3DN0A

Pentafluorobenzene binding in the hydrophobic cavity of t4 lysozyme l99a mutant
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAAINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Bacteriophage t4
publication title Halogenated benzenes bound within a non-polar cavity in T4 lysozyme provide examples of I...S and I...Se halogen-bonding.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
total genus 60
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2008-07-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3dn0A00
3SN6R 1L54A 1P7SA 2RB2X 3HDEA 2O7AA 5I14A 1QT5A 241LA 3HTFA 3G3XA 1LPYA 210LA 1C6TA 1C6EA 1G0JA 181LA 168LA 1L0KA 2OTZX 2B74A 1L13A 2ANXA 4W54A 2B75A 4I7TA 1QTZA 178LA 1QSQA 4DJHA 1C6HA 1LYEA 166LA 3DKEX 1L29A 1L10A 146LA 3NYAA 1SX2A 1DYFA 3C7YA 1L57A 142LA 1QT6A 1L82A 1L96A 228LA 4DAJA 1L06A 1CUQA 1L66A 1L39A 175LA 1QSBA 1L72A 122LA 3HH5A 1NHBA 1L60A 1ZURA 1L49A 2HUMA 3F9LA 1L63A 169LA 1CVKA 1LI2A 4ARMA 118LA 205LA 167LA 1L70A 3C7ZA 129LA 1SSWA 1OWYA 216LA 180LA 3C82A 2B6XA 4I7LA 3L64A 1L61A 1L80A 1L77A 2NTGA 4ARMB 1P5CA 1L71A 159LA 1L15A 1XJUA 1G0MA 1OWZA 1L30A 4LDEA 214LA 1L53A 2HUKA 2RBNA 145LA 1L52A 4AQNA 3DMXA 1L34A 3HDFA 4EKQA 3HTDA 164LA 1C62A 240LA 1QS9A 184LA 217LA 4GBRB 1I6SA 2B73A 1OV5A 1G06A 258LA 1QT3A 1CV3A 4W57A 103LA 1LYHA 230LA 1L37A 112LA 4YX7C 1L38A 1CTWA 2QB0B 2OU8A 1L73A 1QS5A 1XJTA 3V2YA 1OVJA 3DNAA 1L87A 1LYDA 1JQUA 3DN8A 3FI5A 2B6TA 1L92A 1OYUA 1L23A 5LZMA 1L08A 1L62A 1D2YA 126LA 3PDSA 104LA 1C6NA 255LA 2O4WA 1G1VA 1L12A 251LA 130LA 189LA 3G3VA 1KS3A 4ARJA 3HU8A 1SWZA 1QT8A 201LA 3CDVA 3RZEA 1P2RA 190LA 249LA 127LA 1L74A 1L0JA 1CU0A 2Q9EA 1D9WA 1L55A 2ANVA 4W51A 2L78A 143LA 3GULA 2IGCA 114LA 3HUQA 4I7PA 1C6QA 120LA 1C6KA 1DYAA 1L50A 197LA 1L41A 3C8RA 3HU9A 4W52A 3SB8A 198LA 2RBQA 1QTBA 148LE 246LA 119LA 1L42A 3DN1A 1L40A 113LA 2B7XA 1T8FA 1XEPA 200LA 115LA 1D3FA 199LA 196LA 3DMVA 218LA 250LA 1C60A 235LA 1L51A 4W58A 4ARLA 158LA 1L35A 1C6BA 1C66A 191LA 206LA 4S0WA 213LA 162LA 1L85A 2OU9A 1CV1A 1DYEA 2F47A 4I7NA 4K5YA 1JTNA 1L46A 3G3WA 1CU2A 1L58A 1PQKA 4I7MA 231LA 3HWLA 1PQIA 1L19A 2OEAX 3OE0A 123LA 1L94A 1LWGA 261LA 2B6ZA 2B72A 2OE4X 3DN6A 147LA 2F32A 1QTVA 2LC9A 1L45A 4EXMA 1G0GA 1CU6A 4I7OA 2RAZX 254LA 1L98A 192LA 4DKLA 163LA 1L89A 1SSYA 2F2QA 1C6IA 1QT4A 141LA 3SB6A 3C83A 1C69A 1PQDA 221LA 1L84A 1WTHA 2OTYX 1QUGA 2QARC 1L17A 1C68A 1L75A 1C6CA 3C8SA 2Q9DA 232LA 3DMZA 137LA 1T8AA 4EPIA 161LA 1LGUA 157LA 3DN4A 3HH6A 1L33A 1P3NA 1LYFA 1L86A 4LDOA 1L95A 1L93A 3CDRA 1L97A 222LA 171LA 3CDTA 1L43A 4W55A 1LWKA 1CX6A 238LA 182LA 3CDOA 4I7SA 170LA 219LA 3VW7A 4EKSA 262LA 3C81A 1PQOA 1P56A 4W56A 1G07A 1G0QA 4I7KA 4LZMA 155LA 1KY0A 107LA 1CUPA 151LA 1L28A 2RB0X 1CU5A 108LA 1JTMA 3GUOA 2B70A 1KW7A 3UONA 3SBAA 1P64A 3FA0A 3NY8A 1G0PA 1L07A 188LA 1L81A 1T97A 1OVKA 244LA 186LA 1DYBA 3HUKA 4PJZA 2RAYX 237LA 233LA 177LA 1LYGA 1L02A 1QTDA 172LA 225LA 2CUUA 3HH3A 150LA 1DYCA 253LA 2RBRA 3C80A 3F8VA 1L65A 156LA 1P2LA 209LA 1L05A 243LA 1QUOA 3C8QA 1KY1A 3GUIA 1LI6A 185LA 3HTGA 1K28A 1C6FA 3GUPA 3PBLA 3HT6A 1EPYA 4ARPA 4EKRA 248LA 1TLAA 2LZMA 1QTHA 1L18A 1L25A 173LA 1P6YA 1L24A 2O79A 1L22A 4EJ4A 229LA 1PQJA 1C6AA 3ODUA 4PK0A 3HT7A 1L68A 1CV6A 183LA 1CU3A 247LA 4ARQA 1L27A 1C6DA 3HUAA 1CV5A 174LA 1CV4A 109LA 1LGWA 3GUJA 242LA 220LA 1L01A 1C6LA 3SBBC 1L76A 1C67A 4ARQB 3SB5A 1CX7A 139LA 224LA 7LZMA 131LA 1T6HA 1L47A 1L04A 2RBOA 1G0KA 1L64A 111LA 1DYGA 3V2WA 1L32A 2RH1A 140LA 4EPFA 1L67A 1L16A 2A4TA 3FADA 110LA 4I7JA 1OVHA 1L59A 1L56A 239LA 1QUHA 3GUMA 1QUDA 3NY9A 2RBPA 1L91A 149LA 2B6YA 3HH4A 4IAPA 102LA 211LA 2HULA 1L79A 1L11A 1KW5A 260LA 3JR6A 3C7WA 3GUKA 4LDLA 4W53A 1L69A 1P37A 3LZMA 3L2XA 1C64A 1SWYA 2B6WA 3DN0A 1L83A 1LI3A 2OE7X 187LA 227LA 2NTHA 1P46A 2OE9X 1C61A 1L03A 1L14A 1L44A 3DN3A 1D3MA 1QTCA 1PQMA 226LA 1C63A 234LA 1KNIA 1LW9A 1C6MA 4W59A 125LA 1L99A 1L88A 212LA 1LGXA 1QT7A 1L00A 1LYJA 257LA 3D4SA 1LLHA 4ZPUA 259LA 165LA 1L31A 3OE8A 3HTBA 3DN2A 3OE6A 160LA 3RUNA 1C6PA 138LA 1OV7A 3HT8A 3K2RA 4I7RA 1G1WA 195LA 1B6IA 3OE9A 3SB7A 223LA 1ZWNA 1L90A 2OU0X 3EMLA 3GUNA 245LA 1L20A 144LA 2LCBA 4GRVA 1C65A 1L26A 152LA 3CDQA 215LA 1L36A 1D3NA 4OO9A 1P36A 128LA 1G0LA 4E97A 4EKPA 3HT9A 2RBSA 252LA 1SX7A 1L09A 1LYIA 256LA 1C6GA 2RB1X 176LA 3QAKA 6LZMA 1T8GA 4YXAC 1C6JA 1D3JA 236LA 1L21A 3SB9A 1D2WA 1ZYTA 1CV0A 1DYDA 1L48A 2Z6BA 4YXCA 4I7QA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1PZYA 4WG7A 2O7AA 1N4FA 5HMJA 5I14A 2BQDA 3QY4A 1B5YA 3A67Y 3HTFA 4C3WA 1XEIA 3OK0A 1C6TA 1LHKA 2WARA 1GF4A 4PHIA 181LA 1TBYA 2OTZX 2B74A 2MEDA 3A94A 1QTZA 2Z39A 4DJHA 1C6HA 4H9CA 5B05A 1GEZA 3NYAA 3C7YA 2MEFA 1L82A 228LA 1L39A 5I5QA 175LA 3WUMA 1L60A 1WQRA 1G7HC 1L63A 4LT0A 1CVKA 205LA 167LA 1L70A 2DQJY 1GE3A 2F2NA 8LYZA 216LA 180LA 3C82A 2IFFY 1L80A 1L77A 2NTGA 1P5CA 5I4WA 1L15A 1XJUA 4B4IA 5B07A 1IIZA 1OWZA 1L30A 4LDEA 214LA 4H94A 4YM8A 1GFGA 4NSGA 2C8PA 2I25L 1L34A 3HDFA 1ZVYB 4J7VA 3M18B 5HMVA 4XADA 1G06A 4Z41A 258LA 2ZYCA 4H9HA 4W57A 103LA 1LYHA 5LIOA 2QB0B 1LYZA 1CJ6A 4CJ2A 1QS5A 2Z18A 3DNAA 4E3UA 1LYDA 1GXV2 1JQUA 1FLUA 4NGJA 1B7OA 1KIPC 4L41A 5KXTA 1L62A 5F81A 1DXJA 1XGTC 1C6NA 255LA 1VDPA 1DZBX 5II3A 1LSMA 201LA 208LA 3RZEA 3F6ZA 1JITA 3AZ7A 1GD6A 127LA 1YAMA 4RLNA 1B5ZA 1IP1A 2L78A 2IGCA 4HJYA 114LA 3AYQA 3HUQA 120LA 1DYAA 2CGIA 2ZWBA 1GBYA 119LA 4XN6A 2HEBA 3DN1A 1BB5A 2BQAA 2B7XA 1F6RA 1C10A 1LJIA 200LA 196LA 2HUBA 1FKQA 250LA 1NMMA 4HTNA 1A4VA 3P64A 1GDWA 1GDXA 1LMPA 2LYOA 162LA 1L85A 4XJIA 1OUEA 3TXKA 1LMQA 1JTNA 5KKIA 3N9EA 2DQFC 1IOTA 231LA 2DQEY 2MEEA 1L19A 1JTTL 3OE0A 4PJ2C 1DI4A 2ZNXY 4ET8A 2EPEA 2FBDA 1LWGA 2OE4X 147LA 2BAAA 4LFXA 1CU6A 1JJ3A 2F4AA 192LA 1CKGA 2B5ZA 3SB6A 4OWBA 3FI7A 1L84A 1XEJA 1L75A 1C6CA 3C8SA 1HELA 4DD2A 1IWZA 3DN4A 5A3ZA 1L33A 1HF4A 5LVJA 1B5WA 1LYFA 3TXDA 4N8ZA 4NGLA 3CDRA 3CDTA 1CX6A 238LA 4NGIA 3B0KA 1HEMA 4EKSA 4NY5A 4OWCA 3TXBA 3KAMA 2MEBA 3IJVA 1G0QA 1GB3A 4NHIA 1YL1X 1CUPA 2RB0X 1CU5A 1HMLA 2DQCY 2N5ZA 4Z3MA 1IP4A 1B7RA 1HFZA 1LMTA 5L9JA 3SBAA 2NWDX 4KXIA 4BAFA 1P64A 3WPLA 244LA 3HUKA 4PJZA 2RAYX 3IJUA 1IWXA 4NHTA 1L02A 1WVVA 2CUUA 225LA 4WM1A 1L65A 4YF2A 243LA 3C8QA 3GUIA 1GFEA 4WM5A 3PBLA 5LXWA 1VDTA 1BHZA 2FYCA 1TLAA 1GFRA 4GCCA 173LA 4R0FA 1L24A 1PQJA 1C6AA 1RJCB 1LMAA 1BB3A 4ARQA 1L27A 5I54A 1LZSA 2XJWA 1CV5A 3EO5A 4KL7A 1INUA 1GBWA 1GF6A 2G4NA 1L76A 5K7OA 4GN5C 1OUCA 3AGGG 4WLXA 1LZYA 7LZMA 131LA 3AW7A 5APCA 1T6HA 1JKDA 1DYGA 1B7MA 1DI5A 3V2WA 2XBRA 2RH1A 140LA 4EPFA 2HECA 1CKCA 4XJFA 2G4PA 1OUJA 2HEEA 3FADA 2A4TA 3LYTA 4GCBA 1GFAA 4I7JA 2A7FA 1OVHA 5ILCA 3GUMA 1QUDA 3EXDA 4CHXA 3CB7A 1XGQC 149LA 4QY9A 4J1BA 2HULA 1L79A 1B2KA 1NHEA 2YBHA 3LZMA 3DN0A 1LI3A 4WMGA 2NTHA 1P46A 1NBYC 2DQDY 1L44A 1LYOA 3DN3A 1D3MA 1PQMA 226LA 234LA 1KNIA 2LYZA 1L99A 1QT7A 1IC5Y 4TX7A 3D4SA 2HTXA 5KXRA 1GBXA 207LA 259LA 2D4KA 5F14A 1L31A 1LZ9A 4NIJA 1IR8A 138LA 3K2RA 4I7RA 1G1WA 1DPWA 1JWRA 3HBDA 4WLDA 2Y8PA 3W6BA 5KXLA 5DM9A 1ZWNA 3ZVQB 4WO9A 1L20A 4GCEA 3CQLA 5L3IA 2LCBA 3J6KA 1C65A 1MLCE 1QTEA 3WL2A 152LA 5LVKA 215LA 5B1FA 2Z2EA 1MELL 4PGJB 2DQGY 153LA 3N9AA 4N1EI 4GLVA 1L09A 4LYBA 1D6QA 3TXHA 3LN2A 1B7PA 1LZNA 5F16A 1D3JA 236LA 3SB9A 1GF7A 1CV0A 2Z6BA 1L48A 4LT3A 3LHMA 1LAAA 2EKSC 1OUAA 1P7SA 3HFMY 241LA 5IELA 1QSAA 2YBMA 2ANXA 3E3DA 4I7TA 1P2CC 1JJ1A 3K3TA 4PRUA 1LYEA 3DKEX 5JENB 1SX2A 1DYFA 3CSQA 1JKCA 2AUBA 1QT6A 135LA 1L06A 1L66A 2IHLA 3LYMA 2HU1A 1L49A 169LA 1LI2A 4N9RA 4ARMA 4H9AA 1O23A 2DQIY 3C7ZA 4EOFA 1W6ZA 1OWYA 2B6XA 4LYZA 1L61A 1IY4A 1Z55A 1G0MA 3OJPA 2HUKA 2EQLA 4OWAA 2DQHY 3DMXA 4G9SA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1PZY A;  4WG7 A;  2O7A A;  1N4F A;  5HMJ A;  5I14 A;  2BQD A;  3QY4 A;  1B5Y A;  3A67 Y;  3HTF A;  4C3W A;  1XEI A;  3OK0 A;  1C6T A;  1LHK A;  2WAR A;  1GF4 A;  4PHI A;  181L A;  1TBY A;  2OTZ X;  2B74 A;  2MED A;  3A94 A;  1QTZ A;  2Z39 A;  4DJH A;  1C6H A;  4H9C A;  5B05 A;  1GEZ A;  3NYA A;  3C7Y A;  2MEF A;  1L82 A;  228L A;  1L39 A;  5I5Q A;  175L A;  3WUM A;  1L60 A;  1WQR A;  1G7H C;  1L63 A;  4LT0 A;  1CVK A;  205L A;  167L A;  1L70 A;  2DQJ Y;  1GE3 A;  2F2N A;  8LYZ A;  216L A;  180L A;  3C82 A;  2IFF Y;  1L80 A;  1L77 A;  2NTG A;  1P5C A;  5I4W A;  1L15 A;  1XJU A;  4B4I A;  5B07 A;  1IIZ A;  1OWZ A;  1L30 A;  4LDE A;  214L A;  4H94 A;  4YM8 A;  1GFG A;  4NSG A;  2C8P A;  2I25 L;  1L34 A;  3HDF A;  1ZVY B;  4J7V A;  3M18 B;  5HMV A;  4XAD A;  1G06 A;  4Z41 A;  258L A;  2ZYC A;  4H9H A;  4W57 A;  103L A;  1LYH A;  5LIO A;  2QB0 B;  1LYZ A;  1CJ6 A;  4CJ2 A;  1QS5 A;  2Z18 A;  3DNA A;  4E3U A;  1LYD A;  1GXV 2;  1JQU A;  1FLU A;  4NGJ A;  1B7O A;  1KIP C;  4L41 A;  5KXT A;  1L62 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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