1PQDA

T4 lysozyme core repacking mutant core10/ta
Total Genus 62
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
62
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPIYDSLDAVRRAALVNLIFQIGETGAAGFTNSLRYLQQKRWDEAAVNFAKSRWYNQTPNRAKRIITVFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
publication title Repacking the Core of T4 Lysozyme by Automated Design
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 62
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2003-06-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1pqdA00
3RUNA 1L44A 3C82A 1CV6A 1PQDA 4EKRA 1L29A 3DKEX 1JQUA 3HT9A 1KY1A 1L20A 1L85A 4GBRB 199LA 2Q9EA 189LA 209LA 1CV5A 190LA 244LA 1CV3A 1L68A 173LA 1L91A 1L39A 1L90A 1P3NA 1L96A 2ANVA 221LA 128LA 1C66A 1L07A 237LA 183LA 3DN0A 180LA 7LZMA 2O4WA 3GUJA 1D3NA 4IAPA 1P46A 232LA 107LA 3CDQA 2LZMA 3VW7A 1C67A 2HUMA 1L25A 185LA 1P64A 1CU0A 246LA 152LA 3F9LA 4W52A 4I7KA 4ZPUA 126LA 3CDTA 3HTBA 1L36A 201LA 1QTHA 2OTZX 1KS3A 2RH1A 4YXAC 3DMVA 2A4TA 1KY0A 120LA 4W59A 115LA 2B6XA 156LA 1PQIA 1C6BA 3SB7A 3HUAA 4ARQA 1CV1A 1D3FA 1L99A 1L33A 3QAKA 4ARMB 3DNAA 1L93A 4I7RA 1LI2A 1L47A 1L38A 2Q9DA 176LA 1C6AA 258LA 1QTZA 4I7TA 1L35A 250LA 1L86A 131LA 1KNIA 1C6TA 1L98A 4ARJA 4EJ4A 3GUMA 1XJUA 3DMXA 1L40A 5I14A 178LA 122LA 2RBPA 1L49A 3FADA 1LYFA 111LA 1L55A 230LA 1CTWA 1C6JA 1P36A 1LLHA 3C7WA 2F32A 1L15A 1L76A 3SBBC 259LA 1LYHA 1SWYA 260LA 1LGUA 222LA 2RB1X 1LYIA 1QS9A 195LA 1L71A 4GRVA 1G07A 130LA 113LA 1CU2A 1CX7A 1L11A 1OWYA 3GULA 1QSBA 3NYAA 1QT8A 1G0MA 139LA 1L21A 1XEPA 1CV0A 1PQKA 1L81A 3LZMA 4PK0A 4W58A 2RB2X 241LA 1C63A 224LA 223LA 215LA 1L16A 1C6EA 1I6SA 2RBQA 2B6TA 4YX7C 151LA 1L72A 1G0KA 3SB5A 1L67A 2B74A 3C7YA 1CUQA 1K28A 3HT8A 1P2LA 1QTVA 218LA 4OO9A 170LA 1L52A 2F2QA 1L48A 1L94A 1L43A 254LA 3G3WA 1OV5A 3HH6A 1L30A 192LA 1L05A 3HU9A 1C6KA 1L24A 123LA 168LA 4EKPA 256LA 1DYCA 239LA 1C64A 4LDEA 1ZURA 1L83A 3FA0A 1C6QA 206LA 213LA 1L82A 1L45A 1QT4A 3L2XA 1L13A 1XJTA 108LA 188LA 1JTMA 1P2RA 138LA 1SWZA 2LCBA 1C69A 157LA 1C60A 1CX6A 3DN2A 1C6LA 158LA 1CUPA 1LWGA 3HTFA 1L14A 2OU8A 3NY8A 3SB8A 104LA 3DN3A 1L42A 1L37A 3V2YA 140LA 4EPFA 2OE7X 3CDOA 210LA 109LA 1LYDA 1T8AA 3HDFA 3UONA 4W54A 174LA 1B6IA 1DYGA 4I7SA 248LA 2RAZX 227LA 4ARLA 1JTNA 3HUKA 196LA 1G0PA 127LA 247LA 3HDEA 1OVJA 3HTGA 3SB6A 243LA 1L23A 4EPIA 1G0LA 4I7NA 1L12A 1L61A 3F8VA 1P5CA 1SSWA 3ODUA 219LA 235LA 1QTBA 2O7AA 1SX2A 1DYEA 3GUKA 1C6PA 3CDVA 1C61A 4W51A 253LA 1C6CA 1QT7A 150LA 2OU9A 1QT5A 2LC9A 2QB0B 2NTHA 1DYAA 3SBAA 1EPYA 1L10A 234LA 231LA 1L06A 2O79A 1D2YA 3JR6A 3PDSA 4W55A 1DYDA 1L63A 2L78A 217LA 2F47A 3C80A 1L59A 3HWLA 1C68A 1NHBA 2B6WA 2RB0X 1L73A 261LA 1T97A 2RBOA 3FI5A 4DAJA 2B70A 1L69A 149LA 182LA 251LA 4DKLA 110LA 2OEAX 187LA 4EKSA 1LPYA 4I7MA 137LA 2Z6BA 4K5YA 4PJZA 3HUQA 3C8SA 1L58A 1L51A 233LA 3C83A 1L74A 1L62A 3DN8A 1DYBA 1L87A 1L64A 1P37A 191LA 2OU0X 1P56A 1D9WA 2OTYX 2RBNA 238LA 1QUHA 198LA 1PQOA 1LW9A 166LA 4LDLA 129LA 2ANXA 3RZEA 257LA 102LA 1C6IA 245LA 4E97A 2B6YA 4W53A 2B73A 4I7QA 1L80A 1L66A 3EMLA 3CDRA 4ARPA 220LA 1L01A 4I7JA 1C6FA 1L77A 197LA 1L34A 225LA 255LA 1OV7A 1PQMA 141LA 1QUOA 4S0WA 159LA 1T6HA 4I7PA 143LA 1L88A 1LI3A 2B75A 1L54A 1C6DA 1L31A 214LA 1L18A 229LA 1OVKA 3NY9A 4I7LA 1OVHA 1G1WA 1G0GA 2QARC 1QUGA 2OE9X 2HUKA 1G1VA 240LA 3HH5A 1CU6A 3G3XA 1L65A 212LA 3HH3A 161LA 3V2WA 165LA 1L22A 103LA 1L27A 2OE4X 2B72A 249LA 1L97A 4LZMA 1L79A 1C62A 1C65A 1LYJA 1QTCA 147LA 1L03A 4ARMA 118LA 3G3VA 1QT6A 3C8QA 1KW7A 167LA 252LA 171LA 1D3JA 1PQJA 2NTGA 200LA 175LA 228LA 1G0QA 184LA 3HH4A 1L41A 1C6MA 1L0JA 5LZMA 211LA 4AQNA 4YXCA 1L17A 1WTHA 169LA 1D3MA 1G06A 1L50A 1LGXA 3GUPA 3L64A 3HTDA 1D2WA 1SSYA 205LA 144LA 3DN4A 1L92A 177LA 262LA 1CVKA 4W56A 1L95A 1L28A 2RBSA 162LA 1L32A 4EXMA 1C6GA 226LA 4I7OA 3K2RA 1SX7A 3C7ZA 164LA 1C6HA 1L26A 1OWZA 4LDOA 1LYGA 1QT3A 160LA 1T8GA 114LA 1CU5A 3HT6A 2RBRA 3GUIA 3GUNA 2B7XA 4ARQB 3DMZA 155LA 1OYUA 119LA 1T8FA 1L57A 3HT7A 112LA 1KW5A 1LGWA 3DN1A 1CU3A 142LA 1TLAA 3OE8A 216LA 4W57A 145LA 2IGCA 3OE0A 1CV4A 3D4SA 1L0KA 1QS5A 1L75A 6LZMA 172LA 242LA 1L60A 1QSQA 1L08A 1DYFA 148LE 1L00A 1L53A 1L56A 3PBLA 3SB9A 2CUUA 3OE6A 186LA 1L84A 1LYEA 1L02A 1L46A 1LWKA 3C81A 1L19A 3SN6R 4DJHA 1L70A 1QUDA 1P6YA 1L09A 236LA 2B6ZA 1C6NA 1ZYTA 3HU8A 3DN6A 1G0JA 3C8RA 163LA 4EKQA 1L04A 125LA 146LA 3GUOA 1QTDA 2RAYX 3OE9A 1P7SA 1L89A 1ZWNA 181LA 1LI6A 2HULA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3RUNA 3C82A 1LJNA 1IORA 1JSFA 1KY1A 1L85A 189LA 209LA 1CV5A 1UACY 1HERA 2BQIA 1L91A 4N8ZA 1L96A 1GB9A 1L07A 237LA 183LA 1UIBA 1B7PA 1GB8A 4IAPA 1YAQA 4GCDA 4LGKA 1OUDA 5I4WA 3VW7A 1C67A 2HUMA 1L25A 3TMXA 9LYZA 246LA 4XYYA 1KIPC 4I7KA 4ZPUA 1G7LC 2BAAA 2OTZX 5LA5A 5HNCA 6LYZA 4NSHA 2A4TA 3AW6A 3J4GA 1PQIA 3SB7A 2LZTA 3HUAA 1D3FA 2BQEA 1GE0A 4I7RA 1HFXA 1LSNA 2DKVA 4ET8A 2Q9DA 1C6AA 258LA 1QTZA 250LA 1KXXA 1C6TA 5FSTA 1IWYA 1L98A 2Z18A 2XBRA 4G4HA 3N9EA 3AJNA 5KXWA 4QEQA 3AB6A 1LYFA 1L55A 1LMNA 3C7WA 1B9OA 1GDWA 3TXKA 2DQHY 1LYHA 1SWYA 1LZCA 1LYIA 3SP3A 1QS9A 4XJBA 1L71A 113LA 1C46A 1L11A 1JSEA 4I8SA 4NSJA 4WG7A 1XGQC 1GB6A 4WL7A 1QSAA 139LA 1CJ6A 4DD3A 4NGZA 1CV0A 1D6QA 4W58A 5DL9A 4ET9A 4H9FA 2FBBA 1GFRA 1GFEA 1G0KA 3SB5A 3W3EA 2BQFA 1K28A 1BVKC 1LYSA 1P2LA 1LSPA 3D9AC 1J1XY 1Z55A 2HECA 1F10A 3EBAB 4Z98A 3WUNA 1OV5A 1UCOA 1XGRC 1LCNA 1L24A 1XGUC 2LZ2A 4H92A 5APEA 2D4IA 1DYCA 239LA 1ZURA 1L83A 3GXKA 5APDA 3E3DA 1LSCA 4U3XB 1JITA 1TAYA 1JIYA 4GCEA 2G4PA 1L13A 1XJTA 188LA 1JTMA 1P2RA 4TX7A 1C69A 158LA 4ZEEA 1GB2A 1BB3A 3ATNA 2OU8A 104LA 1SLYA 2W1XA 1L37A 1GHLA 1TEWA 1KXYA 3HDFA 2Z12A 2DQJY 1W08A 1YL1X 2BQMA 4R6CA 4ARLA 1JTNA 1QDTA 3EMSA 1TBYA 4WG1A 1L61A 5I53A 1SSWA 1QTBA 1SX2A 1DYEA 1C61A 2F4AA 4W51A 2NWDX 1C6CA 1QT7A 2OU9A 2QB0B 1D9UA 1C43A 3SBAA 1EPYA 4E3UA 231LA 1HEPA 1D2YA 2BQGA 4W55A 217LA 3WUAA 1L59A 4ML7A 3HWLA 1C68A 2B6WA 1L73A 1IWWA 1REMA 1IX0A 1DPXA 251LA 4DKLA 110LA 5F16A 1HFYA 4HTKA 2ZQ3A 2FBDA 5FELA 1LHJA 4NSGA 1DXJA 1L64A 5C6JA 191LA 1P56A 2HEBA 238LA 1PQOA 4HSFA 3G3BB 3W6EA 166LA 1YROA 3LYZA 2HEEA 1XGTC 245LA 3HBEX 4DC4A 4ARPA 220LA 1L01A 1L77A 1WQNA 1IR8A 1OV7A 1PQMA 2BPUA 4GCCA 1NF5A 1QUOA 159LA 1CJ9A 143LA 1L88A 2F2NA 1INUA 2BLYA 3WMKA 5KXMA 1JJ0A 4LYBA 1L18A 1JUGA 4KPMA 1YKXX 4I7LA 1OVHA 1WQRA 4NHPA 4PGJB 1OUBA 2HUKA 1LKRA 3A67Y 1L65A 1LMOA 2HEDA 1UBZA 1YQVY 3V2WA 1L22A 103LA 1L27A 4N5RA 1IWTA 1C62A 1C65A 3VWOA 147LA 1V7SA 3W6DA 2EIZC 2ZNXY 171LA 1D3JA 1PQJA 2NTGA 4IATA 175LA 1CKCA 228LA 1QDRA 1L0JA 1WTHA 1GF9A 3HFMY 1G06A 1L50A 1LGXA 3GUPA 1D2WA 3DN4A 3WW5A 5KXRA 177LA 5I4XA 4W56A 1L28A 2VB1A 5F9UA 4NGIA 1XFPL 1L26A 4HJZA 1GAZA 1JISA 3LYOA 5LVGA 3HT6A 2EQLA 2RBRA 1VEDA 4ARQB 1FLWA 3WVYA 119LA 3B6LA 1CU3A 1TLAA 1B7SA 4XJDA 153LA 5APCA 1T3PA 4DDCA 2DQIY 1L0KA 1QS5A 4B0DA 3QNGA 242LA 4HV1A 3P68A 4GN3A 3B0IA 4TSCA 3J6KA 1L84A 1LYEA 2W1LA 2Z19A 1AKIA 4H9IA 1L19A 1L70A 1IP6A 2ZILA 5IDDA 4QGZA 4OWAA 1LZ6A 4EKQA 1L04A 1BB4A 146LA 1KXWA 1P7SA 4KT3A 1LYYA 3CT1A 1ZWNA 1FDLY 181LA 1QSWA 3BKVA 2HULA 4J1AA 1L44A 1CV6A 1MELL 3DKEX 1YKYX 1GFUA 5FDJA 199LA 1OUCA 5A3EA 244LA 1B7RA 1L68A 1QUSA 128LA 3P65A 1OP9B 1C66A 1XEJA 3DN0A 4WM4A 1D3NA 1P46A 232LA 1JKAA 3CDQA 4C3WA 185LA 2CWIA 1CU0A 126LA 1KIRC 1A4VA 1L36A 5FEKA 201LA 1KS3A 3B0OA 1GAYA 1A2YC 4CJ2A 4D9ZA 4WM2A 115LA 4LZTA 6LYTA 2B6XA 156LA 1IOQA 1C6BA 1I56A 1LZ1A 1GBZA 4ARQA 2X0AA 2GV0A 4ARMB 4HPEA 5HMVA 4RW2A 4DD0A 1GF3A 2BQKA 1L86A 2Z39A 131LA 5KXOA 1KNIA 2PC2A 1BB7A 1LAAA 1LJHA 1HMKA 4LFPA 1XJUA 3DMXA 2ZNWY 3AZ4A 122LA 3FADA 4XN6A 1D0LA 1OUGA 1C6JA 2F32A 1LZ5A 2LHMA 1L76A 3SBBC 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3RUN A;  3C82 A;  1LJN A;  1IOR A;  1JSF A;  1KY1 A;  1L85 A;  189L A;  209L A;  1CV5 A;  1UAC Y;  1HER A;  2BQI A;  1L91 A;  4N8Z A;  1L96 A;  1GB9 A;  1L07 A;  237L A;  183L A;  1UIB A;  1B7P A;  1GB8 A;  4IAP A;  1YAQ A;  4GCD A;  4LGK A;  1OUD A;  5I4W A;  3VW7 A;  1C67 A;  2HUM A;  1L25 A;  3TMX A;  9LYZ A;  246L A;  4XYY A;  1KIP C;  4I7K A;  4ZPU A;  1G7L C;  2BAA A;  2OTZ X;  5LA5 A;  5HNC A;  6LYZ A;  4NSH A;  2A4T A;  3AW6 A;  3J4G A;  1PQI A;  3SB7 A;  2LZT A;  3HUA A;  1D3F A;  2BQE A;  1GE0 A;  4I7R A;  1HFX A;  1LSN A;  2DKV A;  4ET8 A;  2Q9D A;  1C6A A;  258L A;  1QTZ A;  250L A;  1KXX A;  1C6T A;  5FST A;  1IWY A;  1L98 A;  2Z18 A;  2XBR A;  4G4H A;  3N9E A;  3AJN A;  5KXW A;  4QEQ A;  3AB6 A;  1LYF A;  1L55 A;  1LMN A;  3C7W A;  1B9O A;  1GDW A;  3TXK A;  2DQH Y;  1LYH A;  1SWY A;  1LZC A;  1LYI A;  3SP3 A;  1QS9 A;  4XJB A;  1L71 A;  113L A;  1C46 A;  1L11 A;  1JSE A;  4I8S A;  4NSJ A;  4WG7 A;  1XGQ C;  1GB6 A;  4WL7 A;  1QSA A;  139L A;  1CJ6 A;  4DD3 A;  4NGZ A;  1CV0 A; 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