1L07A

Contributions of hydrogen bonds of thr 157 to the thermodynamic stability of phage t4 lysozyme
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGFWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Contributions of hydrogen bonds of Thr 157 to the thermodynamic stability of phage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 57
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1988-02-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l07A00
1L90A 118LA 2RBPA 3OE8A 2RB2X 1C61A 3DN6A 259LA 173LA 1G0PA 4YXAC 1L07A 195LA 237LA 156LA 176LA 1SWZA 3SBBC 1L45A 1C69A 3VW7A 231LA 1QT6A 155LA 3DMXA 4AQNA 1L22A 1L68A 1L81A 129LA 3DN4A 1DYAA 4GBRB 200LA 1G0QA 1PQDA 249LA 1JQUA 190LA 2HULA 1C6BA 1L38A 1CV5A 1C6TA 2B6WA 209LA 1L24A 3CDOA 1XJUA 228LA 257LA 4ARQB 1ZYTA 1D9WA 3GUKA 1L85A 1T97A 1JTNA 3HTDA 3GUJA 4I7TA 1K28A 1L65A 1CX6A 177LA 2B6ZA 107LA 3HT7A 1LYDA 1L92A 1QUHA 260LA 1CUPA 258LA 3GUPA 4LDEA 2F32A 4EPFA 1LYJA 3HUAA 3CDTA 1D2YA 1L89A 1C6CA 146LA 3HT8A 243LA 1L06A 128LA 4IAPA 3C7WA 1C6MA 1LI2A 4W59A 1C6PA 2HUMA 138LA 168LA 256LA 1L27A 1OV5A 1C6QA 1KY1A 4PJZA 1C6JA 3C8RA 150LA 3C7YA 149LA 1CX7A 4EJ4A 3HU8A 1L02A 2B6YA 3C8QA 1L36A 1OWYA 4W58A 2B6TA 1QT8A 2B72A 1G1VA 3HT6A 1G1WA 1L11A 1L64A 1L80A 1L76A 4I7MA 1TLAA 4DJHA 1LWGA 3D4SA 1L52A 1L84A 1L21A 1DYBA 6LZMA 3OE0A 1L49A 1OV7A 3DN1A 3HTFA 1OYUA 2LC9A 3GUIA 1KW5A 3SN6R 234LA 142LA 241LA 1L26A 1C67A 119LA 245LA 215LA 1KY0A 1LI6A 1QTDA 2Q9DA 1L94A 1DYCA 1XEPA 3PDSA 4ARLA 1KW7A 1P2LA 2B6XA 1L51A 2RB0X 3DNAA 5LZMA 3V2YA 1QT7A 1OVJA 1L41A 1L97A 1QTVA 1L79A 205LA 1C62A 1P46A 169LA 102LA 262LA 197LA 1C6DA 1L18A 2OE4X 4I7JA 1L66A 1T8AA 180LA 3UONA 4W56A 1CU2A 120LA 181LA 1L19A 1C64A 1P36A 1G0LA 1L40A 1ZURA 229LA 109LA 3DN2A 213LA 1CU0A 3CDRA 111LA 1QTCA 1L37A 4YXCA 3PBLA 2NTHA 3HDEA 127LA 191LA 1CV3A 4EXMA 2RBQA 159LA 253LA 1XJTA 1C6FA 238LA 1QT4A 1SWYA 1L09A 1L48A 1QUOA 2IGCA 112LA 145LA 4ARPA 1L77A 1P56A 224LA 1L91A 4EKRA 1QUDA 1QTBA 3HU9A 3HT9A 3C80A 1DYDA 137LA 2RAZX 255LA 211LA 4LDOA 201LA 4I7OA 4GRVA 1L57A 1PQIA 3V2WA 1L86A 2O7AA 175LA 1CU6A 1P5CA 2HUKA 1L74A 165LA 1C6EA 123LA 3GUNA 1CU3A 170LA 3G3XA 3C7ZA 1L59A 2B73A 2RB1X 1L83A 2RBSA 110LA 189LA 1KS3A 250LA 1L95A 218LA 1OVKA 251LA 3FI5A 4LZMA 1CVKA 1L29A 1JTMA 152LA 3SBAA 248LA 1C60A 1G07A 1L55A 1L99A 1G0GA 216LA 3HUKA 220LA 2OE7X 1L69A 160LA 3L2XA 4I7PA 240LA 3GULA 184LA 1SSWA 1SX2A 1PQKA 3GUMA 182LA 1L46A 5I14A 158LA 185LA 2LZMA 1L58A 1L71A 1T8GA 1T8FA 1L17A 1OWZA 1ZWNA 3F8VA 144LA 1CV1A 4LDLA 4ARMA 3HH4A 1L98A 1C6HA 1KNIA 1I6SA 1LYIA 1D3JA 3L64A 1QS9A 163LA 140LA 4I7KA 4I7RA 247LA 115LA 2OE9X 239LA 1LYFA 1CUQA 1P6YA 1CV6A 3OE6A 1D2WA 3DKEX 157LA 1L87A 1L15A 1D3FA 226LA 1L20A 3DMVA 2NTGA 122LA 139LA 4EKQA 3JR6A 1CU5A 1LYHA 7LZMA 210LA 261LA 131LA 1L01A 148LE 214LA 2RBOA 2A4TA 104LA 4I7QA 1L82A 3CDVA 187LA 1LGXA 4W57A 1L35A 1L47A 147LA 1L56A 1L70A 1L67A 4EKPA 192LA 1C6GA 1LI3A 2ANXA 3HTBA 3HH3A 252LA 171LA 3RUNA 1LYGA 4I7NA 3HDFA 1L60A 186LA 4EPIA 2B7XA 2RAYX 1EPYA 1P2RA 4ARMB 1G0JA 1L62A 3K2RA 1C68A 212LA 1L96A 1DYGA 3NY9A 1L14A 103LA 1L04A 4W53A 3SB9A 126LA 4S0WA 1C66A 1L00A 1C6KA 4E97A 1L39A 151LA 1QUGA 4ARJA 1L34A 166LA 1L13A 1QTZA 2Z6BA 161LA 4OO9A 3SB6A 1L33A 1DYFA 1L75A 3C83A 232LA 244LA 1B6IA 1G06A 178LA 1L30A 2OU8A 206LA 3NYAA 1T6HA 3ODUA 1L61A 1L12A 1LGWA 2OU9A 4PK0A 108LA 236LA 2O79A 3DN0A 1L72A 1DYEA 1LYEA 3FADA 3G3WA 2LCBA 1CTWA 172LA 1QTHA 1L23A 1P3NA 4DAJA 141LA 1L93A 1PQOA 1G0MA 2OTYX 1C6LA 246LA 3F9LA 3C8SA 223LA 1C6NA 4YX7C 1LPYA 2OU0X 3DN8A 1LW9A 1L10A 233LA 1G0KA 198LA 2RBNA 3NY8A 4EKSA 1QSQA 2OEAX 3DN3A 4ZPUA 162LA 183LA 1CV0A 4W55A 1L16A 1L28A 3EMLA 1OVHA 225LA 188LA 1L54A 1QSBA 3OE9A 174LA 1QT5A 3HWLA 3QAKA 3SB5A 1WTHA 4ARQA 1L05A 4K5YA 1P64A 114LA 1L44A 1LGUA 227LA 1P7SA 1SX7A 1C63A 3CDQA 1QS5A 1L0KA 4I7LA 3SB7A 125LA 222LA 221LA 1PQJA 167LA 1CV4A 1C6AA 1L88A 3FA0A 196LA 2B75A 1L63A 4W54A 1SSYA 3G3VA 3HTGA 2L78A 1L73A 1D3NA 1L08A 1L42A 2O4WA 4DKLA 217LA 3C82A 199LA 1L43A 3DMZA 143LA 3GUOA 3HH6A 2CUUA 235LA 1L0JA 1L50A 2RH1A 1P37A 1C65A 2B70A 1C6IA 2OTZX 4W51A 1QT3A 230LA 2F2QA 1LWKA 219LA 164LA 2Q9EA 130LA 2B74A 1L31A 1L25A 3SB8A 242LA 1NHBA 113LA 1LLHA 3HH5A 3HUQA 4W52A 2QB0B 2ANVA 2F47A 2RBRA 3C81A 1D3MA 1L32A 4I7SA 254LA 1PQMA 2QARC 3LZMA 3RZEA 1L03A 1L53A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1EQ4A 3KAMA 4DD7A 4GCFA 118LA 4GN5C 4B4IA 1LJEA 1LMAA 1XGQC 1L07A 176LA 1GF3A 2ZWBA 1L68A 3QE8A 1L81A 5KXPA 1G0QA 1LMTA 3N9AA 2HULA 1C6BA 4NGKA 4H9BA 1HEWA 1HFXA 2B6WA 257LA 4J1BA 5M1YA 1JTNA 3GUJA 4J7VA 1BHZA 1GXV2 1IC4Y 1L65A 2B6ZA 5LVJA 1RCMA 1LZYA 4WLXA 1QUHA 4QDNA 1LZGA 1LYJA 1HSWA 3CDTA 1UACY 3HT8A 5L3HA 1G7LC 4HJYA 1LI2A 4W59A 3W3EA 2HUMA 1OV5A 4RLMA 4LFXA 1OUAA 2BQHA 1C6JA 1QIOA 4GLAA 2F2NA 1CX7A 4H9EA 1C45A 4GN4A 2I6ZA 1JKCA 3C8QA 4H93A 4NSHA 1D9UA 5LAGA 1IORA 3RNXA 3HT6A 2HEDA 2C8PA 1G1WA 1L64A 2XBRA 5KY1A 1TLAA 5IDDA 4DJHA 3D4SA 2BQDA 3W6DA 1L84A 1DYBA 4KT3A 4IJ4A 3TXHA 3OE0A 5DN5A 8LYZA 3DN1A 3HTFA 1JWRA 1IR8A 2LC9A 3SN6R 4OOOA 234LA 4N1EI 1UA6Y 3WYHA 1LI6A 1DYCA 3AGHA 3BKVA 3TMVA 1GB0A 4YENA 2G4NA 3V2YA 1L41A 5LAFA 4G4CA 1GB6A 1B5ZA 4WO6A 1P46A 169LA 1IIZA 262LA 1L66A 1HEQA 3WH1A 1LZEA 1L19A 3AZ7A 213LA 3CDRA 1QTCA 1GBZA 1L37A 1OUDA 127LA 3LYOA 191LA 2BQIA 3W6EA 133LA 2FBBA 1LHIA 4UWUA 159LA 1FLQA 1YROA 1L48A 112LA 1GF4A 1LSEA 3WU8A 1LZ6A 4ARPA 2MEAA 1L91A 1VDPA 1QTBA 4XJDA 3HT9A 1LKSA 1LZTA 5LVHA 137LA 4B49A 255LA 4LDOA 4LYCA 4GRVA 1PQIA 3V2WA 1L86A 1HHLA 4L41A 2HUKA 4WM6A 3GUNA 4LYZA 2RSCA 1L59A 2B73A 1L83A 5B07A 1D0MA 153LA 4C3WA 3FI5A 3LYZA 5HNCA 1L29A 2H9JA 4HJZA 1C60A 1L55A 216LA 4NHSA 3L2XA 240LA 3GULA 184LA 1SX2A 3J4GA 4GCDA 4NHPA 1L58A 2PC2A 4PHIA 1OWZA 4WLTA 1CV1A 1C6HA 1I6SA 1LYIA 140LA 1CUQA 1CV6A 1G7JC 3GXKA 157LA 2H9KA 5B05A 5HMJA 134LA 4CGEA 1IX0A 1B7LA 2XJWA 3DMVA 1JJ3A 1GAYA 194LA 7LZMA 4BADA 210LA 261LA 1XGTC 214LA 1HFZA 3WUMA 1L82A 2Z18A 3CDVA 1KIPC 1IWUA 1L35A 1FLWA 1C6GA 1GEVA 2ANXA 2Z12A 3TXEA 3D3DA 1YAMA 1LYGA 4NWHA 3OK0A 1LSPA 1EPYA 1P2RA 2W1MA 3WUAA 4NGYA 2Y8PA 5I4XA 1GE4A 4NWEA 1HEMA 3QNGA 5HQ1A 4LYTA 1DYGA 5I4YA 4W53A 1L04A 4S0WA 4W96A 1L00A 4WOAA 1C6KA 151LA 4ARJA 3LHMA 161LA 1KXXA 3WW5A 4WM5A 4ETAA 1LHJA 1DYFA 1NWGA 1ZVHL 244LA 1B6IA 1L30A 4DYGA 3WL2A 4NHQA 1L61A 4PJ2C 1LGWA 108LA 3DN0A 1P2CC 1B7MA 2YBNA 4DDAA 4MCKA 4NG1A 1YAPA 3TXIA 1QTHA 172LA 5FHWA 3WPKA 2G4PA 3A95A 1C6LA 5F81A 1BB3A 3F9LA 2F4GA 3C8SA 1GB9A 5AMYA 4YF2A 2CWIA 1C6NA 2W1XA 198LA 162LA 1CV0A 4W55A 2IFFY 225LA 1GFTA 2DQDY 1XGPC 3SB5A 1B7OA 2MEBA 3CSRA 1LGUA 2D4KA 1C63A 3K3TA 1QS5A 1L0KA 4I7LA 3SB7A 5IHGA 4OWHA 125LA 4I0CA 1BWJA 222LA 2DQFC 167LA 2Q0MX 196LA 2B75A 1L63A 4H9HA 1SSYA 3HTGA 2W1YA 2L78A 4XJBA 4ET8A 4Z3MA 1L42A 217LA 4MSTA 199LA 143LA 1BB7A 5LINA 1NBYC 1N4FA 1GD6A 1GF9A 1L0JA 3P66A 1P37A 2LZTA 1C65A 1C6IA 4WG7A 2ZYCA 1IP3A 230LA 3WU7A 219LA 1L31A 1L25A 3WULA 2ZNXY 113LA 1CJ8A 1NDGC 1FN5A 2RBRA 1D3MA 1UIHA 2QARC 2Z2FA 1CJ6A 2BQGA 1L53A 4YEOA 1L90A 1C10A 1V7SA 3OE8A 5DM9A 4NGIA 1RE2A 1VDQA 5FSTA 1IWVA 1LJNA 5KKJA 156LA 4XADA 1DI4A 4DT3A 1GF7A 3VW7A 3A93A 1QT6A 4AQNA 5E9RA 3AW6A 4RW2A 3A6CY 5LVKA 4N0JA 3BKHA 249LA 190LA 1O23A 3ZVQA 228LA 1ZMYL 1LYYA 5A3EA 1AT6A 1L85A 1LJGA 1K28A 1JEFA 1MLCE 1GB2A 1DZBX 5B06A 4OW1A 1CX6A 177LA 4LYBA 107LA 1B7PA 1SQ2L 3HT7A 1VATA 2H5ZA 1LMOA 3GUPA 1OUCA 3HUAA 2Z2EA 1L89A 146LA 5A3ZA 1JITA 1PS5A 2D4JA 4IAPA 5LVIA 1C6MA 2DQAA 4LT2A 1B5XA 168LA 1C6QA 1KY1A 1UIGA 1IP4A 3ATOA 150LA 6LYTA 5F9XA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1EQ4 A;  3KAM A;  4DD7 A;  4GCF A;  118L A;  4GN5 C;  4B4I A;  1LJE A;  1LMA A;  1XGQ C;  1L07 A;  176L A;  1GF3 A;  2ZWB A;  1L68 A;  3QE8 A;  1L81 A;  5KXP A;  1G0Q A;  1LMT A;  3N9A A;  2HUL A;  1C6B A;  4NGK A;  4H9B A;  1HEW A;  1HFX A;  2B6W A;  257L A;  4J1B A;  5M1Y A;  1JTN A;  3GUJ A;  4J7V A;  1BHZ A;  1GXV 2;  1IC4 Y;  1L65 A;  2B6Z A;  5LVJ A;  1RCM A;  1LZY A;  4WLX A;  1QUH A;  4QDN A;  1LZG A;  1LYJ A;  1HSW A;  3CDT A;  1UAC Y;  3HT8 A;  5L3H A;  1G7L C;  4HJY A;  1LI2 A;  4W59 A;  3W3E A;  2HUM A;  1OV5 A;  4RLM A;  4LFX A;  1OUA A;  2BQH A;  1C6J A;  1QIO A;  4GLA A;  2F2N A;  1CX7 A;  4H9E A;  1C45 A;  4GN4 A;  2I6Z A;  1JKC A;  3C8Q A;  4H93 A;  4NSH A;  1D9U A;  5LAG A;  1IOR A;  3RNX A;  3HT6 A;  2HED A;  2C8P A;  1G1W A;  1L64 A;  2XBR A;  5KY1 A;  1TLA A;  5IDD A;  4DJH A;  3D4S A;  2BQD A;  3W6D A;  1L84 A;  1DYB A;  4KT3 A;  4IJ4 A;  3TXH A;  3OE0 A;  5DN5 A;  8LYZ A;  3DN1 A;  3HTF A;  1JWR A;  1IR8 A;  2LC9 A;  3SN6 R;  4OOO A;  234L A;  4N1E I;  1UA6 Y;  3WYH A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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