1LZSA

Structural changes of the active site cleft and different saccharide binding modes in human lysozyme co-crystallized with hexa-n-acetyl-chitohexaose at ph 4.0
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
KVFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWESGYNTRATNYNAGDRSTDYGIFQINSRYWCNDGKTPGAVNACHLSCSALLQDNIADAVACAKRVVRDPQGIRAWVAWRNRCQNRDVRQYVQGCGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
molecule keywords HUMAN LYSOZYME
publication title Structural changes of active site cleft and different saccharide binding modes in human lysozyme co-crystallized with hexa-N-acetyl-chitohexaose at pH 4.0.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 51
structure length 130
sequence length 130
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1994-09-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1lzsA00
3AZ5A 2ZNWY 1DKJA 5APDA 1BGIA 1IEEA 1GWDA 1YKZX 2F4GA 4LT2A 4NFVA 5LAGA 3LYMA 4IASA 1VEDA 4KT3A 2BQMA 1GDXA 2AUBA 4H9HA 1UICA 2BLYA 3WW6A 4HJYA 4OWAA 1G7MC 1MLCE 1BWIA 3ZVQA 5EBHA 3RU5A 1NBZC 1PS5A 1C08C 2DQEY 3A3QA 4H8YA 4H8XA 4NGOA 2XBRA 1IC7Y 1UUZC 1C45A 1LZ1A 4TSBA 1XEJA 2Z37A 1XGQC 1AZFA 3P68A 4YOPA 1CKHA 1QDTA 3IJVA 4BAPA 1F10A 1B7SA 133LA 4OWBA 1WVVA 4HP0A 3WH1A 1LYZA 1JITA 1UCOA 5LAFA 1LZBA 1GE3A 4NHSA 1F6RA 4HSFA 4MCKA 3RZ4A 1QDRA 4N9RA 3M3UA 2H5ZA 1B0DA 1REXA 3B0KA 1I56A 2FYCA 2I26L 3CT5A 1OUGA 4PRUA 1OQMA 1B9OA 1GF7A 3TXKA 4WLDA 1G7HC 1IWWA 1B5YA 1LZCA 4XJFA 5E4PA 2H9KA 1GBYA 1GF0A 2CWIA 3WPLA 1JKDA 4R6CA 3VWOA 3WVYA 1LHKA 1PZYA 1KIRC 1WQOA 1AT5A 1TAYA 207LA 1LSZA 5I54A 5B59A 1B7RA 4WM4A 4NGYA 4NWHA 5KXNA 1WQRA 1LHLA 1IR7A 5B1FA 2BQCA 4NIJA 1D0MA 3ATNA 4P2EA 4UWNA 4DD2A 5FHWA 4TTDA 2Z19A 2CJLA 2ZIJA 1C7PA 1LZAA 4FJRA 1EQ4A 1BWHA 4H91A 4NSGA 1IWZA 2IFFY 3A93A 1W6ZA 4WMGA 1MELL 4YF2A 1N4FA 1JUGA 1F0WA 4NWEA 1YAPA 2DQCY 1GF5A 2D6BA 1CJ7A 4R0FA 5I5QA 1G7IC 1G7LC 3WULA 2YDGA 3AZ4A 1GFAA 3K3TA 1OUFA 3LYZA 4NHIA 1JTPL 3EO5A 1JKBA 4KPMA 3WU9A 3A8ZA 1LYSA 3RNXA 1D6QA 4N8ZA 4CFPA 1QQYA 4E3UA 1LJIA 4WG7A 3ZVQB 1P2CC 2F4AA 2G4NA 4GLVA 4DD1A 5LVKA 3CT1A 2BQNA 4H9FA 4LFXA 5A3ZA 4XJGA 4ETAA 1VDQA 1YAMA 1VAUA 4WOAA 1LZNA 4NGVA 4Z41A 2CGIA 4OW1A 4RLNA 1GFUA 3E3DA 2ZNXY 4HV2A 4BAFA 1HERA 9LYZA 4NSHA 1BB5A 4YM8A 2CDSA 4CHXA 3W6AA 4ET9A 1IWVA 1JIYA 1HHLA 2DBTA 2W1XA 4DDCA 5A3EA 3HBHA 1LSCA 1OUCA 1REMA 5ILCA 4IJ4A 1LZDA 1IOCA 3TXBA 5HNCA 5L9JA 2BQJA 1RJCB 3N9AA 1CJ9A 1FKQA 4GN5C 1FKVA 1LJEA 1JSEA 2HTXA 4BS7A 2BQIA 5KXSA 3BKVA 3ATOA 1LYYA 3TXIA 2HEFA 4PHIA 1LYOA 2Z2FA 2YBJA 5KXLA 1GBXA 5KXYA 3W6DA 1XEIA 5KJ9A 5KXPA 4XADA 4LFPA 1GB3A 4XJBA 4DDBA 3WPKA 1XGRC 1YANA 4NY5A 1WVUA 5DN4A 1CJ6A 4G4BA 2XTHA 1BB3A 4YEOA 5APFA 1HEQA 1W08A 2DKVA 1UBZA 2LYMA 1IOSA 1NWGA 2MEDA 2ZQ4A 4XENA 1LJJA 5LVGA 1B7NA 2DQAA 4H9BA 1IP7A 2LZTA 5KXTA 1IP2A 1B7QA 1FLUA 3RT5X 2HEEA 1HEPA 1O23A 4DYGA 1IP6A 4WG1A 1GF6A 4DT3A 1LSFA 1OP9B 4TSCA 3TXEA 3TXGA 2ZQ3A 2XBSA 3B6LA 1LZ6A 4H90A 4M6DA 1LAAA 4N1EI 1EQEA 1BB7A 3W6CA 4HTNA 1B2KA 2I25L 5LVIA 5I4YA 1A2YC 1SQ2L 2BQLA 1GAZA 1H6MA 4H94A 5DM9A 8LYZA 3BKHA 2BLXA 1WQPA 2MEGA 1GB2A 1B5XA 3A6BY 2YSSC 5LYMA 1NF5A 1QSAA 4H9CA 1D6PA 4RW2A 1IO5A 1GE4A 1JKCA 2HEDA 2W1LA 4NEBA 1CKFA 1BB6A 1YL0X 4HTKA 1GFRA 1ZMYL 1NBYC 1JTTL 2IHLA 1BHZA 4EMNA 5II3A 3EMSA 4ML7A 5KXXA 4QY9A 1XEKA 4XYYA 3EBAB 1JPOA 3WU7A 4XN6A 2A7FA 3TXHA 1YIKA 1GFGA 2ZIKA 1IWUA 5I4XA 1J1XY 1AT6A 2Q0MX 2YBLA 2ZWBA 1IVMA 1IP4A 1AKIA 1NHEA 4LYTA 1IP5A 3A6CY 1LSGA 1DI4A 2BQKA 2NWDX 4G4CA 3P64A 1GF9A 4XJDA 2N5ZA 4GCCA 1GFHA 4XJHA 3CSRA 5LXWA 3TXJA 1RI8B 4HJVA 1LHMA 1HF4A 1BB4A 4WLTA 4B49A 4ZEEA 1HEWA 1RFPA 2LYOA 1GHLA 4WLYA 1GDWA 4H1PA 2BQDA 5DL9A 3AB6A 3AW6A 3LZ2A 1C43A 5M1YA 1D0KA 1HFXA 1LSBA 134LA 2I6ZA 3OK0A 1GXXA 3A95A 4OOTA 3FI7A 4LZTA 4H92A 4Z3MA 194LA 2D4KA 1HFZA 2Y8PA 1LSEA 1CNSA 1HEMA 5K7OA 2Z18A 3IJUA 4FDYA 5DN5A 2EIZC 1UIDA 1FN5A 1LSDA 1HENA 1RCMA 1DPWA 1OUIA 3W6EA 1VATA 1E8LA 5LVJA 1B7OA 5HQ1A 3AGGG 4AGAA 154LA 2W1YA 2YBIA 4NGIA 2BPUA 2EKSC 1LKSA 1B5WA 3P66A 1NQIA 2D4JA 3D3DA 4OWCA 2DQGY 4NGZA 4NGLA 4QEQA 4B4EA 1UIGA 1TBYA 2DQIY 5KXOA 4WM3A 4GN4A 4ETBA 5LA5A 4J7VA 4C5FA 2Z39A 4B4JA 2X0AA 3A67Y 4LT0A 1GD6A 4WM6A 4YENA 1IORA 1G7JC 3CB7A 1IY4A 4ET8A 153LA 4G9SA 1HNLA 1GFJA 1YROA 1LMNA 1B5VA 3TXFA 4WLXA 5KY1A 1I20A 4DD9A 1IR8A 3GXRA 3WXUA 2C8OA 1OUAA 5J7CA 4ANRA 3ULRA 4H8ZA 1CJ8A 5DLAA 4EOFA 1KXXA 5ILFA 1FBIX 4C3WA 1SLYA 2D91A 2YBMA 3W6BA 1GB6A 4WO9A 5LINA 5LIOA 1WQQA 4TX7A 1V7SA 4B1AA 1LZTA 1EQ5A 6LYZA 4A7DA 1LZ4A 3IWRA 4HTQA 4HJZA 4H9IA 4NG8A 3LN2A 4OWHA 132LA 4N0JA 5FEKA 3SP3A 1LZYA 1XFPL 4W96A 5FDJA 3T36A 3KAMA 3OJPA 1CKDA 1V7TA 4XJIA 3WUAA 2Z12A 1CKCA 4LGKA 4TWSA 5F16A 2MEHA 1HSXA 3WYHA 3HFMY 1D0LA 1LMCA 5JENB 4LYCA 1B5ZA 4PRQA 4GCFA 2LZ2A 1GBSA 4GLAA 4B0DA 4IATA 1GBWA 4J0LA 4NG1A 4U3XB 4H9EA 2YBHA 1F6SA 3QNGA 1IR9A 5HLLA 3LZTA 5IHGA 1JHLA 1C10A 1DQJC 1GE0A 1OUBA 2G4QA 5HMVA 1XGPC 1DKKA 1FDLY 1A4VA 1UIHA 4ETEA 1OUDA 2BQOA 2ZYPA 3CT0A 4OWEA 4ETDA 1XGTC 2VB1A 1ALCA 1AM7A 1LHJA 5FELA 1JWRA 5APCA 4WM1A 1YKYX 3QE8A 3TMVA 2XJWA 5LYTA 4I0CA 2ZILA 3AYQA 1GE1A 1OUHA 4WM2A 2F30A 3EXDA 3P4ZA 4DD0A 1JISA 3A96A 1DI3A 1JKAA 1NMMA 5F14A 1ZV5L 1T3PA 1GB7A 1GFVA 1YL1X 3WW5A 1KIQC 1LJNA 1LZGA 5HNLA 4B4IA 4HPEA 4X3BA 3WUNA 5KXKA 1IC4Y 4QDNA 4AXTA 1UIEA 1B7PA 4HPIA 4KL7A 4DD3A 1REZA 2BQHA 1HSWA 1KIPC 1LJFA 1LJ3A 1LMQA 1GB9A 4LYZA 5FCPA 2F2NA 3N9EA 1LSMA 1QTKA 4I8SA 4PGJB 1BWJA 3G3AB 2C8PA 2BQFA 3A91A 3GXKA 4LYOA 1J1PY 3RW8A 1LZ5A 4NSJA 4W94A 3CSQA 1LPIA 3D9AC 1GF8A 3CSZA 1IX0A 3AZ7A 4GN3A 2Z2EA 4DC4A 1T6VL 4Z46A 1YAQA 2FBDA 2FBBA 5F9UA 3A3RX 1LSNA 4II8A 1LSAA 1GF3A 3LYTA 3TMUA 1GAYA 2B5ZA 4OOOA 1D9UA 1Z55A 1WQNA 1KXYA 5D5CA 3W6FA 3HBDA 3J6KA 2D4IA 7LYZA 3LYOA 5D5FA 2ZYCA 2HU1A 1UA6Y 1LSYA 193LA 3AZ6A 5E9RA 3AGHA 1GB8A 1OUEA 5AMYA 1IC5Y 1JTOL 3WL2A 1VFBC 3WXTA 3QY4A 3T6UA 1DXJA 2YVBA 2Z38A 1B5UA 1KXWA 4NHQA 1JSFA 4H93A 2YBNA 1IP3A 1HELA 1LCNA 1LTMA 1LZ8A 3WUMA 4CGEA 1JEFA 1LHHA 4BADA 1TEWA 1ZVYB 2MEFA 2BQGA 1INUA 1TDYA 1QUTA 1GXV2 1RE2A 2HECA 1GFKA 2MEAA 4CFOA 2MEEA 1QUSA 5APEA 5LYZA 4J1BA 1FLWA 1LJ4A 1LMOA 3A94A 3B72A 1IWXA 5B07A 1LMAA 4LYMA 1DZBX 1UIBA 4NGWA 4NHPA 4YEMA 1GFEA 1LZEA 5I4WA 3WMKA 1NDGC 1QIOA 2G4PA 5LA8A 1C46A 1DPXA 4G4HA 135LA 1GE2A 1UIFA 4H9AA 5F81A 2HUBA 4QGZA 4G49A 5C6IA 4WO6A 2H9JA 3AJNA 4DWXA 5B1GA 1NDMC 4NGJA 5KXWA 4TUNA 1HEOA 3FE0A 1GEZA 4MSTA 4N1CC 1XSFA 4L41A 5C6JA 2MECA 1GBZA 1UC0A 3WPJA 1EL1A 1IP1A 2WARA 4KXIA 1LSPA 1LKRA 2HEAA 3ZEKA 1GPQC 2LHMA 1CKGA 4RW1A 2BQAA 1GBOA 1YQVY 3B0OA 5C6LA 2A7DA 4NSIA 4NHTA 1HMLA 3A34A 2HEBA 1LMPA 3TMXA 1YAOA 2DQJY 4ETCA 2EQLA 3AGIA 1QSWA 4HV1A 1LJKA 2W1MA 5L3IA 3TXDA 4LT3A 2MEBA 1WQMA 1GFTA 2GV0A 1FLQA 4GCEA 4PPOA 4NGKA 5B05A 1LZSA 2DQHY 3J4GA 1DI5A 3LHMA 4ZFPA 4DD7A 5KXZA 3F6ZA 5I53A 1GF4A 2PC2A 4DDAA 1IOQA 1REYA 4M4OA 1UIAA 1XGUC 2HU3A 3A90A 1LOZA 2EPEA 4MR1A 1BQLY 4LT1A 1VDTA 4WM5A 5HMJA 1BVXA 3WU8A 1IIZA 3M18B 4J1AA 5IELA 5KXRA 3B0IA 2MEIA 1OUJA 1LMTA 1B7LA 1I1ZA 1QTEA 6LYTA 5KKJA 1TCYA 1WTNA 1LZRA 3W3EA 3WVXA 1ZVHL 4PJ2C 3CQLA 5F9XA 3P65A 1LJGA 1VDSA 1IY3A 4D9ZA 4UWVA 4RDSA 3TMWA 3G3BB 1H87A 1B7MA 1YKXX 1HMKA 2BQEA 3A92A 4O34A 4N5RA 1LZ9A 4ZIXA 4WL7A 2BAAA 3N9CA 2DQDY 5L3HA 1HFYA 2DQFC 1NKHA 4GCDA 1FLYA 1UACY 1GB0A 3AW7A 1JJ0A 3HBEX 4RLMA 1LJHA 4WL6A 5T3FA 1WTMA 1VDPA 1JJ1A 2RSCA 208LA 2BQBA 4Z98A 4LYBA 3MGWA 5LVHA 1J1OY 5B06A 2LYZA 4CJ2A 5IDDA 1BVKC 1GB5A 5KKIA 1IWYA 1YILA 1IOTA 5FSTA 5KXMA 1IWTA 1LHIA 4UWUA 4GCBA 1HC0A 2FYDA 1GEVA 1JJ3A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3AZ5A 1DKJA 1G0MA 1GWDA 256LA 1GDXA 2BLYA 1L04A 1XEPA 3RU5A 4NGOA 1XEJA 2Z37A 1CKHA 3IJVA 1C6AA 1G1WA 1CV4A 4ARQB 1LZBA 4MCKA 3RZ4A 1QDRA 3M3UA 199LA 2FYCA 231LA 3TXKA 4WLDA 1LZCA 4XJFA 1GF0A 2CWIA 1L65A 3WPLA 1PZYA 170LA 5KXNA 249LA 234LA 3ATNA 197LA 5FHWA 4H91A 1EQ4A 1BWHA 3DMXA 3A93A 4GBRB 128LA 111LA 1N4FA 4NWEA 1GF5A 1L85A 243LA 1KW5A 214LA 1G7IC 2YDGA 3LYZA 1OUFA 4N8ZA 1QQYA 4WG7A 1G1VA 2F4AA 2G4NA 1L07A 3CT1A 4LFXA 5A3ZA 1DYGA 1VAUA 4NGVA 1LWKA 3E3DA 2ZNXY 4HV2A 4BAFA 2O4WA 4ET9A 2DBTA 5A3EA 1LSCA 1L54A 1QSBA 1LZDA 3UONA 3TXBA 250LA 257LA 1C6KA 3N9AA 1L80A 3HT7A 1LJEA 1JSEA 5KXSA 3BKVA 3ATOA 1LYYA 3TXIA 1L98A 4PHIA 5KXYA 1L81A 5KXPA 1XGRC 3HTBA 4LDLA 3C80A 1CJ6A 1LI2A 5DN4A 4YEOA 2DKVA 1UBZA 2MEDA 1IOSA 2ZQ4A 210LA 5KXTA 1B7QA 1FLUA 1HEPA 1IP6A 1GF6A 1QTBA 1LSFA 242LA 1OP9B 1CV6A 3TXEA 3TXGA 2ZQ3A 2XBSA 142LA 1LZ6A 1EQEA 1L75A 165LA 5LVIA 2RBOA 4DJHA 1CU3A 5DM9A 3A6BY 5LYMA 2YSSC 1QTVA 1QSAA 4H9CA 3HH5A 1IO5A 1JKCA 4NEBA 4HTKA 1NBYC 1JTTL 1BHZA 4I7LA 1QUDA 3V2YA 5KXXA 1LPYA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3AZ5 A;  2ZNW Y;  1DKJ A;  5APD A;  1BGI A;  1IEE A;  1GWD A;  1YKZ X;  2F4G A;  4LT2 A;  4NFV A;  5LAG A;  3LYM A;  4IAS A;  1VED A;  4KT3 A;  2BQM A;  1GDX A;  2AUB A;  4H9H A;  1UIC A;  2BLY A;  3WW6 A;  4HJY A;  4OWA A;  1G7M C;  1MLC E;  1BWI A;  3ZVQ A;  5EBH A;  3RU5 A;  1NBZ C;  1PS5 A;  1C08 C;  2DQE Y;  3A3Q A;  4H8Y A;  4H8X A;  4NGO A;  2XBR A;  1IC7 Y;  1UUZ C;  1C45 A;  1LZ1 A;  4TSB A;  1XEJ A;  2Z37 A;  1XGQ C;  1AZF A;  3P68 A;  4YOP A;  1CKH A;  1QDT A;  3IJV A;  4BAP A;  1F10 A;  1B7S A;  133L A;  4OWB A;  1WVV A;  4HP0 A;  3WH1 A;  1LYZ A;  1JIT A;  1UCO A;  5LAF A;  1LZB A;  1GE3 A;  4NHS A;  1F6R A;  4HSF A;  4MCK A;  3RZ4 A;  1QDR A;  4N9R A;  3M3U A;  2H5Z A;  1B0D A;  1REX A;  3B0K A;  1I56 A;  2FYC A;  2I26 L;  3CT5 A;  1OUG A;  4PRU A;  1OQM A;  1B9O A;  1GF7 A;  3TXK A;  4WLD A;  1G7H C;  1IWW A;  1B5Y A;  1LZC A;  4XJF A;  5E4P A;  2H9K A;  1GBY A;  1GF0 A;  2CWI A;  3WPL A;  1JKD A;  4R6C A;  3VWO A;  3WVY A;  1LHK A;  1PZY A;  1KIR C;  1WQO A;  1AT5 A;  1TAY A; 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 1HML A;  3A34 A;  2HEB A;  1LMP A;  3TMX A;  1YAO A;  2DQJ Y;  4ETC A;  2EQL A;  3AGI A;  1QSW A;  4HV1 A;  1LJK A;  2W1M A;  5L3I A;  3TXD A;  4LT3 A;  2MEB A;  1WQM A;  1GFT A;  2GV0 A;  1FLQ A;  4GCE A;  4PPO A;  4NGK A;  5B05 A;  1LZS A;  2DQH Y;  3J4G A;  1DI5 A;  3LHM A;  4ZFP A;  4DD7 A;  5KXZ A;  3F6Z A;  5I53 A;  1GF4 A;  2PC2 A;  4DDA A;  1IOQ A;  1REY A;  4M4O A;  1UIA A;  1XGU C;  2HU3 A;  3A90 A;  1LOZ A;  2EPE A;  4MR1 A;  1BQL Y;  4LT1 A;  1VDT A;  4WM5 A;  5HMJ A;  1BVX A;  3WU8 A;  1IIZ A;  3M18 B;  4J1A A;  5IEL A;  5KXR A;  3B0I A;  2MEI A;  1OUJ A;  1LMT A;  1B7L A;  1I1Z A;  1QTE A;  6LYT A;  5KKJ A;  1TCY A;  1WTN A;  1LZR A;  3W3E A;  3WVX A;  1ZVH L;  4PJ2 C;  3CQL A;  5F9X A;  3P65 A;  1LJG A;  1VDS A;  1IY3 A;  4D9Z A;  4UWV A;  4RDS A;  3TMW A;  3G3B B;  1H87 A;  1B7M A;  1YKX X;  1HMK A;  2BQE A;  3A92 A;  4O34 A;  4N5R A;  1LZ9 A;  4ZIX A;  4WL7 A;  2BAA A;  3N9C A;  2DQD Y;  5L3H A;  1HFY A;  2DQF C;  1NKH A;  4GCD A;  1FLY A;  1UAC Y;  1GB0 A;  3AW7 A;  1JJ0 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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