197LA

Thermodynamic and structural compensation in "size-switch" core-repacking variants of t4 lysozyme
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEMAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTARTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
molecule keywords LYSOZYME
publication title Thermodynamic and structural compensation in "size-switch" core repacking variants of bacteriophage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1995-11-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 197lA00
123LA 140LA 1EPYA 3GUPA 4GBRB 180LA 251LA 199LA 1L32A 1L07A 1C6BA 126LA 159LA 1L75A 242LA 1P36A 2HUMA 161LA 1L03A 1L0KA 1PQKA 2RB1X 1PQMA 1ZURA 2ANVA 4YXAC 1L84A 3C7WA 104LA 1CV0A 1L92A 241LA 1L59A 157LA 2B6XA 3GUNA 183LA 1L96A 1D9WA 1ZYTA 1L10A 3C82A 1C6QA 145LA 1LWKA 3HUAA 245LA 3C7ZA 1L38A 1L71A 201LA 3NYAA 1QS9A 138LA 2RAZX 5I14A 3HTGA 3SB5A 112LA 3GUKA 1L90A 190LA 1L30A 1C61A 3CDVA 1QSQA 3FADA 3C81A 4EKQA 1L61A 1QUHA 2RBQA 3HT9A 1L26A 2B75A 122LA 3OE6A 1L13A 1L25A 1LGWA 3NY9A 4LDLA 1L74A 1OV7A 3HU9A 1L62A 1LYDA 1P6YA 1L67A 250LA 127LA 2O7AA 1C6DA 1CUPA 3VW7A 188LA 3HUKA 1L65A 212LA 1L05A 253LA 1L45A 4W52A 1G0LA 1L23A 1L41A 141LA 2RBOA 1CU6A 2OTZX 171LA 232LA 1KNIA 178LA 3LZMA 210LA 4EPIA 3CDOA 1P37A 4ARMA 3GUIA 226LA 1L85A 1L17A 3DN0A 4W58A 143LA 1G0KA 1L16A 4ARJA 155LA 4GRVA 2F47A 1L93A 1CTWA 3C8RA 1KY1A 144LA 3JR6A 3HUQA 1KY0A 1CU2A 205LA 2QB0B 3HU8A 4E97A 1L18A 3V2WA 2B7XA 1CU3A 1QUOA 3HDEA 1C62A 214LA 237LA 192LA 1L91A 1D3JA 220LA 3OE0A 3F8VA 3G3WA 3ODUA 1L19A 1L94A 1L52A 1P2LA 168LA 1WTHA 1L43A 2NTHA 1QTZA 3CDRA 4LDEA 4W51A 1C6AA 1C64A 4AQNA 3CDTA 1L34A 4ARMB 1L37A 1L63A 169LA 4YXCA 186LA 3L2XA 4EJ4A 1L00A 4EKRA 2B6WA 1NHBA 3GUMA 3HH4A 3SBBC 2L78A 3UONA 2B6TA 149LA 4W53A 142LA 1SSWA 256LA 3SB8A 3OE9A 197LA 1OVHA 1XJUA 1CU5A 1K28A 1L14A 233LA 1JTMA 3GUOA 4EKSA 198LA 173LA 1B6IA 1G0MA 160LA 184LA 1KW7A 2OTYX 249LA 1G1WA 1QT4A 1L53A 1OV5A 1OWYA 1C67A 4I7SA 2B74A 1L08A 1OVJA 1L02A 1QTCA 163LA 1L58A 3SB9A 1QT8A 1LYJA 2OU0X 258LA 1QTHA 164LA 3GUJA 4I7OA 1L21A 2LZMA 1T8AA 1PQDA 206LA 3DN3A 125LA 1JQUA 4I7RA 1L76A 2F2QA 1QTDA 1DYGA 166LA 3SB6A 1DYDA 1L40A 1OVKA 4W57A 1CU0A 3C80A 137LA 1SWYA 2RB0X 4S0WA 4YX7C 2RBNA 2RBRA 1C6GA 3C83A 1QTVA 2OU9A 1L22A 1L97A 1L48A 1L09A 216LA 111LA 3FI5A 1L33A 1LI6A 2Q9EA 4OO9A 3G3VA 174LA 1QSBA 215LA 120LA 3CDQA 1C6EA 3DN8A 1L46A 1L42A 108LA 1CV6A 1OYUA 1C65A 243LA 4ARQA 1QUDA 189LA 3DMZA 3SBAA 1P7SA 3C7YA 4DAJA 3HH6A 1C6LA 2NTGA 176LA 1L29A 3PBLA 261LA 225LA 3V2YA 4W56A 3HTBA 195LA 1CX7A 1KS3A 1L87A 1L82A 2OE4X 1PQOA 4DJHA 1C6NA 2B6ZA 3HT8A 2B6YA 3HTFA 1L95A 167LA 3HDFA 2OU8A 1L64A 1D2WA 2HUKA 1T8FA 1ZWNA 4ARPA 1L89A 6LZMA 1QTBA 2Q9DA 1LYHA 4ARQB 4PK0A 200LA 3EMLA 1SX7A 3HT6A 3DMVA 4DKLA 131LA 1L49A 1L39A 2OEAX 1L36A 2HULA 1LPYA 4IAPA 231LA 2IGCA 1CV4A 1L50A 218LA 219LA 259LA 3QAKA 2RH1A 1P56A 4W54A 1SSYA 1DYEA 139LA 1CV1A 118LA 107LA 1G06A 1DYBA 2CUUA 1L77A 1L99A 3G3XA 1L70A 1LYIA 2F32A 1G0QA 2QARC 7LZMA 175LA 209LA 1SWZA 2B70A 1L20A 246LA 1C6FA 1C6CA 1C68A 1L80A 1SX2A 1CVKA 3HH5A 110LA 1P3NA 1CV3A 1LGXA 4K5YA 4LZMA 1XEPA 1KW5A 3FA0A 181LA 156LA 3DMXA 1LLHA 260LA 5LZMA 187LA 152LA 1QT7A 3DNAA 1L0JA 4EXMA 130LA 1L72A 1L24A 1L56A 3NY8A 1PQIA 1OWZA 3RUNA 4EPFA 3SB7A 196LA 1LYFA 3HTDA 4I7LA 158LA 1P64A 1P5CA 1C6IA 1L35A 185LA 1LW9A 2RB2X 1D2YA 1L68A 1L31A 247LA 2LC9A 1CX6A 182LA 213LA 1QT5A 4I7PA 113LA 4I7QA 1LYEA 172LA 1L44A 2O4WA 2O79A 129LA 1L04A 1L98A 146LA 1QT3A 165LA 3OE8A 2RAYX 1C66A 128LA 235LA 4W55A 147LA 1C63A 1L27A 230LA 4ARLA 2A4TA 1L12A 162LA 248LA 262LA 1L51A 1L69A 191LA 3PDSA 1CV5A 254LA 4ZPUA 4I7JA 102LA 1QUGA 1C6PA 1CUQA 1L66A 1DYFA 3DN4A 4I7KA 114LA 1LYGA 1C6JA 1C6MA 4PJZA 1LGUA 3DN1A 2ANXA 239LA 238LA 236LA 1PQJA 1G1VA 1L15A 1L60A 229LA 1QT6A 4I7TA 1C6KA 3HT7A 1L55A 1L11A 151LA 1L86A 3C8SA 1L79A 2B73A 1T8GA 1LI2A 223LA 257LA 1L06A 1L88A 3D4SA 1LWGA 3HH3A 170LA 1P46A 4I7NA 234LA 119LA 1XJTA 1QS5A 4I7MA 255LA 177LA 103LA 1G0JA 1L83A 2RBSA 3F9LA 109LA 1TLAA 1D3MA 1JTNA 1T6HA 3DKEX 2LCBA 4LDOA 3DN2A 1C60A 1L81A 4EKPA 3C8QA 1L54A 1I6SA 1DYAA 224LA 2B72A 1LI3A 2RBPA 1G0PA 217LA 1T97A 222LA 1D3FA 1L73A 1G07A 4W59A 1L28A 3GULA 1C69A 227LA 3HWLA 2Z6BA 3L64A 2OE9X 1C6HA 1G0GA 1L01A 3K2RA 211LA 1DYCA 240LA 1C6TA 252LA 1D3NA 2OE7X 1L47A 115LA 148LE 3SN6R 244LA 1P2RA 3DN6A 221LA 1L57A 150LA 228LA 3RZEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4OWBA 1HC0A 1C45A 180LA 1DPWA 1L32A 1GF5A 1E8LA 242LA 2Y8PA 4NEBA 4AXTA 4QEQA 1L03A 1L0KA 4YXAC 104LA 1G7LC 3EMSA 1L59A 1J1PY 157LA 2B6XA 2BQLA 3GUNA 2D91A 2C8PA 1D9WA 7LYZA 1ZYTA 3WUNA 145LA 3HUAA 3WPJA 201LA 1QS9A 1SQ2L 1HNLA 3GUKA 190LA 4HTKA 1QSQA 3FADA 2LYZA 4EKQA 5D5CA 5LVJA 1L26A 1L13A 1LGWA 5JENB 1D6QA 3TMWA 3NY9A 1OV7A 3HU9A 1L62A 1LYDA 1LZEA 2O7AA 3EBAB 1CUPA 2HEFA 3GXKA 3HUKA 2LYOA 4W52A 4ET9A 3TXKA 4M4OA 4LYZA 1UCOA 2BQFA 1LHHA 3LZMA 4H9AA 1JITA 1GFKA 3CDOA 4ARMA 226LA 1VATA 1LSFA 1CKFA 1GFRA 1DI4A 2F4AA 1L16A 1LZ8A 3WXTA 4HSFA 4ARJA 1UIAA 155LA 2F47A 1D6PA 1LKRA 2DQGY 5KXWA 1GE2A 3HUQA 1KY0A 205LA 4NGIA 2QB0B 1QUSA 132LA 5KY1A 1LJEA 1QUOA 1C62A 214LA 237LA 2YBLA 1BWHA 3G3WA 1L94A 5HLLA 194LA 1L52A 1WTHA 2NTHA 3CDRA 1JSEA 1KXYA 1C6AA 1L37A 4HV2A 4TSBA 4YXCA 4EJ4A 4NHPA 2B6WA 3TXBA 3HBHA 1WQRA 2L78A 2BQDA 4W53A 142LA 256LA 197LA 1GF0A 1L14A 1GBZA 1HFXA 2BQNA 1QT4A 4ET8A 4H8ZA 1OV5A 1OWYA 5LAFA 5A3EA 3IJUA 3LYOA 3SB9A 1GE0A 5KKJA 4CFOA 1CJ9A 1GB8A 3J4GA 1L21A 1KIQC 2H9KA 3P64A 3C80A 1LJHA 4YX7C 2RBNA 2OU9A 1L48A 2H9JA 1XEJA 5F16A 2Z18A 1LI6A 5L3HA 3TXDA 5E4PA 3G3VA 1QSBA 1FLQA 3CDQA 1CJ8A 1L42A 108LA 1OYUA 1B7QA 1LSPA 1LMPA 189LA 3AZ4A 2CDSA 2IHLA 4X3BA 1P7SA 3HH6A 9LYZA 2NTGA 3RW8A 176LA 3PBLA 4DQ5A 1IIZA 4W56A 4QGZA 3AW6A 195LA 1GFVA 1IOCA 2RSCA 1LHMA 4NGYA 1KXWA 1B5VA 3A3RX 2DQEY 1IWXA 2B6ZA 1GBSA 1L64A 1D2WA 1YL1X 1BB6A 6LZMA 1NWGA 2Q9DA 5K7OA 2HTXA 1NQIA 1JKDA 4ARQB 3A93A 3M18B 2OEAX 3IJVA 2Z39A 4WG7A 4TUNA 231LA 3TXEA 3LYZA 5KKIA 1JKAA 3QAKA 4NGLA 1LYSA 2MEGA 1P56A 4W54A 3EXDA 2MECA 118LA 107LA 1G06A 3B0OA 5ILCA 4EMNA 1DYBA 2CUUA 1L77A 3G3XA 1LYIA 1G0QA 4XJDA 7LZMA 1HENA 4ETAA 1SWZA 2B70A 1JISA 1C6FA 1SX2A 3WPLA 1CVKA 4CFPA 1CV3A 1LZAA 5I4WA 3DMXA 5LVGA 4WLXA 3WU8A 3ZVQB 152LA 1QT7A 5AMYA 1FDLY 4XYYA 3B0IA 1JWRA 1G7IC 4NGJA 5APDA 1JTTL 196LA 2Z37A 3HTDA 3E3DA 4I7LA 158LA 2EPEA 4DD7A 1CJ7A 4GCFA 2YBMA 1ZV5L 1TEWA 1L68A 247LA 1CX6A 3AW7A 1J1OY 4FDYA 3G3BB 4I7PA 113LA 4I7QA 1L44A 2O4WA 1H87A 1L98A 146LA 235LA 1QDTA 4ARLA 162LA 5LIOA 4NGZA 1IC4Y 1TDYA 3PDSA 1LJ4A 1UBZA 5DN4A 102LA 1CUQA 1HSWA 4I7KA 1RCMA 1WQNA 1HFZA 1UUZC 1C6MA 1LCNA 3N9EA 133LA 193LA 1L15A 1L60A 229LA 1QT6A 5KJ9A 5FEKA 1L55A 1L11A 4W96A 4WOAA 2DBTA 2GV0A 1T8GA 1HELA 1L06A 1L88A 3OK0A 170LA 234LA 1UIBA 4I7MA 1LMAA 1JUGA 1BB4A 1GB2A 3CT1A 4DYGA 1L83A 3F9LA 1QIOA 4BS7A 1EL1A 1TLAA 1T6HA 3DN2A 3SP3A 3C8QA 1HMLA 4WM4A 1DYAA 4GCEA 1GEZA 2RBPA 3EO5A 222LA 1T97A 1G07A 2Z6BA 4GLVA 2DQAA 2YBJA 4NHIA 4OW1A 1DYCA 4Z3MA 2OE7X 1L47A 1LAAA 2MEEA 1L57A 4DD3A 2FBDA 123LA 1EPYA 3CSQA 134LA 1NDGC 199LA 4H8XA 1ZMYL 4NWEA 2LZ2A 4G4CA 1GF9A 4H91A 1DZBX 1ZVYB 4LZTA 4NSGA 1LSAA 1UACY 3HFMY 1CJ6A 4XJBA 3C82A 1TBYA 1LWKA 5DL9A 1WQMA 3NYAA 5LVHA 138LA 5I5QA 112LA 1L30A 3CDVA 3A90A 1REMA 1GBXA 3A67Y 2B75A 122LA 3OE6A 3T36A 3A92A 1L74A 1OUHA 3ATOA 3LZTA 4WLTA 1B0DA 1P6YA 3VW7A 1UIEA 1L65A 4RLNA 253LA 1AM7A 1L23A 2RBOA 1OUEA 4LYOA 2N5ZA 1F6SA 4EPIA 3P68A 153LA 1WQPA 4R6CA 1L85A 4N5RA 2WARA 2MEHA 1QQYA 3TXIA 4WM5A 1YQVY 1IP6A 3A96A 1YKXX 1FN5A 1YAPA 4TX7A 3W6FA 5M1YA 4H9EA 4CJ2A 2DQCY 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4OWB A;  1HC0 A;  1C45 A;  180L A;  1DPW A;  1L32 A;  1GF5 A;  1E8L A;  242L A;  2Y8P A;  4NEB A;  4AXT A;  4QEQ A;  1L03 A;  1L0K A;  4YXA C;  104L A;  1G7L C;  3EMS A;  1L59 A;  1J1P Y;  157L A;  2B6X A;  2BQL A;  3GUN A;  2D91 A;  2C8P A;  1D9W A;  7LYZ A;  1ZYT A;  3WUN A;  145L A;  3HUA A;  3WPJ A;  201L A;  1QS9 A;  1SQ2 L;  1HNL A;  3GUK A;  190L A;  4HTK A;  1QSQ A;  3FAD A;  2LYZ A;  4EKQ A;  5D5C A;  5LVJ A;  1L26 A;  1L13 A;  1LGW A;  5JEN B;  1D6Q A;  3TMW A;  3NY9 A;  1OV7 A;  3HU9 A;  1L62 A;  1LYD A;  1LZE A;  2O7A A;  3EBA B;  1CUP A;  2HEF A;  3GXK A;  3HUK A;  2LYO A;  4W52 A;  4ET9 A;  3TXK A;  4M4O A;  4LYZ A;  1UCO A;  2BQF A;  1LHH A;  3LZM A;  4H9A A;  1JIT A;  1GFK A;  3CDO A;  4ARM A;  226L A;  1VAT A;  1LSF A;  1CKF A;  1GFR A;  1DI4 A;  2F4A A;  1L16 A;  1LZ8 A;  3WXT A;  4HSF A;  4ARJ A;  1UIA A;  155L A;  2F47 A;  1D6P A;  1LKR A;  2DQG Y;  5KXW A;  1GE2 A;  3HUQ A;  1KY0 A;  205L A;  4NGI A;  2QB0 B;  1QUS A;  132L A;  5KY1 A;  1LJE A;  1QUO A;  1C62 A;  214L A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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