2OU0X 119LA 260LA 1L60A 1DYCA 3NY9A 3SB9A 3ODUA 1C6LA 1L19A 3GUNA 1L83A 1L40A 2OTZX 3HTFA 4I7LA 4LDEA 195LA 3GUPA 4EXMA 1KW5A 1CUPA 175LA 125LA 1QT8A 200LA 1KNIA 240LA 3GUIA 4I7QA 2CUUA 1C6TA 4EKPA 2OEAX 1PQJA 1L66A 1JTNA 103LA 1P2LA 249LA 3DN2A 1CX7A 1C60A 2RBOA 170LA 3K2RA 1L37A 3HH4A 2HUMA 4LZMA 1L71A 1L70A 1DYFA 226LA 1L73A 1QTHA 187LA 1G0PA 3C82A 1CUQA 143LA 255LA 2F47A 3GUOA 164LA 1XJUA 1L77A 3SBBC 3VW7A 4ARMA 2ANVA 239LA 3SBAA 1P64A 4I7NA 1DYBA 238LA 1XEPA 4I7PA 3FI5A 4DJHA 1L09A 2NTHA 1C6CA 3HWLA 104LA 172LA 1L76A 205LA 247LA 150LA 3C8RA 4EJ4A 131LA 1L43A 246LA 4AQNA 2B6YA 1L55A 3OE9A 251LA 3HT9A 1L75A 1L30A 1KY1A 182LA 1CU2A 223LA 220LA 4W52A 1C65A 1G0MA 1CU6A 231LA 211LA 4EKQA 174LA 1L86A 1C6HA 3FADA 1KW7A 169LA 4EPIA 253LA 245LA 3SB8A 1G1VA 2B7XA 1QTBA 1C6KA 3CDRA 1C66A 4I7MA 1C61A 1OVKA 219LA 157LA 224LA 2Q9EA 3UONA 1OV7A 3OE8A 1CX6A 1QT5A 3C80A 213LA 2B6WA 262LA 114LA 3RUNA 110LA 1I6SA 1L10A 2QB0B 1QS5A 4E97A 167LA 2F32A 3HTBA 2OE9X 171LA 163LA 4ARLA 1L04A 1L44A 234LA 2RBRA 151LA 236LA 1L63A 1L82A 230LA 3SB6A 1SSYA 1L23A 1ZURA 1JQUA 229LA 4DAJA 1P5CA 4YXCA 1L59A 155LA 227LA 1L18A 1LW9A 1QTCA 1TLAA 241LA 1L07A 2LZMA 4W58A 1L69A 1OV5A 1C69A 1L54A 4YX7C 1L57A 1QTVA 225LA 3DMVA 1EPYA 1C6BA 1P3NA 1SSWA 3C7YA 1QT6A 5I14A 3G3XA 3CDVA 1G0JA 1QTZA 4EPFA 3V2WA 1KY0A 1D2YA 1L84A 1G07A 3HH5A 2OTYX 1L74A 4W51A 1QT3A 118LA 2RB2X 111LA 1L98A 3RZEA 1L36A 257LA 2OE4X 158LA 1LI3A 222LA 237LA 2RBQA 1QSBA 1L93A 1C68A 2L78A 3DN4A 3OE0A 4GBRB 1JTMA 2B74A 4S0WA 4ARQA 3G3VA 3HUQA 1C6JA 1L68A 1LYJA 2ANXA 1L39A 1L01A 1PQIA 235LA 2B75A 1CV5A 1L11A 1P46A 1D3MA 1ZYTA 4EKRA 1QUHA 1LWGA 1C6QA 4K5YA 1QS9A 1LYDA 206LA 159LA 3HTDA 122LA 162LA 1C6FA 214LA 2O79A 2RBSA 4LDLA 4I7SA 3HU8A 221LA 6LZMA 147LA 161LA 1OWYA 2RB1X 1L81A 1XJTA 3GUMA 1P37A 2B70A 1P36A 1QT4A 3C7WA 1G0GA 1L42A 1SX2A 2O4WA 1L16A 3QAKA 183LA 4W53A 1L95A 1K28A 1C67A 1C6DA 1L87A 4LDOA 1C6AA 259LA 1LYEA 191LA 1LGUA 2OE7X 1LI6A 3DN8A 1LWKA 1L96A 186LA 4I7RA 177LA 1L29A 188LA 149LA 1C6IA 1PQMA 120LA 184LA 1L41A 243LA 201LA 1T97A 1LYIA 1L05A 1C6GA 1LGWA 1L99A 1L64A 1L85A 3HH6A 1L22A 3HT6A 1L46A 3F8VA 1G0KA 148LE 130LA 1LI2A 1L52A 242LA 2RAZX 176LA 2HUKA 233LA 1CVKA 3HU9A 139LA 2B73A 2RBPA 1SX7A 1L32A 107LA 1D9WA 2QARC 189LA 178LA 1C6NA 3DN6A 3NY8A 1L51A 1QSQA 129LA 210LA 3DN1A 3V2YA 1L56A 232LA 1C62A 1L67A 3HT7A 1L31A 2OU8A 228LA 123LA 1QUGA 1DYDA 4PK0A 1L47A 1L90A 108LA 250LA 1B6IA 2B6TA 4OO9A 3DKEX 1OYUA 3FA0A 1T8FA 1C64A 212LA 1L45A 1CU3A 1L94A 3SB5A 1D3NA 142LA 4ARJA 3L2XA 144LA 216LA 258LA 3C8QA 3GULA 3G3WA 181LA 1L28A 1ZWNA 3DMXA 3GUKA 197LA 4ARPA 3DMZA 1CV3A 3JR6A 1L89A 1OVHA 209LA 1G0LA 4ARMB 112LA 1LYFA 1PQOA 256LA 4IAPA 1L08A 3HDEA 1CV1A 2Z6BA 3C81A 1C6MA 2IGCA 3LZMA 2OU9A 4EKSA 2F2QA 109LA 2Q9DA 1LYGA 3NYAA 185LA 1D2WA 1L97A 4GRVA 166LA 218LA 1T8AA 140LA 1LYHA 128LA 3D4SA 4YXAC 4DKLA 165LA 141LA 1L12A 4I7KA 1QT7A 1LGXA 254LA 1G06A 1L0KA 1OVJA 137LA 1L91A 1OWZA 1L14A 261LA 2O7AA 3HTGA 4W55A 3HDFA 1CV0A 3HT8A 4W57A 1L0JA 1P6YA 5LZMA 1L35A 3EMLA 146LA 1LPYA 1T8GA 4W59A 1KS3A 215LA 1D3FA 2RB0X 199LA 173LA 2B72A 2RBNA 198LA 1CU5A 115LA 1SWZA 127LA 1L13A 1L34A 4I7OA 3HH3A 1L38A 248LA 1T6HA 1CV6A 217LA 3DN0A 4I7TA 1CTWA 1L92A 1P7SA 1L02A 126LA 1CU0A 160LA 138LA 2B6ZA 1PQDA 2NTGA 252LA 4ZPUA 1L53A 1L72A 3CDQA 1C6PA 1L49A 113LA 1L15A 3SB7A 1QUDA 1P2RA 4PJZA 190LA 2A4TA 4I7JA 1G0QA 1L50A 1L33A 1L58A 1DYGA 1D3JA 3DN3A 1L27A 3HUKA 3C8SA 1L25A 3GUJA 1L20A 1L79A 1CV4A 2LC9A 1L62A 2RAYX 1L24A 156LA 3CDOA 196LA 1P56A 3SN6R 1DYAA 1NHBA 3PBLA 7LZMA 1QTDA 1C63A 2B6XA 1L65A 2LCBA 145LA 2HULA 152LA 2RH1A 1L21A 180LA 1L17A 3HUAA 1L06A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4ML7A 2IFFY 1G1WA 3BKHA 2DBTA 1C6EA 2DQFC 4XJIA 1KXXA 1L03A 1SQ2L 4D9ZA 1PQKA 2HEBA 3CDTA 5L9JA 119LA 4E3UA 1L60A 2BLXA 3NY9A 1IWVA 3ODUA 1FBIX 3GUNA 2XBRA 2OTZX 4DQJA 195LA 3WVYA 2C8OA 1BB3A 1BQLY 2YSSC 4LFPA 240LA 3GUIA 4BAPA 5KKIA 3FI7A 1PQJA 1L66A 1GE1A 3TXGA 1FLUA 103LA 3ZEKA 2RBOA 170LA 4GCCA 1L71A 1L70A 4WM4A 187LA 1LYZA 1WVVA 4LYMA 255LA 4LT0A 1WQMA 1CJ6A 2ZNWY 238LA 3HWLA 1L76A 1UICA 1WTMA 4EJ4A 131LA 4QEQA 1G7JC 3WPKA 1MELL 3HFMY 3OE9A 4B4JA 1JKDA 2DKVA 182LA 4NHSA 1B5WA 1G0MA 2G4PA 1NDMC 4ETAA 3FADA 1ZV5L 133LA 3A96A 1DPXA 4EPIA 1LSDA 3KAMA 4M4OA 1GB7A 4RW2A 1FKQA 2Z39A 1HMLA 4RLMA 1GDWA 4H1PA 3CDRA 1OVKA 1GBZA 1QT5A 5LVJA 2B6WA 3RUNA 110LA 4G9SA 1GBOA 1L10A 1QS5A 5DL9A 1PS5A 2F32A 1B7NA 171LA 4ARLA 234LA 1D9UA 1VEDA 1LHJA 230LA 4GLAA 4XYYA 1P5CA 2CDSA 4YXCA 1L59A 155LA 4WLDA 1LZCA 1LW9A 4AGAA 3A3RX 1AZFA 1UBZA 1A4VA 2LZ2A 4H9HA 1RE2A 1IR9A 1L57A 4ETCA 2ZQ4A 3C7YA 5J7CA 5KXRA 3LZ2A 4XADA 4HJYA 2CGIA 1UIDA 3V2WA 1KY0A 1LMOA 1EQ5A 3HH5A 4LYCA 2X0AA 3A93A 5APCA 1BB7A 1GF7A 257LA 1GE0A 222LA 1L93A 3DN4A 4ARQA 3W3EA 2MEGA 2ANXA 3P66A 1CKGA 1L39A 1PQIA 235LA 3CT1A 3IWRA 1CV5A 1L11A 1P46A 3ATNA 5B1FA 1ZYTA 4NIJA 2H9JA 1IP7A 4J1BA 1LYDA 2LYMA 4NHIA 4DDBA 6LYTA 4OWBA 159LA 4NGIA 1LSBA 2FBBA 1GF9A 3EMSA 5LINA 3T36A 1D6PA 3AYQA 1LMTA 161LA 1OWYA 4HV2A 2RB1X 2MEHA 2CJLA 4DWXA 3GUMA 2B70A 1OQMA 4CHXA 4DD9A 1P36A 1G0GA 4OWAA 1WVUA 2O4WA 1D0LA 1L16A 4N1EI 183LA 1LJHA 4NSIA 153LA 1RJCB 1DI3A 1LZTA 1LYEA 4GN3A 1IOQA 3DN8A 1LWKA 1OUJA 1FLQA 186LA 4I7RA 4B0DA 5I5QA 177LA 1L29A 1C6IA 1AM7A 1PQMA 4GN5C 1YAMA 1B5YA 1T97A 1LYIA 1REYA 7LYZA 130LA 3HU9A 1JSFA 3AW6A 4LGKA 107LA 4OWEA 4HV1A 3NY8A 2D4KA 3RW8A 1LHKA 3DN1A 1C62A 1DZBX 3W6AA 4YEOA 1DYDA 1L90A 1JTTL 4Z98A 1CKCA 2D4JA 4UWVA 4MCKA 212LA 1CU3A 1CJ8A 1HF4A 3L2XA 3M18B 216LA 4DDAA 1WQRA 2Q0MX 1JHLA 5F16A 3D9AC 5FEKA 2BQNA 181LA 1LOZA 1OVHA 5KXZA 1G0LA 4R0FA 5KXSA 6LYZA 4IAPA 4LYBA 1L08A 1UIBA 1LHHA 1C6MA 5II3A 3WYHA 1KXYA 1TCYA 1IORA 1GB8A 1NWGA 3IJVA 5LAFA 1HERA 185LA 1D2WA 1UIAA 3LYOA 4N1CC 140LA 1IWTA 1IR7A 5IHGA 1JJ3A 1C10A 254LA 1G06A 261LA 4WG7A 3HDFA 1P6YA 1LPYA 4W59A 1D3FA 3P64A 4XENA 173LA 4GCEA 1SWZA 4ZFPA 1GXXA 1INUA 1GFVA 248LA 1GFJA 4BADA 4I7TA 1UIGA 3TXJA 4NHQA 1L92A 1P7SA 1L02A 4II8A 4CFPA 4LYZA 2B6ZA 1PQDA 2NTGA 1I20A 2XBSA 3CDQA 1JKAA 2BQIA 3CQLA 3A6BY 2BQOA 3M3UA 1DKJA 1GBYA 1L27A 2I6ZA 1LZAA 1IWXA 4WL6A 3CDOA 1DYAA 3W6CA 1CJ9A 1C63A 1L65A 1L21A 2FYCA 1GXV2 3W6BA 3HUAA 2YDGA 1BVXA 1QUOA 1DYEA 1HHLA 1SWYA 244LA 3L64A 2HTXA 1GB0A 1YKXX 3F9LA 1L48A 4H92A 192LA 2FBDA 1KIQC 3OE6A 1LSGA 4W54A 1A2YC 3D3DA 4H9FA 2A7DA 1L19A 1OUAA 1L83A 1YQVY 4LDEA 1QUTA 4B49A 175LA 125LA 1XGTC 1IWZA 2CUUA 2OEAX 1CKDA 3BKVA 1JTNA 3N9AA 2BQGA 3N9CA 2D4IA 1ZVYB 1TEWA 1DYFA 1HNLA 2GV0A 4YEMA 1LJGA 1BB6A 2YBIA 3C82A 1CUQA 143LA 3GUOA 1YROA 5EBHA 3SBBC 1GB9A 2ANVA 1P64A 1Z55A 1DYBA 4I7PA 1B7PA 2I26L 1UCOA 1LSYA 104LA 205LA 1IC7Y 5E9RA 5B07A 5KKJA 4OOTA 1L43A 1YL0X 2PC2A 2B6YA 1GBSA 1CNSA 2DQCY 1L75A 1KY1A 1B0DA 4NG8A 5ILFA 5F9UA 220LA 3GXKA 1J1XY 211LA 3B0KA 1EQ4A 1L86A 1CJ7A 4MR1A 4J7VA 2B7XA 3B6LA 2MEAA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4ML7 A;  2IFF Y;  1G1W A;  3BKH A;  2DBT A;  1C6E A;  2DQF C;  4XJI A;  1KXX A;  1L03 A;  1SQ2 L;  4D9Z A;  1PQK A;  2HEB A;  3CDT A;  5L9J A;  119L A;  4E3U A;  1L60 A;  2BLX A;  3NY9 A;  1IWV A;  3ODU A;  1FBI X;  3GUN A;  2XBR A;  2OTZ X;  4DQJ A;  195L A;  3WVY A;  2C8O A;  1BB3 A;  1BQL Y;  2YSS C;  4LFP A;  240L A;  3GUI A;  4BAP A;  5KKI A;  3FI7 A;  1PQJ A;  1L66 A;  1GE1 A;  3TXG A;  1FLU A;  103L A;  3ZEK A;  2RBO A;  170L A;  4GCC A;  1L71 A;  1L70 A;  4WM4 A;  187L A;  1LYZ A;  1WVV A;  4LYM A;  255L A;  4LT0 A;  1WQM A;  1CJ6 A;  2ZNW Y;  238L A;  3HWL A;  1L76 A;  1UIC A;  1WTM A;  4EJ4 A;  131L A;  4QEQ A;  1G7J C;  3WPK A;  1MEL L;  3HFM Y;  3OE9 A;  4B4J A;  1JKD A;  2DKV A;  182L A;  4NHS A;  1B5W A;  1G0M A;  2G4P A;  1NDM C;  4ETA A;  3FAD A;  1ZV5 L;  133L A;  3A96 A;  1DPX A;  4EPI A;  1LSD A;  3KAM A;  4M4O A;  1GB7 A;  4RW2 A;  1FKQ A;  2Z39 A;  1HML A;  4RLM A;  1GDW A;  4H1P A;  3CDR A;  1OVK A;  1GBZ A;  1QT5 A;  5LVJ A;  2B6W A;  3RUN A;  110L A;  4G9S A;  1GBO A; 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