234LA

T4 lysozyme mutant m106l
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQLGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Context-dependent protein stabilization by methionine-to-leucine substitution shown in T4 lysozyme.
pubmed rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1997-10-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 234lA00
1T6HA 1DYAA 242LA 4ARQA 1P2RA 122LA 190LA 1DYFA 1L74A 192LA 1L39A 1C63A 225LA 159LA 1ZURA 1QT7A 129LA 1XJTA 3OE6A 1QUHA 1C69A 3C83A 1G1WA 1CVKA 1L89A 3G3VA 1CV4A 2B74A 3SB7A 191LA 227LA 3C7YA 1DYGA 1L47A 4W58A 1L48A 1L66A 244LA 1P46A 1LI3A 1OV7A 4LDLA 4ARQB 3HT7A 1T8AA 1LWKA 1CV5A 3GUPA 253LA 1LYJA 231LA 1PQMA 3LZMA 2OTZX 1L20A 4ARMB 1P56A 3HT8A 198LA 1L42A 248LA 1G0PA 195LA 1WTHA 1L91A 245LA 1L92A 3G3XA 3GUMA 2HUMA 170LA 4GRVA 3GULA 127LA 102LA 4EPIA 109LA 3HT6A 1QSQA 3DKEX 1L79A 1L80A 243LA 1QUDA 1P36A 1G06A 189LA 1XJUA 3HU9A 180LA 1C62A 1NHBA 1KW7A 1L27A 176LA 1L08A 1LW9A 254LA 261LA 1G0QA 1L34A 2HUKA 4I7JA 1T8GA 1L03A 1L65A 1L21A 2B6WA 1L67A 1P5CA 2NTGA 1C6EA 3L64A 2RB1X 3HTBA 113LA 1L88A 234LA 4ARJA 1C6DA 2Z6BA 3CDQA 1LYGA 1L40A 5LZMA 1C60A 1CUPA 226LA 1L62A 1OVKA 143LA 1L49A 4EKQA 2O4WA 1L15A 1PQIA 1C6MA 4W51A 1C68A 1T97A 2B72A 1L25A 6LZMA 187LA 232LA 1OWYA 1T8FA 157LA 186LA 2OE9X 139LA 4I7LA 1PQDA 166LA 1L12A 178LA 141LA 1CU0A 128LA 2NTHA 172LA 1LPYA 2LC9A 1LWGA 1D2WA 3DNAA 1L77A 3HU8A 213LA 2OE4X 257LA 1QT4A 3HUQA 1C61A 1QT5A 1SX2A 1L38A 1CV0A 182LA 3HH4A 1L11A 4W57A 1CTWA 111LA 4DAJA 1QT3A 3F9LA 3C81A 3V2YA 211LA 1L05A 1LYIA 238LA 235LA 1L87A 3CDOA 3QAKA 1C6CA 1L19A 2L78A 145LA 2RAZX 1OVJA 4K5YA 237LA 1KNIA 114LA 1L56A 110LA 1D3NA 3UONA 1C65A 205LA 2OE7X 1DYCA 1KS3A 3HWLA 115LA 3DN8A 2RB2X 164LA 1LGUA 1QS5A 3JR6A 3HDEA 3VW7A 108LA 1ZWNA 2Q9EA 1L71A 1C6FA 2LCBA 2LZMA 239LA 3RUNA 1L64A 4I7MA 1QT6A 1L41A 150LA 3CDVA 5I14A 1P6YA 3HTFA 1L98A 1L76A 240LA 3FADA 1L95A 3HUKA 236LA 1L0JA 1L28A 1C6QA 1QTCA 3GUIA 1L81A 1L59A 131LA 125LA 4OO9A 2O7AA 1L35A 4LDOA 1KY1A 3OE0A 148LE 4EKPA 1L29A 3OE9A 1L85A 4PJZA 2QARC 167LA 175LA 2RBQA 158LA 1ZYTA 201LA 1C6NA 3L2XA 1L24A 4I7PA 2F32A 1D3JA 3DN2A 1OVHA 258LA 118LA 120LA 2ANVA 209LA 2F47A 162LA 1L06A 3SB8A 200LA 1D2YA 210LA 1LYFA 1L37A 1DYDA 1L72A 2RBOA 1JTMA 1XEPA 2F2QA 4LZMA 147LA 4ARLA 1P3NA 3HH5A 1L63A 2OEAX 4PK0A 1D3MA 1C66A 4ARPA 1C6KA 241LA 1L93A 3DN0A 1L70A 174LA 112LA 2ANXA 4W55A 1L10A 1L54A 3DMVA 2B75A 224LA 4EKRA 1CU6A 152LA 1CV3A 3GUJA 2RBNA 103LA 1OYUA 1L33A 1L58A 3DMZA 2RBPA 214LA 1QTZA 1QUOA 3FI5A 1OWZA 215LA 1SSWA 177LA 1L45A 173LA 1L69A 3C82A 107LA 4W54A 3CDTA 1L55A 2B70A 247LA 2OU9A 255LA 3C7WA 1L18A 1LGXA 1C6GA 144LA 1CX7A 3C80A 1L02A 212LA 1L09A 1KW5A 3GUOA 3C8RA 1L52A 1QTHA 2OU0X 146LA 104LA 3DN6A 1L83A 142LA 1C6AA 1L23A 2QB0B 1L14A 260LA 1L61A 2A4TA 1L50A 3SB9A 1G0KA 3GUNA 1DYBA 1EPYA 3HT9A 1C6PA 251LA 4I7RA 156LA 246LA 1LGWA 1C6HA 1QT8A 4W56A 1L07A 2RAYX 3V2WA 1QTDA 1L26A 1L94A 1SWZA 1L75A 1L22A 222LA 1SSYA 221LA 3D4SA 1QUGA 1L46A 1P37A 1C64A 151LA 1L84A 1L43A 1L90A 1P64A 168LA 2B6TA 4I7QA 2OU8A 4W59A 4EKSA 4EXMA 3NY8A 1P7SA 1C6TA 4I7SA 1L96A 183LA 2Q9DA 1L04A 1L57A 4ZPUA 1L32A 130LA 4ARMA 233LA 1JTNA 1KY0A 4I7KA 1PQJA 1PQKA 228LA 161LA 2OTYX 2RB0X 3HDFA 1C6BA 3C8SA 1L68A 4W52A 2RH1A 1L01A 1CU2A 3ODUA 3DN3A 1L0KA 3SN6R 1LI6A 2HULA 3RZEA 3NYAA 4I7NA 1L44A 137LA 1SX7A 1PQOA 3HH3A 188LA 1L73A 1G1VA 1L53A 3CDRA 1QTBA 1L17A 4YXCA 259LA 1CUQA 2B6XA 4GBRB 197LA 1L60A 3SB5A 196LA 1TLAA 1C6JA 4YX7C 1CU3A 223LA 149LA 1QSBA 3OE8A 1L13A 4I7OA 7LZMA 1D9WA 3FA0A 3G3WA 140LA 2B73A 252LA 1LYDA 1C6LA 1L97A 1G0MA 1DYEA 138LA 2B7XA 229LA 126LA 3HTDA 1I6SA 2B6ZA 2CUUA 199LA 1G0LA 1CU5A 216LA 3EMLA 2B6YA 1L82A 1B6IA 1LI2A 3C7ZA 1CV6A 3F8VA 1L86A 3SBBC 1C6IA 1L36A 3DN1A 155LA 219LA 256LA 230LA 4EJ4A 4DKLA 1L16A 1L00A 262LA 218LA 1P2LA 4S0WA 2IGCA 3K2RA 3DMXA 123LA 1L30A 4I7TA 249LA 1C67A 171LA 2RBRA 4W53A 1L51A 3HUAA 1LYHA 1L31A 4DJHA 1OV5A 3HH6A 4AQNA 4YXAC 1QS9A 185LA 1CV1A 3DN4A 220LA 1QTVA 2O79A 119LA 3C8QA 1LLHA 1LYEA 3HTGA 4LDEA 1K28A 4E97A 3PDSA 1L99A 3PBLA 250LA 165LA 1D3FA 169LA 160LA 181LA 163LA 4EPFA 1G0GA 3GUKA 3NY9A 217LA 1SWYA 2RBSA 3SB6A 1CX6A 206LA 3SBAA 184LA 4IAPA 1JQUA 1G0JA 1G07A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1QTEA 1MELL 2C8PA 1TCYA 1GF5A 5LAGA 1OUEA 1QT7A 193LA 4TUNA 1XJTA 1NKHA 4G4BA 1IP7A 1VDTA 1YAMA 3TXKA 3C83A 3A93A 4XJIA 3TXHA 1JSEA 1CVKA 191LA 5LXWA 1L66A 3M3UA 1OV7A 3AGGG 3HT7A 5LIOA 1T8AA 1LWKA 3WU8A 9LYZA 3WVXA 195LA 1WTHA 4OWBA 1HEOA 245LA 3ZEKA 3WH1A 4XJDA 4ETEA 4GRVA 1LAAA 4EPIA 1AT6A 1FKVA 2BLXA 243LA 1BWJA 1P36A 1B7RA 1CJ9A 3HU9A 2LZTA 1NHBA 1RCMA 5HNLA 254LA 1IC7Y 1G0QA 2HUKA 1T8GA 1L03A 1GE3A 1LZ8A 1XEIA 1P5CA 2LYMA 5I4XA 3EO5A 1C6EA 3AZ4A 1HEPA 2W1LA 1WTMA 5LVJA 1CKDA 1UIHA 1C6DA 5LVKA 1C60A 5E4PA 1CUPA 226LA 3WPKA 1H6MA 1JTPL 1GF0A 4FJRA 1C68A 4OOTA 1LJHA 1JTTL 4DD9A 166LA 178LA 1GFHA 141LA 1CU0A 2NTHA 2GV0A 1UICA 2LC9A 3GXKA 1D2WA 1B7SA 1D0LA 1C61A 1SX2A 1CV0A 182LA 3HH4A 1L11A 5J7CA 4W57A 1GBOA 4RDSA 2BQHA 2EIZC 4DAJA 211LA 5IDDA 3J4GA 235LA 3QAKA 3VWOA 1C6CA 2RAZX 1YILA 3TXFA 4GCBA 237LA 1KNIA 1L56A 3RW8A 1D3NA 1JJ0A 205LA 1DYCA 2N5ZA 1B5YA 164LA 4H1PA 1IX0A 108LA 1ZWNA 1L71A 4OWHA 239LA 1OUIA 3TMWA 4J0LA 1GB9A 1L41A 1GB7A 1OUHA 1F10A 2Z19A 1GDWA 1P6YA 3HTFA 1G7LC 4N0JA 4HTQA 1B5XA 1L28A 3W6CA 1QTCA 125LA 2MEFA 3OE0A 2DQFC 3B0IA 1OUCA 201LA 1C6NA 1XFPL 4H8YA 2AUBA 1E8LA 1YKZX 1OVHA 1LSDA 3IJVA 209LA 1D2YA 1VDQA 1B2KA 1PS5A 1L37A 1IP1A 1DYDA 4Z98A 3KAMA 1JTMA 2F2QA 3A8ZA 1BVXA 1GDXA 2BQGA 2OEAX 4ARPA 1B7OA 2XQOA 3DN0A 5KXSA 2ANXA 4PRQA 1I56A 1CV3A 3GUJA 2MEHA 4GCCA 1OYUA 3AB6A 1HNLA 1NBZC 1I20A 1L58A 1YQVY 2RBPA 214LA 4OW1A 4H9EA 1GWDA 4GCDA 4NG1A 2CJLA 1L45A 173LA 1L69A 2I25L 3P68A 4W54A 1XGRC 2B70A 1IY4A 3C7WA 1L18A 2D4JA 3CQLA 3C80A 3P66A 2DQAA 3GUOA 1TBYA 1QTHA 2OU0X 5DLAA 104LA 3DN6A 5KXPA 2BQBA 1C6AA 1L23A 4YEMA 1L14A 1H87A 5KXLA 1P2CC 2Z18A 3QNGA 1NHEA 1LZBA 4I7RA 156LA 1LGWA 4TSCA 4NWHA 1L22A 1SSYA 2Z2FA 1UIBA 1C64A 2FBDA 2HEFA 1VEDA 1L43A 3RNXA 1LSYA 2OU8A 4W59A 3HBDA 183LA 1GF3A 2Q9DA 1L04A 6LYZA 1L32A 2EPEA 5HMVA 2FYCA 233LA 4DYGA 1WVUA 4KPMA 3WVYA 161LA 2OTYX 4NGLA 4LT3A 1L68A 1JHLA 1L01A 1PZYA 4QY9A 1UIGA 1YROA 4ETCA 1LHLA 2HULA 4B4JA 1I1ZA 4YOPA 1DKKA 4GN3A 1G7MC 4FDYA 1IWZA 1QUSA 3HBEX 3RT5X 4ETDA 1GHLA 1GFVA 197LA 1TLAA 3W3EA 1JITA 4WLTA 5LYMA 1BB7A 4YF2A 1AT5A 1BB5A 2BLYA 140LA 1IP4A 252LA 1GXV2 1LMQA 5FHWA 138LA 1DQJC 133LA 2YDGA 4H9AA 4WL7A 3HTDA 1I6SA 2B6ZA 1G0LA 4DD7A 1CU5A 5FDJA 4PHIA 1LI2A 1LJ3A 1LKSA 4MSTA 1L86A 3SBBC 1L36A 1UIEA 1JISA 4H92A 5DL9A 230LA 4EJ4A 4ANRA 4O34A 1EL1A 262LA 218LA 4C3WA 2IGCA 5KXNA 3K2RA 3DMXA 3FI7A 1GE2A 4I7TA 171LA 4W53A 4XJGA 4G9SA 4DJHA 1LZGA 1UIFA 1LZCA 3CT5A 4YXAC 1CV1A 3DN4A 1ZVHL 4NGOA 1BVKC 3C8QA 1B5UA 4LDEA 2HEEA 1J1PY 5LYTA 160LA 181LA 1LZEA 1LSBA 3NY9A 1SWYA 1LZ5A 2DQDY 4NSHA 3EBAB 1VATA 1T6HA 1DYAA 4X3BA 3B6LA 2G4NA 1P2RA 1LMCA 4AGAA 122LA 192LA 4HV2A 4NG8A 1LZRA 159LA 1D0KA 129LA 5B06A 1GBXA 1GB6A 4DQ5A 1QUHA 4H9CA 1LSMA 1XGPC 3G3VA 4WLYA 1CV4A 2B74A 3BKVA 227LA 1D6QA 3C7YA 1BGIA 4WO9A 4DQJA 2W1MA 3CSZA 2XTHA 4PJ2C 1OP9B 4NWEA 3AZ6A 3GUPA 3A34A 1FKQA 1PQMA 1WQRA 1LSNA 4WM1A 1P56A 248LA 1G0PA 1L91A 4WM3A 2Z37A 1L92A 4P2EA 3GUMA 1IP2A 3A95A 1LJGA 3W6FA 1QSQA 3DKEX 1L80A 2HEAA 1G06A 189LA 2IFFY 1IR8A 4DD2A 1KW7A 2BPUA 176LA 4NHTA 4N9RA 2NWDX 1LTMA 4PRUA 5F16A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1QTE A;  1MEL L;  2C8P A;  1TCY A;  1GF5 A;  5LAG A;  1OUE A;  1QT7 A;  193L A;  4TUN A;  1XJT A;  1NKH A;  4G4B A;  1IP7 A;  1VDT A;  1YAM A;  3TXK A;  3C83 A;  3A93 A;  4XJI A;  3TXH A;  1JSE A;  1CVK A;  191L A;  5LXW A;  1L66 A;  3M3U A;  1OV7 A;  3AGG G;  3HT7 A;  5LIO A;  1T8A A;  1LWK A;  3WU8 A;  9LYZ A;  3WVX A;  195L A;  1WTH A;  4OWB A;  1HEO A;  245L A;  3ZEK A;  3WH1 A;  4XJD A;  4ETE A;  4GRV A;  1LAA A;  4EPI A;  1AT6 A;  1FKV A;  2BLX A;  243L A;  1BWJ A;  1P36 A;  1B7R A;  1CJ9 A;  3HU9 A;  2LZT A;  1NHB A;  1RCM A;  5HNL A;  254L A;  1IC7 Y;  1G0Q A;  2HUK A;  1T8G A;  1L03 A;  1GE3 A;  1LZ8 A;  1XEI A;  1P5C A;  2LYM A;  5I4X A;  3EO5 A;  1C6E A;  3AZ4 A;  1HEP A;  2W1L A;  1WTM A;  5LVJ A;  1CKD A;  1UIH A;  1C6D A;  5LVK A;  1C60 A;  5E4P A;  1CUP A;  226L A;  3WPK A;  1H6M A;  1JTP L;  1GF0 A;  4FJR A;  1C68 A;  4OOT A;  1LJH A;  1JTT L;  4DD9 A;  166L A;  178L A;  1GFH A;  141L A;  1CU0 A;  2NTH A;  2GV0 A;  1UIC A;  2LC9 A;  3GXK A;  1D2W A;  1B7S A;  1D0L A;  1C61 A; 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