251LA

The response of t4 lysozyme to large-to-small substitutions within the core and its relation to the hydrophobic effect
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMAQQKRWDEAAVNAAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title The response of T4 lysozyme to large-to-small substitutions within the core and its relation to the hydrophobic effect.
pubmed rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 57
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1997-10-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 251lA00
3F9LA 1L11A 2Q9EA 232LA 252LA 3DNAA 1G0MA 1L97A 143LA 1P7SA 1OYUA 1CV4A 3C8QA 196LA 211LA 3PDSA 1L08A 149LA 1L25A 1T97A 1CV6A 1C60A 2HUKA 1D3FA 1OV7A 231LA 3FADA 3HH3A 3K2RA 1KS3A 235LA 6LZMA 129LA 3C7ZA 1L00A 1QS5A 1L85A 130LA 2B72A 1L56A 1P2LA 3HT6A 2CUUA 1LGUA 1LYIA 2B6WA 1NHBA 3HTDA 1L82A 185LA 3NY8A 155LA 1L31A 4ARQA 1L92A 125LA 1C6EA 1L94A 261LA 2RB1X 4YXAC 4I7PA 113LA 1G0QA 4EKRA 1CVKA 1L38A 3C83A 2QARC 1C6LA 228LA 3RZEA 243LA 4EJ4A 215LA 4W54A 218LA 1C6KA 1G0KA 1L28A 3HUQA 1LWGA 2F2QA 2B6YA 1P5CA 198LA 1C6MA 258LA 2NTGA 3HU8A 1L76A 212LA 1PQJA 3GUIA 4YX7C 2LCBA 1SSYA 2B7XA 1CU0A 3SBBC 123LA 148LE 1D2YA 1DYGA 219LA 3DN4A 3OE8A 118LA 1L21A 1D3NA 104LA 1QTCA 170LA 1QT3A 200LA 163LA 1P36A 1L88A 1QTHA 1L12A 1XJUA 4EKPA 174LA 1L87A 2A4TA 176LA 3HTFA 1C65A 1G0PA 192LA 1L16A 1I6SA 4PK0A 107LA 1L93A 210LA 3SB8A 127LA 1QT5A 138LA 220LA 3HH6A 4I7SA 188LA 1L57A 1L30A 3EMLA 2RAYX 227LA 1CUQA 1P2RA 217LA 1SWYA 1C6BA 1C69A 1D3JA 260LA 1L04A 255LA 3OE6A 4EXMA 3HUAA 2B73A 160LA 2O79A 1DYBA 1L18A 146LA 103LA 1CV1A 7LZMA 172LA 1L65A 1G1WA 1L03A 1L95A 4W51A 1P6YA 1PQDA 3SBAA 1L52A 128LA 213LA 4EPFA 1L61A 3HH4A 253LA 1L47A 3JR6A 3GULA 1L90A 191LA 144LA 1L98A 2RB0X 2OU8A 1QSQA 178LA 5I14A 1ZYTA 3CDTA 1LI6A 3HTBA 4ARLA 137LA 1C6DA 247LA 1QUDA 181LA 2B74A 251LA 195LA 1L36A 1QT4A 3GUMA 1CX6A 4W56A 244LA 3ODUA 2RAZX 1L29A 3L2XA 226LA 245LA 1L68A 156LA 1LLHA 3SB6A 3GUPA 1QUOA 1L84A 1KW5A 3G3VA 1L60A 3DKEX 205LA 3C8RA 214LA 1CU5A 4GRVA 4I7JA 256LA 1EPYA 1LGXA 3DN1A 1OWZA 119LA 1CV5A 4EKSA 102LA 1SWZA 4W58A 1L96A 145LA 1CUPA 1D2WA 1L10A 1C6IA 4EKQA 230LA 3NYAA 3LZMA 3DN6A 1TLAA 222LA 4GBRB 4I7MA 4PJZA 139LA 1B6IA 1L66A 1L42A 3DN3A 3QAKA 158LA 1QTZA 140LA 1G1VA 2HULA 1L69A 1LYEA 1OVKA 3GUKA 159LA 3HDFA 4I7OA 3CDOA 1C6PA 239LA 3FI5A 3VW7A 4ARMA 168LA 1G0LA 237LA 1JQUA 1L43A 1L59A 4LDEA 1G07A 1K28A 1LYJA 4I7TA 2B6XA 1L20A 1L24A 1CU2A 2OTYX 3DMXA 2ANVA 4DKLA 120LA 1C6NA 1C62A 2OU9A 1L86A 1L77A 1L53A 240LA 3V2WA 1P46A 112LA 1PQIA 1DYFA 1QTDA 1SX7A 3HU9A 3L64A 1C61A 4LDOA 2F32A 1C6GA 189LA 216LA 209LA 2RBNA 257LA 4K5YA 1LYGA 1LPYA 1L49A 1LYFA 4DAJA 1L0JA 3F8VA 1L54A 4ARMB 1G0GA 1L45A 3HT9A 4S0WA 4W57A 4AQNA 1OWYA 187LA 2B6TA 3DMVA 1L19A 3C7YA 4DJHA 177LA 1KY1A 1L70A 3UONA 3CDQA 115LA 3HT7A 183LA 238LA 3HT8A 1OVHA 4W59A 2OE4X 1L40A 1L23A 1L64A 1P3NA 1QSBA 1L01A 1L15A 2OE7X 1LI2A 1LW9A 4LDLA 1QS9A 1C66A 1QT8A 142LA 164LA 1JTNA 2O7AA 1P56A 1D3MA 184LA 1QUGA 2HUMA 1QTVA 2B70A 2QB0B 1L35A 1L0KA 1L32A 1QT6A 1T8AA 206LA 171LA 1L58A 1QTBA 186LA 1G0JA 1T6HA 3GUJA 1T8GA 3OE0A 1SSWA 131LA 223LA 1L80A 3DN2A 1L67A 250LA 3G3WA 1LYDA 248LA 1QT7A 1C67A 1L91A 1SX2A 1L72A 1ZWNA 165LA 1C6TA 246LA 166LA 1L34A 2OE9X 1L26A 197LA 1CTWA 1C6FA 4I7RA 1C6CA 1L89A 3SB7A 1DYDA 1PQMA 2OTZX 1L50A 1LYHA 1L55A 1WTHA 2OEAX 3PBLA 1L74A 1G06A 1L02A 2RBOA 3SB9A 1P37A 2O4WA 4W52A 242LA 1LGWA 110LA 1XEPA 221LA 1C6JA 108LA 1C6HA 1L99A 3FA0A 4IAPA 3OE9A 2ANXA 122LA 1DYAA 1L62A 161LA 2RB2X 4ARPA 1C6QA 1L73A 126LA 3D4SA 4YXCA 236LA 4LZMA 180LA 1C6AA 1PQKA 1C63A 1L06A 1L79A 225LA 1C64A 1L46A 233LA 2RH1A 3V2YA 234LA 262LA 167LA 2L78A 3SN6R 111LA 1L81A 173LA 4I7KA 1OVJA 259LA 4OO9A 5LZMA 249LA 2F47A 4I7QA 2RBRA 4EPIA 1L27A 1L48A 1L33A 4ARQB 141LA 3C7WA 1C68A 1JTMA 4E97A 114LA 1D9WA 3NY9A 151LA 1CU6A 1CV3A 1KNIA 2B6ZA 4W55A 2LZMA 1L05A 224LA 2Z6BA 1L09A 3HDEA 152LA 4W53A 1P64A 1L41A 182LA 4I7NA 3DMZA 1L17A 1L22A 147LA 3C82A 1OV5A 1L07A 4ZPUA 1L63A 4ARJA 3DN8A 3SB5A 169LA 3HUKA 1XJTA 1LWKA 229LA 2OU0X 2RBSA 1L44A 1L51A 2IGCA 2RBQA 1CX7A 1KW7A 3GUOA 1L71A 1L37A 1L83A 1LI3A 3HH5A 3C80A 3C81A 3GUNA 1KY0A 150LA 3HWLA 2LC9A 2NTHA 1DYCA 1L14A 157LA 3DN0A 201LA 1DYEA 109LA 4I7LA 1L13A 1L75A 162LA 1CV0A 3RUNA 3G3XA 190LA 241LA 2RBPA 1CU3A 2B75A 1T8FA 1PQOA 3HTGA 3C8SA 1QUHA 1ZURA 254LA 3CDVA 175LA 3CDRA 199LA 2Q9DA 1L39A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3F9LA 5FCPA 232LA 1IR7A 5F9UA 2BQIA 1GFEA 3AW7A 3B6LA 4NG1A 5KXTA 1Z55A 1VATA 2D91A 3ATOA 1D3FA 3K2RA 3ATNA 3A91A 129LA 1YIKA 1DPWA 1L00A 1OQMA 1QS5A 1YAPA 4DD0A 1L56A 1P2LA 4G4CA 4HTNA 1GF3A 1T6VL 2W1LA 2B6WA 155LA 4ARQA 261LA 2RB1X 4I7PA 1YAQA 1DI4A 3RU5A 4LYOA 3D9AC 1G0QA 1NWGA 2QARC 1UUZC 3RZEA 243LA 2FYCA 1G0KA 1L28A 2F2QA 4N9RA 1P5CA 198LA 2Z18A 3HU8A 1GXV2 1LMTA 212LA 4YX7C 2LCBA 148LE 2X0AA 4HPEA 1BGIA 1YKYX 4XADA 3E3DA 1QTCA 8LYZA 4BADA 1BQLY 1GB5A 1GDXA 163LA 1N4FA 1L88A 1LOZA 4EKPA 174LA 193LA 1GFRA 3WW6A 3TXDA 2HEBA 4QEQA 1I6SA 4PK0A 210LA 1QT5A 220LA 5A3EA 188LA 1NMMA 4O34A 4DD9A 4OWEA 4XJDA 1P2RA 1D3JA 4EOFA 4NGOA 1FLUA 1YL0X 4J1BA 2B73A 2MEAA 1DYBA 1L18A 146LA 103LA 4H9IA 1KIPC 172LA 2LYZA 5I5QA 1P6YA 3AZ4A 1QSWA 128LA 213LA 4H9FA 4CFPA 4GLVA 3MGWA 2XBSA 3GULA 1L90A 1UIEA 2WARA 1GWDA 4NWEA 1RE2A 4ZEEA 3WU9A 4H1PA 4ARLA 2HEFA 3AB6A 1GFAA 1UIAA 3A34A 1QUDA 195LA 4W56A 1LMNA 2RAZX 3L2XA 1IR8A 4HJVA 3WH1A 1L84A 6LYZA 1GFUA 2YBNA 3WXTA 1L60A 4GRVA 205LA 256LA 1F10A 3LZTA 3DN1A 4NGIA 102LA 1SWZA 1LSYA 1CUPA 5AMYA 5KXKA 1OUBA 5KXPA 2MEDA 139LA 1LHIA 3BKHA 1REMA 2BQJA 1G1VA 4NGLA 5C6IA 2ZQ3A 3GUKA 3J4GA 5LINA 1HEMA 159LA 1IP3A 1LSFA 3WVYA 1C6PA 3WUMA 239LA 3FI5A 1G0LA 237LA 5IELA 5DN4A 1TBYA 1MLCE 1HC0A 2BQLA 1K28A 4IJ4A 2B6XA 1L24A 1CU2A 1HFZA 5F81A 3A90A 2F2NA 1L86A 3TXHA 4NGJA 1P46A 1LMQA 3A95A 4D9ZA 1DYFA 5E4PA 1C61A 5KXWA 4LDOA 3A6BY 3D3DA 257LA 2YDGA 1LPYA 1GEZA 3AGHA 1L49A 5KY1A 3J6KA 4AQNA 3EMSA 1GPQC 3QNGA 1OWYA 187LA 2A7DA 1L19A 2DQHY 1LZ9A 1LSCA 4ML7A 1LYOA 3CDQA 4WO9A 3HT7A 238LA 3HT8A 1WTNA 1B5VA 1OVHA 1L40A 2Z38A 1CKDA 1LI2A 1LSDA 1QT8A 164LA 4U3XB 1P56A 1D3MA 5LVKA 2HUMA 2BQHA 4BAFA 206LA 1L58A 4RW2A 2N5ZA 1D9UA 3BKVA 3RW8A 2ZIJA 4HTQA 2EIZC 1C67A 1GBYA 165LA 1C6TA 1LZRA 5I4YA 2ZNWY 1T3PA 1HEOA 4H8YA 1L50A 2CWIA 2NWDX 1WTHA 1C7PA 1NDGC 1G06A 2RBOA 1P37A 1FBIX 242LA 1LGWA 110LA 221LA 4IATA 3KAMA 108LA 1C6HA 3OE9A 1B9OA 1LZ4A 4ARPA 1C6QA 2BQBA 5L9JA 1UICA 3AGGG 1L79A 225LA 1C64A 233LA 3HBHA 3V2YA 1P2CC 173LA 4H9EA 2F47A 2RBRA 4EPIA 1IWVA 1JJ0A 1JTMA 1GE0A 4X3BA 3NY9A 1REXA 4GCFA 2Z6BA 4NSGA 1L09A 4EMNA 1YKXX 1P64A 182LA 2I25L 1L17A 3C82A 4ARJA 4CHXA 1GB8A 1IWUA 1LWKA 229LA 1LSEA 4TUNA 1IP4A 1IY3A 1LZCA 1XGUC 5F9XA 1GBOA 1KW7A 3GUOA 1B2KA 1L71A 3P4ZA 1L37A 1GF0A 3HH5A 5JENB 5B1GA 2LC9A 4ZIXA 3DN0A 3CB7A 201LA 2A7FA 1B7NA 4H8XA 5B59A 1XGQC 1CNSA 4NGZA 1LZEA 2HEAA 4L41A 2B75A 1T8FA 4LT1A 1YL1X 1QUHA 1ZURA 254LA 1PZYA 1IC4Y 175LA 3GXRA 4H91A 2Q9DA 4R6CA 2ZILA 3HBEX 1L11A 3LHMA 5HLLA 4H9CA 5C6JA 4TTDA 1XFPL 211LA 1IEEA 3PDSA 149LA 1L25A 1CV6A 1C60A 1OV7A 4Z98A 3TXGA 1AM7A 5HMVA 5LXWA 3C7ZA 4H9BA 1LSZA 4LYZA 4NIJA 2D4JA 1LGUA 1JKAA 2VB1A 1XGPC 5DLAA 5ILFA 3CT0A 3HTDA 3RZ4A 1JTTL 5T3FA 1GB9A 1LZ1A 1FKVA 4IASA 125LA 1C6EA 4YXAC 2EPEA 4NG8A 1HSWA 3C83A 1LAAA 2BQGA 4B49A 3W6DA 1LMPA 3A3RX 5HMJA 1LZGA 3WVXA 1LWGA 1ZVHL 2B6YA 4PRQA 258LA 1IC7Y 1L76A 1PQJA 1ZV5L 5LVIA 1F6SA 4HV1A 2B7XA 1OUDA 1D2YA 3OE8A 3DN4A 219LA 2ZYPA 1L21A 104LA 5KXLA 1EQEA 2BQOA 4YENA 1JITA 1B7RA 1B5ZA 1OUEA 1P36A 1QTHA 1XJUA 1NBYC 2W1YA 1GFVA 2CGIA 4M6DA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3F9L A;  5FCP A;  232L A;  1IR7 A;  5F9U A;  2BQI A;  1GFE A;  3AW7 A;  3B6L A;  4NG1 A;  5KXT A;  1Z55 A;  1VAT A;  2D91 A;  3ATO A;  1D3F A;  3K2R A;  3ATN A;  3A91 A;  129L A;  1YIK A;  1DPW A;  1L00 A;  1OQM A;  1QS5 A;  1YAP A;  4DD0 A;  1L56 A;  1P2L A;  4G4C A;  4HTN A;  1GF3 A;  1T6V L;  2W1L A;  2B6W A;  155L A;  4ARQ A;  261L A;  2RB1 X;  4I7P A;  1YAQ A;  1DI4 A;  3RU5 A;  4LYO A;  3D9A C;  1G0Q A;  1NWG A;  2QAR C;  1UUZ C;  3RZE A;  243L A;  2FYC A;  1G0K A;  1L28 A;  2F2Q A;  4N9R A;  1P5C A;  198L A;  2Z18 A;  3HU8 A;  1GXV 2;  1LMT A;  212L A;  4YX7 C;  2LCB A;  148L E;  2X0A A;  4HPE A;  1BGI A;  1YKY X;  4XAD A;  3E3D A;  1QTC A;  8LYZ A;  4BAD A;  1BQL Y;  1GB5 A;  1GDX A;  163L A;  1N4F A;  1L88 A;  1LOZ A;  4EKP A;  174L A;  193L A;  1GFR A;  3WW6 A;  3TXD A;  2HEB A;  4QEQ A;  1I6S A;  4PK0 A;  210L A;  1QT5 A;  220L A;  5A3E A;  188L A;  1NMM A;  4O34 A;  4DD9 A;  4OWE A;  4XJD A;  1P2R A;  1D3J A;  4EOF A;  4NGO A;  1FLU A;  1YL0 X;  4J1B A;  2B73 A;  2MEA A;  1DYB A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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