1CV3A

T4 lysozyme mutant l121m
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMMQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Methionine and alanine substitutions show that the formation of wild-type-like structure in the carboxy-terminal domain of T4 lysozyme is a rate-limiting step in folding.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
total genus 58
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-08-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1cv3A00
122LA 1OYUA 1OWZA 1L74A 1G0JA 4W51A 1L67A 128LA 199LA 1L81A 2OU0X 1L54A 213LA 3GUJA 1L84A 1L57A 2B7XA 111LA 3GULA 109LA 1T6HA 3HTBA 151LA 232LA 1SX7A 1LI6A 1QS9A 3HT6A 200LA 1P5CA 3SBBC 168LA 104LA 2OEAX 1C6JA 1CU2A 113LA 1L75A 229LA 2B73A 220LA 228LA 1C6PA 4ZPUA 7LZMA 3RUNA 226LA 1L93A 3HUKA 182LA 1P46A 1L95A 3GUOA 1C6QA 1G0QA 2RB1X 1L30A 3GUKA 201LA 3NY9A 1L79A 142LA 1L39A 3HH4A 4W57A 1L07A 1L05A 1L33A 1G0LA 244LA 2L78A 1L03A 1L68A 1L99A 252LA 1L11A 1L35A 255LA 1LYDA 217LA 1KW5A 1L09A 1L24A 1T8AA 3HUAA 3C82A 1L97A 234LA 4I7NA 4W54A 259LA 215LA 144LA 1L17A 4EKPA 4I7JA 3DMZA 3K2RA 4EPIA 1DYFA 1CV3A 192LA 4EKRA 3FADA 1L18A 108LA 3HWLA 152LA 212LA 1LYGA 3DN2A 1DYGA 164LA 1L80A 2OTYX 169LA 1EPYA 183LA 1QT6A 4GRVA 139LA 1L72A 1JQUA 1L13A 1L60A 1CV1A 1G0MA 1L21A 2RBOA 1QT3A 3DN3A 1L19A 4I7SA 249LA 4YXAC 1L40A 3VW7A 180LA 238LA 3GUPA 6LZMA 1P36A 1L00A 235LA 138LA 1G06A 150LA 1C6FA 1QTBA 4S0WA 1KY0A 1L0KA 4DJHA 1D2YA 166LA 1G0KA 1L58A 1QTCA 3F9LA 188LA 2OTZX 1QTDA 221LA 2HUMA 2B6WA 4AQNA 143LA 1SX2A 1P37A 3RZEA 2RAZX 103LA 2RB0X 4YXCA 2F32A 1WTHA 262LA 2B72A 4LDOA 1L88A 4LDEA 1L01A 2RBRA 158LA 3DN0A 1DYDA 3SBAA 3SB9A 1B6IA 157LA 219LA 1ZYTA 3HT8A 118LA 1OVJA 1L65A 2NTGA 161LA 2QARC 2OE9X 4I7TA 1QSBA 1P3NA 1C6BA 3C80A 3DNAA 253LA 1L62A 1L02A 2CUUA 2RBQA 3D4SA 1LI3A 1P6YA 1L52A 2RB2X 4I7OA 1C62A 1PQKA 160LA 247LA 2B75A 1L04A 1L38A 243LA 3PBLA 1L82A 159LA 1L86A 1L76A 1D3FA 223LA 1QTHA 1LPYA 1L29A 2B6TA 1L53A 2Q9DA 3HT9A 137LA 1L71A 1OV7A 1T97A 1L14A 3HTGA 1CUPA 1L49A 1LGUA 1QTVA 1QUHA 1L10A 5I14A 1DYAA 146LA 214LA 1PQMA 2RAYX 3HH3A 1L70A 3C81A 2B74A 155LA 3C83A 4W56A 1C6KA 2QB0B 187LA 1L61A 1LLHA 3DN4A 174LA 1C6MA 2O79A 3HT7A 250LA 1L06A 3PDSA 1C64A 1L69A 3SB7A 2F2QA 1KY1A 1P56A 184LA 2HUKA 4PJZA 1C6DA 1DYBA 1C6LA 3ODUA 1QT7A 1L77A 1QT8A 185LA 1LI2A 3CDRA 140LA 191LA 148LE 1L20A 2ANXA 1QT5A 3C8SA 1JTMA 3DN8A 5LZMA 3HH5A 3HTFA 4I7KA 4ARPA 3C8RA 1P2RA 1JTNA 1LYJA 4ARMA 227LA 1LYIA 3JR6A 4I7PA 1SWZA 2NTHA 1D9WA 198LA 210LA 3OE8A 1OVKA 1L27A 1CV5A 1CX6A 1PQOA 209LA 260LA 2HULA 3DKEX 1C63A 2OE4X 3G3WA 230LA 1T8FA 1L90A 120LA 195LA 1L94A 4EJ4A 3OE6A 1L85A 4YX7C 245LA 1C6TA 3CDTA 2B70A 3FI5A 1L34A 3L2XA 218LA 1L36A 1L45A 1L47A 3GUMA 254LA 3CDOA 3CDVA 119LA 3FA0A 3HTDA 246LA 1CV6A 2OU8A 231LA 1CX7A 1L73A 2B6ZA 125LA 4DAJA 130LA 1C6IA 1TLAA 1PQIA 211LA 205LA 241LA 1LW9A 181LA 1C6NA 1L44A 2Q9EA 2RH1A 1NHBA 257LA 1G0GA 3SB6A 3OE9A 242LA 1CU0A 196LA 1L37A 3QAKA 4ARJA 4DKLA 1CV0A 141LA 3HH6A 1L87A 1C60A 4OO9A 2OE7X 1DYEA 1L0JA 1QUOA 4LZMA 3GUIA 1QSQA 1C6EA 3DN1A 4EKQA 1C65A 1L91A 1L89A 1L64A 3NYAA 1QS5A 1CU6A 1XJUA 4ARQA 126LA 3SB5A 1LYFA 1P64A 2B6XA 176LA 1L32A 1L16A 167LA 2RBSA 1L12A 1QUGA 236LA 171LA 162LA 240LA 1SSYA 4EPFA 178LA 1CU5A 4I7MA 2LC9A 3CDQA 1KW7A 1SSWA 2LCBA 1C6AA 1L59A 1CU3A 1L25A 186LA 4W53A 3L64A 3HDEA 170LA 2IGCA 123LA 1G1VA 2LZMA 1L08A 4I7QA 2RBNA 1LYEA 1L31A 237LA 1SWYA 216LA 1L96A 1LWGA 3NY8A 4E97A 147LA 172LA 258LA 2B6YA 1L23A 190LA 4W58A 1D3NA 1C6GA 1K28A 1XEPA 1G07A 1L66A 1KNIA 1LYHA 3LZMA 1C61A 1L26A 3C7WA 114LA 4ARLA 1C6HA 177LA 1CUQA 4PK0A 1L42A 1CTWA 3DN6A 1I6SA 1D2WA 1CV4A 3C8QA 1C6CA 3DMXA 4W52A 251LA 2Z6BA 1DYCA 1L50A 233LA 225LA 4EXMA 1QUDA 4EKSA 1P2LA 131LA 1D3JA 4W55A 4ARQB 1L98A 3SN6R 1P7SA 3DMVA 3C7YA 3HU8A 248LA 2O7AA 3HUQA 1C68A 1L15A 1L48A 1L51A 4IAPA 1ZWNA 3UONA 1L22A 1PQJA 1QT4A 145LA 4GBRB 1KS3A 1L46A 1D3MA 1LGWA 256LA 4K5YA 1L43A 1PQDA 3V2WA 1L41A 261LA 156LA 197LA 1OV5A 206LA 1L28A 149LA 1CVKA 127LA 112LA 1C66A 4I7RA 1XJTA 1G1WA 3HDFA 1L63A 3G3VA 1G0PA 2ANVA 1L56A 1L83A 3C7ZA 1LWKA 165LA 224LA 173LA 2OU9A 1C69A 2RBPA 1LGXA 107LA 3OE0A 4W59A 115LA 1L55A 4I7LA 239LA 1L92A 110LA 189LA 1OVHA 222LA 3SB8A 3G3XA 4LDLA 1C67A 175LA 2O4WA 102LA 3HU9A 163LA 3F8VA 4ARMB 129LA 2A4TA 3EMLA 1QTZA 3V2YA 1T8GA 1ZURA 3GUNA 1OWYA 2F47A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3K3TA 1OUCA 1OYUA 1OWZA 1L74A 1DPWA 4NHIA 1DXJA 4W51A 1L67A 199LA 3TMVA 1LMPA 5L3IA 3KAMA 1L81A 3A6CY 4IASA 1JWRA 1OUFA 1OUEA 1GFKA 1L84A 1W6ZA 109LA 3AB6A 4EOFA 3W6FA 134LA 1QS9A 3HT6A 1TAYA 168LA 4DD2A 4H8YA 1QTKA 4ANRA 1C6JA 2B73A 1GFGA 1D0KA 1L93A 2MECA 3A91A 1XFPL 1L95A 4LT2A 3GUOA 1LSBA 1G0QA 3N9AA 2RB1X 1QSAA 2BAAA 4YOPA 201LA 2D91A 1L79A 3CSZA 1TBYA 4L41A 3N9EA 4GLVA 1L07A 3A95A 1VATA 1IP5A 1L03A 4DC4A 5F9UA 1C46A 217LA 3C82A 1L97A 1LJJA 4I7NA 4W54A 4WO9A 4N9RA 4NSHA 4PRUA 4NGLA 5I5QA 4OWHA 144LA 4LFPA 1L17A 4EKPA 3D9AC 4B4IA 4DYGA 2YSSC 3K2RA 1DYFA 5KXTA 4YENA 2W1YA 3IJUA 3DN2A 2MEDA 5B1GA 1DYGA 2OTYX 2LYZA 1HFYA 1L72A 2Z2FA 2RBOA 4DQ7A 1L19A 4I7SA 4YXAC 2DQIY 3GXRA 180LA 1XSFA 3CT5A 1L00A 235LA 138LA 150LA 1QTBA 4DJHA 166LA 4BADA 5DM9A 4WG7A 1QTDA 221LA 1YKZX 1P37A 3RZEA 2RAZX 2MEEA 1GFRA 4NHPA 1GB7A 3P66A 4FDYA 262LA 1F6SA 1IR9A 4LDOA 1YAOA 1GFUA 1P2CC 1IOTA 4G4HA 1AT6A 5LVHA 157LA 118LA 1HHLA 1L65A 4E3UA 2Y8PA 4I7TA 1P3NA 1C6BA 1C62A 2F30A 160LA 1IR7A 159LA 4LYOA 4OOOA 1QTHA 2D4IA 2DQHY 5L9JA 1L71A 2ZQ3A 2MEAA 3AZ7A 1QTVA 5KKIA 4Z98A 4X3BA 5I14A 153LA 146LA 4YF2A 1LSCA 214LA 3WULA 4NFVA 1LHLA 3C81A 1IOQA 3WW5A 187LA 1LZ4A 1L61A 5D5FA 3SB7A 4J7VA 2XQOA 4NG1A 2ZIJA 5LAGA 4N1CC 184LA 2HUKA 1C6DA 5KXRA 1NDGC 2Z38A 1L77A 2F4AA 140LA 1JISA 2EPEA 5LZMA 3HH5A 5KXSA 3C8RA 1LZ1A 1LYJA 1LSDA 4ARMA 227LA 1GFHA 1C7PA 3JR6A 2BQCA 5E9RA 5K7OA 2ZYPA 3WPJA 2NWDX 5C6LA 209LA 1OUGA 1B7OA 1QUTA 5KKJA 3G3WA 3ZEKA 1ZMYL 1UICA 1T8FA 4ZIXA 3OE6A 1GB9A 245LA 1EQ5A 5DN5A 4M4OA 1JSEA 4B49A 2B70A 2DQGY 3T6UA 2ZQ4A 2G4PA 3GUMA 3A67Y 1IIZA 3FA0A 2MEFA 5HQ1A 246LA 4NGOA 1QDTA 4WM3A 3FI7A 1WVVA 1TLAA 1IC5Y 4H9HA 1PQIA 3WMKA 4G4CA 1LW9A 1C6NA 1BWHA 2Q9EA 2RH1A 3SB6A 1GF3A 1LPIA 4RW2A 4ARJA 5KXMA 3TMWA 2XBSA 1LSPA 3HH6A 1INUA 1UUZC 4OO9A 1OUIA 5LIOA 2B5ZA 1DYEA 1QUOA 4LZMA 5HMVA 1C6EA 5KXYA 4PPOA 1LOZA 4B4JA 2DQFC 2YVBA 1SQ2L 3NYAA 1L89A 1CU6A 1XJUA 4ARQA 1DPXA 1P64A 4XENA 4DT3A 176LA 4HP0A 1IC7Y 4BS7A 3P65A 3W6DA 2PC2A 1LSGA 3GXKA 1GHLA 1BWIA 1BWJA 4EPFA 5E4PA 1ALCA 1UIBA 2HEEA 3CDQA 4HSFA 1GFVA 5HMJA 1L59A 4XJHA 4OWEA 1A4VA 4UWUA 1H6MA 186LA 4HPEA 4W53A 3L64A 1JTTL 2H9JA 2RBNA 1LYEA 1LSFA 4ZEEA 1GXV2 1NQIA 3WVYA 1L23A 1IP4A 3IJVA 1GBXA 2ZNWY 1GF0A 1HC0A 1TCYA 4ETDA 1G07A 1GFEA 4QY9A 177LA 1GEZA 4LT3A 3C8QA 1C10A 4XYYA 4PRQA 4HJVA 1DYCA 6LYTA 1JJ0A 1GB8A 233LA 4O34A 3P4ZA 1FDLY 4ARQB 1L98A 1LJFA 2HEFA 5IDDA 3TXGA 3HU8A 1C68A 1ZWNA 145LA 3AYQA 4GBRB 5M1YA 1KS3A 5LYZA 2WARA 1LGWA 4NIJA 4CJ2A 4AXTA 1L28A 2XBRA 5APCA 4I7RA 1LJIA 1HERA 4N8ZA 1L63A 2OU9A 2RBPA 4OW1A 5EBHA 4TSBA 239LA 222LA 3SB8A 1LHIA 2FYCA 3TXFA 4HTQA 102LA 5KXLA 1HEPA 4N0JA 8LYZA 1LZDA 1MELL 122LA 4XJBA 4NWHA 4WLXA 1DI4A 2YBNA 128LA 3A6BY 1YANA 1BB3A 1GE4A 2Q0MX 1LZ5A 1LHKA 3A96A 4WM1A 1T6HA 3HTBA 4GLAA 1SX7A 4CFPA 200LA 1LHMA 5L3HA 4ETCA 1IP7A 1CU2A 5F14A 113LA 3W6EA 2BPUA 4ZPUA 7LZMA 4DD7A 1ZV5L 1IVMA 182LA 1P46A 4LYCA 1LZYA 1L30A 1RJCB 1V7SA 4DDBA 1IWTA 3HH4A 1RFPA 2L78A 1LMAA 1UIFA 252LA 1B5VA 1L11A 3A8ZA 1LZ9A 1B7RA 1KW5A 1T8AA 2BQMA 1V7TA 5HLLA 3TXEA 4I7JA 3ZVQA 9LYZA 2YBHA 3DMZA 2CWIA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3K3T A;  1OUC A;  1OYU A;  1OWZ A;  1L74 A;  1DPW A;  4NHI A;  1DXJ A;  4W51 A;  1L67 A;  199L A;  3TMV A;  1LMP A;  5L3I A;  3KAM A;  1L81 A;  3A6C Y;  4IAS A;  1JWR A;  1OUF A;  1OUE A;  1GFK A;  1L84 A;  1W6Z A;  109L A;  3AB6 A;  4EOF A;  3W6F A;  134L A;  1QS9 A;  3HT6 A;  1TAY A;  168L A;  4DD2 A;  4H8Y A;  1QTK A;  4ANR A;  1C6J A;  2B73 A;  1GFG A;  1D0K A;  1L93 A;  2MEC A;  3A91 A;  1XFP L;  1L95 A;  4LT2 A;  3GUO A;  1LSB A;  1G0Q A;  3N9A A;  2RB1 X;  1QSA A;  2BAA A;  4YOP A;  201L A;  2D91 A;  1L79 A;  3CSZ A;  1TBY A;  4L41 A;  3N9E A;  4GLV A;  1L07 A;  3A95 A;  1VAT A;  1IP5 A;  1L03 A;  4DC4 A;  5F9U A;  1C46 A;  217L A;  3C82 A;  1L97 A;  1LJJ A;  4I7N A;  4W54 A;  4WO9 A;  4N9R A;  4NSH A;  4PRU A;  4NGL A;  5I5Q A;  4OWH A;  144L A;  4LFP A;  1L17 A;  4EKP A;  3D9A C;  4B4I A;  4DYG A;  2YSS C;  3K2R A;  1DYF A;  5KXT A;  4YEN A;  2W1Y A;  3IJU A;  3DN2 A;  2MED A;  5B1G A;  1DYG A;  2OTY X;  2LYZ A;  1HFY A;  1L72 A;  2Z2F A;  2RBO A;  4DQ7 A;  1L19 A;  4I7S A;  4YXA C; 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