1C6KA

T4 lysozyme mutant c54t/c97a/l99a in the presence of 8 atm xenon
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAAINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Size versus polarizability in protein-ligand interactions: binding of noble gases within engineered cavities in phage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEIN (LYSOZYME)
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-12-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1c6kA00
2F2QA 1G06A 1PQDA 3OE0A 3RUNA 1C6GA 1P37A 254LA 4I7JA 2B74A 4I7QA 1CU0A 1C6MA 1QS9A 1QTBA 3F8VA 3HT6A 4I7RA 110LA 1G1WA 1L69A 4LDOA 141LA 1L88A 2RB0X 4ARMA 1LYJA 4E97A 1PQJA 213LA 3DNAA 1D3JA 3DN3A 1L64A 1C62A 245LA 3C8SA 3V2WA 1L63A 1ZURA 1D3MA 225LA 1QTVA 1P46A 1L0KA 2HUMA 1L32A 1G0GA 220LA 1XJTA 3PDSA 3HH3A 1L55A 3UONA 214LA 1CV3A 1DYFA 1OVHA 1L14A 3HTDA 1OYUA 1G07A 1C6TA 1QT4A 122LA 1L68A 2B72A 1L27A 108LA 4K5YA 6LZMA 2B6XA 1L82A 183LA 2F47A 166LA 1L02A 4EXMA 157LA 1C6CA 1QTDA 3C7ZA 1OV7A 109LA 3HDEA 1L35A 111LA 3HT7A 1D2YA 2B75A 171LA 3DMVA 4W56A 189LA 2LZMA 2RBSA 1C6NA 1L85A 2L78A 234LA 3HWLA 4I7NA 3FI5A 1QUDA 1L48A 3L64A 3SN6R 1LYHA 1CU3A 1C64A 3HH6A 3PBLA 4OO9A 1L54A 112LA 1JTMA 4I7KA 1L84A 2O7AA 1QUHA 1G0JA 235LA 3HUAA 4I7SA 4YXCA 4DAJA 1LGWA 4S0WA 1L46A 1C6QA 212LA 2OU0X 1L08A 2ANXA 223LA 1L99A 1C67A 1CX7A 257LA 1LYDA 1QT5A 2RAYX 3DN1A 3NY8A 3C83A 1OWYA 1QT6A 161LA 1QS5A 4LDEA 146LA 1EPYA 107LA 1QT7A 2B70A 4I7MA 1L58A 1SWYA 1L24A 1L00A 2NTGA 1SX2A 1L73A 3CDOA 3CDTA 1D3FA 3C8RA 4ARJA 1CVKA 178LA 3C7YA 2B6ZA 3SB6A 243LA 1KS3A 3GUPA 114LA 218LA 238LA 1PQMA 138LA 190LA 158LA 256LA 162LA 1OWZA 159LA 120LA 1C6DA 1L81A 4W58A 4PJZA 165LA 1LWKA 219LA 1L61A 3V2YA 4EPIA 4YX7C 3HTBA 240LA 1L20A 2A4TA 3GULA 1PQOA 1L07A 3NY9A 3GUIA 3C81A 3SBBC 3DN8A 1LGUA 147LA 1L04A 4PK0A 4AQNA 1L95A 3HTFA 3QAKA 229LA 1DYGA 1L80A 1P64A 2OE4X 1L21A 236LA 1QUOA 1L43A 1P6YA 1D3NA 3CDQA 4I7PA 1L56A 1L83A 2Q9DA 1T8FA 1QTCA 4GRVA 195LA 3DMXA 2ANVA 1L66A 1QSBA 1P5CA 1L29A 1L74A 1JTNA 1CU5A 1L28A 1LPYA 1QT3A 1L19A 4EKSA 261LA 1KY1A 1ZYTA 1L96A 3D4SA 199LA 3L2XA 3HTGA 246LA 3F9LA 1L53A 2OTYX 1CUPA 1I6SA 1P2LA 232LA 1C63A 262LA 2HUKA 1OVJA 1L38A 176LA 1L87A 2B73A 2B6TA 4YXAC 1C6AA 1L30A 156LA 1L12A 1CV0A 181LA 3DN2A 2OE9X 4EJ4A 3HU9A 119LA 1DYAA 1DYCA 1L79A 2RBQA 182LA 2HULA 163LA 1C6HA 1L18A 1D2WA 3HT9A 1NHBA 1L09A 1LLHA 3C7WA 1L39A 2RBPA 1LW9A 4I7TA 4GBRB 1JQUA 3HT8A 4IAPA 251LA 222LA 1L51A 1L70A 1CU6A 253LA 1DYEA 148LE 3CDRA 3C80A 1SWZA 2O4WA 180LA 1C6IA 250LA 3OE9A 127LA 1L17A 4LZMA 1L98A 259LA 1CV1A 1LYIA 1L23A 3DKEX 2F32A 3GUOA 1P3NA 1K28A 3HH5A 3DN6A 1C61A 1QUGA 3C8QA 152LA 248LA 252LA 224LA 164LA 1CU2A 1G0KA 2NTHA 3HDFA 4ARPA 1L75A 1LWGA 3FADA 2CUUA 3C82A 206LA 4EKRA 1L0JA 2O79A 149LA 125LA 174LA 187LA 1XJUA 3JR6A 4EKPA 1L62A 209LA 4EKQA 1LI3A 3DN0A 1L34A 1L77A 3HU8A 3SB9A 1C6EA 1LGXA 4ZPUA 1C6BA 3SBAA 4ARLA 4I7LA 3EMLA 2OU8A 3HUKA 1L47A 1C6PA 1L40A 3GUMA 118LA 1L11A 3CDVA 2RAZX 2B7XA 191LA 1L72A 142LA 1L13A 1CV5A 3GUJA 4W55A 2B6WA 4DJHA 1G0LA 1L45A 201LA 1C69A 2IGCA 1PQKA 1P2RA 175LA 1L15A 1KY0A 228LA 3G3VA 1G1VA 239LA 113LA 1L93A 198LA 200LA 1LI6A 1QSQA 1PQIA 1T6HA 1L41A 2RB1X 1C66A 1LYGA 1OVKA 104LA 4W53A 128LA 1SX7A 1G0PA 1T8AA 3VW7A 2QB0B 227LA 1SSYA 2LCBA 1L60A 1LI2A 1KNIA 140LA 3GUNA 1CTWA 1D9WA 3OE8A 1L05A 5LZMA 1C6KA 237LA 170LA 1L59A 1L57A 205LA 1C60A 1C6FA 4W54A 150LA 4I7OA 1L91A 1QTHA 244LA 137LA 1L92A 115LA 217LA 2QARC 1L44A 1L36A 1P7SA 1L86A 1KW5A 226LA 1L52A 1C65A 230LA 1XEPA 1CUQA 1TLAA 145LA 2OU9A 130LA 2RBNA 1CX6A 168LA 2Q9EA 2RBOA 4ARMB 1G0QA 3DN4A 160LA 1QTZA 1L33A 1L10A 1L37A 1QT8A 249LA 247LA 1L90A 1CV4A 3SB7A 4ARQA 5I14A 188LA 1KW7A 1L26A 4W51A 1L67A 7LZMA 210LA 3G3XA 1L22A 144LA 1L01A 3HH4A 4W57A 1C68A 1L03A 1G0MA 3K2RA 1L65A 3LZMA 3G3WA 3ODUA 221LA 2Z6BA 1DYDA 1L49A 103LA 255LA 2RH1A 4EPFA 173LA 1P36A 1B6IA 2B6YA 184LA 3GUKA 1L76A 1L25A 1L16A 258LA 260LA 2OTZX 2RBRA 1DYBA 1L94A 3OE6A 1ZWNA 1L42A 123LA 1WTHA 1T8GA 186LA 3NYAA 143LA 4ARQB 241LA 129LA 1CV6A 242LA 3RZEA 2RB2X 167LA 1LYFA 4W52A 1OV5A 3SB8A 211LA 216LA 231LA 1L31A 1L97A 177LA 102LA 131LA 4LDLA 1L89A 197LA 1L50A 4W59A 172LA 1SSWA 3DMZA 196LA 1C6JA 2OE7X 2OEAX 151LA 3HUQA 169LA 4DKLA 139LA 1P56A 126LA 1C6LA 1LYEA 1L06A 1L71A 185LA 1T97A 215LA 2LC9A 3FA0A 233LA 192LA 3SB5A 155LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2F2QA 1IP5A 4II8A 1FDLY 5M1YA 1C6MA 2W1LA 2DQHY 110LA 4LDOA 3B6LA 1BWIA 2RB0X 5FCPA 4ARMA 1LSDA 4U3XB 1EQ4A 4NSJA 3TMXA 1C62A 2MEGA 3C8SA 1L63A 1D3MA 225LA 1P46A 1L0KA 1IWUA 2HUMA 1BB3A 2PC2A 5KXWA 1TDYA 1L55A 3UONA 3KAMA 1E8LA 5LVGA 2MEFA 2DQJY 1GFHA 1G07A 1QT4A 122LA 4LYMA 5I53A 6LZMA 2B6XA 1LMQA 183LA 1QTDA 1OV7A 1JTOL 4WL6A 1IWYA 3EO5A 1WQPA 2BLXA 4NEBA 2RBSA 1C6NA 1D0KA 3AZ7A 3HWLA 5LA8A 1LZTA 3FI5A 3QY4A 1FN5A 5LYMA 1CU3A 1BB4A 1OUGA 2HU1A 1D0MA 1BQLY 1IP1A 1GE4A 2O7AA 3A67Y 4XJBA 1QTEA 4N0JA 4S0WA 5HQ1A 1VATA 2ANXA 1GFRA 1C67A 4BADA 4H9AA 2Z19A 1HFXA 4CGEA 3C83A 4Z3MA 1HEWA 5KXXA 4AGAA 4LDEA 1QT7A 1L58A 4MR1A 4WLXA 1UA6Y 1L00A 4CHXA 1WQMA 1L73A 3CDOA 1GFAA 178LA 2BQLA 1LYYA 1D0LA 1LZCA 1HMLA 1KS3A 3E3DA 1NDGC 5HLLA 138LA 2VB1A 4WLDA 4YM8A 1GB6A 4PJZA 219LA 1UIHA 1L61A 1P2CC 5F16A 3BKVA 2CDSA 3ZEKA 1RJCB 4PJ2C 1GWDA 4AQNA 3IJUA 3QAKA 229LA 208LA 1UIEA 3A96A 3F6ZA 1QUOA 4W94A 1P6YA 4H8ZA 2BQNA 4I7PA 4LT2A 1GFVA 4R6CA 1L56A 1XGPC 3A34A 1T8FA 4GRVA 195LA 3FE0A 3HFMY 2YBJA 1KIPC 3WYHA 2MEBA 1GB9A 1HFZA 1O23A 1L29A 1YILA 1LSPA 1QT3A 2D4JA 4EKSA 4WG1A 3WVXA 1L96A 5FDJA 199LA 1EQEA 3OK0A 3GXRA 2HUKA 3W6BA 1OVJA 2B6TA 4NFVA 156LA 2DQEY 181LA 135LA 4EJ4A 2Z18A 5F14A 2ZQ4A 1DQJC 3B0IA 1IWVA 182LA 4B49A 2ZIKA 3P65A 1YL1X 3EXDA 1HC0A 3HT9A 3TXBA 1IP7A 1LLHA 4E3UA 3IJVA 1L39A 2RBPA 2B5ZA 3HT8A 1GXXA 251LA 1C43A 4WM1A 5LXWA 253LA 148LE 5KXYA 4H94A 5J7CA 1B2KA 5EBHA 250LA 1ZVYB 2AUBA 3OE9A 1GFEA 1UIFA 134LA 4DD2A 1L23A 1NWGA 1P3NA 1C61A 2BQJA 252LA 1SQ2L 224LA 164LA 1B7RA 1G0KA 4ETDA 4ARPA 1L75A 2CUUA 1L0JA 2O79A 5L9JA 4R0FA 2YSSC 4CFOA 3LZTA 1LJJA 4KPMA 1XGQC 3GXKA 209LA 1GF0A 3B0KA 3DN0A 4MSTA 3HU8A 1VAUA 1C6EA 5FHWA 1HEPA 1XGUC 1GAZA 1DI5A 207LA 1C6PA 4IJ4A 3TXEA 4C5FA 1UIGA 4HTKA 1MELL 4P2EA 1IC5Y 5A3EA 4ZEEA 4NHIA 1WQNA 3WUAA 2MEDA 3AB6A 1UC0A 4XADA 4H1PA 5KXNA 1MLCE 1C69A 3RNXA 3D3DA 4WMGA 1KY0A 2BPUA 1OP9B 1B7SA 5B07A 3WW6A 198LA 1LI6A 1L41A 2RB1X 3P64A 4J1BA 1UBZA 4WG7A 2FYCA 4WOAA 4I8SA 1HEMA 4W53A 5I4XA 1VDTA 3CT1A 1OUEA 5FELA 2YBIA 1CTWA 1FLWA 1LJ3A 1GE1A 2Z2EA 1L57A 1C60A 150LA 2Z2FA 1BB7A 1KXWA 4XJIA 137LA 1L92A 115LA 3ZVQB 4BAFA 4GLAA 1PZYA 4NSHA 1KW5A 226LA 1L52A 5KXKA 230LA 5AMYA 1LSNA 2MEHA 4H90A 145LA 1LHJA 3T36A 1CX6A 1YKYX 1B7QA 1QIOA 5E4PA 1L90A 3WW5A 3SB7A 5I14A 1IOQA 1L22A 1LZGA 1HSXA 3A3QA 4DD9A 2DQCY 2MEEA 2BQAA 3G3WA 221LA 4PGJB 3P4ZA 4GCBA 1HENA 2B6YA 3WPKA 4NGLA 2OTZX 2RBRA 5F9UA 4XJFA 5C6JA 1DYBA 1JSFA 2LYOA 3IWRA 1LJHA 3WXUA 3G3AB 4OWAA 3RZ4A 2Y8PA 3EBAB 241LA 1LYFA 4W52A 1OV5A 216LA 2C8OA 3WPLA 4WLYA 3RT5X 2XBSA 3DMZA 4WL7A 1IWTA 1C6JA 2OE7X 5LA5A 4N9RA 4DKLA 139LA 1P56A 1L06A 2XTHA 2LC9A 1JWRA 233LA 4HPEA 4LYTA 1PQDA 3OE0A 3RUNA 3TXIA 1C6GA 1G7MC 1KIQC 254LA 1QTBA 4G4CA 1G1WA 5LVKA 4ET9A 3W6FA 4E97A 1AT5A 1EL1A 5F81A 1D3JA 1JTTL 1L64A 4FDYA 3V2WA 4XJDA 1JKDA 1H6MA 1YL0X 4NY5A 5HMVA 220LA 1XJTA 2ZILA 2HEFA 5LIOA 3HH3A 1DI3A 1OVHA 1GE2A 3HTDA 2LZ2A 1L68A 4OOTA 4RLMA 2F47A 166LA 1LYOA 1LMNA 4EXMA 157LA 3C7ZA 109LA 1C45A 1L35A 2B75A 171LA 2DQAA 4W56A 2LZMA 5KXRA 4WM4A 5B05A 4I7NA 1WQQA 3LN2A 3L64A 4BS7A 1C64A 3HH6A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2F2Q A;  1IP5 A;  4II8 A;  1FDL Y;  5M1Y A;  1C6M A;  2W1L A;  2DQH Y;  110L A;  4LDO A;  3B6L A;  1BWI A;  2RB0 X;  5FCP A;  4ARM A;  1LSD A;  4U3X B;  1EQ4 A;  4NSJ A;  3TMX A;  1C62 A;  2MEG A;  3C8S A;  1L63 A;  1D3M A;  225L A;  1P46 A;  1L0K A;  1IWU A;  2HUM A;  1BB3 A;  2PC2 A;  5KXW A;  1TDY A;  1L55 A;  3UON A;  3KAM A;  1E8L A;  5LVG A;  2MEF A;  2DQJ Y;  1GFH A;  1G07 A;  1QT4 A;  122L A;  4LYM A;  5I53 A;  6LZM A;  2B6X A;  1LMQ A;  183L A;  1QTD A;  1OV7 A;  1JTO L;  4WL6 A;  1IWY A;  3EO5 A;  1WQP A;  2BLX A;  4NEB A;  2RBS A;  1C6N A;  1D0K A;  3AZ7 A;  3HWL A;  5LA8 A;  1LZT A;  3FI5 A;  3QY4 A;  1FN5 A;  5LYM A;  1CU3 A;  1BB4 A;  1OUG A;  2HU1 A;  1D0M A;  1BQL Y;  1IP1 A;  1GE4 A;  2O7A A;  3A67 Y;  4XJB A;  1QTE A;  4N0J A;  4S0W A;  5HQ1 A;  1VAT A;  2ANX A;  1GFR A;  1C67 A;  4BAD A;  4H9A A;  2Z19 A;  1HFX A;  4CGE A;  3C83 A;  4Z3M A;  1HEW A;  5KXX A;  4AGA A;  4LDE A;  1QT7 A;  1L58 A;  4MR1 A;  4WLX A;  1UA6 Y;  1L00 A;  4CHX A;  1WQM A;  1L73 A;  3CDO A;  1GFA A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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