1LSPA

The crystal structure of a bulgecin-inhibited g-type lysozyme from the egg-white of the australian black swan. a comparison of the binding of bulgecin to three muramidases
Total Genus 73
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
73
sequence length
185
structure length
185
Chain Sequence
RTDCYGNVNRIDTTGASCKTAKPEGLSYCGVPASKTIAERDLKAMDRYKTIIKKVGEKLCVEPAVIAGIISRESHAGKVLKNGWGDRGNGFGLMQVDKRSHKPQGTWNGEVHITQGTTILTDFIKRIQKKFPSWTKDQQLKGGISAYNAGAGNVRSYARMDIGTTHDDYANDVVARAQYYKQHGY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
publication title Structure of a bulgecin-inhibited g-type lysozyme from the egg white of the Australian black swan. A comparison of the binding of bulgecin to three muramidases.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
total genus 73
structure length 185
sequence length 185
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1995-02-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01464 SLT Transglycosylase SLT domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1lspA00
3P66A 1HF4A 1IOTA 1IOCA 1VATA 4LT3A 5LYTA 4YM8A 4H9IA 5C6JA 4LYOA 1LZEA 1YIKA 2ZQ3A 4PRQA 4WLTA 4MR1A 1BWJA 4C5FA 1LMTA 1D0MA 2DQIY 2W1YA 4H8ZA 4KPMA 5IHGA 1IC5Y 1FKVA 1LSGA 2BQCA 2D6BA 5II3A 2XBSA 2DQDY 4DDCA 2FYCA 1JTPL 2BQBA 1G7MC 1JJ0A 2CDSA 1UC0A 1VEDA 1JJ1A 4WM4A 2C8OA 5E9RA 3AW7A 2Z39A 1JISA 4NG8A 1YAPA 1GFKA 1RJCB 4HSFA 4WMGA 5FEKA 1GBXA 1AT5A 3ZVQA 4KT3A 3RW8A 2YBLA 2HU3A 1IY3A 3CT0A 5D5CA 1WQPA 5KXXA 1CKGA 1OUDA 2HEEA 3IWRA 3ZEKA 3A93A 1LZBA 1JEFA 1B7LA 1QDRA 3EO5A 4H1PA 1WQOA 1OUCA 1UA6Y 3RNXA 2MEHA 1WVUA 5I5QA 1GWDA 4OOTA 2F30A 2YSSC 4FDYA 5KY1A 1ZMYL 1LZSA 3WMKA 1UIAA 4TX7A 4LYMA 1B5VA 1YKYX 1B5YA 1KIRC 3G3BB 3A6BY 4OWBA 1ZV5L 2DBTA 4WL6A 3A95A 2HTXA 1JSFA 1LMAA 1LKRA 4N1CC 1XGPC 3TMWA 3RT5X 4QGZA 1EQ4A 3D3DA 1O23A 4NSGA 1IP1A 3FE0A 4HPEA 4ML7A 1B7QA 4NFVA 4TUNA 4W94A 5HNCA 2ZIJA 1HC0A 4H9HA 4H9CA 2D4IA 1IP2A 4G9SA 193LA 1XEIA 5APDA 2D4KA 1ZVHL 4BAPA 8LYZA 4NGWA 2H5ZA 4KL7A 1GDWA 1B5ZA 1QIOA 3WVXA 5I4WA 4B1AA 2W1MA 2DQJY 1YKXX 4DWXA 2Z2EA 3P64A 1G7IC 1W6ZA 1JKAA 1MELL 1YANA 4DD9A 2DKVA 2Z38A 1OUIA 1I20A 4NHSA 4HTNA 1WTNA 2BQEA 2MEBA 4AGAA 1IVMA 1IWZA 1NBZC 1LYSA 1QQYA 4QDNA 1B9OA 3TXHA 1B7NA 2ZNWY 1JKCA 6LYTA 1BWHA 4N5RA 4NGKA 4LYBA 2RSCA 2YBIA 1IP7A 1LZNA 4WL7A 1WQRA 1LYZA 2ZYCA 4TTDA 2CWIA 4TSBA 4GLVA 5FELA 1YKZX 3CT1A 4G49A 3LZ2A 3P65A 4DT3A 4B0DA 5HQ1A 1GE4A 4D9ZA 208LA 5LYMA 3W6AA 2HEBA 1LHHA 133LA 2BQMA 1GE0A 1OUEA 4PGJB 1J1OY 1IR9A 1IP5A 1LMQA 5DN5A 2GV0A 4XJGA 4H9FA 3AJNA 4GCCA 5I53A 2MECA 3TXIA 1BB6A 4LFPA 4LT0A 1OUBA 1QTEA 4HP0A 5F81A 3LN2A 1A2YC 1IEEA 5ILFA 3ZVQB 4H9AA 3AGHA 1IP6A 2BQOA 4HV1A 3WPKA 2CJLA 5M1YA 1EL1A 1IWWA 1LJEA 1FLUA 3AGIA 4WLYA 3ATOA 3BKVA 2BLXA 1JPOA 4NSHA 1REMA 2MEAA 4Z46A 4J0LA 5F14A 1HSWA 1IIZA 1YILA 3AZ5A 1WQQA 2DQGY 3A6CY 4LYTA 4DD1A 1IWUA 1BWIA 3EBAB 5KKIA 2ZYPA 1GD6A 1GE2A 3M18B 1HFXA 207LA 1LKSA 1EQEA 1HENA 1GE1A 1JKBA 1F6SA 5B05A 2DQEY 3ATNA 4WLDA 1GAZA 2F4GA 3E3DA 2MEFA 1CJ7A 1NWGA 2W1XA 4XADA 1AZFA 4QY9A 4M4OA 1JSEA 2BQNA 1XGQC 2BLYA 1LSDA 1JTOL 2EPEA 1AM7A 3N9EA 4N9RA 3M3UA 2XTHA 5LVJA 2D91A 1IWTA 1GXV2 5APFA 1HEMA 1ALCA 2D4JA 1BQLY 1LMOA 2IHLA 4W96A 2BQLA 2HEFA 3BKHA 1QUTA 1JTTL 2EQLA 1B7OA 4WM5A 3TMXA 3QY4A 1XGRC 2BQKA 3T36A 2AUBA 1UCOA 1VDPA 4BADA 5LVHA 1KXXA 1LZTA 2EIZC 2VB1A 4ET9A 1LZRA 4H8XA 132LA 1LZ4A 1LYOA 2Z37A 1LCNA 3TXBA 1B2KA 5I4XA 2LZTA 1LMPA 1XSFA 1GF3A 4N0JA 5LVIA 4X3BA 4XN6A 4LZTA 4B49A 1JITA 2W1LA 1Z55A 1FLWA 3A34A 4NY5A 1HHLA 3W6BA 1CKFA 1HEOA 3WU9A 1DI4A 4GCEA 1EQ5A 2PC2A 4R6CA 4ZFPA 4NGIA 5F16A 5DL9A 1AT6A 1DPXA 1LZ1A 1KXWA 1IWVA 1GF4A 2BQDA 4WM6A 2ZILA 1TDYA 4CJ2A 3EXDA 4CGEA 3TXGA 3TXDA 4CHXA 3GXKA 2G4NA 3A94A 1IP3A 1GB8A 4II8A 1V7TA 3AZ6A 1T6VL 4NHIA 4NHQA 2X0AA 1LSFA 1GB2A 5T3FA 1D0LA 1GB5A 1LSCA 1LZYA 1B5XA 1BHZA 1REXA 4DD2A 3B6LA 1GF9A 2YBNA 4PJ2C 1NQIA 4I0CA 3WU7A 2Z12A 1QSWA 4PPOA 4KXIA 2IFFY 4OOOA 1LHKA 1VAUA 2H9KA 3LYMA 5B1FA 5J7CA 5KXTA 5C6LA 1UACY 2YVBA 1GB9A 3HBHA 2HEAA 135LA 1LYYA 1YL0X 5KXZA 4DDAA 1CNSA 1QDTA 2LYOA 1G7LC 1GBYA 1GHLA 1NHEA 4HPIA 4H9BA 2NWDX 5HMJA 1LZDA 5KXLA 4DD7A 1IC7Y 5KXSA 2C8PA 2DQFC 1VDQA 3B0KA 1LZ8A 4LYCA 3HBDA 4J1AA 4XJFA 5EBHA 4EOFA 3AB6A 1IR7A 1IY4A 1XFPL 1LSAA 1IO5A 3WH1A 5KXPA 7LYZA 1LZ9A 1RI8B 153LA 1C08C 1JJ3A 3A8ZA 5FHWA 5APCA 1QSAA 1YL1X 1LJFA 4NGZA 4LGKA 5LVKA 1GB6A 1VDTA 1OUFA 1KIQC 1LJNA 1GPQC 4ETBA 3B72A 5K7OA 4H94A 1GXXA 1CJ8A 1HMKA 3GXRA 4N8ZA 2MEDA 1GBZA 1MLCE 3AZ7A 1OUHA 1IP4A 3P4ZA 1XGTC 4ZEEA 3B0IA 2MEEA 5LXWA 3EMSA 4OW1A 1HFZA 1HFYA 5F9UA 1XEKA 1D6PA 2BQFA 4NHPA 2YBJA 1GEZA 4H92A 4OWAA 3W3EA 1VDSA 5C6IA 4FJRA 4MSTA 5LINA 3WXTA 1LSYA 2LYMA 1C43A 1FKQA 3WYHA 4NSJA 5LA5A 1GBOA 2ZQ4A 1JKDA 1V7SA 3CSQA 3B0OA 4TSCA 3FI7A 5E4PA 4HTKA 1BB5A 3CSZA 4WM1A 3A92A 2YDGA 4NWEA 5A3EA 1LJIA 1FN5A 1ZVYB 4RLMA 3LYZA 1BVXA 4YEMA 2FYDA 2B5ZA 4HJVA 1LSEA 3F6ZA 1OUGA 5KKJA 3LYOA 1VFBC 3RU5A 3AZ4A 4U3XB 1PZYA 2BQJA 3IJVA 1LJGA 4UWUA 3WPJA 2XBRA 4GN4A 1GFGA 3AYQA 3LHMA 1F10A 1GFVA 1GFHA 3LZTA 4GLAA 2MEIA 3WXUA 4ETDA 1QTKA 1OUJA 1FLYA 1YAMA 1GF0A 2BQGA 1CJ9A 4CFPA 2HUBA 4LT1A 2DQAA 4IASA 2YBMA 2Z18A 1KIPC 4H91A 5KXNA 1WVVA 1RE2A 1LHMA 1YQVY 1B5UA 4OWEA 4XJDA 4HV2A 1H87A 1LZ6A 3P68A 4C3WA 4H93A 3A3RX 3LYTA 4R0FA 4PRUA 1I56A 2Z19A 1FBIX 4OWCA 4J7VA 1GF5A 4G4HA 5IELA 1NF5A 2ZWBA 1NDGC 4YOPA 1UIDA 4HJZA 1HEWA 1BGIA 1C46A 4WG7A 4WG1A 4XJHA 3CSRA 3AW6A 3J6KA 4N1EI 4O34A 3WUAA 5KXRA 1IWYA 3IJUA 2Y8PA 5AMYA 4CFOA 1C45A 4P2EA 5JENB 5I4YA 2LYZA 1GE3A 5FSTA 5DM9A 4QEQA 1UICA 134LA 5KXYA 1DXJA 5A3ZA 3W6DA 1LSPA 4H9EA 3OK0A 4IATA 4NGJA 1UIFA 1CKDA 1LJ4A 3TMVA 1NMMA 4WLXA 4DD0A 2HECA 1T3PA 1UIEA 1WTMA 3KAMA 4HTQA 5DN4A 4ANRA 2BQIA 3OJPA 4PHIA 2BPUA 1LSZA 1LZGA 5LA8A 4IJ4A 4WOAA 3HBEX 5D5FA 1TCYA 2FBDA 5KXMA 2ZNXY 2DQCY 3MGWA 1J1XY 4I8SA 4NG1A 1GB7A 5DLAA 2HEDA 4GN3A 5LAFA 1LSMA 2I26L 2EKSC 3WVYA 3WL2A 1GBSA 1P2CC 3TXJA 1GF8A 1XGUC 5I54A 1TBYA 4H90A 3ULRA 4NIJA 1RFPA 3TXFA 1JHLA 1YAQA 5IDDA 4ZIXA 5ILCA 1GBWA 1HSXA 1LZ5A 2LZ2A 1A4VA 4Z41A 4YENA 4GCDA 4NGLA 4DDBA 194LA 2FBBA 5LIOA 4YF2A 5KXKA 4TWSA 1DKKA 5B59A 3G3AB 4DD3A 1J1PY 1IWXA 1C7PA 3AGGG 1LJHA 1DZBX 1HMLA 4DC4A 4NWHA 1F6RA 1LZAA 3WUNA 1BVKC 1C10A 4ETAA 5FDJA 3A3QA 3A91A 1G7HC 4RW2A 5B1GA 4NEBA 3T6UA 1WQMA 3CQLA 4WM3A 1N4FA 1IX0A 1NBYC 5F9XA 5KXWA 4XENA 4J1BA 5B07A 4B4IA 1IOSA 4UWVA 1NKHA 1JUGA 5L9JA 1UIHA 3N9AA 4ETEA 1GF6A 2A7DA 2F4AA 4NGYA 4OWHA 4GN5C 3J4GA 5KXOA 1LHLA 1LPIA 1OQMA 2ZIKA 1B7SA 1D9UA 4B4EA 1LAAA 2Z2FA 1GAYA 4RDSA 4E3UA 5LYZA 4G4CA 2A7FA 2F2NA 1I1ZA 3W6EA 1LTMA 3VWOA 1LMCA 1JWRA 1LOZA 6LYZA 1IR8A 2N5ZA 1JIYA 1XEJA 2CGIA 4LYZA 1B7MA 3WUMA 3CT5A 4NGVA 2YBHA 1LJJA 1LZCA 5HLLA 2MEGA 4NSIA 4DYGA 1SLYA 1DQJC 5APEA 1DKJA 1OUAA 4UWNA 1W08A 1GDXA 3N9CA 1F0WA 1HERA 1NDMC 1UUZC 2DQHY 3W6CA 4RLNA 1IOQA 1GFRA 4XYYA 1IORA 1GFTA 1LHIA 3HFMY 4MCKA 3WULA 5LVGA 2HU1A 4M6DA 1INUA 1B5WA 3D9AC 4A7DA 2XJWA 1BB7A 4LT2A 4ET8A 5FCPA 2G4QA 1H6MA 1CKHA 2WARA 1GEVA 4BAFA 1FDLY 4NGOA 4XJBA 3WW6A 4WM2A 1KXYA 9LYZA 1GB3A 1RCMA 1WQNA 1REZA 1GB0A 4HJYA 1FLQA 1GFEA 1UIBA 1D6QA 4EMNA 1B7PA 1HELA 3A67Y 4L41A 4XJIA 1OP9B 1TAYA 3TXKA 2I6ZA 5HMVA 4YEOA 4B4JA 2Q0MX 3RZ4A 1BB4A 1E8LA 154LA 1LJ3A 1G7JC 1HNLA 3W6FA 1HEPA 4AXTA 4ETCA 1GFUA 1LSBA 1GF7A 1LHJA 1QUSA 1GFJA 2H9JA 4RW1A 5L3IA 1DPWA 4WO6A 3TMUA 3WW5A 1LJKA 3WPLA 3A90A 2BQAA 1TEWA 2LHMA 4BS7A 3TXEA 1B7RA 2I25L 3SP3A 1DI3A 4WO9A 5LAGA 3K3TA 1REYA 4LFXA 4Z98A 1LSNA 4GCFA 1GFAA 1SQ2L 3WU8A 5B06A 1CJ6A 1PS5A 4G4BA 2BQHA 4NHTA 5HNLA 1HEQA 3A96A 1UIGA 4Z3MA 5L3HA 1CKCA 1DI5A 1IC4Y 3QE8A 4GCBA 5KJ9A 1UBZA 1YAOA 1B0DA 3CB7A 1D0KA 1YROA 1LMNA 2BAAA 3QNGA 1AKIA 1BB3A 2G4PA 4H8YA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
125LA 1IOTA 1IOCA 4YM8A 4LYOA 1LZEA 1YIKA 4MR1A 1QT3A 4KPMA 1IC5Y 1LSGA 4W53A 5II3A 2DQDY 4K5YA 237LA 2BQBA 1G7MC 2CDSA 3HH3A 1C6DA 2C8OA 5E9RA 3AW7A 5FEKA 1GFKA 1RJCB 1GBXA 1AT5A 4KT3A 118LA 2YBLA 2B73A 1WQPA 3DMZA 1OUDA 3IWRA 1L99A 3C8SA 212LA 1C6EA 4I7OA 3RNXA 5I5QA 1GWDA 2F30A 1UIAA 4TX7A 1B5VA 1L60A 1B5YA 1L86A 3G3BB 1ZV5L 2B6WA 1LMAA 4N1CC 164LA 3RT5X 1G0LA 2OU8A 1G0QA 1B7QA 4TUNA 1L76A 200LA 2D4IA 2NTGA 1IP2A 5APDA 2D4KA 2H5ZA 231LA 1QIOA 3HH4A 1L58A 1P46A 1MELL 4YXAC 4NHSA 1IWZA 4ARJA 1LYSA 1QQYA 4QDNA 249LA 2ZNWY 1JKCA 4EJ4A 1C65A 1L57A 2RSCA 4EKQA 4W54A 1LZNA 4TTDA 2CWIA 192LA 1L52A 1YKZX 2Q9EA 4G49A 4ZPUA 5HQ1A 1L49A 2RBPA 1C6LA 1LHHA 1GE0A 1J1OY 1IR9A 1L88A 4GCCA 1BB6A 1QTEA 4HP0A 5F81A 159LA 197LA 1IP6A 3BKVA 2BLXA 1P6YA 1KS3A 1IIZA 262LA 3A6CY 5KKIA 1IWUA 1C6BA 2ZYPA 3C7YA 207LA 1GE1A 1F6SA 2W1XA 1AZFA 2BQNA 1L11A 256LA 2B72A 3N9EA 4N9RA 3M3UA 2XTHA 1IWTA 5APFA 2D4JA 2IHLA 2OE7X 3C8QA 4WM5A 3T36A 2OU0X 1VDPA 2VB1A 2CUUA 1LZ4A 2Z37A 3GUMA 1B2KA 1L55A 5I4XA 3OE0A 1LMPA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3P66 A;  1HF4 A;  1IOT A;  1IOC A;  1VAT A;  4LT3 A;  5LYT A;  4YM8 A;  4H9I A;  5C6J A;  4LYO A;  1LZE A;  1YIK A;  2ZQ3 A;  4PRQ A;  4WLT A;  4MR1 A;  1BWJ A;  4C5F A;  1LMT A;  1D0M A;  2DQI Y;  2W1Y A;  4H8Z A;  4KPM A;  5IHG A;  1IC5 Y;  1FKV A;  1LSG A;  2BQC A;  2D6B A;  5II3 A;  2XBS A;  2DQD Y;  4DDC A;  2FYC A;  1JTP L;  2BQB A;  1G7M C;  1JJ0 A;  2CDS A;  1UC0 A;  1VED A;  1JJ1 A;  4WM4 A;  2C8O A;  5E9R A;  3AW7 A;  2Z39 A;  1JIS A;  4NG8 A;  1YAP A;  1GFK A;  1RJC B;  4HSF A;  4WMG A;  5FEK A;  1GBX A;  1AT5 A;  3ZVQ A;  4KT3 A;  3RW8 A;  2YBL A;  2HU3 A;  1IY3 A;  3CT0 A;  5D5C A;  1WQP A;  5KXX A;  1CKG A;  1OUD A;  2HEE A;  3IWR A;  3ZEK A;  3A93 A;  1LZB A;  1JEF A;  1B7L A;  1QDR A;  3EO5 A;  4H1P A;  1WQO A;  1OUC A;  1UA6 Y;  3RNX A;  2MEH A;  1WVU A;  5I5Q A;  1GWD A;  4OOT A;  2F30 A;  2YSS C;  4FDY A;  5KY1 A;  1ZMY L;  1LZS A;  3WMK A;  1UIA A;  4TX7 A;  4LYM A;  1B5V A;  1YKY X;  1B5Y A;  1KIR C;  3G3B B;  3A6B Y;  4OWB A;  1ZV5 L;  2DBT A;  4WL6 A;  3A95 A;  2HTX A; 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 1OUA A;  4UWN A;  1W08 A;  1GDX A;  3N9C A;  1F0W A;  1HER A;  1NDM C;  1UUZ C;  2DQH Y;  3W6C A;  4RLN A;  1IOQ A;  1GFR A;  4XYY A;  1IOR A;  1GFT A;  1LHI A;  3HFM Y;  4MCK A;  3WUL A;  5LVG A;  2HU1 A;  4M6D A;  1INU A;  1B5W A;  3D9A C;  4A7D A;  2XJW A;  1BB7 A;  4LT2 A;  4ET8 A;  5FCP A;  2G4Q A;  1H6M A;  1CKH A;  2WAR A;  1GEV A;  4BAF A;  1FDL Y;  4NGO A;  4XJB A;  3WW6 A;  4WM2 A;  1KXY A;  9LYZ A;  1GB3 A;  1RCM A;  1WQN A;  1REZ A;  1GB0 A;  4HJY A;  1FLQ A;  1GFE A;  1UIB A;  1D6Q A;  4EMN A;  1B7P A;  1HEL A;  3A67 Y;  4L41 A;  4XJI A;  1OP9 B;  1TAY A;  3TXK A;  2I6Z A;  5HMV A;  4YEO A;  4B4J A;  2Q0M X;  3RZ4 A;  1BB4 A;  1E8L A;  154L A;  1LJ3 A;  1G7J C;  1HNL A;  3W6F A;  1HEP A;  4AXT A;  4ETC A;  1GFU A;  1LSB A;  1GF7 A;  1LHJ A;  1QUS A;  1GFJ A;  2H9J A;  4RW1 A;  5L3I A;  1DPW A;  4WO6 A;  3TMU A;  3WW5 A;  1LJK A;  3WPL A;  3A90 A;  2BQA A;  1TEW A;  2LHM A;  4BS7 A;  3TXE A;  1B7R A;  2I25 L;  3SP3 A;  1DI3 A;  4WO9 A;  5LAG A;  3K3T A;  1REY A;  4LFX A;  4Z98 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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