2MEIA

Contribution of hydrophobic effect to the conformational stability of human lysozyme
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
KVFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWESGYNTRATNYNAGDRSTDYGIFQYNSRYWCNDGKTPGAVNACHLSCSALLQDNIADAVACAKRVVRDPQGIRAWVAWRNRCQNRDVRQYVQGCGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords LYSOZYME
publication title Contribution of amino acid substitutions at two different interior positions to the conformational stability of human lysozyme
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 51
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1998-05-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2meiA00
3TMVA 2BQJA 1OUBA 5F9XA 1LZ6A 1VDTA 1YKYX 5ILFA 5KXOA 2HEFA 4LFXA 2WARA 4N9RA 4I0CA 4LT3A 3TXKA 5JENB 2Z38A 3P65A 4HTNA 3K3TA 2LZTA 1LZGA 5B59A 4YF2A 3N9CA 1HMKA 1OUFA 3WVXA 1B5XA 1ZVYB 2BQDA 5DL9A 4RLNA 1AM7A 1YKZX 2YBIA 4DD3A 1IP3A 1BGIA 2W1XA 1LHHA 2FBDA 1GB7A 1LZAA 3TXJA 1GE2A 1CJ9A 1GEVA 1AZFA 1FLUA 1GFKA 2BQBA 2BPUA 2AUBA 3QE8A 2YBMA 1IR7A 4DC4A 3LYTA 3RT5X 3M3UA 1GF7A 2YBNA 4MCKA 4XJGA 4CFOA 3WW5A 1LZ4A 6LYTA 1OUDA 4H1PA 4RW1A 1KXXA 1YANA 2Z39A 1FKQA 4NGVA 5KXZA 3AGGG 4NSHA 1LSBA 2BQHA 1BVXA 4Z3MA 1INUA 1LZEA 4B4EA 2D91A 3OK0A 1T6VL 2DQCY 2HUBA 6LYZA 1JHLA 4NWHA 3LYOA 2BQCA 1G7JC 3AJNA 4WM5A 1QUSA 4G4BA 5F14A 1IWXA 3BKHA 1HENA 5IELA 2A7DA 2YVBA 1LJFA 4WM4A 4M4OA 1YQVY 1GFRA 1UIGA 1GB8A 1QQYA 3D9AC 4GCCA 1SQ2L 1CKDA 4KXIA 4OWAA 3LYMA 5I53A 2MEDA 2BQMA 1BWIA 5I4XA 3B0KA 1JITA 3RU5A 3SP3A 1IWZA 1LSDA 3CSRA 1LJGA 5KXTA 4DD1A 2XTHA 3N9AA 1AKIA 2HTXA 1LPIA 1JKCA 3RZ4A 1WQNA 1IVMA 1A4VA 3A96A 4H92A 4KT3A 4KPMA 5APEA 1QTEA 1LSYA 4MSTA 3WMKA 133LA 1GFEA 1GBWA 4QGZA 2BQAA 1GAZA 1LKSA 4J0LA 1GB6A 4PRUA 4GCFA 3CT0A 1WQMA 1CJ7A 1IX0A 5HQ1A 4YEOA 3IWRA 4YEMA 4NG8A 1LJKA 1XGUC 3G3AB 2BQOA 2HEDA 4PGJB 1LSAA 2Z12A 1LJ3A 1GF4A 4XN6A 1CNSA 4XJIA 1GF5A 3HBDA 4EMNA 1D0KA 1OUGA 1YL1X 4HTKA 4R6CA 2ZQ3A 1YL0X 4TSBA 4UWUA 2MEIA 5DN4A 1JKDA 2DQEY 1LJEA 2FYCA 5KXXA 3TXEA 1HERA 1IP6A 1LSNA 2B5ZA 1UIHA 4NGIA 2F2NA 3ZEKA 4DWXA 1CKGA 1NMMA 1UCOA 1CKHA 2PC2A 3B0IA 3F6ZA 4XJDA 3TXIA 2IHLA 1D6PA 5B07A 1B7SA 2F30A 4DYGA 3T36A 5FDJA 1F10A 1YROA 4H9AA 3AZ4A 1EQ5A 3WH1A 3EO5A 1NKHA 1GF9A 1IC5Y 1B0DA 1FLWA 4WLDA 2VB1A 5KY1A 3EBAB 1C46A 4J1BA 4WLYA 1JJ3A 7LYZA 1GPQC 4B0DA 1YAPA 3WXUA 5I4YA 1LJ4A 1D9UA 208LA 4L41A 3B72A 4GN3A 4WM1A 1IP4A 2ZQ4A 4YOPA 2C8PA 1UBZA 3M18B 1GBOA 1LMPA 2CWIA 1WQQA 1AT6A 3E3DA 4A7DA 4HV1A 5II3A 3A90A 1HFYA 5I4WA 2EPEA 132LA 1W6ZA 3G3BB 4IJ4A 1TAYA 3CSZA 1LYZA 4NFVA 1ZMYL 193LA 2EKSC 4HJYA 4TSCA 3A6BY 5F16A 1GF3A 1QIOA 4H9CA 4XADA 2MEFA 3EMSA 3WYHA 1IOCA 4FDYA 1LYSA 1B5VA 2Z19A 1GDWA 1BWJA 1IWYA 1DQJC 3B0OA 3LYZA 3VWOA 2D4JA 1LSPA 2ZIKA 1QDRA 3ZVQB 3EXDA 2YBJA 1B5UA 1FKVA 3WUMA 4ET8A 4IASA 5DN5A 2BLYA 4GN5C 3B6LA 1C7PA 1QUTA 3WUAA 5J7CA 4XJBA 3WW6A 5LVIA 153LA 3P64A 4ML7A 3WU7A 3ZVQA 3A3RX 4TUNA 4IATA 1DI4A 1GFGA 2DQAA 4NHQA 4QEQA 1HEMA 4PHIA 2MEHA 1E8LA 1LMQA 1HF4A 1VATA 2Z37A 1LHMA 4H94A 1XFPL 4LT0A 3CT1A 4PRQA 1TCYA 1Z55A 2Z2EA 3J6KA 4H9EA 4YM8A 1IWTA 1BB7A 4HTQA 1NDGC 1F6SA 4N1EI 4ET9A 3WVYA 4LT2A 2ZWBA 3FI7A 9LYZA 5HNCA 1RFPA 5APCA 1GBXA 1OP9B 4YENA 2G4NA 2BAAA 4CGEA 1JTTL 5FSTA 1BVKC 2ZILA 1LHJA 1XGPC 2GV0A 2ZIJA 3HBEX 5LVKA 2EQLA 4N5RA 4NWEA 4M6DA 4DT3A 1CKFA 1LZNA 3LHMA 1GBYA 4H91A 3W6BA 4OWBA 1LJIA 1GE0A 3A92A 1GB3A 4BAFA 2DQDY 2XBRA 4WM3A 5LINA 135LA 1RCMA 4NG1A 1FBIX 1GB2A 1IP2A 2ZYPA 4O34A 1T3PA 1A2YC 4B4JA 1NHEA 1B7PA 1EQEA 2CJLA 4J1AA 1LMTA 4AXTA 4DD7A 1D0LA 3RW8A 1B7OA 1OUHA 1KIRC 3AZ7A 1C45A 5L3IA 4WLTA 3FE0A 4B1AA 4LT1A 2BQFA 4HJZA 1BB6A 5IHGA 4WL6A 2X0AA 1C10A 2Z2FA 1GFUA 1HEQA 4Z98A 1J1OY 1DI5A 2IFFY 2NWDX 4HSFA 5I5QA 4Z46A 5KKIA 1JIYA 4ZFPA 1REYA 1WVUA 1JJ1A 1LZ8A 3TXDA 4ETEA 2DQJY 4BS7A 1CJ6A 1UICA 4H8YA 2N5ZA 5KXSA 4OWCA 1D6QA 1UIEA 2HEEA 5C6IA 1IOSA 4GCBA 1G7MC 2H9JA 1DPXA 1GDXA 4WM6A 2BQIA 1HEWA 4NSGA 5LVJA 1GFJA 3WL2A 1G7LC 8LYZA 1IP1A 3W3EA 1DXJA 3WU8A 1HHLA 4E3UA 1JEFA 2DKVA 2H5ZA 4UWNA 1GB0A 4ETBA 2A7FA 1HC0A 3WU9A 1NDMC 1HEOA 1LJHA 1LZ1A 4XENA 1AT5A 1GBZA 1SLYA 5KJ9A 3J4GA 1CJ8A 1JSFA 1B9OA 1LHIA 2YDGA 4HPEA 1H87A 4GCEA 1F0WA 1GF0A 4XYYA 3W6DA 3WULA 4H9HA 1TDYA 3RNXA 2DQGY 1LSFA 2BQKA 1UA6Y 1GF6A 1VEDA 4G4CA 4LYOA 4WMGA 5APFA 5B1FA 1LSEA 1QSWA 1DKKA 1QSAA 4OOTA 5LYMA 2HEBA 2C8OA 2CDSA 4NGOA 1F6RA 1GXV2 5DLAA 1O23A 1B7NA 1IWUA 3TXHA 1IO5A 1W08A 1IY3A 4DD9A 2D6BA 1VDSA 4H8ZA 1P2CC 5B05A 3W6AA 3LN2A 1LTMA 5LVGA 1LMOA 1DI3A 1ZV5L 2LZ2A 4WOAA 3CB7A 2MEEA 3TXGA 1VFBC 1FLYA 1OUCA 4XJFA 3AB6A 5ILCA 4U3XB 1B7LA 2HEAA 1QDTA 1VAUA 4LYZA 1HSXA 3AZ6A 5F81A 3AZ5A 1GFTA 1C43A 2ZNWY 2G4PA 4NHSA 2F4GA 5EBHA 1H6MA 1HEPA 1V7TA 3LZTA 2HU3A 1LSZA 3WXTA 4QDNA 4ZIXA 5KXKA 4H8XA 4WG7A 3MGWA 2D4IA 1WQRA 4J7VA 5LA8A 1OUEA 2H9KA 1LHLA 1BB3A 1GXXA 5LXWA 5B1GA 5I54A 5KXLA 1JKAA 4NHTA 5HNLA 5HLLA 1PZYA 1IOTA 2Q0MX 3P68A 1ALCA 4NY5A 1GB9A 1YAMA 1KXYA 4LFPA 134LA 1WTNA 3WPKA 3TXBA 3P4ZA 4HJVA 1OUIA 2HU1A 1IP7A 1B5ZA 2DBTA 4ZEEA 2DQHY 4H90A 4TX7A 4CJ2A 1JJ0A 1DPWA 1LMAA 4WG1A 1JTOL 1JISA 2D4KA 1WTMA 1OQMA 4XJHA 1KXWA 4ANRA 1EL1A 3A91A 5KXPA 1IIZA 4GLAA 3IJUA 4NGKA 4RW2A 3AGHA 3P66A 4OOOA 4BADA 4GCDA 4RLMA 3AYQA 5FHWA 1OUAA 4II8A 2FYDA 4TTDA 1IY4A 2Z18A 1YIKA 3GXRA 4LYCA 3TMWA 1LSGA 4G9SA 4UWVA 5FELA 1WVVA 1QTKA 3HFMY 1NQIA 2LYOA 4X3BA 1JPOA 4QY9A 5HMVA 3CT5A 4MR1A 5C6JA 4OWEA 4NSIA 1HMLA 1IC7Y 1GHLA 4DDCA 2W1YA 1IWWA 1LAAA 1VDPA 3A34A 4DD2A 1GE4A 1LZ5A 1B7RA 4NEBA 1GE3A 1XEJA 4RDSA 4CFPA 5D5CA 1G7HC 2BLXA 3CSQA 1NF5A 1I20A 2BQLA 1YAOA 1UIDA 4C5FA 4Z41A 4LYMA 3AW7A 4NSJA 1N4FA 1LKRA 1IR8A 4NGYA 4H9FA 4N1CC 1YAQA 1LCNA 1NBYC 1GFHA 2BQEA 3A6CY 4HPIA 4P2EA 4HV2A 3WUNA 1YKXX 2HECA 2YSSC 2ZNXY 5LA5A 3N9EA 3ATOA 5F9UA 1REZA 4N8ZA 1HNLA 1TEWA 3LZ2A 2MEAA 3QY4A 4NGJA 2LYZA 4NGLA 2MEBA 4G4HA 3A8ZA 4KL7A 4NHIA 3ULRA 1OUJA 5T3FA 4D9ZA 4LZTA 5AMYA 3A95A 1GWDA 2Y8PA 1JSEA 1V7SA 4N0JA 4G49A 1IR9A 3HBHA 3KAMA 1LMNA 4DDBA 1WQPA 2MECA 4NGWA 2LYMA 4PPOA 1LZDA 1C08C 1B5WA 4I8SA 4OWHA 1RE2A 5A3EA 1BWHA 5D5FA 4BAPA 2MEGA 1MELL 4OW1A 5L9JA 1HFZA 4HP0A 5LAGA 1LYOA 5B06A 5KXMA 1LZTA 5LYTA 5LYZA 1G7IC 1LYYA 3IJVA 1LHKA 5APDA 1KIQC 1IOQA 1J1XY 2W1LA 4ETDA 1GE1A 1BQLY 2FBBA 3TXFA 4C3WA 2G4QA 4FJRA 1XEKA 5E4PA 2I26L 2I6ZA 4EOFA 4DD0A 1LSMA 4GLVA 1RI8B 1IP5A 3T6UA 1UIFA 2I25L 1LZRA 1LMCA 1LOZA 1PS5A 2EIZC 3AGIA 4NGZA 1IORA 194LA 5E9RA 4AGAA 5KXNA 1IWVA 4LYTA 1EQ4A 1UUZC 5KXRA 1DKJA 5DM9A 1UIAA 1LZBA 3W6CA 2YBLA 1UACY 1JUGA 5K7OA 1GFAA 4H93A 1B7QA 1FDLY 1IEEA 1NBZC 1ZVHL 1LJNA 1D0MA 2DQIY 1UC0A 1CKCA 1WQOA 4ETCA 1KIPC 4LGKA 1I56A 3A93A 1XGRC 2W1MA 3TMXA 4ETAA 5A3ZA 1DZBX 5LAFA 5LIOA 3W6EA 3GXKA 1REXA 4PJ2C 1XSFA 1JKBA 5C6LA 4WO6A 1JWRA 3A3QA 1XGTC 4NHPA 2BQGA 1GAYA 2DQFC 4GN4A 5IDDA 3QNGA 3TMUA 4H9IA 5KXYA 1JTPL 207LA 1GD6A 1GFVA 1UIBA 4NIJA 1LZSA 3A94A 3WPJA 4LYBA 5HMJA 5M1YA 1IC4Y 1GB5A 3A67Y 3W6FA 1LJJA 1RJCB 1VDQA 1FN5A 3D3DA 1BB4A 1HELA 4CHXA 2ZYCA 2XBSA 3BKVA 1TBYA 1LZCA 1GBSA 4WM2A 1MLCE 1HFXA 1LZ9A 1NWGA 3OJPA 4W94A 1XEIA 1J1PY 4H9BA 5FCPA 1REMA 2RSCA 1B7MA 1B5YA 1YILA 4WLXA 154LA 5L3HA 4R0FA 4B49A 1GF8A 3AW6A 3ATNA 4WO9A 1GEZA 2LHMA 3WPLA 1XGQC 1LSCA 1BHZA 4TWSA 4W96A 4WL7A 5FEKA 2BQNA 2XJWA 1I1ZA 3CQLA 2CGIA 2YBHA 5KXWA 1B2KA 1BB5A 1HSWA 4B4IA 5KKJA 4DDAA 1LZYA 2F4AA 5LVHA 1FLQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
214LA 1OUBA 5KXOA 4LT3A 1B5XA 5DL9A 1AM7A 164LA 2W1XA 2FBDA 1QT7A 3TXJA 1CJ9A 2BQBA 4I7MA 2YBMA 1GF7A 2YBNA 1P37A 1C60A 1LZ4A 1YANA 4NGVA 5KXZA 3AGGG 2BQHA 3JR6A 1QT3A 2DQCY 2RBOA 4NWHA 3G3WA 3AJNA 1QUSA 1C6MA 4DKLA 4WM4A 1GFRA 1UIGA 3D9AC 5I53A 2BQMA 5I4XA 243LA 3SP3A 1LJGA 1D2WA 2XTHA 1AKIA 1LGWA 4I7KA 1A4VA 250LA 1L81A 1L08A 1G0PA 1GFEA 4QGZA 4GCFA 1IX0A 4NG8A 1LJKA 1XGUC 3G3AB 2HEDA 1LSAA 2Z12A 1LJ3A 3SB6A 4XN6A 1OUGA 1YL1X 2ZQ3A 1JKDA 1LJEA 3TXEA 1IP6A 1L99A 4DYGA 1C68A 3CDVA 187LA 1IC5Y 3EBAB 1C6KA 7LYZA 1CVKA 2RBPA 3WXUA 4L41A 4YOPA 2C8PA 1UBZA 3M18B 2RBRA 4A7DA 1B6IA 3A90A 3CSZA 3C7ZA 258LA 193LA 211LA 5F16A 4XADA 3EMSA 3WYHA 261LA 1CU5A 1BWJA 3B0OA 3VWOA 1LSPA 1QDRA 2YBJA 4IASA 2RBNA 166LA 1P36A 4GN5C 1QUTA 3WW6A 3WU7A 1GFGA 2DQAA 4QEQA 1HEMA 2MEHA 1PQOA 4W56A 1TCYA 160LA 2Z2EA 4H9EA 4YM8A 188LA 2Q9EA 3WVYA 3FI7A 5APCA 2G4NA 1DYCA 5FSTA 1D3NA 1BVKC 1LHJA 1XGPC 5LVKA 169LA 1LGXA 1LJIA 1GE0A 3A92A 1GB3A 4BAFA 2XBRA 135LA 1RCMA 4NG1A 1FBIX 2ZYPA 4W59A 1NHEA 3HUAA 1B7OA 1KIRC 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3TMV A;  2BQJ A;  1OUB A;  5F9X A;  1LZ6 A;  1VDT A;  1YKY X;  5ILF A;  5KXO A;  2HEF A;  4LFX A;  2WAR A;  4N9R A;  4I0C A;  4LT3 A;  3TXK A;  5JEN B;  2Z38 A;  3P65 A;  4HTN A;  3K3T A;  2LZT A;  1LZG A;  5B59 A;  4YF2 A;  3N9C A;  1HMK A;  1OUF A;  3WVX A;  1B5X A;  1ZVY B;  2BQD A;  5DL9 A;  4RLN A;  1AM7 A;  1YKZ X;  2YBI A;  4DD3 A;  1IP3 A;  1BGI A;  2W1X A;  1LHH A;  2FBD A;  1GB7 A;  1LZA A;  3TXJ A;  1GE2 A;  1CJ9 A;  1GEV A;  1AZF A;  1FLU A;  1GFK A;  2BQB A;  2BPU A;  2AUB A;  3QE8 A;  2YBM A;  1IR7 A;  4DC4 A;  3LYT A;  3RT5 X;  3M3U A;  1GF7 A;  2YBN A;  4MCK A;  4XJG A;  4CFO A;  3WW5 A;  1LZ4 A;  6LYT A;  1OUD A;  4H1P A;  4RW1 A;  1KXX A;  1YAN A;  2Z39 A;  1FKQ A;  4NGV A;  5KXZ A;  3AGG G;  4NSH A;  1LSB A;  2BQH A;  1BVX A;  4Z3M A;  1INU A;  1LZE A;  4B4E A;  2D91 A;  3OK0 A;  1T6V L;  2DQC Y;  2HUB A;  6LYZ A;  1JHL A;  4NWH A;  3LYO A;  2BQC A;  1G7J C;  3AJN A;  4WM5 A;  1QUS A;  4G4B A;  5F14 A;  1IWX A;  3BKH A;  1HEN A;  5IEL A;  2A7D A;  2YVB A;  1LJF A;  4WM4 A; 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 1IOR A;  194L A;  5E9R A;  4AGA A;  5KXN A;  1IWV A;  4LYT A;  1EQ4 A;  1UUZ C;  5KXR A;  1DKJ A;  5DM9 A;  1UIA A;  1LZB A;  3W6C A;  2YBL A;  1UAC Y;  1JUG A;  5K7O A;  1GFA A;  4H93 A;  1B7Q A;  1FDL Y;  1IEE A;  1NBZ C;  1ZVH L;  1LJN A;  1D0M A;  2DQI Y;  1UC0 A;  1CKC A;  1WQO A;  4ETC A;  1KIP C;  4LGK A;  1I56 A;  3A93 A;  1XGR C;  2W1M A;  3TMX A;  4ETA A;  5A3Z A;  1DZB X;  5LAF A;  5LIO A;  3W6E A;  3GXK A;  1REX A;  4PJ2 C;  1XSF A;  1JKB A;  5C6L A;  4WO6 A;  1JWR A;  3A3Q A;  1XGT C;  4NHP A;  2BQG A;  1GAY A;  2DQF C;  4GN4 A;  5IDD A;  3QNG A;  3TMU A;  4H9I A;  5KXY A;  1JTP L;  207L A;  1GD6 A;  1GFV A;  1UIB A;  4NIJ A;  1LZS A;  3A94 A;  3WPJ A;  4LYB A;  5HMJ A;  5M1Y A;  1IC4 Y;  1GB5 A;  3A67 Y;  3W6F A;  1LJJ A;  1RJC B;  1VDQ A;  1FN5 A;  3D3D A;  1BB4 A;  1HEL A;  4CHX A;  2ZYC A;  2XBS A;  3BKV A;  1TBY A;  1LZC A;  1GBS A;  4WM2 A;  1MLC E;  1HFX A;  1LZ9 A;  1NWG A;  3OJP A;  4W94 A;  1XEI A;  1J1P Y;  4H9B A;  5FCP A;  1REM A;  2RSC A;  1B7M A;  1B5Y A;  1YIL A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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