4GN4A

Obody am2ep06 bound to hen egg-white lysozyme
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags De novo protein/hydrolase
molecule keywords OBody AM2EP06
publication title Tracking Molecular Recognition at the Atomic Level with a New Protein Scaffold Based on the OB-Fold.
pubmed doi rcsb
source organism Pyrobaculum aerophilum
total genus 55
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2012-08-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4gn4A00
5KXWA 1OUFA 207LA 2HEDA 2ZYPA 1NKHA 5KXZA 1UIEA 1GEVA 1XGRC 5KY1A 4TWSA 1LZGA 2ZQ3A 1UC0A 4IASA 4WLYA 1W08A 4ZIXA 5HMVA 3WW5A 5LYTA 1I56A 2Z12A 1SLYA 1LZYA 9LYZA 3A8ZA 1VATA 3MGWA 1LYOA 1GFRA 1NDGC 3P66A 4KT3A 1LKSA 5FSTA 1UICA 4HJYA 5E9RA 3ULRA 1LMTA 1B5YA 4OOOA 4H94A 1ZVYB 1LSMA 2HU3A 4BAPA 1REMA 4PJ2C 4II8A 4LYZA 1BQLY 1GBOA 1HEQA 2D4JA 4DD7A 1KIRC 7LYZA 1NMMA 4J7VA 4LFXA 1YAPA 2XBSA 1YKXX 2BQBA 3D3DA 4H1PA 1LHKA 2W1YA 4H9BA 1C08C 4NGIA 5KXTA 1BVKC 3WXTA 4UWVA 4XN6A 1LJEA 5F14A 3HBDA 3TXJA 1D0MA 3CB7A 4N1CC 1YAOA 1B5ZA 1HNLA 1HMLA 1LJ4A 4RLMA 1BGIA 4FDYA 2Q0MX 3TXBA 2DQGY 5KXLA 8LYZA 2DQFC 5B07A 2DKVA 4NHPA 1YQVY 4WM4A 4XJDA 1GXV2 2HECA 2MEEA 4NIJA 3B0KA 1UIHA 3N9EA 4XJBA 1GFKA 4LZTA 1LPIA 1WVUA 4N8ZA 1DKJA 1G7MC 4J1BA 1RFPA 1LMNA 4NGOA 1TEWA 4PHIA 1XFPL 5APFA 1JKBA 3W6AA 1CKFA 1J1PY 4PGJB 4XJIA 1IOCA 3VWOA 2BQHA 4NGVA 4CJ2A 1LJJA 4QEQA 1OP9B 2Z38A 4NY5A 3J6KA 4C3WA 1JKAA 1GBZA 5F9UA 2G4PA 208LA 3A6BY 4LT0A 3P64A 4BADA 5AMYA 5KJ9A 5LYMA 1FLUA 1GF7A 4YEMA 1JTPL 3A96A 1IY4A 5KXXA 1OUGA 5KXKA 1E8LA 3WVXA 4C5FA 1LSFA 5DL9A 3AYQA 4DD0A 4KXIA 1IWYA 3WL2A 4LGKA 2F2NA 3HFMY 1LYZA 5FCPA 1HEWA 5LINA 1WQRA 133LA 3T6UA 1HSXA 3IJVA 4XJGA 1B7SA 1GE1A 1HMKA 3EMSA 1CJ7A 4B4EA 4ET8A 2Z18A 1IY3A 3N9CA 3AJNA 4UWNA 5I53A 4QDNA 1GB3A 2XTHA 2ZIJA 5DN5A 1YL0X 1JEFA 2FYDA 3LYOA 4GLAA 4LT2A 4QY9A 4PRUA 1V7SA 4HPEA 135LA 1F6SA 1NBYC 4NSGA 4WMGA 3KAMA 1LMOA 4NSJA 1GB8A 1GAZA 3CT0A 1YIKA 1C46A 1IEEA 1LSZA 2ZWBA 5II3A 1LHMA 2D4IA 1XGQC 1PZYA 1IP2A 1LZ1A 2ZQ4A 4EMNA 1C43A 1B2KA 2N5ZA 3AZ7A 3TXIA 3A3RX 1OUHA 1QUSA 1TAYA 1LMCA 2BQOA 3CT5A 4W96A 4M6DA 1GB7A 3A91A 5I4YA 1LZ5A 1KXYA 3LHMA 4A7DA 5D5FA 1CKGA 1BB4A 1YROA 2EKSC 2VB1A 1GDWA 1GBWA 1GFVA 2C8OA 4B0DA 4H9FA 4NWHA 1HERA 5DM9A 1C10A 3LYMA 4Z46A 3D9AC 1D0LA 3IJUA 1IORA 1CJ9A 1GEZA 2DQHY 1J1XY 2H9KA 5KXMA 4H8YA 2X0AA 4ML7A 4DT3A 4HJZA 4DD1A 1QIOA 3OK0A 1GFGA 1BB6A 1DZBX 2EQLA 2ZYCA 1IP1A 2H5ZA 1UIDA 3WYHA 5E4PA 1IP5A 1GF8A 3WMKA 2LZ2A 4G9SA 4NSHA 4YM8A 4G4HA 4LFPA 1B0DA 3G3BB 3P68A 1NQIA 2YBLA 4HTKA 4WO6A 3F6ZA 4ETAA 3P65A 2EPEA 5KXYA 2ZNXY 3A6CY 5A3EA 3A93A 1LZ8A 4NFVA 2BQMA 1NF5A 5I54A 134LA 1NDMC 3AZ6A 4H91A 4NSIA 3TMXA 4OOTA 3WPJA 1REXA 3WU9A 1IO5A 1LZDA 4B4JA 1XEJA 3A95A 4XYYA 1ZV5L 3FE0A 1LYSA 5ILFA 2D91A 4IATA 5KXRA 1VDQA 5HMJA 1GD6A 1DPXA 4XADA 2BQEA 1LJNA 5KXNA 1LSDA 1DI3A 4HTNA 3TMVA 3RT5X 4N0JA 4ET9A 1INUA 4OWAA 1NWGA 1LZ9A 1DI4A 1JTTL 2G4NA 3EO5A 1IVMA 4AGAA 2HTXA 1B7NA 1BB3A 1ALCA 2BQJA 3GXKA 1G7HC 1B5UA 1G7LC 4GLVA 4PRQA 1KXXA 4HJVA 4D9ZA 3CSZA 1O23A 1IP6A 3LZTA 2W1XA 4XENA 1XEKA 2DQAA 1OUDA 2H9JA 4H9HA 5APCA 5L3HA 4ETEA 1JJ1A 1LCNA 4H93A 3LN2A 2A7DA 4X3BA 1F0WA 2LYZA 4IJ4A 4NHSA 3SP3A 1IOSA 153LA 1SQ2L 1DQJC 1DXJA 2XJWA 2YSSC 1JSFA 4BAFA 1IP7A 1JISA 1A4VA 5L3IA 5LVHA 1QTKA 3AZ4A 3AW6A 2HEAA 5T3FA 1D0KA 1OUAA 4BS7A 3HBEX 2HEFA 2NWDX 4XJFA 4M4OA 2ZIKA 1HF4A 1CKDA 3WVYA 2W1MA 3RZ4A 1YL1X 1B5VA 1GBXA 1UIBA 2BQGA 3W6FA 2YBNA 4LYMA 3AGIA 4H9CA 5HQ1A 1F10A 1HEMA 3QNGA 1AM7A 5IELA 1GDXA 4H9IA 4DYGA 1GFUA 3B6LA 4OWBA 3BKVA 3WW6A 1JWRA 2BQAA 1WQQA 1WTNA 3QY4A 3WU8A 3AGHA 1QUTA 1EQEA 1YILA 2WARA 1D6QA 1JHLA 1LZBA 1LHIA 1AT6A 4MSTA 1FKVA 5L9JA 1IWZA 2Z19A 4LYBA 1N4FA 4OWEA 1CKCA 1TCYA 1FLWA 1FLYA 4QGZA 1LZRA 2I26L 2LYOA 2ZILA 3OJPA 1HEPA 3TXEA 1REZA 1REYA 4HV2A 5FEKA 4MR1A 1JKCA 3ATOA 1LMQA 1GF5A 1IC7Y 2DQJY 1Z55A 1GF6A 4ETCA 5C6LA 4KL7A 4O34A 4TX7A 2YBJA 4ZFPA 5KXPA 4RLNA 4DD3A 3TMUA 3W6DA 5F81A 5LIOA 4J1AA 1QSWA 4MCKA 5DN4A 1LSBA 2MEHA 1FDLY 4WM6A 193LA 4YEOA 3AGGG 1NHEA 1BWJA 1GE4A 3M18B 1IR8A 4NEBA 2I6ZA 5APDA 3W6EA 1NBZC 1MELL 4TSCA 3AW7A 4G4CA 1OUBA 1RJCB 4DD9A 1IX0A 1GFAA 1HC0A 1G7IC 1I1ZA 5F9XA 5C6JA 4EOFA 2DQCY 4ZEEA 3AZ5A 3TXHA 1J1OY 3TMWA 3WUMA 1B5WA 1AKIA 2G4QA 1LSGA 1LSPA 1MLCE 2YDGA 154LA 1XSFA 2FYCA 2MECA 5M1YA 4OW1A 1GXXA 1IIZA 1BHZA 3QE8A 1LZEA 2BQFA 4TUNA 2AUBA 3A94A 4WG7A 4GN4A 5DLAA 3CSRA 1JJ3A 1GAYA 1GE3A 1OUEA 2CWIA 4NGYA 4R0FA 4NGWA 4WM2A 2Z2EA 3T36A 1GFEA 1LMPA 4WL6A 1H87A 1VDSA 2Z37A 1LZ4A 1VEDA 1GF0A 4HTQA 4N5RA 1DPWA 3E3DA 1HELA 4DDAA 4H9AA 1WTMA 1FKQA 1B7PA 1HFXA 4RW1A 3TXDA 1VDPA 1I20A 1GHLA 1YAQA 1IP4A 2MEGA 4WO9A 4XJHA 2IHLA 1WQMA 3CT1A 1W6ZA 1QQYA 1GFHA 4KPMA 5EBHA 1B7RA 5B1GA 2F4GA 4UWUA 1D6PA 1KIQC 2ZNWY 4LT1A 1LJ3A 4H8ZA 132LA 1CNSA 1GBSA 2C8PA 1YAMA 1B7OA 2Z2FA 3K3TA 4WLDA 5LA5A 6LYTA 1HFYA 1LMAA 1HENA 3CSQA 1T6VL 4GN3A 2LHMA 4LYTA 1GF9A 3WPKA 4NWEA 1JITA 1WQPA 1IWTA 5LVIA 4Z3MA 4DDCA 2Y8PA 1AZFA 1JSEA 2I25L 4H92A 1ZVHL 1WQOA 2PC2A 1JUGA 2YBHA 1H6MA 3B0OA 2MEIA 1IWUA 1LJFA 3EBAB 1YKZX 1XGUC 3ZVQA 4AXTA 1UIFA 1YKYX 4DDBA 1UACY 2MEFA 4NHQA 3ZEKA 2HEEA 1GB6A 3IWRA 2BLXA 4WM3A 4YENA 4CHXA 1RE2A 1GF4A 1OUIA 1FN5A 5FELA 5B06A 4N1EI 1RCMA 3WXUA 1WVVA 1GFJA 3RW8A 4WL7A 3J4GA 3LZ2A 4NGKA 3TXKA 4RDSA 1LSYA 4FJRA 1LHJA 194LA 1YANA 2BQCA 3LYTA 3WH1A 2A7FA 1FLQA 1KIPC 2HEBA 3TXFA 3WULA 1JKDA 4R6CA 1LJKA 1OUCA 3BKHA 1FBIX 4PPOA 1XEIA 4Z98A 2LYMA 4I0CA 4NGZA 1CKHA 2BPUA 4ANRA 3M3UA 4ETBA 1LYYA 1LZNA 4OWCA 1HSWA 5I5QA 5LVKA 1UUZC 4J0LA 4H90A 1IWVA 2DQEY 4WM1A 4B49A 1G7JC 5LVJA 2Z39A 1C7PA 1T3PA 3W6CA 1XGPC 4HSFA 4B1AA 1D9UA 2YBMA 4YF2A 2MEBA 3A90A 1JJ0A 1GE0A 1CJ8A 4YOPA 2D6BA 1UA6Y 4WM5A 1KXWA 2W1LA 4GN5C 5J7CA 2DBTA 1VDTA 2YBIA 4G49A 5ILCA 1IC4Y 1V7TA 5LAFA 3RU5A 5LXWA 4LT3A 4U3XB 3ATNA 4GCFA 4W94A 3WUAA 4CFPA 1A2YC 1IR9A 5C6IA 2F30A 1GE2A 5K7OA 3P4ZA 1LJIA 4LYCA 2CJLA 1BWHA 4LYOA 3W3EA 4NG8A 1VFBC 2BQDA 1LZSA 1GB2A 1B7LA 2B5ZA 3A67Y 5F16A 5FHWA 1DI5A 4B4IA 3WU7A 4CGEA 1GB0A 1BB5A 4DD2A 1HEOA 2MEDA 1GB5A 5I4WA 3A92A 3WUNA 1BB7A 1DKKA 3AB6A 1AT5A 2FBBA 4TTDA 4P2EA 2IFFY 1GPQC 3B0IA 5JENB 1LTMA 1C45A 1TDYA 3A34A 4Z41A 1IWWA 1B5XA 4H9EA 2XBRA 2RSCA 1HHLA 1CJ6A 2BQIA 4NHIA 1PS5A 4OWHA 4WLTA 1B7QA 1P2CC 1TBYA 4I8SA 5B59A 3WPLA 4ETDA 5HLLA 2HU1A 3CQLA 2YVBA 1GF3A 2DQDY 5I4XA 1LSAA 1JPOA 4H8XA 5LAGA 2CGIA 2BAAA 1RI8B 4GCBA 2BQLA 3G3AB 5D5CA 4NHTA 1IR7A 1ZMYL 2DQIY 1QTEA 4RW2A 4HP0A 5A3ZA 2MEAA 4G4BA 1GFTA 1LJGA 2BQKA 5HNLA 4NG1A 5KKJA 1UCOA 4E3UA 1QSAA 5HNCA 5B1FA 3ZVQB 1OUJA 1BVXA 1GWDA 4TSBA 1VAUA 1LHHA 1QDRA 4DWXA 1OQMA 5APEA 4DC4A 1JTOL 1IOTA 1XGTC 4WOAA 2GV0A 1LZTA 2D4KA 1B9OA 5KXSA 1B7MA 1WQNA 1LSCA 3A3QA 1UIAA 1LSNA 1EQ4A 1UBZA 4HPIA 2BQNA 1HFZA 2FBDA 2CDSA 1LZAA 1F6RA 1GBYA 2EIZC 3W6BA 1EQ5A 4WG1A 3RNXA 4HV1A 1IP3A 1IC5Y 1LHLA 2LZTA 4N9RA 4NGJA 5KKIA 5KXOA 5LVGA 1LAAA 1BWIA 1LZ6A 5FDJA 1GB9A 1LOZA 3FI7A 1QDTA 4GCEA 4L41A 1LKRA 5B05A 1IWXA 1JIYA 1LSEA 3EXDA 4GCCA 2BLYA 5LA8A 1IOQA 3TXGA 6LYZA 5IHGA 4WLXA 3LYZA 3GXRA 1LJHA 1LZCA 2HUBA 1EL1A 4GCDA 4NGLA 1UIGA 3B72A 4CFOA 5IDDA 3N9AA 2F4AA 3HBHA 5LYZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5KXWA 1OUFA 2HEDA 1NKHA 1L72A 2ZQ3A 245LA 4IASA 1D3FA 4WLYA 4ZIXA 2Z12A 9LYZA 3MGWA 1GFRA 1NDGC 4EKSA 4KT3A 3ULRA 4H94A 1L74A 1REMA 2B6WA 7LZMA 4DJHA 1YAPA 1YKXX 3HWLA 4H9BA 1C08C 1BVKC 3WXTA 4XN6A 1TLAA 1QT8A 1HNLA 1LJ4A 1QT7A 120LA 5KXLA 2MEEA 1WVUA 4J1BA 1TEWA 1XFPL 4XJIA 1EPYA 1LJJA 1L49A 4NY5A 4C3WA 3HU8A 1DYCA 5AMYA 5KXXA 4KXIA 1IWYA 2O7AA 2F2NA 5FCPA 1LI6A 1WQRA 3IJVA 4XJGA 4B4EA 1B7SA 4ET8A 4EKRA 2OE4X 4S0WA 127LA 3LYOA 4GLAA 4LT2A 3DN4A 4NSGA 140LA 3KAMA 1GAZA 1G0PA 1C46A 1IEEA 5II3A 1LHMA 4EMNA 2ZQ4A 216LA 2N5ZA 2RBSA 2BQOA 4W96A 1GB7A 5I4YA 3LHMA 1L03A 4A7DA 1CKGA 1LYJA 1QTDA 1L32A 3LYMA 3IJUA 4H8YA 1XJUA 3SB7A 4ZPUA 152LA 212LA 3OK0A 2EQLA 1LWGA 1L20A 1UIDA 5E4PA 4NSHA 4YM8A 4G4HA 1L85A 1CX7A 1B0DA 2YBLA 3P65A 5KXYA 3A6CY 259LA 1LZ8A 246LA 2BQMA 1NF5A 3SB9A 5I54A 223LA 4XYYA 3FE0A 5KXRA 247LA 5HMJA 4EPFA 1GD6A 2BQEA 1DI3A 3RT5X 1INUA 3EO5A 2HTXA 3NYAA 4GLVA 1CV6A 1L14A 4D9ZA 3LZTA 5C6IA 2W1XA 4XENA 1OUDA 1L60A 3C83A 2CUUA 1L01A 3GUNA 1XEPA 4DQ5A 4NHSA 1IOSA 2OU9A 1DXJA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5KXW A;  1OUF A;  207L A;  2HED A;  2ZYP A;  1NKH A;  5KXZ A;  1UIE A;  1GEV A;  1XGR C;  5KY1 A;  4TWS A;  1LZG A;  2ZQ3 A;  1UC0 A;  4IAS A;  4WLY A;  1W08 A;  4ZIX A;  5HMV A;  3WW5 A;  5LYT A;  1I56 A;  2Z12 A;  1SLY A;  1LZY A;  9LYZ A;  3A8Z A;  1VAT A;  3MGW A;  1LYO A;  1GFR A;  1NDG C;  3P66 A;  4KT3 A;  1LKS A;  5FST A;  1UIC A;  4HJY A;  5E9R A;  3ULR A;  1LMT A;  1B5Y A;  4OOO A;  4H94 A;  1ZVY B;  1LSM A;  2HU3 A;  4BAP A;  1REM A;  4PJ2 C;  4II8 A;  4LYZ A;  1BQL Y;  1GBO A;  1HEQ A;  2D4J A;  4DD7 A;  1KIR C;  7LYZ A;  1NMM A;  4J7V A;  4LFX A;  1YAP A;  2XBS A;  1YKX X;  2BQB A;  3D3D A;  4H1P A;  1LHK A;  2W1Y A;  4H9B A;  1C08 C;  4NGI A;  5KXT A;  1BVK C;  3WXT A;  4UWV A;  4XN6 A;  1LJE A;  5F14 A;  3HBD A;  3TXJ A;  1D0M A;  3CB7 A;  4N1C C;  1YAO A;  1B5Z A;  1HNL A;  1HML A;  1LJ4 A;  4RLM A;  1BGI A;  4FDY A;  2Q0M X;  3TXB A;  2DQG Y;  5KXL A;  8LYZ A;  2DQF C;  5B07 A;  2DKV A;  4NHP A;  1YQV Y;  4WM4 A;  4XJD A;  1GXV 2;  2HEC A;  2MEE A;  4NIJ A;  3B0K A;  1UIH A; 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 4H9E A;  2XBR A;  2RSC A;  1HHL A;  1CJ6 A;  2BQI A;  4NHI A;  1PS5 A;  4OWH A;  4WLT A;  1B7Q A;  1P2C C;  1TBY A;  4I8S A;  5B59 A;  3WPL A;  4ETD A;  5HLL A;  2HU1 A;  3CQL A;  2YVB A;  1GF3 A;  2DQD Y;  5I4X A;  1LSA A;  1JPO A;  4H8X A;  5LAG A;  2CGI A;  2BAA A;  1RI8 B;  4GCB A;  2BQL A;  3G3A B;  5D5C A;  4NHT A;  1IR7 A;  1ZMY L;  2DQI Y;  1QTE A;  4RW2 A;  4HP0 A;  5A3Z A;  2MEA A;  4G4B A;  1GFT A;  1LJG A;  2BQK A;  5HNL A;  4NG1 A;  5KKJ A;  1UCO A;  4E3U A;  1QSA A;  5HNC A;  5B1F A;  3ZVQ B;  1OUJ A;  1BVX A;  1GWD A;  4TSB A;  1VAU A;  1LHH A;  1QDR A;  4DWX A;  1OQM A;  5APE A;  4DC4 A;  1JTO L;  1IOT A;  1XGT C;  4WOA A;  2GV0 A;  1LZT A;  2D4K A;  1B9O A;  5KXS A;  1B7M A;  1WQN A;  1LSC A;  3A3Q A;  1UIA A;  1LSN A;  1EQ4 A;  1UBZ A;  4HPI A;  2BQN A;  1HFZ A;  2FBD A;  2CDS A;  1LZA A;  1F6R A;  1GBY A;  2EIZ C;  3W6B A;  1EQ5 A;  4WG1 A;  3RNX A;  4HV1 A;  1IP3 A;  1IC5 Y;  1LHL A;  2LZT A;  4N9R A;  4NGJ A;  5KKI A;  5KXO A;  5LVG A;  1LAA A;  1BWI A;  1LZ6 A;  5FDJ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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