2DQGY

Crystal structure of hyhel-10 fv mutant (hy53f) complexed with hen egg lysozyme
Total Genus 46
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
46
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Immune system/hydrolase
molecule keywords lysozyme binding Ig kappa chain V23-J2 region
publication title Structural consequences of mutations in interfacial Tyr residues of a protein antigen-antibody complex. The case of HyHEL-10-HEL
pubmed doi rcsb
source organism Mus musculus
total genus 46
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2006-05-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
Y PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2dqgY00
4WM6A 1D0KA 1J1PY 3B0OA 1IVMA 1AM7A 4WMGA 4H8ZA 4DDAA 2MEBA 1RCMA 1LHJA 1LZBA 2I6ZA 1BWJA 1GBOA 2G4PA 4TSCA 4ML7A 2BQCA 4WLXA 1IOCA 2B5ZA 1LZRA 1BB4A 2BLYA 3FE0A 1EQEA 1I1ZA 1LHKA 1HMKA 3A67Y 2DQHY 4HTNA 3QNGA 2FYCA 133LA 1BGIA 2HECA 1GBWA 2BQFA 1JPOA 1JTTL 2H9KA 3RZ4A 5B07A 5C6LA 4J1AA 2I25L 4PRUA 3A8ZA 2ZQ4A 3VWOA 1NKHA 3G3AB 4HJZA 1OUEA 1BWIA 5E4PA 1W6ZA 4R0FA 1JKDA 1LJJA 4U3XB 1QSAA 3LYOA 1LJKA 1GEVA 2IHLA 4CGEA 4WLDA 5C6IA 4B1AA 3IJVA 1KIRC 2PC2A 5KKJA 1LZDA 1D0LA 4RLMA 4NWEA 1XGRC 4LYTA 1HFYA 5M1YA 1TAYA 5HMVA 4H9EA 4NSJA 3WVXA 1XEIA 2LZTA 4HPIA 4A7DA 1LJGA 4KXIA 4NHQA 1JKBA 4WL7A 1UIFA 1DI4A 1D6PA 3LN2A 1PZYA 3CB7A 1JEFA 4XADA 4E3UA 1LMCA 2Z37A 5EBHA 1NF5A 4EOFA 2IFFY 1IIZA 1D6QA 3OJPA 4AGAA 4N1EI 4LYMA 1JKAA 1G7IC 3QE8A 3A96A 3A34A 4LT0A 1JISA 2MEDA 1GXXA 1IWVA 1JKCA 1VDPA 1IP7A 1REXA 1HFZA 4N0JA 4HJYA 1HFXA 2HU3A 4NIJA 1JJ0A 4NFVA 2HTXA 4B0DA 1EQ5A 4DWXA 9LYZA 1LYSA 1LHLA 132LA 1LZNA 2BAAA 3QY4A 4UWVA 5HNCA 4PJ2C 4FJRA 1B7LA 4KT3A 4PHIA 2XBRA 4XYYA 5DN4A 1H87A 8LYZA 1CJ8A 1GBXA 1REMA 2YBJA 4TUNA 1GE0A 1IP3A 1JSFA 1NQIA 1UBZA 1GFEA 1LZ4A 1G7LC 1YROA 1UICA 208LA 5FELA 7LYZA 3F6ZA 4DDBA 1LZ6A 1LJHA 3AZ6A 4LT3A 4LYBA 1J1OY 2C8PA 4FDYA 1WQRA 4MSTA 5LVJA 1LMAA 3W6CA 1IO5A 2HEDA 2BQAA 5FCPA 4LT2A 4NHIA 6LYZA 5KXOA 4ET8A 5ILCA 5KXXA 5E9RA 5LAFA 1GFAA 5KXMA 3TMVA 1FKVA 2BQHA 1LZ5A 1A2YC 1HMLA 4OWAA 4NGZA 5LVHA 4H9IA 3CSRA 1GF0A 1GFUA 4HSFA 4WL6A 4GCBA 4YENA 1B5XA 1RJCB 1CJ9A 3TXDA 4GCEA 2BLXA 5II3A 4YEMA 1F6SA 5A3EA 2ZNWY 1DKKA 1V7TA 2RSCA 1GF9A 3AGGG 3WPJA 5I5QA 4GLVA 4ETAA 3W6DA 1P2CC 1WQPA 1B7SA 3A3QA 1YAQA 4NG8A 4W96A 1JJ1A 3D9AC 2A7DA 3TXIA 1XGQC 1GBSA 3CQLA 2YBNA 1BWHA 2D4JA 3CT5A 2ZQ3A 3HBEX 3A91A 1LYOA 5DM9A 3W6BA 2C8OA 4WM1A 2EPEA 3W6AA 3WVYA 4LFXA 1HERA 4ANRA 4IATA 4X3BA 1B7RA 2I26L 4OWHA 2BQOA 3ULRA 5B1FA 4UWNA 2Z38A 1GE3A 1WVUA 3T36A 3BKVA 5LIOA 5I4XA 3AZ7A 2CJLA 4DDCA 1GPQC 2BQNA 1EQ4A 1HEPA 1YKXX 1I56A 4H9CA 2BQGA 2MEEA 3BKHA 3HFMY 1LCNA 1LSNA 4HP0A 4GN3A 1W08A 2BQIA 5AMYA 2Z2EA 3AW6A 1G7MC 1UCOA 2HU1A 2XBSA 3ZVQB 2ZYCA 1GB6A 1UIBA 5LXWA 1MELL 4WO6A 2HEBA 1GFJA 1IC5Y 2XTHA 3EXDA 4DYGA 1LZSA 3WUNA 2XJWA 1LMQA 5KXRA 1XEJA 3AB6A 3P68A 1LMNA 4XJGA 1LJEA 2EIZC 4GLAA 3RW8A 3N9AA 3ZVQA 1C7PA 2YDGA 1XSFA 1TDYA 4WOAA 2MECA 4ETBA 2ZIJA 4CFOA 2CGIA 1FLUA 5LVGA 1GWDA 4YOPA 1IR8A 2DQAA 2F4AA 1OUCA 4NSIA 1XFPL 4NHSA 3P65A 5KXPA 1JWRA 2YBIA 3A90A 4G4CA 2FBDA 5DL9A 4Z46A 1LSFA 5L9JA 4BAFA 3HBDA 4BADA 5J7CA 5APEA 1IWTA 1JIYA 3AJNA 2ZILA 1LSAA 3ATNA 1D9UA 3LZTA 4BS7A 1GHLA 1HSWA 1NBYC 1ZMYL 4OOTA 4XJBA 4D9ZA 1GD6A 1MLCE 4L41A 1CJ6A 1LPIA 4H1PA 5KXWA 1LSYA 2VB1A 1IR9A 4OOOA 4P2EA 1B5UA 1OUFA 3KAMA 2A7FA 1WQNA 4NY5A 1LYZA 1GDWA 4R6CA 5K7OA 1QSWA 4WM5A 2ZNXY 1TBYA 1HHLA 1GF3A 3CSZA 1ZVHL 4H9HA 3D3DA 1UIGA 5F9UA 4KPMA 1YAMA 3OK0A 4NGVA 2DQIY 1IP1A 3J4GA 5KXZA 5JENB 1JSEA 4ETCA 2W1LA 2D91A 2H5ZA 1HELA 1CKHA 1YILA 2LYOA 1JJ3A 3CT0A 4G9SA 1CJ7A 1GB8A 2HEEA 3AYQA 1YAPA 4WM3A 1B5YA 1HENA 2EKSC 1IP5A 4YEOA 1LMOA 2BPUA 4WM2A 1QDRA 4XJHA 3HBHA 3W6FA 5KXNA 2D6BA 4RW2A 1B0DA 2Z39A 4CFPA 4Z3MA 3ZEKA 4ZFPA 4NSGA 3WU9A 1IOSA 4NHTA 5D5FA 1LZCA 2D4KA 2FBBA 3CT1A 4RW1A 4Z41A 4HV1A 1WQOA 2DQDY 1GFVA 1T3PA 1B5WA 1OUDA 1JTOL 4NGWA 2W1YA 4LGKA 4G49A 1DI5A 3P66A 1HNLA 1GFRA 1KXXA 1YANA 1NBZC 1YKZX 3EMSA 4UWUA 4WG7A 5FSTA 1GB2A 1IEEA 1DZBX 4QDNA 4IASA 3W3EA 1GB9A 4XN6A 4WM4A 4NG1A 1VDSA 2Z19A 3WUAA 1JUGA 1GDXA 4NSHA 1FLQA 5LVKA 4XJIA 4G4BA 4WLYA 5L3HA 1B5ZA 4I8SA 3TXJA 1CKDA 3A92A 1CNSA 1LHMA 2YBHA 4N1CC 4H93A 3P64A 3N9EA 1FLYA 3CSQA 1GF6A 1LZYA 1B2KA 3TMXA 1C46A 3WXTA 3W6EA 1B7QA 5B05A 1JHLA 1WQMA 5A3ZA 1GFGA 2HEAA 4QY9A 4AXTA 1LZAA 1B9OA 1DI3A 3MGWA 1GF5A 1GBYA 1IC7Y 1LSCA 2YVBA 2Z12A 5HQ1A 2CDSA 134LA 1LZGA 1OQMA 1IY3A 1XEKA 1YL0X 1HF4A 1AT6A 1DPXA 1G7JC 1UA6Y 2G4NA 1VFBC 4W94A 4ZIXA 2EQLA 3LYTA 4I0CA 1GAZA 1KXYA 2YSSC 1HEWA 1VEDA 3A95A 2CWIA 5LVIA 1G7HC 1UIDA 3WXUA 3LYZA 1LJNA 2NWDX 3A93A 3TXFA 5F14A 3GXKA 4B49A 1NDGC 3TMUA 4NGIA 1BHZA 1OUAA 1OUHA 1FDLY 4H8XA 2MEAA 4NGJA 1YAOA 1GXV2 2LHMA 3B0KA 4NHPA 5KJ9A 3WH1A 5KXLA 1IOQA 1GF7A 2BQEA 3M18B 1RFPA 5D5CA 1NWGA 1KXWA 1LMTA 2DQCY 1LSDA 1IWWA 2LYMA 1UIEA 2Q0MX 3N9CA 4LFPA 4NGOA 4XENA 4HTKA 4OWEA 1GB5A 1YQVY 4LYZA 194LA 1F0WA 1VATA 1GFKA 1OUGA 2BQLA 2Z2FA 3EBAB 4J1BA 1B7PA 1AKIA 1REYA 1LJ4A 5HNLA 2MEHA 3WPKA 1BVKC 5I4YA 1YIKA 3TMWA 4KL7A 3WMKA 1BB6A 1BB5A 4ET9A 4N8ZA 1E8LA 3WYHA 4GCDA 1LKSA 1NMMA 5KXSA 1I20A 1CKCA 3IJUA 4NGLA 5F16A 4DC4A 5IELA 1HC0A 1QTEA 5I54A 1LJFA 3B6LA 4YF2A 2FYDA 1LAAA 1UIAA 1LKRA 3TXGA 4LZTA 5LA5A 4OW1A 5LA8A 1AZFA 2ZIKA 1QQYA 1LHHA 1N4FA 3IWRA 5DN5A 1GFHA 3RU5A 4H9AA 1B7OA 4B4JA 5IDDA 3P4ZA 4BAPA 5B59A 5KXTA 1NHEA 3FI7A 3A94A 1V7SA 4ETEA 1QTKA 1BB7A 1WTNA 4Z98A 1LZ8A 5I53A 4HV2A 3LZ2A 4MCKA 3WU8A 5L3IA 4MR1A 1IC4Y 4N9RA 3AGHA 4XJFA 2BQJA 1HSXA 2BQDA 4B4IA 4ETDA 4XJDA 1HEOA 5F81A 5KXKA 4LYCA 4H9BA 1DPWA 1QIOA 1IWZA 4PGJB 1FBIX 2HUBA 4HPEA 2ZWBA 2BQKA 1LSEA 3RT5X 5I4WA 5KKIA 5APDA 1VAUA 4RLNA 5APFA 1GB7A 1ZV5L 1DKJA 4OWCA 1Z55A 1GB0A 2AUBA 1KIQC 1TEWA 1IWXA 3A6CY 5IHGA 1LHIA 1B7MA 135LA 1EL1A 1GF8A 3TXEA 1LMPA 4GN5C 4ZEEA 4TSBA 2D4IA 5HMJA 1IY4A 1WQQA 1JITA 5FEKA 5LYMA 1DXJA 3AGIA 3AW7A 1GE4A 4O34A 1XGPC 1IORA 3SP3A 4DD2A 1TCYA 1UUZC 1B5VA 154LA 4EMNA 2BQBA 1LSBA 4J7VA 1IP2A 4DD0A 1J1XY 1LJ3A 1WTMA 2W1MA 1UACY 1C45A 4H8YA 1KIPC 1LSZA 5LYZA 3AZ5A 1BB3A 5FDJA 3AZ4A 4HJVA 5LAGA 3T6UA 2G4QA 4TX7A 1JTPL 2DBTA 4G4HA 1H6MA 2Y8PA 4GCFA 3GXRA 5C6JA 4NGYA 4RDSA 3TXKA 1IP4A 1VDQA 1WVVA 2BQMA 1LZTA 207LA 1FN5A 2DQGY 3WL2A 2X0AA 1A4VA 4YM8A 4WG1A 1O23A 1ZVYB 1GBZA 3WW6A 4CJ2A 3ATOA 4GCCA 2DQEY 4H90A 4H9FA 1OP9B 3G3BB 1CKFA 4OWBA 2ZYPA 3E3DA 4M4OA 2Z18A 1QDTA 4HTQA 2W1XA 4QEQA 1NDMC 1LZ9A 1PS5A 4DD9A 2F30A 1GAYA 1LZEA 3B72A 3EO5A 5B1GA 4DT3A 3K3TA 3WW5A 1INUA 4II8A 1CKGA 1DQJC 1GB3A 1IOTA 1HEQA 1LTMA 1LYYA 4J0LA 1LOZA 5LINA 5DLAA 1LJIA 1IX0A 3B0IA 4GN4A 1IWYA 4WLTA 5KY1A 1F6RA 6LYTA 4PRQA 153LA 3A3RX 4M6DA 193LA 1YL1X 1QUTA 5ILFA 1IR7A 1IP6A 1D0MA 1LSGA 1GEZA 1T6VL 1XGTC 2HEFA 2MEGA 5HLLA 1FKQA 5LYTA 5T3FA 2YBMA 1C10A 3WUMA 5KXYA 1FLWA 2DKVA 4PPOA 1HEMA 3WPLA 1C08C 4LYOA 2LYZA 1RI8B 1YKYX 1OUJA 2H9JA 4LT1A 1LSPA 3M3UA 4IJ4A 4NWHA 5FHWA 4DD3A 3TXHA 1BVXA 1AT5A 4DD7A 1LSMA 1REZA 1VDTA 1IWUA 1XGUC 5F9XA 3RNXA 2DQJY 2DQFC 2F2NA 2N5ZA 1UC0A 1C43A 3LYMA 4TWSA 4WO9A 4B4EA 1BQLY 1SQ2L 1UIHA 1GE1A 1GF4A 1B7NA 2WARA 4N5RA 3WULA 2LZ2A 1QUSA 4H91A 4C5FA 4CHXA 1OUIA 2MEFA 1F10A 4H94A 2F4GA 2GV0A 5APCA 4QGZA 1OUBA 1SLYA 3TXBA 4TTDA 1RE2A 2MEIA 4C3WA 1GE2A 3LHMA 2YBLA 1LZ1A 4H92A 4NEBA 4NGKA 3A6BY 5B06A 3WU7A 4DD1A 1ALCA 3J6KA 1GFTA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1J1PY 4I7QA 2OE7X 1RCMA 2O79A 2I6ZA 1BWJA 231LA 4TSCA 3HTFA 2B5ZA 4YX7C 3HH6A 1P56A 1BB4A 1EQEA 109LA 1LHKA 3QNGA 133LA 1DYDA 171LA 3OE0A 1BWIA 5E4PA 4R0FA 1ZYTA 4U3XB 150LA 4CGEA 1LJKA 2IHLA 4WLDA 1XGRC 2B75A 5HMVA 4H9EA 4HPIA 1QT7A 4KXIA 4NHQA 1L05A 1UIFA 1PQOA 3DN0A 206LA 1D3NA 159LA 3HDEA 5EBHA 1IIZA 3OJPA 1QT3A 3A34A 4LT0A 1REXA 223LA 1HFZA 1OVJA 1JTMA 236LA 1JJ0A 2HTXA 1LHLA 114LA 2XBRA 1GBXA 1GE0A 1YROA 1G7LC 4YXAC 3RUNA 4I7TA 180LA 1L01A 4EJ4A 2BQAA 5FCPA 1C6DA 4LT2A 5KXOA 1C63A 2BQHA 1LZ5A 1HMLA 3CDTA 4OWAA 4NGZA 1CU5A 1SWYA 3CSRA 1GF0A 4WL6A 1B5XA 2RAZX 2CUUA 1L16A 230LA 2ZNWY 2Q9DA 1CV6A 1C6LA 1LWGA 1P2CC 1WQPA 1YAQA 4EXMA 4W96A 1JJ1A 3TXIA 151LA 2YBNA 3W6BA 2C8OA 4WM1A 243LA 2QB0B 1LI6A 1LLHA 2RB2X 2I26L 3HUKA 233LA 107LA 1WVUA 3C82A 131LA 4EPIA 2BQNA 4ZPUA 1G06A 1YKXX 3BKHA 2B6WA 7LZMA 4GN3A 3C8SA 1GFJA 3SBBC 5KXRA 1LMQA 1XEJA 1L10A 3P68A 1LMNA 1LJEA 4GLAA 143LA 3N9AA 1XSFA 4WOAA 4CFOA 1CV4A 2CGIA 1FLUA 5LVGA 1GWDA 2F4AA 4NSIA 3DN8A 5KXPA 1JWRA 1G1WA 247LA 1LSFA 3HBDA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4WM6 A;  1D0K A;  1J1P Y;  3B0O A;  1IVM A;  1AM7 A;  4WMG A;  4H8Z A;  4DDA A;  2MEB A;  1RCM A;  1LHJ A;  1LZB A;  2I6Z A;  1BWJ A;  1GBO A;  2G4P A;  4TSC A;  4ML7 A;  2BQC A;  4WLX A;  1IOC A;  2B5Z A;  1LZR A;  1BB4 A;  2BLY A;  3FE0 A;  1EQE A;  1I1Z A;  1LHK A;  1HMK A;  3A67 Y;  2DQH Y;  4HTN A;  3QNG A;  2FYC A;  133L A;  1BGI A;  2HEC A;  1GBW A;  2BQF A;  1JPO A;  1JTT L;  2H9K A;  3RZ4 A;  5B07 A;  5C6L A;  4J1A A;  2I25 L;  4PRU A;  3A8Z A;  2ZQ4 A;  3VWO A;  1NKH A;  3G3A B;  4HJZ A;  1OUE A;  1BWI A;  5E4P A;  1W6Z A;  4R0F A;  1JKD A;  1LJJ A;  4U3X B;  1QSA A;  3LYO A;  1LJK A;  1GEV A;  2IHL A;  4CGE A;  4WLD A;  5C6I A;  4B1A A;  3IJV A;  1KIR C;  2PC2 A;  5KKJ A;  1LZD A;  1D0L A;  4RLM A;  4NWE A;  1XGR C;  4LYT A;  1HFY A;  5M1Y A;  1TAY A;  5HMV A;  4H9E A;  4NSJ A;  3WVX A;  1XEI A;  2LZT A;  4HPI A;  4A7D A;  1LJG A;  4KXI A;  4NHQ A;  1JKB A;  4WL7 A;  1UIF A;  1DI4 A;  1D6P A;  3LN2 A;  1PZY A;  3CB7 A;  1JEF A;  4XAD A;  4E3U A;  1LMC A;  2Z37 A;  5EBH A;  1NF5 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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