4EPFA

The crystal structure of pesticin from yersinia pestis
Total Genus 113
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
113
sequence length
343
structure length
333
Chain Sequence
PAFLFSGSTLSITIALPHYVDLPGRSNFKLMYIMGFPIDTEMEKDSEYSNKIRQESKISKTEGTVSYEQKITVETGQEKDGVKVYRVMVLEGTIAESIEHLDKKENEDILNNNRNRIVLADNTVINFDNISQLKEFLRRSVNIVDHDIFSSNGFEGFNPTSHFPSNPSSDYFNSTGVTFGSGVDLGQRSKQDLLNDGVPQYIADRLDGYYMLRGKEAYDKVRTAPLTLSDNEAHLLSNIYIDKFSHKIEGLFNDANIGLRFSDLPLRTRTALVSIGYQKGFKLSRTAPTVWNKVIAKDWNGLVNAFNNIVDGMSDRRKREGALVQKDIDSGLL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Toxin
source organism Yersinia pestis
publication title Structural engineering of a phage lysin that targets Gram-negative pathogens.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Pesticin
total genus 113
structure length 333
sequence length 343
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-04-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF16754 Pesticin Bacterial toxin homologue of phage lysozyme, C-term
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4epfA02
1G0QA 1L73A 160LA 1L61A 4ARQB 4YX7C 4I7LA 3SBBC 1L00A 1L72A 2RBRA 3SB9A 248LA 2B6TA 1L63A 5I14A 206LA 3HH3A 261LA 4W56A 4W58A 205LA 1QUGA 4I7KA 180LA 1L05A 1L23A 1C6EA 7LZMA 149LA 139LA 1LYIA 2RAYX 2B6YA 1OWZA 3DN0A 167LA 1L93A 2RAZX 3ODUA 190LA 220LA 1P2RA 198LA 1D3JA 1CU2A 3DMVA 2OU9A 1P56A 2RBQA 240LA 3QAKA 1KW7A 1C68A 1C6QA 1L37A 3EMLA 3NY8A 4LDEA 1DYBA 4I7PA 1L46A 119LA 148LE 159LA 186LA 3C7WA 1LW9A 181LA 1C6NA 1L34A 3V2WA 185LA 172LA 2QB0B 1G06A 1L26A 1L44A 1C6HA 1OVKA 3HT7A 177LA 3HTDA 158LA 3DN2A 1L11A 1CV6A 4I7JA 1L19A 137LA 1DYDA 2RBOA 245LA 3GUIA 1SX2A 3FADA 4LZMA 178LA 3DKEX 1I6SA 1OVHA 128LA 1C65A 238LA 1KS3A 200LA 3OE6A 1G0LA 4EPFA 1LPYA 219LA 2OTZX 1EPYA 254LA 150LA 1T8AA 3CDRA 3F9LA 241LA 3L64A 2NTGA 4I7OA 4EKQA 1L43A 222LA 1C62A 1QT7A 118LA 221LA 171LA 4ARQA 216LA 127LA 2Z6BA 6LZMA 2NTHA 196LA 256LA 1P64A 4ARMB 1LI2A 1PQKA 1L41A 1LWGA 1OV5A 1L54A 138LA 217LA 214LA 1QTZA 1L29A 212LA 1XJUA 1P46A 1L56A 3HH5A 1P5CA 2QARC 165LA 1LGWA 1SSWA 2B74A 3G3WA 1C6IA 1L10A 1C6AA 3DN8A 145LA 1LGXA 229LA 122LA 3GUNA 1G0GA 1L45A 1LI3A 152LA 1CU0A 3GULA 3HH6A 3D4SA 1L99A 3G3XA 1C64A 4YXAC 4EKSA 1C6FA 3C8RA 1L71A 4PJZA 3GUJA 1L40A 1C6KA 3SN6R 1L94A 1PQJA 187LA 3CDVA 1PQDA 1L16A 1L70A 1L04A 2HULA 1C6TA 1L89A 1QTCA 218LA 3DMZA 163LA 102LA 192LA 184LA 257LA 4DKLA 3SBAA 255LA 230LA 189LA 1LYDA 2IGCA 120LA 162LA 2B73A 1QT6A 1C61A 3HTFA 2O7AA 4I7SA 1L24A 3F8VA 4W53A 1QTDA 4OO9A 1DYCA 164LA 3DMXA 2OU8A 1P36A 1P37A 2B6XA 252LA 4I7NA 1L52A 1T6HA 3HTBA 141LA 1CV5A 3DN6A 1L58A 3L2XA 1QSQA 1L03A 1KNIA 4DJHA 3DN4A 3CDQA 4W52A 157LA 1L76A 1LWKA 1JQUA 1L14A 1CU6A 1OYUA 228LA 104LA 1DYGA 1C63A 2B70A 1L90A 3C81A 2OE9X 1L97A 111LA 1C67A 243LA 4ARMA 3JR6A 113LA 4EPIA 197LA 1LI6A 3HDFA 4I7QA 1CV4A 1L35A 2LCBA 3GUMA 1L18A 1CV1A 210LA 3RUNA 174LA 3SB6A 1QTVA 1TLAA 1CVKA 1LYJA 191LA 1L87A 1DYFA 1C60A 1G0JA 1C66A 1L57A 3DN3A 2OU0X 1L80A 227LA 1L21A 1L55A 2Q9DA 4IAPA 237LA 1L15A 1L69A 1L74A 2B72A 3PDSA 4ARJA 226LA 1L86A 5LZMA 2Q9EA 3PBLA 3RZEA 3NY9A 1L82A 1QS5A 3UONA 213LA 1L50A 2RB2X 1L65A 1ZURA 1WTHA 114LA 108LA 1LLHA 115LA 1OV7A 1CV3A 250LA 3DNAA 1L42A 1L81A 1D3NA 4ARPA 1PQIA 2B6ZA 3K2RA 1L13A 3SB7A 1L66A 234LA 1SX7A 1P7SA 2A4TA 2ANVA 1D3MA 1ZWNA 3DN1A 169LA 1P3NA 3NYAA 155LA 4YXCA 2RBPA 1L84A 1SWZA 1L49A 3HUKA 1L96A 3HTGA 1PQOA 2RB0X 4W59A 235LA 3G3VA 4I7TA 1G1VA 1L79A 4EJ4A 246LA 3CDOA 2F2QA 2RBNA 1L01A 3C8SA 195LA 1G0KA 188LA 211LA 1L83A 1C69A 1CUQA 1L30A 4E97A 4EKPA 1PQMA 2HUMA 1D3FA 1L64A 1QT8A 4I7RA 215LA 176LA 1G0PA 3C83A 1L31A 3C80A 143LA 3C8QA 3HT9A 107LA 1L32A 2F32A 2OEAX 1L60A 130LA 1SWYA 1B6IA 2B6WA 1CU5A 1L77A 2RH1A 168LA 1P6YA 1L88A 173LA 1C6MA 1L53A 2L78A 1QUDA 1LGUA 3OE8A 3CDTA 1DYAA 3C7YA 1L59A 2CUUA 1L02A 223LA 233LA 244LA 3FI5A 242LA 4W55A 142LA 1L07A 224LA 4GRVA 2ANXA 262LA 2HUKA 1C6JA 4EXMA 1C6DA 2LZMA 4I7MA 4EKRA 3OE0A 109LA 1L0JA 3HT6A 4LDLA 112LA 1JTMA 2OE4X 1KW5A 1QT3A 2OTYX 1NHBA 3GUPA 1QTHA 4PK0A 3HUAA 1C6GA 1K28A 4DAJA 103LA 1T8FA 4AQNA 1L22A 1L51A 1OVJA 4W57A 1L38A 3V2YA 1L67A 258LA 1QT4A 110LA 1LYEA 3GUOA 1L47A 4LDOA 2F47A 1XJTA 232LA 1CX7A 3VW7A 1T8GA 2O4WA 2O79A 3HU8A 4GBRB 4K5YA 1L62A 1L39A 1L08A 131LA 1L0KA 1T97A 236LA 1LYFA 1D2YA 156LA 1CU3A 1L36A 231LA 1XEPA 123LA 253LA 3FA0A 1P2LA 146LA 1CTWA 209LA 1C6PA 3HWLA 1G1WA 4ZPUA 4W54A 129LA 3C82A 170LA 126LA 2RBSA 251LA 175LA 1L48A 1L68A 1L27A 1ZYTA 1CUPA 4S0WA 1L95A 259LA 1L20A 201LA 247LA 1CX6A 3LZMA 3SB8A 1C6CA 166LA 1KY0A 1L17A 1DYEA 1L25A 2OE7X 1L06A 1G07A 1L98A 2B75A 3C7ZA 2B7XA 2RB1X 4ARLA 2LC9A 1G0MA 1OWYA 1L92A 1C6BA 125LA 1KY1A 1QUHA 1QSBA 3HU9A 225LA 144LA 3SB5A 147LA 1L75A 1QUOA 140LA 1L28A 3OE9A 3HH4A 1CV0A 1D2WA 183LA 1L91A 151LA 1QT5A 1L33A 3HDEA 3HUQA 3GUKA 4W51A 1SSYA 199LA 161LA 1C6LA 1L09A 249LA 1L85A 1D9WA 1JTNA 1QTBA 239LA 1QS9A 1LYHA 182LA 1LYGA 260LA 3HT8A 1L12A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1G0QA 160LA 2HECA 1JIYA 4XYYA 3W6AA 4LYMA 1LZRA 3SBBC 2IHLA 2RBRA 1ZVHL 4H9BA 1L63A 5KXLA 1FLWA 4NHTA 4OWCA 4NGLA 4W58A 4RW1A 205LA 1F6SA 1L23A 1C6EA 7LZMA 2RAYX 167LA 190LA 3G3BB 2RBQA 4PHIA 240LA 5KXXA 1GFRA 2H9JA 5LYMA 1L37A 1HMLA 4NSJA 119LA 186LA 1DKKA 3C7WA 6LYZA 181LA 1C6NA 4OWBA 1L34A 185LA 2QB0B 1N4FA 1IR9A 4HTNA 177LA 3HTDA 3DN2A 4NIJA 1CV6A 4DT3A 4ET8A 1GXV2 4LZMA 1GWDA 4WO9A 3TMWA 178LA 1J1PY 3DKEX 1OVHA 4LZTA 1C65A 5KXNA 3TMXA 1KS3A 200LA 2HUBA 3T36A 1WQPA 4EPFA 1WQRA 1XSFA 3F9LA 1C62A 4WOAA 5FDJA 1FKQA 1QDTA 5LVKA 171LA 4ARQA 1XGRC 256LA 4ARMB 1LKSA 1BQLY 1OV5A 1LHIA 4HJZA 3TXIA 5IHGA 212LA 1OUDA 2DKVA 1GB6A 1LJNA 1P46A 2YBLA 4I0CA 4OOOA 3G3WA 4NGKA 1D0LA 1NDGC 1IWWA 1LGXA 1G0GA 1LSZA 2MEEA 1L99A 1XEIA 3G3XA 4YXAC 1JISA 1IR8A 4RLMA 4GLAA 1LMTA 1P2CC 3GUJA 1D6PA 1GF6A 1L40A 3WVXA 1L94A 1PQJA 2G4QA 187LA 1L16A 2MEIA 2HULA 1OUFA 5I4YA 4XJDA 4M6DA 163LA 102LA 4NGZA 257LA 5F16A 1VDQA 2GV0A 1LCNA 2B73A 3B0IA 4TWSA 4YM8A 3F8VA 2D4IA 2EQLA 1CJ9A 1LJIA 1HFYA 4FJRA 3CSQA 4N0JA 5B06A 141LA 1GDXA 1AZFA 5II3A 1KIPC 1VDPA 1LSPA 1GDWA 4RDSA 2Z2EA 4HPEA 2W1LA 5APDA 5I53A 1LWKA 3IJUA 104LA 5LXWA 1DQJC 1LSGA 243LA 4ZFPA 4DDAA 1CKGA 1LI6A 1LZ6A 4I7QA 1CV4A 2LCBA 1LOZA 2HTXA 4WO6A 1LJHA 1CVKA 4R0FA 5K7OA 1C66A 1PZYA 1L57A 2DQJY 1XEJA 227LA 1L55A 3HBEX 5I5QA 1B7OA 1L69A 226LA 3NY9A 1GBWA 1OUGA 1L50A 3P64A 2RB2X 1BB6A 1L65A 1ZURA 1DXJA 4XJGA 1GBSA 2ZNWY 5ILFA 1D3NA 1PQIA 3RT5X 234LA 1BB5A 1P7SA 1ZWNA 2I26L 1J1XY 1G7MC 3NYAA 4YXCA 1L84A 4IJ4A 1HSXA 3HUKA 4WG1A 1L96A 4PPOA 4W96A 1GB2A 3G3VA 2Z19A 4I7TA 2RSCA 2ZIJA 3LN2A 5E9RA 5LIOA 1UA6Y 1L01A 1G7LC 1FBIX 3TMVA 4GCBA 1L30A 4DYGA 1PQMA 1D3FA 4XENA 2N5ZA 1NQIA 1LJJA 1AT6A 176LA 1B7PA 5IELA 4ETBA 1G0PA 3C83A 143LA 107LA 1YAMA 2OEAX 1LHHA 130LA 1QUSA 1SWYA 1B6IA 5LAFA 1B5YA 1JSFA 1QUDA 1XGUC 1LHLA 1REXA 2CUUA 2YDGA 1L02A 5B05A 4GN5C 1FN5A 233LA 244LA 3OJPA 262LA 3F6ZA 3HBDA 4EXMA 4EKRA 2LYMA 3OE0A 4KL7A 4QGZA 3GUPA 1LSYA 1GFAA 1K28A 4AQNA 1T8FA 4DAJA 1L51A 3K3TA 1VEDA 1LSEA 1NBYC 1O23A 4WMGA 2HU3A 8LYZA 4LDOA 1L47A 1IY3A 1OQMA 3WU8A 3HU8A 5HMJA 2G4NA 4GBRB 1DI5A 1Z55A 2DQAA 1JHLA 4K5YA 3BKHA 3AB6A 5B1FA 1T97A 5FEKA 236LA 1LPIA 1D2YA 3TXHA 4J0LA 3B72A 123LA 1JITA 1P2LA 209LA 4ZPUA 4W54A 2H9KA 2W1XA 1GPQC 4RLNA 4S0WA 5KXRA 1L20A 1LYZA 3SB8A 1C6CA 1OP9B 1YROA 2MEGA 1UIFA 4TTDA 4B4IA 4ANRA 1CJ6A 1L98A 1IP2A 2LC9A 1OWYA 1QUHA 2YBHA 3B0OA 1QSBA 2MEFA 1WQMA 3P66A 4TSBA 4UWUA 2BLYA 4PRUA 140LA 1CV0A 1D2WA 3M18B 1QT5A 1L33A 4W51A 161LA 249LA 2ZWBA 2DQEY 1JTNA 239LA 1UIDA 1QS9A 1LYHA 182LA 1LZDA 1VFBC 1IY4A 3AYQA 2W1YA 5KXOA 1L61A 4NG1A 3CB7A 1IOCA 1L00A 2BLXA 1LZBA 2B6TA 1LZSA 1B7RA 206LA 2EKSC 6LYTA 1OUIA 1A4VA 1GFHA 1UCOA 2B6YA 1OWZA 4XADA 1LYYA 2MECA 2BQOA 1JTOL 3LYOA 3AZ6A 1P56A 1UIAA 3A96A 1RFPA 2Z12A 1C6QA 1HFZA 5KXKA 3WUMA 1IWUA 148LE 3LYMA 4J7VA 172LA 1WTNA 1L26A 2DQGY 3HT7A 1W6ZA 3AW7A 1QSAA 158LA 1GFTA 1RE2A 4I7JA 1L19A 1RCMA 137LA 3GUIA 3FADA 1YANA 3AJNA 128LA 4CFPA 1UIHA 4DDCA 1G0LA 1F10A 4KPMA 1T8AA 1C43A 241LA 5JENB 3LZ2A 1L43A 1ZV5L 5T3FA 1GF7A 1XGPC 118LA 1B7QA 2HEDA 3AZ4A 2BQIA 3N9CA 2LHMA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1G0Q A;  160L A;  2HEC A;  1JIY A;  4XYY A;  3W6A A;  4LYM A;  1LZR A;  3SBB C;  2IHL A;  2RBR A;  1ZVH L;  4H9B A;  1L63 A;  5KXL A;  1FLW A;  4NHT A;  4OWC A;  4NGL A;  4W58 A;  4RW1 A;  205L A;  1F6S A;  1L23 A;  1C6E A;  7LZM A;  2RAY X;  167L A;  190L A;  3G3B B;  2RBQ A;  4PHI A;  240L A;  5KXX A;  1GFR A;  2H9J A;  5LYM A;  1L37 A;  1HML A;  4NSJ A;  119L A;  186L A;  1DKK A;  3C7W A;  6LYZ A;  181L A;  1C6N A;  4OWB A;  1L34 A;  185L A;  2QB0 B;  1N4F A;  1IR9 A;  4HTN A;  177L A;  3HTD A;  3DN2 A;  4NIJ A;  1CV6 A;  4DT3 A;  4ET8 A;  1GXV 2;  4LZM A;  1GWD A;  4WO9 A;  3TMW A;  178L A;  1J1P Y;  3DKE X;  1OVH A;  4LZT A;  1C65 A;  5KXN A;  3TMX A;  1KS3 A;  200L A;  2HUB A;  3T36 A;  1WQP A;  4EPF A;  1WQR A;  1XSF A;  3F9L A;  1C62 A;  4WOA A;  5FDJ A;  1FKQ A;  1QDT A;  5LVK A;  171L A;  4ARQ A;  1XGR C;  256L A;  4ARM B;  1LKS A;  1BQL Y;  1OV5 A;  1LHI A;  4HJZ A;  3TXI A;  5IHG A;  212L A;  1OUD A;  2DKV A;  1GB6 A;  1LJN A;  1P46 A;  2YBL A;  4I0C A;  4OOO A;  3G3W A;  4NGK A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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