102LA

How amino-acid insertions are allowed in an alpha-helix of t4 lysozyme
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
163
structure length
163
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title How amino-acid insertions are allowed in an alpha-helix of T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 163
sequence length 163
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1992-09-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 102lA00
4LDLA 162LA 1L82A 1PQJA 1C67A 1LI3A 2B6WA 1D3FA 1LW9A 109LA 1I6SA 2RB2X 200LA 1ZWNA 1L58A 254LA 2RBQA 213LA 1QTZA 240LA 171LA 1L96A 226LA 3C7YA 1L16A 215LA 4LZMA 1C61A 2OU9A 3FA0A 1L52A 1LPYA 4S0WA 2ANVA 4EJ4A 3C83A 155LA 3GUJA 2OE9X 196LA 3HWLA 249LA 3FADA 257LA 3L2XA 1L35A 1L26A 1LLHA 2OEAX 185LA 235LA 1KY1A 2O79A 111LA 1L0JA 1LGUA 5I14A 1L92A 2RB1X 1KS3A 1XJTA 1L21A 1L06A 3HH4A 140LA 4I7SA 255LA 128LA 1QSBA 4ARPA 1L93A 143LA 1K28A 1PQIA 3C8QA 157LA 1B6IA 3SB5A 3SB7A 252LA 4DJHA 1L63A 237LA 4ARJA 1EPYA 1LYEA 1L48A 1LYFA 3C80A 3GULA 4W54A 1L59A 1SSYA 1C6PA 181LA 1L37A 4I7MA 1CV1A 1L75A 1OV5A 1L98A 2LZMA 3HT6A 152LA 4LDEA 1CUPA 4DAJA 1C6AA 1P2LA 1L34A 191LA 1L12A 164LA 3CDQA 4EKPA 195LA 1L65A 2A4TA 1P64A 1L46A 1L70A 159LA 1L39A 175LA 4ARMB 3C7ZA 1G0PA 3F9LA 1G0GA 1ZURA 1L13A 233LA 1P7SA 184LA 1L20A 1TLAA 1G0QA 4DKLA 1OVKA 3F8VA 1L44A 108LA 1C6MA 2QARC 187LA 1C6JA 229LA 3DN1A 1L79A 1OVHA 199LA 1C6NA 1DYFA 1L97A 1L74A 206LA 3NYAA 3OE6A 4YX7C 3G3WA 1L90A 1QUHA 2L78A 209LA 3HTBA 1L76A 1L17A 3SB6A 2HULA 228LA 1L53A 3HDEA 4ARQB 2B7XA 1L57A 3GUKA 4ARQA 160LA 3FI5A 183LA 1L25A 3DMZA 3V2WA 1L72A 230LA 1L36A 1P36A 3HTFA 3JR6A 2F2QA 119LA 1CV4A 4W58A 2OE7X 3DN6A 1LYDA 146LA 165LA 1L99A 1L95A 4W53A 1SWZA 2HUKA 1L84A 1PQKA 231LA 1C69A 1T8GA 227LA 1L86A 3C81A 3CDRA 1G0JA 4EKQA 1KY0A 1L33A 2B6XA 3G3XA 1PQOA 102LA 172LA 1P37A 168LA 4K5YA 247LA 3SBAA 2RBOA 1CUQA 251LA 212LA 1CV3A 125LA 1ZYTA 4ZPUA 1CV5A 1L89A 1L00A 1L88A 3RZEA 1G06A 2B74A 3PDSA 3C7WA 4W57A 3ODUA 1LGXA 4PJZA 1JTNA 223LA 1L08A 1L49A 1SSWA 1L42A 2Z6BA 1L09A 2RH1A 1DYEA 4W55A 3OE0A 4IAPA 3K2RA 1D3NA 1SX7A 123LA 2RBPA 3GUMA 1C6KA 148LE 131LA 1CU2A 259LA 180LA 1L81A 1QS5A 248LA 104LA 3HU9A 1NHBA 5LZMA 151LA 3VW7A 1LYIA 1L87A 3DNAA 113LA 1C6EA 1L60A 241LA 174LA 4GRVA 4I7TA 1CU5A 4EXMA 4E97A 214LA 142LA 2OU0X 3SN6R 2LC9A 3HH3A 3DN8A 1KNIA 114LA 1P3NA 218LA 4I7KA 170LA 1LWKA 4I7NA 1L14A 1P56A 1OYUA 1DYBA 1G0MA 253LA 3GUOA 1L41A 107LA 1QUDA 1L67A 1C66A 1XEPA 1C6IA 1D3JA 1C63A 2F32A 205LA 1QS9A 4EPIA 192LA 156LA 169LA 1QT6A 1WTHA 262LA 1QTHA 110LA 166LA 1L69A 1C6DA 3PBLA 3C8RA 2O7AA 1QSQA 1JQUA 167LA 3SB8A 2HUMA 147LA 1T6HA 1L56A 1C68A 141LA 2OTZX 2B6ZA 4YXCA 1QUOA 221LA 225LA 1C65A 127LA 4I7LA 1D2WA 3RUNA 1C6TA 3DMXA 1L62A 158LA 1P2RA 1DYGA 3GUNA 4EKRA 3GUPA 3DMVA 2O4WA 1L11A 1LYHA 112LA 1C6CA 1L85A 1C6GA 4W52A 2CUUA 1G0LA 1L47A 2OU8A 3C8SA 1L54A 1CU6A 1CX7A 1L27A 1L80A 2RAYX 232LA 3HT9A 3V2YA 217LA 2RBRA 1G0KA 1XJUA 2B6YA 3CDOA 3HT8A 1L50A 1C6BA 1DYCA 1T97A 1CV0A 260LA 4I7RA 4W56A 4YXAC 243LA 1DYAA 129LA 1OWYA 1L94A 137LA 186LA 1L64A 238LA 1C6LA 1L38A 130LA 122LA 3NY8A 3DKEX 161LA 1QT8A 1C6FA 1LYJA 1L07A 7LZMA 2B73A 1SX2A 3EMLA 115LA 1T8AA 1C6QA 4I7OA 3SBBC 2B75A 1L77A 163LA 1OWZA 210LA 2QB0B 3HUQA 1CU3A 1CTWA 245LA 258LA 6LZMA 1P5CA 1L45A 1KW5A 3UONA 3HUAA 1L03A 2NTHA 3OE8A 138LA 234LA 178LA 1QTCA 1CVKA 2LCBA 1QT3A 1C6HA 139LA 2RBSA 190LA 220LA 188LA 1L05A 261LA 4LDOA 1QTVA 4AQNA 3LZMA 3DN3A 4W59A 3L64A 224LA 173LA 3DN4A 1QT5A 1L55A 1L22A 1L04A 1LYGA 3C82A 198LA 1C60A 2Q9DA 1G1VA 3HU8A 3SB9A 1C62A 3HUKA 1CX6A 1L19A 4PK0A 177LA 126LA 1L31A 1D3MA 1L02A 216LA 176LA 1JTMA 2OTYX 1QTBA 2ANXA 1L23A 3HTGA 3CDTA 250LA 2RBNA 1SWYA 149LA 3QAKA 1G07A 1T8FA 1LI6A 1PQMA 103LA 1L51A 1L40A 2F47A 3HTDA 1L43A 3NY9A 4I7PA 1L83A 118LA 1L24A 3DN2A 2OE4X 4ARMA 4OO9A 201LA 219LA 2NTGA 120LA 1L15A 3HH6A 4ARLA 1PQDA 1LWGA 4W51A 1QT4A 1CV6A 2B6TA 3HDFA 182LA 1L10A 2IGCA 222LA 1D2YA 2RAZX 1P6YA 256LA 150LA 1L61A 3DN0A 236LA 145LA 1L18A 1L71A 3G3VA 1L68A 4EPFA 3D4SA 1L73A 1QT7A 1QTDA 211LA 239LA 1D9WA 1L30A 4EKSA 1G1WA 1OVJA 197LA 3HH5A 242LA 1L91A 1P46A 3GUIA 1L32A 1L66A 144LA 2RB0X 1KW7A 3OE9A 4I7QA 2Q9EA 1QUGA 1C64A 1L29A 2B70A 2B72A 1L28A 3HT7A 1L0KA 4GBRB 1DYDA 1CU0A 246LA 4I7JA 1LGWA 3CDVA 244LA 189LA 1OV7A 1LI2A 1L01A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1OUAA 3LYMA 162LA 1C67A 2B6WA 1LW9A 2BQNA 2LYZA 1D6PA 2RB2X 5E4PA 213LA 226LA 3WW6A 215LA 1IP4A 1C08C 4WO9A 4R0FA 3TXDA 2LHMA 1IWVA 3FE0A 4EJ4A 3B6LA 3C83A 155LA 3GUJA 3W6DA 1YAOA 3HWLA 5F9XA 257LA 1L26A 1LLHA 3EXDA 1GE2A 235LA 1SQ2L 2O79A 1UIHA 2B5ZA 111LA 1XSFA 1CKFA 2RB1X 3D9AC 5B07A 3WU9A 128LA 1LZRA 3SB5A 157LA 3EMSA 252LA 1L63A 5APEA 1WQPA 1QTEA 1L48A 1LYFA 3C80A 154LA 1CV1A 4B49A 1C46A 1REXA 1GBSA 1YIKA 4HSFA 1L34A 1GF4A 1GFUA 1B7OA 3CDQA 4EKPA 2A4TA 4WLTA 3AZ4A 1LZNA 175LA 3RU5A 4ARMB 1G0PA 1LAAA 3M18B 1ZURA 4WM1A 1B7PA 1L20A 1KXWA 1G0QA 1IWYA 4OWBA 5DLAA 1GDWA 4OWAA 1LMPA 5HMJA 1A4VA 1LSBA 229LA 3A92A 1L90A 4LT3A 1L76A 3SB6A 1NMMA 4DDCA 1L57A 1JJ1A 160LA 3FI5A 3QNGA 4NG8A 134LA 230LA 3CQLA 1GAZA 4YF2A 1P36A 4HP0A 4O34A 2HECA 119LA 4DD0A 3P64A 3DN6A 1L99A 1SWZA 1HFZA 231LA 5ILFA 1BWHA 1G0JA 4EKQA 102LA 172LA 1N4FA 168LA 4K5YA 1JKCA 4NSHA 2RBOA 4ZPUA 4DYGA 5F81A 3A67Y 4NWHA 3WXTA 1D0KA 3PDSA 1XFPL 1CJ9A 1GEVA 5C6JA 1JTNA 4XJDA 2Z6BA 2ZILA 1DYEA 1YKXX 4DC4A 1EQ4A 1G7HC 5KXOA 3T36A 1D3NA 1SX7A 4ETCA 4Z41A 4H1PA 2YBHA 1C6KA 3ZVQB 4BAPA 3RT5X 2N5ZA 5KY1A 104LA 3HU9A 2YVBA 151LA 4NFVA 1GF6A 1L87A 4B4JA 4ETDA 1HFXA 214LA 3TMXA 1WQNA 3CT1A 4I0CA 4MR1A 1LKRA 2LC9A 4NGLA 1LJGA 1VATA 3DN8A 1KNIA 1P3NA 2ZQ4A 1DXJA 170LA 2LYMA 1XGTC 1HSWA 2CJLA 3GUOA 1L41A 4XN6A 1QUDA 5DL9A 1GB7A 4DD3A 2W1MA 3A95A 3TXKA 1IVMA 1WTHA 5II3A 3WUMA 1QTHA 1GFAA 1LKSA 2D6BA 4G9SA 2RSCA 1FN5A 4WM2A 5FELA 5KXRA 4IASA 2O7AA 1QSQA 3J4GA 1JQUA 1J1XY 1AKIA 4HJZA 1FLQA 1C65A 127LA 1LZ1A 3A96A 5T3FA 1Z55A 3DMXA 1P2RA 4H9EA 1I20A 1GF0A 1TDYA 2D4IA 1LJKA 1LSGA 4TSCA 1LSNA 1L80A 3HT9A 217LA 1FKVA 2RBRA 1G0KA 1XJUA 5FSTA 3A91A 4H91A 1BB6A 4I7RA 3CT0A 243LA 3D3DA 1DYAA 3P4ZA 1OWYA 1OUDA 1A2YC 186LA 1C6LA 122LA 1GF7A 3DKEX 1G7IC 5KXNA 4XJGA 4PGJB 1G7JC 2B73A 1SX2A 115LA 1DPWA 1JKBA 5C6IA 4I7OA 4ANRA 1IWXA 4HV2A 163LA 4WG7A 2QB0B 1CU3A 1QIOA 1CNSA 1L45A 4H90A 1QTCA 2LCBA 3RZ4A 5KJ9A 1CKCA 1L05A 4HV1A 4W59A 2F4AA 5C6LA 5LYMA 198LA 3C82A 4NY5A 1UC0A 1H87A 3SB9A 4LGKA 3LZ2A 1JUGA 5EBHA 4M4OA 3HTGA 3W6CA 1UICA 1TEWA 1GD6A 1PQMA 1B7LA 2F47A 1L40A 3HTDA 3NY9A 1XGQC 2C8PA 4I7PA 3IJUA 1L24A 3DN2A 4DDBA 4NSJA 3WU8A 4ARMA 5KXTA 4OO9A 5FEKA 120LA 4X3BA 3KAMA 4GCFA 1NBYC 3P65A 2BQHA 4LYOA 1CV6A 1LZAA 2B6TA 1JSFA 182LA 2D91A 5LVKA 1RI8B 150LA 1L61A 236LA 4LYTA 1LMOA 4EPFA 4N5RA 1D9WA 2G4PA 4NHIA 4EKSA 197LA 3HH5A 1L66A 1HC0A 1KW7A 2YBJA 2Q9EA 1LHKA 1QUGA 1NHEA 135LA 1LMAA 3WPLA 1L0KA 1VDSA 4GBRB 1B5WA 4NIJA 246LA 1TCYA 4PHIA 1LGWA 4RLMA 1HEOA 4LDLA 4WLYA 1G7MC 4GLVA 200LA 1L58A 3AW6A 5IHGA 5KXSA 1HSXA 2FYCA 1L52A 4H9HA 1LZGA 5L3IA 4QGZA 1LJ3A 5B59A 1WQOA 2G4QA 2OEAX 3CSZA 2MEEA 3AJNA 1DQJC 4J1BA 4Z3MA 5I14A 1CJ8A 1KS3A 1L21A 1L06A 2YBLA 3ATOA 3HH4A 4QEQA 4ARPA 4XENA 2BQKA 1L93A 4L41A 2NWDX 1B6IA 3ZVQA 1RE2A 1FKQA 1EPYA 4W54A 1L59A 4WL7A 4HTNA 1L75A 1GXXA 3HT6A 152LA 4OWHA 3BKVA 1GWDA 2YSSC 1LPIA 1P2LA 1L12A 3GXKA 4DQ5A 4NGIA 1L65A 1XGPC 1LHMA 3B0OA 3C7ZA 4H9FA 3WXUA 5KXMA 1RFPA 184LA 4OWCA 4DKLA 5B06A 3TXEA 1QUTA 2YBMA 4FJRA 1YQVY 5AMYA 4CJ2A 3RW8A 108LA 1CKGA 4B1AA 4DD2A 1LSCA 187LA 3IWRA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 1CU3 A;  1CTW A;  245L A;  258L A;  6LZM A;  1P5C A;  1L45 A;  1KW5 A;  3UON A;  3HUA A;  1L03 A;  2NTH A;  3OE8 A;  138L A;  234L A;  178L A;  1QTC A;  1CVK A;  2LCB A;  1QT3 A;  1C6H A;  139L A;  2RBS A;  190L A;  220L A;  188L A;  1L05 A;  261L A;  4LDO A;  1QTV A;  4AQN A;  3LZM A;  3DN3 A;  4W59 A;  3L64 A;  224L A;  173L A;  3DN4 A;  1QT5 A;  1L55 A;  1L22 A;  1L04 A;  1LYG A;  3C82 A;  198L A;  1C60 A;  2Q9D A;  1G1V A;  3HU8 A;  3SB9 A;  1C62 A;  3HUK A;  1CX6 A;  1L19 A;  4PK0 A;  177L A;  126L A;  1L31 A;  1D3M A;  1L02 A;  216L A;  176L A;  1JTM A;  2OTY X;  1QTB A;  2ANX A;  1L23 A;  3HTG A;  3CDT A;  250L A;  2RBN A;  1SWY A;  149L A;  3QAK A;  1G07 A;  1T8F A;  1LI6 A;  1PQM A;  103L A;  1L51 A;  1L40 A;  2F47 A;  3HTD A;  1L43 A;  3NY9 A;  4I7P A;  1L83 A;  118L A;  1L24 A;  3DN2 A;  2OE4 X;  4ARM A;  4OO9 A;  201L A;  219L A;  2NTG A;  120L A;  1L15 A;  3HH6 A;  4ARL A;  1PQD A;  1LWG A;  4W51 A;  1QT4 A;  1CV6 A;  2B6T A;  3HDF A;  182L A;  1L10 A;  2IGC A;  222L A;  1D2Y A;  2RAZ X;  1P6Y A;  256L A;  150L A;  1L61 A;  3DN0 A;  236L A;  145L A;  1L18 A;  1L71 A;  3G3V A;  1L68 A;  4EPF A;  3D4S A;  1L73 A;  1QT7 A;  1QTD A;  211L A;  239L A;  1D9W A;  1L30 A;  4EKS A;  1G1W A;  1OVJ A;  197L A;  3HH5 A;  242L A;  1L91 A;  1P46 A;  3GUI A;  1L32 A;  1L66 A;  144L A;  2RB0 X;  1KW7 A;  3OE9 A;  4I7Q A;  2Q9E A;  1QUG A;  1C64 A;  1L29 A;  2B70 A;  2B72 A;  1L28 A;  3HT7 A;  1L0K A;  4GBR B;  1DYD A;  1CU0 A;  246L A;  4I7J A;  1LGW A;  3CDV A;  244L A;  189L A;  1OV7 A;  1LI2 A;  1L01 A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1OUA A;  3LYM A;  162L A;  1C67 A;  2B6W A;  1LW9 A;  2BQN A;  2LYZ A;  1D6P A;  2RB2 X;  5E4P A;  213L A;  226L A;  3WW6 A;  215L A;  1IP4 A;  1C08 C;  4WO9 A;  4R0F A;  3TXD A;  2LHM A;  1IWV A;  3FE0 A;  4EJ4 A;  3B6L A;  3C83 A;  155L A;  3GUJ A;  3W6D A;  1YAO A;  3HWL A;  5F9X A;  257L A;  1L26 A;  1LLH A;  3EXD A;  1GE2 A;  235L A;  1SQ2 L;  2O79 A;  1UIH A;  2B5Z A;  111L A;  1XSF A;  1CKF A;  2RB1 X;  3D9A C;  5B07 A;  3WU9 A;  128L A;  1LZR A;  3SB5 A;  157L A;  3EMS A;  252L A;  1L63 A;  5APE A;  1WQP A;  1QTE A;  1L48 A;  1LYF A;  3C80 A;  154L A;  1CV1 A;  4B49 A;  1C46 A;  1REX A;  1GBS A;  1YIK A;  4HSF A;  1L34 A;  1GF4 A;  1GFU A;  1B7O A;  3CDQ A;  4EKP A;  2A4T A;  4WLT A;  3AZ4 A;  1LZN A;  175L A;  3RU5 A;  4ARM B;  1G0P A;  1LAA A;  3M18 B;  1ZUR A;  4WM1 A;  1B7P A;  1L20 A;  1KXW A;  1G0Q A;  1IWY A;  4OWB A;  5DLA A;  1GDW A;  4OWA A;  1LMP A;  5HMJ A;  1A4V A;  1LSB A;  229L A;  3A92 A;  1L90 A;  4LT3 A;  1L76 A;  3SB6 A;  1NMM A;  4DDC A;  1L57 A;  1JJ1 A;  160L A;  3FI5 A;  3QNG A;  4NG8 A;  134L A;  230L A;  3CQL A;  1GAZ A;  4YF2 A;  1P36 A;  4HP0 A;  4O34 A;  2HEC A;  119L A;  4DD0 A;  3P64 A;  3DN6 A;  1L99 A;  1SWZ A;  1HFZ A;  231L A;  5ILF A;  1BWH A;  1G0J A;  4EKQ A;  102L A;  172L A;  1N4F A;  168L A;  4K5Y A;  1JKC A;  4NSH A;  2RBO A;  4ZPU A;  4DYG A;  5F81 A;  3A67 Y;  4NWH A;  3WXT A;  1D0K A;  3PDS A;  1XFP L;  1CJ9 A;  1GEV A;  5C6J A;  1JTN A;  4XJD A;  2Z6B A;  2ZIL A;  1DYE A;  1YKX X;  4DC4 A;  1EQ4 A;  1G7H C;  5KXO A;  3T36 A;  1D3N A;  1SX7 A;  4ETC A;  4Z41 A;  4H1P A;  2YBH A;  1C6K A;  3ZVQ B;  4BAP A;  3RT5 X;  2N5Z A;  5KY1 A;  104L A;  3HU9 A;  2YVB A;  151L A;  4NFV A;  1GF6 A;  1L87 A;  4B4J A;  4ETD A;  1HFX A;  214L A;  3TMX A;  1WQN A;  3CT1 A;  4I0C A;  4MR1 A;  1LKR A;  2LC9 A;  4NGL A;  1LJG A;  1VAT A;  3DN8 A;  1KNI A;  1P3N A;  2ZQ4 A;  1DXJ A;  170L A;  2LYM A;  1XGT C;  1HSW A;  2CJL A;  3GUO A;  1L41 A;  4XN6 A;  1QUD A;  5DL9 A;  1GB7 A;  4DD3 A;  2W1M A;  3A95 A;  3TXK A;  1IVM A;  1WTH A;  5II3 A;  3WUM A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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