1L84A

A cavity-containing mutant of t4 lysozyme is stabilized by buried benzene
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAAINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTARTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title A cavity-containing mutant of T4 lysozyme is stabilized by buried benzene.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 60
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1992-01-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l84A00
166LA 243LA 1QTVA 189LA 182LA 1L67A 1G0JA 1L55A 2Z6BA 1QUDA 2RB0X 1L45A 1L30A 4ARQB 4W52A 1KW5A 2IGCA 1LYIA 2B74A 3G3WA 2RBNA 1LGXA 219LA 3GUJA 1LYEA 1L57A 131LA 1G0LA 1L49A 1CU6A 1SX7A 1OVHA 2B6YA 1L27A 2LZMA 4EKPA 1PQMA 198LA 1ZWNA 2RAZX 159LA 7LZMA 1QUGA 220LA 1C63A 197LA 1CV1A 3GUPA 4IAPA 1WTHA 167LA 3GUMA 225LA 1LPYA 1G1WA 185LA 261LA 4I7OA 163LA 3D4SA 1C6IA 1L71A 3HTFA 1L98A 1JTMA 3HT7A 1LI3A 201LA 113LA 144LA 1L15A 257LA 196LA 1L70A 4EXMA 1L13A 1LI2A 2RB2X 2OEAX 1QTCA 4DJHA 1L19A 249LA 232LA 2O4WA 1L18A 2OU8A 4PJZA 1L33A 2Q9EA 2B6WA 1C6TA 3OE9A 1OV5A 1D2YA 1G0KA 192LA 1KY1A 3G3VA 3F9LA 1L66A 191LA 214LA 173LA 4ARLA 227LA 244LA 235LA 1L50A 3PBLA 239LA 1C6BA 128LA 2OE7X 1P2LA 2OE9X 1L85A 2B73A 1L37A 1TLAA 1G0PA 3L64A 238LA 1L99A 215LA 4GBRB 126LA 152LA 2B6ZA 1CU2A 3GUOA 3OE6A 1ZURA 190LA 1DYDA 3HT8A 1L53A 251LA 1OV7A 1C6DA 1G07A 1C6GA 1QTHA 2A4TA 140LA 250LA 217LA 1L48A 242LA 1DYFA 1QS9A 1QT7A 1JTNA 3LZMA 3UONA 3VW7A 119LA 1DYBA 1T8GA 3V2YA 4EJ4A 1P7SA 112LA 3DMVA 1L17A 1SWYA 178LA 1T6HA 1C64A 1C6MA 1QT5A 1QUOA 1QT4A 1PQJA 3FA0A 1L06A 240LA 2B75A 3DMXA 1CTWA 142LA 1L77A 2HUMA 253LA 1P6YA 1LLHA 3HH5A 187LA 3HU9A 1L86A 1D3FA 4DAJA 3C8RA 1L31A 3SBBC 3L2XA 1L28A 2RBSA 1PQDA 212LA 2B72A 3OE8A 1G0QA 1L44A 127LA 1L23A 157LA 3HTDA 3DN2A 1L09A 4LDEA 3C81A 1C68A 104LA 151LA 2F2QA 3NY8A 3CDTA 1L91A 3C80A 1P64A 3DMZA 2RBQA 231LA 1QUHA 1SX2A 4I7SA 188LA 1OWYA 1XJUA 1L43A 1C67A 1B6IA 1PQIA 3HUQA 3QAKA 206LA 3HT9A 139LA 1P2RA 1KS3A 3C7ZA 4YX7C 1L14A 2OU0X 1C6KA 165LA 1L69A 1PQKA 4LDLA 1EPYA 145LA 4I7MA 108LA 1CVKA 1CX6A 2RBOA 4PK0A 5I14A 111LA 2ANVA 226LA 138LA 3ODUA 1QSQA 1L39A 4GRVA 1D3MA 1CV6A 1C6PA 3SBAA 1JQUA 4YXCA 1L34A 4S0WA 158LA 1CV3A 1P36A 258LA 1C6CA 1L80A 172LA 1LW9A 103LA 2HUKA 4YXAC 1L47A 205LA 1C6JA 2RAYX 3RZEA 125LA 200LA 1L84A 230LA 3CDOA 1L10A 1G06A 1L79A 1L42A 155LA 260LA 2RH1A 3K2RA 162LA 3HU8A 1QT3A 1C6QA 3HT6A 180LA 216LA 4W54A 3SB9A 1L64A 1L94A 118LA 3EMLA 161LA 1L11A 1C65A 1OYUA 1P56A 4W56A 256LA 1G0GA 1LWGA 1L90A 254LA 1QT6A 2OTZX 3DN6A 1L38A 4E97A 1LYGA 4ARJA 1L62A 1C62A 1L25A 2QARC 1L81A 1NHBA 1C6FA 2NTGA 3FADA 222LA 4LZMA 1LWKA 246LA 1KY0A 1DYCA 141LA 1OVKA 1L03A 1D9WA 1CV5A 1L83A 1KW7A 1L20A 1L54A 1SSYA 3CDVA 3PDSA 3OE0A 183LA 1C61A 4W51A 1L87A 1D2WA 1C6NA 3JR6A 1L82A 1OVJA 3HTBA 3HUAA 4ARQA 4W59A 229LA 150LA 156LA 181LA 259LA 4W53A 3HH4A 228LA 4AQNA 223LA 3DNAA 169LA 1L61A 2F32A 3HH6A 4I7PA 1QTBA 1C6HA 1ZYTA 1LGUA 1C69A 177LA 3CDQA 1SWZA 1CU3A 1L08A 122LA 4EKRA 1OWZA 2NTHA 4I7TA 3V2WA 1L75A 3NY9A 199LA 1L21A 115LA 123LA 1CX7A 3GUKA 4K5YA 1T97A 2B7XA 1CU0A 4ARPA 1L12A 1C6LA 1L58A 1LYFA 1D3JA 1L73A 1L63A 221LA 218LA 2F47A 4DKLA 170LA 1C60A 149LA 102LA 3GULA 1L16A 4LDOA 4ARMB 1QS5A 3NYAA 1L96A 4EPIA 1L02A 2RB1X 4I7LA 2B6TA 1QTZA 3G3XA 1L36A 1T8FA 3DN3A 1QSBA 164LA 3HTGA 1CV0A 2CUUA 3SB6A 1D3NA 3C8SA 1QT8A 1L88A 1LI6A 160LA 2B70A 147LA 1L35A 1XEPA 175LA 129LA 224LA 3C7WA 3C82A 1L29A 1L00A 143LA 1L65A 1L56A 247LA 2LC9A 171LA 1C66A 146LA 1L46A 3FI5A 114LA 3SB7A 1LYJA 3HWLA 1L26A 233LA 4W57A 1L72A 1CU5A 1L05A 1K28A 237LA 252LA 1CV4A 1QTDA 209LA 1L52A 3GUNA 3GUIA 1L04A 1C6EA 234LA 1L40A 1G1VA 1LGWA 3SB8A 107LA 1L24A 1LYDA 1L0JA 3CDRA 1L51A 1L68A 168LA 1L92A 4I7RA 4EPFA 248LA 137LA 3F8VA 1L0KA 2RBPA 3C8QA 4ZPUA 1KNIA 3DKEX 3DN0A 1I6SA 241LA 3DN8A 1L32A 3RUNA 1L89A 1L74A 1L95A 2O79A 3SN6R 1P3NA 3DN4A 1L01A 110LA 1SSWA 1T8AA 2OU9A 2RBRA 4W58A 2O7AA 148LE 3DN1A 1L97A 2ANXA 1DYEA 1L59A 5LZMA 2HULA 213LA 186LA 1P46A 262LA 245LA 1G0MA 210LA 3C7YA 1P37A 3C83A 2Q9DA 1DYAA 4OO9A 4EKSA 120LA 130LA 1L22A 1L41A 211LA 1CUPA 1L07A 4I7KA 3HDEA 4I7NA 1CUQA 1PQOA 1LYHA 2QB0B 1P5CA 1L93A 4W55A 1L76A 174LA 2L78A 2LCBA 1C6AA 255LA 236LA 3HDFA 3HUKA 4I7JA 3SB5A 4I7QA 3HH3A 184LA 2B6XA 176LA 1DYGA 1XJTA 2OE4X 4ARMA 195LA 2OTYX 109LA 1L60A 6LZMA 4EKQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
182LA 1L67A 1JKAA 2IGCA 1LSAA 1LYIA 2RBNA 1LJNA 5DL9A 2H9JA 3LYOA 3GUJA 1LYEA 1LSPA 131LA 1G0LA 3K3TA 5APDA 1CU6A 5K7OA 4J7VA 3LHMA 4WL6A 1XEIA 2B5ZA 3CSZA 1LSFA 4DD1A 6LYTA 1GFGA 4ZIXA 197LA 1KXXA 2LZ2A 1REZA 3TXFA 1LZ6A 1HEQA 1G1WA 4I7OA 4ETCA 1JTMA 201LA 113LA 1L15A 3RU5A 4EXMA 1GFJA 1L19A 2O4WA 2OU8A 4HTQA 2Q9EA 2B6WA 208LA 1BB6A 2F2NA 1LZGA 1LSDA 1FLYA 4U3XB 5F16A 1OV5A 1IO5A 3F9LA 3FE0A 4DYGA 1BB7A 173LA 1A4VA 1JSEA 1BGIA 4DD2A 235LA 4H9FA 1C6BA 3A34A 2OE9X 1L37A 2MEDA 1G0PA 4IATA 1YL0X 1B7SA 2MECA 3M3UA 1L99A 1HELA 1CU2A 3GUOA 3IJUA 190LA 1L53A 2BQHA 3AGIA 251LA 1C6DA 1LZ4A 1G07A 1CKFA 5KXZA 1QTHA 250LA 4FJRA 1UBZA 217LA 1YIKA 1GFRA 1VEDA 4PRUA 2HU1A 4KT3A 4MSTA 5F14A 1INUA 1P7SA 3DMVA 1Z55A 1FLUA 1C6MA 3RZ4A 4NFVA 2MEFA 1PQJA 2BQBA 1L06A 240LA 1IP6A 5KXYA 4YF2A 253LA 4DAJA 2LHMA 1HSWA 3SBBC 1GEZA 3IWRA 1L28A 2RBSA 1L44A 1GFKA 1L23A 4PGJB 3HTDA 3DN2A 4N1EI 4LDEA 3W6EA 2ZIKA 1P64A 1UACY 2HEAA 1GAYA 4GLAA 3C7ZA 2OU0X 1CKCA 5HNLA 1JKCA 4H8YA 1ZVYB 3W6BA 145LA 108LA 1OQMA 2RBOA 4XJFA 5AMYA 1SLYA 4IJ4A 153LA 1B9OA 1IC4Y 138LA 4B4EA 1B5YA 4OOOA 2FBBA 4LT3A 1C45A 7LYZA 1JSFA 1OUFA 2ZNWY 1C46A 1HMKA 4H94A 4NGOA 1LZNA 3RT5X 1RE2A 4WL7A 2N5ZA 2ZWBA 3CDOA 5KXNA 1BWHA 162LA 1LZAA 1QT3A 2YBJA 1UICA 1GDWA 1IWUA 4BADA 5KXOA 1C65A 1P56A 1LWGA 1L90A 254LA 2VB1A 2RSCA 1TAYA 1LOZA 4G4HA 2YBLA 1JJ3A 1YQVY 2QARC 1IOSA 1C6FA 2NTGA 3FADA 1QSWA 3BKHA 4M6DA 1EQ4A 5I4XA 246LA 3WU7A 1D9UA 1L20A 3CDVA 4OWBA 1LMOA 3OE0A 4H9EA 2MEHA 3G3BB 135LA 1LYYA 1LHKA 1LHLA 229LA 150LA 1OUBA 4WM5A 4QEQA 2XTHA 1FLWA 3T6UA 4DQ7A 169LA 3A6CY 1NBZC 3AGHA 1L61A 5F9XA 4XENA 1LGUA 5B1GA 1JHLA 3LYTA 5T3FA 5LAGA 2NTHA 5APEA 4B4JA 4I7TA 3NY9A 207LA 3OJPA 4E3UA 1L21A 4BS7A 1LSGA 115LA 2DBTA 5I5QA 4N0JA 1HF4A 1L12A 1I56A 221LA 1IWVA 2F47A 4DKLA 2BQAA 1C60A 4XYYA 1GWDA 4R0FA 3NYAA 2ZNXY 5I4YA 4I7LA 1DI3A 4OWEA 3G3XA 3B72A 1QSBA 3TXEA 1IOQA 3SB6A 5KXWA 4NEBA 3C8SA 1L88A 1B5ZA 4HTKA 1L35A 1XEPA 4H9AA 3TXGA 224LA 5APCA 5FELA 1L65A 1OUDA 1B7NA 1O23A 4LT0A 1VFBC 3HWLA 3AYQA 1L72A 1L05A 209LA 4GCBA 3GUIA 1XGQC 1G1VA 3SB8A 2XBSA 2Z38A 1L24A 1OUEA 4RW2A 3CDRA 1L68A 168LA 1L92A 1GFHA 137LA 2W1XA 1LJ4A 4XN6A 1LPIA 1G7LC 3C8QA 3DN8A 1L32A 4ML7A 3WUAA 1IR7A 4HSFA 1P3NA 3HBDA 3DN4A 2OU9A 1HFXA 2RBRA 2Q0MX 2O7AA 1GB7A 1LSBA 2HULA 1QDRA 262LA 1JJ0A 1LCNA 3A96A 1BWJA 2BQGA 1P37A 5LYMA 5M1YA 4B0DA 1DYAA 4EKSA 4NWHA 3AZ7A 4I7NA 1CUQA 4W96A 2CDSA 4WOAA 194LA 5FDJA 1LZYA 4NGYA 1L93A 2MEEA 174LA 4NHPA 1GBOA 5LVIA 1G7MC 1HENA 236LA 3HDFA 2X0AA 5C6IA 3SB5A 2BQKA 1T3PA 4DD3A 4ETEA 3ZEKA 2B6XA 5KJ9A 1XJTA 1FN5A 4ARQB 2BQNA 4EKQA 5LA8A 1QTVA 1P2CC 2EIZC 1IY3A 1QUDA 1LZCA 1C43A 2B74A 5IELA 2D6BA 1VAUA 1L49A 1SX7A 1CKGA 1L27A 1DI5A 2XJWA 2LZMA 4EKPA 1ZWNA 2RAZX 3WL2A 2Z12A 3A8ZA 5KXTA 1OUAA 3WMKA 3A95A 4DQJA 3A94A 1C63A 4XJDA 3GUPA 134LA 1IP2A 167LA 3GUMA 1DPWA 1LZSA 185LA 5DLAA 261LA 5FHWA 4B4IA 1GBZA 4YEMA 1L98A 5KXKA 2DQGY 4NHQA 3CSQA 193LA 1WTMA 1B5VA 1D0KA 257LA 2MEIA 1JKDA 2CGIA 1L70A 1L13A 1IP5A 4N8ZA 1YAOA 3A90A 4DJHA 1L18A 4GN5C 3EO5A 1C6TA 1EQEA 5B07A 4XJGA 4ET8A 1D2YA 1G0KA 5LXWA 5HMJA 1L66A 5F81A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 182L A;  1L67 A;  1JKA A;  2IGC A;  1LSA A;  1LYI A;  2RBN A;  1LJN A;  5DL9 A;  2H9J A;  3LYO A;  3GUJ A;  1LYE A;  1LSP A;  131L A;  1G0L A;  3K3T A;  5APD A;  1CU6 A;  5K7O A;  4J7V A;  3LHM A;  4WL6 A;  1XEI A;  2B5Z A;  3CSZ A;  1LSF A;  4DD1 A;  6LYT A;  1GFG A;  4ZIX A;  197L A;  1KXX A;  2LZ2 A;  1REZ A;  3TXF A;  1LZ6 A;  1HEQ A;  1G1W A;  4I7O A;  4ETC A;  1JTM A;  201L A;  113L A;  1L15 A;  3RU5 A;  4EXM A;  1GFJ A;  1L19 A;  2O4W A;  2OU8 A;  4HTQ A;  2Q9E A;  2B6W A;  208L A;  1BB6 A;  2F2N A;  1LZG A;  1LSD A;  1FLY A;  4U3X B;  5F16 A;  1OV5 A;  1IO5 A;  3F9L A;  3FE0 A;  4DYG A;  1BB7 A;  173L A;  1A4V A;  1JSE A;  1BGI A;  4DD2 A;  235L A;  4H9F A;  1C6B A;  3A34 A;  2OE9 X;  1L37 A;  2MED A;  1G0P A;  4IAT A;  1YL0 X;  1B7S A;  2MEC A;  3M3U A;  1L99 A;  1HEL A;  1CU2 A;  3GUO A;  3IJU A;  190L A;  1L53 A;  2BQH A;  3AGI A;  251L A;  1C6D A;  1LZ4 A;  1G07 A;  1CKF A;  5KXZ A;  1QTH A;  250L A;  4FJR A;  1UBZ A;  217L A;  1YIK A;  1GFR A;  1VED A;  4PRU A;  2HU1 A;  4KT3 A; 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