1C6KA

T4 lysozyme mutant c54t/c97a/l99a in the presence of 8 atm xenon
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAAINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Size versus polarizability in protein-ligand interactions: binding of noble gases within engineered cavities in phage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEIN (LYSOZYME)
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-12-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1c6kA00
1PQDA 1L77A 245LA 1C60A 1QSQA 1QT4A 4I7SA 3DMVA 1DYBA 3OE9A 163LA 1C6IA 2LZMA 4PK0A 3F9LA 1L06A 1QTVA 1C6FA 2F47A 2RAZX 3CDOA 1DYCA 1PQMA 1T8GA 1CU2A 2ANXA 4W58A 1L38A 1SWZA 1CV5A 6LZMA 1L43A 1XJUA 137LA 230LA 182LA 1KY1A 3C8QA 4YXCA 4IAPA 1L91A 7LZMA 2O4WA 1L28A 1L64A 1P2LA 1L89A 1C63A 4ARMA 125LA 4YXAC 178LA 236LA 1P3NA 242LA 3DN6A 2OE4X 1L31A 4ARJA 141LA 1OYUA 144LA 128LA 1P5CA 1G1VA 1L61A 2B73A 201LA 1L44A 4ZPUA 183LA 130LA 1WTHA 1L40A 2RBRA 1L23A 1QUDA 1DYDA 1OWYA 176LA 1OVHA 1L79A 2OE7X 1L14A 1G0LA 2OU9A 2RBPA 109LA 1JTMA 3SBAA 1L42A 200LA 158LA 1L60A 2RBQA 1LGXA 1CX7A 1C6NA 1L27A 187LA 3DN8A 262LA 1LGWA 1L17A 115LA 3DN4A 1DYFA 1L50A 1LI6A 212LA 232LA 1D3MA 1CU6A 1KNIA 3C8RA 1G0MA 4EPFA 173LA 1LYGA 4PJZA 1NHBA 4EKPA 1C62A 1KY0A 3NY9A 1C6DA 206LA 2RB1X 3DN0A 1L90A 191LA 4W56A 1L70A 3HH3A 2Z6BA 1L16A 1L65A 161LA 1LGUA 1QT8A 1C6CA 1L04A 123LA 1L12A 1SSWA 2Q9DA 2RB0X 220LA 1DYEA 2B6WA 189LA 1L34A 1OV5A 1P64A 2B6ZA 218LA 1C61A 2OU8A 3NYAA 1P37A 112LA 1L85A 1L87A 3CDRA 2HUKA 252LA 1QTBA 1G1WA 2IGCA 4EXMA 197LA 171LA 103LA 1D3FA 1L36A 1C6PA 1L83A 4ARMB 1L56A 254LA 1L07A 1L21A 258LA 1PQIA 1L47A 1C6GA 122LA 222LA 1L54A 139LA 3RUNA 4OO9A 1QS9A 172LA 1QTDA 1L41A 1T97A 1C66A 166LA 235LA 1L0JA 1D2YA 108LA 248LA 250LA 198LA 1QUGA 4I7JA 1L39A 3HT7A 2LC9A 1OVKA 1OV7A 2F2QA 4W51A 3HH6A 1L97A 1L02A 1L11A 1L82A 3HT8A 2CUUA 4W54A 1L73A 4EPIA 168LA 1P46A 1T6HA 1CV0A 3HDEA 1LYEA 2B72A 151LA 3UONA 2A4TA 1L55A 1L76A 3C81A 1L52A 1JTNA 4EJ4A 1L93A 259LA 1L67A 148LE 1P56A 1T8AA 1L33A 190LA 3HU8A 4W55A 1PQOA 2OU0X 156LA 1C6LA 4ARLA 1L80A 192LA 2B75A 1QTZA 2B70A 1L29A 199LA 3ODUA 4DJHA 224LA 229LA 3SB8A 1CU5A 4I7RA 4ARQB 1P7SA 3SBBC 3DN2A 111LA 225LA 1L03A 1TLAA 1QT3A 186LA 3HTGA 3HUQA 3G3VA 3OE0A 4I7KA 181LA 2B6TA 4DAJA 2F32A 1CX6A 1L08A 2RBSA 4LDEA 2L78A 4I7NA 155LA 1XEPA 260LA 1L45A 2HULA 1L96A 1T8FA 1L53A 1QS5A 2OTZX 1G0PA 1L57A 1C6KA 3DNAA 157LA 169LA 1L20A 4LZMA 1QTCA 2Q9EA 3LZMA 1LLHA 246LA 215LA 1L37A 1C69A 1LPYA 1LW9A 210LA 2OEAX 3DMXA 3SB7A 209LA 3HUAA 3FA0A 3HUKA 3K2RA 1CTWA 2O7AA 4W52A 1XJTA 1L13A 3G3WA 159LA 1JQUA 1LYIA 216LA 165LA 3NY8A 1QSBA 2RB2X 3HT9A 1L81A 4I7TA 3C7ZA 249LA 1G0KA 3C83A 160LA 127LA 2B6YA 1L32A 3RZEA 4ARQA 1CV1A 174LA 1KW5A 1OVJA 1L19A 1G0GA 118LA 1C6AA 175LA 102LA 1LI3A 5I14A 1L35A 2B74A 3GUMA 1L00A 1CUQA 3G3XA 1L88A 3GUPA 1LWKA 1I6SA 1K28A 1CV6A 1B6IA 251LA 1LI2A 2QARC 152LA 2HUMA 239LA 3GUOA 120LA 2RAYX 1C68A 1PQKA 2NTHA 1LYFA 4DKLA 3QAKA 149LA 2B7XA 4W53A 114LA 1SX7A 3V2WA 1QT5A 3GUIA 113LA 219LA 3DN1A 4EKQA 233LA 196LA 4AQNA 1LYHA 1QUOA 1L48A 1C6MA 1G07A 1L51A 3PDSA 1L22A 1G0JA 253LA 1C6QA 3HWLA 1L30A 1L72A 1G0QA 1C65A 1DYAA 4I7LA 1PQJA 1L68A 104LA 2ANVA 4GRVA 1KW7A 3FADA 3GULA 2LCBA 2OE9X 217LA 4E97A 167LA 4EKSA 138LA 147LA 180LA 256LA 1QUHA 119LA 3C82A 3SN6R 1KS3A 205LA 1L94A 1L01A 1SSYA 1ZURA 4W59A 1QTHA 3DMZA 1ZYTA 1CV3A 213LA 4I7PA 110LA 1L95A 3EMLA 3JR6A 1L98A 1QT6A 4LDOA 185LA 3HTBA 3HT6A 4W57A 2B6XA 1L66A 1L24A 1L75A 1L92A 237LA 170LA 223LA 3C7YA 1P2RA 3GUKA 226LA 1L63A 3DKEX 1D3NA 221LA 3CDVA 3OE6A 1CUPA 195LA 1L74A 3C8SA 2RBNA 227LA 4LDLA 211LA 146LA 1DYGA 3HTFA 3HH5A 1L05A 1OWZA 3V2YA 3DN3A 3CDTA 247LA 1LWGA 142LA 228LA 1L84A 129LA 3VW7A 4YX7C 1D9WA 1CVKA 1SWYA 1L62A 1CU3A 4EKRA 1C6BA 1P6YA 3SB5A 1LYJA 1C6JA 2QB0B 1L99A 1L49A 2NTGA 3HH4A 150LA 243LA 1P36A 177LA 143LA 1LYDA 1D3JA 3F8VA 4I7QA 145LA 3FI5A 3SB6A 3CDQA 4I7OA 3L2XA 4GBRB 2RH1A 2OTYX 1L59A 1L71A 1L15A 3D4SA 1CV4A 234LA 3C7WA 1L58A 131LA 261LA 241LA 1C6TA 1C6HA 214LA 1C64A 1L25A 255LA 4S0WA 4ARPA 1C6EA 164LA 1C67A 184LA 1L46A 5LZMA 1ZWNA 3SB9A 1L0KA 3HU9A 2O79A 4K5YA 231LA 2RBOA 1G06A 1EPYA 1L26A 1L10A 3HDFA 3C80A 1SX2A 257LA 1L18A 4I7MA 1D2WA 107LA 240LA 1L09A 3PBLA 3OE8A 1L86A 1QT7A 1L69A 126LA 244LA 3GUJA 3HTDA 238LA 1CU0A 3GUNA 3L64A 140LA 188LA 162LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1QSQA 4RDSA 4II8A 1LZ8A 4GCBA 2BQHA 5APFA 1F0WA 1LZSA 5D5CA 1KXXA 4XJBA 3TXIA 3CDOA 1DYCA 4NSIA 2Z18A 1CU2A 1IORA 2G4QA 1LZCA 4EMNA 1CJ8A 4NGVA 1L38A 1UIHA 137LA 1XJUA 3J4GA 3C8QA 1L91A 1BB5A 4PPOA 4NGIA 5HMVA 3AGGG 4NSJA 1GBOA 4YXAC 3AGHA 3HFMY 3FE0A 5KJ9A 4WL7A 4DDBA 5B06A 1G7HC 130LA 1OWYA 1B5YA 2OU9A 1LYZA 4NSGA 2RBQA 4H91A 1C08C 2Z39A 3WUNA 1GF7A 1VATA 2FYDA 115LA 1I20A 1L50A 232LA 1KNIA 1G0MA 4H9AA 4EKPA 1WQOA 2D4JA 2RB1X 3W6CA 5LYMA 3HH3A 4PRQA 1L16A 1JWRA 1LGUA 1SSWA 220LA 1L34A 4N1EI 4RLMA 1MLCE 1P64A 2W1XA 4OWBA 2OU8A 134LA 1L87A 4HPIA 1QTBA 1GFGA 3EXDA 4MSTA 3W3EA 1L36A 1L83A 4FDYA 4NGYA 1LSNA 1MELL 1L07A 258LA 3WL2A 1QTKA 1LMQA 1GE3A 122LA 1GEVA 139LA 2EQLA 3ATNA 4H1PA 132LA 2BLYA 4NGKA 3D3DA 1JEFA 1LSEA 1EL1A 1F6SA 4HTQA 3WVXA 1D2YA 5IDDA 2DKVA 4YEOA 4WL6A 4I7JA 1L39A 3SP3A 1IP4A 4W51A 1GFJA 4NHSA 4W54A 3F6ZA 3TXKA 1LSPA 5T3FA 4EPIA 168LA 1TBYA 1GD6A 3HDEA 1LYEA 3C81A 2CGIA 4EJ4A 4ETDA 1CKGA 5J7CA 1UACY 1LHHA 1C6LA 1L80A 2B75A 1Z55A 4FJRA 4WM3A 4B1AA 2EPEA 3ODUA 1GPQC 224LA 4DJHA 4C3WA 4RLNA 3HTGA 1FLYA 2C8PA 1IO5A 3HBDA 4Z46A 1T3PA 2F32A 1CX6A 2L78A 1GE1A 1GE0A 2HULA 1OP9B 1A4VA 4CFOA 1B7SA 1TAYA 5B59A 1C46A 1B7MA 1L20A 3M18B 4LZMA 1GFHA 1QTCA 3W6EA 2Q9EA 5FDJA 3B0IA 246LA 1L37A 2OEAX 3SB7A 3FA0A 5M1YA 3CT0A 3ZVQA 1A2YC 2ZYCA 2F30A 165LA 3NY8A 1DI5A 1C7PA 4O34A 2BQFA 4GN3A 2ZQ3A 2BQIA 3TMWA 1JUGA 1GB5A 127LA 2B6YA 3RZEA 1B9OA 2A7FA 1KW5A 1OVJA 3WU8A 1L19A 1C6AA 175LA 102LA 1L35A 3GUMA 2LZ2A 1RCMA 1HMKA 2HEAA 1I6SA 3P68A 2H9KA 1CV6A 1B6IA 2N5ZA 152LA 120LA 1HSWA 1FLQA 1C68A 1LYFA 3QAKA 3HBEX 3VWOA 1SX7A 5F14A 3WMKA 2FYCA 4QEQA 3WVYA 2ZNXY 233LA 6LYTA 2YSSC 3G3BB 1L48A 1FLWA 1IWXA 1HEMA 1G7IC 3OK0A 1L72A 1C65A 1PQJA 2Z12A 3FADA 3GULA 4E97A 4RW1A 138LA 1F6RA 4EKSA 147LA 2ZYPA 4KXIA 3SN6R 1UUZC 2HU3A 5ILFA 1SSYA 4W59A 4KL7A 213LA 2F4GA 1LCNA 2FBDA 3EMLA 1UIBA 4XENA 1G7LC 4ET9A 3HTBA 1LSAA 1GF4A 2HUBA 2I25L 1P2RA 3GUKA 3DKEX 1JITA 5JENB 1L74A 1BVKC 4HJZA 1EQ5A 1HMLA 4XJIA 3HH5A 3V2YA 3DN3A 1JJ0A 247LA 4WLTA 1VDQA 1XGUC 208LA 1IWUA 2DQGY 4UWUA 4KPMA 4HSFA 1L49A 3HH4A 4DQ7A 150LA 4IATA 1HF4A 1D3JA 4NEBA 2B5ZA 1IVMA 1LZYA 1GF5A 1YKZX 4I7OA 2DQDY 1VFBC 1L15A 3D4SA 1W6ZA 4EOFA 1L58A 1C6TA 4DYGA 4Z41A 4NGJA 4GN5C 4S0WA 1LZNA 4CGEA 164LA 184LA 5LZMA 6LYZA 1L0KA 1NQIA 1WQPA 2RBOA 1EPYA 3HDFA 4B0DA 4PHIA 1LZTA 3C80A 3LHMA 4TSCA 3W6DA 1D2WA 1LJGA 240LA 3OE8A 1GB6A 1FBIX 2BQNA 4WLYA 2X0AA 1KXWA 5HLLA 1H6MA 3L64A 140LA 1CKFA 1IWWA 3AB6A 1C10A 1DQJC 4H9FA 1OUGA 1GWDA 1NMMA 1LZEA 2BQJA 163LA 1C6IA 2LZMA 4U3XB 5FSTA 1L06A 2XTHA 1C6FA 2F47A 1NDMC 2BLXA 1T8GA 4W58A 4N9RA 3WW6A 2DQIY 6LZMA 5LVIA 4G49A 7LZMA 4G4BA 3BKVA 1BB4A 5KKJA 3AJNA 4I0CA 1L64A 1L89A 125LA 1CKDA 5EBHA 4P2EA 236LA 1XSFA 3DN6A 1WQRA 5I53A 1YAMA 1OYUA 144LA 2B73A 3TXDA 5FELA 194LA 1L44A 183LA 4HTNA 1JKAA 1L23A 2ZILA 1QUDA 5KXSA 5APDA 1G0LA 1GF3A 1GFKA 3A6BY 109LA 4G9SA 2BQAA 5F16A 2I6ZA 3SBAA 4OW1A 1L42A 158LA 1CX7A 1C6NA 2YBMA 1YILA 3TXFA 187LA 262LA 1LGWA 4H9IA 1UIFA 1LI6A 212LA 1D3MA 3WYHA 1RJCB 1LJJA 2HEEA 173LA 1LYGA 4HJYA 5I4YA 2DQAA 3DN0A 3NY9A 1INUA 2Z6BA 1L65A 1HEPA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 1CU6 A;  1KNI A;  3C8R A;  1G0M A;  4EPF A;  173L A;  1LYG A;  4PJZ A;  1NHB A;  4EKP A;  1C62 A;  1KY0 A;  3NY9 A;  1C6D A;  206L A;  2RB1 X;  3DN0 A;  1L90 A;  191L A;  4W56 A;  1L70 A;  3HH3 A;  2Z6B A;  1L16 A;  1L65 A;  161L A;  1LGU A;  1QT8 A;  1C6C A;  1L04 A;  123L A;  1L12 A;  1SSW A;  2Q9D A;  2RB0 X;  220L A;  1DYE A;  2B6W A;  189L A;  1L34 A;  1OV5 A;  1P64 A;  2B6Z A;  218L A;  1C61 A;  2OU8 A;  3NYA A;  1P37 A;  112L A;  1L85 A;  1L87 A;  3CDR A;  2HUK A;  252L A;  1QTB A;  1G1W A;  2IGC A;  4EXM A;  197L A;  171L A;  103L A;  1D3F A;  1L36 A;  1C6P A;  1L83 A;  4ARM B;  1L56 A;  254L A;  1L07 A;  1L21 A;  258L A;  1PQI A;  1L47 A;  1C6G A;  122L A;  222L A;  1L54 A;  139L A;  3RUN A;  4OO9 A;  1QS9 A;  172L A;  1QTD A;  1L41 A;  1T97 A;  1C66 A;  166L A;  235L A;  1L0J A;  1D2Y A;  108L A;  248L A;  250L A;  198L A;  1QUG A;  4I7J A;  1L39 A;  3HT7 A;  2LC9 A;  1OVK A;  1OV7 A;  2F2Q A;  4W51 A;  3HH6 A;  1L97 A;  1L02 A;  1L11 A;  1L82 A;  3HT8 A;  2CUU A;  4W54 A;  1L73 A; 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 234L A;  3C7W A;  1L58 A;  131L A;  261L A;  241L A;  1C6T A;  1C6H A;  214L A;  1C64 A;  1L25 A;  255L A;  4S0W A;  4ARP A;  1C6E A;  164L A;  1C67 A;  184L A;  1L46 A;  5LZM A;  1ZWN A;  3SB9 A;  1L0K A;  3HU9 A;  2O79 A;  4K5Y A;  231L A;  2RBO A;  1G06 A;  1EPY A;  1L26 A;  1L10 A;  3HDF A;  3C80 A;  1SX2 A;  257L A;  1L18 A;  4I7M A;  1D2W A;  107L A;  240L A;  1L09 A;  3PBL A;  3OE8 A;  1L86 A;  1QT7 A;  1L69 A;  126L A;  244L A;  3GUJ A;  3HTD A;  238L A;  1CU0 A;  3GUN A;  3L64 A;  140L A;  188L A;  162L A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1QSQ A;  4RDS A;  4II8 A;  1LZ8 A;  4GCB A;  2BQH A;  5APF A;  1F0W A;  1LZS A;  5D5C A;  1KXX A;  4XJB A;  3TXI A;  3CDO A;  1DYC A;  4NSI A;  2Z18 A;  1CU2 A;  1IOR A;  2G4Q A;  1LZC A;  4EMN A;  1CJ8 A;  4NGV A;  1L38 A;  1UIH A;  137L A;  1XJU A;  3J4G A;  3C8Q A;  1L91 A;  1BB5 A;  4PPO A;  4NGI A;  5HMV A;  3AGG G;  4NSJ A;  1GBO A;  4YXA C;  3AGH A;  3HFM Y;  3FE0 A;  5KJ9 A;  4WL7 A;  4DDB A;  5B06 A;  1G7H C;  130L A;  1OWY A;  1B5Y A;  2OU9 A;  1LYZ A;  4NSG A;  2RBQ A;  4H91 A;  1C08 C;  2Z39 A;  3WUN A;  1GF7 A;  1VAT A;  2FYD A;  115L A;  1I20 A;  1L50 A;  232L A;  1KNI A;  1G0M A;  4H9A A;  4EKP A;  1WQO A;  2D4J A;  2RB1 X;  3W6C A;  5LYM A;  3HH3 A;  4PRQ A;  1L16 A;  1JWR A;  1LGU A;  1SSW A;  220L A;  1L34 A;  4N1E I;  4RLM A;  1MLC E;  1P64 A;  2W1X A;  4OWB A;  2OU8 A;  134L A;  1L87 A;  4HPI A;  1QTB A;  1GFG A;  3EXD A;  4MST A;  3W3E A;  1L36 A;  1L83 A;  4FDY A;  4NGY A;  1LSN A;  1MEL L;  1L07 A;  258L A;  3WL2 A;  1QTK A;  1LMQ A;  1GE3 A;  122L A;  1GEV A;  139L A; 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