2ZIKA

Crystal structure of human lysozyme from pichia pastoris
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
KVFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWESGYNTRATNYNAGDRSTDYGIFQINSRYWCNDGKTPGAVNACHLSCSALLQDNIADAVACAKRVVRDPQGIRAWVAWRNRCQNRDVRQYVQGCGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
publication title Preparation and characterization of methyonyl-lysine attached human lysozyme expressed in Escherichia coli and its effective conversion to the authentic-like protein
rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 52
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2008-02-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2zikA00
4PRUA 2BQNA 2Y8PA 3WW6A 1F6RA 135LA 1IOTA 4NSJA 1JJ1A 1XEIA 4XADA 4B1AA 2BQMA 153LA 1FLUA 1XGQC 1LZ9A 3WPLA 2Q0MX 4PPOA 4PJ2C 1YIKA 1XFPL 2FYDA 3N9CA 2MEEA 4UWNA 2W1LA 4WOAA 3WPJA 3WU8A 1PZYA 1IX0A 1WQNA 4H9HA 3W6DA 3ATOA 4B4IA 4OOOA 1IP2A 4XJHA 5FDJA 1LYOA 1GF9A 4WM6A 2XBSA 4TSCA 2A7DA 4WO6A 1IWUA 3CT1A 1LZNA 1JEFA 1LSZA 2BQHA 3A67Y 3N9EA 1JJ0A 4WM5A 5HMJA 4BAPA 4CGEA 1I56A 1JKBA 1BB3A 3GXKA 4LT3A 5HLLA 2BQDA 3CSZA 4G4HA 4H9EA 4WLDA 2I25L 3TMXA 4DD7A 4NG8A 5KXMA 1YQVY 1T3PA 3B0IA 3AJNA 2YBNA 1D0LA 1NHEA 2MEIA 1TCYA 1LZTA 3WPKA 3TXDA 3TXJA 3AZ4A 3CB7A 1TBYA 1GF0A 4NFVA 1JPOA 4HV2A 4ETDA 5L3HA 1GFJA 1LOZA 2F2NA 4LT1A 1IC7Y 4DD2A 4GN4A 4FDYA 1LSGA 2EPEA 3WH1A 1LZ8A 1SLYA 1B7MA 1OUJA 2HEFA 3ZEKA 5B59A 3LYOA 4NHQA 4IASA 4J0LA 1AT6A 4CFPA 1D9UA 2MEDA 2FBDA 4C3WA 1VDTA 1HEWA 1VFBC 4AXTA 2DQGY 4WM2A 1ZV5L 3AZ5A 1F0WA 3CSQA 3TXGA 1JUGA 1CJ8A 2MECA 2DQFC 3A93A 4X3BA 4HJZA 1B2KA 1V7SA 2EIZC 4UWVA 4RW1A 1NMMA 3LHMA 1HSWA 1REYA 2D4JA 3LZ2A 5I4XA 5LVJA 3AZ6A 2ZIJA 4HJYA 4N1CC 4B4JA 4FJRA 5K7OA 1LYZA 1XEJA 1IP5A 4LYTA 4L41A 4MSTA 1TDYA 1B5XA 1IR9A 2CWIA 3HFMY 4MR1A 3G3AB 1YILA 5EBHA 3ZVQA 5KKJA 5LYMA 1UUZC 1FLWA 4QEQA 2NWDX 1QUTA 4YEMA 1UACY 1FDLY 3W6AA 3A3RX 4YOPA 1AZFA 5E9RA 4NGKA 1D0MA 1C10A 1IC4Y 3ULRA 1VATA 5D5CA 1G7JC 1B5YA 1LJNA 1NDMC 2G4NA 4XN6A 5KXTA 3WYHA 4NGIA 3WUMA 1DPXA 2MEAA 1LAAA 5HNCA 1GFTA 1G7IC 1HELA 4J1AA 1BQLY 1UCOA 3EXDA 1KIPC 4WM1A 1UC0A 1FKVA 5APCA 1IVMA 4PGJB 1LSMA 1GB9A 3AW7A 3AYQA 1LHIA 4NGYA 1UIFA 1GFEA 1YAOA 2Z2EA 1F6SA 3P64A 4RW2A 3W3EA 2IFFY 4A7DA 1LSEA 1LHLA 1UBZA 1JISA 1B7SA 4TWSA 1IWXA 1GFAA 1LHKA 4NHSA 4H92A 1LSNA 1LSDA 3J4GA 5C6IA 4NEBA 5A3ZA 1GB8A 2DQEY 1OUBA 1HEOA 5DLAA 1P2CC 1VDPA 2D6BA 4HPIA 1GBYA 4NWHA 5KXZA 1IORA 2DQJY 1BB5A 1GFVA 5DN5A 1B0DA 1JTPL 1REZA 3AGIA 1IR8A 1H87A 2W1MA 1HEPA 1VEDA 1OUEA 1GD6A 2LZ2A 2ZQ4A 4I8SA 4WL6A 1FBIX 2ZNXY 1WQRA 4Z98A 4QGZA 1OUIA 4GLVA 4LFXA 1GFUA 2YBLA 3ATNA 4YENA 4ZFPA 2DQHY 2BQFA 4ETBA 4DD0A 1UIEA 2BLXA 1LKRA 4NGOA 1LJIA 1ZMYL 3B0OA 1ZVYB 1EL1A 2YBIA 1BGIA 1GF8A 4ML7A 4NWEA 1KXWA 1LHJA 3TXBA 3TXEA 1IWVA 1GB3A 1QDTA 3E3DA 1IOCA 5KXSA 1IOQA 5KXWA 3T6UA 1AM7A 2LHMA 4WL7A 2I26L 5KXPA 4W94A 4GLAA 134LA 4H9AA 1NKHA 1WQOA 2HEBA 4TUNA 1GF7A 5I4WA 1B7PA 5LA5A 2GV0A 5ILCA 1OUGA 1MELL 1G7MC 3EO5A 5F14A 4H93A 5B05A 1B5ZA 1CJ9A 2YSSC 1LMQA 1ALCA 1QIOA 5LYZA 1UIDA 2HEEA 4WLYA 1HHLA 2CDSA 1LZ4A 1GBOA 1O23A 1LZEA 1GXV2 1YL1X 2YVBA 4NY5A 1IR7A 5KXNA 1UICA 4WM4A 4N5RA 5APDA 2X0AA 1B5UA 4XENA 1XGRC 2MEGA 5L9JA 133LA 1HNLA 5FHWA 5KY1A 4BADA 5KXYA 3CT0A 207LA 3WVYA 6LYZA 2CGIA 194LA 1JKAA 4H9BA 3B72A 3M18B 1XGTC 1OUDA 1UIAA 1GDXA 1GF4A 4GN3A 1LZDA 4B0DA 1GFHA 3TXIA 1REMA 1CJ6A 2G4QA 4C5FA 1C43A 4DDAA 5A3EA 1GAYA 1IP3A 1GAZA 3B6LA 4MCKA 4H8ZA 1CKFA 3TXFA 3IJUA 1IO5A 2LYZA 1SQ2L 5I54A 4BAFA 1YAMA 2FYCA 1VDSA 1JITA 1GB0A 2YBMA 3A91A 4ETCA 3MGWA 5DN4A 2BQBA 5LA8A 2MEFA 1GBSA 1LZ1A 1UA6Y 3P66A 1HERA 1NWGA 3FE0A 3P4ZA 1GPQC 3RW8A 1GE1A 1GF6A 1BB7A 1GEZA 1DPWA 5LAGA 4YM8A 4DD9A 1HEQA 5KXKA 2VB1A 3B0KA 5LVIA 3A95A 1AT5A 3CQLA 1TAYA 3WL2A 1VAUA 1LJEA 1LHMA 5JENB 2BAAA 1LJKA 4XJIA 4YEOA 3WMKA 4HPEA 4WM3A 3A6CY 1GEVA 3WUAA 1B7OA 4OWBA 4NG1A 208LA 1D6QA 1JKDA 1N4FA 3HBDA 4Z3MA 1AKIA 3G3BB 3K3TA 5B07A 5F81A 1G7HC 4LZTA 1LTMA 4LFPA 132LA 1YL0X 1IY4A 5LAFA 4N1EI 5E4PA 2ZWBA 1FLQA 1CKHA 4XJBA 4CFOA 4EMNA 1LZSA 1FLYA 1LMAA 1C46A 1KIQC 2F4AA 1LJ3A 2BQCA 4PRQA 2C8PA 1DQJC 3D9AC 4PHIA 5LVHA 4O34A 4II8A 3EMSA 1FKQA 2D4IA 4B49A 1KXYA 4WG7A 4G4CA 1JKCA 4NGWA 3HBHA 1LMPA 4M6DA 3WU7A 3A6BY 4XJFA 1I20A 1QSWA 1GFKA 4KXIA 2HECA 3GXRA 1BVXA 4H9FA 3W6BA 5LVGA 4DD1A 1YKYX 1W08A 4OWEA 4XJGA 1B9OA 1IY3A 1J1XY 4HV1A 2YBJA 4Z46A 2HUBA 4NGZA 5C6JA 1HFZA 5FEKA 6LYTA 1CJ7A 2BQEA 5B06A 5KXRA 1D0KA 3P68A 1B7NA 1J1OY 2PC2A 4NIJA 3W6CA 3N9AA 4YF2A 2WARA 3AGHA 3LZTA 2H9JA 1LZAA 1YANA 2YBHA 2BQKA 4UWUA 1BB6A 4HP0A 1NBZC 5AMYA 1HFXA 4TTDA 3VWOA 3WVXA 2G4PA 1W6ZA 1LJFA 4OWCA 5LVKA 1LZGA 3OK0A 1BHZA 2DQDY 4M4OA 2ZIKA 4CJ2A 1GB6A 4R0FA 1BWHA 5II3A 1UIBA 4N8ZA 1OP9B 1XGPC 5DL9A 3WW5A 5HQ1A 2ZNWY 4G9SA 1LZRA 4DWXA 4BS7A 5KXLA 1JIYA 3D3DA 1IEEA 5T3FA 4W96A 1EQ5A 2Z39A 4WO9A 5IELA 4TSBA 1G7LC 3A8ZA 3A3QA 3AGGG 3WUNA 1B7RA 1HC0A 2BPUA 2HEAA 1DKKA 1LSYA 1TEWA 2EKSC 1PS5A 4HTKA 3WULA 1XSFA 1DXJA 1LHHA 3SP3A 1HMKA 2HEDA 3AB6A 2DQCY 2LZTA 2Z18A 3A34A 5C6LA 1GE4A 1GF5A 5DM9A 1LCNA 4DD3A 5IHGA 2BQGA 4GCDA 4N9RA 2F30A 1NF5A 4QDNA 1HSXA 3T36A 5KXXA 1LSBA 3LN2A 3BKVA 1GFRA 3F6ZA 1A2YC 1C08C 4H9CA 2BLYA 2ZILA 3A92A 1B5VA 3EBAB 1QUSA 4GCEA 1EQ4A 2DKVA 5FELA 1DI3A 3TMUA 3WXUA 1LZYA 1YROA 3IWRA 5KKIA 1OUHA 4H8YA 4H9IA 1B7LA 5F9XA 1GBZA 1XGUC 4LT0A 4P2EA 4OW1A 4ETAA 5LINA 4H90A 4ZIXA 3AW6A 1JTTL 1LJ4A 2BQJA 1WQQA 1HEMA 1HENA 4DDCA 1INUA 1YAPA 3M3UA 1OUCA 2Z2FA 1JHLA 3RT5X 3WXTA 4NSHA 1LYSA 2F4GA 4OWAA 1WTMA 2AUBA 2ZQ3A 4GCFA 1GB5A 1JSEA 1JWRA 2EQLA 2XJWA 5LXWA 1DKJA 4DYGA 5I53A 2FBBA 2DBTA 4WG1A 4R6CA 2YDGA 1LSPA 2BQIA 1QDRA 1GBXA 2DQAA 1UIHA 1YKZX 1GE3A 1B7QA 4CHXA 4ET9A 5APEA 154LA 4HTQA 4LYCA 4G49A 3CSRA 4GCBA 2RSCA 3IJVA 4LYOA 1LMOA 1OUFA 3RU5A 4KT3A 5HNLA 5FCPA 3ZVQB 1VDQA 5APFA 1JSFA 1IWTA 2XTHA 2Z19A 5KJ9A 4DDBA 2CJLA 1LZBA 5HMVA 5F9UA 2N5ZA 3TXHA 2Z37A 1WVVA 4XYYA 5IDDA 4J7VA 4KL7A 2H5ZA 5M1YA 1BB4A 3QNGA 4EOFA 3J6KA 1GFGA 4H8XA 4D9ZA 7LYZA 1LMNA 1LMCA 1DI4A 1KXXA 1CKGA 1QTEA 1QQYA 2Z38A 1IP4A 4I0CA 3QE8A 2XBRA 2ZYPA 5J7CA 1IOSA 1HMLA 1GE2A 1WTNA 4H1PA 1IWZA 4GN5C 4NGJA 1OQMA 3HBEX 3P65A 1LZ5A 3BKHA 4RLNA 1BWIA 4NGVA 1RCMA 1LZCA 4LYBA 1DZBX 8LYZA 1LKSA 1LSFA 1LYYA 4NHTA 1H6MA 2HTXA 3TMWA 3LYMA 1LJGA 1NQIA 1IWYA 1GXXA 2D91A 1RJCB 4B4EA 1CKDA 4LGKA 1IIZA 5B1GA 1JTOL 2I6ZA 3W6FA 1JJ3A 5I4YA 3A96A 1HF4A 5LIOA 1QTKA 193LA 1LZ6A 2HU3A 1ZVHL 4HTNA 4OWHA 1I1ZA 3W6EA 4ETEA 4DT3A 1RI8B 1Z55A 1LJJA 1DI5A 1EQEA 2BQOA 1GB7A 1GDWA 5L3IA 1WQPA 1XEKA 1GBWA 5B1FA 2W1YA 2ZYCA 1WVUA 3A90A 3OJPA 3FI7A 1LPIA 4ANRA 1BWJA 3LYTA 1J1PY 3A94A 1LSCA 4DC4A 4GCCA 2B5ZA 4AGAA 1LMTA 4U3XB 1YAQA 4XJDA 2HU1A 4TX7A 1IC5Y 4H94A 2LYMA 4ET8A 1QSAA 4NHIA 3LYZA 1T6VL 1D6PA 5LYTA 2W1XA 4WLXA 2DQIY 2D4KA 4NHPA 4J1BA 4KPMA 9LYZA 1GF3A 5D5FA 2BQAA 4QY9A 3RZ4A 2Z12A 1C7PA 3KAMA 4H91A 2BQLA 1UIGA 2MEBA 5KXOA 1NBYC 4IJ4A 4N0JA 3TXKA 2A7FA 1BVKC 1IWWA 4IATA 4RDSA 4WMGA 1RFPA 4LT2A 2C8OA 5F16A 1V7TA 1E8LA 1C45A 4E3UA 5FSTA 1GHLA 5I5QA 4HSFA 1CNSA 4ZEEA 1IP6A 1RE2A 4NGLA 4LYMA 1MLCE 3RNXA 3CT5A 4WLTA 1NDGC 1KIRC 2IHLA 2LYOA 4LYZA 4NSGA 4HJVA 1CKCA 4RLMA 1HFYA 5ILFA 1GWDA 1IP1A 1OUAA 4G4BA 1GE0A 1F10A 1LJHA 3QY4A 2H9KA 1B5WA 4OOTA 2MEHA 1FN5A 1GB2A 1YKXX 4NSIA 3TMVA 1LSAA 1IP7A 3WU9A 1WQMA 3AZ7A 4Z41A 1A4VA 1REXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2BQNA 1D3FA 1F6RA 135LA 1IOTA 4B1AA 2BQMA 1TLAA 1YIKA 3WPJA 1IX0A 4H9HA 122LA 1LYOA 4TSCA 1JEFA 2BQHA 3N9EA 1JJ0A 5HLLA 1BB3A 2BQDA 4H9EA 3FA0A 4WLDA 5KXMA 2HULA 1D0LA 1NHEA 3NY9A 1LZTA 240LA 2B6YA 3CB7A 126LA 5L3HA 4DD2A 2RB1X 4GN4A 2EPEA 4I7MA 173LA 1L10A 1P36A 2MEDA 3HUKA 1HEWA 2DQGY 4WM2A 1P56A 1ZV5L 1F0WA 3AZ5A 3CSQA 176LA 1V7SA 2EIZC 1D3NA 3LZ2A 226LA 251LA 1LYZA 1C6NA 1L56A 1TDYA 1C6EA 1LI6A 2CWIA 3HFMY 1YILA 5LYMA 4QEQA 2NWDX 2RBOA 1C10A 249LA 1B5YA 1NDMC 1L55A 4XN6A 4NGIA 5HNCA 3VW7A 3EXDA 1KIPC 1UC0A 1FKVA 1L43A 2CUUA 4ARJA 3SB9A 214LA 3C7ZA 2Z2EA 4RW2A 1LHLA 1JISA 3J4GA 219LA 4NEBA 1GB8A 2DQEY 163LA 1HEOA 1C6PA 1IORA 129LA 1BB5A 3AGIA 1H87A 4WL6A 1OUEA 1L63A 1L25A 1LW9A 3CDOA 4QGZA 201LA 3FI5A 1L94A 4ETBA 1L09A 1LKRA 4W56A 4W52A 2YBIA 1BGIA 4NWEA 2RBNA 1QDTA 5KXSA 3T6UA 4GLAA 134LA 4H9AA 1NKHA 1GF7A 2GV0A 3GULA 1B5ZA 1CJ9A 2YSSC 5LYZA 1GXV2 1L23A 4W55A 5KXNA 3HH4A 5APDA 2X0AA 1XGRC 2MEGA 5L9JA 1L21A 3CT0A 3WVYA 6LYZA 2CGIA 1XGTC 159LA 1L51A 4GN3A 4B0DA 1GF4A 3OE8A 3GUMA 1GAYA 1GAZA 3B6LA 4ARMA 3HUQA 166LA 200LA 5I54A 1YAMA 2FYCA 1VDSA 2XQOA 3NY8A 3A91A 2YBMA 1L90A 1T6HA 1UA6Y 195LA 1HERA 1NWGA 3DN4A 4YM8A 1PQMA 1HEQA 1OV7A 2VB1A 2F32A 5KXKA 4DQ7A 1TAYA 3DKEX 1L69A 3WUAA 1B7OA 4OWBA 1L65A 3HTDA 242LA 3K3TA 1G7HC 4LZTA 1LTMA 1L46A 2ZWBA 192LA 1KIQC 3PBLA 3DN3A 4O34A 231LA 1L93A 3D4SA 4XJFA 1I20A 1QSWA 4KXIA 1L57A 2B72A 5C6JA 1CJ7A 2BQEA 1L84A 3SB7A 4DQJA 5KXRA 2PC2A 3PDSA 177LA 2ANXA 4YF2A 3LZTA 104LA 1LZAA 2L78A 2BQKA 3C8SA 5AMYA 3WVXA 143LA 1K28A 1QTZA 2DQDY 1DYGA 2ZIKA 230LA 1XGPC 5HQ1A 1CU6A 4DWXA 1IEEA 247LA 183LA 1G7LC 189LA 167LA 1XSFA 2DQCY 1GE4A 5DM9A 1KY0A 186LA 4ARQA 5KXXA 3BKVA 1A2YC 1L01A 5FELA 3EBAB 1B5VA 3TMUA 1EQ4A 1LZYA 5KKIA 1L19A 4AQNA 2LCBA 1C6KA 4ZIXA 4ARMB 1HENA 4DDCA 1INUA 1YAPA 3WXTA 1C6DA 1LYSA 1QT7A 2AUBA 1QS5A 1JTMA 1JWRA 2XJWA 1G0MA 2FBBA 2DBTA 4WG1A 1LWKA 1L88A 2BQIA 1GBXA 4LDLA 1YKZX 3C7YA 1B7QA 1T8FA 1QT6A 4LYCA 4G49A 3CSRA 1L52A 2RSCA 1OUFA 5FCPA 1G1VA 1IWTA 199LA 2CJLA 1KW7A 1L73A 2N5ZA 2Z37A 252LA 1WVVA 4KL7A 3CDVA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4PRU A;  2BQN A;  2Y8P A;  3WW6 A;  1F6R A;  135L A;  1IOT A;  4NSJ A;  1JJ1 A;  1XEI A;  4XAD A;  4B1A A;  2BQM A;  153L A;  1FLU A;  1XGQ C;  1LZ9 A;  3WPL A;  2Q0M X;  4PPO A;  4PJ2 C;  1YIK A;  1XFP L;  2FYD A;  3N9C A;  2MEE A;  4UWN A;  2W1L A;  4WOA A;  3WPJ A;  3WU8 A;  1PZY A;  1IX0 A;  1WQN A;  4H9H A;  3W6D A;  3ATO A;  4B4I A;  4OOO A;  1IP2 A;  4XJH A;  5FDJ A;  1LYO A;  1GF9 A;  4WM6 A;  2XBS A;  4TSC A;  2A7D A;  4WO6 A;  1IWU A;  3CT1 A;  1LZN A;  1JEF A;  1LSZ A;  2BQH A;  3A67 Y;  3N9E A;  1JJ0 A;  4WM5 A;  5HMJ A;  4BAP A;  4CGE A;  1I56 A;  1JKB A;  1BB3 A;  3GXK A;  4LT3 A;  5HLL A;  2BQD A;  3CSZ A;  4G4H A;  4H9E A;  4WLD A;  2I25 L;  3TMX A;  4DD7 A;  4NG8 A;  5KXM A;  1YQV Y;  1T3P A;  3B0I A;  3AJN A;  2YBN A;  1D0L A;  1NHE A;  2MEI A;  1TCY A;  1LZT A;  3WPK A;  3TXD A;  3TXJ A;  3AZ4 A;  3CB7 A;  1TBY A;  1GF0 A;  4NFV A;  1JPO A;  4HV2 A;  4ETD A;  5L3H A;  1GFJ A;  1LOZ A;  2F2N A;  4LT1 A;  1IC7 Y;  4DD2 A;  4GN4 A;  4FDY A;  1LSG A;  2EPE A;  3WH1 A;  1LZ8 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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