1DYCA

Determination of alpha-helix propensity within the context of a folded protein: sites 44 and 131 in bacteriophage t4 lysozyme
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAINLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Determination of alpha-helix propensity within the context of a folded protein. Sites 44 and 131 in bacteriophage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 57
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1993-05-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1dycA00
216LA 3DN2A 3HTGA 1L67A 1L33A 1L84A 233LA 253LA 3C82A 4EXMA 1JTMA 2OE9X 1D3JA 1SWYA 1P2RA 3L2XA 3OE8A 3JR6A 1QTBA 1L99A 3HTBA 1P37A 1L34A 119LA 4W57A 221LA 143LA 169LA 186LA 4W56A 2Z6BA 1C6EA 1SX2A 1L61A 3HT9A 1QUDA 3HU9A 1T97A 219LA 3GUKA 1CV1A 187LA 1C6JA 1L83A 126LA 1P5CA 1CV5A 1ZWNA 2Q9EA 4I7PA 3NY8A 1C6DA 1C6CA 123LA 3CDRA 157LA 1JTNA 3FI5A 1P64A 3DN6A 4DJHA 3K2RA 197LA 1G0GA 2HUMA 3HH6A 1L41A 1L63A 1LW9A 1L30A 1B6IA 1I6SA 190LA 1LLHA 3D4SA 1DYCA 1SWZA 1G1VA 1OWYA 6LZMA 256LA 1L59A 3NY9A 1C6LA 213LA 2A4TA 167LA 4EKSA 114LA 2LCBA 1L11A 218LA 103LA 173LA 2OE4X 1QTVA 244LA 110LA 3HWLA 1DYDA 1L24A 1L53A 1PQMA 4ARQA 3C83A 1C60A 1C63A 1G0MA 2OU8A 1CX6A 212LA 1C61A 2B73A 1JQUA 1L04A 243LA 1C6KA 2F32A 1TLAA 1P46A 164LA 1L48A 217LA 2B6ZA 4ARPA 108LA 1C6MA 2OE7X 1L94A 1L90A 3HT8A 3G3VA 1QT5A 181LA 4GRVA 1L97A 1L37A 2OU0X 246LA 1OV5A 236LA 3V2YA 2ANVA 238LA 3HUQA 4EKQA 1L72A 2CUUA 3DKEX 1QUOA 2F47A 2OU9A 3DMXA 4LDEA 151LA 3RZEA 3PBLA 1QT8A 4EPIA 4ARQB 1C6PA 180LA 1L51A 1L56A 2OTZX 1QTCA 1L43A 3F8VA 3HUAA 260LA 1L54A 2NTGA 1SSWA 2B70A 4LZMA 1LYEA 227LA 183LA 1L02A 4I7TA 1L73A 1G07A 1C6BA 225LA 1P6YA 237LA 1CV6A 3DN3A 1L93A 247LA 1C67A 1D3NA 2OTYX 226LA 3GUOA 1LYIA 189LA 214LA 3DN4A 1L28A 1D2YA 1L69A 130LA 1L35A 259LA 4ARMA 1L66A 1QS9A 1QSQA 3CDTA 3DMVA 3GUJA 1L20A 4W51A 1OWZA 3C8QA 1L96A 3NYAA 131LA 3QAKA 4EPFA 1L39A 3HH3A 4I7RA 3V2WA 2B6XA 4E97A 137LA 1T8AA 4I7SA 3C81A 1QS5A 242LA 1PQKA 184LA 1L38A 176LA 1QTZA 142LA 3GULA 1L44A 3HDFA 1L27A 1G0KA 3SBAA 2O79A 1C6FA 3SB5A 1L06A 1L98A 2Q9DA 1C6IA 1D2WA 3HT7A 1OVJA 2RBRA 1OYUA 2RBQA 1XJTA 1DYFA 1L13A 235LA 3GUPA 3FA0A 1C65A 1CV4A 1L52A 1LGXA 3ODUA 4PJZA 4ARJA 4LDOA 4AQNA 1L07A 1L23A 1G06A 1L0KA 1LI6A 234LA 2B7XA 1CU3A 2HUKA 1L45A 3OE6A 1T8FA 255LA 2B6TA 1G0QA 4YXCA 4W55A 3PDSA 2RH1A 3DN8A 4W59A 1QTDA 3GUNA 1P7SA 1C6NA 3HU8A 1L82A 159LA 1L22A 1DYAA 1QTHA 3GUMA 3OE0A 1L50A 1C69A 2RBSA 1CTWA 3RUNA 1QSBA 7LZMA 1L68A 4DAJA 115LA 1L19A 1L17A 1LI2A 191LA 2LZMA 1LI3A 254LA 1CV0A 1C6GA 1L86A 1DYEA 1L09A 166LA 161LA 177LA 3CDOA 1QT4A 178LA 3F9LA 2QB0B 2RAYX 144LA 3SB9A 1KW7A 1L55A 1CV3A 250LA 1ZYTA 1SX7A 1L31A 3L64A 222LA 4I7QA 4I7KA 198LA 3GUIA 3EMLA 4I7NA 2HULA 2OEAX 1CX7A 3C7ZA 2IGCA 185LA 1L81A 1LYDA 3HTDA 172LA 1C6QA 209LA 1L88A 165LA 4W58A 145LA 1L03A 3SB6A 1KY0A 1DYGA 1ZURA 1L64A 1CUQA 1WTHA 4EKRA 1L80A 1EPYA 1CU0A 1C6AA 1L21A 3DMZA 1L36A 4GBRB 129LA 1PQIA 160LA 3VW7A 1C64A 128LA 104LA 1OVKA 1L92A 170LA 2B74A 3HUKA 4I7LA 1CU5A 210LA 163LA 1D3FA 3OE9A 2O7AA 211LA 1L75A 1D3MA 1L95A 261LA 148LE 3C7YA 111LA 1C6TA 4W53A 1L12A 240LA 1LYFA 252LA 125LA 262LA 1PQOA 220LA 4ARMB 1L0JA 3DN1A 1L26A 1CVKA 1K28A 1L05A 1C62A 3SB8A 3C8RA 150LA 4LDLA 245LA 5I14A 1T8GA 1LGWA 1OVHA 4PK0A 1G0JA 224LA 1L10A 1L74A 3C8SA 174LA 196LA 1L57A 1D9WA 239LA 146LA 4I7JA 1L16A 102LA 1QT7A 3G3WA 215LA 1L40A 1QT3A 201LA 2L78A 4ZPUA 3G3XA 120LA 141LA 199LA 200LA 1PQJA 3HDEA 241LA 175LA 1L76A 1CU6A 1P36A 2RB2X 223LA 4YX7C 1LWKA 232LA 122LA 1QUHA 1LPYA 1NHBA 4W52A 206LA 1L71A 1L70A 4W54A 140LA 147LA 1L60A 1LYGA 1L77A 4OO9A 107LA 3DN0A 1XJUA 3SBBC 162LA 2B75A 3SN6R 3HTFA 1CUPA 4YXAC 4I7MA 1L14A 1L79A 248LA 2QARC 2RB1X 1QT6A 1L85A 258LA 1L01A 257LA 182LA 1CU2A 1T6HA 1P2LA 1KS3A 205LA 228LA 3HT6A 229LA 249LA 3DNAA 118LA 2RBNA 1DYBA 2F2QA 1L18A 195LA 1L47A 1LWGA 2ANXA 1L25A 155LA 2RBOA 1XEPA 1L58A 251LA 2RAZX 3FADA 3HH5A 4EKPA 158LA 230LA 109LA 149LA 1G0LA 231LA 5LZMA 1L91A 1L00A 2NTHA 127LA 2RBPA 3LZMA 1LYJA 4S0WA 1P3NA 4ARLA 1KW5A 3C80A 156LA 4I7OA 3UONA 4IAPA 1KNIA 1L42A 2B72A 152LA 168LA 3CDVA 1C68A 3CDQA 188LA 1SSYA 1C6HA 2RB0X 1L32A 3C7WA 2O4WA 4DKLA 113LA 1QUGA 4EJ4A 1L89A 2B6YA 1L08A 1G0PA 2LC9A 1G1WA 1L29A 3HH4A 1L62A 1L46A 1KY1A 139LA 112LA 1L15A 138LA 1L65A 1L87A 1LGUA 1PQDA 192LA 4K5YA 3SB7A 1C66A 171LA 1LYHA 1P56A 1OV7A 1L49A 2B6WA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3WU7A 253LA 2RSCA 233LA 3C82A 4EXMA 1D3JA 3OE8A 1P2RA 3L2XA 3JR6A 1QTBA 5E4PA 1KIQC 1L34A 1P37A 4LYCA 169LA 1HSWA 4W56A 1C6EA 1BVKC 4WM2A 3HT9A 3IWRA 3HU9A 3A90A 5APDA 5APCA 2A7DA 1L83A 1CV5A 2Q9EA 4I7PA 3NY8A 1GBWA 4TTDA 4HV2A 5FDJA 123LA 3W6CA 2G4NA 1JISA 1JTNA 4DQ7A 1P64A 1B7OA 4DJHA 1FN5A 3K2RA 5I54A 1L41A 4GCBA 5FCPA 4ETCA 1BB6A 1B7PA 1BHZA 1WQMA 1CJ6A 1OWYA 1L59A 4B0DA 1JITA 1OUCA 1C6LA 1GE0A 1DI3A 3AZ4A 2LCBA 1JKBA 3LYTA 1IP7A 1NDMC 5I4YA 1L53A 3RNXA 1PQMA 5L9JA 4ARQA 3C83A 3EO5A 1G0MA 1CX6A 212LA 1GBSA 4CGEA 1OUIA 5D5FA 4A7DA 2B6ZA 2OE7X 1L90A 181LA 1L97A 4ANRA 3D9AC 4EKQA 2BQDA 2CUUA 1B0DA 3DKEX 4PGJB 1EQEA 1LYSA 3RZEA 1NKHA 1BWJA 2BLYA 5LYTA 1L51A 1L56A 2YBMA 1QTCA 5E9RA 1HEQA 3HUAA 1REMA 1CKCA 5LAFA 1B5YA 183LA 1LSEA 1L73A 4UWUA 2A7FA 1RE2A 1F6SA 1INUA 5AMYA 1QUSA 1L93A 1C67A 1QTEA 1L35A 5KY1A 3WVYA 1QSQA 3WH1A 1OUGA 1L20A 1OWZA 3C8QA 1L96A 4WM6A 4EOFA 4RW2A 4W94A 3B0IA 1LZBA 4E97A 137LA 1G7LC 1T8AA 1F6RA 1G7JC 2HU3A 3C81A 4DYGA 1I1ZA 1GEVA 1PQKA 3AJNA 1QTZA 1L44A 193LA 2EPEA 2O79A 1DPWA 4H9IA 3HT7A 1OVJA 1WQPA 1OYUA 1XJTA 3GUPA 1XGRC 4WM5A 4AQNA 4DDBA 1G06A 1LI6A 1HFXA 1SQ2L 1YKZX 1GFAA 2HUKA 1L45A 1GFVA 1T8FA 3A6CY 1IR8A 1H6MA 3AZ6A 4N0JA 1QTDA 2FYDA 2BQCA 1C6NA 3HU8A 1F10A 1JIYA 4KT3A 1DZBX 3GUMA 1GF6A 1QSBA 4I8SA 1BWHA 4XJHA 1BWIA 3N9AA 1LI2A 1WTMA 1FLWA 4ETEA 132LA 4GCEA 1LI3A 3A95A 1DYEA 166LA 161LA 1VDTA 178LA 3P64A 4X3BA 4LFXA 2HEBA 1KW7A 1CV3A 1JWRA 5IHGA 3OK0A 3WUMA 5LVIA 198LA 1PZYA 1WVUA 1L81A 1LYDA 1L88A 3B0OA 2BPUA 1L64A 1CUQA 4ETBA 1L80A 1IC4Y 1LAAA 2Z19A 1C6AA 4HJVA 1L21A 4HPEA 2IFFY 1C64A 104LA 1OVKA 170LA 3TXFA 1IOQA 1CU5A 1UIHA 2ZIKA 4HTQA 163LA 4GN5C 1LHLA 1LSBA 3BKVA 3TXEA 211LA 1L75A 4XJDA 1L95A 261LA 4HTKA 111LA 2BQJA 9LYZA 125LA 262LA 1LHIA 1PQOA 4Z3MA 2LYZA 1L0JA 3DN1A 4NGOA 1L26A 1IWXA 1CVKA 1C43A 4NSJA 1GWDA 3C8RA 1OVHA 4PK0A 1B7NA 4ML7A 1L74A 5T3FA 174LA 2ZWBA 1LHHA 2MEBA 1YAOA 102LA 1QT7A 1NDGC 4DD7A 1JTTL 3TMXA 4DQJA 4GLAA 3HDEA 175LA 1REYA 223LA 1LWKA 232LA 1LPYA 4W54A 1L60A 3VWOA 4OO9A 107LA 1XJUA 3SBBC 6LYZA 1XGUC 1CUPA 1L14A 1L79A 4PRQA 4CJ2A 1LJHA 3LZTA 1D0MA 1T6HA 4M4OA 4WM1A 229LA 3DNAA 2RBNA 1DYBA 4QY9A 195LA 153LA 2ANXA 1YILA 1BB7A 5FEKA 2DQAA 2RAZX 3A96A 5KXOA 3AW7A 149LA 2BQFA 4GLVA 2ZYCA 1Z55A 2BQAA 3QY4A 2XJWA 3LZ2A 4S0WA 4M6DA 4C3WA 2B72A 4G9SA 5HMVA 3QE8A 1IY4A 3N9EA 1C68A 1YKXX 1SSYA 1LJGA 1VDPA 1L32A 3C7WA 2O4WA 1DI5A 2C8OA 1FLUA 1QUGA 4WG7A 1L89A 1VDQA 1KXWA 3ZVQA 5M1YA 1IR7A 2CWIA 1KY1A 5DN5A 4FDYA 1LGUA 3RW8A 3SB7A 1C66A 1P56A 1LZTA 1A4VA 1L91A 4H92A 1L49A 1L67A 1L33A 1RJCB 2LZ2A 1JTMA 1J1OY 1CKDA 4NGZA 4NGJA 1IP5A 3HTBA 1IOTA 4DWXA 4W57A 5KXYA 3AGGG 1GFEA 3B6LA 1SX2A 4OWHA 1LSPA 4NY5A 1OUAA 2IHLA 134LA 1LZ9A 3GUKA 5LVGA 187LA 4DD1A 1LKRA 5I4XA 1ZWNA 1C6DA 1C6CA 1ZMYL 4N1CC 4OW1A 197LA 1G0GA 2HUMA 1L63A 2H5ZA 190LA 5C6LA 1B7MA 3D3DA 1BQLY 1SWZA 1G1VA 6LZMA 256LA 167LA 4WLDA 5LIOA 4EKSA 4ZIXA 4H8YA 1L11A 1C08C 110LA 1LCNA 1DYDA 1V7SA 1L24A 5ILCA 1JSEA 4YF2A 5LA5A 1C60A 208LA 1C61A 1T6VL 243LA 1P46A 4NHSA 1L48A 4ETAA 1C6MA 1GBXA 2XQOA 3G3VA 1NBYC 1L37A 2OU0X 5KXNA 246LA 3HBEX 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3WU7 A;  253L A;  2RSC A;  233L A;  3C82 A;  4EXM A;  1D3J A;  3OE8 A;  1P2R A;  3L2X A;  3JR6 A;  1QTB A;  5E4P A;  1KIQ C;  1L34 A;  1P37 A;  4LYC A;  169L A;  1HSW A;  4W56 A;  1C6E A;  1BVK C;  4WM2 A;  3HT9 A;  3IWR A;  3HU9 A;  3A90 A;  5APD A;  5APC A;  2A7D A;  1L83 A;  1CV5 A;  2Q9E A;  4I7P A;  3NY8 A;  1GBW A;  4TTD A;  4HV2 A;  5FDJ A;  123L A;  3W6C A;  2G4N A;  1JIS A;  1JTN A;  4DQ7 A;  1P64 A;  1B7O A;  4DJH A;  1FN5 A;  3K2R A;  5I54 A;  1L41 A;  4GCB A;  5FCP A;  4ETC A;  1BB6 A;  1B7P A;  1BHZ A;  1WQM A;  1CJ6 A;  1OWY A;  1L59 A;  4B0D A;  1JIT A;  1OUC A;  1C6L A;  1GE0 A;  1DI3 A;  3AZ4 A;  2LCB A;  1JKB A;  3LYT A;  1IP7 A;  1NDM C;  5I4Y A;  1L53 A;  3RNX A;  1PQM A;  5L9J A;  4ARQ A;  3C83 A;  3EO5 A;  1G0M A;  1CX6 A;  212L A;  1GBS A;  4CGE A;  1OUI A;  5D5F A;  4A7D A;  2B6Z A;  2OE7 X;  1L90 A;  181L A;  1L97 A;  4ANR A;  3D9A C;  4EKQ A;  2BQD A;  2CUU A;  1B0D A;  3DKE X;  4PGJ B;  1EQE A;  1LYS A;  3RZE A;  1NKH A;  1BWJ A;  2BLY A;  5LYT A;  1L51 A;  1L56 A; 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