4GCFA

Room temperature x-ray diffraction study of a 6-fold molar excess of a cisplatin/carboplatin mixture binding to hewl, dataset 4
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
publication title The crystal structure analysis of the relative binding of cisplatin and carboplatin in a mixture with histidine in a protein studied at 100 and 300 K with repeated X-ray irradiation.
pubmed doi rcsb
total genus 48
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2012-07-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4gcfA00
3KAMA 1D9UA 1LHJA 1LMPA 1GF3A 4OWCA 1BB6A 1SQ2L 1WQQA 1IWTA 1LCNA 2DQGY 3A8ZA 2HEFA 1XGPC 3CB7A 5LXWA 5LYTA 1LSAA 5T3FA 5I4XA 1GBSA 5M1YA 1GB7A 1UIEA 1INUA 1IO5A 2Q0MX 5HMVA 3P66A 5APDA 4GCCA 4DD7A 5KXPA 1NBZC 1PZYA 1REMA 1DI4A 3T6UA 1UIGA 4BAFA 1GAZA 1GD6A 4OWBA 1NMMA 4HTQA 1KXWA 1OUDA 1WQNA 1JHLA 1YKZX 2ZQ3A 5FHWA 4NHSA 1DQJC 2FYCA 4UWNA 4DT3A 4WG7A 1JKDA 4CFOA 5IELA 1EQ4A 4C3WA 1LHHA 4NGJA 4ETCA 1REXA 4H1PA 1G7IC 4H94A 2BLYA 3EBAB 4H8XA 1BWIA 3ULRA 3GXRA 5LVGA 3P64A 5FSTA 1JWRA 5KY1A 1JTPL 1LJ3A 2DKVA 4ZEEA 4L41A 1LZDA 2XBSA 1DI5A 2YSSC 1BB3A 1IOQA 2I6ZA 1XEJA 1IP5A 1IWVA 1J1OY 1QUSA 154LA 1BVXA 4GN4A 4NG1A 1DKKA 1CKCA 5KXNA 1D6QA 2BPUA 3W6DA 1HC0A 2YBIA 1LZRA 3G3AB 4PGJB 4GCDA 5I53A 1FLQA 1HMLA 135LA 1RCMA 1VATA 1LZ8A 3WW5A 4H9HA 4QGZA 1NKHA 2ZQ4A 4NWEA 4BAPA 8LYZA 3CT0A 3WVYA 4B0DA 1J1PY 2N5ZA 4TX7A 4A7DA 5D5CA 3HBEX 2BLXA 4G49A 4NSJA 5L9JA 4QDNA 5LINA 3AW7A 1LYZA 1LHLA 2Z39A 1J1XY 4N8ZA 1OP9B 1LMAA 3AYQA 5LA5A 1UIFA 1UUZC 1HHLA 2H9JA 3T36A 1C08C 1LZ6A 2CGIA 5LAFA 3A93A 4B4JA 1HNLA 5KXWA 9LYZA 4B49A 2FBBA 2F4GA 5KXLA 3LN2A 1IEEA 1IP7A 1JJ0A 1LZTA 1WQPA 3A96A 3A92A 3EO5A 3IJUA 4IJ4A 1HSXA 1IR8A 4GCFA 4N0JA 4N1CC 4ANRA 4NGZA 1LZ5A 3AW6A 1YAPA 2ZILA 2HUBA 3N9AA 3QE8A 4NWHA 3TMXA 4RLNA 4ET8A 2DBTA 1IC5Y 1GB0A 1GPQC 4TSBA 4XJDA 4YENA 1GF9A 4H9CA 3WU9A 2YBJA 1FN5A 1V7TA 1YAQA 2YDGA 1REZA 1UIDA 2CDSA 4XN6A 5KXZA 3AB6A 3M3UA 1LZEA 1YIKA 2G4PA 5IDDA 1CKHA 4EOFA 2BQMA 1IWYA 1IC7Y 3AGGG 1BVKC 5IHGA 1F10A 2BQJA 1QQYA 2EKSC 3W6BA 4XJBA 4ETDA 4DD1A 1GEVA 4NFVA 1LHMA 2BQDA 1H6MA 3TXFA 5KJ9A 1FLUA 1VAUA 3WXTA 3A91A 4ETEA 2HECA 1JITA 3B72A 1GAYA 2MEFA 3TMUA 3HFMY 1GXV2 1VDTA 1VDQA 5LVIA 1OUEA 6LYZA 4OW1A 1A2YC 3A34A 1LJJA 4RW2A 1I56A 3WW6A 1KIRC 3GXKA 1DZBX 4HPEA 3EMSA 3F6ZA 4C5FA 1RE2A 2HEEA 4WLXA 1OUAA 3W3EA 1GFAA 4PHIA 4WLTA 3WYHA 1IP4A 1HF4A 1GDXA 3A95A 4PPOA 4WL7A 1LZCA 2C8OA 2HEBA 4ML7A 2MEEA 4X3BA 4NGVA 1LKSA 2BQLA 2MEDA 3AGHA 3WPJA 1WVVA 3WULA 5KXOA 1TAYA 1UICA 1ALCA 5A3EA 1GF8A 1B5YA 1GBOA 3D9AC 2I25L 1F0WA 1BB5A 2ZIJA 1LHIA 1DI3A 4HV1A 3TXJA 1JISA 4HPIA 2DQEY 5B59A 4XYYA 4WM1A 5LYMA 2BQBA 1F6RA 4N5RA 5LVJA 5LVHA 1QDTA 1FLYA 1YILA 1CNSA 1LJHA 4OOOA 4RW1A 2VB1A 194LA 1IOSA 1GFUA 1JPOA 4PJ2C 2G4QA 1HEWA 4DDCA 4Z46A 2ZYPA 4DC4A 3TXBA 1YQVY 1GBWA 4ZIXA 1BWJA 4B1AA 1GF6A 2NWDX 1QUTA 5B05A 4DD9A 3WUAA 1ZVYB 2D4IA 3ZVQB 4WL6A 3AZ5A 1FKQA 2DQHY 1NWGA 1VDSA 4W96A 4R6CA 1NF5A 3BKHA 2RSCA 3WH1A 1LZ1A 1GDWA 1YL0X 1WTNA 5KXYA 3A67Y 1AT6A 1LZNA 1YAOA 3WVXA 4DDAA 1JSFA 2D6BA 3J4GA 4J1AA 4H91A 4TWSA 4CHXA 1VFBC 1IWZA 4HJYA 4DDBA 2XTHA 5HNCA 1GE0A 1OUBA 3TXGA 2WARA 4AGAA 1B7SA 3ATOA 1N4FA 3AZ6A 4QEQA 2F2NA 4WM6A 4M4OA 4J0LA 1LAAA 1UACY 4FJRA 1LYOA 1NQIA 1WQMA 1LYSA 1ZV5L 2BQKA 3B6LA 4LT2A 4NGYA 2W1YA 4P2EA 3AZ4A 4FDYA 2CWIA 3LYTA 4GLAA 7LYZA 1KIPC 4WMGA 5HQ1A 3CSZA 2D91A 1D0KA 1LSNA 1IP1A 1B9OA 2XBRA 5B1GA 1Z55A 1B5UA 5C6JA 3M18B 1B0DA 1GF7A 1WTMA 3CT1A 2GV0A 1JKCA 1B7MA 1FLWA 1LZ9A 1LMQA 1W6ZA 3A94A 5L3IA 5DN5A 1HELA 1HSWA 3K3TA 3P4ZA 1G7MC 1EQEA 2BAAA 1UIAA 4TSCA 1GE4A 1TEWA 2LHMA 1JIYA 2LYOA 4KXIA 4WM3A 3SP3A 1IORA 3BKVA 1B7RA 3G3BB 2BQNA 4H9EA 3LZ2A 4YEOA 1HEMA 153LA 3CT5A 4UWVA 4DD0A 2CJLA 6LYTA 1DXJA 1OUCA 1HERA 5FELA 1I20A 1GB2A 1HEQA 4WLYA 1C45A 5J7CA 5K7OA 3D3DA 3E3DA 5ILFA 2YVBA 4NEBA 4XJIA 3LYZA 1CKGA 3A90A 3LZTA 2C8PA 4PRQA 1RJCB 1LJNA 4WO9A 4DYGA 4G4BA 2YBHA 3QNGA 1UC0A 4LYCA 4HP0A 1C7PA 4CGEA 2BQCA 1KXYA 4LT0A 1VEDA 5JENB 3A6BY 4DD2A 5DN4A 2Z18A 4O34A 1IOTA 5E4PA 2BQOA 1T6VL 3W6AA 1LOZA 1XFPL 2IFFY 4B4IA 4HV2A 3TXKA 1YKYX 4Z3MA 2W1LA 5LIOA 2HU3A 2LYMA 1XEIA 1OQMA 1REYA 1CKFA 2A7FA 4WG1A 1HENA 4YM8A 2MEIA 2YBMA 1IP2A 2B5ZA 2DQJY 3LYOA 4D9ZA 2LZTA 3W6CA 4GCBA 3W6EA 2BQIA 2HU1A 3HBHA 4BADA 2BQFA 4UWUA 1YL1X 3CSRA 5HNLA 134LA 1GFHA 2A7DA 4H8ZA 3WUMA 2DQAA 4NGKA 1IY3A 5C6LA 4J1BA 1QSAA 1G7HC 3ZEKA 3LYMA 1LSMA 1TDYA 1LSBA 4TUNA 4LYMA 4B4EA 5FEKA 1BWHA 4I8SA 2EQLA 1A4VA 4OWAA 1LMOA 2EIZC 4LFPA 4II8A 4NG8A 1CJ9A 207LA 4MR1A 1XGUC 1LJGA 2Z38A 1P2CC 3OK0A 5F9UA 5FCPA 3TMWA 5LVKA 4ETBA 1IX0A 4LZTA 1UA6Y 1CJ6A 4RLMA 1JKAA 5C6IA 3WUNA 1EL1A 2AUBA 1NDMC 5LYZA 5D5FA 4KL7A 2X0AA 1QIOA 1WVUA 1IP3A 1TCYA 3IJVA 1AZFA 1IR7A 4NSIA 4NSGA 1B5WA 1GXXA 3EXDA 1JKBA 4WM2A 1JUGA 1OUFA 1QDRA 4XJFA 1G7JC 1F6SA 5E9RA 1B7QA 5DL9A 5F16A 1T3PA 2F30A 3TMVA 1G7LC 4G4CA 4OOTA 1GWDA 1LHKA 3ZVQA 4QY9A 5KKIA 1GFJA 1GFRA 1GBYA 1GF0A 1IIZA 4HJZA 4WM5A 5KXSA 3B0IA 1LSDA 4N9RA 5APFA 1QTKA 1JEFA 2ZNXY 4LYTA 3RU5A 4EMNA 4KPMA 1YANA 3TXDA 3TXEA 1GB6A 2MECA 133LA 5DM9A 2DQCY 5A3ZA 4HSFA 5KXRA 1MLCE 1QTEA 1LZYA 1NHEA 3W6FA 2Y8PA 1O23A 1ZVHL 1DPXA 1GFVA 1GFEA 5L3HA 2ZNWY 5LA8A 4H8YA 5I54A 1IC4Y 4W94A 4NSHA 1GBZA 1MELL 1HMKA 1OUGA 1GFTA 1IWXA 1UCOA 1LSFA 1OUIA 3AJNA 3J6KA 3N9CA 1LTMA 2FYDA 3P68A 1IVMA 1LSGA 1JTTL 2F4AA 4RDSA 5ILCA 2ZYCA 2D4KA 1E8LA 1GBXA 1VDPA 4LT1A 4XJHA 2MEGA 3FE0A 4H9FA 4H92A 5II3A 3RZ4A 4NGLA 3WL2A 3WMKA 1D0MA 1AKIA 2XJWA 1GEZA 5KXMA 1RFPA 2IHLA 1LMTA 1JJ3A 1NDGC 4HJVA 1IWWA 1WQOA 4KT3A 4MSTA 3WPLA 3B0OA 3WU8A 1B7PA 5KKJA 1LZSA 1DPWA 3B0KA 4AXTA 1LKRA 4WLDA 2HEDA 2ZIKA 1GF4A 4IATA 4NHIA 2Z2EA 3WU7A 1B2KA 2MEHA 5B1FA 1KIQC 4R0FA 1CJ7A 2BQAA 1GB3A 1GE2A 5B06A 4H9BA 1FKVA 2BQHA 4GCEA 2EPEA 1LPIA 5KXXA 4ET9A 1GHLA 1SLYA 4NGWA 3VWOA 1DKJA 1JJ1A 2DQDY 4HTNA 1LJKA 3OJPA 5I4WA 1ZMYL 2HTXA 4XADA 4YOPA 1B7NA 1GF5A 1LZAA 3AGIA 5HMJA 1OUHA 4J7VA 1NBYC 1B5ZA 1GFKA 1GB5A 1HEPA 2I26L 3IWRA 3QY4A 1IWUA 1D6PA 1HFYA 3A6CY 4GLVA 4NGIA 5APCA 5AMYA 4M6DA 5F81A 1JTOL 1UIHA 1BB7A 4NHQA 5HLLA 5DLAA 1GFGA 2PC2A 4LFXA 4GN3A 4YEMA 1BQLY 1RI8B 4G4HA 4DD3A 1PS5A 2H9KA 1LYYA 1TBYA 1YKXX 4LGKA 3A3RX 5LAGA 3TXIA 1FDLY 1V7SA 4E3UA 5F9XA 4H93A 4NIJA 4WO6A 1IP6A 1LSPA 1C10A 1BGIA 1LMCA 4XENA 3WXUA 1XSFA 2BQGA 4NHTA 5F14A 1BHZA 2W1MA 1LZBA 1B7LA 4NY5A 1UBZA 2FBDA 4OWHA 4U3XB 3RW8A 4ETAA 1XGRC 4LYOA 4LYBA 4GN5C 4H90A 2Z37A 2Z19A 5KXTA 1CKDA 1W08A 1LSEA 1AT5A 4Z98A 4ZFPA 3CQLA 4H9AA 1D0LA 2BQEA 3ATNA 3AZ7A 1LJIA 1AM7A 1JSEA 1OUJA 4MCKA 1YROA 1HEOA 2Z12A 3FI7A 4G9SA 5FDJA 5I5QA 1QSWA 4OWEA 3RT5X 4CFPA 1B5XA 1B5VA 1LSZA 1B7OA 1LZ4A 1KXXA 1XEKA 5I4YA 5KXKA 1IY4A 4CJ2A 4LYZA 2YBNA 3P65A 4I0CA 1EQ5A 5EBHA 4TTDA 2W1XA 1LMNA 1XGQC 2MEAA 3TXHA 4Z41A 3A3QA 3CSQA 1HFXA 2D4JA 4NGOA 3RNXA 1IOCA 193LA 4YF2A 3MGWA 4NHPA 5B07A 2Z2FA 1YAMA 4HTKA 1LSYA 1BB4A 1WQRA 3HBDA 2DQIY 2MEBA 1XGTC 1LJEA 4LT3A 1I1ZA 2G4NA 2YBLA 1UIBA 1LSCA 2H5ZA 4DWXA 1C43A 4H9IA 4WM4A 4IASA 4PRUA 1GB8A 2LZ2A 1GE1A 208LA 1C46A 2LYZA 4BS7A 1H87A 4XJGA 5APEA 1GB9A 1LJFA 3LHMA 1HFZA 2DQFC 4N1EI 1LZGA 2HEAA 3WPKA 2ZWBA 1FBIX 132LA 3N9EA 1CJ8A 1LJ4A 1IR9A 1GE3A 4WOAA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3KAMA 1L75A 3DMVA 1BB6A 1LLHA 1SQ2L 1WQQA 1IWTA 1LSAA 5I4XA 5M1YA 3HUAA 1UIEA 2Q0MX 1LGWA 4GCCA 1QT3A 1DI4A 206LA 1NMMA 1YKZX 2FYCA 176LA 1QTCA 184LA 201LA 220LA 1B6IA 4CFOA 4NGJA 4H94A 5FSTA 1IOQA 1XEJA 1IP5A 1IWVA 4GN4A 260LA 5KXNA 186LA 2O79A 3G3AB 4GCDA 1FLQA 1HMLA 1LZ8A 8LYZA 4B0DA 4A7DA 4TX7A 5L9JA 5LINA 258LA 180LA 2B74A 1UUZC 1HHLA 2H9JA 2CGIA 4AQNA 5LAFA 1JQUA 1L06A 9LYZA 2FBBA 2F4GA 3LN2A 1IP7A 4IJ4A 3HTDA 1JTMA 4NGZA 1L33A 2HUBA 2OE7X 4XJDA 4TSBA 149LA 1GF9A 2LCBA 236LA 5IDDA 3FADA 3AGGG 3PDSA 1L05A 3G3XA 1QS9A 4NFVA 1VAUA 3WXTA 3B72A 2OE9X 2MEFA 1L35A 1SWZA 6LYZA 4DJHA 3GXKA 3HTGA 109LA 3F6ZA 4C5FA 4WLXA 5LZMA 3W3EA 4EXMA 1LYGA 3A95A 1G0PA 2B7XA 4X3BA 4NGVA 3AGHA 1L83A 4I7RA 107LA 1OV7A 1LHIA 235LA 4EJ4A 3TXJA 1JISA 4HPIA 4XYYA 5LYMA 171LA 1F6RA 4N5RA 142LA 256LA 1FLYA 1CNSA 194LA 1GFUA 1L64A 122LA 1L10A 3HH3A 2ZYPA 1DYCA 4ZIXA 1BWJA 2B70A 3WUAA 2D4IA 188LA 4WL6A 1CU5A 1FKQA 228LA 2DQHY 1VDSA 4W96A 1NF5A 3WH1A 4EKRA 1WTNA 4DDAA 1AT6A 3WVXA 246LA 3J4GA 253LA 1C6PA 5HNCA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3KAM A;  1D9U A;  1LHJ A;  1LMP A;  1GF3 A;  4OWC A;  1BB6 A;  1SQ2 L;  1WQQ A;  1IWT A;  1LCN A;  2DQG Y;  3A8Z A;  2HEF A;  1XGP C;  3CB7 A;  5LXW A;  5LYT A;  1LSA A;  5T3F A;  5I4X A;  1GBS A;  5M1Y A;  1GB7 A;  1UIE A;  1INU A;  1IO5 A;  2Q0M X;  5HMV A;  3P66 A;  5APD A;  4GCC A;  4DD7 A;  5KXP A;  1NBZ C;  1PZY A;  1REM A;  1DI4 A;  3T6U A;  1UIG A;  4BAF A;  1GAZ A;  1GD6 A;  4OWB A;  1NMM A;  4HTQ A;  1KXW A;  1OUD A;  1WQN A;  1JHL A;  1YKZ X;  2ZQ3 A;  5FHW A;  4NHS A;  1DQJ C;  2FYC A;  4UWN A;  4DT3 A;  4WG7 A;  1JKD A;  4CFO A;  5IEL A;  1EQ4 A;  4C3W A;  1LHH A;  4NGJ A;  4ETC A;  1REX A;  4H1P A;  1G7I C;  4H94 A;  2BLY A;  3EBA B;  4H8X A;  1BWI A;  3ULR A;  3GXR A;  5LVG A;  3P64 A;  5FST A;  1JWR A;  5KY1 A;  1JTP L;  1LJ3 A;  2DKV A;  4ZEE A;  4L41 A;  1LZD A;  2XBS A;  1DI5 A;  2YSS C;  1BB3 A;  1IOQ A;  2I6Z A;  1XEJ A;  1IP5 A;  1IWV A;  1J1O Y;  1QUS A;  154L A;  1BVX A;  4GN4 A;  4NG1 A;  1DKK A;  1CKC A;  5KXN A;  1D6Q A;  2BPU A;  3W6D A;  1HC0 A;  2YBI A;  1LZR A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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