1C61A

T4 lysozyme mutant c54t/c97a/f153a in the presence of 8 atm krypton
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTARTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Size versus polarizability in protein-ligand interactions: binding of noble gases within engineered cavities in phage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEIN (LYSOZYME)
total genus 60
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-12-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1c61A00
1L82A 142LA 225LA 1QT8A 192LA 172LA 1L0JA 3DN0A 151LA 3CDTA 4YXCA 219LA 4YXAC 1L89A 1OVHA 1DYFA 173LA 1LYJA 2OEAX 2F32A 1G0LA 2CUUA 4IAPA 3C80A 1L51A 2RB1X 1L37A 1QTBA 3PBLA 212LA 1L48A 1L65A 3SB8A 1LYGA 230LA 3RZEA 3NY9A 1L59A 1LGUA 3HT8A 1JTMA 4EXMA 1B6IA 3HTDA 3K2RA 1OWYA 3UONA 1CTWA 113LA 1XJUA 1PQMA 5LZMA 1QUOA 144LA 2L78A 1D9WA 118LA 1D2WA 1L83A 3C7WA 3OE0A 137LA 1K28A 3LZMA 176LA 4E97A 163LA 4W56A 2RBNA 1QTZA 1CV5A 143LA 2IGCA 201LA 3V2WA 1C6AA 157LA 4DAJA 257LA 1L97A 147LA 2NTGA 126LA 1C6DA 103LA 226LA 170LA 209LA 216LA 161LA 1D3MA 1L29A 1L36A 1L88A 1P3NA 4I7OA 3DN2A 3CDQA 2A4TA 1QSQA 1L0KA 214LA 4GRVA 1L96A 250LA 110LA 1OVJA 2HUKA 229LA 1L99A 4ARPA 4EKPA 2OTYX 1KNIA 1DYEA 3L2XA 177LA 4I7SA 1C6JA 1L85A 1JTNA 174LA 2B6XA 1L20A 111LA 4ARQB 1C68A 3GUNA 138LA 1CV3A 1C6MA 248LA 1QTHA 1XEPA 139LA 4I7JA 2OE7X 1C67A 1CUQA 1L69A 102LA 1L07A 1L17A 3NYAA 3GUJA 2O7AA 213LA 197LA 224LA 3QAKA 1G0JA 1L16A 1XJTA 4I7QA 1L68A 2B74A 1P36A 2LC9A 2OU9A 3DN8A 236LA 3GUPA 1T6HA 1L71A 1PQJA 1QS5A 4ZPUA 1KY1A 1L42A 1DYAA 1L95A 127LA 1L39A 104LA 1L28A 190LA 2RBPA 198LA 1L73A 3C7ZA 1C6NA 1PQIA 1QUDA 2F47A 1L32A 3HUQA 3F9LA 1QT3A 1C61A 1C64A 1CU6A 188LA 150LA 1L09A 1PQOA 244LA 4W52A 107LA 2RBRA 1CVKA 1L77A 119LA 1L50A 3NY8A 4I7PA 1L19A 123LA 1DYDA 1L41A 234LA 183LA 125LA 1OV7A 233LA 1LGWA 1L06A 1P2RA 4EKSA 1CX7A 2B6WA 1L23A 1L67A 1ZWNA 3C7YA 5I14A 1DYCA 1I6SA 1D3NA 164LA 259LA 1C66A 4I7NA 2QARC 245LA 2QB0B 4EPFA 1L57A 3SB9A 115LA 2RBQA 187LA 2ANVA 1CV0A 1L62A 3DN4A 3HH4A 3SB6A 1PQDA 1CUPA 1T97A 4LZMA 2B70A 191LA 1L44A 184LA 1SX7A 1CU3A 1L11A 4EKQA 1C6FA 1L72A 1C6CA 1L24A 258LA 1JQUA 1L26A 200LA 1QT7A 108LA 1L14A 3GULA 2RH1A 1L34A 3DN3A 4EJ4A 1L54A 4ARMA 1T8GA 3G3WA 1L21A 1C6BA 1L25A 3FA0A 1LYHA 1L52A 1TLAA 1L76A 205LA 211LA 1D3FA 2OU0X 1G1WA 256LA 1KS3A 149LA 2B6ZA 2B6TA 1C69A 1L60A 1QS9A 1G07A 241LA 1L81A 3ODUA 1L53A 109LA 1PQKA 2OE4X 1CU0A 3SN6R 148LE 1CV4A 255LA 3DMXA 1L94A 159LA 3HH3A 1QTVA 2RB2X 4ARLA 1KY0A 2O4WA 2Q9EA 1P46A 3DMVA 1EPYA 1QSBA 1ZURA 3PDSA 122LA 1L63A 2RAZX 4W55A 128LA 1OVKA 262LA 3F8VA 3HWLA 196LA 1QUGA 3CDRA 1G1VA 4I7KA 2B72A 1P2LA 3C8QA 1L61A 171LA 2RB0X 3L64A 1L15A 181LA 251LA 1L55A 3C8SA 1L08A 220LA 1G0GA 1G0PA 1LWKA 1L05A 185LA 1L31A 4W58A 1NHBA 4LDOA 1LW9A 155LA 3HTGA 1L92A 3FADA 2B75A 4YX7C 140LA 3OE6A 2F2QA 1CU2A 3RUNA 4AQNA 1L70A 1LI6A 1C65A 4I7TA 1L64A 3FI5A 253LA 4PJZA 243LA 156LA 2LZMA 1L33A 4ARQA 4W54A 2RBOA 7LZMA 166LA 1KW5A 228LA 3DN6A 1C6EA 1C6QA 1C6GA 1LPYA 254LA 1LYEA 4W53A 1CV1A 4ARMB 1P5CA 3JR6A 1LYDA 1L12A 3C83A 3OE9A 3DMZA 1G0MA 1LI2A 1G0KA 3EMLA 1LWGA 3OE8A 3G3VA 178LA 165LA 235LA 1T8FA 3GUOA 1L04A 1P7SA 222LA 1L03A 3HT9A 160LA 2B7XA 3CDVA 3C82A 1P37A 3C81A 1P6YA 3HTBA 114LA 3HUAA 1L86A 231LA 1L98A 1LYFA 252LA 6LZMA 240LA 175LA 1L13A 4W51A 1OYUA 186LA 3V2YA 1C6LA 1KW7A 1SSYA 232LA 3SBAA 1P64A 4LDEA 120LA 239LA 1G06A 1C63A 1L91A 1CU5A 1ZYTA 260LA 2HULA 3HDEA 3HU9A 3HU8A 1WTHA 227LA 223LA 2RAYX 180LA 3C8RA 1CX6A 1L93A 167LA 4ARJA 246LA 3DNAA 131LA 1P56A 1LLHA 162LA 3HUKA 1QT5A 168LA 1L74A 215LA 199LA 210LA 130LA 1QT4A 4K5YA 4W59A 1L00A 1L79A 1L58A 4PK0A 238LA 195LA 1L75A 1SWZA 1T8AA 2O79A 152LA 1SSWA 3HT7A 261LA 1QUHA 3GUMA 3DKEX 1L43A 3HH6A 1C6TA 1C60A 1QT6A 2Q9DA 1C62A 3SBBC 217LA 1L87A 3CDOA 1L46A 1L80A 1LYIA 1L66A 1D2YA 182LA 1CV6A 1DYGA 2ANXA 4I7RA 4EKRA 1C6PA 4EPIA 4S0WA 3SB5A 1QTDA 1L38A 1L56A 129LA 2OTZX 145LA 1OWZA 2B6YA 2Z6BA 1LGXA 4DKLA 218LA 158LA 1L30A 1G0QA 1L47A 237LA 146LA 1L01A 1C6HA 3DN1A 169LA 2NTHA 4DJHA 2RBSA 4W57A 4I7LA 1L49A 189LA 1L40A 249LA 4GBRB 112LA 3SB7A 3HT6A 1L84A 3VW7A 1SWYA 221LA 3GUKA 1L22A 141LA 1L27A 3HTFA 1C6IA 2B73A 1L35A 247LA 3HDFA 1OV5A 1L90A 242LA 1LI3A 3D4SA 3HH5A 1QTCA 4LDLA 2LCBA 2OU8A 1L10A 1L02A 2OE9X 1DYBA 3GUIA 2HUMA 1L18A 1D3JA 1SX2A 1C6KA 4OO9A 1L45A 206LA 4I7MA 3G3XA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3A96A 2LZ2A 151LA 1LYJA 9LYZA 3ZVQA 2CUUA 3C80A 1F6RA 1XEIA 4WO6A 1QTBA 4RLNA 2WARA 1EQ4A 1JSEA 1B5XA 4N1CC 3PBLA 2BQOA 135LA 1LMQA 2ZNXY 3RZEA 3HBHA 3HT8A 1JTMA 4N9RA 2FYCA 4OWEA 5F16A 4AXTA 4E3UA 1WVUA 4WLYA 3UONA 113LA 1UUZC 1KXYA 1L83A 1D2WA 1AT6A 4G49A 163LA 1QTZA 1TCYA 2Z18A 143LA 1REXA 2FYDA 5KXWA 157LA 4DQ7A 3AJNA 1BWHA 4XJIA 170LA 161LA 1D3MA 1OUGA 4TTDA 4GRVA 2BQKA 1L96A 250LA 110LA 1QSWA 4XENA 1LZ9A 1GEVA 5LYTA 1RI8B 1DYEA 5LVKA 3L2XA 4Z3MA 2H9JA 3WUNA 1B5WA 2HTXA 2G4QA 4ARQB 1C68A 1LOZA 3GUNA 3J6KA 138LA 1CKGA 2BLYA 248LA 4ETCA 3WVXA 139LA 4I7JA 5ILCA 1L69A 1GB6A 1XGUC 5II3A 1LSBA 3GUJA 1JSFA 197LA 1G0JA 4YF2A 4EOFA 1IWYA 5I4WA 236LA 1T6HA 4J7VA 1LZYA 4ZPUA 1KY1A 1L42A 4MR1A 4WL7A 104LA 1NBYC 1G7IC 198LA 3EBAB 3AZ5A 2ZQ4A 4OW1A 4WG7A 2F47A 1IIZA 1L32A 1QUTA 3F9LA 1CU6A 1IEEA 1T6VL 188LA 1QQYA 5F14A 1LMCA 4P2EA 107LA 4I7PA 2ZILA 233LA 1OUIA 1OV7A 4B4IA 4IASA 1XEKA 1D3NA 164LA 1LZBA 259LA 3TXHA 1C66A 4NG8A 1G7MC 1JJ3A 2QARC 1LJJA 1HMKA 4H8XA 4HTKA 2RBQA 187LA 3WYHA 1CKDA 2XTHA 3CQLA 5L3HA 1YAOA 4LZMA 2B70A 3CSRA 1LSNA 1SX7A 1CU3A 1BVKC 2DQDY 5DN5A 5I54A 1L26A 200LA 1QT7A 1LKSA 2EIZC 2RH1A 1YROA 1L54A 1BB7A 1IP2A 1GFAA 3B72A 3G3WA 1C6BA 4YEMA 1Z55A 1TLAA 1ZV5L 205LA 3WU7A 4LYBA 2FBBA 2YBLA 2OU0X 4GN4A 3ATOA 5JENB 149LA 1IWWA 1FBIX 1UIGA 1GB9A 2ZIJA 1L81A 3ODUA 1PQKA 4HSFA 1CKFA 4PRUA 3DMXA 159LA 3HH3A 1QTVA 2RB2X 1LYYA 4ARLA 1JJ0A 3WU9A 1LZCA 1P46A 3DMVA 1QSBA 1ZURA 3PDSA 4B0DA 1HELA 5ILFA 128LA 1B5UA 1QUGA 1G1VA 1BVXA 4DDAA 1VDSA 1AM7A 5I53A 4LZTA 1ZVHL 5FSTA 4XADA 1JPOA 3CSZA 185LA 1YKYX 5F81A 4LDOA 4B4EA 1HNLA 155LA 4NY5A 1IP4A 4AQNA 4WG1A 1LPIA 4LYZA 3WPJA 243LA 4NGWA 1GF6A 1LSAA 5T3FA 1CJ7A 3G3AB 1LSPA 1LSFA 3BKVA 2F30A 4J0LA 254LA 4WM3A 3QNGA 5KKIA 1YQVY 1UIAA 1P5CA 1UACY 3JR6A 1L12A 1G0MA 1G7HC 3SP3A 1G0KA 1LWGA 3OE8A 1B7SA 1GAYA 5A3EA 1F10A 4ET8A 1L04A 222LA 1GE4A 160LA 1UIBA 2MEFA 2YSSC 3TXJA 1PS5A 1VDTA 2I25L 1P6YA 3ULRA 8LYZA 1LHLA 1DKJA 3WUMA 5I4YA 1KIQC 5APEA 4W94A 1IWXA 2NWDX 1SSYA 1P64A 239LA 1CU5A 132LA 2YBIA 227LA 5B06A 180LA 1LZAA 1QIOA 167LA 4C3WA 4ARJA 1BQLY 3DNAA 5KXOA 3HUKA 3P4ZA 210LA 130LA 1FN5A 4NHTA 4WLXA 1PZYA 1GEZA 3A90A 2BQFA 4OOTA 1T8AA 2O79A 3LYTA 1SLYA 3AZ4A 2YVBA 4ETBA 3GUMA 1QDTA 4H8ZA 1QT6A 3SBBC 217LA 1LSYA 1L87A 1L46A 4IJ4A 3N9EA 1LYIA 4I7RA 3WVYA 4B4JA 4BADA 3SB5A 1QTDA 129LA 2OTZX 2Z6BA 1OWZA 1DZBX 1IY3A 2B6YA 2BPUA 3TXBA 2H5ZA 1LGXA 153LA 218LA 2HEFA 4HPIA 1G0QA 3TXGA 1C6HA 1A2YC 2LYOA 4GBRB 5B1GA 1HEPA 1L84A 1GFJA 221LA 1L22A 3B6LA 1LZ8A 4UWNA 1O23A 1SQ2L 4HJVA 2OU8A 1L10A 1JHLA 1D3JA 1VDPA 4WLTA 3TXIA 4GCDA 206LA 3EO5A 3G3XA 2BQEA 4ET9A 1VAUA 3EMSA 2ZNWY 3LZ2A 142LA 1CJ8A 1QT8A 192LA 3AYQA 5E9RA 1L0JA 3DN0A 1GF0A 3CDTA 1ZMYL 2BQMA 4YXCA 219LA 2D91A 1L89A 1OVHA 1TAYA 4IAPA 4WOAA 2XJWA 5HQ1A 212LA 1L48A 1L65A 3NY9A 4XN6A 1I1ZA 1UICA 4YOPA 3K2RA 3A3QA 1OWYA 1OUHA 1XJUA 4RLMA 5LZMA 1QUOA 1GFHA 5LYMA 118LA 3C7WA 137LA 3LZMA 2XQOA 1DKKA 1CV5A 3LZTA 1XGPC 4IATA 4NIJA 4DAJA 147LA 1WQOA 1KIPC 4LT3A 216LA 1OUCA 4H92A 1REZA 2A4TA 1YAMA 5HMJA 5K7OA 4H9AA 5KXSA 1OVJA 4ETDA 1GBZA 5KKJA 5C6JA 5LVIA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3A96 A;  2LZ2 A;  151L A;  1LYJ A;  9LYZ A;  3ZVQ A;  2CUU A;  3C80 A;  1F6R A;  1XEI A;  4WO6 A;  1QTB A;  4RLN A;  2WAR A;  1EQ4 A;  1JSE A;  1B5X A;  4N1C C;  3PBL A;  2BQO A;  135L A;  1LMQ A;  2ZNX Y;  3RZE A;  3HBH A;  3HT8 A;  1JTM A;  4N9R A;  2FYC A;  4OWE A;  5F16 A;  4AXT A;  4E3U A;  1WVU A;  4WLY A;  3UON A;  113L A;  1UUZ C;  1KXY A;  1L83 A;  1D2W A;  1AT6 A;  4G49 A;  163L A;  1QTZ A;  1TCY A;  2Z18 A;  143L A;  1REX A;  2FYD A;  5KXW A;  157L A;  4DQ7 A;  3AJN A;  1BWH A;  4XJI A;  170L A;  161L A;  1D3M A;  1OUG A;  4TTD A;  4GRV A;  2BQK A;  1L96 A;  250L A;  110L A;  1QSW A;  4XEN A;  1LZ9 A;  1GEV A;  5LYT A;  1RI8 B;  1DYE A;  5LVK A;  3L2X A;  4Z3M A;  2H9J A;  3WUN A;  1B5W A;  2HTX A;  2G4Q A;  4ARQ B;  1C68 A;  1LOZ A;  3GUN A;  3J6K A;  138L A;  1CKG A;  2BLY A;  248L A;  4ETC A;  3WVX A;  139L A;  4I7J A;  5ILC A;  1L69 A;  1GB6 A;  1XGU C;  5II3 A;  1LSB A;  3GUJ A;  1JSF A;  197L A;  1G0J A;  4YF2 A;  4EOF A;  1IWY A;  5I4W A;  236L A;  1T6H A;  4J7V A;  1LZY A; 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