4EPFA

The crystal structure of pesticin from yersinia pestis
Total Genus 113
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
113
sequence length
343
structure length
333
Chain Sequence
PAFLFSGSTLSITIALPHYVDLPGRSNFKLMYIMGFPIDTEMEKDSEYSNKIRQESKISKTEGTVSYEQKITVETGQEKDGVKVYRVMVLEGTIAESIEHLDKKENEDILNNNRNRIVLADNTVINFDNISQLKEFLRRSVNIVDHDIFSSNGFEGFNPTSHFPSNPSSDYFNSTGVTFGSGVDLGQRSKQDLLNDGVPQYIADRLDGYYMLRGKEAYDKVRTAPLTLSDNEAHLLSNIYIDKFSHKIEGLFNDANIGLRFSDLPLRTRTALVSIGYQKGFKLSRTAPTVWNKVIAKDWNGLVNAFNNIVDGMSDRRKREGALVQKDIDSGLL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Toxin
molecule keywords Pesticin
publication title Structural engineering of a phage lysin that targets Gram-negative pathogens.
pubmed doi rcsb
source organism Yersinia pestis
total genus 113
structure length 333
sequence length 343
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-04-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF16754 Pesticin Bacterial toxin homologue of phage lysozyme, C-term
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4epfA02
257LA 246LA 3SB5A 1L44A 1L51A 1CX6A 1DYFA 1L54A 1QTDA 4I7JA 2OU0X 1OVKA 145LA 1EPYA 1LYDA 236LA 3CDQA 1L0JA 1ZURA 156LA 1L36A 1P46A 2B6XA 3SB8A 139LA 2B74A 201LA 195LA 3SN6R 114LA 1G0PA 1K28A 4YX7C 3OE8A 2B6WA 2LZMA 165LA 230LA 237LA 1L74A 1SWZA 248LA 3SB9A 130LA 1L59A 1P5CA 1OYUA 1SX7A 3HTBA 1L02A 231LA 232LA 1QS9A 3UONA 1L98A 1C6GA 1C6LA 4EKRA 4W51A 1C6IA 1L71A 3QAKA 1CV1A 1P64A 2RBRA 1L19A 1L05A 3RUNA 1L14A 151LA 1ZWNA 4ARLA 3DN0A 250LA 1C6HA 4PK0A 1D9WA 4ARJA 3HH4A 173LA 1CTWA 1L15A 175LA 223LA 3C83A 4DAJA 1LYFA 258LA 4YXAC 212LA 1JQUA 3OE0A 3HH3A 3HUQA 4ARQA 1G1WA 1P36A 4ZPUA 112LA 1LW9A 260LA 199LA 1L38A 3HTFA 169LA 196LA 2RAYX 6LZMA 3DMXA 262LA 3CDOA 4I7LA 4I7MA 1PQMA 4W54A 3HT6A 1L21A 1L16A 1L22A 1L86A 1C6BA 1OWYA 1QTCA 224LA 219LA 1OVHA 4LZMA 1C6JA 247LA 200LA 2RB2X 3VW7A 1C6KA 3L64A 164LA 3G3WA 1L42A 1L31A 1P7SA 1D3JA 3SB7A 1L27A 2Q9EA 107LA 255LA 146LA 3GUOA 4ARQB 1L58A 3GUNA 1L79A 4GRVA 3D4SA 4I7RA 2RBNA 4EXMA 1SSWA 187LA 1L75A 1LLHA 1C6NA 1L47A 1P37A 1LGWA 1OVJA 4EPIA 1L63A 1XJTA 1L12A 1L91A 1CUQA 3G3VA 1L64A 191LA 129LA 158LA 2ANXA 1G0GA 3DN1A 3C8QA 1L43A 3PBLA 108LA 184LA 1L48A 4I7NA 4EPFA 4S0WA 2RBQA 1C6EA 241LA 1L84A 225LA 1T8AA 3C80A 1C68A 1L35A 4PJZA 1C66A 1L39A 1L41A 118LA 123LA 147LA 253LA 3FADA 1L28A 1LYJA 4I7QA 220LA 148LE 1QUGA 252LA 3C7WA 4W58A 5I14A 3HUKA 214LA 131LA 5LZMA 1L94A 3FA0A 1DYAA 1DYGA 113LA 211LA 2LC9A 1L72A 3DN2A 4I7SA 251LA 1C6CA 1ZYTA 1L83A 2HULA 1L68A 1C67A 2OU9A 1KY0A 1OV7A 243LA 259LA 242LA 1P3NA 1LPYA 4W56A 2B6TA 254LA 1L99A 1L11A 186LA 2B6YA 4DKLA 1L04A 2RH1A 1L33A 1G1VA 4W57A 104LA 1L0KA 215LA 3L2XA 1T8FA 1L73A 1PQIA 226LA 1QTBA 3HT7A 4W59A 1D3NA 144LA 1L57A 1LI2A 1L45A 3DKEX 1D2YA 1G07A 2B70A 170LA 142LA 1KY1A 1L87A 180LA 1P56A 3HH5A 1L32A 4EKSA 3V2WA 7LZMA 1L56A 1T8GA 3V2YA 1C61A 238LA 2RBSA 3HTDA 2A4TA 1L93A 1LYIA 177LA 1C6QA 1C6FA 227LA 3DNAA 1L67A 1L07A 109LA 1L60A 174LA 1LYGA 3HTGA 234LA 1SWYA 1PQJA 188LA 1L08A 4I7PA 3JR6A 1I6SA 1DYEA 1KS3A 1CV4A 1LGUA 1QUOA 192LA 2RB1X 4AQNA 3PDSA 2OE9X 1L55A 126LA 3SB6A 4I7OA 138LA 245LA 4W53A 2Z6BA 4LDOA 222LA 4EKPA 1DYBA 206LA 1L46A 190LA 1JTMA 2B6ZA 2NTHA 1D3FA 3DMZA 1L82A 1CU0A 3F8VA 2CUUA 3HT8A 162LA 1G06A 166LA 3DN8A 2RAZX 244LA 4EKQA 1T97A 3CDVA 1L13A 3FI5A 1L65A 1QTHA 1L17A 2OTZX 2O4WA 176LA 1XJUA 1DYDA 3HT9A 1L40A 1P2LA 159LA 115LA 1QS5A 1L89A 1QT5A 1L80A 2LCBA 103LA 1B6IA 1L10A 3LZMA 122LA 210LA 4W52A 4ARMA 1L50A 3HWLA 1L97A 150LA 1CV3A 209LA 1L06A 1L26A 2NTGA 1CU5A 4I7TA 3CDTA 1L69A 3HDFA 3GUPA 2B73A 1L96A 2B7XA 120LA 1L18A 1L23A 1L53A 261LA 140LA 1C6AA 2ANVA 1L92A 1CU6A 4DJHA 4K5YA 240LA 1KW7A 1L30A 1CV5A 1QT6A 2O79A 1QUHA 2OU8A 1QT8A 2F2QA 102LA 3DN6A 171LA 3NY8A 1G0JA 4E97A 182LA 216LA 4ARMB 2RB0X 1L03A 1CV6A 3DN4A 1P6YA 3C8SA 4ARPA 218LA 1L76A 110LA 1CVKA 2Q9DA 3SBBC 178LA 1JTNA 3C81A 152LA 3HDEA 1L01A 3NY9A 2OE7X 221LA 1C65A 1C6PA 3SBAA 3G3XA 1T6HA 1NHBA 1C6DA 1CX7A 3GULA 213LA 3GUJA 1G0MA 197LA 1C6TA 1LYEA 167LA 1QUDA 198LA 3C82A 3HU8A 1PQKA 1LWKA 1L95A 2B72A 163LA 4LDLA 1L49A 4W55A 239LA 3HUAA 3HU9A 1LYHA 1LGXA 1CU2A 157LA 1L34A 1L61A 3RZEA 4IAPA 2L78A 3C8RA 1L62A 3DMVA 1PQDA 125LA 228LA 185LA 1L20A 1L29A 1L77A 1LI3A 1QTVA 3OE6A 1L24A 1D2WA 149LA 249LA 1C64A 128LA 256LA 1C62A 127LA 2QARC 1P2RA 4I7KA 3K2RA 155LA 3C7YA 189LA 1OV5A 111LA 4OO9A 3DN3A 1QT4A 3HH6A 1DYCA 3EMLA 1L00A 2F47A 2OE4X 1SX2A 1QTZA 160LA 2RBPA 1C69A 2O7AA 1C6MA 1XEPA 1L09A 1CUPA 2B75A 3ODUA 1C63A 1L70A 217LA 1L52A 181LA 2HUKA 2HUMA 1L81A 2QB0B 1LI6A 1L85A 3GUKA 2OEAX 2OTYX 141LA 3NYAA 3F9LA 1LWGA 4GBRB 3C7ZA 233LA 4YXCA 1CU3A 1L37A 1G0QA 1C60A 1G0LA 205LA 2RBOA 1L25A 3GUIA 2F32A 161LA 1QT3A 1TLAA 1L90A 1G0KA 183LA 1SSYA 1KNIA 3OE9A 168LA 172LA 1L88A 1KW5A 1QSQA 1WTHA 1PQOA 1D3MA 1CV0A 1QT7A 137LA 1QSBA 1OWZA 2IGCA 143LA 4LDEA 235LA 119LA 229LA 4EJ4A 3GUMA 1L66A 3CDRA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
257LA 246LA 3B0KA 1CX6A 1L54A 4I7JA 3ZVQA 4B49A 145LA 4LYOA 1ZURA 3W6DA 156LA 1HEPA 1YILA 4NGJA 3W3EA 2B6XA 139LA 2AUBA 201LA 195LA 1GFRA 5I4WA 114LA 1G0PA 2B6WA 1B7PA 3HBDA 5DLAA 2LZMA 2MEAA 165LA 3WL2A 248LA 3TXGA 3SB9A 4DYGA 130LA 4LT0A 232LA 4NFVA 1LJEA 3UONA 1B2KA 1C6LA 5LAFA 1LSBA 4NHIA 4CFOA 3FI7A 1IWYA 151LA 1LHIA 3AGIA 4IJ4A 4ARLA 1GXXA 4I8SA 1D9WA 1QIOA 3A34A 1QSAA 2BQNA 1TAYA 1GB3A 1UA6Y 258LA 4NHPA 2I6ZA 4FJRA 260LA 193LA 196LA 4WLDA 1J1XY 4I7LA 3AGHA 4HJZA 3AZ5A 2MEDA 4XJDA 1GHLA 3A6CY 1L16A 1L22A 1L86A 1C6BA 1OWYA 5LVIA 1AZFA 224LA 3M18B 1OVHA 3AZ6A 247LA 2RB2X 1C6KA 1IOCA 4RDSA 164LA 4YEMA 2YBJA 2Z12A 107LA 255LA 4H91A 1L79A 4TSBA 1HNLA 4PJ2C 1HEOA 1LJFA 187LA 1LLHA 2YBHA 1OVJA 1GBSA 4WM5A 1DI3A 3G3VA 1GE2A 4DD7A 1F6SA 1YIKA 4DWXA 1FLWA 1IC7Y 1IP3A 4QY9A 4EPFA 241LA 3C80A 3WU9A 4N0JA 4R6CA 4RW1A 1LMCA 123LA 1L28A 3OJPA 1IP5A 2DQDY 3C7WA 5I14A 1BVKC 4H9HA 5LZMA 1L94A 4UWUA 3FA0A 4OWEA 1DYAA 1O23A 211LA 4MCKA 4LFPA 1L72A 251LA 4DD3A 2HULA 3TXKA 1L68A 4H90A 2ZNWY 2OU9A 1KY0A 4ETEA 259LA 4XYYA 2YDGA 4UWNA 1QDTA 4J1BA 4N1EI 1LYYA 3A3RX 186LA 6LYZA 4DKLA 1VDQA 4DDAA 4W57A 1GF3A 4D9ZA 4LT3A 1L73A 1QTBA 144LA 5KJ9A 1JKAA 1L45A 4ANRA 1JKDA 4NWEA 1L32A 4R0FA 4EKSA 1T8GA 1ZVHL 238LA 2RBSA 4J1AA 1WQMA 3WVYA 1B5YA 1L67A 1L07A 5KXMA 4NSGA 1SWYA 1EL1A 1L08A 3JR6A 1I6SA 4H8ZA 4WM6A 1B7NA 3HFMY 2D4JA 2MEIA 1LGUA 1QUOA 2RB1X 4AQNA 3SB6A 4I7OA 4Z98A 245LA 3LYTA 4FDYA 2Z6BA 5FSTA 1HC0A 1DYBA 1IVMA 1AT6A 3DMZA 3TXBA 5I53A 1B5VA 1CU0A 5L9JA 3QNGA 1LMQA 2CUUA 3HT8A 4ML7A 2D91A 2A7DA 5LYMA 1F10A 1G7JC 5B59A 1EQ4A 5APFA 1IP6A 1T97A 3CDVA 3FI5A 1L17A 2HUBA 1DYDA 2CDSA 1L40A 2XBRA 4NHSA 2D4KA 2LCBA 1L10A 2DQCY 4ARMA 4NG1A 1L97A 1MLCE 3SP3A 2NTGA 1BQLY 1CU5A 1YROA 1DXJA 3GUPA 4WOAA 1XEKA 1L53A 1DPXA 4GCDA 1C6AA 1VDSA 240LA 3G3BB 1QT6A 2OU8A 1QT8A 2F2QA 1LZDA 3DN6A 1HENA 3NY8A 1G0JA 4E97A 1YKXX 4TTDA 3WW6A 1OUFA 1CV6A 1LSPA 5DN4A 1P6YA 3WPLA 4ARPA 3SBBC 1LJKA 1JJ3A 1GF5A 1JTNA 2BLXA 1CJ8A 5KXXA 1AKIA 1HMLA 1HMKA 3G3XA 1GWDA 1G0MA 1LYEA 167LA 1GFHA 1NMMA 1LZCA 2I26L 1D6PA 1LWKA 9LYZA 1JITA 1I56A 4LDLA 3F6ZA 1L49A 4W55A 1LGXA 1CU2A 5F16A 157LA 1GE4A 3P64A 1L34A 1L61A 1BWJA 1VEDA 2L78A 1D0LA 3C8RA 125LA 3IWRA 2Z38A 1L20A 1L77A 1L24A 1D2WA 1N4FA 1W6ZA 1LZEA 1C62A 1EQ5A 127LA 1KIRC 3K2RA 189LA 1OV5A 2XJWA 3IJUA 1LZ6A 4U3XB 2G4NA 4B1AA 3WMKA 1DYCA 1NBZC 3LYMA 2O7AA 1L09A 2B75A 3ODUA 1LCNA 1VDPA 1JEFA 5A3EA 181LA 2HUMA 5APCA 3EMSA 2F2NA 3GUKA 4QDNA 4J0LA 4H9FA 3AYQA 1LSZA 3F9LA 1B7LA 2BQIA 233LA 3WYHA 1CU3A 1DKKA 2D4IA 1C60A 3GUIA 1OUCA 2BQOA 4NHTA 1IY4A 4WL6A 1TLAA 1WQQA 2MEBA 5II3A 2YSSC 1G0KA 1BWHA 1HFXA 1YANA 4C3WA 3OE9A 4RLMA 2PC2A 168LA 1BB4A 2EPEA 1B5ZA 2ZYPA 1CV0A 4OW1A 137LA 1QSBA 1BWIA 2IGCA 2DQGY 4DDCA 5B07A 4XN6A 2H9KA 4CJ2A 3CDRA 153LA 1QTDA 1LZBA 1EPYA 1REMA 3RU5A 1LOZA 1HSXA 4GCEA 5LA5A 1G7HC 1F0WA 3WW5A 1P46A 3LZ2A 4HPIA 3SN6R 4G4HA 4WM4A 3A92A 1D0MA 4YX7C 1DQJC 3EBAB 5HQ1A 1CJ9A 4XENA 1P5CA 1OYUA 3HTBA 1A4VA 5KXTA 2Z37A 5FDJA 1LPIA 4W51A 4DDBA 1CNSA 1L71A 5D5CA 3QAKA 1L19A 1L05A 2BQBA 1GF4A 3G3AB 1XGTC 1BVXA 1JTOL 1BB7A 1CTWA 3RZ4A 175LA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 257L A;  246L A;  3B0K A;  1CX6 A;  1L54 A;  4I7J A;  3ZVQ A;  4B49 A;  145L A;  4LYO A;  1ZUR A;  3W6D A;  156L A;  1HEP A;  1YIL A;  4NGJ A;  3W3E A;  2B6X A;  139L A;  2AUB A;  201L A;  195L A;  1GFR A;  5I4W A;  114L A;  1G0P A;  2B6W A;  1B7P A;  3HBD A;  5DLA A;  2LZM A;  2MEA A;  165L A;  3WL2 A;  248L A;  3TXG A;  3SB9 A;  4DYG A;  130L A;  4LT0 A;  232L A;  4NFV A;  1LJE A;  3UON A;  1B2K A;  1C6L A;  5LAF A;  1LSB A;  4NHI A;  4CFO A;  3FI7 A;  1IWY A;  151L A;  1LHI A;  3AGI A;  4IJ4 A;  4ARL A;  1GXX A;  4I8S A;  1D9W A;  1QIO A;  3A34 A;  1QSA A;  2BQN A;  1TAY A;  1GB3 A;  1UA6 Y;  258L A;  4NHP A;  2I6Z A;  4FJR A;  260L A;  193L A;  196L A;  4WLD A;  1J1X Y;  4I7L A;  3AGH A;  4HJZ A;  3AZ5 A;  2MED A;  4XJD A;  1GHL A;  3A6C Y;  1L16 A;  1L22 A;  1L86 A;  1C6B A;  1OWY A;  5LVI A;  1AZF A;  224L A;  3M18 B;  1OVH A;  3AZ6 A;  247L A;  2RB2 X;  1C6K A;  1IOC A;  4RDS A;  164L A;  4YEM A;  2YBJ A;  2Z12 A;  107L A;  255L A;  4H91 A;  1L79 A;  4TSB A;  1HNL A;  4PJ2 C;  1HEO A; 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