3DN0A

Pentafluorobenzene binding in the hydrophobic cavity of t4 lysozyme l99a mutant
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAAINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
publication title Halogenated benzenes bound within a non-polar cavity in T4 lysozyme provide examples of I...S and I...Se halogen-bonding.
pubmed doi rcsb
source organism Bacteriophage t4
total genus 60
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2008-07-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3dn0A00
1L10A 4PK0A 3GULA 3FI5A 2IGCA 215LA 1L82A 2CUUA 4W57A 1L65A 3HT9A 1WTHA 2NTHA 2HUMA 3DMXA 3RZEA 3HH5A 3SB6A 1QUOA 1L81A 236LA 1DYAA 1G0KA 4ARMA 211LA 1L47A 1QSQA 3GUPA 2B6XA 3DN8A 1L76A 1L14A 1OV5A 1L15A 226LA 1L09A 4I7QA 196LA 3F9LA 1CU3A 1L31A 228LA 129LA 254LA 4I7SA 3HUKA 2RBOA 1LYIA 1QS5A 1L89A 1C65A 2B7XA 4YXAC 172LA 1P64A 126LA 1C6DA 1L74A 166LA 3DN1A 2RBPA 1L51A 1L86A 4I7LA 1L83A 230LA 4LDOA 1LI2A 3GUJA 1T8GA 4GRVA 1EPYA 3PDSA 190LA 1KW5A 128LA 2HULA 1L71A 3GUMA 1ZWNA 1L66A 1L0KA 1L41A 1CV5A 241LA 2RAYX 176LA 233LA 3CDRA 240LA 137LA 1OWZA 1XJUA 1C66A 201LA 4GBRB 113LA 2B70A 1KNIA 1LYDA 1JTMA 108LA 5I14A 4I7NA 3HH4A 1L19A 2O79A 185LA 114LA 1L49A 1C6KA 4ARLA 1L11A 1L72A 175LA 1L28A 4I7MA 1L97A 2OE9X 3C8RA 1C64A 1QTDA 3K2RA 1C6NA 234LA 1C6JA 235LA 1L73A 4W55A 115LA 1L20A 1SWYA 212LA 1L79A 4I7JA 159LA 4I7RA 2Q9EA 3DMZA 1SSWA 2QARC 1P5CA 2Q9DA 1DYBA 1T8AA 1G1WA 1LGWA 1CVKA 1T6HA 4LDLA 3DN3A 1L0JA 1L39A 1C60A 4AQNA 1L25A 1LI6A 1G0QA 109LA 1L17A 1P2LA 220LA 111LA 3HTDA 1L88A 246LA 1L68A 1LPYA 1G0JA 1QTVA 3SBAA 131LA 1OVKA 151LA 184LA 4I7TA 2OU0X 3C7ZA 1D3FA 1L90A 4W56A 1CX7A 3DN0A 239LA 2LC9A 1L07A 1L01A 127LA 4E97A 1L61A 197LA 3DMVA 1L06A 210LA 1ZURA 104LA 1SX7A 209LA 163LA 247LA 3D4SA 3HH6A 1CU0A 1QUGA 1L32A 1L30A 1QSBA 1D3JA 2OU8A 1L03A 3F8VA 1B6IA 3JR6A 103LA 1L04A 2L78A 4I7PA 1NHBA 1L08A 253LA 3HUAA 1DYFA 139LA 3SB9A 183LA 1L16A 1L37A 122LA 149LA 1CUPA 2RB0X 260LA 1P2RA 3OE9A 3SB5A 4I7KA 1QTZA 3GUNA 3OE8A 1C6TA 1QT3A 221LA 130LA 1PQOA 143LA 1P46A 3C80A 1P6YA 4PJZA 1L35A 162LA 1CV6A 1D3MA 1C6IA 1D2YA 198LA 3HUQA 1I6SA 2O7AA 181LA 3G3VA 168LA 4IAPA 3HU8A 257LA 3LZMA 180LA 1L45A 1C6FA 155LA 1L85A 4S0WA 4ARJA 1C67A 3CDOA 1LW9A 3FA0A 1QT5A 222LA 3GUKA 1LI3A 178LA 3CDQA 4DAJA 1LWGA 3NYAA 2RBQA 1QUDA 4EKRA 1CUQA 4EJ4A 4W51A 1C62A 4W59A 2B74A 214LA 262LA 3DN4A 4W54A 1CV3A 1LLHA 186LA 1JQUA 238LA 255LA 2RB1X 138LA 1T97A 2O4WA 177LA 4W52A 4ARQA 1KY1A 1SWZA 2B6ZA 1P7SA 1D3NA 1LGUA 2OU9A 3VW7A 1KY0A 4I7OA 152LA 173LA 3DKEX 1C6PA 1OVJA 1K28A 252LA 4ARQB 3L64A 3NY9A 1QT8A 3DN6A 169LA 123LA 4W53A 1LYFA 4LZMA 1PQJA 3HTBA 2LCBA 3HWLA 3HT8A 3G3XA 2HUKA 2RH1A 1L48A 250LA 2B75A 213LA 110LA 4DKLA 170LA 1OWYA 5LZMA 1L54A 3DN2A 3QAKA 1L38A 1L99A 2OTZX 1L00A 1C6GA 158LA 1C6CA 3ODUA 1CU6A 1CV4A 1L52A 147LA 242LA 1L77A 1L33A 167LA 3HT6A 3CDTA 1SSYA 2QB0B 2B6TA 3SBBC 7LZMA 216LA 217LA 244LA 2NTGA 243LA 1L59A 2Z6BA 1L13A 4LDEA 1DYEA 1C6HA 4EKSA 3C81A 1P37A 1LWKA 142LA 1L44A 4EKPA 125LA 1L63A 1L75A 237LA 1L29A 256LA 2OE7X 3FADA 3V2WA 1CX6A 4ARPA 1C6AA 112LA 1L05A 1QT7A 3PBLA 1L69A 1G07A 1L67A 4EKQA 219LA 1L70A 1XEPA 1L84A 1G06A 1LYEA 1L34A 2RBNA 164LA 4YX7C 232LA 1L64A 1KW7A 229LA 1L96A 2B73A 3HTFA 4K5YA 148LE 102LA 2RB2X 144LA 1G0LA 245LA 1ZYTA 1DYDA 1D9WA 1G0GA 258LA 1QT4A 191LA 4ARMB 1CU2A 2OE4X 223LA 1L50A 2RBSA 145LA 157LA 1L87A 1L80A 1L46A 1L42A 1CTWA 1JTNA 2F2QA 1QS9A 4EPIA 1C69A 3EMLA 1L36A 3HH3A 3HDFA 3OE6A 1P3NA 3C83A 1L40A 3HDEA 1KS3A 4ZPUA 1L56A 1L57A 1L22A 1L92A 2B6WA 3HTGA 3C7WA 1L26A 1L02A 1QUHA 3GUOA 1C63A 1QTHA 182LA 3G3WA 2ANVA 227LA 2F32A 1G1VA 4EPFA 1D2WA 1TLAA 1C6EA 165LA 192LA 1PQMA 2LZMA 205LA 150LA 2B6YA 1QTBA 225LA 1LYJA 4W58A 3SB8A 1G0MA 1LYGA 4DJHA 1PQIA 1XJTA 3HT7A 3UONA 1C6LA 1L94A 171LA 1CV0A 199LA 188LA 1T8FA 249LA 1P36A 261LA 218LA 2RBRA 1L93A 251LA 2A4TA 3V2YA 107LA 1C6MA 2RAZX 1L91A 156LA 1PQKA 118LA 1L55A 3L2XA 120LA 1C6BA 174LA 1P56A 3HU9A 1L27A 1L98A 1C61A 1L21A 2F47A 4YXCA 3SB7A 1L95A 1L58A 1L60A 4OO9A 1L53A 1L24A 195LA 187LA 1LGXA 1CV1A 3RUNA 2OTYX 1QT6A 1CU5A 4EXMA 6LZMA 1PQDA 1SX2A 160LA 206LA 161LA 2OEAX 3C8QA 1L23A 231LA 224LA 3NY8A 3GUIA 3OE0A 1L43A 1G0PA 1LYHA 3CDVA 146LA 1C68A 1OV7A 259LA 141LA 248LA 2ANXA 1L18A 1OYUA 1C6QA 2B72A 119LA 1DYGA 1DYCA 1QTCA 200LA 3C82A 3DNAA 3C7YA 3C8SA 140LA 189LA 1OVHA 3SN6R 1L62A 1L12A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1NBYC 4PHIA 3RW8A 4BS7A 1GE3A 1L82A 2CUUA 2NTHA 1LJKA 3DMXA 236LA 1LZ9A 211LA 1LSAA 1DQJC 3GUPA 1L76A 4XADA 4OW1A 1XEJA 1CU3A 4CFPA 1XGTC 5LVIA 1GAYA 129LA 1GF8A 4YXAC 1D6QA 126LA 1C6DA 3DN1A 1L86A 4I7LA 4BADA 1L83A 1LOZA 5F9XA 3OJPA 1LJHA 1REMA 2XBSA 4LYTA 1OQMA 1L66A 1DI3A 1BB7A 240LA 137LA 5FSTA 1BB5A 4DD0A 3AW7A 1JTMA 5E4PA 4PPOA 2LHMA 1GBWA 4H8YA 185LA 114LA 1C6KA 1YANA 3OK0A 1LKSA 1GBOA 1L72A 1OUJA 4I7MA 5B1FA 1BWJA 1UC0A 3RZ4A 1EQEA 3E3DA 1C6JA 1SWYA 2BQEA 5I4XA 1AT6A 1GB7A 4I7RA 3DMZA 1ZV5L 1YROA 4UWUA 2QARC 5L9JA 5LXWA 1DZBX 2D4IA 1LGWA 1L0JA 3P64A 1C60A 3TMXA 1L25A 1G0QA 1IR9A 3HTDA 246LA 1G0JA 4NGIA 3J6KA 1OVKA 5KXKA 1G7MC 2D6BA 184LA 2Z37A 1CNSA 2OU0X 4DQ5A 1QUSA 1LTMA 1CX7A 1L07A 1WQOA 2B5ZA 3J4GA 4E97A 3B0IA 197LA 3DMVA 1L06A 3ZEKA 2EIZC 104LA 1SX7A 3G3BB 1LHJA 1B6IA 2D4KA 5APFA 4I7PA 1NHBA 253LA 3HUAA 139LA 1HMKA 1LZ8A 2W1XA 3A8ZA 4TUNA 1YL0X 3GXKA 3D3DA 3GUNA 1C6TA 143LA 1ZVYB 1P46A 4W94A 1IP2A 162LA 1B7MA 1C6IA 1JTOL 1OP9B 1I6SA 168LA 1B7SA 2MECA 3HU8A 1LPIA 1MLCE 3WL2A 1TCYA 1IWVA 1G7JC 222LA 5FDJA 1P2CC 4XYYA 5DN5A 3B0KA 1DI5A 2RBQA 1QUDA 5D5FA 1GBYA 5ILFA 1CUQA 3WULA 4HTKA 3N9CA 4W59A 1B5VA 1LZEA 2B74A 3A3QA 1UA6Y 4H8XA 255LA 138LA 1XEIA 2O4WA 177LA 1BWHA 1B7NA 4ARQA 1SWZA 2B6ZA 3LYMA 1FLQA 1LHMA 1LGUA 1KY0A 1UIGA 2BQFA 1OVJA 252LA 3L64A 1LYSA 1DPXA 3DN6A 1HC0A 4W53A 3WU8A 4WM2A 2RH1A 2B75A 213LA 170LA 1IIZA 1GXXA 4NG1A 1OWYA 5LZMA 1IC7Y 1C46A 1GB0A 1LSNA 147LA 1L33A 4YENA 1SSYA 3SBBC 1ALCA 2NTGA 2BQOA 3AYQA 2VB1A 3CSQA 4LDEA 2XBRA 4EKSA 1LWKA 4HV2A 4EKPA 2OE7X 4D9ZA 1CX6A 4XJDA 1C6AA 1V7TA 5KXMA 112LA 1JKBA 1IOSA 1L69A 1GDWA 1L67A 3A6BY 1LZSA 1L70A 2D91A 1XEPA 1L84A 3RNXA 1LYEA 164LA 1LSCA 5IDDA 4YX7C 1JPOA 3M3UA 229LA 5APDA 148LE 2RB2X 2W1MA 245LA 1ZYTA 1DYDA 3A91A 1QT4A 1LYOA 2OE4X 1HEQA 223LA 4NHSA 1L80A 5I54A 4B1AA 1MELL 2F2QA 193LA 1QS9A 3EMLA 3HH3A 1P3NA 1WQRA 1LSZA 1KS3A 1L22A 3D9AC 1DPWA 182LA 1B9OA 2DQIY 2F32A 1G1VA 4PRQA 1JTPL 1TLAA 1RCMA 1LZAA 165LA 192LA 1PQMA 2H9JA 1LJJA 1LYJA 4W58A 3SB8A 1LYGA 1XJTA 4GLAA 1NHEA 4ETEA 1GF9A 1CV0A 4LFXA 4LFPA 4WLYA 1T8FA 1G7HC 249LA 4Z46A 1I20A 261LA 1L93A 1EQ4A 2A4TA 5F9UA 1H6MA 3AGIA 1L91A 4N5RA 1B5XA 4DDCA 1BVXA 2Z38A 1LJ4A 174LA 3WUAA 1P56A 1CKFA 1GE0A 1JKDA 5B59A 1PS5A 1OUIA 1L98A 1LSEA 3W6FA 3A34A 1L58A 4DC4A 2EPEA 4CFOA 1LGXA 1BVKC 1GPQC 1B7LA 4WM4A 134LA 161LA 3QE8A 3IJUA 3TXEA 231LA 3NY8A 3GUIA 3WU9A 1LYHA 1T3PA 1C68A 4H9EA 1TBYA 1L18A 2B72A 1DYCA 3M18B 4DD2A 2ZNWY 4XJHA 1IORA 4WLTA 1L12A 1GHLA 1GAZA 1LHKA 1L10A 1IR8A 3FI5A 1LJFA 2IGCA 1GD6A 4W57A 3HT9A 1IP3A 5KXYA 1C10A 1JSFA 3RZEA 3SB6A 2ZIJA 1QUOA 2BAAA 1B7RA 4ARMA 1LMCA 4RW2A 4CJ2A 1GB5A 3DN8A 4ETBA 1L09A 4I7QA 3N9EA 3F9LA 4MSTA 4N8ZA 1L31A 3P66A 228LA 1UCOA 3ATNA 3HUKA 2RBOA 1QS5A 1L89A 172LA 3W6CA 3RT5X 4NGLA 1L74A 4I0CA 2MEFA 3HFMY 4W96A 2RBPA 1OUEA 230LA 154LA 4LDOA 1LI2A 4ET9A 1EPYA 3TMUA 4NGVA 128LA 3GUMA 4QY9A 1CV5A 1UUZC 3BKVA 241LA 176LA 233LA 4NSGA 4YM8A 4TSCA 1LMQA 1OWZA 1XJUA 1C66A 5M1YA 2PC2A 2ZQ4A 2B70A 1KNIA 1LYDA 4QDNA 5I5QA 3LHMA 1BGIA 1C7PA 1QUTA 4GCEA 108LA 2ZYPA 2G4PA 4WM5A 2F4AA 3A67Y 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1NBY C;  4PHI A;  3RW8 A;  4BS7 A;  1GE3 A;  1L82 A;  2CUU A;  2NTH A;  1LJK A;  3DMX A;  236L A;  1LZ9 A;  211L A;  1LSA A;  1DQJ C;  3GUP A;  1L76 A;  4XAD A;  4OW1 A;  1XEJ A;  1CU3 A;  4CFP A;  1XGT C;  5LVI A;  1GAY A;  129L A;  1GF8 A;  4YXA C;  1D6Q A;  126L A;  1C6D A;  3DN1 A;  1L86 A;  4I7L A;  4BAD A;  1L83 A;  1LOZ A;  5F9X A;  3OJP A;  1LJH A;  1REM A;  2XBS A;  4LYT A;  1OQM A;  1L66 A;  1DI3 A;  1BB7 A;  240L A;  137L A;  5FST A;  1BB5 A;  4DD0 A;  3AW7 A;  1JTM A;  5E4P A;  4PPO A;  2LHM A;  1GBW A;  4H8Y A;  185L A;  114L A;  1C6K A;  1YAN A;  3OK0 A;  1LKS A;  1GBO A;  1L72 A;  1OUJ A;  4I7M A;  5B1F A;  1BWJ A;  1UC0 A;  3RZ4 A;  1EQE A;  3E3D A;  1C6J A;  1SWY A;  2BQE A;  5I4X A;  1AT6 A;  1GB7 A;  4I7R A;  3DMZ A;  1ZV5 L;  1YRO A;  4UWU A;  2QAR C;  5L9J A;  5LXW A;  1DZB X;  2D4I A;  1LGW A;  1L0J A;  3P64 A;  1C60 A;  3TMX A;  1L25 A;  1G0Q A;  1IR9 A;  3HTD A;  246L A;  1G0J A;  4NGI A;  3J6K A;  1OVK A;  5KXK A;  1G7M C;  2D6B A;  184L A;  2Z37 A;  1CNS A;  2OU0 X; 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