107LA

Structural basis of alpha-helix propensity at two sites in t4 lysozyme
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKGELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Structural basis of amino acid alpha helix propensity.
pubmed rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1992-12-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 107lA00
115LA 1L52A 3L2XA 1L99A 1C6KA 170LA 1C6IA 171LA 1L06A 2B6ZA 1T6HA 1QTDA 4I7LA 1P64A 3EMLA 1L97A 1L79A 1L68A 4ARQA 1KS3A 4YX7C 3GUJA 2RAYX 1C6GA 4ARLA 4W54A 2QARC 2LZMA 3V2WA 1L25A 177LA 1L05A 1TLAA 1CU5A 1XJTA 5LZMA 1C69A 187LA 3UONA 1L41A 1C62A 1L43A 1L0KA 237LA 2B6YA 3NY8A 2B74A 1QSBA 151LA 4ARMB 1L15A 1CV0A 1L92A 4YXCA 113LA 221LA 1P5CA 1L60A 2LCBA 1QT5A 118LA 169LA 145LA 127LA 4ARMA 3GULA 3PBLA 1L38A 1C6JA 156LA 4GRVA 4ARPA 1L44A 1P36A 3SB5A 1JTNA 2OU0X 4I7KA 191LA 1L23A 3HUAA 2O4WA 3JR6A 157LA 2RBSA 1LI6A 4I7QA 3DKEX 4K5YA 1L10A 4EPFA 2Q9EA 3DN6A 173LA 7LZMA 2RBRA 1D9WA 3NYAA 1D3FA 242LA 232LA 143LA 3DN8A 4W58A 1C6PA 255LA 3HWLA 1LI3A 1SSWA 3G3WA 4DJHA 1DYGA 1L29A 4W51A 1L34A 1ZWNA 1L31A 1L33A 1KY0A 3SBAA 1OV5A 1QS5A 1L02A 1C6CA 1L75A 3DN1A 1LLHA 185LA 1L50A 1G0JA 3HUQA 1L86A 184LA 1CUPA 1CV1A 212LA 3C81A 3C8RA 3D4SA 1L71A 3DN0A 1G0PA 102LA 1SWZA 3QAKA 4EKPA 218LA 2OTZX 1CX6A 4E97A 137LA 1PQMA 2OU8A 1OYUA 4EJ4A 2B70A 2NTGA 1L53A 1LGWA 3GUMA 200LA 1WTHA 205LA 3FA0A 1L47A 2NTHA 1CU2A 2O79A 211LA 1CU3A 3DMVA 110LA 1L57A 4ZPUA 1SX2A 4AQNA 1L59A 1T8FA 114LA 2B72A 119LA 2RBQA 3DN4A 4ARQB 1L35A 3F9LA 3HT8A 226LA 198LA 1G0KA 2B6TA 3C7ZA 1L83A 1T8AA 3HH6A 168LA 1C63A 4W56A 3RZEA 3SB9A 2RBOA 147LA 2HUMA 1L67A 125LA 3L64A 260LA 3LZMA 1CV6A 1L30A 1EPYA 1L94A 1L51A 244LA 3HDFA 4I7RA 1G0QA 228LA 3C8SA 2Z6BA 1C6NA 1CX7A 1L89A 1OVKA 2HUKA 3HU8A 1DYDA 1L11A 3K2RA 199LA 4EKSA 1L19A 238LA 1C6QA 1L32A 248LA 3GUKA 1L21A 3C7YA 1QUDA 6LZMA 2RB0X 1L90A 3G3XA 1KW7A 128LA 2B75A 254LA 1L74A 141LA 235LA 4EKQA 1G0GA 2IGCA 1JTMA 1LPYA 1D2YA 1L93A 3HT9A 2OEAX 1L26A 1PQKA 1L36A 1LI2A 3HDEA 1L63A 2RB1X 3CDOA 239LA 150LA 3SB7A 108LA 4I7TA 1DYEA 4EKRA 1L18A 1OV7A 4I7SA 148LE 4LZMA 1L04A 249LA 4OO9A 230LA 1CV5A 1CV4A 120LA 1L76A 3HUKA 3HT6A 206LA 1C6AA 4EPIA 1C6HA 1C6EA 1L24A 2OTYX 1QTZA 1P46A 3HH4A 3HT7A 1L45A 2F47A 1L70A 209LA 1LYEA 2O7AA 1G06A 1DYBA 258LA 1LWGA 2F2QA 4IAPA 189LA 1L14A 1C6MA 163LA 1QTVA 180LA 1L84A 3SB8A 1L09A 195LA 224LA 5I14A 1D3MA 1L61A 1P2RA 222LA 4I7NA 131LA 1L82A 3GUOA 1QTBA 1G07A 253LA 3SN6R 3C8QA 112LA 223LA 4I7MA 1P37A 236LA 214LA 2HULA 1KNIA 1P56A 3FI5A 4YXAC 1SWYA 2RAZX 2F32A 1L39A 144LA 1PQOA 1L01A 219LA 1QUGA 220LA 3C83A 231LA 1LW9A 1L85A 4I7PA 1G1VA 1L27A 1PQDA 4W57A 1L37A 243LA 1G0LA 1L95A 3HH3A 4DKLA 3C7WA 178LA 1DYCA 3OE0A 201LA 111LA 2OU9A 1C6FA 1C6TA 1D2WA 1L07A 4W59A 1QT7A 1L13A 1L42A 3HTGA 225LA 1L77A 139LA 213LA 107LA 172LA 1L81A 1C64A 4I7JA 4LDLA 4ARJA 1DYAA 3CDRA 1LYFA 3HTFA 1L80A 227LA 3HTBA 4I7OA 3DN3A 1DYFA 4LDOA 2QB0B 3DN2A 160LA 246LA 1CUQA 4W52A 1QT4A 1C6BA 1L46A 1PQJA 1LGXA 1L66A 256LA 240LA 1L48A 251LA 1G0MA 2Q9DA 1C67A 4W53A 1P7SA 4PJZA 161LA 250LA 1L20A 2RBNA 1SX7A 2CUUA 3HU9A 122LA 1C6LA 192LA 183LA 1I6SA 1SSYA 158LA 1XEPA 1L08A 1L73A 1L91A 229LA 3GUIA 146LA 1C6DA 1CVKA 245LA 261LA 2ANVA 3OE6A 2A4TA 1L98A 3V2YA 140LA 1K28A 1NHBA 3RUNA 1QTCA 1QT8A 1L28A 1CTWA 1CU0A 1L49A 1QT3A 175LA 162LA 1QSQA 142LA 4EXMA 1LGUA 1PQIA 3DMXA 4DAJA 233LA 167LA 1L0JA 217LA 3OE8A 3GUNA 1CU6A 1QUOA 1G1WA 1KY1A 1CV3A 1XJUA 2RH1A 1L96A 1L03A 3FADA 257LA 3CDVA 129LA 4LDEA 1C66A 216LA 1OVHA 1ZURA 174LA 1P3NA 1LYGA 1L58A 3GUPA 190LA 1L00A 1L40A 4S0WA 1C65A 188LA 234LA 159LA 149LA 210LA 1D3JA 1QT6A 1ZYTA 4GBRB 1L62A 166LA 126LA 1D3NA 1L64A 1QTHA 3CDTA 3NY9A 1LYJA 1L55A 3DNAA 1P6YA 1KW5A 123LA 262LA 3ODUA 259LA 3CDQA 1JQUA 176LA 109LA 1QS9A 3OE9A 2RB2X 2B7XA 3HH5A 104LA 2LC9A 152LA 1LWKA 2RBPA 196LA 3DMZA 2B6XA 2OE4X 241LA 1LYIA 164LA 1L17A 1L12A 1LYHA 1OWYA 1T8GA 1P2LA 1L65A 1LYDA 3SBBC 3C80A 130LA 182LA 1T97A 215LA 2B6WA 1L72A 1L16A 3F8VA 181LA 197LA 3VW7A 252LA 165LA 1C68A 1L88A 2OE9X 3SB6A 1L87A 2ANXA 138LA 4W55A 1C60A 2B73A 1QUHA 1OWZA 1L69A 103LA 1OVJA 247LA 3HTDA 3C82A 2L78A 2OE7X 4PK0A 1L56A 1C61A 3G3VA 1L22A 1B6IA 1L54A 186LA 3PDSA 155LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1L52A 1IC4Y 1C10A 3WH1A 2B6ZA 2IFFY 1P64A 1L97A 1BB4A 1L68A 1D6QA 1KS3A 1CJ6A 4HJYA 3GUJA 3B6LA 4NGKA 177LA 1CU5A 1GB9A 1REYA 1C62A 1DXJA 1L43A 3LYTA 2Y8PA 2D4IA 4LT1A 1XGTC 1FKVA 1LZ6A 1B5XA 4W96A 1QSBA 151LA 4GCCA 1IY3A 4YXCA 113LA 1HFYA 3A67Y 2XBSA 2LCBA 2Z2FA 1GF9A 169LA 1WQNA 1LZ9A 4CJ2A 4YEOA 1C6JA 156LA 1YAQA 3SB5A 1JTNA 3AZ4A 4WOAA 5KXPA 5APCA 2YBMA 1B7QA 2MEEA 4HTKA 157LA 1LI6A 3HFMY 1ALCA 4BAPA 1GDWA 4UWUA 3DN6A 7LZMA 4BAFA 5HQ1A 1KIRC 1T3PA 4M4OA 4W58A 1GFEA 6LYTA 1YAPA 4NHQA 4LYTA 4W51A 5LVGA 1L34A 1L31A 1L33A 1XGPC 4DDAA 3CT0A 2D6BA 1YIKA 2ZIJA 3IWRA 1LMTA 1CUPA 1FLYA 1EQ4A 212LA 4N0JA 3AW6A 1GAZA 1BWJA 1QDRA 4EJ4A 2B70A 1FDLY 4RLNA 200LA 1BHZA 1AT6A 1L47A 1CU3A 3DMVA 2RSCA 3TXGA 4ZPUA 1Z55A 1SX2A 1BB6A 1LSGA 1LKSA 1T8FA 1IP4A 119LA 1LMQA 1TEWA 2HECA 4ET9A 4ARQB 1JJ1A 2FBBA 1RE2A 198LA 2HTXA 4NGJA 1L83A 3HH6A 1N4FA 1C63A 1NMMA 4W56A 2HUMA 125LA 2H5ZA 1NKHA 5KY1A 1L51A 1LZ1A 4I7RA 228LA 1V7SA 2XQOA 2F30A 1L89A 1CX7A 1DYDA 1YL0X 1L11A 4OW1A 2EIZC 1JITA 4ETDA 3G3BB 4FJRA 1C6QA 4X3BA 3A3QA 3RT5X 2B75A 235LA 4EKQA 1G0GA 1GB6A 1JTTL 1LPYA 1CKHA 5FELA 2WARA 3HT9A 3HDEA 2RB1X 3CDOA 4C5FA 4XYYA 1LSCA 1OV7A 4OO9A 2YBLA 1NWGA 2BQNA 4LT3A 206LA 1LSAA 1LSPA 1OUJA 133LA 1C6AA 4NIJA 1UIHA 1L24A 1QTZA 1P46A 1JPOA 1V7TA 1FLUA 4DD0A 5FHWA 4NGOA 1LOZA 2O7AA 2MEHA 4IAPA 180LA 1B7LA 1BB7A 4DQ5A 5FCPA 1LJJA 195LA 5I14A 4DYGA 222LA 4NHPA 1UC0A 5JENB 1RFPA 3A90A 3SN6R 3A6CY 3ZVQB 5DM9A 1LSMA 2HULA 1KNIA 1LJEA 3FI5A 2D4JA 2DQJY 4WM5A 1CNSA 1QUGA 1L27A 1GD6A 1L37A 243LA 1G0LA 1C08C 3C7WA 178LA 1GAYA 1DYCA 7LYZA 1YANA 1OUAA 2LYMA 4QDNA 3QNGA 1C6TA 1BWIA 2A7FA 2DQAA 4DD2A 1GEVA 1L42A 1GXV2 1L77A 1E8LA 1HFZA 172LA 1L81A 3LN2A 1XEIA 1C64A 4ARJA 3CDRA 2LYZA 3DN3A 1DYFA 1GFRA 3EBAB 2ZNWY 2YBJA 2BLYA 1KXWA 3DN2A 1CUQA 1QT4A 2MEAA 1LGXA 256LA 5LVHA 240LA 1L48A 5ILCA 1OUDA 4YOPA 2Q9DA 1C43A 4PJZA 3LZ2A 1SX7A 3M3UA 4B0DA 122LA 192LA 1SSYA 1L91A 3K3TA 3FE0A 5M1YA 146LA 261LA 1JKDA 1BVXA 3AGHA 1VDTA 1B2KA 1LJNA 4NGWA 1UICA 3F6ZA 1INUA 4H9CA 1L28A 4II8A 3TXHA 4NHIA 3N9CA 5FEKA 142LA 4EXMA 4DD9A 4DAJA 2F4GA 1L0JA 1IP2A 3TXEA 1I56A 4IATA 4H8XA 1L96A 1JTOL 1D0LA 3TXBA 3TMUA 4LDEA 1JUGA 1P3NA 1LYGA 1L58A 1TCYA 1GB5A 1LZCA 3P64A 1J1PY 2G4NA 1LYSA 1T6VL 126LA 1L64A 3G3AB 4TUNA 4NSJA 1YQVY 1HSWA 1GFKA 5HLLA 3ODUA 4AGAA 1GF6A 1W08A 2HUBA 3HBHA 5HNLA 2B7XA 3WMKA 1F6SA 4KPMA 2LC9A 1UIBA 1IWZA 3DMZA 2CWIA 1BVKC 241LA 2HU3A 2OE4X 3WU9A 5IELA 1LJGA 1L12A 1LYDA 3C80A 182LA 2NWDX 181LA 5DLAA 1JTPL 1C45A 165LA 1C68A 1IWVA 3TXKA 1LSNA 1H87A 2B73A 4J1AA 1QUHA 1OWZA 1LSZA 1OVJA 247LA 3N9AA 1YKZX 2OE7X 5LYTA 1B6IA 3AYQA 1L54A 186LA 1LZ5A 3PDSA 115LA 3W6DA 4D9ZA 3L2XA 1QSAA 1L99A 2W1YA 1L06A 2YBNA 4I7LA 1IP5A 3IJVA 4ET8A 5KXMA 4YX7C 3RW8A 3P68A 1LZSA 2BQMA 1GFTA 4W54A 2LZMA 3V2WA 3A93A 1YKYX 1CKDA 1XJTA 4B49A 4J7VA 1DI3A 3GXKA 2HEAA 2B5ZA 1EQEA 1GFUA 1NDGC 3FI7A 4W94A 3B0KA 5IHGA 4H9AA 1L92A 1P5CA 5KXZA 4ARMA 1EL1A 2G4QA 3PBLA 2ZILA 4GRVA 4ARPA 4LFXA 4NGVA 2BQIA 1L23A 3HUAA 2BQLA 2O4WA 1UIEA 2YVBA 1TBYA 4CGEA 3WL2A 4XJHA 5E4PA 4GCBA 1UCOA 4K5YA 173LA 1GE3A 2RBRA 1F0WA 3DN8A 3BKHA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1L52 A;  1IC4 Y;  1C10 A;  3WH1 A;  2B6Z A;  2IFF Y;  1P64 A;  1L97 A;  1BB4 A;  1L68 A;  1D6Q A;  1KS3 A;  1CJ6 A;  4HJY A;  3GUJ A;  3B6L A;  4NGK A;  177L A;  1CU5 A;  1GB9 A;  1REY A;  1C62 A;  1DXJ A;  1L43 A;  3LYT A;  2Y8P A;  2D4I A;  4LT1 A;  1XGT C;  1FKV A;  1LZ6 A;  1B5X A;  4W96 A;  1QSB A;  151L A;  4GCC A;  1IY3 A;  4YXC A;  113L A;  1HFY A;  3A67 Y;  2XBS A;  2LCB A;  2Z2F A;  1GF9 A;  169L A;  1WQN A;  1LZ9 A;  4CJ2 A;  4YEO A;  1C6J A;  156L A;  1YAQ A;  3SB5 A;  1JTN A;  3AZ4 A;  4WOA A;  5KXP A;  5APC A;  2YBM A;  1B7Q A;  2MEE A;  4HTK A;  157L A;  1LI6 A;  3HFM Y;  1ALC A;  4BAP A;  1GDW A;  4UWU A;  3DN6 A;  7LZM A;  4BAF A;  5HQ1 A;  1KIR C;  1T3P A;  4M4O A;  4W58 A;  1GFE A;  6LYT A;  1YAP A;  4NHQ A;  4LYT A;  4W51 A;  5LVG A;  1L34 A;  1L31 A;  1L33 A;  1XGP C;  4DDA A;  3CT0 A;  2D6B A;  1YIK A;  2ZIJ A;  3IWR A;  1LMT A;  1CUP A;  1FLY A;  1EQ4 A;  212L A;  4N0J A;  3AW6 A;  1GAZ A;  1BWJ A;  1QDR A;  4EJ4 A;  2B70 A;  1FDL Y;  4RLN A;  200L A;  1BHZ A;  1AT6 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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