4W57A

T4 lysozyme l99a with n-butylbenzene bound
Total Genus 63
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
63
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCAAINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Homologous ligands accommodated by discrete conformations of a buried cavity.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Endolysin
total genus 63
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2014-08-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4w57A00
3LZMA 2Q9EA 114LA 2RB2X 1L41A 1L65A 1L14A 156LA 1L10A 1LLHA 151LA 1NHBA 1QT5A 1L90A 1L73A 234LA 1JQUA 4W57A 2B6TA 160LA 176LA 1L12A 1L17A 2B73A 3SB5A 1K28A 4LZMA 4LDLA 1L97A 1L83A 4W54A 2HULA 1TLAA 1G0PA 1G0GA 1L13A 1QS9A 1SX7A 198LA 1L20A 112LA 1L29A 1T97A 4IAPA 4AQNA 2LC9A 1SSYA 174LA 2QB0B 4I7LA 4ARQA 1LGXA 1QUOA 3HTFA 1L16A 237LA 4LDOA 233LA 261LA 3HTDA 128LA 1LYDA 1L39A 1G1VA 4GBRB 4I7NA 3DN4A 1L34A 1L53A 4EKRA 2B75A 1L44A 1L67A 1OVJA 141LA 1C63A 3HT6A 2F32A 131LA 3SB9A 1OWZA 1G0QA 1L0KA 1PQJA 109LA 1L64A 220LA 4DAJA 1P6YA 1QTZA 1LYJA 3GUIA 3SBBC 1D2YA 212LA 155LA 2OU0X 1C6CA 190LA 1G0KA 1JTNA 2IGCA 177LA 145LA 3HDEA 3DN6A 3DMVA 168LA 2L78A 1C6IA 247LA 161LA 1D3MA 1C6TA 3GUOA 1L07A 210LA 1PQMA 183LA 1T8GA 2Q9DA 3CDQA 1ZYTA 4S0WA 1L21A 3OE6A 4W55A 2OU8A 1CVKA 1CTWA 214LA 248LA 3HT9A 229LA 1CUQA 1OV7A 1CU5A 1T8FA 2LCBA 1C6NA 1L49A 1KW5A 118LA 1L45A 1P5CA 3F9LA 1C65A 4W58A 189LA 3DN0A 3CDOA 1L32A 1L59A 4DKLA 246LA 3PBLA 1C6FA 2B6YA 4ARPA 113LA 1CV0A 178LA 1LYEA 3D4SA 122LA 1P7SA 1DYEA 127LA 1L56A 1PQKA 102LA 166LA 3SB8A 1QUGA 1L25A 3C81A 3DMZA 3DMXA 4W56A 1C60A 1C6DA 1P36A 1L08A 1L06A 1G1WA 1OYUA 3V2YA 3SBAA 197LA 1C61A 3NY9A 4ZPUA 3OE8A 2B70A 245LA 148LE 111LA 1L23A 1C68A 2B6WA 4ARLA 1L74A 1L76A 1L35A 1L58A 219LA 2F2QA 104LA 1L57A 144LA 4W53A 1KW7A 3FADA 1LPYA 5I14A 4I7TA 120LA 3HUAA 1CV6A 3C7YA 1P2LA 1DYCA 249LA 221LA 2ANXA 182LA 225LA 2B6XA 241LA 258LA 3GUPA 232LA 147LA 1L36A 2RB0X 4I7KA 4I7SA 2B6ZA 1DYAA 1P3NA 1L40A 1L0JA 188LA 1QSQA 3HTGA 3SB6A 1L95A 3RZEA 3ODUA 1C69A 1CV3A 1QS5A 2RB1X 7LZMA 1C64A 2OTYX 2QARC 206LA 3NYAA 1CU3A 3HT8A 1L71A 137LA 1OVKA 3C7ZA 1L33A 150LA 1L50A 223LA 1CX7A 2A4TA 3DN3A 2F47A 1L92A 3GULA 1P2RA 1P37A 4E97A 1G0MA 1QT7A 1QTVA 205LA 3PDSA 149LA 1CUPA 242LA 3C83A 1C6KA 1QT3A 1L11A 226LA 110LA 2OE9X 1LWGA 1D3JA 142LA 1L26A 138LA 2O4WA 1ZURA 103LA 1L00A 173LA 1L46A 1QSBA 3SN6R 1L96A 1C6JA 1G0JA 256LA 1KY0A 3C8QA 1QTHA 2HUMA 1L22A 3VW7A 255LA 1L86A 130LA 1L89A 1L88A 2RBSA 3DN2A 1CU0A 3V2WA 4YXAC 5LZMA 1L28A 1L04A 187LA 2RBRA 4EJ4A 170LA 1L60A 3G3WA 1LI3A 254LA 211LA 1T8AA 1L85A 4W51A 4EXMA 1D9WA 1PQIA 1QTBA 1C6BA 259LA 1C6HA 3EMLA 171LA 3C80A 2NTHA 4W52A 1OVHA 2NTGA 3DKEX 6LZMA 2RBQA 1LWKA 1G0LA 1SSWA 222LA 3HWLA 107LA 3GUJA 224LA 1L61A 158LA 1L99A 3HUKA 218LA 3HH3A 1L81A 228LA 139LA 1CV4A 1L69A 1C66A 1L31A 1SWZA 3C7WA 252LA 1KS3A 1L37A 3GUMA 3NY8A 1LGUA 1L66A 157LA 4ARMB 119LA 3UONA 1L18A 238LA 3QAKA 3G3VA 1DYDA 3HT7A 1C6GA 1L09A 3HH4A 1OWYA 1L42A 4I7PA 2RBOA 3DN1A 3F8VA 1EPYA 1CU6A 236LA 1QUHA 3HH5A 1LGWA 3HH6A 1LI2A 1B6IA 4ARJA 1SX2A 1L19A 1DYFA 1PQOA 1QT4A 1L84A 108LA 2Z6BA 4EPFA 4PJZA 1XJUA 1XJTA 3L2XA 4PK0A 2ANVA 1LYIA 1G07A 1C6MA 1L82A 3FA0A 4I7OA 4I7MA 4LDEA 1P46A 1L43A 1L87A 169LA 1QTDA 3HUQA 239LA 1L62A 209LA 262LA 2RAZX 3SB7A 4EKQA 1L47A 2OE4X 2B72A 3G3XA 1QUDA 195LA 1L91A 3CDVA 1LYGA 1LYFA 1L93A 2B74A 1L24A 1JTMA 1C6LA 230LA 1CX6A 1C6AA 126LA 1WTHA 2RBNA 1I6SA 250LA 1LW9A 1L98A 4ARQB 4OO9A 1C6PA 213LA 4I7QA 216LA 1CV5A 1L63A 159LA 146LA 1QT6A 164LA 217LA 175LA 115LA 1T6HA 244LA 1CV1A 1L70A 199LA 4I7JA 2RH1A 4YX7C 3HU8A 1CU2A 1ZWNA 1L55A 1LI6A 181LA 1PQDA 231LA 1DYGA 143LA 186LA 123LA 163LA 4EKSA 1L01A 3GUKA 1L68A 3HDFA 257LA 2O79A 3C8RA 2OTZX 2OE7X 4EKPA 1L03A 253LA 2OU9A 3CDRA 1L15A 1L77A 2B7XA 2HUKA 1L27A 1C67A 4GRVA 2O7AA 185LA 1L05A 2RAYX 1XEPA 1QTCA 3C82A 1L79A 1L30A 243LA 1P64A 3DNAA 129LA 1C6QA 162LA 1KNIA 1OV5A 3HTBA 3RUNA 215LA 196LA 2LZMA 1L52A 1L54A 4YXCA 3OE0A 1SWYA 1L02A 1L94A 125LA 1D2WA 165LA 1L72A 4K5YA 192LA 3GUNA 3OE9A 184LA 3FI5A 1L51A 260LA 180LA 200LA 1L48A 2CUUA 1QT8A 1D3FA 4EPIA 3JR6A 4DJHA 1D3NA 1KY1A 1P56A 4I7RA 1C6EA 1DYBA 1G06A 4ARMA 2RBPA 3HU9A 191LA 227LA 1L38A 1L80A 251LA 1LYHA 235LA 172LA 3CDTA 240LA 3C8SA 167LA 1C62A 3L64A 2OEAX 1L75A 152LA 140LA 201LA 3DN8A 3K2RA 4W59A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5T3FA 114LA 2RB2X 1L65A 1LSEA 1LJKA 1I20A 1NHBA 1XEKA 1L90A 4AXTA 3WUAA 1LJGA 2D6BA 3SB5A 4TSCA 2BQBA 208LA 1NDMC 4H9EA 1TLAA 1G0GA 1EL1A 2YDGA 4IAPA 2F2NA 5JENB 5LVGA 2ZQ4A 4ETBA 4PHIA 1LMOA 3ULRA 1DI4A 3A67Y 4QDNA 3HTDA 4XADA 2EKSC 2B75A 2MEAA 1L44A 4LYCA 1GAZA 1OVJA 141LA 1DKKA 2YBLA 4M6DA 5LA5A 1OWZA 1G0QA 3GXKA 1L64A 3TXKA 4DAJA 3WVXA 4XJIA 1NWGA 1P6YA 1LYJA 1IR8A 3SBBC 3WPJA 4J7VA 1C6CA 1REYA 1JJ3A 1G0KA 177LA 2Z39A 3DN6A 1P2CC 2BLYA 1LSGA 2L78A 1HSXA 3CT1A 1D3MA 3MGWA 4WG1A 1PQMA 4N9RA 5LVKA 2Q9DA 5L3IA 1ZYTA 5B06A 3AB6A 4W55A 4C3WA 5HQ1A 1CTWA 214LA 2Y8PA 4OOOA 4B1AA 5KKIA 1DI3A 2ZNWY 4HPIA 4W58A 4H90A 207LA 3J4GA 189LA 3CDOA 1L59A 4LT2A 1C6FA 2W1YA 3RW8A 2CGIA 4P2EA 1LYEA 2HTXA 122LA 1JSEA 127LA 4FDYA 1QUGA 1L25A 3C81A 1C60A 3P4ZA 4LT3A 3LHMA 1C6DA 1GFUA 3V2YA 1RI8B 1C61A 4ZPUA 1GWDA 1INUA 1RE2A 1L74A 1L76A 1L58A 2F2QA 2MEHA 3CT0A 1JPOA 1KW7A 3FADA 1LPYA 2DQFC 1B7NA 3LZ2A 4LFXA 4ETCA 4D9ZA 4ZEEA 1E8LA 182LA 2B6XA 1JJ1A 225LA 241LA 2BQHA 258LA 3T6UA 3GUPA 1LZCA 2DQEY 8LYZA 2BQGA 1QSQA 3SB6A 4NGWA 3ODUA 1C69A 1CV3A 2RB1X 3EO5A 5FCPA 1QUTA 1OVKA 1VDQA 1KIRC 223LA 5LYTA 1P37A 1G0MA 1QTVA 205LA 1LJJA 1JEFA 242LA 1WVVA 1F0WA 1JITA 5HNLA 1L26A 138LA 5KXOA 1ZURA 5LXWA 1L46A 3SN6R 4HPEA 1C6JA 4HV1A 3VW7A 4NG8A 2XBRA 2F30A 1QDTA 2HU3A 1GAYA 2RBRA 3LYZA 1LJ4A 4II8A 1L60A 1QDRA 1T6VL 1L85A 4W51A 1IWYA 1UBZA 2HEDA 259LA 1NDGC 5J7CA 1C6HA 1HF4A 3EMLA 3C80A 1GBSA 2NTHA 1OVHA 1YKXX 222LA 4ANRA 2D91A 2Z2EA 3LZTA 4Z98A 158LA 4WOAA 4NWEA 1L69A 5KKJA 1JISA 1SWZA 252LA 4H9CA 1LZDA 119LA 1L18A 3HT7A 3ZVQB 1C6GA 1FKVA 5EBHA 1ZVYB 1OWYA 1BWHA 2BPUA 1EPYA 1GF9A 4LYBA 4WO9A 4RLMA 2G4NA 1LSNA 1SX2A 1L19A 1DYFA 4XENA 1F6RA 1B7OA 1GFTA 1QUSA 1IIZA 4PJZA 3L2XA 3TXBA 5C6JA 1LYIA 1L82A 3HBEX 4I7OA 1QSWA 1QTKA 4I7MA 1BB7A 193LA 1L43A 1IY3A 3W6EA 7LYZA 4NGVA 3SB7A 1B9OA 2RAZX 4EKQA 1L47A 2OE4X 1QUDA 195LA 1L91A 3CDVA 1C46A 4TWSA 5I5QA 2B74A 2DQIY 5B1GA 4DQJA 3CT5A 1C6LA 230LA 2EIZC 2B5ZA 2DQAA 1BVXA 4IJ4A 1L98A 4ARQB 1CKDA 4I7QA 1HFXA 217LA 115LA 3TXHA 1CV1A 1ZV5L 3LN2A 4NG1A 1LMNA 2RH1A 3RNXA 1CU2A 1JHLA 1LJNA 2HEBA 1PQDA 181LA 4R0FA 1NMMA 186LA 1MLCE 4EKSA 3GUKA 257LA 2OTZX 1D0KA 4EKPA 3CDRA 1CKFA 1UCOA 2Z2FA 4GRVA 1D0MA 134LA 1L30A 243LA 3DNAA 1DQJC 162LA 3HTBA 1IWTA 1VFBC 3EMSA 5K7OA 1L54A 3OE0A 125LA 4K5YA 2ZYPA 4XJGA 1LSDA 200LA 1FLQA 4NGZA 3JR6A 2BQFA 1IC7Y 1MELL 1T3PA 1DXJA 1LSMA 3WUNA 1HMKA 4O34A 3WU8A 4C5FA 1ALCA 191LA 227LA 1L38A 1L80A 4ETAA 4BADA 240LA 2BLXA 1GF4A 1GXV2 1SQ2L 140LA 3M3UA 3WYHA 3K2RA 4GCBA 1D9UA 1YAOA 1G7LC 1L14A 5I4WA 4NHTA 4E3UA 1LLHA 1LSBA 3WU9A 1GBYA 1JQUA 1IOQA 4W57A 3AGHA 1IC5Y 2B6TA 160LA 4LDLA 1JTPL 1L97A 1YKYX 1L83A 2DQGY 1IVMA 4W54A 1AKIA 1SX7A 1L20A 1L29A 4AQNA 2BQCA 1UIAA 2LC9A 3WXTA 1SSYA 2ZQ3A 4HTNA 2QB0B 4ARQA 2YBJA 1QUOA 3HTFA 4IATA 4MCKA 1YANA 4DD3A 1UIGA 3T36A 4L41A 4LDOA 4OWEA 4UWVA 3AZ7A 5C6LA 4GBRB 4I7NA 3DN4A 1L34A 1L67A 5DL9A 2EQLA 1C63A 4NHQA 4KPMA 131LA 1PQJA 5M1YA 1RJCB 4WG7A 3GUIA 1FN5A 5KXYA 2IGCA 145LA 1NBZC 2LZ2A 4GLVA 1EQ4A 1LJFA 1C43A 168LA 3HBHA 1J1OY 5E9RA 4YEMA 3FE0A 210LA 3WXUA 4DT3A 5I4XA 4N5RA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 5T3F A;  114L A;  2RB2 X;  1L65 A;  1LSE A;  1LJK A;  1I20 A;  1NHB A;  1XEK A;  1L90 A;  4AXT A;  3WUA A;  1LJG A;  2D6B A;  3SB5 A;  4TSC A;  2BQB A;  208L A;  1NDM C;  4H9E A;  1TLA A;  1G0G A;  1EL1 A;  2YDG A;  4IAP A;  2F2N A;  5JEN B;  5LVG A;  2ZQ4 A;  4ETB A;  4PHI A;  1LMO A;  3ULR A;  1DI4 A;  3A67 Y;  4QDN A;  3HTD A;  4XAD A;  2EKS C;  2B75 A;  2MEA A;  1L44 A;  4LYC A;  1GAZ A;  1OVJ A;  141L A;  1DKK A;  2YBL A;  4M6D A;  5LA5 A;  1OWZ A;  1G0Q A;  3GXK A;  1L64 A;  3TXK A;  4DAJ A;  3WVX A;  4XJI A;  1NWG A;  1P6Y A;  1LYJ A;  1IR8 A;  3SBB C;  3WPJ A;  4J7V A;  1C6C A;  1REY A;  1JJ3 A;  1G0K A;  177L A;  2Z39 A;  3DN6 A;  1P2C C;  2BLY A;  1LSG A;  2L78 A;  1HSX A;  3CT1 A;  1D3M A;  3MGW A;  4WG1 A;  1PQM A;  4N9R A;  5LVK A;  2Q9D A;  5L3I A;  1ZYT A;  5B06 A;  3AB6 A;  4W55 A;  4C3W A;  5HQ1 A;  1CTW A;  214L A;  2Y8P A;  4OOO A;  4B1A A;  5KKI A;  1DI3 A;  2ZNW Y;  4HPI A;  4W58 A;  4H90 A;  207L A;  3J4G A;  189L A;  3CDO A;  1L59 A;  4LT2 A;  1C6F A;  2W1Y A;  3RW8 A; 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