1T8FA

Crystal structure of phage t4 lysozyme mutant r14a/k16a/i17a/k19a/t21a/e22a/c54t/c97a
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLALAAYADAAGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
publication title Alanine-scanning mutagenesis of the beta-sheet region of phage T4 lysozyme suggests that tertiary context has a dominant effect on beta-sheet formation.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 54
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2004-05-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1t8fA00
1C61A 1L59A 190LA 1L36A 2RB0X 2OU0X 1C68A 1L38A 2OEAX 2NTHA 4I7QA 1L58A 3RZEA 4ARPA 1C63A 1L65A 3CDQA 3HT8A 2B7XA 1L34A 240LA 1L43A 1C6BA 2B6ZA 233LA 1SX7A 1L04A 2HULA 1P37A 145LA 1C6IA 169LA 171LA 1LI3A 224LA 1L62A 1L24A 1DYAA 150LA 1QT5A 3FADA 1XJUA 1L84A 2B75A 4I7NA 215LA 1G0LA 2RBRA 1L40A 1C6KA 2RB1X 4EPIA 141LA 4W54A 164LA 1KY1A 253LA 1C6TA 1PQKA 3DMXA 3V2WA 1JTMA 3HWLA 1QT7A 3HTGA 4PJZA 2RH1A 235LA 1QSBA 1LI6A 4I7KA 230LA 1L08A 149LA 1L67A 1LYHA 3FA0A 173LA 2Q9EA 147LA 4PK0A 2RB2X 3V2YA 261LA 1L90A 250LA 1CUQA 130LA 247LA 216LA 1LI2A 3C83A 2B73A 4ZPUA 1LPYA 2OU8A 3UONA 4DJHA 3C7WA 3K2RA 2QB0B 146LA 3ODUA 223LA 3NY8A 102LA 1QTDA 1L28A 1L80A 3G3VA 1JQUA 1CU2A 2B6WA 1D3NA 239LA 1L06A 5LZMA 3HUKA 1P5CA 1LYEA 2L78A 3D4SA 3DN8A 3GUIA 258LA 1CV4A 2Z6BA 1L44A 245LA 4IAPA 3HT7A 1L73A 4EKRA 138LA 2LC9A 3SBBC 165LA 3GUMA 1L26A 1L00A 1QUHA 163LA 1SSWA 3C7YA 238LA 3DN3A 4EPFA 1OYUA 1EPYA 4GRVA 1OV5A 1D2YA 4E97A 1KY0A 1LW9A 3DKEX 3HTDA 168LA 254LA 148LE 1L37A 1P36A 120LA 178LA 1KW7A 1L22A 1L50A 1L21A 1G0KA 1LLHA 248LA 1G0PA 1LGXA 1SWYA 186LA 2Q9DA 3L64A 1L89A 4I7JA 4YX7C 112LA 1PQMA 129LA 1LWKA 255LA 3RUNA 3GUPA 4YXCA 1L03A 4EKQA 3LZMA 1G07A 4DKLA 166LA 161LA 1G0GA 241LA 1C6LA 4I7SA 3OE8A 1DYFA 110LA 1L09A 2O4WA 1L42A 231LA 2ANVA 1LYJA 1G0MA 109LA 1QTZA 3L2XA 2OE7X 3OE6A 2HUMA 3SB8A 1LYFA 2B72A 167LA 1G06A 201LA 4I7TA 2LZMA 1CTWA 191LA 159LA 3GUNA 3G3XA 1L31A 1QT8A 3C82A 2ANXA 4I7PA 3GUKA 3GUJA 1T8AA 4LDEA 1KNIA 2RAZX 3SB9A 3F9LA 1L97A 1QTVA 1L53A 1L13A 1DYCA 1L57A 180LA 3C8SA 3HUAA 4LDOA 175LA 1CVKA 1L91A 1L25A 227LA 1P2LA 170LA 4EXMA 237LA 1G0JA 225LA 111LA 260LA 3C81A 1SSYA 4AQNA 1L71A 1PQOA 1L01A 1L98A 1L88A 1C66A 3HT6A 1P7SA 3HUQA 1C60A 1L74A 119LA 125LA 1C69A 1L99A 214LA 2B70A 3CDRA 1L87A 1CU0A 1CUPA 1L94A 1NHBA 3OE0A 1L07A 1OV7A 234LA 1CU6A 3CDTA 1CV0A 3DN4A 3FI5A 1C6AA 2RBNA 1L49A 1CU3A 2O7AA 3DN0A 1LWGA 252LA 4EKSA 1L96A 1B6IA 244LA 131LA 1L55A 3DN2A 1L92A 3HH4A 187LA 1QS9A 2OTYX 2LCBA 2RAYX 1L75A 2RBSA 1L54A 2RBPA 2OU9A 6LZMA 4I7OA 3DN1A 4W53A 1P3NA 1L66A 2NTGA 7LZMA 4W59A 1TLAA 206LA 1DYGA 2B6YA 1XEPA 3G3WA 2OTZX 205LA 1L35A 1G1VA 122LA 1T8FA 3HTFA 108LA 151LA 4I7RA 1C67A 4W56A 226LA 123LA 157LA 1L27A 3SB7A 118LA 212LA 3HDEA 211LA 196LA 128LA 220LA 4GBRB 3GUOA 1DYEA 1L81A 3GULA 1L83A 3CDOA 4LDLA 126LA 1K28A 1L61A 3HH6A 1QS5A 1SX2A 137LA 3VW7A 2B74A 1CV1A 4DAJA 2A4TA 3PBLA 1C6JA 177LA 104LA 4ARMA 1G0QA 1DYBA 1L15A 1L63A 209LA 1D3MA 259LA 1C6MA 1L64A 3DN6A 243LA 172LA 1OVHA 229LA 1L69A 127LA 221LA 1L39A 1G1WA 3SN6R 4ARQA 1CV5A 1L14A 2OE9X 1L02A 1PQDA 3QAKA 1L16A 195LA 1L46A 219LA 1OVJA 197LA 4W58A 143LA 1L18A 1L19A 1D3JA 1QTBA 1C6GA 232LA 1T6HA 256LA 210LA 183LA 144LA 3SB5A 4W52A 188LA 1L45A 1LYDA 140LA 1KS3A 1QT3A 3NY9A 1C6EA 1LGUA 1L41A 1L60A 155LA 1P56A 4W51A 1L79A 200LA 1C6NA 2QARC 1L10A 152LA 1L77A 1QT6A 3SBAA 1L33A 1QUDA 1OWYA 1L29A 1C6PA 3HH5A 1CV6A 1L32A 4I7MA 1CX6A 184LA 1T97A 4W57A 4EKPA 1PQJA 1WTHA 1L85A 3NYAA 1C6DA 1D2WA 1C64A 1L11A 1OVKA 1P2RA 1L17A 1PQIA 2OE4X 3DNAA 1CX7A 3DMZA 1ZYTA 3EMLA 2B6TA 1L23A 2F47A 1L68A 1L82A 4S0WA 1D9WA 142LA 257LA 1L20A 1QUGA 3PDSA 4ARMB 1DYDA 1L76A 3HDFA 1ZWNA 1P64A 198LA 5I14A 1QTCA 160LA 3OE9A 115LA 1T8GA 249LA 4I7LA 3C8QA 3C80A 1C6FA 1L70A 176LA 1KW5A 4ARQB 1L93A 3HH3A 4LZMA 3DMVA 1L86A 2B6XA 1ZURA 1I6SA 2IGCA 1QTHA 2RBOA 114LA 1C65A 2F2QA 1QT4A 4K5YA 192LA 3HU9A 1C6QA 3JR6A 107LA 182LA 1L51A 174LA 246LA 4ARLA 1L95A 3CDVA 4ARJA 1L0KA 4YXAC 199LA 158LA 1L05A 4EJ4A 1L52A 1C6HA 156LA 2HUKA 139LA 1SWZA 1XJTA 1CV3A 1D3FA 2CUUA 251LA 2F32A 1CU5A 1P46A 1L48A 3SB6A 1P6YA 181LA 1LYGA 4OO9A 1L47A 228LA 189LA 1C6CA 4W55A 3C7ZA 3F8VA 1L12A 1L30A 1LYIA 1LGWA 1OWZA 1QUOA 2RBQA 242LA 3C8RA 1L72A 185LA 236LA 217LA 3HTBA 3HU8A 1L0JA 2O79A 218LA 1QSQA 262LA 1L56A 1JTNA 222LA 213LA 3HT9A 1C62A 103LA 162LA 113LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2ZIJA 4GCBA 3A3QA 194LA 5F9XA 1C68A 1L38A 2OEAX 4Z98A 3TXDA 1F6RA 4J1AA 1L58A 5LVKA 1YROA 2LYOA 5I4XA 1D9UA 1JKBA 5II3A 3AB6A 1A4VA 4XENA 1L43A 1MLCE 1L04A 4B49A 5KXSA 1ZVYB 5I4WA 171LA 4H94A 4WLTA 1LI3A 1IP4A 1GF9A 1B7MA 4H8ZA 1LZRA 1GFKA 1XGQC 4HJZA 4HV1A 2RBRA 1G0LA 1GE4A 1UIDA 1CKHA 1IP1A 1C43A 4W54A 1C6TA 1IC5Y 1LZGA 1CKFA 2HTXA 3DMXA 4WM2A 4HV2A 4PJZA 1VEDA 2C8OA 4I7KA 2Z39A 230LA 3AW6A 149LA 1GFEA 2DQJY 173LA 4J1BA 1IWVA 2RB2X 3A8ZA 3V2YA 4BS7A 247LA 216LA 1LI2A 3C83A 2DQHY 4NGJA 1JKDA 1FLWA 3UONA 4DT3A 4NGYA 223LA 1L80A 1JQUA 2B6WA 5L3HA 1D3NA 239LA 3LZTA 1IOQA 1WQMA 5LZMA 3HUKA 4YF2A 1FLYA 1LYEA 5I53A 1G7MC 4HJVA 245LA 4EKRA 138LA 4LT3A 165LA 3GUMA 3CT1A 1EPYA 1H6MA 3AYQA 4E97A 1WTMA 1LJEA 1P36A 178LA 2YSSC 1LGXA 5F14A 1GE2A 2HEEA 186LA 2Q9DA 4I7JA 4YX7C 2CGIA 5B1FA 112LA 129LA 1GE1A 4Z46A 1RFPA 3RUNA 1Z55A 1LHKA 3EMSA 3LZMA 1G07A 1JTTL 1GFHA 1IY3A 4XN6A 2FBBA 1GF0A 1C6LA 4Z41A 1LSBA 2O4WA 2DQEY 2OE7X 3AGIA 3OE6A 2HUMA 1UBZA 5LVIA 1LYFA 167LA 1FBIX 132LA 201LA 2LZMA 2YDGA 3G3XA 3W6CA 1IP2A 4B4EA 3K3TA 1KNIA 4EOFA 3SB9A 1QSAA 4C3WA 1DYCA 3WU8A 5L9JA 1YKYX 2N5ZA 1LMCA 4W96A 1HHLA 175LA 3EBAB 2CDSA 1L25A 1RE2A 5LINA 1E8LA 170LA 4EMNA 1G0JA 225LA 111LA 260LA 1LZDA 3B72A 1PQOA 1L01A 1C66A 3HUQA 2XBSA 1C69A 1L87A 2FYDA 4UWUA 3EO5A 4HPEA 3SP3A 1IC4Y 1TEWA 1NHBA 4DDBA 1OV7A 3CDTA 4XJDA 1JSFA 5KY1A 252LA 1L96A 1B6IA 2DQIY 4NSHA 3RU5A 131LA 1L55A 5JENB 1DZBX 1VFBC 3LYMA 4LYOA 2RAYX 4OOTA 1UUZC 3A91A 4ET9A 1LJ4A 1GF8A 2D4KA 4H9AA 1LHHA 3DN1A 4W53A 5B07A 2Z37A 4AXTA 2B6YA 1DYGA 3G3WA 1DI5A 4OOOA 1LHIA 2BQIA 3WW5A 122LA 1LOZA 1YIKA 1GF7A 151LA 4I7RA 4DDAA 1IOCA 1C67A 4RW1A 4NHSA 3SB7A 1LYZA 118LA 1KIPC 4H90A 4KPMA 2G4NA 5D5CA 5B1GA 1DYEA 4GN5C 3GULA 1L83A 4LDLA 2MECA 2B74A 3A90A 4YOPA 177LA 3CB7A 1DYBA 2YBLA 4N0JA 4H9EA 1RI8B 1LMOA 259LA 1L64A 1IR7A 1L69A 1WQRA 5C6IA 1LYSA 1HMLA 4CGEA 1L39A 3FE0A 3AJNA 5KXNA 4ARQA 1L14A 2EQLA 1NMMA 3A34A 1L16A 1NWGA 4CFOA 1OUDA 3WULA 1OVJA 197LA 3ZVQB 1REMA 1L19A 4WLDA 4WM6A 154LA 3T6UA 4TX7A 210LA 2D91A 2HEAA 144LA 3B0KA 4Z3MA 1IORA 1J1OY 140LA 1T6VL 1J1PY 1C6EA 1HNLA 1F0WA 4L41A 2MEFA 3LHMA 1NBZC 1L41A 4H9FA 1JJ0A 4NEBA 3P68A 2A7FA 1LMPA 2QARC 1L10A 1QT6A 1CJ8A 4PHIA 1FN5A 1L32A 4I7MA 1DQJC 1LTMA 1T97A 4NY5A 4P2EA 1LHMA 2AUBA 2EIZC 1W6ZA 2WARA 4DDCA 5KXXA 1D2WA 1GB0A 1LZ6A 2ZNXY 1P2RA 4GCFA 1LYOA 1XGRC 1HSWA 1CX7A 2BAAA 1KXYA 1L68A 2XBRA 1BQLY 1WQPA 1NBYC 4TWSA 4RW2A 4ZFPA 3HDFA 2LYMA 4LZTA 1P64A 4TUNA 5HQ1A 160LA 3OE9A 3TXGA 1XGUC 1T8GA 3C8QA 3C80A 1INUA 1KW5A 4ARQB 2Y8PA 3HH3A 3WW6A 2G4PA 3DMVA 3BKHA 1UC0A 2ZQ4A 182LA 1QUSA 2MEAA 1JEFA 1B5WA 4FDYA 133LA 1C6HA 2HUKA 1HEQA 4QEQA 139LA 1I20A 3A93A 1SWZA 1YQVY 4ZIXA 2F32A 1GBYA 4WOAA 4D9ZA 1P6YA 6LYZA 228LA 189LA 1C6CA 4G9SA 3A95A 3C7ZA 1UIGA 3AZ6A 3F8VA 4OWAA 1L30A 3FI7A 4BADA 2RBQA 1C7PA 3T36A 4TSBA 4ETAA 185LA 2W1YA 1GBZA 218LA 1B7LA 1GHLA 1QSQA 2NWDX 1L56A 1LZ5A 1JTNA 222LA 3HT9A 4M6DA 2VB1A 162LA 2H9KA 1HC0A 1XGPC 5DM9A 1L59A 2PC2A 1QTKA 3A6BY 5DN4A 4QDNA 2RSCA 2NTHA 4NHIA 4BAPA 2B7XA 3ULRA 4TSCA 135LA 1C6BA 2B6ZA 1LJJA 1SX7A 3WUAA 2HULA 3A6CY 145LA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2ZIJ A;  4GCB A;  3A3Q A;  194L A;  5F9X A;  1C68 A;  1L38 A;  2OEA X;  4Z98 A;  3TXD A;  1F6R A;  4J1A A;  1L58 A;  5LVK A;  1YRO A;  2LYO A;  5I4X A;  1D9U A;  1JKB A;  5II3 A;  3AB6 A;  1A4V A;  4XEN A;  1L43 A;  1MLC E;  1L04 A;  4B49 A;  5KXS A;  1ZVY B;  5I4W A;  171L A;  4H94 A;  4WLT A;  1LI3 A;  1IP4 A;  1GF9 A;  1B7M A;  4H8Z A;  1LZR A;  1GFK A;  1XGQ C;  4HJZ A;  4HV1 A;  2RBR A;  1G0L A;  1GE4 A;  1UID A;  1CKH A;  1IP1 A;  1C43 A;  4W54 A;  1C6T A;  1IC5 Y;  1LZG A;  1CKF A;  2HTX A;  3DMX A;  4WM2 A;  4HV2 A;  4PJZ A;  1VED A;  2C8O A;  4I7K A;  2Z39 A;  230L A;  3AW6 A;  149L A;  1GFE A;  2DQJ Y;  173L A;  4J1B A;  1IWV A;  2RB2 X;  3A8Z A;  3V2Y A;  4BS7 A;  247L A;  216L A;  1LI2 A;  3C83 A;  2DQH Y;  4NGJ A;  1JKD A;  1FLW A;  3UON A;  4DT3 A;  4NGY A;  223L A;  1L80 A;  1JQU A;  2B6W A;  5L3H A;  1D3N A;  239L A;  3LZT A;  1IOQ A;  1WQM A;  5LZM A;  3HUK A;  4YF2 A;  1FLY A;  1LYE A;  5I53 A;  1G7M C;  4HJV A;  245L A;  4EKR A;  138L A;  4LT3 A;  165L A;  3GUM A;  3CT1 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
 2ZIJ A;  4GCB A;  3A3Q A;  194L A;  5F9X A;  1C68 A;  1L38 A;  2OEA X;  4Z98 A;  3TXD A;  1F6R A;  4J1A A;  1L58 A;  5LVK A;  1YRO A;  2LYO A;  5I4X A;  1D9U A;  1JKB A;  5II3 A;  3AB6 A;  1A4V A;  4XEN A;  1L43 A;  1MLC E;  1L04 A;  4B49 A;  5KXS A;  1ZVY B;  5I4W A;  171L A;  4H94 A;  4WLT A;  1LI3 A;  1IP4 A;  1GF9 A;  1B7M A;  4H8Z A;  1LZR A;  1GFK A;  1XGQ C;  4HJZ A;  4HV1 A;  2RBR A;  1G0L A;  1GE4 A;  1UID A;  1CKH A;  1IP1 A;  1C43 A;  4W54 A;  1C6T A;  1IC5 Y;  1LZG A;  1CKF A;  2HTX A;  3DMX A;  4WM2 A;  4HV2 A;  4PJZ A;  1VED A;  2C8O A;  4I7K A;  2Z39 A;  230L A;  3AW6 A;  149L A;  1GFE A;  2DQJ Y;  173L A;  4J1B A;  1IWV A;  2RB2 X;  3A8Z A;  3V2Y A;  4BS7 A;  247L A;  216L A;  1LI2 A;  3C83 A;  2DQH Y;  4NGJ A;  1JKD A;  1FLW A;  3UON A;  4DT3 A;  4NGY A;  223L A;  1L80 A;  1JQU A;  2B6W A;  5L3H A;  1D3N A;  239L A;  3LZT A;  1IOQ A;  1WQM A;  5LZM A;  3HUK A;  4YF2 A;  1FLY A;  1LYE A;  5I53 A;  1G7M C;  4HJV A;  245L A;  4EKR A;  138L A;  4LT3 A;  165L A;  3GUM A;  3CT1 A; 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