1GFTA

Crystal structure of mutant human lysozyme substituted at the surface positions
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
KVFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWESGYNTRATNYNAGDRSTDYGIFQINSRYWCNDGKTPGAVNACHLSCSALLQDNIADAVACAKRVVRDPQGIRAWYAWRNRCQNRDVRQYVQGCGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords LYSOZYME
publication title Positive contribution of hydration structure on the surface of human lysozyme to the conformational stability.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 52
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2000-12-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1gftA00
3N9AA 1JISA 3AW7A 1HENA 1Z55A 1LTMA 4QDNA 134LA 4LYCA 3HFMY 2PC2A 1B5YA 1GWDA 4XADA 2CGIA 3N9EA 1LMAA 2W1XA 4LFPA 1I56A 1YL1X 4FJRA 4WO6A 3BKHA 4ANRA 4B49A 5M1YA 4XJDA 4OWEA 2I25L 4D9ZA 9LYZA 1BQLY 5B07A 1IR7A 1IC4Y 2HUBA 2W1MA 1LMCA 3AW6A 4O34A 5LAGA 4HTNA 4P2EA 2ZILA 3WU9A 5T3FA 4DD0A 3TXDA 3G3AB 1GFVA 1DXJA 1LHIA 4NEBA 5F16A 3FE0A 3CQLA 4WL7A 5IHGA 3WW6A 4RLMA 1LSMA 2MEDA 2BQAA 1IO5A 1XGPC 4J7VA 4NHPA 4NHTA 5KXOA 3GXKA 2D4KA 3E3DA 4R6CA 3CT5A 4OWHA 1LJNA 1NKHA 1REYA 3HBEX 2DQDY 4WM2A 1LZ4A 1DI5A 2Z38A 2YBHA 1IP6A 4H90A 3W6AA 1UIBA 2LYZA 4MR1A 1VEDA 4QGZA 1LHMA 1YKZX 3WULA 1RI8B 3TXJA 4WLXA 1GEZA 4GCEA 1UBZA 4NSIA 1HERA 4NSHA 1LZ9A 4J0LA 193LA 4CFPA 1IY4A 1D0LA 2BQGA 1LSYA 132LA 1IWZA 1LZAA 4WLTA 1OUBA 3ATOA 4DDCA 1LZ6A 2XTHA 1B5ZA 2HEDA 4WM6A 1C08C 3A92A 5D5CA 5AMYA 5I5QA 1IWVA 5KXLA 1GFUA 1RCMA 1FKQA 8LYZA 4HTQA 3EBAB 1QUTA 1MELL 1UCOA 3A67Y 1YKYX 1LCNA 2D6BA 1BHZA 1OUDA 3W3EA 1GFHA 5APFA 6LYTA 4I0CA 4HTKA 1B0DA 2DQHY 4YEMA 1JTTL 1DPXA 1CKFA 2MEEA 5KXNA 3WPLA 5HQ1A 4M4OA 1C43A 1WQPA 1BB5A 1KXWA 4XJBA 1OQMA 3A34A 3A3RX 1GF0A 1YAOA 5B1GA 133LA 1B5WA 1GF7A 4NGJA 4OWAA 1OUJA 1LSEA 1LZNA 3IWRA 5B59A 1ZV5L 3P4ZA 1GPQC 4HJVA 4WM3A 1B7MA 7LYZA 1OUIA 5FSTA 3N9CA 1UIDA 2HEBA 1CJ7A 5A3EA 2W1LA 3IJUA 1LSBA 1B7PA 4WLDA 1GAYA 1UUZC 2EKSC 4UWUA 3J6KA 5HNLA 3WL2A 2HU1A 4H9CA 3OK0A 1QTKA 1LJKA 1JIYA 1YKXX 5FHWA 3A90A 4ZIXA 1HELA 2D4IA 1WVVA 1LZBA 1GBOA 5KXYA 4MCKA 4XYYA 3P66A 1JJ1A 1XFPL 2BQOA 4DD1A 1G7HC 5KXSA 1ZVHL 1GEVA 2DQGY 5KXRA 1GB0A 5ILCA 4RW1A 1LMNA 4XJFA 4LGKA 1LSFA 1QUSA 1GE3A 4HV1A 4NGKA 3W6CA 4II8A 1FN5A 4NHQA 4G4CA 4TWSA 4DYGA 1GAZA 2ZIJA 1DZBX 4NWEA 1CJ8A 3TXIA 4H8YA 5LA8A 4DWXA 1BWJA 1F10A 1MLCE 3WVXA 2G4PA 2LYOA 208LA 2Z37A 1LYSA 4WM4A 1LHLA 1BB4A 4RDSA 4X3BA 4WO9A 1XGQC 4ZEEA 1AM7A 5I53A 1GBZA 1NDGC 5LA5A 2YBJA 2GV0A 135LA 3J4GA 1WQMA 4LT1A 1GF6A 3A93A 1QSAA 1DI4A 4H8ZA 1IY3A 4XENA 1GB7A 1UIAA 1UACY 3A96A 1IP5A 1GB3A 2D4JA 4OWCA 3A91A 4LYTA 1W08A 5KXPA 2BAAA 1LJFA 2BQNA 154LA 5LINA 1PZYA 1XGTC 1YAQA 2H9JA 1B5UA 3WUMA 4YEOA 1GBYA 2BQKA 3IJVA 4H91A 3A6BY 1HMKA 1HEWA 1CKHA 3A94A 5DN5A 4A7DA 4WM5A 1DKKA 1HNLA 3EO5A 4BAPA 1VDQA 1UICA 2BLYA 2HEAA 3B6LA 4TX7A 4HJZA 4NGIA 3OJPA 4NIJA 6LYZA 4PRUA 1LYYA 4NSGA 4PGJB 4QY9A 1F6SA 1LJ3A 4DT3A 2G4QA 207LA 3WMKA 1IP7A 1V7SA 1QQYA 3QY4A 4QEQA 3TXBA 4B1AA 4KXIA 1HEQA 2HU3A 2ZNXY 1IWUA 4LYBA 4ML7A 4N1EI 1LJIA 2F2NA 1XGUC 4N1CC 1CNSA 1D9UA 4H8XA 4NGWA 3QE8A 1B7RA 3CSZA 4H1PA 2CJLA 1IWYA 3M18B 1BB6A 1HFXA 4G9SA 5DLAA 4B4EA 1D0MA 2BQJA 1YQVY 1UIHA 1WTNA 2BQEA 1KXYA 4NGVA 4EOFA 1IWWA 1NHEA 4LZTA 1IWXA 1GFAA 1LKRA 2X0AA 1LJHA 3LHMA 2ZWBA 5HLLA 1ZMYL 1F0WA 4YOPA 1FDLY 3LZ2A 5D5FA 5B06A 1QDTA 1P2CC 1BWIA 1GF5A 3EMSA 1KIPC 4H9AA 1O23A 3WXUA 4ETCA 1LMOA 1IVMA 1YAMA 2BQMA 5HMJA 1TBYA 3RT5X 2Z2FA 5APEA 3AZ5A 1GE2A 4BADA 1LMPA 4ETAA 1GE0A 1VAUA 4GN5C 3B0KA 4LYMA 3AGGG 3WU8A 1IP4A 1FLUA 153LA 4UWVA 2EPEA 2XBSA 2DQJY 1OUGA 2EQLA 1CJ9A 1D6PA 3TMUA 1HC0A 3AZ4A 2HEFA 4WL6A 5L3HA 1T6VL 1LAAA 2FYCA 2N5ZA 4Z3MA 1B7QA 3A95A 2YVBA 1OUHA 1TCYA 2BQFA 1KIQC 3CSQA 3T6UA 4CHXA 5KXMA 1XEIA 1BWHA 3ATNA 4R0FA 5LYMA 1JKBA 4NG1A 1TAYA 4PRQA 3A8ZA 1GDXA 4OOTA 5L3IA 1IEEA 2G4NA 2XJWA 1JKCA 1DKJA 4AGAA 1VDTA 1HHLA 4HPIA 3VWOA 3WW5A 3AZ6A 1JJ0A 3LYTA 4L41A 5LVJA 2MEIA 5E4PA 3WYHA 1B7LA 4XJGA 5EBHA 4YF2A 4N0JA 5F9UA 1JKDA 4NHSA 1EQ4A 2NWDX 4LT0A 1V7TA 1AKIA 2BLXA 4U3XB 5C6IA 1XGRC 4BAFA 2HEEA 1ZVYB 1RE2A 1GHLA 1GFRA 2YDGA 1B5VA 3LN2A 4LT3A 3TXHA 3W6BA 4UWNA 3RU5A 1T3PA 2YBLA 1I1ZA 4H9EA 2RSCA 3TMWA 1J1OY 4DD2A 3AZ7A 5DL9A 2FBBA 4WM1A 2FYDA 3P64A 2HTXA 4NGZA 4H93A 1IIZA 1I20A 1E8LA 2MEHA 3RW8A 3KAMA 5J7CA 1KXXA 1KIRC 1IP3A 1LSDA 5JENB 1IC7Y 4ET8A 1LZCA 3GXRA 3EXDA 4GN4A 2D91A 1YROA 5KXZA 1EQ5A 3CB7A 1BB7A 1LHKA 1H6MA 2ZQ4A 2CDSA 1GFTA 1JTPL 3TXKA 5K7OA 1LZ8A 4IJ4A 1BVKC 1LZRA 5HMVA 4GCBA 1FLQA 1HMLA 3CT0A 5IELA 4LYZA 3LYOA 1IP2A 1FLYA 3AYQA 1XEKA 2Z39A 3MGWA 1BB3A 2ZYPA 2DQEY 4TTDA 4GLAA 5A3ZA 4G4BA 1WVUA 2MEGA 4HP0A 4ETDA 4J1AA 1LSAA 1RFPA 3TMVA 1HEPA 4J1BA 4W96A 4WG7A 5LVHA 5IDDA 3HBHA 1OUCA 5LVKA 1LZSA 1LZTA 4ETBA 1IWTA 2WARA 4PHIA 4WLYA 5HNCA 4RLNA 5E9RA 1AT5A 1JSFA 2DQAA 1IOSA 3AJNA 2MEFA 3M3UA 2Y8PA 2ZIKA 2XBRA 5DM9A 2BQCA 5I4YA 3RZ4A 2YBIA 1GE4A 5FDJA 1GB8A 5ILFA 3LYMA 1DQJC 3D9AC 2LZ2A 4XJIA 2BQBA 3D3DA 3ZVQA 4B0DA 1YAPA 1H87A 1GBWA 3WVYA 5KY1A 5KKJA 4KT3A 1WQRA 3T36A 5KXTA 3ZVQB 2VB1A 1JKAA 4W94A 3G3BB 4TUNA 4CJ2A 1B7NA 1N4FA 5DN4A 1GDWA 1W6ZA 4LFXA 3P68A 3CSRA 1LSPA 1GD6A 4NGYA 3F6ZA 5F14A 4GCFA 1B2KA 1D0KA 4NGOA 4PPOA 1HEMA 4C5FA 2DKVA 1GB5A 4HPEA 2F4AA 3ZEKA 1HFYA 1EL1A 4YM8A 5I4XA 2Z19A 4WG1A 4WOAA 5I54A 5LXWA 1CKGA 3ULRA 2Q0MX 1GFEA 1LKSA 3BKVA 3QNGA 4KPMA 1GFGA 4NSJA 1VATA 1HSWA 1GF9A 3HBDA 4B4IA 1LMTA 1RJCB 2BQIA 4NY5A 1OUAA 1J1PY 5LIOA 5KJ9A 1B7OA 4E3UA 2BPUA 1A2YC 1UIEA 1GB9A 2CWIA 3TXFA 4EMNA 1GFKA 2LZTA 4HJYA 1CKDA 3WH1A 5LYTA 4DDAA 1NBYC 2MECA 3WU7A 4ZFPA 4H92A 1BVXA 1LYOA 5KKIA 4RW2A 1OUFA 1NWGA 1IOQA 2ZYCA 4XJHA 4H9BA 4AXTA 3K3TA 1A4VA 194LA 1IOCA 2H9KA 1GE1A 4GN3A 2DQFC 5I4WA 4Z98A 1GB6A 2F30A 4DD7A 1NBZC 3TXEA 3AB6A 2YBMA 1HEOA 1HF4A 2W1YA 1YANA 1REZA 2A7FA 2FBDA 4NHIA 2IFFY 4TSBA 5II3A 2F4GA 4GCCA 4NWHA 5KXXA 5LVGA 1GB2A 1LYZA 1QTEA 4IASA 1HFZA 2BQLA 2BQDA 1JEFA 1LZEA 4H9IA 2DBTA 2I6ZA 1LJJA 1AZFA 1G7MC 1IOTA 1OP9B 1WTMA 4H9FA 4N5RA 2AUBA 1NF5A 1ALCA 5FELA 4YENA 1LZGA 5L9JA 1C45A 1F6RA 1WQQA 1IR8A 3W6EA 5KXWA 1LZYA 1J1XY 1REMA 3WUAA 1DPWA 1GF4A 1YILA 1JTOL 1GF8A 1LJEA 4ET9A 1D6QA 3WPKA 1LSCA 1VFBC 4B4JA 3A6CY 1JWRA 4GLVA 1WQOA 1GF3A 1LZ1A 4DD9A 1JHLA 1DI3A 2Z12A 4KL7A 1JPOA 1B5XA 1G7JC 1LHHA 1GFJA 1JITA 4Z46A 1UIGA 1LZDA 1GBSA 1SQ2L 2H5ZA 1CJ6A 5LYZA 4LYOA 4GCDA 1UC0A 3AGIA 3FI7A 4G49A 1INUA 1IC5Y 1JSEA 1C7PA 4WMGA 3CT1A 5C6LA 2Z2EA 3TMXA 5APCA 4BS7A 2C8PA 3SP3A 1XEJA 3W6FA 4DD3A 1XSFA 4DDBA 1C46A 4PJ2C 2DQIY 1QIOA 1LOZA 1NQIA 5B1FA 5KXKA 5LVIA 4H94A 4I8SA 4TSCA 1C10A 1REXA 4NGLA 1JJ3A 4IATA 4C3WA 4DC4A 1FKVA 1UA6Y 4CGEA 1TDYA 4LT2A 1IX0A 1G7LC 1IP1A 3WXTA 4ETEA 1HSXA 2I26L 2BQHA 2LYMA 1G7IC 1FLWA 2HECA 2A7DA 1NMMA 1LJGA 2YSSC 3B72A 2C8OA 4FDYA 5F9XA 5FEKA 1JUGA 1YL0X 1VDSA 3W6DA 1GXV2 1LMQA 1LJ4A 1NDMC 1QDRA 4Z41A 5C6JA 1PS5A 1SLYA 1LSNA 4G4HA 4MSTA 3LZTA 5B05A 1YIKA 4OWBA 1FBIX 4N8ZA 1QSWA 4NG8A 3A3QA 3WUNA 1GXXA 5LAFA 1CKCA 2DQCY 1EQEA 4XN6A 4CFOA 1BGIA 2MEBA 4OW1A 5FCPA 1VDPA 1LSGA 2LHMA 3LYZA 1B7SA 3TXGA 1B9OA 3B0OA 5APDA 2IHLA 2YBNA 3P65A 4OOOA 1OUEA 4NFVA 3RNXA 1AT6A 1LPIA 1TEWA 2B5ZA 5F81A 4H9HA 2ZNWY 1IR9A 4HSFA 1IORA 1GBXA 1LZ5A 1UIFA 4M6DA 2MEAA 2ZQ3A 4HV2A 2Z18A 1LSZA 1WQNA 4N9RA 3WPJA 2EIZC 1LHJA 3AGHA 3B0IA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1HENA 1LTMA 2RAZX 4DKLA 1B5YA 1GWDA 2CGIA 1LMAA 1YL1X 5M1YA 4FJRA 2Z6BA 110LA 4D9ZA 2B6ZA 1IR7A 1CVKA 2W1MA 3AW6A 4P2EA 1TLAA 3WU9A 4DD0A 1P2LA 4EJ4A 1DXJA 1L94A 5IHGA 1LSMA 4NHPA 2D4KA 2B73A 3E3DA 4W52A 4OWHA 1NKHA 2DQDY 4WM2A 1LZ4A 1KW5A 3C7YA 2LYZA 1LHMA 1RI8B 4WLXA 152LA 1HERA 1LZ9A 4W55A 4LDOA 132LA 1L86A 4DDCA 2XTHA 5D5CA 1C08C 1IWVA 151LA 126LA 3HUKA 1UCOA 2D6BA 3EMLA 4IAPA 4I0CA 137LA 4HTKA 1XEPA 1CKFA 2HULA 1KXWA 1C68A 1WTHA 1L65A 3HTFA 3SB7A 5B59A 3P4ZA 1LI2A 1GPQC 1L71A 4HJVA 1B7MA 2F47A 1OUIA 3N9CA 187LA 1GAYA 1L01A 3PDSA 2EKSC 222LA 3J6KA 228LA 1L48A 1D2WA 1YKXX 1L19A 2D4IA 5KXYA 1LZBA 1GBOA 1DYBA 2BQOA 3V2WA 1G7HC 2B74A 1ZVHL 1JTNA 1LGWA 4RW1A 4I7SA 4NGKA 1GE3A 3W6CA 115LA 2ZIJA 231LA 1F10A 3WVXA 4X3BA 1BB4A 4RDSA 4WO9A 1AM7A 4EPIA 5LA5A 1L29A 131LA 1WQMA 1CV5A 1C63A 3A96A 1GB3A 2D4JA 3DN0A 1DYGA 1L58A 2BAAA 3HUQA 154LA 5LINA 1YAQA 1L53A 1B5UA 256LA 4H91A 3A6BY 5DN5A 4A7DA 4BAPA 2HEAA 3B6LA 180LA 1G0MA 4PGJB 1L47A 2G4QA 3TXBA 3QY4A 4KXIA 2ZNXY 1IWUA 1L26A 1LJIA 1D9UA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3N9A A;  1JIS A;  3AW7 A;  1HEN A;  1Z55 A;  1LTM A;  4QDN A;  134L A;  4LYC A;  3HFM Y;  2PC2 A;  1B5Y A;  1GWD A;  4XAD A;  2CGI A;  3N9E A;  1LMA A;  2W1X A;  4LFP A;  1I56 A;  1YL1 X;  4FJR A;  4WO6 A;  3BKH A;  4ANR A;  4B49 A;  5M1Y A;  4XJD A;  4OWE A;  2I25 L;  4D9Z A;  9LYZ A;  1BQL Y;  5B07 A;  1IR7 A;  1IC4 Y;  2HUB A;  2W1M A;  1LMC A;  3AW6 A;  4O34 A;  5LAG A;  4HTN A;  4P2E A;  2ZIL A;  3WU9 A;  5T3F A;  4DD0 A;  3TXD A;  3G3A B;  1GFV A;  1DXJ A;  1LHI A;  4NEB A;  5F16 A;  3FE0 A;  3CQL A;  4WL7 A;  5IHG A;  3WW6 A;  4RLM A;  1LSM A;  2MED A;  2BQA A;  1IO5 A;  1XGP C;  4J7V A;  4NHP A;  4NHT A;  5KXO A;  3GXK A;  2D4K A;  3E3D A;  4R6C A;  3CT5 A;  4OWH A;  1LJN A;  1NKH A;  1REY A;  3HBE X;  2DQD Y;  4WM2 A;  1LZ4 A;  1DI5 A;  2Z38 A;  2YBH A;  1IP6 A;  4H90 A;  3W6A A;  1UIB A;  2LYZ A;  4MR1 A;  1VED A;  4QGZ A;  1LHM A;  1YKZ X;  3WUL A;  1RI8 B;  3TXJ A;  4WLX A;  1GEZ A;  4GCE A;  1UBZ A;  4NSI A;  1HER A;  4NSH A;  1LZ9 A;  4J0L A;  193L A;  4CFP A;  1IY4 A;  1D0L A; 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 4LYO A;  4GCD A;  1UC0 A;  3AGI A;  3FI7 A;  4G49 A;  1INU A;  1IC5 Y;  1JSE A;  1C7P A;  4WMG A;  3CT1 A;  5C6L A;  2Z2E A;  3TMX A;  5APC A;  4BS7 A;  2C8P A;  3SP3 A;  1XEJ A;  3W6F A;  4DD3 A;  1XSF A;  4DDB A;  1C46 A;  4PJ2 C;  2DQI Y;  1QIO A;  1LOZ A;  1NQI A;  5B1F A;  5KXK A;  5LVI A;  4H94 A;  4I8S A;  4TSC A;  1C10 A;  1REX A;  4NGL A;  1JJ3 A;  4IAT A;  4C3W A;  4DC4 A;  1FKV A;  1UA6 Y;  4CGE A;  1TDY A;  4LT2 A;  1IX0 A;  1G7L C;  1IP1 A;  3WXT A;  4ETE A;  1HSX A;  2I26 L;  2BQH A;  2LYM A;  1G7I C;  1FLW A;  2HEC A;  2A7D A;  1NMM A;  1LJG A;  2YSS C;  3B72 A;  2C8O A;  4FDY A;  5F9X A;  5FEK A;  1JUG A;  1YL0 X;  1VDS A;  3W6D A;  1GXV 2;  1LMQ A;  1LJ4 A;  1NDM C;  1QDR A;  4Z41 A;  5C6J A;  1PS5 A;  1SLY A;  1LSN A;  4G4H A;  4MST A;  3LZT A;  5B05 A;  1YIK A;  4OWB A;  1FBI X;  4N8Z A;  1QSW A;  4NG8 A;  3A3Q A;  3WUN A;  1GXX A;  5LAF A;  1CKC A;  2DQC Y;  1EQE A;  4XN6 A;  4CFO A;  1BGI A;  2MEB A;  4OW1 A;  5FCP A;  1VDP A;  1LSG A;  2LHM A;  3LYZ A;  1B7S A;  3TXG A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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