1L07A

Contributions of hydrogen bonds of thr 157 to the thermodynamic stability of phage t4 lysozyme
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGFWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Contributions of hydrogen bonds of Thr 157 to the thermodynamic stability of phage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
total genus 57
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1988-02-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l07A00
131LA 2LZMA 259LA 1OVJA 2B70A 3DN4A 1L83A 1OV7A 3DMVA 226LA 1ZURA 7LZMA 1L20A 1C6FA 110LA 241LA 4W57A 4EKPA 1L06A 1OVKA 1L46A 3HU9A 1QTVA 3ODUA 1L85A 1LGXA 2OE7X 1QTCA 3C8SA 2O79A 255LA 1L91A 1L01A 1QTHA 3C7YA 163LA 1CUQA 1CX7A 1CU5A 1L11A 145LA 1L38A 3G3VA 221LA 1L60A 4ARLA 1L87A 1LI2A 122LA 191LA 3DMZA 1P2RA 4EPIA 1L95A 240LA 4I7PA 162LA 129LA 1L12A 223LA 1L28A 177LA 1QUDA 183LA 3FI5A 1JQUA 1CTWA 1OYUA 1C6HA 1P46A 148LE 1D3FA 3SB7A 1L69A 1P7SA 1LYJA 230LA 1L40A 3DN2A 1D9WA 2OEAX 1L23A 1OV5A 1P64A 218LA 3RZEA 198LA 1L61A 172LA 1L98A 2LCBA 1L07A 2L78A 3HTGA 1QT5A 1L50A 2RAYX 1L88A 1OWYA 3HDFA 158LA 127LA 213LA 1C6MA 4I7TA 215LA 3SN6R 192LA 103LA 219LA 1L68A 1D2WA 2HUKA 3CDRA 1LGUA 190LA 3GUOA 1L05A 1CX6A 1CV1A 1L67A 1ZYTA 3OE8A 227LA 1SWZA 4W51A 2Q9DA 160LA 1L18A 4I7RA 1DYFA 1PQDA 2HUMA 1L04A 2OTYX 1L66A 2HULA 3OE6A 115LA 175LA 1C6IA 4EKSA 184LA 3DNAA 1C68A 4W58A 1L49A 1QT7A 1L47A 181LA 1CV0A 4I7SA 3F9LA 1L71A 2OE4X 1L27A 1K28A 1P36A 1L75A 1QSBA 102LA 178LA 1L89A 3C80A 3PDSA 231LA 4ARQA 2QARC 242LA 1XJTA 1L21A 4LZMA 1DYDA 1C65A 144LA 1ZWNA 257LA 1L22A 1D2YA 1QUHA 2OU9A 1LGWA 1D3NA 1P5CA 1C6QA 197LA 4DAJA 2RBSA 1C6NA 3LZMA 235LA 167LA 4W59A 1L56A 3SB9A 165LA 3DN1A 1P3NA 3CDVA 109LA 141LA 1L13A 3HH6A 1LYGA 3DN6A 1L45A 3C8RA 1L82A 146LA 1C6EA 3SB6A 149LA 1QTBA 220LA 1L74A 3FADA 237LA 143LA 182LA 2QB0B 3DN0A 4AQNA 1L54A 195LA 3GUPA 1G0GA 1L09A 262LA 155LA 1JTMA 4ARMA 1L81A 3HH4A 1LYEA 4I7QA 1SSWA 1G06A 139LA 3HT6A 104LA 1L35A 1KS3A 1G0PA 249LA 1G07A 258LA 1L24A 1XJUA 171LA 1L93A 1QUGA 4I7JA 2RBPA 1L99A 1L63A 1L79A 1L44A 2CUUA 157LA 4GRVA 1L97A 2Q9EA 253LA 126LA 3VW7A 150LA 1L57A 3CDOA 3PBLA 1JTNA 4I7MA 1C61A 3DN3A 1L94A 108LA 1QS9A 1SX7A 4YXAC 112LA 3C8QA 1L34A 1C6CA 3CDQA 1C63A 185LA 3HDEA 3SBAA 4E97A 2IGCA 2RB2X 125LA 3NYAA 1CV6A 3G3WA 2B6WA 1SX2A 216LA 1L08A 4EKRA 3OE9A 111LA 232LA 4I7NA 152LA 170LA 1G1VA 176LA 1LWGA 205LA 2F47A 3HT9A 1CV4A 1QSQA 1C6AA 1QS5A 128LA 3JR6A 1C6KA 3CDTA 3DN8A 199LA 1C64A 211LA 4I7KA 1L19A 212LA 4ARQB 254LA 156LA 1SSYA 1NHBA 1G0QA 1LI6A 1D3MA 142LA 1LYDA 4YXCA 1P6YA 4ZPUA 4ARPA 1T8GA 1P56A 114LA 1G0JA 1T8AA 3EMLA 1PQIA 2OU0X 3QAKA 3HUKA 1OVHA 2RBRA 3GUNA 3C7WA 4K5YA 3HH5A 2RAZX 2LC9A 3F8VA 3HT8A 229LA 1LI3A 187LA 1PQKA 1L31A 4LDOA 1LYHA 3C82A 1L53A 169LA 1CU6A 113LA 4I7LA 3SB5A 3NY8A 200LA 1PQJA 189LA 2B72A 1L29A 166LA 3D4SA 4S0WA 1L96A 1KY0A 1L62A 4W54A 1P37A 2OU8A 247LA 1L59A 1SWYA 1CV3A 1L64A 1LPYA 1C6DA 1LW9A 2B7XA 2RBOA 1L84A 2ANVA 180LA 210LA 222LA 3HTFA 168LA 4GBRB 1CVKA 1DYGA 1L65A 3G3XA 119LA 1L55A 1L37A 1L25A 1LYFA 2O7AA 1CU3A 1T8FA 1CUPA 234LA 3SB8A 1L16A 1L26A 3DKEX 4PJZA 1L73A 1L17A 1L02A 1L72A 261LA 1L33A 2B6ZA 1LYIA 2A4TA 256LA 2B6XA 217LA 1KY1A 243LA 1CU0A 1C6BA 3RUNA 1CU2A 1T97A 1L86A 2B73A 214LA 3K2RA 4DJHA 1DYBA 3OE0A 1PQOA 1L41A 4W52A 1L80A 1I6SA 1QT3A 1OWZA 238LA 4LDEA 147LA 1QTDA 201LA 1L15A 1D3JA 4ARJA 3HU8A 245LA 1C6PA 1G0MA 1WTHA 248LA 3DMXA 228LA 260LA 3HTDA 107LA 2O4WA 4IAPA 3UONA 5I14A 3C81A 1G0LA 1L48A 1C62A 4EKQA 3HH3A 1KW5A 1L30A 3GUJA 3HUQA 174LA 151LA 1C66A 2RH1A 2NTGA 4W55A 138LA 2NTHA 3GUIA 225LA 1L77A 239LA 1L58A 206LA 1LWKA 4OO9A 1LLHA 3L2XA 1L03A 130LA 1C60A 1EPYA 1TLAA 251LA 1C69A 173LA 3V2WA 120LA 4YX7C 4LDLA 1C6TA 3FA0A 1QT4A 250LA 244LA 4PK0A 1L52A 137LA 1KW7A 1QT8A 2B6TA 3HT7A 3GULA 2RB1X 1L70A 1XEPA 1L42A 118LA 1L0JA 1QTZA 236LA 2B74A 1QUOA 1C6JA 1P2LA 2OTZX 1PQMA 224LA 2F32A 3HTBA 3GUMA 3V2YA 1G1WA 1DYCA 252LA 3HUAA 1B6IA 233LA 4EJ4A 1L00A 2ANXA 4EXMA 5LZMA 3HWLA 4W53A 2B6YA 1L76A 1C6GA 2Z6BA 1C67A 6LZMA 3C7ZA 2F2QA 1L10A 3L64A 1DYEA 246LA 1L51A 188LA 1L90A 1QT6A 1CV5A 186LA 3GUKA 2B75A 159LA 1DYAA 1L92A 1T6HA 2RBQA 4DKLA 209LA 4EPFA 1L39A 4I7OA 3SBBC 123LA 196LA 140LA 3C83A 1L0KA 1L43A 4W56A 2RB0X 1KNIA 164LA 1C6LA 1L14A 4ARMB 2OE9X 1G0KA 3NY9A 2RBNA 1L36A 161LA 1L32A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1G7IC 1LZBA 259LA 2DQFC 3A67Y 3DN4A 1OV7A 3DMVA 1JKBA 1LZYA 1YAPA 2BQGA 1HC0A 1NF5A 4H9FA 1YQVY 4I0CA 1QTCA 3RT5X 5B06A 2EPEA 255LA 4X3BA 4H8XA 4OOTA 3LN2A 163LA 4LFXA 1RE2A 3AGIA 1L87A 1LI2A 191LA 1FLYA 1NDMC 1P2RA 240LA 4I7PA 1A4VA 4NHSA 162LA 3TMVA 1L12A 223LA 1IWYA 1YL0X 4XN6A 2BQEA 4WO9A 177LA 183LA 1CTWA 1WQQA 1LMTA 1P46A 1LHKA 1P7SA 4WM1A 1LYJA 3SB7A 230LA 4H94A 4CFPA 2ZNXY 3CT1A 218LA 2L78A 1QT5A 1L50A 1GD6A 3HDFA 4TUNA 127LA 1C6MA 4I7TA 1D6QA 103LA 219LA 4TWSA 4LYTA 5FEKA 135LA 5II3A 4B49A 3ATNA 4ET8A 3GUOA 5B1GA 1GFVA 4GLVA 1L67A 4WG1A 5LAFA 1IY3A 3EXDA 1GDXA 227LA 4W51A 2Q9DA 160LA 1LJEA 1DYFA 1JKCA 1L04A 115LA 1LMOA 175LA 133LA 4IJ4A 2BQHA 1B9OA 1C68A 4W58A 1L49A 4CJ2A 181LA 4NGJA 1CV0A 1GFAA 1L27A 1LZDA 1OQMA 2C8PA 1JWRA 3B0OA 3GXKA 1B5YA 1HF4A 4BADA 1L21A 4LZMA 3WH1A 5DM9A 1C65A 1QDTA 2BQKA 1D2YA 2OU9A 2BQIA 1GE1A 197LA 1C6NA 4KT3A 1FN5A 3LZMA 167LA 2MEGA 1L56A 2F4GA 1DI5A 2DQGY 1GFTA 2DQHY 4WLTA 1L45A 1L82A 3SB6A 1LZ4A 5I4WA 1YKXX 2GV0A 1L32A 4LT3A 1OP9B 1L74A 1UCOA 143LA 3DN0A 2MEAA 195LA 262LA 4ARMA 4IATA 3HH4A 1WVUA 4DT3A 1UACY 2BQOA 104LA 4WM4A 1KS3A 2Y8PA 249LA 1J1PY 1LZ8A 2YSSC 1L93A 1GE3A 1QDRA 1QUGA 3W6AA 4G9SA 1L63A 1L79A 5K7OA 157LA 4MR1A 4MSTA 1AT6A 1GBZA 1LJGA 5L9JA 4GCDA 2LHMA 1C61A 9LYZA 1SX7A 4YXAC 4WM3A 4J0LA 2ZYPA 1LYOA 1G7LC 125LA 3NYAA 1CV6A 1JTTL 3G3WA 4YENA 2BQFA 1SX2A 216LA 1OUBA 3MGWA 4NSGA 4EKRA 1GFRA 1PS5A 1VDSA 4YF2A 3HT9A 2F47A 4DWXA 1C6AA 128LA 1C6KA 4DD9A 1C64A 1LZ9A 211LA 2Z39A 212LA 4LFPA 1LCNA 254LA 3IJUA 1NHBA 1LI6A 4YXCA 4ZPUA 5I4YA 4ARPA 2FBBA 1T8GA 1YKYX 1P56A 4B1AA 1G0JA 3WYHA 5B59A 5HNLA 2OU0X 4TSCA 2RAZX 4NY5A 5LIOA 187LA 1HEMA 5KXOA 3J6KA 4LDOA 1LYHA 1CU6A 1TBYA 1CJ8A 1DI4A 3NY8A 3WU8A 1PQJA 4ZEEA 3N9CA 4BS7A 1L29A 1L62A 1IIZA 1B5UA 1OUAA 1CV3A 5KXYA 1C6DA 3P66A 1IOSA 2RBOA 3AZ6A 1IY4A 1OUDA 4WO6A 3TXJA 1L65A 4QDNA 1LJIA 1LHHA 1L25A 1LYFA 1IR9A 1L26A 1OUHA 4RW1A 4PJZA 1L73A 1L17A 2F2NA 261LA 4RLNA 1L33A 2B6ZA 2Z38A 1KY1A 243LA 1VDTA 4NSHA 1IC4Y 1T97A 1L86A 2B73A 3K2RA 1DKJA 1DYBA 3OE0A 1NBZC 2XBSA 1QTDA 4ZIXA 1L15A 3W6DA 4U3XB 3HU8A 248LA 3DMXA 5DN4A 5LVIA 107LA 2O4WA 3A92A 4IAPA 134LA 2LYZA 2BQMA 3HUQA 174LA 151LA 1C66A 1IEEA 4H9CA 1GB5A 2NTHA 2BQAA 4XJBA 4TTDA 5HNCA 1C60A 1HEQA 5I53A 2XTHA 1DPXA 251LA 1GBYA 1JPOA 1B5VA 1XGRC 1KXWA 1L52A 2D4IA 4GCCA 1KW7A 1QT8A 4RW2A 1L42A 2ZQ3A 1QUOA 1P2LA 3WUAA 2F32A 1G7MC 1H6MA 3B0KA 1LKRA 1XGTC 1UIHA 4EJ4A 3IWRA 5LVHA 3B6LA 4EXMA 4TSBA 4II8A 3RZ4A 3AGHA 1YAMA 1VDPA 3A6CY 1L10A 3L64A 4J1BA 1L51A 3T6UA 4DDAA 3ZEKA 3N9AA 3RU5A 140LA 1RFPA 1B2KA 1L43A 4W56A 4ARMB 131LA 1D0KA 1UIGA 2B70A 2DKVA 1BWIA 5J7CA 5KJ9A 1ZURA 1LZ5A 4XJIA 110LA 1HENA 241LA 4WM2A 4EKPA 1NHEA 3W6BA 1GFKA 1LGXA 1YROA 1C46A 2O79A 4H8YA 3WW6A 1HFXA 4GCFA 1L01A 3C7YA 2XJWA 1JKDA 1LSPA 1CU5A 3W3EA 3G3VA 122LA 3TXGA 1L95A 4OWCA 4R0FA 4H9HA 2Z18A 2D6BA 4N0JA 2YVBA 4LYZA 4LYCA 4PRUA 7LYZA 1JQUA 3AW7A 3A94A 1L69A 1LKSA 1L23A 1OV5A 198LA 4KL7A 1JEFA 4WLDA 1L07A 1LSAA 3HTGA 1YANA 1BB5A 5HQ1A 1F6RA 158LA 2Q0MX 4GN5C 1BVKC 3SN6R 1HSWA 1HNLA 1REZA 5KXXA 2YBLA 3AZ7A 2XBRA 2HUBA 1JJ3A 1LGUA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 1G7I C;  1LZB A;  259L A;  2DQF C;  3A67 Y;  3DN4 A;  1OV7 A;  3DMV A;  1JKB A;  1LZY A;  1YAP A;  2BQG A;  1HC0 A;  1NF5 A;  4H9F A;  1YQV Y;  4I0C A;  1QTC A;  3RT5 X;  5B06 A;  2EPE A;  255L A;  4X3B A;  4H8X A;  4OOT A;  3LN2 A;  163L A;  4LFX A;  1RE2 A;  3AGI A;  1L87 A;  1LI2 A;  191L A;  1FLY A;  1NDM C;  1P2R A;  240L A;  4I7P A;  1A4V A;  4NHS A;  162L A;  3TMV A;  1L12 A;  223L A;  1IWY A;  1YL0 X;  4XN6 A;  2BQE A;  4WO9 A;  177L A;  183L A;  1CTW A;  1WQQ A;  1LMT A;  1P46 A;  1LHK A;  1P7S A;  4WM1 A;  1LYJ A;  3SB7 A;  230L A;  4H94 A;  4CFP A;  2ZNX Y;  3CT1 A;  218L A;  2L78 A;  1QT5 A;  1L50 A;  1GD6 A;  3HDF A;  4TUN A;  127L A;  1C6M A;  4I7T A;  1D6Q A;  103L A;  219L A;  4TWS A;  4LYT A;  5FEK A;  135L A;  5II3 A;  4B49 A;  3ATN A;  4ET8 A;  3GUO A;  5B1G A;  1GFV A;  4GLV A;  1L67 A;  4WG1 A;  5LAF A;  1IY3 A;  3EXD A;  1GDX A;  227L A;  4W51 A;  2Q9D A;  160L A;  1LJE A;  1DYF A;  1JKC A;  1L04 A;  115L A;  1LMO A;  175L A;  133L A;  4IJ4 A;  2BQH A;  1B9O A;  1C68 A; 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