1C6KA

T4 lysozyme mutant c54t/c97a/l99a in the presence of 8 atm xenon
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAAINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords PROTEIN (LYSOZYME)
publication title Size versus polarizability in protein-ligand interactions: binding of noble gases within engineered cavities in phage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-12-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1c6kA00
109LA 231LA 2OE4X 4ARPA 1QTZA 1L15A 1LI2A 104LA 1L85A 220LA 1L77A 1L01A 4EKRA 1L13A 2RB2X 1L19A 1L94A 1L06A 3C7WA 218LA 3PDSA 4W58A 181LA 2RAZX 3QAKA 230LA 1C6AA 1L08A 1C6FA 243LA 3DN4A 1L56A 3C83A 1D2YA 1L11A 192LA 3UONA 1L36A 2HUMA 1OVHA 1KNIA 210LA 1L40A 245LA 4DKLA 2B6YA 1L03A 1L07A 241LA 1DYCA 1KS3A 1LLHA 1L37A 1QUGA 2RH1A 126LA 4LDLA 1C65A 3DN1A 1L10A 4PK0A 1C6HA 2B74A 4W54A 2B72A 165LA 172LA 2IGCA 1LGXA 1CVKA 1L34A 1C66A 1CU2A 1L27A 1L95A 156LA 178LA 1ZURA 1CX6A 4I7SA 122LA 3C82A 3GUNA 1L53A 1L96A 1CV0A 234LA 2B6WA 2OE7X 250LA 1D3NA 1SWYA 1L84A 157LA 1L18A 2OEAX 2OTZX 2RB0X 2B6TA 3DN2A 3VW7A 251LA 145LA 4I7NA 1C62A 1LYHA 3NY8A 1L23A 223LA 3HT9A 1L66A 1C6PA 1L46A 217LA 1C6JA 248LA 1LPYA 151LA 3K2RA 1L76A 1P46A 1LGUA 3SB6A 3OE0A 1L09A 2RBQA 3DNAA 131LA 1QTBA 108LA 1C6TA 1CV3A 1C6BA 228LA 3LZMA 183LA 240LA 3HTDA 200LA 1G0LA 4GRVA 3CDOA 1L31A 1SX7A 1OYUA 3F8VA 1JQUA 2RB1X 3SB8A 1G1WA 1L0JA 3HUQA 1T97A 3DMXA 1C6IA 255LA 3CDTA 1L75A 1L74A 1LW9A 1C6MA 1L64A 162LA 256LA 2HUKA 4AQNA 233LA 2L78A 3HT7A 4ARQA 186LA 152LA 3GUMA 1SWZA 150LA 107LA 213LA 206LA 1QSBA 2F47A 120LA 1QT7A 4LZMA 1QUOA 1QT8A 1L81A 214LA 1B6IA 236LA 3L2XA 1D3FA 1C6LA 2QARC 3G3VA 3GUIA 2NTHA 158LA 2O4WA 3GUJA 163LA 1PQKA 4I7JA 3HH6A 1L73A 3JR6A 1LGWA 3G3XA 1C6DA 4IAPA 4S0WA 110LA 182LA 1C6QA 1G06A 2ANVA 2O7AA 4I7QA 2B75A 111LA 3HT8A 2HULA 143LA 173LA 4LDOA 188LA 1D2WA 137LA 1P3NA 4ARMA 176LA 1D3JA 3OE6A 177LA 1P5CA 3GUPA 1L59A 146LA 1XJUA 229LA 3C8RA 1EPYA 114LA 260LA 149LA 1L35A 128LA 1L97A 1L26A 144LA 1C6KA 190LA 1L82A 1LWGA 1PQIA 1L20A 1TLAA 1QTVA 4I7OA 3SBAA 3DN0A 1CUPA 1DYGA 1L92A 1L88A 3RZEA 3NY9A 3HDFA 1NHBA 1L50A 2LCBA 1L04A 4E97A 1P36A 4EKPA 3DMZA 3EMLA 4W56A 1L91A 2RBNA 3HH5A 1D9WA 4W53A 1LYJA 171LA 113LA 3DN8A 130LA 4K5YA 160LA 119LA 1DYFA 246LA 4W57A 1WTHA 239LA 1C6NA 3C8QA 1L12A 3C80A 1L39A 1XJTA 3G3WA 1DYAA 2Z6BA 1CV1A 168LA 196LA 139LA 244LA 3SBBC 1L0KA 1LYGA 1QT4A 1G0PA 4YXCA 3DN3A 242LA 170LA 1L51A 1L62A 1OV5A 3HWLA 1L52A 1P6YA 2OU8A 1QTCA 2B7XA 4ARLA 1L87A 1CU6A 1KY1A 1L93A 3GUOA 3HU9A 1L80A 2RBSA 4I7PA 3F9LA 180LA 1SX2A 2LZMA 1LYDA 118LA 1CV6A 221LA 212LA 3FA0A 1L41A 1L72A 2B73A 1L58A 4I7TA 2ANXA 253LA 3L64A 1C63A 1OWYA 1L44A 205LA 1L71A 1L98A 1SSWA 258LA 1L49A 4W52A 174LA 1CU3A 127LA 3C7YA 3C81A 4YXAC 112LA 1P64A 2Q9DA 1L14A 2QB0B 2OU0X 3SB7A 1OWZA 225LA 125LA 232LA 1L00A 1L25A 1L32A 222LA 1PQMA 141LA 3HH4A 1QS9A 238LA 4DAJA 1L47A 2RAYX 226LA 1L67A 1L86A 2O79A 1L28A 1C6EA 1QS5A 1LI3A 1LYEA 249LA 189LA 1L70A 4EPFA 1L65A 1L55A 1CU0A 1G0GA 1G1VA 1L90A 1K28A 1L79A 3CDQA 3HUKA 1QT3A 1SSYA 3HDEA 4EXMA 4LDEA 115LA 1LI6A 2RBPA 1QTHA 1P7SA 195LA 3V2YA 4ARQB 1L99A 1ZYTA 4EJ4A 2F32A 1L43A 211LA 1L57A 237LA 2LC9A 164LA 215LA 1G0KA 3HTGA 1T8FA 1PQJA 3OE8A 4I7RA 1L24A 142LA 3DKEX 129LA 1LYIA 3ODUA 1C60A 3C8SA 224LA 1QSQA 1C69A 2B6XA 2B6ZA 3HT6A 209LA 2B70A 1XEPA 219LA 3HH3A 1L42A 3V2WA 1P2RA 1L68A 187LA 4EPIA 191LA 4ARJA 4EKQA 7LZMA 102LA 198LA 4I7KA 4DJHA 1OVJA 1D3MA 261LA 3FADA 103LA 4W51A 1L89A 1L05A 1CX7A 201LA 138LA 4ZPUA 1CV5A 175LA 1DYDA 252LA 1KY0A 4ARMB 2F2QA 4I7MA 3GULA 3RUNA 1T8AA 1DYEA 1C68A 1G0JA 4OO9A 1CTWA 3CDRA 3DN6A 1L17A 4GBRB 2OU9A 167LA 1P37A 3SB5A 184LA 235LA 155LA 2RBRA 1L61A 5LZMA 4PJZA 1L48A 1QTDA 1DYBA 1L16A 1L02A 3D4SA 1L69A 259LA 3PBLA 148LE 1ZWNA 2OTYX 1QT5A 3DMVA 3FI5A 1LWKA 1L54A 1OV7A 1JTMA 3HTBA 1CV4A 247LA 2OE9X 1C6CA 1KW7A 199LA 2A4TA 3C7ZA 1G07A 3HTFA 3SN6R 1L60A 1PQOA 2NTGA 4W55A 1L83A 4W59A 1L63A 3NYAA 197LA 147LA 169LA 1OVKA 3OE9A 257LA 3CDVA 2RBOA 123LA 4I7LA 140LA 1L45A 1L22A 6LZMA 216LA 254LA 1P56A 2Q9EA 1CUQA 1LYFA 1QUHA 3HU8A 1L30A 1L38A 1C64A 1C6GA 2CUUA 227LA 159LA 1KW5A 185LA 161LA 1QUDA 1L21A 262LA 1T6HA 1C67A 1L33A 1JTNA 166LA 1CU5A 1I6SA 3HUAA 1L29A 4EKSA 1P2LA 1QT6A 3GUKA 1T8GA 1PQDA 5I14A 1C61A 1G0MA 1G0QA 3SB9A 4YX7C
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4GCEA 1P2CC 104LA 1L77A 1L01A 2RB2X 1MELL 2RAZX 5KXRA 1JSFA 2H5ZA 1FDLY 243LA 1BWJA 3HFMY 1D2YA 5LAGA 2DKVA 3WVXA 1OVHA 5I53A 3A6BY 1KS3A 1HC0A 5KXNA 1QUGA 4LDLA 1C65A 1L10A 4PK0A 2B72A 165LA 1IX0A 4KT3A 2IGCA 4DQJA 1CU2A 1L27A 178LA 2HU3A 4NSIA 4WLXA 5IHGA 3C82A 5D5FA 1GF7A 3CSZA 1L53A 1FBIX 4XJHA 2B6WA 4AGAA 1JTOL 2OEAX 1GAZA 1IWWA 134LA 2RB0X 3AZ6A 4IJ4A 1LYHA 4HJVA 1KXWA 1GFVA 2BQEA 4XYYA 1C6PA 2Z39A 248LA 1C6JA 4G49A 2D4JA 3OE0A 1VFBC 1CV3A 2EIZC 183LA 3HTDA 1ZV5L 3FE0A 3CDOA 1IWVA 1OUBA 1GF0A 2HECA 1BB4A 1G1WA 1L0JA 3DMXA 3AGIA 3LYTA 1VDSA 1GFRA 1L74A 1BB3A 5A3EA 1LHIA 1G7IC 2IHLA 3EXDA 2L78A 3GUMA 4M6DA 150LA 107LA 4CJ2A 1B0DA 1GF3A 1VDTA 5HNLA 1DPWA 1QT7A 4LZMA 1QUOA 214LA 1QTKA 1B7RA 3GUIA 3G3VA 4LT2A 2NTHA 4WO6A 3HH6A 1B5YA 2HUBA 1JKAA 3JR6A 3EO5A 1YL0X 1IIZA 3TXKA 4BADA 4S0WA 1D0MA 1GBSA 4YEOA 111LA 1BWIA 143LA 1C45A 3AGHA 4YENA 1P3NA 4ARMA 5HNCA 1GFHA 3WULA 3GUPA 4LT1A 5LVGA 5KXXA 1L97A 9LYZA 144LA 1LSGA 3ATOA 1L82A 190LA 1PQIA 3AW7A 1TLAA 3SBAA 4NEBA 5F9XA 1LZEA 1CUPA 1LZYA 1YAQA 4NGVA 1REZA 1NHBA 4WG7A 1LJJA 1P36A 3DMZA 5E4PA 4DD0A 1UBZA 3HH5A 1D6PA 130LA 3TXDA 1B5WA 1CJ8A 1WTHA 1YAMA 1C6NA 1HENA 2ZQ4A 1LJFA 2D91A 3GXRA 1XJTA 1DYAA 3A90A 1CV1A 196LA 244LA 3OJPA 1G0PA 4YXCA 5LYMA 242LA 1RJCB 170LA 4HJZA 1G7HC 4H9IA 3BKHA 2OU8A 4ARLA 3CT1A 5K7OA 3GUOA 3M18B 1L80A 2BQOA 1GEZA 180LA 2W1LA 1NDGC 1B5XA 1OQMA 2W1YA 212LA 3FA0A 4KPMA 3LN2A 3W6AA 5APCA 205LA 1DKKA 4NSHA 2CGIA 4R0FA 1L71A 4RLNA 1FLUA 3HBHA 3C7YA 2HU1A 1P64A 2HTXA 1GB2A 3SB7A 153LA 1FN5A 4GN4A 1L00A 1FLWA 4H9BA 3F6ZA 5FSTA 2C8PA 141LA 3HH4A 1NWGA 1QS9A 4CFOA 2D4KA 2I25L 1L67A 2HEDA 4PRQA 1C6EA 4I0CA 1ZMYL 189LA 1GB7A 4WM3A 4EPFA 1IOCA 3AJNA 1G0GA 1IC7Y 2BAAA 5F9UA 1K28A 5LA5A 3IJVA 1CKCA 1B5ZA 4MCKA 2RBPA 4NGKA 1P7SA 4ARQB 1GB5A 5KXOA 1OUIA 1IWTA 1OUHA 2D6BA 1L43A 1OUJA 211LA 1CKGA 3HTGA 1UICA 4I7RA 4WG1A 3DKEX 4WLYA 1LYIA 224LA 1LHMA 2B6ZA 3HT6A 209LA 3W6CA 2B70A 219LA 3HH3A 2HEBA 5KY1A 1HMLA 4EPIA 2BQDA 1FKQA 3RNXA 4B1AA 4DJHA 5HQ1A 1OVJA 1QIOA 4OOOA 261LA 1L89A 1RCMA 138LA 1B7LA 1CV5A 175LA 4WL7A 2XJWA 4LFXA 1XSFA 3WPJA 2YBMA 1T8AA 1G7LC 3VWOA 3DN6A 1LZ1A 1P37A 4J1BA 235LA 1IOTA 155LA 1LHKA 1B7MA 2RBRA 1L61A 5L3IA 5LZMA 3TMUA 1QTDA 1DYBA 3D4SA 1LSAA 1CJ6A 3PBLA 4EMNA 4TSCA 4RW1A 2DQJY 1L54A 5KJ9A 1JTMA 2MEEA 4LZTA 2OE9X 4DYGA 199LA 2A4TA 5LAFA 5HMVA 1HFZA 2XBRA 1GXXA 4LYZA 4W55A 5I5QA 5B05A 1L63A 5B1GA 1UIBA 3NYAA 197LA 147LA 169LA 1OVKA 257LA 4DQ7A 4G4CA 123LA 2G4NA 140LA 1D9UA 1L22A 6LZMA 216LA 2Q9EA 3A3QA 4H8ZA 159LA 4RW2A 1AZFA 1QUDA 1L21A 262LA 4D9ZA 2F30A 1C67A 1BWHA 1JTNA 5LVJA 166LA 3CQLA 1L29A 4GLAA 4DD3A 1G0QA 1C43A 4YX7C 4W94A 2DBTA 1LJ4A 2Z2EA 4HTNA 1JPOA 3W6FA 1HF4A 1L94A 1L06A 1LJKA 218LA 3C7WA 4NGJA 2DQCY 181LA 3A96A 3QAKA 3ZVQB 230LA 5B06A 5LINA 4WLDA 3B6LA 5L3HA 3UONA 3P64A 1DZBX 210LA 1XGPC 1WQPA 245LA 2B6YA 1D6QA 1HFYA 2BQNA 4GN3A 1L37A 126LA 4WO9A 1IR7A 4WM4A 172LA 1FKVA 1L34A 156LA 4H9EA 5DL9A 1ZURA 5FCPA 2N5ZA 5LVHA 1JTPL 1LYSA 1LMNA 4AXTA 3TXHA 1AT5A 2OE7X 154LA 157LA 4WMGA 3A94A 1GFUA 1LMOA 2OTZX 1HMKA 3QY4A 2B6TA 4H93A 1GB8A 3DN2A 4BS7A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4GCE A;  1P2C C;  104L A;  1L77 A;  1L01 A;  2RB2 X;  1MEL L;  2RAZ X;  5KXR A;  1JSF A;  2H5Z A;  1FDL Y;  243L A;  1BWJ A;  3HFM Y;  1D2Y A;  5LAG A;  2DKV A;  3WVX A;  1OVH A;  5I53 A;  3A6B Y;  1KS3 A;  1HC0 A;  5KXN A;  1QUG A;  4LDL A;  1C65 A;  1L10 A;  4PK0 A;  2B72 A;  165L A;  1IX0 A;  4KT3 A;  2IGC A;  4DQJ A;  1CU2 A;  1L27 A;  178L A;  2HU3 A;  4NSI A;  4WLX A;  5IHG A;  3C82 A;  5D5F A;  1GF7 A;  3CSZ A;  1L53 A;  1FBI X;  4XJH A;  2B6W A;  4AGA A;  1JTO L;  2OEA X;  1GAZ A;  1IWW A;  134L A;  2RB0 X;  3AZ6 A;  4IJ4 A;  1LYH A;  4HJV A;  1KXW A;  1GFV A;  2BQE A;  4XYY A;  1C6P A;  2Z39 A;  248L A;  1C6J A;  4G49 A;  2D4J A;  3OE0 A;  1VFB C;  1CV3 A;  2EIZ C;  183L A;  3HTD A;  1ZV5 L;  3FE0 A;  3CDO A;  1IWV A;  1OUB A;  1GF0 A;  2HEC A;  1BB4 A;  1G1W A;  1L0J A;  3DMX A;  3AGI A;  3LYT A;  1VDS A;  1GFR A;  1L74 A;  1BB3 A;  5A3E A;  1LHI A;  1G7I C;  2IHL A;  3EXD A;  2L78 A;  3GUM A;  4M6D A;  150L A;  107L A;  4CJ2 A;  1B0D A;  1GF3 A;  1VDT A;  5HNL A;  1DPW A;  1QT7 A; 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