1GF4A

Buried polar mutant human lysozyme
Total Genus 53
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
53
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
KVFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWESGYNTRATNYNAGDRSTDYGIFQINSRYWCNDGKTPGAVNACHLSCSALLQDNIADATACAKRVVRDPQGIRAWVAWRNRCQNRDVRQYVQGCGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords LYSOZYME
publication title Contribution of polar groups in the interior of a protein to the conformational stability.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 53
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2000-11-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1gf4A00
1H6MA 4HTQA 5FELA 1ZMYL 5L3IA 4WO6A 1CNSA 1O23A 1UIBA 4R0FA 4C3WA 1GB5A 1UICA 2I6ZA 4B1AA 2CWIA 1J1OY 1CKFA 1I20A 2A7FA 1IO5A 1B5UA 3A96A 3GXRA 2HEFA 1IP5A 4YF2A 3CSRA 2MEIA 2LYMA 5B59A 4PPOA 193LA 1DQJC 1DZBX 1GF5A 1OUDA 4CHXA 1B5ZA 1OUEA 4DD9A 4ETAA 5LVGA 1GFTA 1H87A 3W6BA 5LA8A 4PRUA 2YBHA 3FI7A 4OWEA 2DKVA 2DQFC 1FDLY 1OUIA 4ETBA 1B7NA 1KXYA 1JISA 4LT3A 2F30A 1EQ4A 2MECA 1IOSA 1GE1A 1E8LA 5HMJA 1WVUA 1HENA 1GD6A 1LMOA 2Y8PA 3W6AA 3P64A 4H1PA 2MEGA 1OUBA 1TBYA 5HLLA 3CT0A 5LYZA 1G7IC 3AW7A 2HEAA 1SQ2L 5KXWA 1QUTA 2YBMA 3HBEX 1BHZA 1GAZA 1QIOA 5L3HA 1IX0A 4GCFA 5APCA 4YEMA 1GFVA 1LZNA 2Z12A 2GV0A 2F4GA 1B7PA 3A90A 3B6LA 3CT1A 3FE0A 3TMVA 3WXTA 4GLAA 1XGUC 1LMNA 2WARA 1LZ4A 1JKDA 1NHEA 3OK0A 1YL1X 1LSYA 1GE4A 1ZVYB 4NSHA 4GCDA 3WVYA 1GXV2 3WVXA 4DD7A 2EIZC 1IR9A 4H8ZA 1LJHA 4NHTA 4NG8A 1NBZC 3TXKA 3E3DA 4ZFPA 1LKRA 3N9AA 1BB6A 1JUGA 1GFGA 3GXKA 133LA 1I56A 1HERA 4NHPA 1LMQA 2HTXA 2Z38A 3SP3A 3BKVA 3CSQA 1D6QA 3B0OA 1BGIA 1LMPA 1V7SA 1NMMA 2BQCA 2DBTA 154LA 4HV2A 4W94A 3LZ2A 1JKBA 1P2CC 4NWEA 4NGYA 4G4BA 4GN3A 3ZVQA 5B05A 1JSEA 1LHMA 1QUSA 4LT1A 1QDRA 1XGPC 208LA 3AJNA 1HF4A 1IC5Y 1DKKA 2D4JA 2YVBA 1XEIA 1LMCA 4LT2A 1B5XA 5APDA 1LZCA 4H94A 2HEBA 1YAMA 4TSBA 1WQRA 1A2YC 5KXYA 5KXOA 5F16A 2MEBA 4XJBA 2BQLA 4DC4A 3AYQA 5B1GA 1GPQC 1LSAA 4WO9A 3A91A 4LYZA 4M6DA 3WULA 1UIAA 4LFXA 1GB2A 4WLTA 4B4IA 3A3QA 2HECA 2BPUA 1LZAA 1LHLA 2BQHA 4O34A 5L9JA 2D91A 3MGWA 153LA 3RT5X 1F0WA 2D6BA 2HU3A 4WL7A 1GE3A 1GFEA 1LSCA 1XEJA 1YL0X 3CQLA 4LYOA 5I54A 5LVHA 4HV1A 1XFPL 3QE8A 1GB3A 5D5CA 8LYZA 1XGTC 5HMVA 1VDSA 4OOTA 1LZDA 4LYCA 134LA 2LZTA 5E4PA 4B49A 2IFFY 1V7TA 4NGIA 4PGJB 5HNCA 3T36A 5KJ9A 4WG7A 4WM6A 1FN5A 4IJ4A 1LSDA 4WLYA 3CT5A 1LMTA 1DKJA 1LZSA 3A94A 4LZTA 1YAOA 3F6ZA 2MEDA 1LSNA 3P4ZA 4XJHA 2Z2EA 1JKAA 4H92A 1LJFA 1AT6A 4XADA 1UIDA 1HEQA 4J1BA 1W6ZA 1HSXA 5C6LA 3WUNA 5DN5A 4DD3A 4RW2A 3QY4A 1GDXA 1REZA 1Z55A 2ZIJA 4WM1A 2XJWA 3WW6A 4C5FA 2I26L 4N1CC 4NGOA 3TXJA 3RNXA 1WQPA 1INUA 1REYA 4H9HA 4UWNA 4HJYA 1IOQA 2MEHA 1GXXA 2BQDA 3WW5A 4DD1A 3M18B 3TMWA 2LZ2A 1GEZA 1LZEA 5FDJA 2H9KA 1JIYA 1B7OA 2G4PA 2BAAA 4ETEA 4WLXA 1CJ7A 2DQIY 4XJFA 4YM8A 4UWVA 3WU7A 1LYYA 2BQFA 1LSPA 1AZFA 1LZ6A 1QQYA 1T6VL 3B0KA 3D9AC 3TXBA 1VEDA 1GBSA 1JTPL 1OUCA 1LOZA 2ZQ4A 4NSIA 1GBYA 1UUZC 4H8YA 5A3EA 4MR1A 1GF3A 2N5ZA 4GN5C 1UCOA 4ET8A 3TXGA 4XN6A 2EPEA 3W6DA 5HNLA 1IY3A 5F14A 5KXLA 4GN4A 2X0AA 1JKCA 2BQEA 2W1XA 1CKHA 3A95A 4ML7A 1IP7A 5EBHA 1I1ZA 1NQIA 1OP9B 2C8OA 3P68A 1YKZX 1UIFA 4HTKA 4PJ2C 3WYHA 3J4GA 4CFOA 3LYMA 1GFJA 1IOTA 4M4OA 4AGAA 1LJGA 4NEBA 3ZEKA 4B0DA 1LPIA 4CFPA 4Z98A 5LYTA 1IP4A 1OUJA 1GBXA 1JTOL 1B7MA 1D6PA 1LJ3A 1W08A 2BQNA 5E9RA 5ILCA 3AGHA 1IOCA 4WOAA 4H9CA 4QY9A 1GBOA 2BQKA 3BKHA 3EMSA 1B7LA 1T3PA 5LYMA 1BVKC 2YBNA 4LFPA 2ZWBA 5I4XA 1QDTA 1EQEA 4I0CA 3W3EA 4BAFA 5LAFA 1G7JC 2VB1A 1J1PY 2DQJY 2LHMA 2ZNWY 4TSCA 2F4AA 1ZV5L 4OWAA 4D9ZA 4DDAA 1GF8A 3EO5A 4NGKA 5IELA 5KKJA 4DD2A 4ETDA 1HEMA 132LA 4PRQA 1C46A 1RCMA 4GCBA 4DD0A 1IWZA 1JTTL 1WTNA 3G3BB 4HPIA 1GWDA 1XGRC 5APFA 4BADA 3LYOA 5I53A 5D5FA 3J6KA 3RZ4A 9LYZA 4WM2A 3T6UA 1YQVY 4YEOA 3B0IA 1FLWA 1HEWA 1LHIA 2HEEA 3EXDA 1QSWA 5KXTA 3IJVA 3TXDA 1LJIA 3WPKA 1LSEA 5KXMA 3ATOA 3RU5A 1GFRA 4EMNA 1GFAA 1CJ6A 1SLYA 2D4IA 3WU8A 2CJLA 2H9JA 4E3UA 3A67Y 3EBAB 1C43A 1DPWA 1LJNA 1D0MA 1UIGA 1IWXA 3TXFA 2Z19A 2Z2FA 5ILFA 4GLVA 4J7VA 1YIKA 5LXWA 1JSFA 1IP6A 1B5YA 4XJGA 1IVMA 1LCNA 1LTMA 1FLUA 1CKCA 5LINA 4DDCA 1GFKA 1BWIA 1HFZA 1YILA 3WL2A 4WM3A 1IWTA 1CJ9A 1N4FA 3W6CA 6LYZA 1GE2A 1LSGA 1IR7A 1C10A 1IEEA 5M1YA 1TEWA 2FBBA 4NSGA 4QDNA 2ZNXY 5DL9A 4H93A 2Z37A 2Z39A 1UA6Y 1JITA 1IIZA 4FJRA 2FYDA 1LZRA 2CDSA 5LAGA 4NSJA 4R6CA 4RDSA 1VATA 1JPOA 1GB6A 1HFYA 4H8XA 1OUHA 1D0KA 4NGWA 3TXIA 1D0LA 1VAUA 1QSAA 3WUAA 1GHLA 1IC7Y 5J7CA 4A7DA 1BQLY 1CKDA 5IHGA 2H5ZA 1BVXA 1NWGA 1LHJA 1LYOA 4H90A 5LA5A 1LJJA 1NF5A 1JHLA 2BQIA 4J0LA 3WXUA 5A3ZA 5KXPA 4IASA 1OQMA 2PC2A 5JENB 2ZILA 5K7OA 1BWJA 2DQAA 1GB0A 1LZTA 4UWUA 2W1YA 5C6JA 2I25L 1UIHA 1DXJA 4YOPA 5HQ1A 4ZEEA 5LVKA 3W6EA 4XYYA 1KIPC 1DPXA 2XBRA 3A34A 4LYMA 4WMGA 4Z41A 1BB3A 1G7HC 1IWUA 2YBJA 4HPEA 1OUGA 2C8PA 4RLNA 1ALCA 1BB7A 1FKQA 1XGQC 2B5ZA 4HSFA 4NG1A 5KXZA 4ET9A 1LYZA 4DDBA 1LHKA 3G3AB 1AM7A 135LA 2XBSA 4W96A 1GFUA 4X3BA 3LHMA 5KXSA 4NHIA 1LYSA 1CJ8A 1HEPA 4TX7A 5C6IA 4BAPA 4ZIXA 5KKIA 4OWBA 2ZQ3A 1KIRC 1HHLA 1B7RA 4KPMA 1FBIX 4GCCA 4G9SA 2HUBA 1WTMA 4NGJA 1LSMA 4WM5A 4B4JA 1NKHA 1G7MC 3LZTA 1GBZA 1LZ8A 3IJUA 4NHSA 3TXEA 4G49A 5KXXA 1JEFA 3AGGG 3D3DA 5LIOA 5KXNA 3P65A 3TMXA 4H9FA 4DT3A 1QTKA 1YANA 1GB8A 4GCEA 1C45A 1AT5A 1GB9A 4N9RA 1REMA 3W6FA 1GFHA 1IORA 1IP1A 2F2NA 3AGIA 1GF7A 1LHHA 1TCYA 1YKXX 1HELA 3LYTA 5FHWA 5B07A 3WU9A 4U3XB 1GF9A 2HEDA 1WQOA 1LZ9A 3A92A 3ULRA 1F6RA 3LYZA 1NDGC 3A8ZA 4NFVA 1IR8A 1HSWA 2CGIA 4XJDA 2YBIA 1F6SA 4KL7A 5FSTA 1LZ1A 2W1MA 1QTEA 4HJVA 3A3RX 1RI8B 3AW6A 1YROA 4BS7A 7LYZA 1FKVA 1TDYA 4NGVA 1WQMA 4WM4A 1DI3A 4II8A 5LVIA 3WUMA 5FCPA 5I4YA 5APEA 1GF4A 4NGLA 3HBDA 1UC0A 207LA 1DI4A 3IWRA 3K3TA 1C08C 3ZVQB 1IC4Y 1HEOA 1YAPA 1VFBC 1GBWA 3AZ7A 3N9CA 1NBYC 4NHQA 1JJ0A 3TMUA 1BB4A 4LT0A 2W1LA 4H91A 1ZVHL 3M3UA 1IY4A 1IWVA 2FBDA 1UIEA 4Z46A 1LSZA 5F9UA 4TTDA 4WLDA 4OWHA 1B7SA 4ETCA 1TAYA 5II3A 1JWRA 1LZBA 1REXA 2ZIKA 1LSFA 2FYCA 2YDGA 2ZYCA 4OW1A 5IDDA 3VWOA 1JJ3A 3WMKA 2YBLA 4CJ2A 2Q0MX 4KT3A 4NGZA 1HMLA 3N9EA 5FEKA 2MEAA 2XTHA 2MEFA 4YENA 2LYZA 1CKGA 1B9OA 2BQJA 4H9AA 4LYTA 1UBZA 1B0DA 1BWHA 5KXRA 5LVJA 4XENA 2BLXA 1LZ5A 1A4VA 1YAQA 3WPLA 4Z3MA 1RE2A 4H9EA 5DN4A 3RW8A 2EQLA 1HC0A 4ANRA 1VDPA 2AUBA 1HNLA 2DQGY 1PS5A 3QNGA 4NWHA 1MLCE 2Z18A 1JJ1A 3AB6A 4G4CA 4KXIA 1LAAA 1FLQA 3LN2A 3A6CY 2BQMA 4CGEA 1GEVA 1J1XY 2MEEA 1VDTA 3CB7A 3OJPA 1LJEA 4NY5A 4DYGA 1EQ5A 1LKSA 2YSSC 1EL1A 4RW1A 2BLYA 4OWCA 4QEQA 5AMYA 5T3FA 4EOFA 1HMKA 2ZYPA 1PZYA 4LYBA 1DI5A 3AZ6A 4MSTA 1LJ4A 2IHLA 1FLYA 3CSZA 1GAYA 1KIQC 1B7QA 2DQCY 2EKSC 1WQQA 4G4HA 5KXKA 5I4WA 2DQEY 3HBHA 5F9XA 1GE0A 4B4EA 1LMAA 1LZYA 1NDMC 3HFMY 4N8ZA 194LA 1WVVA 5I5QA 4AXTA 1GF6A 4LGKA 3AZ4A 1RJCB 3KAMA 2A7DA 4IATA 4WL6A 1BB5A 1LJKA 1XSFA 4TUNA 4XJIA 5F81A 1OUFA 3A6BY 4OOOA 3A93A 1KXXA 1C7PA 1KXWA 1RFPA 4NIJA 3B72A 4WG1A 6LYTA 4H9BA 4N0JA 4HP0A 1OUAA 5B1FA 2BQAA 4N1EI 5DLAA 2RSCA 1GB7A 2LYOA 1IP2A 3TXHA 1LSBA 4HJZA 4P2EA 4DWXA 3P66A 4MCKA 1B5VA 1LZGA 2DQHY 1IP3A 4L41A 3WH1A 1AKIA 4I8SA 1VDQA 4PHIA 1MELL 1UACY 2NWDX 1IWYA 2D4KA 2DQDY 4J1AA 5B06A 1B2KA 1GF0A 1HFXA 1XEKA 4N5RA 1WQNA 1YKYX 3WPJA 1IWWA 2BQOA 2G4NA 2G4QA 4TWSA 1F10A 1B5WA 1G7LC 2BQBA 2BQGA 4QGZA 1GDWA 3AZ5A 4H9IA 5DM9A 4RLMA 1D9UA 4HTNA 4FDYA 3ATNA 5KY1A 2HU1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1H6MA 4YX7C 1UIBA 1CU6A 1GB5A 1UICA 4B1AA 2ANXA 1IO5A 3DMZA 1L0JA 2MEIA 2LYMA 1P5CA 3SB6A 1DQJC 3DKEX 1B5ZA 4ETAA 4LDEA 2OE9X 255LA 257LA 4EPFA 5LA8A 2YBHA 1L64A 1L91A 2DKVA 1FDLY 1L95A 1OUIA 1OVHA 1B7NA 1KXYA 1JISA 2MECA 1IOSA 2L78A 1HENA 2Y8PA 3W6AA 3P64A 1CU2A 3NYAA 5HLLA 1L73A 5KXWA 3C81A 1QUTA 1BHZA 1QIOA 5L3HA 1IX0A 1L08A 1LZNA 3B6LA 2F4GA 3A90A 3FI5A 3TMVA 1PQOA 3WXTA 1JKDA 1NHEA 1YL1X 4W57A 1L31A 4DD7A 1IR9A 4H8ZA 1L61A 1LJHA 4NHTA 3E3DA 4I7JA 4ARQB 1JUGA 4DQJA 1L90A 1I56A 1HERA 4NHPA 2Z38A 3SP3A 3DMVA 4W94A 1JKBA 1HF4A 1QTZA 2D4JA 1LMCA 210LA 1L69A 1QS5A 4TSBA 1L58A 2MEBA 1C6MA 1C6IA 2ANVA 4WO9A 223LA 5L9JA 3UONA 248LA 1L22A 2D6BA 1GFEA 1LSCA 3CQLA 4WL7A 5I54A 2B6WA 4HV1A 1XFPL 5HMVA 4LDOA 1L57A 2OTYX 5E4PA 2IFFY 4PGJB 5HNCA 5KJ9A 1L35A 2MEDA 3DNAA 1G07A 2Z2EA 1JKAA 3F9LA 4H92A 3HH3A 4J1BA 1KW7A 1LYJA 1Z55A 1QTCA 4EKSA 3TMWA 2O7AA 1GEZA 1L88A 1XJTA 2H9KA 1JIYA 1L28A 1B7OA 189LA 122LA 2DQIY 1L43A 4UWVA 1LPYA 197LA 1T6VL 3D9AC 3TXBA 2ZQ4A 1LOZA 3HUAA 1UUZC 5A3EA 4GN5C 177LA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1H6M A;  4HTQ A;  5FEL A;  1ZMY L;  5L3I A;  4WO6 A;  1CNS A;  1O23 A;  1UIB A;  4R0F A;  4C3W A;  1GB5 A;  1UIC A;  2I6Z A;  4B1A A;  2CWI A;  1J1O Y;  1CKF A;  1I20 A;  2A7F A;  1IO5 A;  1B5U A;  3A96 A;  3GXR A;  2HEF A;  1IP5 A;  4YF2 A;  3CSR A;  2MEI A;  2LYM A;  5B59 A;  4PPO A;  193L A;  1DQJ C;  1DZB X;  1GF5 A;  1OUD A;  4CHX A;  1B5Z A;  1OUE A;  4DD9 A;  4ETA A;  5LVG A;  1GFT A;  1H87 A;  3W6B A;  5LA8 A;  4PRU A;  2YBH A;  3FI7 A;  4OWE A;  2DKV A;  2DQF C;  1FDL Y;  1OUI A;  4ETB A;  1B7N A;  1KXY A;  1JIS A;  4LT3 A;  2F30 A;  1EQ4 A;  2MEC A;  1IOS A;  1GE1 A;  1E8L A;  5HMJ A;  1WVU A;  1HEN A;  1GD6 A;  1LMO A;  2Y8P A;  3W6A A;  3P64 A;  4H1P A;  2MEG A;  1OUB A;  1TBY A;  5HLL A;  3CT0 A;  5LYZ A;  1G7I C;  3AW7 A;  2HEA A;  1SQ2 L;  5KXW A;  1QUT A;  2YBM A;  3HBE X;  1BHZ A;  1GAZ A;  1QIO A;  5L3H A;  1IX0 A;  4GCF A;  5APC A;  4YEM A;  1GFV A;  1LZN A;  2Z12 A;  2GV0 A;  2F4G A;  1B7P A;  3A90 A;  3B6L A;  3CT1 A;  3FE0 A;  3TMV A;  3WXT A;  4GLA A;  1XGU C;  1LMN A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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