1CV3A

T4 lysozyme mutant l121m
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMMQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords LYSOZYME
publication title Methionine and alanine substitutions show that the formation of wild-type-like structure in the carboxy-terminal domain of T4 lysozyme is a rate-limiting step in folding.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-08-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1cv3A00
2B74A 1C66A 162LA 228LA 164LA 147LA 1PQJA 217LA 143LA 255LA 1KNIA 1D3JA 1QUOA 1CV3A 4ARQA 131LA 1DYAA 2O79A 1L46A 1L93A 1L40A 148LE 1L30A 1P37A 3GUIA 4I7RA 1B6IA 1C61A 186LA 2LCBA 1QTDA 222LA 174LA 1OYUA 227LA 241LA 4EKQA 1L73A 1L22A 109LA 3DN3A 3HDEA 3HUAA 1P3NA 201LA 3JR6A 3OE8A 1L12A 4ZPUA 1CU2A 2OE4X 4AQNA 4EPIA 3GUJA 1SWZA 3C82A 3HT9A 1QS9A 3SBAA 110LA 229LA 1L86A 1L36A 1CX7A 1C6EA 1L19A 246LA 3OE0A 1L16A 3ODUA 1L24A 2Z6BA 107LA 4I7PA 149LA 182LA 139LA 4S0WA 1CV1A 1L56A 3CDRA 1L74A 4LZMA 2RAYX 1TLAA 3DN0A 3PBLA 1JQUA 225LA 3EMLA 3GUOA 1L98A 1DYGA 2RBNA 1QT6A 4ARLA 152LA 195LA 245LA 1G0GA 1L89A 1L06A 1G06A 1L63A 1NHBA 2OU8A 4YXAC 1L96A 3F8VA 1XEPA 3OE9A 2ANVA 4DAJA 3CDOA 1CV6A 1SX2A 2A4TA 1LYFA 253LA 150LA 163LA 2OE9X 3G3XA 183LA 1C6DA 3HT8A 2RBOA 3PDSA 2F2QA 1L69A 1PQMA 3FADA 3DMXA 249LA 1L51A 258LA 141LA 1CV5A 1L92A 169LA 1C6JA 1T6HA 3C81A 4PJZA 1L76A 3GUPA 1P56A 1PQDA 102LA 1D2WA 1QUHA 3V2WA 4I7TA 188LA 4I7NA 1K28A 3C7ZA 2HUMA 4ARJA 4EKRA 3GUNA 1L94A 4W55A 3C8SA 1ZYTA 1SWYA 1L11A 4GRVA 1P46A 3VW7A 4W57A 177LA 4DJHA 257LA 1L01A 3CDTA 1QT4A 2B75A 2B73A 1JTNA 1EPYA 3DN1A 1T97A 1QTVA 1L65A 3SB7A 1L38A 157LA 140LA 2OEAX 1LWKA 1L28A 1L14A 1L80A 1C64A 3RZEA 2RB0X 4W53A 1KY0A 1L60A 1QTCA 187LA 3L2XA 237LA 3HH4A 126LA 189LA 1JTMA 1L91A 3DMVA 1L90A 1L26A 1DYDA 1L03A 165LA 112LA 111LA 4DKLA 1G0PA 1L18A 1L04A 3SB9A 3HUKA 1C6HA 3CDQA 1L85A 159LA 2HUKA 4EKPA 247LA 231LA 1C6CA 252LA 173LA 1L79A 1G1WA 127LA 1L37A 1C69A 1L17A 251LA 219LA 1KY1A 3DKEX 1C6LA 1L61A 1L0KA 3C7YA 4ARMB 1DYFA 171LA 2CUUA 2RAZX 1L59A 166LA 1CV4A 260LA 1LI3A 3V2YA 2B72A 1C62A 1C68A 192LA 213LA 3SBBC 242LA 1LYDA 1L55A 250LA 1L09A 1CU6A 1C67A 4ARPA 224LA 1XJTA 1QTBA 3DN2A 4K5YA 4EKSA 129LA 4I7KA 2F47A 4EPFA 155LA 1C6GA 1D3FA 1OWZA 1C6NA 2NTHA 3NY9A 113LA 2B70A 4W56A 3OE6A 2OE7X 4I7SA 4YXCA 230LA 3HDFA 1P36A 1LYGA 3SB5A 3HWLA 1KS3A 1LGUA 1L67A 1L84A 1SSWA 3D4SA 1I6SA 3GULA 1C6FA 1OV7A 4I7OA 1C6BA 248LA 1T8FA 2QB0B 1LWGA 4ARMA 1L62A 1SX7A 115LA 5I14A 1L72A 1C6QA 1L25A 3DN6A 226LA 2B6WA 1L44A 254LA 3DN4A 1C6AA 223LA 120LA 2B6YA 1QT5A 1C60A 1L81A 3RUNA 3GUKA 2LZMA 1L13A 1DYBA 4W59A 2IGCA 1LPYA 198LA 1L77A 191LA 4LDOA 1L41A 4IAPA 1QT7A 2OTYX 1L23A 3HUQA 1L32A 1QUGA 3C8QA 1L07A 1L66A 1L54A 1L82A 1L88A 1CX6A 1P7SA 108LA 4I7JA 3HH6A 4I7LA 1QT8A 234LA 6LZMA 1L64A 2OU0X 167LA 1G0JA 122LA 1PQKA 199LA 3SB8A 1OWYA 184LA 1LI6A 2Q9DA 216LA 1L49A 4OO9A 4W51A 1L33A 3NY8A 3C80A 1QT3A 3DN8A 4E97A 123LA 2B6ZA 178LA 243LA 2ANXA 1QSQA 4W52A 145LA 1CTWA 1LW9A 1PQIA 1LGXA 2QARC 214LA 1L20A 1L29A 1XJUA 4GBRB 3CDVA 200LA 220LA 244LA 1L02A 3C83A 1G0QA 1CUPA 4PK0A 1G0KA 1C6KA 3NYAA 156LA 168LA 4LDLA 114LA 1OV5A 1P2RA 2RBRA 1C6PA 1P6YA 240LA 1CV0A 104LA 1L83A 2F32A 2B7XA 1L08A 3DNAA 1OVKA 3QAKA 1KW7A 2HULA 3DMZA 1L35A 1ZURA 1QUDA 1D9WA 238LA 1CVKA 1L45A 1P64A 1L57A 2O4WA 190LA 180LA 1LYIA 172LA 142LA 4I7MA 1P5CA 1L10A 3FA0A 5LZMA 3L64A 161LA 1C6TA 1D3MA 1D3NA 1PQOA 2B6TA 232LA 1G0LA 1L68A 1LYJA 1G0MA 3G3WA 3C8RA 3F9LA 137LA 1L53A 3HU8A 212LA 3G3VA 1L31A 1QS5A 7LZMA 1LGWA 3HT7A 1LLHA 4W58A 1L99A 1LYEA 1G07A 2OU9A 1T8AA 3SN6R 158LA 144LA 4I7QA 160LA 1SSYA 2B6XA 211LA 1CUQA 1L15A 1T8GA 2O7AA 1L27A 1L50A 1L75A 1ZWNA 1CU3A 151LA 4EJ4A 218LA 3C7WA 3HH5A 2LC9A 3UONA 1L52A 215LA 1L97A 1QTHA 1L87A 1L95A 2Q9EA 125LA 209LA 1L21A 2RB1X 1L47A 1L70A 1C65A 259LA 3HTDA 3HT6A 235LA 130LA 1WTHA 146LA 103LA 128LA 196LA 1L48A 3K2RA 4YX7C 1L34A 2OTZX 2RH1A 1C6IA 1DYEA 1L00A 1C63A 262LA 1P2LA 176LA 185LA 233LA 3LZMA 181LA 1G1VA 1KW5A 1D2YA 118LA 1OVJA 2RBQA 197LA 1QSBA 175LA 1QTZA 236LA 221LA 3SB6A 205LA 2RBSA 4EXMA 256LA 4ARQB 1L39A 1DYCA 239LA 3HTFA 4W54A 206LA 2RBPA 138LA 170LA 1L42A 3GUMA 4LDEA 119LA 1L71A 1C6MA 1LYHA 1L58A 1L0JA 3HTBA 261LA 2NTGA 3HU9A 3HTGA 1CU0A 1OVHA 1L43A 1L05A 210LA 3HH3A 2RB2X 1CU5A 1LI2A 3FI5A 2L78A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1WQRA 1VDTA 3BKHA 1UIEA 147LA 217LA 143LA 1LSBA 1HERA 3WPKA 2BLXA 4GCDA 3TXDA 1B6IA 1QTDA 1HEWA 1IWYA 4EKQA 1L22A 109LA 1IP2A 2YBIA 1JJ3A 3HUAA 201LA 1GE3A 5IELA 2MEHA 1B7RA 1DXJA 1G7IC 3C82A 3WXUA 3SBAA 110LA 229LA 3LN2A 2BQDA 4HJVA 1UACY 3ODUA 1JHLA 4NFVA 1IOSA 3ATOA 139LA 4YM8A 4S0WA 1KXYA 1SLYA 1QDTA 1IC7Y 1N4FA 4HP0A 4KXIA 1TLAA 3DN0A 3PBLA 1YAQA 1JQUA 1BWHA 1IC5Y 1LSZA 1HMKA 2HEBA 1G0GA 4J7VA 2F4AA 5KXKA 3OE9A 3A94A 1GBYA 1CV6A 2G4QA 1SX2A 2A4TA 2CGIA 3EMSA 163LA 183LA 3HT8A 3PDSA 2F2QA 1PQMA 249LA 141LA 4GLVA 4NSIA 2LYMA 4HTNA 1DZBX 2BQJA 3TXGA 1P56A 1OUGA 4XN6A 102LA 1QUHA 5F16A 1GDWA 1LSYA 1L94A 1LAAA 4DDCA 1P46A 4W57A 4DJHA 4UWUA 257LA 2BQCA 2D4JA 1I56A 2BQGA 5APFA 4XJDA 1MLCE 1LWKA 2Y8PA 3E3DA 1LHMA 1C64A 3TXHA 1CKFA 2RB0X 5C6JA 1JTOL 3ZVQA 3HH4A 189LA 4B49A 1DYDA 112LA 4DKLA 1G0PA 1HHLA 1L04A 5KXLA 1F0WA 2HUKA 4EKPA 2CWIA 3W6BA 1KXXA 1C69A 1VATA 1L17A 4CFOA 3WULA 1LZEA 3AZ6A 2CUUA 1L59A 3V2YA 2B72A 4HJYA 1C68A 4H94A 5APCA 192LA 3LZTA 242LA 250LA 4DC4A 5KKIA 2I25L 3A90A 1GF8A 5B05A 3DN2A 1GEZA 1GF5A 129LA 1RJCB 4TSBA 1B5UA 1D3FA 2NTHA 4PHIA 3AJNA 113LA 1B7OA 4NHQA 4W56A 1XGQC 4YXCA 3HDFA 1LYGA 1TEWA 1OQMA 1L84A 1SSWA 1XGTC 3D4SA 1I6SA 4LYMA 1LJGA 2H9JA 4LT2A 1OV7A 4I7OA 3J6KA 5I14A 1C6QA 3DN6A 2ZYPA 226LA 2B6WA 1L44A 5KXOA 254LA 3DN4A 1C6AA 1GFTA 1QT5A 1C60A 1L81A 1WVVA 3GUKA 2LZMA 4W59A 2IGCA 1BB6A 1LPYA 1UUZC 3GXKA 198LA 1LYYA 4GCBA 5KXSA 2D4KA 2A7FA 3HH6A 4Z41A 1BGIA 5B1GA 1LZNA 1L64A 3WPJA 5FEKA 3CB7A 199LA 1OWYA 1LI6A 1IOTA 2Q9DA 4OO9A 4W51A 4FJRA 1QT3A 2B6ZA 5APDA 3RNXA 1LHHA 5C6IA 4PGJB 5F81A 2QARC 214LA 3A6CY 1XJUA 3SP3A 5DM9A 220LA 4ZEEA 1IY3A 3A92A 1QDRA 1G0KA 5LAFA 2MEIA 1P2RA 3GXRA 240LA 3WXTA 3HBHA 3DNAA 1IP7A 3QAKA 1LMQA 3DMZA 1NMMA 1LMTA 1L45A 1B5WA 3WW6A 2MEGA 3A3RX 1GB3A 1PQOA 1JKAA 1AKIA 5C6LA 4XJHA 3WUAA 1LSEA 1HFXA 1LGWA 1LLHA 1G07A 4H9AA 144LA 160LA 2B6XA 1VEDA 5HNCA 2DQAA 4H9IA 1GFVA 4LGKA 3M3UA 1L27A 1L50A 3FI7A 1EQ5A 4NGWA 4H9FA 1GF3A 1L52A 5B1FA 1GF0A 4WO6A 4W94A 1AT5A 1B7NA 2BQHA 1J1PY 2BQAA 209LA 2HTXA 2RB1X 2ZWBA 1LZGA 1C65A 2B5ZA 4GN3A 3HTDA 235LA 4QGZA 4HJZA 5I5QA 196LA 1LHIA 4NY5A 1LHLA 2Z12A 4BADA 1TBYA 4MCKA 1L34A 1DYEA 5D5CA 1P2LA 2I6ZA 1GFKA 4IASA 132LA 1OVJA 2RBQA 4H1PA 3WMKA 1KIQC 1QTZA 236LA 221LA 2XQOA 1H6MA 205LA 2RBSA 2HECA 2EPEA 1L39A 3TMVA 3RT5X 3HTFA 206LA 4RDSA 170LA 4LDEA 1NDMC 119LA 1QSWA 5II3A 1J1XY 1L05A 1LMAA 210LA 3HH3A 1LZ4A 1IOCA 3AZ7A 1RE2A 135LA 2LHMA 4LYTA 1SQ2L 3T6UA 228LA 5KXRA 1LMCA 1D6QA 1D3JA 1CV3A 3LZ2A 4WM1A 1GFRA 4WLDA 1P37A 1BB4A 1D0LA 5LVIA 4B4JA 1P2CC 4NWEA 4C5FA 3WPLA 1TDYA 1LZDA 3OE8A 2MEEA 1OUHA 1DPWA 4ZPUA 1CU2A 2D6BA 1LHKA 4LT0A 3GUJA 3A67Y 1SWZA 2ZNXY 4OWBA 1IWWA 1LZ9A 1L86A 1O23A 4PJ2C 1W6ZA 1L19A 4OOOA 2Z18A 1L24A 3B0OA 4WOAA 4LZMA 3CDRA 1L74A 1T6VL 5FSTA 225LA 3GUOA 4RW2A 1UCOA 1L98A 1DYGA 1QT6A 4ARLA 1LZCA 245LA 3RU5A 1L89A 1L06A 1G06A 2ZILA 2ANVA 1IWVA 1GBZA 1EL1A 2ZIJA 1VDPA 2OE9X 1IEEA 4YOPA 1C6DA 4WG1A 4LFPA 3FADA 3P64A 1L51A 5LVGA 1CV5A 1GB2A 1OP9B 1KXWA 2LYZA 4DD3A 1LHJA 3C81A 4PJZA 1L76A 3GUPA 4IJ4A 1HFZA 1K28A 2G4PA 2Z2FA 2HUMA 4ARJA 3GUNA 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1L20A 1FBIX 200LA 244LA 2XBRA 2W1MA 2H5ZA 2BLYA 1G0QA 1D6PA 4WL7A 1GDXA 2LYOA 4WG7A 1LSDA 4LDLA 2RBRA 3OK0A 1CV0A 1IIZA 104LA 1JITA 4ETAA 1B9OA 1L83A 2F32A 4GN4A 1WQMA 4GN5C 1KW7A 1QTEA 2CDSA 1L35A 1QUDA 1L57A 4NEBA 1LYIA 4I7MA 1P5CA 4AGAA 1LTMA 1D3MA 1B7MA 3G3WA 1D3NA 1HEOA 137LA 1V7SA 1LKRA 1QS5A 3CT0A 1YL1X 1NDGC 4G4BA 4II8A 3TXBA 1L99A 2BAAA 1LYEA 5AMYA 1LSGA 2OU9A 4WM3A 1T8AA 4A7DA 4DD0A 5HLLA 1SSYA 1CUQA 1OUCA 2WARA 3WU7A 1REXA 1NF5A 1ZWNA 1UICA 2I26L 151LA 1INUA 2BQEA 2LZ2A 4LYCA 1HC0A 2LC9A 215LA 2ZQ3A 1PS5A 1D0MA 2HU3A 4CFPA 5A3ZA 4R0FA 5HNLA 5HMJA 3HT6A 1ZVYB 4LZTA 3M18B 146LA 4U3XB 4AXTA 103LA 3K2RA 2OTZX 1C6IA 1L00A 262LA 2EQLA 3A34A 1GFUA 3ZVQB 185LA 1NBZC 233LA 4UWNA 1B7LA 1QSBA 4HPIA 3AYQA 1OUJA 2YBLA 4ARQB 3D9AC 4ETDA 4KPMA 4PRQA 2RBPA 2YVBA 5B59A 1J1OY 1C6MA 1T3PA 1LYHA 1FLQA 4NSGA 2DQCY 3LHMA 4L41A 5M1YA 1LPIA 2NTGA 1GF9A 2RB2X 3FI5A 2L78A 4BAPA 4NGJA 3WUMA 1C66A 162LA 164LA 1NBYC 1PQJA 4TWSA 1KNIA 4LYZA 5I4YA 1FLWA 2O79A 4DD9A 1L46A 1L93A 1L30A 3GUIA 4I7RA 3AZ4A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1WQR A;  1VDT A;  3BKH A;  1UIE A;  147L A;  217L A;  143L A;  1LSB A;  1HER A;  3WPK A;  2BLX A;  4GCD A;  3TXD A;  1B6I A;  1QTD A;  1HEW A;  1IWY A;  4EKQ A;  1L22 A;  109L A;  1IP2 A;  2YBI A;  1JJ3 A;  3HUA A;  201L A;  1GE3 A;  5IEL A;  2MEH A;  1B7R A;  1DXJ A;  1G7I C;  3C82 A;  3WXU A;  3SBA A;  110L A;  229L A;  3LN2 A;  2BQD A;  4HJV A;  1UAC Y;  3ODU A;  1JHL A;  4NFV A;  1IOS A;  3ATO A;  139L A;  4YM8 A;  4S0W A;  1KXY A;  1SLY A;  1QDT A;  1IC7 Y;  1N4F A;  4HP0 A;  4KXI A;  1TLA A;  3DN0 A;  3PBL A;  1YAQ A;  1JQU A;  1BWH A;  1IC5 Y;  1LSZ A;  1HMK A;  2HEB A;  1G0G A;  4J7V A;  2F4A A;  5KXK A;  3OE9 A;  3A94 A;  1GBY A;  1CV6 A;  2G4Q A;  1SX2 A;  2A4T A;  2CGI A;  3EMS A;  163L A;  183L A;  3HT8 A;  3PDS A;  2F2Q A;  1PQM A;  249L A;  141L A;  4GLV A;  4NSI A;  2LYM A;  4HTN A;  1DZB X;  2BQJ A;  3TXG A;  1P56 A;  1OUG A;  4XN6 A;  102L A;  1QUH A;  5F16 A;  1GDW A;  1LSY A;  1L94 A;  1LAA A;  4DDC A;  1P46 A;  4W57 A;  4DJH A;  4UWU A;  257L A;  2BQC A;  2D4J A;  1I56 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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