4I7KA

T4 lysozyme l99a/m102h with toluene bound
Total Genus 65
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
65
sequence length
175
structure length
175
Chain Sequence
PTTENLYFQGSMNIFEMLRIDEGLRLKIYKDCEGYYTIGIGHLLTKSPDLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCAAINHVFQMGVTGVAGFTNVLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQCPDRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
publication title The impact of introducing a histidine into an apolar cavity site on docking and ligand recognition.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 65
structure length 175
sequence length 175
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2012-11-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4i7kA00
1L03A 3PDSA 3NY8A 1OWYA 253LA 235LA 155LA 1CU6A 1L30A 1L81A 2Q9DA 3C7WA 1P2RA 1DYAA 229LA 168LA 143LA 4W59A 213LA 261LA 177LA 103LA 1L85A 219LA 176LA 1G0KA 1P2LA 1C6IA 254LA 4LDOA 157LA 3DN0A 1WTHA 175LA 1D3JA 2RBRA 4ARQB 1PQJA 178LA 1T8GA 1OVHA 3HH5A 4I7RA 1L22A 1L14A 1L91A 180LA 252LA 2O79A 182LA 1QTCA 4S0WA 1C6FA 3HTBA 3G3WA 2B70A 1G0JA 2O7AA 118LA 3HUAA 123LA 3DN2A 4EKPA 1L32A 1CV0A 4I7JA 211LA 3DN3A 4GBRB 3HT9A 1QUDA 138LA 1L36A 119LA 4PJZA 1C67A 228LA 1L96A 1C62A 158LA 159LA 4K5YA 215LA 1L57A 1C6HA 221LA 1L02A 109LA 1QT3A 2RBSA 184LA 2RH1A 2B72A 1L48A 1L65A 3FA0A 1L95A 1C6KA 1PQIA 1CU5A 2LZMA 1PQOA 4DKLA 1QT7A 4ARMB 2RAZX 1OYUA 1L17A 239LA 1L31A 4W58A 1SSYA 4E97A 1KNIA 137LA 210LA 3L2XA 1L01A 3GULA 3CDOA 3CDRA 1L76A 236LA 1L77A 188LA 1C6QA 218LA 1G1WA 249LA 4EPFA 1PQDA 1KY1A 4I7SA 1P64A 3HH4A 1C6MA 240LA 3DMXA 1L12A 225LA 1L39A 3HDEA 2F2QA 200LA 1L63A 1LYDA 3GUKA 169LA 3DMVA 2LC9A 1L79A 1CUPA 3HT6A 3OE0A 2B75A 1L84A 3FADA 2RBOA 102LA 3GUJA 1G0QA 1L45A 152LA 256LA 1TLAA 1QT8A 2RB1X 1P3NA 1L92A 3G3XA 2OU9A 4ARPA 1L42A 1L23A 3ODUA 2HUKA 3C7ZA 1C6BA 1KS3A 2CUUA 223LA 1L52A 4W51A 1D3MA 2RBPA 3UONA 226LA 1L41A 198LA 1L72A 1SWZA 1L89A 1LYIA 260LA 1L04A 3CDQA 1L16A 1CU3A 162LA 1L28A 1C64A 1L75A 1DYBA 189LA 230LA 258LA 2NTGA 192LA 2L78A 1L05A 1L83A 4EKQA 244LA 2B73A 1L94A 107LA 145LA 1LI3A 1L80A 3G3VA 3QAKA 1L97A 4PK0A 4W53A 1L56A 2OU0X 243LA 1L34A 1P5CA 247LA 166LA 1P36A 1T8FA 7LZMA 242LA 1DYDA 113LA 3CDVA 4OO9A 4I7LA 1QT6A 4I7NA 1P6YA 3C8QA 2OTYX 3FI5A 1CUQA 2OEAX 4W56A 3SB9A 3HTFA 4ARQA 220LA 1QT5A 214LA 1C6LA 1L87A 2B6TA 165LA 1C60A 127LA 1C65A 3C81A 1OVJA 4EXMA 1L33A 1CV5A 1C6PA 248LA 1L73A 4EKRA 1L40A 1L35A 1D2WA 1L21A 212LA 259LA 3GUIA 156LA 3V2WA 191LA 1QTDA 4AQNA 1QTVA 4YXCA 2B74A 3OE9A 1L07A 1L47A 1L09A 1K28A 3RUNA 1EPYA 1LLHA 144LA 1C68A 4IAPA 1L19A 3F9LA 1L24A 1L37A 4I7PA 2B6ZA 1XEPA 3DN8A 1T8AA 1P56A 3DN4A 2NTHA 3DKEX 4GRVA 4I7QA 5LZMA 1L55A 1LGWA 1LW9A 1L67A 231LA 3VW7A 1ZYTA 181LA 1KW7A 1L38A 2LCBA 104LA 195LA 1CV6A 1C6DA 1C6CA 201LA 1T97A 4ARMA 1D3NA 111LA 2OE7X 1L25A 241LA 1QSBA 2OTZX 4ZPUA 1PQKA 3GUNA 199LA 1CVKA 3HWLA 3C8RA 4ARLA 3HUQA 1G0PA 167LA 1L20A 2RBNA 163LA 1L13A 4I7TA 1SX7A 1C6EA 3SBBC 170LA 1L62A 1G06A 3SBAA 1DYGA 3DNAA 1L53A 1L59A 2QB0B 1D9WA 1JQUA 1OV7A 1CU2A 147LA 1LYHA 1DYCA 2HULA 2HUMA 2B6XA 128LA 255LA 4DAJA 1CV4A 3SB8A 1L15A 3OE8A 1CX6A 1G0LA 148LE 3HH6A 3OE6A 1L71A 234LA 149LA 3HT8A 2OE9X 3C8SA 1L69A 174LA 1I6SA 1LI2A 3SN6R 110LA 4EJ4A 2RB2X 122LA 1G07A 2ANXA 1L93A 3C7YA 1LWKA 2Z6BA 2B6YA 1C69A 1L70A 4I7OA 4LDEA 1C61A 1L51A 1L82A 1G1VA 1L06A 1QUOA 216LA 1L0JA 1QS5A 257LA 245LA 3GUPA 172LA 4YX7C 3DN1A 1LYJA 1L64A 142LA 1QSQA 1L66A 1JTMA 2RAYX 151LA 3C82A 3L64A 1L68A 4W54A 1PQMA 2OU8A 2A4TA 126LA 3HDFA 4EPIA 3HTGA 1L08A 6LZMA 1LPYA 1L99A 1L29A 1L27A 1T6HA 196LA 1KY0A 1LGUA 190LA 3CDTA 5I14A 1L98A 3HT7A 1C6GA 1L60A 2B7XA 3NYAA 3SB5A 131LA 205LA 125LA 1LYFA 1QUHA 171LA 3JR6A 3NY9A 1L43A 3SB6A 2F32A 114LA 1LI6A 3GUOA 1C66A 1ZWNA 4W55A 3V2YA 1OVKA 2F47A 120LA 4I7MA 1CV1A 1L90A 3EMLA 1CTWA 3D4SA 1LGXA 1XJTA 232LA 3HU9A 4I7KA 4DJHA 2Q9EA 1DYFA 1G0GA 183LA 1KW5A 185LA 4LDLA 4W57A 141LA 2OE4X 1NHBA 164LA 3PBLA 2RB0X 1CV3A 139LA 4ARJA 238LA 3DMZA 150LA 1B6IA 2ANVA 1L49A 1QS9A 233LA 197LA 1QUGA 112LA 3DN6A 1P37A 1C6TA 3HUKA 1C6AA 187LA 246LA 3RZEA 251LA 1L54A 217LA 140LA 160LA 1LWGA 227LA 1L46A 1SSWA 1L11A 2RBQA 1QTBA 209LA 1QTZA 3HH3A 224LA 1L74A 3C80A 1L88A 1OV5A 2B6WA 3HTDA 1L61A 1XJUA 1D3FA 2QARC 4LZMA 4YXAC 250LA 3F8VA 129LA 1LYEA 1DYEA 1G0MA 1QT4A 1QTHA 3K2RA 2IGCA 3HU8A 1P46A 262LA 146LA 161LA 1L86A 1L18A 1L50A 108LA 1L44A 3C83A 1OWZA 1C63A 4W52A 1ZURA 2O4WA 1L0KA 3SB7A 1L10A 130LA 1LYGA 115LA 237LA 1L26A 3LZMA 4EKSA 1P7SA 1L58A 1D2YA 1SWYA 1CU0A 206LA 1C6JA 1JTNA 1SX2A 222LA 1L00A 173LA 186LA 3GUMA 1C6NA 1CX7A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5ILFA 1G7LC 1BWJA 3NY8A 1MLCE 1CKFA 1VDSA 2D91A 1YILA 1HEWA 2YBLA 4TSCA 4DD3A 1AZFA 4XJHA 1JIYA 4Z41A 4J7VA 176LA 1G0KA 4H1PA 4LDOA 157LA 3DN0A 1WTHA 175LA 4U3XB 4ARQB 1T8GA 1LZDA 1L14A 5IHGA 182LA 1IR7A 3HTBA 3G3WA 1OUFA 3N9AA 3A67Y 3QNGA 2O7AA 123LA 4WO6A 1LSAA 1ZV5L 3HT9A 3OK0A 1KIPC 119LA 228LA 3AJNA 1OUGA 1C62A 2BQJA 1UIAA 1HENA 1B5ZA 1CJ7A 1L57A 3N9EA 5F14A 1QT3A 4HP0A 5FELA 3HFMY 3A91A 1L65A 3FA0A 1L95A 4WLDA 1C6KA 4D9ZA 1PQOA 1QT7A 4BS7A 1IOQA 1D0MA 1LJIA 4H9EA 4W58A 4E97A 1QDRA 1KXWA 1KNIA 3W6BA 5LVHA 1FLYA 3CDOA 3W6AA 1LHJA 2RSCA 4XADA 188LA 2ZQ4A 5E4PA 218LA 1LZBA 1OUHA 249LA 4I7SA 1P64A 4HJVA 1C6MA 3DMXA 1F10A 2FBBA 5C6IA 2C8OA 1NMMA 200LA 169LA 2NWDX 2LC9A 2MEDA 4ET8A 3HT6A 1B7PA 4H9FA 4GN3A 1DI5A 2VB1A 3GUJA 1G0QA 2CJLA 1E8LA 4TUNA 4AGAA 1FKQA 4DWXA 4LFXA 1L92A 1GF3A 2FYCA 1L42A 5LVGA 1L23A 2HUKA 3C7ZA 5LA8A 5C6LA 1C6BA 1DXJA 1BHZA 4W51A 3TXHA 1D3MA 4XJIA 3WU7A 1IWWA 1IP7A 4H92A 3K3TA 2DQHY 226LA 4PHIA 1SWZA 1GFVA 1L04A 2IHLA 3CDQA 1CU3A 1LJHA 4GCEA 1J1XY 2Z38A 162LA 1LJJA 4N1EI 5B1FA 1C64A 3WUAA 1REYA 1L94A 3G3VA 1JITA 1L56A 1T8FA 4NGZA 4OO9A 4LYOA 1UIHA 4DDCA 4DC4A 4I7NA 1P6YA 4Z3MA 4XENA 3C8QA 3E3DA 4W56A 2F2NA 3SB9A 220LA 1C6LA 1C60A 4NSIA 4X3BA 4EXMA 4WL6A 5F9UA 4NSJA 1CV5A 4LYCA 248LA 4G4CA 212LA 156LA 2G4NA 191LA 3V2WA 5LAFA 3TXKA 2ZILA 4PPOA 1JSEA 4AQNA 3RZ4A 4YXCA 2B74A 1L47A 1LKSA 5D5CA 1EPYA 4HJYA 3AGHA 4LYMA 4IAPA 1DPXA 3AZ4A 5DM9A 1L37A 2YDGA 1LMCA 4HSFA 5FSTA 1XSFA 2ZNWY 2NTHA 4OWEA 3WMKA 5LZMA 1C10A 3WW5A 1TAYA 1BWIA 231LA 5HQ1A 1ZYTA 195LA 4H8ZA 4BAFA 1C6CA 4ARMA 4M6DA 1D3NA 1HEQA 3F6ZA 241LA 7LYZA 3TXFA 2EQLA 1QSBA 4LYTA 3WPLA 1NF5A 4QEQA 3D3DA 3G3BB 4ZPUA 3GUNA 4UWVA 1CVKA 1KXYA 3C8RA 5L3HA 4ARLA 2RBNA 2A7DA 4DD7A 3T6UA 3B0KA 5I54A 2QB0B 1IO5A 4A7DA 3BKVA 2MECA 3N9CA 1IY4A 2HUMA 2B6XA 1LJKA 1L15A 3OE8A 1HMLA 3HH6A 3OE6A 1L71A 1OUDA 4N5RA 4O34A 1CKCA 1HFZA 1QTEA 3SN6R 1UA6Y 3W3EA 122LA 1C45A 1IWXA 2Z37A 2B6YA 1VAUA 1XEJA 4LDEA 2DQDY 2H9KA 1L51A 1YAOA 2W1YA 4DQJA 4PJ2C 1G1VA 1L06A 4NSGA 1IVMA 2D6BA 1L0JA 2BQOA 3GUPA 1LSMA 142LA 1QSQA 3A6CY 1JTMA 4B1AA 1AM7A 4WLXA 4IATA 3ATOA 1L68A 1JHLA 1LJNA 1LHMA 3T36A 1HFXA 6LZMA 1XGUC 1SLYA 1GFGA 1LOZA 4RW1A 4DT3A 1C6GA 1B7MA 205LA 1LYFA 1QUHA 171LA 2F32A 1LI6A 3GUOA 4W94A 3B72A 4I7MA 3CSZA 4DDAA 1HEOA 2HU3A 1CTWA 1LZAA 1T3PA 4N9RA 1LGXA 3HU9A 1GB2A 1JJ3A 4M4OA 4LDLA 1GB9A 164LA 2RB0X 4ARJA 3DMZA 4RLNA 5M1YA 5HNCA 112LA 1WQMA 4KT3A 5FCPA 4QGZA 3HUKA 1C6AA 1L54A 2Z2FA 217LA 2YBMA 1LWGA 227LA 1L46A 1KIQC 1SSWA 3J6KA 2RBQA 2BQKA 5B06A 5LA5A 3C80A 1C7PA 1L88A 4WMGA 3HTDA 1WQOA 1GFHA 4HPIA 3F8VA 3EBAB 1LYEA 1V7SA 3K2RA 2IGCA 146LA 1L86A 3WW6A 1L50A 1LMTA 3A3QA 1OWZA 4N8ZA 130LA 1LTMA 1T6VL 2IFFY 3LZMA 1P7SA 1GF7A 3A92A 2DQIY 1SWYA 1C6JA 1HELA 2A7FA 1LSYA 3A95A 4WO9A 4ANRA 1GFAA 4G4HA 3PDSA 5LVIA 4LYBA 2H5ZA 4DD9A 4RDSA 3A96A 5LYTA 1L30A 1CU6A 1L81A 3C7WA 4LFPA 1B7NA 1INUA 168LA 2W1MA 2EKSC 143LA 213LA 1F6RA 3CT1A 1BB6A 1I1ZA 2MEGA 4L41A 4XN6A 1L22A 2O79A 252LA 1QTCA 2BQGA 1G7JC 1G0JA 1LYSA 154LA 3DN2A 4EKPA 1GBXA 4ET9A 4TWSA 1B7OA 1XFPL 4GBRB 4QDNA 138LA 1B5UA 4BADA 5L9JA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 5ILF A;  1G7L C;  1BWJ A;  3NY8 A;  1MLC E;  1CKF A;  1VDS A;  2D91 A;  1YIL A;  1HEW A;  2YBL A;  4TSC A;  4DD3 A;  1AZF A;  4XJH A;  1JIY A;  4Z41 A;  4J7V A;  176L A;  1G0K A;  4H1P A;  4LDO A;  157L A;  3DN0 A;  1WTH A;  175L A;  4U3X B;  4ARQ B;  1T8G A;  1LZD A;  1L14 A;  5IHG A;  182L A;  1IR7 A;  3HTB A;  3G3W A;  1OUF A;  3N9A A;  3A67 Y;  3QNG A;  2O7A A;  123L A;  4WO6 A;  1LSA A;  1ZV5 L;  3HT9 A;  3OK0 A;  1KIP C;  119L A;  228L A;  3AJN A;  1OUG A;  1C62 A;  2BQJ A;  1UIA A;  1HEN A;  1B5Z A;  1CJ7 A;  1L57 A;  3N9E A;  5F14 A;  1QT3 A;  4HP0 A;  5FEL A;  3HFM Y;  3A91 A;  1L65 A;  3FA0 A;  1L95 A;  4WLD A;  1C6K A;  4D9Z A;  1PQO A;  1QT7 A;  4BS7 A;  1IOQ A;  1D0M A;  1LJI A;  4H9E A;  4W58 A;  4E97 A;  1QDR A;  1KXW A;  1KNI A;  3W6B A;  5LVH A;  1FLY A;  3CDO A;  3W6A A;  1LHJ A;  2RSC A;  4XAD A;  188L A;  2ZQ4 A;  5E4P A;  218L A;  1LZB A;  1OUH A;  249L A;  4I7S A;  1P64 A;  4HJV A;  1C6M A;  3DMX A;  1F10 A;  2FBB A;  5C6I A;  2C8O A;  1NMM A;  200L A;  169L A;  2NWD X; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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