2LZTA

Refinement of triclinic lysozyme. ii. the method of stereochemically restrained least-squares
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
source organism Gallus gallus
publication title Refinement of triclinic lysozyme: II. The method of stereochemically restrained least squares.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HEN EGG WHITE LYSOZYME
total genus 49
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1989-08-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2lztA00
4IATA 4A7DA 2EPEA 1G7IC 3M3UA 4NFVA 5IDDA 3AYQA 5HMJA 4N1CC 2LZTA 1I20A 4R6CA 3AZ5A 1JITA 1IR8A 1NQIA 4WM2A 5FHWA 1B9OA 3W6AA 1XGUC 1IVMA 1HSWA 1UIEA 1V7SA 2FYDA 2MEAA 2AUBA 4NSJA 4KT3A 4H91A 1JKBA 4DYGA 3A6BY 1GBOA 1KIRC 1INUA 1DQJC 1LZ6A 1OUGA 2ZIKA 4NGJA 132LA 4XYYA 3WUNA 1MELL 1PZYA 1BB6A 3TMVA 3T36A 4HJZA 1TBYA 5LXWA 1TDYA 1GDXA 2HEAA 1GB8A 1UICA 5I5QA 4YF2A 2LYMA 1FDLY 2DQDY 2DQHY 4GCEA 4DD3A 1GAYA 4KPMA 4J0LA 4ETEA 3CB7A 3CT0A 2Z12A 4HJVA 1YAOA 1OQMA 1GFRA 3WPLA 1IOTA 1TEWA 208LA 1CKGA 1LYZA 1HEPA 2BQLA 1GE1A 3LHMA 2I26L 4DD2A 5I54A 1GFUA 1LHKA 3A90A 5T3FA 1GFHA 1IORA 1YQVY 4HP0A 4B4JA 1QTEA 1VFBC 3QNGA 1JTOL 2MEEA 3LZTA 4DDCA 4MCKA 3WU7A 1GB9A 5M1YA 1JWRA 1XGTC 2HEBA 4H9EA 134LA 2CDSA 3CT5A 4OWBA 1W08A 1LZ8A 2Z18A 2BQMA 3AGGG 1IX0A 193LA 207LA 2GV0A 4WO9A 1EL1A 1UIFA 2MEGA 4I8SA 1HF4A 1QUTA 4NHSA 3CT1A 3AW6A 4MSTA 4NG1A 4TX7A 3ATNA 1HFZA 4BADA 1KIPC 5LA5A 3LYTA 4LFPA 1GBXA 3EBAB 1HEWA 1LYOA 1OP9B 4M6DA 5B59A 4H93A 4IJ4A 4YM8A 2G4PA 5F14A 1D6PA 1YANA 4NGLA 1YAPA 1LSEA 3TXFA 5I4WA 1DI4A 1OUAA 1WQQA 1QSWA 2I25L 1KIQC 1FLQA 3RZ4A 1J1XY 2YBIA 2BQGA 3RW8A 3ZEKA 2BQAA 1FKQA 1FLUA 1UIHA 1A2YC 1B7OA 1JKDA 1WVVA 2H9KA 4HPEA 2ZYCA 4G4CA 1B7PA 1LHIA 3LYMA 4NEBA 1YILA 3ULRA 1YKZX 1LZDA 5D5CA 1DI5A 1QSAA 5LVJA 1LMOA 1ALCA 2PC2A 3AZ4A 4G49A 1AKIA 3QE8A 1UIGA 2Z2FA 1D0MA 3AB6A 1AT6A 4HTQA 1IR7A 1GB3A 1GE3A 1GD6A 1ZVYB 1G7JC 1LJ3A 1OUBA 2W1MA 4NGVA 4PPOA 3RT5X 1GF6A 3TXBA 5KXOA 1JSEA 1T3PA 2MEFA 4YENA 5J7CA 3AZ6A 3WW5A 2W1LA 1IWYA 3AGHA 4LYCA 2LYZA 3T6UA 2WARA 5KXLA 2YDGA 1OUJA 2BLYA 1IWXA 5KXYA 1GB6A 2D4KA 1BB4A 4B4EA 5LYTA 1CKCA 1EQEA 1B7QA 2BQHA 3WH1A 3G3BB 3A3QA 4LT0A 1JJ3A 1GF4A 5B06A 3N9AA 4N9RA 1JHLA 1XEJA 1H87A 1UBZA 2HECA 1DPWA 3WXTA 1HHLA 153LA 4UWUA 3J4GA 4OWAA 4UWVA 1HEMA 1HELA 4NSGA 4H90A 4ETDA 1LSFA 2Z39A 1KXYA 1GPQC 1LSCA 1MLCE 1YL1X 3A95A 5KJ9A 1CKDA 2G4QA 1LJJA 4HV1A 4OWEA 6LYZA 1OUEA 1CJ9A 1G7HC 1LJNA 1JSFA 1LKSA 2VB1A 1WQPA 1LPIA 4J7VA 1DZBX 3D3DA 1A4VA 1YROA 5LINA 1IP1A 5DN4A 3BKHA 4O34A 194LA 3RNXA 3WL2A 5IHGA 2MECA 1B5ZA 3IJVA 3W6FA 1B5UA 4LT1A 1QDRA 1NMMA 1LMQA 2BQIA 2XBRA 1VDQA 1C7PA 3LZ2A 1VDTA 5A3ZA 1LMTA 4OWCA 3P65A 2XBSA 4WLXA 1VAUA 3OK0A 1LJGA 2B5ZA 4LYOA 4TUNA 1GXXA 1BWIA 1PS5A 2HEDA 2YBLA 5KY1A 5HLLA 1YAQA 1LYSA 1IC4Y 4EMNA 2LZ2A 2DBTA 4BS7A 1C08C 2RSCA 1IOQA 5APFA 3N9EA 2ZQ3A 1LZYA 4LFXA 4YEOA 1T6VL 2BAAA 3TMWA 1LSAA 1LHJA 5C6LA 2YBMA 1GE2A 4WLTA 2LYOA 4M4OA 4CGEA 4H9FA 1GFTA 5LYMA 1AZFA 1LJIA 3A94A 1D0LA 1YAMA 2BQEA 4NGOA 3ZVQA 4HPIA 1JJ1A 2DKVA 4R0FA 1C43A 1HERA 1GFAA 2FYCA 1IO5A 3BKVA 4G4BA 4HTNA 5F9XA 3B72A 5FDJA 2CGIA 1ZMYL 5L9JA 4WO6A 3VWOA 1GFGA 3FE0A 1CKHA 1IP7A 2H9JA 2ZIJA 5DLAA 4WLDA 1REXA 4Z3MA 2D4JA 3CSRA 3HFMY 4LT3A 4LYMA 1G7MC 3WU8A 5KXXA 1YKYX 1JIYA 1IEEA 1LJEA 4NHPA 1VEDA 3AJNA 4ZEEA 3TMXA 3P68A 5HMVA 2ZYPA 4WG1A 1FBIX 1JKAA 1LMCA 4LZTA 1XGQC 2MEDA 1B2KA 2I6ZA 2D4IA 3ATOA 4XJIA 5I4XA 4KL7A 3WPKA 1WQOA 4AGAA 5ILFA 2BLXA 4H9BA 2ZILA 4WM3A 3EMSA 1LZAA 1IP4A 2W1YA 1IOCA 1IWWA 4B49A 1E8LA 3K3TA 3LYOA 3HBDA 5LVHA 5L3IA 3TXDA 4XENA 5F81A 5ILCA 4PHIA 3A3RX 4ET9A 3IJUA 1UC0A 4TSCA 4WM6A 1JTPL 3CSZA 1JKCA 2HU1A 1TCYA 1GE0A 4DDAA 2DQEY 2XTHA 1LZ4A 5B07A 1B7SA 4QY9A 2FBDA 1BWHA 1WQMA 3AZ7A 5KXPA 5LYZA 1YIKA 3B0IA 3HBHA 4OOOA 2BQDA 4PJ2C 4MR1A 4RW2A 5DN5A 1LSMA 4CHXA 4DT3A 5A3EA 1CJ7A 1I1ZA 2DQCY 2Z2EA 3A67Y 1EQ4A 4RLMA 4LYZA 9LYZA 2YBHA 4CJ2A 1JTTL 1RI8B 1GBSA 1O23A 4IASA 2F30A 1C10A 1IWZA 1JEFA 4ANRA 4OW1A 4FJRA 1UIBA 2MEIA 3W6BA 1EQ5A 2HEEA 4GCDA 1LZEA 1UA6Y 4XJHA 4G4HA 3EXDA 1WQRA 1B7LA 1G7LC 1GF3A 1LHLA 1CNSA 1LSDA 1IWTA 5LA8A 2IHLA 1C45A 1IWUA 4NHQA 1GFEA 1LAAA 4LYTA 4B1AA 1HSXA 1B5XA 1GF7A 5JENB 3M18B 4NY5A 1GBWA 1LJKA 5LAGA 3GXKA 1HMLA 4WM4A 5APCA 4NWEA 1DI3A 5B1GA 1FLYA 1GB5A 1GFJA 5C6JA 133LA 1IOSA 4GLAA 4NIJA 3E3DA 1GF8A 2BPUA 1QTKA 4N8ZA 4TSBA 1REMA 3A91A 5KXSA 1SLYA 5C6IA 3J6KA 1QDTA 2BQFA 1GF5A 2DQIY 4C3WA 4N5RA 5KKIA 1BB5A 1YKXX 4HJYA 3RU5A 3A6CY 3TXGA 1XEIA 1GEVA 2ZWBA 5I53A 1BB3A 1GBYA 1GFKA 1F6RA 2A7DA 2CJLA 5LVIA 1NBZC 2CWIA 3B6LA 5APEA 3D9AC 1HEOA 1TAYA 4DC4A 1IWVA 1FLWA 4NG8A 1SQ2L 1DPXA 1XSFA 1KXWA 2YBNA 1VATA 1OUHA 1LMNA 2EIZC 5E9RA 5KXNA 2YSSC 3SP3A 1LMPA 1NDGC 4WMGA 4GCBA 1UUZC 4H94A 3F6ZA 3A92A 1IY3A 4NGYA 3N9CA 4DWXA 2YVBA 1WQNA 1GWDA 5KXTA 1XGRC 4ETBA 3WUMA 4Z41A 1GEZA 3WVYA 5DL9A 1GE4A 1IC7Y 3TXKA 4ETAA 1UACY 1LTMA 3WYHA 4H92A 4RLNA 4DD0A 2Z38A 1HNLA 4H8XA 1LMAA 4WG7A 1WTMA 2Z19A 2IFFY 1D9UA 3OJPA 5HNCA 3B0OA 1JPOA 5E4PA 1OUCA 2C8OA 1IP2A 1RCMA 4LGKA 2DQJY 2BQNA 1GB0A 2A7FA 1LJHA 3TXHA 4AXTA 7LYZA 135LA 5FEKA 4GCCA 4H9HA 4EOFA 4XADA 1XEKA 2ZNWY 1LZ1A 4L41A 1IP3A 3AGIA 4U3XB 5F16A 1LZRA 3KAMA 2H5ZA 2Z37A 2HUBA 3WMKA 4BAPA 4C5FA 1VDPA 4N0JA 4XN6A 4Z98A 3WPJA 1BVXA 4D9ZA 4DD1A 5KKJA 1CKFA 2YBJA 1IR9A 5HNLA 4ZIXA 1B5VA 4GN5C 5K7OA 1GFVA 1W6ZA 3TMUA 1HENA 2HU3A 4GN3A 1BHZA 1LJFA 1BWJA 1B5YA 2HEFA 1GDWA 4LT2A 3AW7A 1LSPA 1KXXA 3TXEA 1N4FA 1LSZA 2Y8PA 1LSNA 1RJCB 1GXV2 1QIOA 4H1PA 4WLYA 1IP5A 1UCOA 1LSYA 4W96A 4NHIA 1BGIA 4HV2A 1GF9A 5DM9A 5KXRA 1CJ8A 4OWHA 1QQYA 4NSIA 1LZ5A 1QUSA 3A96A 3A93A 4NWHA 1JISA 1OUFA 3P4ZA 3B0KA 5LVKA 5KXKA 1UIDA 1NHEA 2BQOA 4FDYA 1LSGA 3G3AB 1F0WA 1H6MA 4WL7A 4YOPA 3A34A 5LIOA 1JUGA 4II8A 1P2CC 1FKVA 1LZGA 3WW6A 1LYYA 2MEHA 4DD9A 4RW1A 1DKJA 4ZFPA 5HQ1A 1F6SA 4J1AA 4QEQA 4B4IA 4BAFA 3LN2A 3WULA 1B0DA 5I4YA 4CFOA 1V7TA 4OOTA 5D5FA 4HTKA 2DQAA 1IC5Y 5B05A 2MEBA 1J1OY 4XJDA 1D6QA 3WU9A 5LVGA 1NKHA 3TXIA 4ML7A 4QDNA 4PRUA 1DXJA 4X3BA 2BQBA 1GF0A 4DDBA 1LZCA 3HBEX 1B7RA 1BQLY 4NGIA 4HSFA 1RFPA 4XJBA 1BB7A 5EBHA 1LHHA 3IWRA 5LAFA 1JJ0A 3W6DA 2ZNXY 2EQLA 3WVXA 1VDSA 1UIAA 4W94A 2Q0MX 1XFPL 4ET8A 1D0KA 2C8PA 4GCFA 1HC0A 3FI7A 2G4NA 4B0DA 3CSQA 1NF5A 3P66A 4H9AA 5II3A 4XJFA 4N1EI 4GLVA 1NDMC 1Z55A 4UWNA 1LJ4A 1GB7A 1LZTA 4NGWA 4PRQA 4Z46A 2DQFC 2LHMA 5IELA 4LYBA 2HTXA 4XJGA 6LYTA 1GBZA 3WXUA 1BVKC 4G9SA 1HFXA 1YL0X 154LA 3W3EA 1HFYA 1OUDA 3LYZA 1B7NA 1LZ9A 1AM7A 1AT5A 1GB2A 1REYA 1WVUA 2F4GA 4WM1A 3GXRA 3TXJA 4ETCA 4NHTA 4H9CA 4H9IA 2ZQ4A 4YEMA 5AMYA 1B5WA 2BQCA 2F4AA 4NSHA 4TTDA 1LCNA 1GAZA 1DKKA 2XJWA 5APDA 1F10A 1ZV5L 1IIZA 5FSTA 1C46A 1CJ6A 3ZVQB 4CFPA 5L3HA 1OUIA 5KXMA 1I56A 4NGZA 3CQLA 1LKRA 1LSBA 1NWGA 2D91A 2FBBA 3A8ZA 4GN4A 4H8YA 5FCPA 1IP6A 1XGPC 3QY4A 4H8ZA 1LZNA 1HMKA 5F9UA 2NWDX 2BQJA 1NBYC 4PGJB 1ZVHL 4QGZA 3WUAA 5KXZA 4P2EA 3EO5A 4DD7A 4I0CA 4TWSA 1RE2A 4KXIA 4NGKA 4WL6A 1LZSA 3W6CA 1B7MA 1LZBA 4E3UA 5FELA 3W6EA 1FN5A 5KXWA 1LHMA 2X0AA 8LYZA 1REZA 1HEQA 4RDSA 2DQGY 4J1BA 3P64A 2W1XA 2D6BA 2BQKA 1LOZA 1WTNA 5B1FA 2F2NA 2N5ZA 1IY4A 1GHLA 3MGWA 1J1PY 2EKSC 4WOAA 4WM5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4A7DA 5IDDA 1L17A 3AYQA 2LZTA 3GUKA 232LA 1JITA 5FHWA 1DYCA 1L84A 2FYDA 3UONA 4KT3A 4H91A 1GBOA 1DQJC 1KIRC 1OVHA 245LA 2ZIKA 1P46A 1MELL 1P36A 1PZYA 3T36A 5LXWA 2HEAA 1GDXA 1UICA 262LA 4YF2A 1FDLY 4GCEA 4DD3A 4W56A 128LA 2QARC 4J0LA 3CT0A 1YAOA 3WPLA 1IOTA 249LA 256LA 235LA 1GE1A 3GUJA 2B6YA 1GFHA 4HP0A 1QTEA 1P6YA 1JTOL 1C6EA 4DDCA 3L64A 5M1YA 1C64A 2CDSA 247LA 2RB2X 4I8SA 4NHSA 4MSTA 145LA 2O4WA 1LW9A 4H93A 4IJ4A 4YM8A 4I7OA 1WQQA 1G1WA 1QSWA 2I25L 1L96A 3RW8A 2BQAA 1B7OA 4HPEA 3SBAA 3DN6A 115LA 4G4CA 3LYMA 1YILA 2OE4X 1QSAA 260LA 2Z2FA 1LGWA 1IR7A 1P2LA 3WVXA 1KNIA 1JSEA 2B6ZA 3WW5A 2W1LA 1IWYA 4LYCA 4I7TA 5KXLA 2YDGA 2BLYA 2RAYX 5LYTA 1BB4A 162LA 3A3QA 4LT0A 1JJ3A 1H87A 1UBZA 4OWAA 3C81A 2Z39A 1YL1X 1CKDA 2G4QA 219LA 3CDQA 1JSFA 1LKSA 2VB1A 1WQPA 1LPIA 156LA 1G07A 1B5ZA 3IJVA 2BQIA 2OTZX 1LMQA 1OVKA 1VDTA 5A3ZA 1P5CA 3OK0A 2B5ZA 1C6LA 5HLLA 1YAQA 4DQ7A 2LZ2A 4W59A 2DBTA 1C08C 3N9EA 110LA 1QUDA 2BAAA 1LSAA 4M4OA 1DYFA 4H9FA 5LYMA 3A94A 1YAMA 2BQEA 2LCBA 4NGOA 4HPIA 3OE0A 1JJ1A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4IAT A;  4A7D A;  2EPE A;  1G7I C;  3M3U A;  4NFV A;  5IDD A;  3AYQ A;  5HMJ A;  4N1C C;  2LZT A;  1I20 A;  4R6C A;  3AZ5 A;  1JIT A;  1IR8 A;  1NQI A;  4WM2 A;  5FHW A;  1B9O A;  3W6A A;  1XGU C;  1IVM A;  1HSW A;  1UIE A;  1V7S A;  2FYD A;  2MEA A;  2AUB A;  4NSJ A;  4KT3 A;  4H91 A;  1JKB A;  4DYG A;  3A6B Y;  1GBO A;  1KIR C;  1INU A;  1DQJ C;  1LZ6 A;  1OUG A;  2ZIK A;  4NGJ A;  132L A;  4XYY A;  3WUN A;  1MEL L;  1PZY A;  1BB6 A;  3TMV A;  3T36 A;  4HJZ A;  1TBY A;  5LXW A;  1TDY A;  1GDX A;  2HEA A;  1GB8 A;  1UIC A;  5I5Q A;  4YF2 A;  2LYM A;  1FDL Y;  2DQD Y;  2DQH Y;  4GCE A;  4DD3 A;  1GAY A;  4KPM A;  4J0L A;  4ETE A;  3CB7 A;  3CT0 A;  2Z12 A;  4HJV A;  1YAO A;  1OQM A;  1GFR A;  3WPL A;  1IOT A;  1TEW A;  208L A;  1CKG A;  1LYZ A;  1HEP A;  2BQL A;  1GE1 A;  3LHM A;  2I26 L;  4DD2 A;  5I54 A;  1GFU A;  1LHK A;  3A90 A;  5T3F A;  1GFH A;  1IOR A;  1YQV Y;  4HP0 A;  4B4J A;  1QTE A;  1VFB C;  3QNG A;  1JTO L;  2MEE A;  3LZT A;  4DDC A;  4MCK A;  3WU7 A;  1GB9 A;  5M1Y A;  1JWR A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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