1C61A

T4 lysozyme mutant c54t/c97a/f153a in the presence of 8 atm krypton
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTARTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords PROTEIN (LYSOZYME)
publication title Size versus polarizability in protein-ligand interactions: binding of noble gases within engineered cavities in phage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 60
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-12-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1c61A00
102LA 1L45A 1L42A 1QTHA 1LLHA 2RBOA 1KW7A 1QT6A 1OWYA 1ZURA 222LA 1C6IA 4W52A 1L16A 1L97A 1OWZA 2B6XA 1LWGA 1L66A 1SWZA 160LA 4YX7C 4YXCA 172LA 1XJTA 1C6FA 3DN6A 1OV5A 1L13A 1LYFA 1L36A 228LA 3HTDA 4E97A 2F47A 1XJUA 2F2QA 3F9LA 4IAPA 1CU6A 1OYUA 165LA 1L91A 4PK0A 3GUMA 1CTWA 1C6JA 5I14A 1P2RA 3GUIA 1L09A 3DMVA 1PQKA 1L98A 3SB8A 242LA 3LZMA 1L08A 1L59A 4I7JA 1L24A 1L10A 238LA 4I7PA 2O79A 1L95A 3C82A 1G0LA 4I7LA 1L49A 2CUUA 3PDSA 1CX7A 1P56A 130LA 2OE7X 162LA 3DNAA 2OTZX 1G0PA 1L58A 1L28A 122LA 170LA 2QB0B 2RBPA 3C7WA 185LA 201LA 177LA 1K28A 119LA 3HWLA 232LA 1L23A 1L18A 1L94A 1QT7A 1L73A 1L74A 3C80A 4EPIA 1QUGA 1L17A 2O7AA 3QAKA 2RB0X 1JTMA 192LA 182LA 1L67A 1QS5A 1KW5A 218LA 3V2WA 2NTGA 3OE0A 4DJHA 1CV4A 3SB9A 1OVHA 4I7NA 4W55A 200LA 144LA 175LA 1QTZA 1L87A 2B7XA 4EKQA 3HUKA 142LA 4I7OA 3RZEA 1L54A 1LPYA 166LA 1SX7A 1L60A 1L44A 4W54A 139LA 1L84A 1L39A 1QTCA 1G0JA 1L61A 1C6AA 3CDVA 1G0QA 1L86A 189LA 1P64A 181LA 2HULA 3HUAA 3DN3A 245LA 1L93A 2RAYX 219LA 4LZMA 1C6QA 2B75A 1G1VA 3DMXA 3SB7A 4ARLA 2OU0X 3HH4A 2B70A 1C6EA 1CU2A 1L47A 3F8VA 3L2XA 3EMLA 3V2YA 186LA 1P5CA 3CDTA 1QUDA 151LA 198LA 4I7QA 3OE8A 3UONA 1LYEA 1G1WA 4ARMB 1G0KA 111LA 3G3VA 1DYBA 1C68A 4W51A 1L20A 1CV0A 2OE9X 1C6DA 1L57A 2OU8A 256LA 156LA 2B6ZA 167LA 3C7YA 3CDRA 3HH5A 2F32A 1SSYA 2A4TA 3VW7A 1D2WA 4I7MA 1L30A 262LA 1SWYA 1L0JA 3GUPA 4I7KA 4EPFA 1L99A 1SSWA 1L00A 3HT9A 1L12A 131LA 243LA 2B73A 138LA 3HH3A 178LA 1PQDA 1DYGA 4K5YA 234LA 1D3JA 1L89A 137LA 249LA 2RBRA 4LDEA 223LA 3HTFA 248LA 149LA 1C6HA 1L53A 112LA 2B72A 1OV7A 1KY1A 2Q9DA 1L48A 5LZMA 3C81A 6LZMA 2LCBA 1C6MA 1QSQA 1L69A 1TLAA 2B6YA 1L77A 1I6SA 1D9WA 1QT3A 1L03A 255LA 227LA 3GUKA 4ARJA 173LA 123LA 1L62A 150LA 3HDEA 209LA 1G07A 259LA 3DKEX 127LA 1L14A 1CU5A 1L41A 120LA 1JQUA 1T97A 231LA 2ANXA 1P7SA 1LWKA 187LA 1L15A 3G3WA 4I7TA 1ZWNA 2OE4X 3GUJA 168LA 109LA 2NTHA 1L63A 215LA 220LA 1LYJA 3C8RA 1L75A 241LA 1L52A 1CUQA 2RBQA 2B6WA 4ARQB 1L11A 1LGUA 252LA 114LA 1L34A 1QT5A 2QARC 3FA0A 1OVKA 4ARMA 174LA 3NY9A 1L64A 125LA 1SX2A 3C8QA 4W53A 183LA 229LA 3HT6A 1QT8A 1L37A 2OU9A 2OTYX 1C6KA 217LA 3HT7A 4GRVA 1L43A 211LA 236LA 212LA 1T8FA 2OEAX 226LA 3DN2A 2B74A 159LA 230LA 1PQMA 1P2LA 1D3MA 1P6YA 1PQOA 1LW9A 1OVJA 2IGCA 1LYIA 257LA 110LA 4YXAC 1CV6A 3HUQA 1QTVA 3SBBC 195LA 237LA 1L40A 1T8AA 169LA 1L01A 1L79A 205LA 1L21A 3DN0A 3CDQA 1L32A 1CUPA 4GBRB 140LA 1L76A 1DYFA 4EKPA 180LA 157LA 1P36A 3OE6A 1QSBA 1WTHA 3G3XA 4W58A 104LA 3D4SA 1L72A 1L22A 108LA 3JR6A 2HUMA 213LA 1L55A 3ODUA 1L90A 4AQNA 3GUNA 158LA 1ZYTA 4I7RA 3GUOA 3SBAA 1C6BA 1C69A 4DAJA 1L29A 190LA 1CU0A 1L05A 3NYAA 1L46A 1JTNA 3OE9A 1L81A 1L80A 3DN8A 171LA 210LA 1L50A 1LGWA 1L25A 1XEPA 3HH6A 2HUKA 164LA 176LA 197LA 3C8SA 1C65A 206LA 3HDFA 3RUNA 184LA 2ANVA 1P3NA 2L78A 1L56A 233LA 1LYGA 3CDOA 1C6PA 1L19A 1L04A 3DMZA 4LDOA 118LA 1L96A 4ARQA 1L07A 1D2YA 4W59A 4EJ4A 4DKLA 1L51A 216LA 1C67A 1D3NA 1LI3A 1DYAA 1L0KA 1CX6A 1L71A 4ARPA 1G0GA 4ZPUA 196LA 1L82A 3HU9A 2O4WA 1C62A 1LI2A 1DYEA 1L06A 1L88A 247LA 1CV5A 163LA 2RBSA 188LA 4W57A 1G0MA 1KY0A 221LA 3HT8A 1CV1A 4PJZA 115LA 3HTBA 3K2RA 141LA 260LA 129LA 199LA 224LA 1CVKA 239LA 2LZMA 3DN4A 1C61A 1CV3A 1L31A 2RBNA 3NY8A 1KS3A 1LYHA 1C6TA 152LA 1EPYA 4EKSA 7LZMA 1D3FA 1P46A 1DYCA 113LA 1L65A 1L83A 4EXMA 1T8GA 3SB6A 2RB1X 4S0WA 1QUOA 1G06A 1KNIA 3L64A 3PBLA 1L26A 191LA 1QTBA 214LA 1NHBA 3FI5A 2LC9A 246LA 2Z6BA 4W56A 1PQIA 261LA 1C64A 250LA 161LA 1QS9A 147LA 2RH1A 1LYDA 1B6IA 253LA 3C7ZA 1PQJA 103LA 225LA 4LDLA 1LGXA 1QUHA 1L85A 146LA 1DYDA 2RB2X 3HTGA 155LA 1L02A 1L68A 1L35A 2RAZX 1T6HA 148LE 240LA 3DN1A 4I7SA 1P37A 3GULA 4OO9A 126LA 258LA 1CU3A 1C66A 3C83A 3HU8A 1C63A 254LA 1C60A 1C6CA 1C6GA 1L70A 1LI6A 3FADA 235LA 1L27A 145LA 1L38A 1L92A 1QTDA 2Q9EA 107LA 128LA 4EKRA 1C6NA 251LA 1C6LA 2B6TA 143LA 3SB5A 3SN6R 1QT4A 244LA 1L33A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4GN3A 5LYZA 4H9EA 1QT6A 1IP6A 1OWYA 1C6IA 5KXYA 1L16A 4RLNA 4XADA 1IOCA 1OUHA 1REYA 1FLQA 4YX7C 1IC4Y 5L9JA 1XJTA 1JKCA 1LYFA 6LYZA 2XTHA 4E97A 4NGYA 4IAPA 1LYOA 3F9LA 1CU6A 4NWEA 1B7SA 1LZDA 1L91A 2BQIA 4OWBA 2Z2FA 3GUIA 1LSNA 1PQKA 1LMCA 2G4NA 1FLUA 1HFYA 1L24A 3ZVQA 1INUA 1G0LA 1L49A 3PDSA 2OE7X 162LA 3TXDA 1G0PA 4DWXA 1L28A 1YQVY 4ML7A 4A7DA 3AZ6A 5B07A 5HNCA 4B1AA 1BHZA 170LA 1I20A 3C7WA 185LA 3CSZA 4N1EI 1G7LC 1IWUA 1QUGA 4FDYA 4TX7A 2RB0X 1D6PA 2BQNA 218LA 3LYTA 2DQEY 3OE0A 1OVHA 1D6QA 2DQCY 3OJPA 1LHLA 4RW2A 2EQLA 2LYOA 3CSRA 3RZEA 2ZYCA 166LA 1GB3A 139LA 1G0JA 1C6AA 1JKBA 1GB7A 4LT2A 5B1FA 189LA 5LYMA 181LA 1IP5A 1J1PY 1GF6A 3HUAA 3DN3A 1B5ZA 4C5FA 1L93A 219LA 3DMXA 1D0KA 1G1VA 1IR7A 2B70A 2YBNA 3L2XA 2MEDA 186LA 198LA 153LA 1JITA 5E9RA 111LA 1PZYA 5J7CA 1DYBA 1B7NA 5D5CA 1OUIA 1GFVA 4PGJB 1CNSA 1IR8A 1NBYC 3C7YA 1SSYA 1LZBA 1D2WA 1JISA 1SWYA 262LA 2MECA 5LVKA 1L0JA 1WVUA 2HEBA 4I7KA 1GB0A 1L99A 4W96A 1DZBX 1TBYA 2HEDA 1IP3A 1XEKA 1HF4A 1L12A 1IOSA 3WU8A 1PQDA 1D3JA 137LA 249LA 4LDEA 3HTFA 248LA 4HTQA 1B7QA 1LZTA 2F2NA 1C6HA 1L53A 4LYTA 5KKJA 1OV7A 5KXSA 2XBSA 1LMQA 1G7MC 3TXHA 2W1YA 1HNLA 1D9WA 1LMPA 1QT3A 1GFEA 2YBMA 3GUKA 1UA6Y 150LA 1JJ3A 3VWOA 3DKEX 4IATA 1L14A 3EMSA 3ATNA 120LA 231LA 1T97A 1OUBA 1BWJA 1L15A 3CB7A 4MR1A 1HSWA 2W1LA 4MCKA 2ZQ3A 1ZMYL 4DYGA 2LHMA 2NWDX 2Z38A 3WUNA 1OUDA 2BPUA 3C8RA 1WQPA 1GE2A 1L75A 1CUQA 2RBQA 1QTEA 2B6WA 1LMNA 4OWCA 4ARQB 2QARC 1J1OY 6LYTA 4ARMA 174LA 3NY9A 125LA 1AT5A 1SX2A 3ZVQB 1GEZA 1C6KA 217LA 1VEDA 4J0LA 2EPEA 3W3EA 1T8FA 2OEAX 226LA 3AB6A 1LSFA 1PQMA 2FYCA 3FE0A 4ET9A 1HEQA 1D3MA 1P6YA 5KXWA 1OUCA 4H8YA 1QTVA 195LA 205LA 3RW8A 1IWZA 3CDQA 1CUPA 3A3RX 2F4AA 4GBRB 1L76A 1J1XY 3AGGG 3WXTA 1QSBA 4HTKA 1WTHA 3D4SA 1IP7A 1I1ZA 1IORA 3JR6A 2HUMA 2DQHY 3ODUA 5FHWA 4AQNA 3GUNA 158LA 1B7PA 4GCEA 3SBAA 1CJ8A 4UWUA 3W6AA 4DAJA 1L05A 1IC5Y 1NDMC 1L80A 4NSJA 208LA 2YBHA 1L25A 4OWEA 1JUGA 4M4OA 3HH6A 4H94A 2HUKA 5LVJA 5KXPA 1PS5A 1GEVA 1JEFA 3RUNA 1RI8B 4H9CA 1FLYA 2PC2A 3RNXA 1L04A 2BQKA 5ILCA 4LDOA 118LA 1OUAA 1L07A 1V7SA 1D2YA 1WQMA 4E3UA 1L0KA 1G0GA 1H87A 196LA 3HU9A 5LVHA 1CKGA 3AZ4A 3M3UA 1LI2A 1DYEA 1L06A 4HV2A 4DDCA 5II3A 4WLYA 4DT3A 4ETAA 4BAPA 1VATA 4LT0A 2LZTA 4AXTA 4WO9A 2EKSC 2BQJA 4L41A 5DM9A 5KY1A 1L31A 5I5QA 3A67Y 1LCNA 152LA 5HQ1A 5I54A 4WMGA 1EPYA 7LZMA 4DDAA 4NY5A 1WTMA 1G06A 3L64A 4I8SA 1B5YA 214LA 4O34A 4W56A 3P68A 1QUSA 1LJFA 147LA 1LMOA 1LYDA 253LA 5LAGA 1OUFA 1N4FA 4LDLA 1QUHA 4R0FA 1GB2A 2BQLA 2I26L 4GN4A 1L68A 2RAZX 3RU5A 1XGRC 4H9BA 3C83A 1C63A 1C60A 1C6CA 1L70A 1LI6A 4YENA 3A34A 1HEWA 4DD0A 1GE4A 4GLVA 1LSCA 1L92A 107LA 3A6BY 3WULA 2B6TA 3SN6R 102LA 1C08C 4XJDA 1LLHA 1DQJC 1T6VL 5KXKA 1RCMA 4W52A 4H8ZA 4WLTA 1LWGA 2FBBA 1VDSA 4KL7A 1OV5A 3LHMA 2HTXA 4LT1A 2LZ2A 2ZNWY 4J1AA 1UIFA 3IJUA 1B5XA 1HHLA 3D9AC 4NGOA 2CGIA 1LSYA 1LZ9A 1P2RA 3DMVA 242LA 1IP2A 3LZMA 1L08A 1HEMA 4EOFA 1IIZA 5KXNA 1L95A 3C82A 5C6LA 1REXA 2CUUA 2A7DA 1GHLA 4N1CC 3RT5X 1QDRA 1IWYA 2DKVA 4DQ7A 2QB0B 2MEGA 4NFVA 4B0DA 5I4XA 1G7HC 119LA 1DKJA 3HWLA 1L18A 1L94A 1QT7A 3IJVA 1B5WA 4LYBA 5IELA 1L17A 1BB4A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4GN3 A;  5LYZ A;  4H9E A;  1QT6 A;  1IP6 A;  1OWY A;  1C6I A;  5KXY A;  1L16 A;  4RLN A;  4XAD A;  1IOC A;  1OUH A;  1REY A;  1FLQ A;  4YX7 C;  1IC4 Y;  5L9J A;  1XJT A;  1JKC A;  1LYF A;  6LYZ A;  2XTH A;  4E97 A;  4NGY A;  4IAP A;  1LYO A;  3F9L A;  1CU6 A;  4NWE A;  1B7S A;  1LZD A;  1L91 A;  2BQI A;  4OWB A;  2Z2F A;  3GUI A;  1LSN A;  1PQK A;  1LMC A;  2G4N A;  1FLU A;  1HFY A;  1L24 A;  3ZVQ A;  1INU A;  1G0L A;  1L49 A;  3PDS A;  2OE7 X;  162L A;  3TXD A;  1G0P A;  4DWX A;  1L28 A;  1YQV Y;  4ML7 A;  4A7D A;  3AZ6 A;  5B07 A;  5HNC A;  4B1A A;  1BHZ A;  170L A;  1I20 A;  3C7W A;  185L A;  3CSZ A;  4N1E I;  1G7L C;  1IWU A;  1QUG A;  4FDY A;  4TX7 A;  2RB0 X;  1D6P A;  2BQN A;  218L A;  3LYT A;  2DQE Y;  3OE0 A;  1OVH A;  1D6Q A;  2DQC Y;  3OJP A;  1LHL A;  4RW2 A;  2EQL A;  2LYO A;  3CSR A;  3RZE A;  2ZYC A;  166L A;  1GB3 A;  139L A;  1G0J A;  1C6A A;  1JKB A;  1GB7 A;  4LT2 A;  5B1F A;  189L A;  5LYM A;  181L A;  1IP5 A;  1J1P Y;  1GF6 A;  3HUA A;  3DN3 A;  1B5Z A;  4C5F A;  1L93 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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