1T8FA

Crystal structure of phage t4 lysozyme mutant r14a/k16a/i17a/k19a/t21a/e22a/c54t/c97a
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLALAAYADAAGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Alanine-scanning mutagenesis of the beta-sheet region of phage T4 lysozyme suggests that tertiary context has a dominant effect on beta-sheet formation.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
total genus 54
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2004-05-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1t8fA00
3GUOA 1LGUA 1L82A 149LA 191LA 2LCBA 3HTBA 4ZPUA 245LA 2B6YA 177LA 1C6QA 1CU3A 3DN6A 1SSYA 1L26A 4DKLA 2RBRA 2RB2X 1T8GA 2QB0B 3G3XA 6LZMA 1L70A 2OE4X 1OWYA 1QSQA 1L99A 1QTHA 2B7XA 1L01A 261LA 3SB6A 1I6SA 2OU9A 3FADA 1L56A 258LA 255LA 3HH4A 1P37A 1SSWA 4W59A 1C6CA 1G0MA 1L02A 1LWKA 4EPIA 237LA 3SBBC 3NY9A 1L0JA 1LYDA 226LA 4I7RA 2RH1A 1KY1A 2A4TA 1P6YA 1T6HA 4EXMA 3JR6A 126LA 4W52A 102LA 1QUDA 1L31A 1L83A 3SB9A 242LA 1PQOA 223LA 150LA 2LC9A 1LYIA 144LA 1DYEA 254LA 224LA 2B6TA 1C6NA 3D4SA 2QARC 3DN2A 174LA 1CVKA 1L29A 2F47A 1PQKA 3C81A 218LA 4OO9A 195LA 170LA 1L37A 220LA 3DMZA 3HTFA 3C7ZA 228LA 2HUKA 1G0QA 234LA 1C68A 109LA 1KW7A 1QT7A 4I7TA 2OTYX 3G3WA 152LA 253LA 1L48A 1L40A 3NY8A 1L75A 2Q9EA 1C60A 1QUHA 1QTBA 209LA 3RZEA 4ARPA 141LA 3DN4A 196LA 3C7WA 2HULA 3OE6A 4LZMA 3DN0A 243LA 175LA 1P7SA 1CV0A 2RBSA 4ARQA 2IGCA 212LA 3C83A 1P3NA 1JTNA 3HH6A 199LA 3GUNA 1CX7A 4I7LA 3DNAA 1L24A 131LA 157LA 1LGXA 3HTDA 1L74A 142LA 163LA 1TLAA 4GRVA 1L95A 1L71A 2B6WA 2RAZX 159LA 1G0KA 1C66A 1L08A 1L09A 1WTHA 1XJUA 1C6JA 2B73A 2RBOA 3L2XA 1L79A 205LA 216LA 1G0JA 3SB8A 198LA 189LA 4E97A 1L84A 1QT8A 1C6LA 4PK0A 1L96A 1L42A 186LA 5LZMA 4IAPA 1L81A 1L46A 2L78A 3C8SA 1B6IA 3FA0A 1L61A 3GUIA 1PQDA 1L35A 1PQMA 108LA 2O4WA 3GULA 3RUNA 1L69A 1C6MA 227LA 3DN3A 1OV5A 1CUPA 4I7OA 1L62A 240LA 2O7AA 230LA 4I7JA 110LA 4YXCA 1C6DA 1L25A 188LA 2RB1X 155LA 4W53A 115LA 1DYBA 1ZURA 138LA 2B75A 2Q9DA 161LA 1L54A 3OE9A 169LA 7LZMA 1LI3A 171LA 1QTVA 2RAYX 1QTCA 1G0LA 4W56A 1OWZA 3CDRA 3F8VA 1EPYA 1CUQA 125LA 1G1VA 147LA 160LA 3C8RA 4W55A 1L52A 1OVJA 3DMXA 1KS3A 3HU8A 1JQUA 1L80A 225LA 2NTHA 1L0KA 1LI6A 111LA 1QTZA 1L76A 1OVHA 1DYCA 4LDOA 3HUAA 1L87A 1QSBA 3V2WA 164LA 1L50A 1L16A 4I7QA 3G3VA 236LA 1C6PA 4LDLA 1L18A 1L14A 1L30A 3HWLA 200LA 1L60A 168LA 1QUGA 4W58A 1L57A 3C80A 4ARQB 3HT9A 3PDSA 1D3MA 2OE7X 4K5YA 1L32A 1L36A 4I7NA 1PQJA 1L11A 1CX6A 4EKSA 145LA 215LA 1P64A 1L04A 257LA 118LA 1T97A 1G07A 1DYAA 3DN1A 3GUJA 4I7MA 4ARMB 1C6TA 3LZMA 148LE 1ZWNA 172LA 119LA 259LA 1P46A 3CDVA 1C65A 1QT3A 113LA 2RBQA 143LA 114LA 140LA 2ANVA 1LW9A 1D2WA 1CV6A 252LA 187LA 1L55A 3C7YA 1L58A 1L51A 1CV3A 184LA 3QAKA 1QT5A 1L92A 1L23A 1NHBA 1L59A 3SB7A 1L86A 3OE0A 1KY0A 229LA 2Z6BA 1LLHA 3HH3A 3SBAA 5I14A 120LA 1L85A 1C6AA 1SX7A 2OEAX 4DAJA 4YXAC 1CU0A 197LA 1L72A 201LA 1CU6A 1CV1A 1CU2A 260LA 1LYEA 1D3NA 1C64A 1G06A 3ODUA 1L53A 130LA 241LA 1G1WA 1L10A 3CDQA 4I7KA 4DJHA 4I7SA 4ARJA 214LA 4EPFA 146LA 3VW7A 1L91A 1QTDA 3HU9A 1L43A 256LA 1G0PA 1C6BA 1L64A 1SWYA 1CV4A 3HT7A 1C69A 1L94A 4EJ4A 112LA 3HTGA 1OYUA 192LA 219LA 3HDEA 238LA 162LA 4S0WA 2OTZX 1D9WA 1L73A 1LPYA 3HDFA 1L05A 222LA 1C6GA 247LA 1L39A 1L90A 1T8FA 2HUMA 4LDEA 3UONA 1L49A 3GUKA 3GUPA 250LA 1LWGA 4PJZA 1C6FA 1L00A 2B70A 2F32A 1L45A 1L17A 1L65A 1SX2A 4ARLA 2OU8A 1L63A 233LA 1L67A 1C63A 1KNIA 3HT8A 1C61A 4GBRB 2B6ZA 3HUQA 1DYDA 2F2QA 1L27A 2RBNA 183LA 1QS5A 1L06A 3PBLA 3C8QA 1L66A 4EKRA 1OV7A 1T8AA 151LA 1K28A 1L88A 123LA 1L34A 4I7PA 4EKQA 1C6IA 167LA 1CV5A 248LA 1L97A 1L68A 1LYFA 3F9LA 1ZYTA 3L64A 1L28A 4W54A 210LA 1L33A 180LA 1L20A 1C6KA 1L38A 3GUMA 1P56A 3HT6A 1QT6A 1XJTA 206LA 1L77A 165LA 2CUUA 2OU0X 1QT4A 1L98A 3EMLA 122LA 1L22A 221LA 3DN8A 1JTMA 2RBPA 217LA 182LA 2B6XA 231LA 1L41A 156LA 185LA 129LA 2B72A 3FI5A 1D3FA 1L13A 251LA 1LYHA 249LA 3DKEX 1L07A 3SB5A 1L12A 4W51A 178LA 176LA 1SWZA 158LA 4AQNA 139LA 1XEPA 3CDTA 1G0GA 1C67A 1C6HA 1P2RA 2OE9X 127LA 181LA 3SN6R 1DYGA 4YX7C 104LA 1DYFA 3V2YA 1LYGA 103LA 1C62A 1OVKA 2O79A 3OE8A 1L93A 2RB0X 1P2LA 1L89A 4ARMA 3C82A 137LA 1CTWA 244LA 246LA 239LA 3HH5A 1L47A 3NYAA 1CU5A 1L15A 4EKPA 1L19A 232LA 1LGWA 1P36A 213LA 1L21A 128LA 2B74A 2LZMA 2ANXA 3HUKA 3CDOA 1QUOA 166LA 1P5CA 211LA 1LI2A 1L44A 1QS9A 173LA 1L03A 3K2RA 1C6EA 107LA 1PQIA 1D2YA 3DMVA 262LA 4W57A 1LYJA 190LA 2NTGA 1KW5A 1D3JA 235LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1KXYA 3A92A 1LGUA 1L82A 2MECA 4HP0A 191LA 1V7TA 3HTBA 1CU3A 2XBRA 2RB2X 4NEBA 3G3XA 6LZMA 1OWYA 1CKCA 6LYZA 1YKXX 3WXTA 1QTHA 1QTEA 5T3FA 3SB6A 3AZ5A 1ZVHL 1P37A 3AGGG 2MEFA 3N9AA 3HBHA 237LA 3NY9A 226LA 1SLYA 2DQFC 1T6HA 2PC2A 1UIBA 4Z46A 1LJGA 3JR6A 126LA 4W52A 5F81A 1L31A 223LA 1PQOA 2LC9A 4MR1A 1LYIA 2BQKA 2WARA 3DN2A 174LA 4AXTA 6LYTA 1UUZC 1KIRC 1CVKA 1L29A 4C3WA 1NKHA 3EMSA 2HUBA 3WW5A 1NDMC 4WM4A 1CJ7A 4PRUA 3C7ZA 1NWGA 5LVJA 2BQEA 1QDTA 1C68A 4WMGA 132LA 2BQFA 4GN3A 4NFVA 134LA 1D6QA 4N0JA 193LA 1L48A 2EKSC 1JUGA 209LA 4ARPA 1JPOA 5C6JA 196LA 1YKZX 3B0OA 1A2YC 2BPUA 3OE6A 3W6FA 4PPOA 1IY4A 4YM8A 243LA 2MEDA 2RBSA 4ARQA 3C83A 1RFPA 4WLXA 199LA 3GUNA 5L3IA 1CX7A 4NGJA 131LA 157LA 1VAUA 3HTDA 4J7VA 4E3UA 4GRVA 4YOPA 4BS7A 4H90A 1L71A 4LYBA 1LHJA 5I5QA 2DQEY 3CQLA 1JTOL 1WTHA 1XJUA 3LZTA 4CFPA 2RBOA 2ZIJA 4WM5A 205LA 1C7PA 1G0JA 4LFPA 198LA 1L42A 186LA 1BGIA 1LJJA 1B6IA 3FA0A 3GUIA 4MCKA 1PQDA 1L35A 108LA 2O4WA 1G7HC 4J1BA 227LA 1VDSA 1OV5A 1CUPA 4I7OA 2O7AA 230LA 1EQ4A 4YXCA 1C6DA 188LA 1C08C 1IR9A 4YEMA 115LA 1DYBA 1QDRA 4HJZA 3OE9A 1LZBA 7LZMA 171LA 2ZYPA 4N5RA 1QUSA 5JENB 4W56A 1G1VA 2I6ZA 4H91A 5C6LA 4HV1A 3DMXA 2BQBA 1EL1A 1AM7A 1H87A 1LI6A 1QTZA 4UWNA 2BQDA 4OWHA 3HUAA 4PJ2C 1QSBA 1CJ6A 1UIDA 4BAFA 3A6CY 1L16A 4RDSA 4TX7A 236LA 4LDLA 5FEKA 1L30A 4H9CA 1WTNA 1LMCA 1UIAA 200LA 4W58A 2X0AA 3C80A 4ARQB 3HT9A 3K3TA 5II3A 2OE7X 1L32A 1PQJA 2DKVA 145LA 1UBZA 1KIQC 4H9EA 3AJNA 3EXDA 1IEEA 1T97A 2HEEA 1GBOA 2BQNA 1DYAA 3GUJA 4ARMB 2HECA 172LA 1NMMA 1OUEA 259LA 1C65A 2ZNWY 1GBWA 3WU7A 143LA 114LA 3EO5A 194LA 252LA 187LA 1LSPA 2MEHA 2H5ZA 1L51A 2Z18A 184LA 3SB7A 2ZNXY 1CJ9A 2Z38A 3HH3A 3SBAA 1REZA 1BHZA 4D9ZA 1L85A 1C6AA 4LT2A 1CU0A 197LA 201LA 1CU6A 1LZRA 5D5CA 260LA 1B0DA 4NWEA 4J1AA 1E8LA 3WL2A 3ODUA 1L53A 1LHLA 4B49A 3CDQA 5ILCA 4YEOA 214LA 1LJNA 1HFZA 1LCNA 1GB0A 1FKQA 1XGUC 3MGWA 3EBAB 7LYZA 1LHHA 1C69A 1LZCA 112LA 4NGVA 3HTGA 3HDEA 238LA 2OTZX 1D9WA 3HDFA 5L3HA 2GV0A 1LMNA 4Z3MA 1D0LA 1VDQA 2BQJA 2HUMA 3GUPA 1OUGA 4LZTA 4PJZA 3RZ4A 1B5VA 3WPLA 1IP7A 1LAAA 1L17A 208LA 4ARLA 1XGRC 2B6ZA 5C6IA 3WVXA 4NGLA 3PBLA 2F4GA 1OV7A 154LA 1T8AA 5IELA 4U3XB 2FBDA 1GB8A 9LYZA 4I7PA 167LA 1CV5A 4GN5C 1LYFA 3L64A 1L20A 3GUMA 1L38A 4I0CA 1IWVA 4NSJA 4WM3A 3W6DA 1FBIX 2BQIA 1LZEA 1XJTA 5APDA 206LA 1D9UA 2HEAA 3SP3A 1LJHA 4N1CC 1QT4A 4WOAA 221LA 3D3DA 4OWAA 1IVMA 5LA8A 1D0MA 217LA 182LA 2VB1A 5APFA 231LA 3A93A 2BQLA 4NHPA 1CJ8A 185LA 1OUAA 2CWIA 5E4PA 1L13A 5LVGA 3G3BB 2BLXA 3AYQA 3SB5A 1T3PA 1B5YA 158LA 4AQNA 2Z2EA 1UIEA 1JEFA 4NSIA 104LA 3V2YA 4BADA 1LYGA 1OVKA 2O79A 4NHSA 4NG1A 244LA 1C46A 246LA 1XEKA 3FE0A 5I4XA 3A96A 232LA 1LGWA 213LA 1LSEA 4QGZA 3HUKA 4XYYA 3CDOA 4NGKA 1LOZA 211LA 1LI2A 1LSMA 5LXWA 3K2RA 1IWYA 190LA 1KW5A 1D3JA 235LA 3IJUA 1VATA 4B4JA 4XJFA 4DD2A 149LA 3TMUA 4EOFA 1OUDA 177LA 1JSEA 1B5XA 1RJCB 3DN6A 4DKLA 1L70A 4DQ7A 1IOTA 1QQYA 3BKVA 5FDJA 1L01A 2MEIA 261LA 2OU9A 4WM1A 3FADA 1Z55A 3HH4A 255LA 1GEZA 4W59A 4TWSA 1HFYA 1L02A 4EPIA 3AW7A 1CKFA 1VDTA 1F6RA 4RW1A 1LYDA 3TMVA 2MEBA 2ZWBA 3CT0A 2A4TA 4UWUA 4EXMA 3T6UA 1LZNA 1GFJA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1KXY A;  3A92 A;  1LGU A;  1L82 A;  2MEC A;  4HP0 A;  191L A;  1V7T A;  3HTB A;  1CU3 A;  2XBR A;  2RB2 X;  4NEB A;  3G3X A;  6LZM A;  1OWY A;  1CKC A;  6LYZ A;  1YKX X;  3WXT A;  1QTH A;  1QTE A;  5T3F A;  3SB6 A;  3AZ5 A;  1ZVH L;  1P37 A;  3AGG G;  2MEF A;  3N9A A;  3HBH A;  237L A;  3NY9 A;  226L A;  1SLY A;  2DQF C;  1T6H A;  2PC2 A;  1UIB A;  4Z46 A;  1LJG A;  3JR6 A;  126L A;  4W52 A;  5F81 A;  1L31 A;  223L A;  1PQO A;  2LC9 A;  4MR1 A;  1LYI A;  2BQK A;  2WAR A;  3DN2 A;  174L A;  4AXT A;  6LYT A;  1UUZ C;  1KIR C;  1CVK A;  1L29 A;  4C3W A;  1NKH A;  3EMS A;  2HUB A;  3WW5 A;  1NDM C;  4WM4 A;  1CJ7 A;  4PRU A;  3C7Z A;  1NWG A;  5LVJ A;  2BQE A;  1QDT A;  1C68 A;  4WMG A;  132L A;  2BQF A;  4GN3 A;  4NFV A;  134L A;  1D6Q A;  4N0J A;  193L A;  1L48 A;  2EKS C;  1JUG A;  209L A;  4ARP A;  1JPO A;  5C6J A;  196L A;  1YKZ X;  3B0O A;  1A2Y C;  2BPU A;  3OE6 A;  3W6F A;  4PPO A;  1IY4 A;  4YM8 A;  243L A;  2MED A;  2RBS A;  4ARQ A;  3C83 A;  1RFP A;  4WLX A;  199L A;  3GUN A;  5L3I A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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