1CV5A

T4 lysozyme mutant l133m
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNMAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords LYSOZYME
publication title Methionine and alanine substitutions show that the formation of wild-type-like structure in the carboxy-terminal domain of T4 lysozyme is a rate-limiting step in folding.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 60
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-08-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1cv5A00
1C67A 198LA 3EMLA 241LA 1QT4A 1C6PA 1ZURA 2RBQA 1D9WA 212LA 2B6TA 1G07A 1CV3A 1KW7A 1KY1A 1C6KA 1KY0A 3C7WA 247LA 3RZEA 113LA 199LA 3GUJA 1LYFA 1L67A 118LA 3C80A 143LA 1P3NA 1LGUA 2HUKA 137LA 187LA 251LA 1L70A 2RB1X 214LA 4EKQA 1LI2A 4LDOA 219LA 3D4SA 1SX7A 1L35A 1L84A 3HTDA 3SBBC 2HULA 1L38A 2A4TA 3CDQA 2B74A 1QTCA 3F8VA 155LA 1L26A 120LA 1L25A 1L96A 3OE0A 1L39A 1B6IA 1CV1A 1OV7A 3SB8A 1L11A 3HTGA 4ARJA 1L91A 1L93A 3HTFA 4EKPA 3HTBA 4W52A 3HT9A 4W55A 126LA 248LA 2LC9A 1P46A 4OO9A 1T6HA 103LA 1LYJA 6LZMA 2F2QA 139LA 1DYEA 3CDRA 2OU9A 1L02A 2OU0X 3K2RA 1L37A 1P37A 3DMXA 1QUOA 159LA 1C6BA 1P7SA 1I6SA 1L88A 4I7TA 197LA 1QS5A 1L45A 1L34A 1PQOA 1L90A 3HH6A 231LA 1L85A 1C64A 1CVKA 1D3NA 4I7RA 3G3XA 128LA 2B75A 4ARQA 3RUNA 1CV5A 1L43A 1L54A 1L74A 229LA 3GUNA 4I7MA 213LA 1L52A 245LA 3DN0A 1DYFA 1C62A 2OU8A 3SBAA 1L77A 1L12A 2O4WA 4DAJA 3HUQA 1L20A 218LA 3DN2A 3FADA 4IAPA 1WTHA 1P64A 169LA 1G1VA 2QARC 149LA 4W59A 4EJ4A 1SSYA 2OTYX 235LA 1QTDA 1OVHA 1L31A 2RBSA 4I7QA 1G06A 3SB5A 1L57A 1JQUA 3DN4A 257LA 4E97A 165LA 1L80A 2IGCA 142LA 1L89A 110LA 1L07A 2RBRA 1KS3A 172LA 1QT5A 190LA 1DYCA 2RB2X 170LA 1T8FA 1CU5A 205LA 5LZMA 3OE8A 140LA 1L23A 1L63A 185LA 186LA 3GUPA 3C7ZA 4W53A 1L19A 1QTZA 215LA 2Q9EA 1C6LA 1SX2A 2F32A 3GUOA 3HH4A 1L24A 1L99A 119LA 1D3FA 1OYUA 3HT6A 3CDTA 4DJHA 1L62A 1C6IA 2NTHA 1SWZA 2RAZX 184LA 4W56A 174LA 1L44A 1L08A 1D3MA 1OVJA 4YX7C 206LA 244LA 175LA 1L94A 1JTNA 1D2WA 4ARMB 1L48A 188LA 1LGWA 4LDEA 131LA 4DKLA 4W57A 1C6AA 196LA 1LI6A 1CUQA 1L40A 1L95A 4I7JA 3SB9A 3QAKA 1C6HA 3C83A 3GULA 3C81A 4S0WA 1QT3A 1XJUA 2B6ZA 3DKEX 1DYBA 2QB0B 232LA 4PJZA 1L10A 3HT7A 4LZMA 158LA 211LA 1CU3A 1PQKA 1DYAA 1L16A 3DN8A 3DN1A 236LA 1LI3A 1G0PA 256LA 3V2YA 1G0LA 1L61A 2OTZX 260LA 1QTBA 2B70A 3JR6A 1QUHA 1L98A 3DNAA 3V2WA 115LA 2B6XA 107LA 1L58A 1DYDA 2F47A 1L03A 2ANVA 242LA 1LYDA 3SN6R 1L32A 1C6QA 1C61A 3HU8A 4LDLA 1TLAA 3OE6A 125LA 1QTVA 3GUMA 250LA 2L78A 4K5YA 148LE 178LA 237LA 1C6TA 156LA 1L28A 176LA 1L46A 4I7LA 2RAYX 246LA 3DN3A 3PDSA 1L75A 157LA 4GBRB 112LA 262LA 258LA 3NY9A 180LA 1G0KA 1QUGA 1LYIA 189LA 261LA 1D2YA 1L36A 1LPYA 1L82A 1C6MA 4AQNA 182LA 150LA 1L13A 1CV0A 1LYHA 2B72A 1L81A 1L06A 3HU9A 1L92A 234LA 1G0GA 1JTMA 145LA 1PQIA 1LGXA 243LA 127LA 3LZMA 1LYGA 1L59A 4I7NA 252LA 1L04A 3CDVA 1DYGA 210LA 3NYAA 3OE9A 255LA 1L55A 1CU0A 1ZWNA 4ZPUA 192LA 1L79A 1CX7A 1QSBA 1LWGA 4EPFA 2HUMA 111LA 4W51A 2Z6BA 1L27A 3C8RA 1L30A 240LA 2ANXA 3FI5A 163LA 4YXCA 1L49A 1OV5A 4ARMA 1L18A 1P6YA 3HUAA 3C8QA 1T8GA 1G0JA 1L09A 1L97A 1CU6A 4EXMA 230LA 1T97A 3G3WA 1EPYA 3L2XA 1L21A 3DMZA 1C65A 253LA 1C66A 162LA 2RBPA 2CUUA 1CX6A 225LA 1L41A 2OE9X 1ZYTA 2RB0X 1SWYA 239LA 4YXAC 200LA 3HH5A 1QTHA 1L53A 2OE7X 2OEAX 7LZMA 1QT8A 228LA 1C68A 168LA 3SB6A 2Q9DA 1L00A 1D3JA 1L71A 102LA 4PK0A 1SSWA 1C60A 4W58A 1NHBA 1L87A 1L66A 2RBNA 4EKRA 1L14A 1CV4A 1OWZA 1QUDA 1C6CA 2B6WA 3ODUA 3HDEA 1C6EA 3GUKA 129LA 164LA 1L76A 249LA 226LA 3HWLA 1QSQA 1G0MA 3G3VA 3HH3A 114LA 1L60A 1LWKA 1P2LA 1L56A 183LA 1OWYA 3VW7A 1PQMA 1P36A 3UONA 209LA 1L83A 5I14A 2B73A 4EPIA 3C8SA 123LA 104LA 1L72A 3NY8A 1QS9A 1PQDA 201LA 2LZMA 1G0QA 1C6NA 3HT8A 1L33A 3PBLA 181LA 1L47A 4I7SA 1LLHA 3C82A 1K28A 160LA 1P5CA 238LA 191LA 1L22A 3C7YA 4I7OA 1C6DA 1L29A 1XEPA 1L0KA 2RH1A 1L68A 224LA 4GRVA 221LA 2O79A 1L86A 173LA 166LA 1CU2A 177LA 167LA 4W54A 1C6FA 3DN6A 1CUPA 109LA 1L50A 1XJTA 3FA0A 1CV6A 4ARQB 1P2RA 1L05A 1L15A 122LA 1L65A 4ARPA 3F9LA 3HDFA 3GUIA 1QT7A 171LA 223LA 4ARLA 1CTWA 4EKSA 2OE4X 233LA 138LA 3L64A 1LW9A 1PQJA 259LA 1L64A 1LYEA 3HUKA 1P56A 227LA 217LA 2RBOA 1KW5A 1OVKA 130LA 3DMVA 1T8AA 3CDOA 1QT6A 4I7PA 144LA 2NTGA 152LA 108LA 195LA 1KNIA 1L17A 1L73A 1L0JA 3SB7A 146LA 1L42A 2B7XA 254LA 2O7AA 141LA 4I7KA 151LA 1C6GA 2B6YA 161LA 1C69A 1L51A 1C6JA 216LA 1C63A 1G1WA 1L69A 220LA 2LCBA 1L01A 147LA 222LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4LYTA 198LA 1C6PA 1ZURA 4B4IA 1XSFA 247LA 4NGZA 5KXKA 1YKYX 193LA 3RZEA 4OOTA 199LA 1CJ6A 118LA 3EO5A 2IHLA 5F16A 214LA 1DPWA 3TXKA 3LZTA 3A67Y 4I0CA 2Q0MX 3HTDA 5B07A 1KIPC 3P4ZA 2DQJY 4WOAA 5LVJA 1QTCA 155LA 4WLXA 4XJGA 1L25A 3WUAA 1CJ7A 2FYDA 135LA 1L39A 4XJHA 1L11A 2HEDA 1L91A 2HEAA 3HTFA 4EKPA 3HTBA 3HT9A 248LA 1P46A 4OO9A 1T6HA 5IHGA 1LYJA 4XADA 2F2QA 3CDRA 4PHIA 1GF3A 1LSCA 1L02A 5KKIA 4HPIA 3OK0A 1C6BA 1L88A 4WO9A 1L90A 1B5VA 4HV2A 1C08C 4ML7A 4IATA 4I7RA 128LA 6LYTA 1L74A 229LA 3GUNA 2ZYCA 4EOFA 1GF8A 2YSSC 1LHHA 1J1PY 5FHWA 3TMWA 4IAPA 1WTHA 1VEDA 149LA 1G7LC 235LA 4H8XA 4NHTA 2RBSA 4I7QA 4NEBA 4E97A 1L80A 2MEAA 2XBSA 1KS3A 1QT5A 190LA 1DYCA 5A3EA 5KXOA 2D4IA 1CU5A 4WL7A 3WVXA 3C7ZA 5C6JA 2N5ZA 5F81A 4B0DA 1EQ4A 215LA 3AW6A 4L41A 2F32A 2YVBA 3HH4A 5APDA 119LA 4X3BA 4DC4A 1RE2A 1XGUC 1C10A 2NTHA 3CT1A 5J7CA 2RAZX 184LA 1L44A 1L08A 1OVJA 4YX7C 1UICA 4NWEA 3FE0A 1GXXA 4IASA 1H87A 1JTNA 1LGWA 3A34A 4LDEA 4W57A 1C6AA 1LJIA 1L40A 2XQOA 4DD9A 4I7JA 3QAKA 3C81A 4WL6A 3QE8A 1XJUA 1UUZC 3DKEX 1B7MA 1DYBA 2QB0B 4N1EI 1UIHA 4LZMA 3T6UA 3DN8A 5LAFA 1OUEA 256LA 1G0LA 1QQYA 1DZBX 2C8OA 1IC5Y 5LVHA 1GBOA 1L98A 4RLMA 1LSEA 4NSGA 1L03A 1JPOA 1L32A 3HU8A 2BQIA 4G4BA 4OWEA 4LDLA 4H94A 2WARA 4NSHA 2XJWA 250LA 2L78A 4K5YA 1EQ5A 178LA 3QY4A 3RW8A 3RZ4A 1WQQA 1N4FA 1L28A 1CNSA 1YKXX 3PDSA 134LA 1D0MA 1GDWA 4GBRB 3ULRA 262LA 1DPXA 1QDRA 2Z18A 2BQGA 1IVMA 1D2YA 4LT0A 4WO6A 4AQNA 4PRUA 1L13A 1LYHA 3WPJA 1GBZA 1L92A 3WPLA 1B7LA 1PQIA 2MECA 1CKCA 243LA 2W1LA 1GE4A 1RFPA 1L04A 3AGIA 4FDYA 1GAZA 1L55A 4ZPUA 5FSTA 5KJ9A 1L79A 3A6CY 1UIGA 4EPFA 5KXXA 2F4GA 4W51A 2BQOA 1UACY 3C8RA 2XBRA 4N9RA 4Z98A 3RNXA 3ATOA 240LA 4MSTA 2H5ZA 4YXCA 1L49A 1OV5A 5C6LA 1BB3A 1LJ3A 5LVGA 1ZV5L 1P6YA 1L09A 4EXMA 230LA 1T97A 2I6ZA 1L21A 2W1YA 4LZTA 1C45A 1JITA 1LZ6A 3DMZA 1C65A 2BPUA 1C66A 4D9ZA 162LA 1JTOL 4G4CA 4NGJA 1CX6A 4H90A 4TUNA 2RB0X 1B2KA 1HEQA 4OW1A 1NDMC 3HH5A 2Z2FA 1C68A 168LA 1OUDA 1D3JA 4W58A 1C60A 1GB3A 3IJVA 1BWJA 4CHXA 1GFRA 1QUDA 4N0JA 4ANRA 3ODUA 4DD3A 1IOSA 1C6EA 3TMVA 2MEEA 3B0KA 3GUKA 164LA 1JKCA 1L76A 226LA 2DBTA 3LYZA 1HMKA 3HH3A 1IC7Y 1LWKA 1FBIX 1YILA 3D3DA 1L56A 1LZCA 3B0OA 4XN6A 1OWYA 2EIZC 1J1XY 3A94A 209LA 5I14A 1IY3A 3C8SA 1L72A 1VDTA 3P68A 2HEFA 3W3EA 5DL9A 2LZMA 1PQDA 201LA 5M1YA 2F4AA 181LA 1OUAA 1LZEA 3RU5A 1K28A 160LA 1P5CA 4DDBA 3A3RX 1BVXA 2D4JA 1LJNA 2EKSC 1L29A 2RH1A 1GWDA 4GRVA 2DQFC 173LA 1CU2A 167LA 1IWVA 1BQLY 1PZYA 2MEHA 122LA 1HFXA 223LA 4ARLA 1CTWA 2W1MA 2LYMA 1L64A 3HUKA 3A6BY 4TSBA 217LA 1IR8A 2RBOA 4RW1A 1JJ1A 1LSDA 144LA 4LYZA 195LA 1L17A 1L0JA 3IJUA 146LA 141LA 151LA 1IP2A 1OUCA 3RT5X 1NDGC 2OU9A 2CGIA 1LZDA 222LA 1C67A 3W6BA 3EMLA 5LIOA 1QT4A 1KY1A 1CV3A 2XTHA 1C6KA 4H1PA 1KY0A 2F2NA 5L3HA 1UIAA 1TAYA 3A93A 4BAPA 4B1AA 1LYFA 4DDAA 1LZNA 3ZEKA 3WH1A 143LA 4HJVA 1LGUA 1L70A 4EKQA 1B5UA 3K3TA 4LDOA 219LA 1AM7A 1L35A 1L84A 3SBBC 1QUSA 1L38A 3G3BB 2A4TA 5B1GA 4G49A 4N8ZA 2HTXA 2B74A 3A92A 1LKRA 4NGWA 1LHKA 1CV1A 4ARJA 1LZSA 4NSJA 4W52A 2YBJA 1UA6Y 4W55A 2MEGA 103LA 5B06A 1G7IC 1V7TA 3WW5A 4HTQA 5T3FA 1WQOA 2OU0X 1P37A 1QUOA 3TXIA 4Z46A 1P7SA 3CT5A 1L45A 1LZTA 1L34A 4IJ4A 3KAMA 4CFOA 4H9AA 1KIRC 231LA 3HH6A 1YL1X 1B7QA 1CVKA 1E8LA 2YBIA 4WMGA 3RUNA 2YBLA 1CV5A 1IC4Y 3AZ4A 213LA 1C62A 3AW7A 4DAJA 1IR9A 2HEEA 5I53A 4HV1A 3DN2A 3FADA 1G1VA 1C7PA 1OVHA 1L31A 4ET8A 1L57A 3WU7A 1BB4A 1LAAA 3DN4A 2IGCA 4PGJB 4BS7A 4J1BA 1L89A 110LA 1L07A 172LA 154LA 170LA 5HMVA 205LA 3OE8A 1L23A 1L63A 1LJKA 4W53A 2LYOA 2YDGA 1L19A 5F9XA 1SX2A 1UIEA 2Z12A 1L24A 4NGLA 2ZQ4A 1DQJC 3CDTA 4HPEA 1L62A 4AGAA 3W6AA 2I26L 3W6CA 1LPIA 1OP9B 244LA 2Y8PA 3TMUA 2BQCA 1VDQA 4ARMB 1L48A 188LA 3GXKA 4DKLA 4DD2A 196LA 5B1FA 1XGPC 1L95A 3M18B 3SB9A 4S0WA 3W6DA 1OUGA 1QT3A 1VDSA 3P65A 2DQDY 4B4JA 1FLUA 232LA 3WULA 4HTKA 3BKVA 211LA 1DYAA 4G9SA 3CSQA 2D91A 1LI3A 1BWHA 1G0PA 3V2YA 1BGIA 4N1CC 5E4PA 3V2WA 115LA 4QEQA 1JIYA 1FKQA 1GFTA 5I4XA 3TXFA 1LYYA 4HP0A 2BQAA 2ANVA 1BWIA 1B7NA 1RCMA 4KL7A 1YIKA 5KXTA 4UWVA 1HEPA 1RJCB 1QTVA 5B59A 1GF9A 2IFFY 4DQ7A 1IOCA 2RAYX 1GF0A 1L75A 4UWUA 258LA 1G0KA 1WTMA 1QUGA 4H92A 261LA 1REMA 182LA 150LA 2B72A 1CV0A 9LYZA 4QDNA 2X0AA 1G0GA 1JTMA 1YAMA 1L59A 1LZ8A 1GE0A 252LA 3B6LA 3CDVA 210LA 3WUMA 1JTPL 255LA 1CU0A 1ZWNA 1GFVA 4BAFA 1QSBA 1JTTL 2HUMA 4O34A 4GCEA 4NHPA 1C43A 1L27A 2CJLA 132LA 1OUIA 3IWRA 4ARMA 1KXWA 2G4NA 1IWZA 1LSZA 3D9AC 1L97A 1UBZA 1LSGA 1EPYA 1LSNA 2C8PA 1OUHA 253LA 4QGZA 4XYYA 2CUUA 4ZIXA 1CKGA 225LA 2OE9X 1H6MA 239LA 4NSIA 1IP1A 7LYZA 1HSWA 1L53A 5APCA 4NGOA 2DQCY 1IWUA 1XFPL 2LZTA 228LA 1LSPA 4NGYA 2A7DA 2Q9DA 5ILFA 1WQPA 1EQEA 102LA 1IIZA 4PK0A 1NHBA 4GLVA 2HECA 2RBNA 4WM1A 1L14A 2BQMA 1OWZA 1C6CA 4H93A 1GB0A 1GB8A 4GCFA 129LA 1LMCA 3HWLA 2LHMA 1QSQA 1L60A 1LZRA 2VB1A 1P2LA 1YAQA 4XENA 183LA 2BQHA 3VW7A 1PQMA 1FLQA 3UONA 5K7OA 1L83A 4EPIA 4OWCA 104LA 3PBLA 3VWOA 1HEOA 1LLHA 5KXMA 1F6RA 1LZGA 4I7OA 2FYCA 1GFHA 1B5WA 1L0KA 2HU3A 1GD6A 1WVUA 2O79A 1L86A 177LA 2BLYA 1DXJA 109LA 1LJJA 1L50A 4NHIA 3FA0A 4ARQB 1P2RA 1B7SA 1L15A 5I54A 2ZYPA 2OE4X 233LA 2ZIJA 3L64A 3CSZA 3LN2A 4YM8A 1P56A 227LA 3N9CA 130LA 3DMVA 1T8AA 1QT6A 1AT5A 1QIOA 1KNIA 4H9EA 3W6EA 3SB7A 1LTMA 1QSWA 1LHMA 4WLTA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4LYT A;  198L A;  1C6P A;  1ZUR A;  4B4I A;  1XSF A;  247L A;  4NGZ A;  5KXK A;  1YKY X;  193L A;  3RZE A;  4OOT A;  199L A;  1CJ6 A;  118L A;  3EO5 A;  2IHL A;  5F16 A;  214L A;  1DPW A;  3TXK A;  3LZT A;  3A67 Y;  4I0C A;  2Q0M X;  3HTD A;  5B07 A;  1KIP C;  3P4Z A;  2DQJ Y;  4WOA A;  5LVJ A;  1QTC A;  155L A;  4WLX A;  4XJG A;  1L25 A;  3WUA A;  1CJ7 A;  2FYD A;  135L A;  1L39 A;  4XJH A;  1L11 A;  2HED A;  1L91 A;  2HEA A;  3HTF A;  4EKP A;  3HTB A;  3HT9 A;  248L A;  1P46 A;  4OO9 A;  1T6H A;  5IHG A;  1LYJ A;  4XAD A;  2F2Q A;  3CDR A;  4PHI A;  1GF3 A;  1LSC A;  1L02 A;  5KKI A;  4HPI A;  3OK0 A;  1C6B A;  1L88 A;  4WO9 A;  1L90 A;  1B5V A;  4HV2 A;  1C08 C;  4ML7 A;  4IAT A;  4I7R A;  128L A;  6LYT A;  1L74 A;  229L A;  3GUN A;  2ZYC A;  4EOF A;  1GF8 A;  2YSS C;  1LHH A;  1J1P Y;  5FHW A;  3TMW A;  4IAP A;  1WTH A;  1VED A;  149L A;  1G7L C;  235L A;  4H8X A;  4NHT A;  2RBS A;  4I7Q A;  4NEB A;  4E97 A;  1L80 A;  2MEA A;  2XBS A;  1KS3 A;  1QT5 A;  190L A;  1DYC A;  5A3E A;  5KXO A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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