1DYBA

Determination of alpha-helix propensity within the context of a folded protein: sites 44 and 131 in bacteriophage t4 lysozyme
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAGNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Determination of alpha-helix propensity within the context of a folded protein. Sites 44 and 131 in bacteriophage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 57
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1993-05-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1dybA00
1LYEA 148LE 1CU6A 4ARPA 181LA 1KS3A 1KY1A 3F8VA 1L25A 3OE6A 138LA 2B6WA 1L83A 1L74A 1L53A 3DN3A 247LA 1L36A 1L18A 137LA 3C8RA 189LA 119LA 196LA 3CDQA 1L59A 1L26A 3OE9A 2Q9DA 3HUAA 1L01A 1L41A 3SBAA 216LA 1LGWA 1L96A 1C62A 237LA 1T6HA 1C6MA 112LA 218LA 1L88A 2HUKA 191LA 2L78A 3HT9A 1P7SA 3GUMA 3DKEX 160LA 2B72A 1QUGA 262LA 1PQDA 1L33A 3HWLA 1OYUA 1T8AA 1CV6A 1L09A 2B6YA 2B6ZA 1G0QA 177LA 3GUOA 1L0KA 1L52A 1QT3A 103LA 145LA 1SWYA 1C6GA 102LA 1L07A 107LA 1C6TA 1G07A 1D3JA 1C6IA 4I7NA 125LA 104LA 1L50A 1L14A 3CDOA 214LA 3SB5A 165LA 144LA 4I7QA 129LA 4W56A 3RZEA 3V2WA 2O4WA 256LA 1LGUA 3GUIA 2RBOA 6LZMA 4LDOA 2OEAX 1DYDA 3GUKA 2B6TA 3HT6A 3JR6A 1G0KA 4W58A 150LA 1LPYA 1C6DA 1L23A 1L67A 1PQJA 2OTZX 1C6AA 4W52A 176LA 1L00A 1L06A 1T8FA 1L89A 159LA 1L13A 171LA 1L27A 1L66A 4YXAC 139LA 1G0LA 3GUPA 1P64A 172LA 126LA 1DYFA 219LA 3D4SA 167LA 2B6XA 2HUMA 175LA 2O79A 4EKRA 4PJZA 4YX7C 1G0PA 1CU3A 240LA 178LA 1L94A 236LA 162LA 3FI5A 1QUDA 1KW7A 224LA 1C6JA 180LA 2OU8A 4K5YA 209LA 2RB1X 4IAPA 3K2RA 1SSYA 3DN1A 1QT5A 2OTYX 3HDEA 4ARJA 1L92A 1C61A 2NTGA 1L11A 1L43A 1OWZA 2IGCA 1QSQA 243LA 248LA 1L37A 182LA 1L45A 1C6CA 1L28A 1QTVA 1WTHA 241LA 2B75A 1QT6A 1L98A 3SB8A 261LA 1P37A 4ARQA 1L46A 1C6NA 3PBLA 1L16A 5I14A 1B6IA 1L05A 4GBRB 1L35A 1CUQA 3HT8A 163LA 1C6QA 4I7JA 4W55A 3HU8A 1D3MA 1PQOA 1CUPA 1L82A 140LA 185LA 3SN6R 4E97A 131LA 1P46A 259LA 3GULA 4ARMB 3HDFA 1DYAA 3HH6A 1L81A 3C7ZA 1C6KA 4EJ4A 201LA 3GUJA 255LA 3DMVA 4I7RA 4W54A 3V2YA 1DYGA 1CVKA 1L58A 1L71A 3FA0A 1P6YA 215LA 1L24A 3RUNA 108LA 1L48A 3G3WA 229LA 4I7LA 198LA 115LA 158LA 1OV7A 142LA 113LA 4AQNA 1LI6A 1L65A 2OE4X 2RBPA 1L80A 245LA 3LZMA 3DMZA 1PQMA 2B73A 3HTGA 1LWGA 1SX2A 109LA 257LA 1SX7A 166LA 3GUNA 141LA 2OU0X 1D2YA 1P2LA 233LA 127LA 250LA 4EPFA 1L34A 1L62A 1L04A 1D3NA 1L49A 1C68A 2A4TA 2RAYX 1L91A 4PK0A 156LA 2RB2X 1LWKA 1L72A 1DYBA 1L22A 249LA 1C69A 2RBQA 1K28A 3EMLA 230LA 2B7XA 3DN2A 1LYFA 3F9LA 1CV4A 226LA 1L02A 4I7TA 118LA 1LYJA 1L54A 151LA 1L21A 258LA 217LA 1QTHA 3C83A 1LI2A 206LA 114LA 1C6PA 1CU5A 1OVKA 3C81A 4DAJA 1CV5A 199LA 188LA 1QS5A 1QT4A 157LA 4LDLA 147LA 231LA 4EPIA 164LA 1L19A 4I7PA 3C7YA 1L90A 4W51A 2NTHA 169LA 260LA 3QAKA 3DN6A 4I7SA 120LA 1C66A 1QS9A 1DYEA 1L99A 221LA 223LA 3HH4A 3HU9A 1D2WA 128LA 1L84A 4I7MA 1L97A 4ZPUA 3C82A 1PQKA 1LGXA 2ANXA 1L77A 1CU2A 3DN8A 1KY0A 1L39A 184LA 1G0JA 1QT7A 1LYGA 1OVJA 3OE8A 1EPYA 232LA 2ANVA 2OE7X 3CDTA 1L70A 1L56A 3DNAA 1P5CA 1LI3A 3G3VA 1C6EA 211LA 190LA 3HUQA 149LA 2B70A 205LA 192LA 1KNIA 1JTMA 2RBRA 3NY8A 4W59A 155LA 2HULA 1QSBA 111LA 4GRVA 1L20A 2Q9EA 1QTCA 2Z6BA 220LA 1L12A 1L51A 3DN4A 3HTFA 4LZMA 1G1WA 1SSWA 1QTDA 3C8SA 1C64A 1JTNA 1L79A 187LA 252LA 183LA 1L68A 3HTBA 4W57A 1D9WA 1C60A 1CV1A 1QTBA 2LCBA 3FADA 3SBBC 1QTZA 1XJTA 1L42A 1L44A 1P56A 1KW5A 4OO9A 1DYCA 2RB0X 2OU9A 174LA 1CU0A 3DMXA 1LW9A 1XEPA 1TLAA 130LA 1L64A 2QARC 4DJHA 1C65A 3PDSA 3CDRA 1L55A 4ARMA 3SB9A 197LA 1L29A 200LA 1C6LA 4EXMA 173LA 3OE0A 2CUUA 1L10A 3HUKA 4DKLA 2RBNA 254LA 3L64A 4I7OA 222LA 1L47A 4LDEA 195LA 2LZMA 3VW7A 4EKQA 4EKPA 3C8QA 2F2QA 2OE9X 3L2XA 2F32A 1OVHA 1T8GA 228LA 235LA 4W53A 2RH1A 1L60A 170LA 3HH5A 1L08A 1L61A 1SWZA 1G0GA 253LA 1L32A 1PQIA 244LA 1L95A 1OV5A 242LA 1P2RA 3C80A 3ODUA 1LYHA 1G0MA 1LYDA 246LA 1D3FA 1L73A 239LA 1P3NA 4YXCA 1L86A 168LA 1L93A 212LA 1T97A 1CTWA 1L69A 3NY9A 143LA 146LA 123LA 1ZYTA 1XJUA 210LA 1C67A 3DN0A 1L57A 4S0WA 2B74A 3SB6A 4ARQB 110LA 1L76A 1G06A 1L0JA 2O7AA 2F47A 1L63A 2LC9A 3HH3A 1QUHA 1CX6A 186LA 1JQUA 1CV3A 251LA 2QB0B 3HT7A 1L17A 1L75A 4I7KA 1I6SA 1L15A 3NYAA 1C6FA 1L30A 238LA 1L85A 2RBSA 1ZWNA 161LA 1QT8A 234LA 4ARLA 1C6BA 1P36A 1ZURA 152LA 3G3XA 3CDVA 5LZMA 213LA 1CV0A 1L40A 3C7WA 1OWYA 225LA 1LYIA 1G1VA 122LA 3UONA 1L38A 227LA 2RAZX 4EKSA 1L03A 1L31A 3HTDA 1C63A 1L87A 3SB7A 1CX7A 1QUOA 1C6HA 1LLHA 7LZMA 1NHBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1QIOA 1CJ6A 4AGAA 2F4GA 181LA 1KY1A 3SP3A 1LHJA 3BKHA 1L83A 1L74A 1L53A 4OWBA 4N5RA 196LA 3G3BB 1C10A 1JEFA 1LGWA 1C62A 2BQFA 1HFYA 1GE0A 1GB8A 1HEMA 1RFPA 1LZYA 2Y8PA 3J6KA 1LZ9A 4N9RA 4NG8A 4DD2A 1XSFA 1LKSA 1CNSA 4GN5C 4ZFPA 1JJ3A 1BHZA 1I56A 1L33A 1NDMC 1A4VA 1G0QA 3CT5A 1YIKA 4NGVA 1L52A 1GB2A 103LA 145LA 1IWWA 1QT3A 2DQGY 1LZGA 1C6GA 3B0KA 1L07A 1DZBX 6LYZA 104LA 3AW6A 3SB5A 1GFRA 1LJHA 4I7QA 1LMAA 2Z2EA 1YAQA 4LT3A 1BB7A 2BQBA 1AT5A 5KXPA 2RBOA 1BWJA 1GBWA 5LVIA 1DYDA 2BQAA 4QEQA 1LMPA 4GN3A 3J4GA 1IP1A 1C6AA 1T8FA 159LA 1L66A 4TWSA 2YBIA 3GUPA 5AMYA 4HJVA 6LYTA 1NHEA 1D0MA 2HUMA 2O79A 3RNXA 5KKJA 1KXYA 1DKJA 1YQVY 2XJWA 3FI5A 3WUNA 1GXXA 224LA 5LIOA 2CJLA 3LHMA 5L3HA 3EMSA 1SSYA 3DN1A 4NEBA 4N1EI 1GPQC 1BB3A 1HELA 1UBZA 5K7OA 1L43A 1OWZA 1LMQA 3LYOA 1L37A 5JENB 1C08C 4HP0A 1P37A 3AW7A 4A7DA 4B4IA 1C6NA 2BQNA 1L16A 1B6IA 1LJEA 1E8LA 4PRUA 1CUQA 2D4IA 1IOTA 3W3EA 1LYZA 2DQDY 1D3MA 5B59A 133LA 140LA 131LA 5LAGA 1LZ4A 259LA 4W96A 4YEMA 3TXJA 4I7RA 4RDSA 1LZ8A 4KL7A 1L58A 5KXZA 3FA0A 3TXFA 3RUNA 4I7LA 2ZIJA 5I4WA 4AQNA 2RBPA 2OU0X 3A8ZA 250LA 3WL2A 1L62A 1L04A 1B7SA 1D3NA 4N1CC 1TDYA 5A3ZA 1NWGA 1IIZA 2LHMA 4Z46A 2RB2X 2YSSC 1LWKA 1DYBA 3A6BY 1B7LA 1C69A 1B0DA 208LA 3LN2A 2F30A 1LYYA 4WM1A 1HERA 1YKXX 3A34A 207LA 1L02A 1TEWA 1L54A 4NGKA 1L21A 2I6ZA 1OUJA 1AT6A 3RT5X 1LJJA 114LA 1JIYA 188LA 1QS5A 5HQ1A 1OP9B 1QSWA 1GAYA 4W51A 2CGIA 3QAKA 5B1FA 1LHHA 4I7SA 1G7IC 120LA 2G4NA 4LYZA 2EQLA 3HU9A 1GE1A 4I7MA 1L97A 4QY9A 4GN4A 4OOTA 2CDSA 1QT7A 5A3EA 1LYGA 1OVJA 1AZFA 2MEGA 3AZ6A 2ANVA 1L70A 1L56A 1JWRA 1B7NA 1FBIX 2BAAA 5I4XA 1UIDA 2Z2FA 1LZAA 4WO9A 5APDA 4LZTA 1LAAA 3A67Y 4MR1A 3TXKA 111LA 2YBNA 1IR8A 2IFFY 134LA 3HTFA 2HECA 2HTXA 4DD0A 4HJYA 1L79A 5IHGA 252LA 183LA 2MEHA 1QTBA 1YL1X 5KXYA 3SBBC 1MELL 1XEKA 2FBDA 3B72A 1AM7A 1DYCA 5FHWA 174LA 2G4QA 130LA 2QARC 5APEA 5KXXA 1HMKA 2HU3A 1UACY 1VAUA 3G3AB 1UUZC 1IP3A 173LA 2CUUA 1F0WA 1GDXA 3LYTA 3L2XA 4DD7A 1OVHA 5LA5A 1T8GA 1L60A 4GLAA 1D6PA 2LYMA 3N9EA 4NFVA 1OV5A 5LINA 1G0MA 1LYDA 4R0FA 1L86A 1LSYA 1T97A 3RZ4A 146LA 1H6MA 4DQ7A 210LA 4S0WA 4R6CA 4ARQB 110LA 1DI4A 1G06A 2O7AA 3A3RX 1L63A 3W6FA 1VDTA 1QUHA 1CX6A 1JJ1A 251LA 2QB0B 3HT7A 1L75A 4NGOA 2WARA 1C6FA 4WMGA 3AGGG 3WVYA 3G3XA 3WUAA 1UA6Y 1LZBA 1OWYA 5L9JA 3WXTA 2BQKA 4NHSA 2YBLA 3SB7A 5HNCA 3TMUA 4Z98A 148LE 2I26L 4WLTA 1B2KA 3TXDA 1IC5Y 4ARPA 3F8VA 3OE6A 2B6WA 1HFZA 5J7CA 3DN3A 1LSNA 119LA 1L59A 2ZIKA 5F81A 1L26A 3OE9A 3P4ZA 1FKVA 1L41A 216LA 1JSFA 4M4OA 2EPEA 218LA 3B0IA 3WPJA 3A90A 2L78A 3DKEX 1B5YA 1WTNA 160LA 1HNLA 3HWLA 2YVBA 2B6YA 1XGTC 4XJIA 1L0KA 4NSHA 1LOZA 1GB0A 107LA 3IWRA 1C6IA 1H87A 1GBYA 5M1YA 1L14A 4NGYA 1LMTA 5LYTA 165LA 4OW1A 1EQ5A 5B05A 1I20A 3V2WA 1LZ5A 1KIQC 2OEAX 3GUKA 2B6TA 1D0LA 1REZA 3JR6A 1G0KA 2ZNXY 1HF4A 9LYZA 1A2YC 1C6DA 1JITA 1L67A 1YAPA 4LYCA 2OTZX 1GF9A 4W52A 2C8PA 4WOAA 171LA 4C5FA 3K3TA 139LA 4PGJB 3ATNA 1P64A 2EKSC 172LA 126LA 1DYFA 219LA 3D4SA 3W6EA 167LA 175LA 4PJZA 1G0PA 240LA 178LA 1L94A 3RW8A 1QUDA 1LYOA 1OUHA 1OUCA 1IP2A 1GD6A 1LZTA 209LA 4RW1A 3K2RA 2BQLA 3ATOA 1L92A 2IGCA 1XEIA 4NGJA 4DWXA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1QIO A;  1CJ6 A;  4AGA A;  2F4G A;  181L A;  1KY1 A;  3SP3 A;  1LHJ A;  3BKH A;  1L83 A;  1L74 A;  1L53 A;  4OWB A;  4N5R A;  196L A;  3G3B B;  1C10 A;  1JEF A;  1LGW A;  1C62 A;  2BQF A;  1HFY A;  1GE0 A;  1GB8 A;  1HEM A;  1RFP A;  1LZY A;  2Y8P A;  3J6K A;  1LZ9 A;  4N9R A;  4NG8 A;  4DD2 A;  1XSF A;  1LKS A;  1CNS A;  4GN5 C;  4ZFP A;  1JJ3 A;  1BHZ A;  1I56 A;  1L33 A;  1NDM C;  1A4V A;  1G0Q A;  3CT5 A;  1YIK A;  4NGV A;  1L52 A;  1GB2 A;  103L A;  145L A;  1IWW A;  1QT3 A;  2DQG Y;  1LZG A;  1C6G A;  3B0K A;  1L07 A;  1DZB X;  6LYZ A;  104L A;  3AW6 A;  3SB5 A;  1GFR A;  1LJH A;  4I7Q A;  1LMA A;  2Z2E A;  1YAQ A;  4LT3 A;  1BB7 A;  2BQB A;  1AT5 A;  5KXP A;  2RBO A;  1BWJ A;  1GBW A;  5LVI A;  1DYD A;  2BQA A;  4QEQ A;  1LMP A;  4GN3 A;  3J4G A;  1IP1 A;  1C6A A;  1T8F A;  159L A;  1L66 A;  4TWS A;  2YBI A;  3GUP A;  5AMY A;  4HJV A;  6LYT A;  1NHE A;  1D0M A;  2HUM A;  2O79 A;  3RNX A;  5KKJ A;  1KXY A;  1DKJ A;  1YQV Y;  2XJW A;  3FI5 A;  3WUN A;  1GXX A;  224L A;  5LIO A;  2CJL A; 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