248LA

The response of t4 lysozyme to large-to-small substitutions within the core and its relation to the hydrophobic effect
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTAGAGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title The response of T4 lysozyme to large-to-small substitutions within the core and its relation to the hydrophobic effect.
pubmed rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1997-10-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 248lA00
1L62A 139LA 1C6GA 173LA 209LA 1L68A 2B6TA 4W59A 1QT8A 4ARMA 4LZMA 1C6KA 2RBRA 1LGUA 1LGXA 1L92A 1KY1A 206LA 3HTFA 1L23A 2HUKA 169LA 196LA 242LA 4YXCA 1QSQA 1QUGA 3NY8A 1L74A 155LA 3HU9A 1JQUA 1L98A 3GUPA 2ANVA 2B75A 4ARLA 3DNAA 4LDOA 166LA 230LA 3OE0A 1QS5A 184LA 3SB8A 1L90A 2RB1X 188LA 4W54A 214LA 3OE9A 1L20A 1G1WA 1DYFA 1LYHA 3HT7A 210LA 1QT6A 1CU6A 138LA 4W58A 1C60A 250LA 1L53A 2Q9EA 3L2XA 4OO9A 1C6JA 1L49A 3C82A 1L19A 185LA 3DN6A 1G1VA 1OV5A 1QTCA 218LA 213LA 3C81A 127LA 2RAZX 1QUHA 1L32A 258LA 1L10A 159LA 1L56A 1T8GA 1OV7A 2RBSA 1L85A 1L55A 2B6WA 118LA 1L41A 3V2YA 187LA 1LYFA 3HWLA 4I7SA 148LE 1L89A 4I7RA 1LYJA 4S0WA 1L0JA 3DN2A 4EPFA 1PQKA 3C8SA 1L61A 3C83A 229LA 4EKSA 3QAKA 3DN1A 4EKPA 157LA 1L29A 1P3NA 3GUIA 3EMLA 2L78A 1LYIA 235LA 252LA 4W55A 4I7NA 3DMVA 1SX2A 4EKRA 1L15A 3SB7A 4YX7C 1L00A 142LA 1L58A 4I7MA 1QUDA 2OU0X 1C68A 1T6HA 168LA 215LA 1LLHA 1C6BA 1L25A 2RBOA 4W57A 176LA 211LA 1L70A 1QT3A 4EXMA 3FA0A 1L27A 4EJ4A 2OE9X 2OEAX 1CV5A 1PQDA 1P6YA 195LA 1L46A 3HUQA 1PQIA 1L93A 4W51A 1L43A 1CV4A 113LA 1OVJA 1P7SA 4GRVA 4AQNA 212LA 4YXAC 1JTNA 182LA 3DN4A 1OWZA 152LA 249LA 1C6AA 200LA 251LA 2Z6BA 1LI3A 220LA 1G0PA 2RB2X 140LA 1CU0A 1P5CA 3HDEA 129LA 1KW7A 1D2YA 131LA 248LA 1DYGA 1NHBA 122LA 2NTGA 1CUQA 1SX7A 1CVKA 1L99A 1L51A 1D9WA 4W53A 3SB5A 1L36A 3DN8A 2O79A 2LC9A 1PQMA 141LA 1G0KA 1L47A 1LWGA 1D3NA 3SBBC 1C6IA 5I14A 178LA 3HTBA 112LA 1P56A 1L04A 238LA 4PK0A 239LA 3F9LA 1P37A 222LA 4DAJA 1L33A 3NY9A 201LA 3OE8A 3G3VA 2O7AA 4ARPA 3DMXA 231LA 1L09A 123LA 1L84A 1L48A 1L08A 246LA 1KW5A 1CV0A 190LA 4K5YA 1CUPA 1L54A 244LA 1P64A 1D2WA 2Q9DA 259LA 1L12A 170LA 164LA 247LA 1C63A 1C6QA 1L34A 1QS9A 1L24A 257LA 3SN6R 1DYDA 119LA 1L35A 1B6IA 1T8FA 1L83A 1L06A 221LA 3GUNA 3GULA 3HTGA 1CU5A 1D3FA 3VW7A 2B6YA 233LA 2NTHA 1SWYA 1LI6A 2B72A 183LA 1L28A 1C64A 1L45A 1L80A 102LA 2B6ZA 1G06A 1G07A 3FI5A 2CUUA 1ZWNA 3RZEA 1L02A 2F47A 3GUOA 1XJUA 1QTZA 1L07A 3HUAA 1L76A 1QTDA 3G3WA 161LA 3L64A 156LA 1CU2A 1OYUA 225LA 4ARQA 1L21A 2OTYX 2RBQA 224LA 237LA 2F32A 107LA 2LZMA 1C6TA 1OVHA 1WTHA 4DKLA 1LGWA 1QTHA 125LA 4I7JA 103LA 4E97A 4W56A 1SSYA 3CDOA 151LA 1C6HA 241LA 4I7PA 1DYEA 150LA 3C7ZA 1L69A 262LA 1XEPA 256LA 1G0MA 3RUNA 3K2RA 3GUMA 1L96A 1L75A 5LZMA 4DJHA 7LZMA 1L71A 1G0GA 4I7LA 1L0KA 1QT7A 3HT6A 1DYCA 2B70A 2RAYX 1L16A 2RB0X 1LYDA 1DYAA 245LA 189LA 216LA 2A4TA 4EPIA 1XJTA 1C65A 261LA 3V2WA 3FADA 1C6EA 163LA 1L05A 1C61A 3HDFA 2OU8A 104LA 1LYEA 232LA 2B7XA 1OWYA 2ANXA 3C7YA 192LA 3HH5A 3SB6A 1C6DA 3CDQA 1L87A 1C6LA 111LA 1L40A 1L37A 3SBAA 3HU8A 2OE7X 1DYBA 3D4SA 3DKEX 4GBRB 3DN0A 1C6FA 1QTBA 191LA 146LA 4LDLA 1L73A 4I7QA 3GUJA 1L14A 254LA 1C67A 3C7WA 197LA 1JTMA 2QB0B 219LA 4ARJA 1L03A 128LA 114LA 1L38A 1LWKA 180LA 1L11A 1C62A 2OU9A 1L66A 145LA 3F8VA 1C6MA 4IAPA 1D3MA 3CDRA 4W52A 1CV1A 1QT4A 177LA 1L50A 198LA 2QARC 2IGCA 3HH3A 130LA 1QSBA 1C6NA 1L18A 205LA 2RBPA 1KY0A 3SB9A 3C8QA 2HULA 2RBNA 171LA 228LA 1T8AA 120LA 3C80A 1LYGA 1C66A 1CX6A 109LA 160LA 4PJZA 1L64A 3LZMA 1L59A 1ZYTA 2B6XA 1SSWA 1L67A 174LA 1L94A 1L72A 223LA 1L17A 4EKQA 3HH6A 1L86A 4I7KA 1C6PA 1CTWA 1L97A 2OE4X 167LA 172LA 236LA 3DN3A 162LA 3HTDA 3CDTA 4I7OA 1K28A 1OVKA 1P2RA 1SWZA 1I6SA 1LI2A 260LA 3JR6A 137LA 3G3XA 1P36A 243LA 1L63A 3HT9A 1KNIA 199LA 1L30A 1L65A 255LA 3DMZA 1L01A 1T97A 4ARQB 110LA 2OTZX 2F2QA 240LA 1C69A 1L95A 1L81A 4LDEA 3UONA 253LA 1G0LA 2RH1A 158LA 1L57A 2HUMA 3ODUA 1L44A 1L88A 115LA 1L39A 1L31A 1P46A 3PBLA 4I7TA 1PQOA 1L91A 1L13A 1LW9A 1QTVA 227LA 6LZMA 143LA 3CDVA 1EPYA 3PDSA 1L26A 144LA 1QT5A 3HT8A 4ZPUA 1CV3A 3HUKA 186LA 1C6CA 175LA 149LA 2O4WA 234LA 1P2LA 2B73A 1CX7A 1CU3A 1ZURA 1G0QA 1PQJA 181LA 2LCBA 226LA 126LA 1L52A 1TLAA 2B74A 1KS3A 3C8RA 1G0JA 1QUOA 217LA 3HH4A 3OE6A 108LA 1L79A 147LA 1L60A 3NYAA 165LA 3GUKA 1L82A 1L77A 1D3JA 4ARMB 1L42A 1L22A 1CV6A 1LPYA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4YF2A 3RT5X 1L68A 4WLDA 1YKXX 1YIKA 1GE0A 4LYMA 1QT8A 2RBRA 2DQDY 1HEWA 1FDLY 5B06A 1IC4Y 206LA 1C7PA 5KXYA 1BWIA 1IVMA 2HUKA 4YXCA 1LZSA 5A3EA 3AZ6A 1VEDA 155LA 2D6BA 1L98A 2ANVA 2B75A 2MEFA 3DNAA 5B07A 166LA 230LA 4YOPA 3OE0A 4ETAA 1QS5A 3OJPA 2RB1X 1UIGA 2BPUA 2MEDA 1DYFA 1WQQA 2DQHY 1QT6A 1CU6A 1HFZA 1C60A 1L53A 3L2XA 4OO9A 4NHIA 3TXIA 1GB8A 3ULRA 3TXHA 4NGOA 1AT6A 3T6UA 1IP6A 4H9BA 2RAZX 1L10A 159LA 2MEEA 4NFVA 4NEBA 1IIZA 1OV7A 4XN6A 4IATA 1L85A 4Z41A 1DQJC 118LA 1OUJA 2B6WA 2X0AA 2MEIA 4NSGA 4I7SA 1GB3A 1L89A 1LYJA 2YBLA 3A3RX 1PQKA 3WW6A 5KXNA 1AZFA 4QEQA 1LZ1A 1GF6A 4WG1A 3D9AC 4KL7A 1B7PA 4DD7A 4EKPA 1P3NA 2BQEA 4W55A 4I7NA 1KIQC 1CJ8A 2Z2EA 3TXFA 4B4IA 1REMA 5KXKA 3SB7A 4J0LA 1L00A 5KXTA 5KXZA 1T6HA 168LA 215LA 1L25A 1RFPA 1CKCA 4EXMA 1REYA 4EJ4A 4Z3MA 2OE9X 2D91A 1PQDA 133LA 4NGYA 1P6YA 195LA 1L46A 3AW7A 2XJWA 1FLWA 2EIZC 4DD9A 2YSSC 1YL1X 2DQJY 4AQNA 2DQFC 1BWHA 2EQLA 4DD2A 4RLMA 5D5CA 1OWZA 3HBEX 5C6LA 5D5FA 4BAPA 3W6DA 140LA 1GBWA 4NSJA 3RNXA 3A3QA 4CFPA 1CUQA 2HU1A 153LA 1L51A 1D9WA 1XFPL 1HMLA 3DN8A 2O79A 5F81A 1GDWA 5ILCA 2I25L 2ZQ3A 2ZIKA 178LA 1FLYA 3HTBA 5DM9A 238LA 3F9LA 1P37A 1GFAA 2ZYCA 1LSAA 5KJ9A 3OE8A 3GXKA 3DMXA 194LA 4WOAA 1LHIA 5LAFA 4NGIA 1IP7A 1CV0A 190LA 1D0LA 4OOOA 4K5YA 2Q9DA 4Z98A 3P68A 2LYZA 247LA 1C6QA 1B2KA 2XBSA 3A67Y 1DYDA 1B5WA 1L35A 1T8FA 4HJVA 3GUNA 3HTGA 1BB6A 3VW7A 1SWYA 4PHIA 2DQEY 1C64A 1GAZA 102LA 1G7JC 2A7FA 2Z2FA 3CT0A 1D0KA 1G07A 4NY5A 1IWWA 1ZWNA 1L02A 1FKVA 1NQIA 3GUOA 1QUTA 1EQEA 2MEAA 1CKGA 3G3WA 1OYUA 1IWTA 225LA 1IP3A 4MR1A 4CJ2A 1QTHA 4OWBA 4GLVA 4XENA 1DYEA 1GFRA 3G3AB 1CJ9A 256LA 4NHTA 4DDAA 4G4CA 4C5FA 3HT6A 1GF0A 1LSBA 1ALCA 2HU3A 2B70A 1OQMA 5LA8A 3WH1A 1LZ6A 245LA 1B0DA 1XJTA 4R6CA 2FYDA 1C6EA 1C61A 2OU8A 1LYEA 2H5ZA 1N4FA 1L87A 1IO5A 2BLXA 111LA 3SBAA 4ET8A 2HEEA 1QTBA 1J1PY 4J1AA 2G4PA 2BQDA 1GFJA 3GUJA 2FBBA 1OUDA 1L03A 1B7OA 1L38A 5L9JA 5LVGA 1L66A 3WPLA 2Z37A 1IP1A 4IAPA 5FHWA 5DN4A 4XJHA 3SP3A 1QT4A 2G4NA 2YBIA 1LHLA 205LA 2RBPA 1LOZA 171LA 3C80A 1CX6A 109LA 4M4OA 1GFUA 1L67A 174LA 4WM6A 223LA 1L17A 2ZNWY 3HH6A 4I7KA 1LSPA 1CTWA 2OE4X 236LA 1YKZX 3HTDA 4GCDA 2ZYPA 1K28A 1OVKA 1HC0A 1LI2A 3JR6A 4PRQA 3TMVA 1BQLY 1C10A 1WQOA 1B7NA 1P36A 3WUMA 5KXXA 199LA 1LKRA 3WXTA 2OTZX 240LA 4H9IA 1L95A 3UONA 2I6ZA 4DD3A 1IOQA 1LZAA 3AGGG 1L44A 3D3DA 1L88A 3W6FA 2Y8PA 2N5ZA 1L91A 1QTVA 3J6KA 4B4JA 4HTQA 3W6BA 4GN4A 1EPYA 3PDSA 3HT8A 4ZPUA 5IHGA 149LA 4GCFA 2B73A 2CGIA 1I20A 1HHLA 1D0MA 1AT5A 4B49A 1O23A 5I4WA 2LCBA 4QGZA 4CFOA 1LJGA 217LA 3OE6A 147LA 4H1PA 1FN5A 1L82A 4WMGA 1QDRA 3MGWA 5L3HA 4ETCA 1C6GA 3ZEKA 4LGKA 173LA 2YBHA 1LZ5A 4W59A 4ARMA 4LZMA 1P2CC 3LYZA 1IWXA 1LGUA 1XEIA 1KY1A 1LZ8A 1LZ4A 1KXXA 1L74A 1B7RA 4Z46A 1GFGA 4ARLA 5IDDA 1DI4A 1B5UA 5EBHA 3K3TA 4G49A 5DLAA 1GE3A 188LA 214LA 1BVXA 4LT2A 1IP4A 1WQPA 210LA 1JKBA 2G4QA 250LA 3WU7A 1T6VL 4DWXA 2C8PA 1L49A 3RZ4A 1VATA 4IASA 1HEQA 3C82A 185LA 4HV2A 2C8OA 1G1VA 1QTCA 1UCOA 3WPJA 3ATNA 4H94A 3T36A 2F4GA 127LA 3C81A 5HLLA 1QUHA 1L32A 1GE2A 4ZIXA 4XYYA 1L55A 5C6JA 1LSMA 3AJNA 1GDXA 1L0JA 3DN2A 4EPFA 1L61A 3C83A 3QAKA 2FBDA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4YF2 A;  3RT5 X;  1L68 A;  4WLD A;  1YKX X;  1YIK A;  1GE0 A;  4LYM A;  1QT8 A;  2RBR A;  2DQD Y;  1HEW A;  1FDL Y;  5B06 A;  1IC4 Y;  206L A;  1C7P A;  5KXY A;  1BWI A;  1IVM A;  2HUK A;  4YXC A;  1LZS A;  5A3E A;  3AZ6 A;  1VED A;  155L A;  2D6B A;  1L98 A;  2ANV A;  2B75 A;  2MEF A;  3DNA A;  5B07 A;  166L A;  230L A;  4YOP A;  3OE0 A;  4ETA A;  1QS5 A;  3OJP A;  2RB1 X;  1UIG A;  2BPU A;  2MED A;  1DYF A;  1WQQ A;  2DQH Y;  1QT6 A;  1CU6 A;  1HFZ A;  1C60 A;  1L53 A;  3L2X A;  4OO9 A;  4NHI A;  3TXI A;  1GB8 A;  3ULR A;  3TXH A;  4NGO A;  1AT6 A;  3T6U A;  1IP6 A;  4H9B A;  2RAZ X;  1L10 A;  159L A;  2MEE A;  4NFV A;  4NEB A;  1IIZ A;  1OV7 A;  4XN6 A;  4IAT A;  1L85 A;  4Z41 A;  1DQJ C;  118L A;  1OUJ A;  2B6W A;  2X0A A;  2MEI A;  4NSG A;  4I7S A;  1GB3 A;  1L89 A;  1LYJ A;  2YBL A;  3A3R X;  1PQK A;  3WW6 A;  5KXN A;  1AZF A;  4QEQ A;  1LZ1 A;  1GF6 A;  4WG1 A;  3D9A C;  4KL7 A;  1B7P A;  4DD7 A;  4EKP A;  1P3N A;  2BQE A;  4W55 A;  4I7N A;  1KIQ C;  1CJ8 A;  2Z2E A;  3TXF A;  4B4I A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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