3L64A

T4 lysozyme s44e/wt*
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKEELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
publication title Determination of alpha-helix propensity within the context of a folded protein. Sites 44 and 131 in bacteriophage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2009-12-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3l64A00
1L46A 1KS3A 1L36A 1CV1A 227LA 1P6YA 1LWGA 2OU9A 3DN6A 1L33A 237LA 2O4WA 240LA 1D3FA 158LA 3HDEA 1C6PA 183LA 3VW7A 186LA 4I7LA 1G0MA 258LA 4EPIA 1LYHA 1L15A 119LA 1CTWA 5I14A 1WTHA 1PQIA 167LA 1SSWA 3HH5A 3V2WA 159LA 1QUOA 4YXCA 1QSBA 1C6GA 1L27A 125LA 196LA 1L20A 145LA 2L78A 181LA 1L66A 3PDSA 3QAKA 216LA 1CUPA 1OYUA 3C8RA 1L07A 1C6JA 252LA 165LA 215LA 254LA 4I7KA 2Q9DA 3OE6A 3HUKA 1QTCA 1L04A 178LA 1LGXA 1LYEA 1XJTA 4EXMA 1L12A 1G0LA 168LA 233LA 3G3VA 1C6MA 2A4TA 173LA 2RB0X 1PQJA 235LA 1L0JA 3HTGA 4E97A 1JTMA 3GUIA 249LA 3DMXA 1L39A 138LA 1EPYA 1G0GA 1SWYA 262LA 3RUNA 221LA 3GULA 3CDQA 188LA 1L35A 226LA 1T6HA 1CX6A 1DYBA 257LA 2LC9A 1P2RA 236LA 213LA 120LA 1L01A 3C7WA 1L86A 143LA 3CDTA 2RBSA 3CDVA 115LA 187LA 1C6CA 4GRVA 1L82A 4W57A 3V2YA 2QB0B 3RZEA 1C66A 1CV3A 127LA 1ZWNA 1T8AA 2RBRA 113LA 1JTNA 3GUMA 3C8QA 147LA 261LA 1D3MA 2ANVA 225LA 246LA 1L24A 1L60A 3HT6A 243LA 241LA 1L73A 1C6KA 1L08A 1D2WA 3HWLA 3NY8A 1C62A 1KY1A 1SSYA 1QT4A 1L57A 2B7XA 1QT5A 4W55A 2B70A 3HDFA 1D3JA 1LGWA 112LA 2OEAX 3C82A 1L06A 239LA 4LDEA 161LA 1QTVA 1CVKA 1QS5A 3K2RA 157LA 195LA 1L19A 102LA 2OU0X 1CV0A 244LA 142LA 1L96A 1PQKA 1C6IA 4EKPA 1L56A 128LA 1L74A 1LI6A 1C69A 7LZMA 4ARLA 139LA 4I7RA 1L0KA 251LA 1L76A 1SWZA 1K28A 220LA 1OV5A 2RBOA 3D4SA 1QTDA 3GUJA 1DYGA 1KY0A 1L59A 150LA 1DYCA 1XJUA 176LA 3EMLA 1OVJA 2IGCA 108LA 234LA 1SX7A 1L02A 1L68A 1LW9A 166LA 1P2LA 4LDLA 184LA 151LA 1G0PA 2B74A 1L84A 1L94A 2OE9X 1L99A 4W59A 1L64A 3ODUA 3HH4A 1L81A 3F8VA 2O7AA 1I6SA 214LA 1L05A 3HU8A 1QUHA 1DYDA 1LI2A 3C7YA 1L38A 3L2XA 2ANXA 4W52A 1QTZA 1C6AA 3DMZA 160LA 2RB2X 1NHBA 2B6ZA 1L21A 1L69A 1L49A 4EJ4A 205LA 3G3XA 1L00A 2NTGA 1L75A 3FA0A 1L92A 1L26A 1L16A 1L90A 1L14A 212LA 1LYDA 107LA 170LA 2Z6BA 228LA 4YXAC 3HH6A 1C61A 1CU0A 1C67A 4DJHA 250LA 1C65A 256LA 1ZURA 231LA 155LA 1L52A 1OWYA 148LE 3CDRA 1DYFA 1L34A 1CV5A 4EKSA 1L83A 1L18A 1QT3A 2F32A 1LGUA 201LA 3DN1A 3PBLA 1L98A 1L43A 2HUMA 4S0WA 209LA 1B6IA 1L28A 2B6TA 238LA 163LA 1LLHA 2OU8A 1L13A 2LZMA 1L61A 3LZMA 3OE0A 152LA 1T8GA 3SB9A 4EKQA 1P7SA 1CX7A 1CV6A 3HH3A 1T8FA 1QUDA 247LA 2B75A 198LA 4AQNA 1P56A 248LA 1L23A 3HTBA 2RBQA 3SB8A 1L79A 1KNIA 109LA 1L88A 1L41A 3HU9A 1LYGA 110LA 1L97A 255LA 1CU5A 1SX2A 4I7SA 4LDOA 4W51A 1C68A 3HTDA 1QSQA 2B6YA 4LZMA 4ARQB 4ARMA 4EKRA 1DYAA 1L47A 232LA 1P3NA 3HT7A 111LA 182LA 1L42A 3L64A 1C6NA 5LZMA 3FI5A 1CUQA 1D9WA 1L29A 222LA 4DKLA 1C60A 1L17A 190LA 1CU2A 230LA 162LA 2B73A 156LA 1L53A 1LI3A 1L09A 2OE4X 3C83A 2B6WA 1L80A 1G07A 1L48A 1TLAA 177LA 2HUKA 164LA 2HULA 189LA 1L67A 3GUKA 1G1WA 1XEPA 260LA 3HTFA 1LYJA 3DMVA 3SB5A 1G1VA 1L70A 1OVHA 2RBPA 1L89A 104LA 3C80A 1QS9A 1QTBA 4I7PA 1C6TA 4ZPUA 1L63A 3HUQA 1D2YA 1PQOA 191LA 3DNAA 1OVKA 1L54A 1L71A 1LYFA 1L93A 2F47A 4EPFA 2F2QA 3DN0A 206LA 172LA 2RAZX 217LA 1G0QA 1OWZA 2B72A 4ARPA 4I7OA 1KW5A 2OTZX 4ARJA 130LA 131LA 1QUGA 1L37A 1L62A 3CDOA 1C6DA 1L65A 2LCBA 2OE7X 3SBBC 1L51A 218LA 3G3WA 3OE9A 3GUOA 129LA 192LA 2OTYX 4W56A 1C6BA 123LA 1LPYA 4I7TA 1C63A 2O79A 1G06A 1L58A 4I7NA 126LA 4IAPA 1L95A 3DKEX 144LA 1P46A 1L32A 3DN8A 3HUAA 3OE8A 2RH1A 224LA 3HT9A 2B6XA 1L55A 1P36A 229LA 1L45A 118LA 210LA 219LA 4OO9A 3C7ZA 4I7MA 1QTHA 1L40A 122LA 1KW7A 1L85A 3NY9A 6LZMA 2NTHA 3NYAA 4W53A 223LA 1P37A 175LA 259LA 1PQDA 1CU6A 3F9LA 4W58A 140LA 3HT8A 1C6FA 211LA 1L22A 180LA 114LA 1C6QA 1LWKA 2RBNA 3DN3A 1C6LA 3GUPA 4K5YA 4I7QA 4DAJA 3DN2A 1L11A 141LA 3C8SA 146LA 1L77A 197LA 1QT7A 1LYIA 1L03A 199LA 103LA 171LA 1C6EA 2RAYX 169LA 4W54A 3SB6A 137LA 1CV4A 174LA 3C81A 1L25A 200LA 4PJZA 3UONA 1G0JA 242LA 4ARQA 253LA 1JQUA 1L72A 3SBAA 1QT6A 1ZYTA 1PQMA 3GUNA 1L31A 1OV7A 3FADA 1L87A 3JR6A 3SN6R 1P64A 185LA 1C6HA 2RB1X 4I7JA 1L10A 1T97A 1CU3A 4PK0A 1L44A 1L30A 1DYEA 4ARMB 1L50A 1QT8A 245LA 2Q9EA 2CUUA 3DN4A 1G0KA 1L91A 1C64A 4GBRB 3SB7A 149LA 2QARC 4YX7C 1D3NA 1P5CA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4OOOA 1L36A 1IWYA 3EBAB 2BPUA 237LA 1HMLA 1XEIA 158LA 3LHMA 3WPJA 4I7LA 3LYOA 4DD7A 2YBNA 1L15A 2HEAA 4NGVA 2HTXA 5I14A 1WTHA 5E9RA 3W6DA 1XGRC 4NGIA 1LZ8A 1QUOA 2ZILA 3GXRA 1QSBA 1WQQA 3TXGA 5LYTA 4WLTA 2L78A 4DT3A 4NIJA 1BB3A 4N8ZA 1L07A 5FELA 2DQAA 1BB6A 1IX0A 2Q9DA 1DKJA 3OE6A 4LYMA 1XJTA 1EQ5A 233LA 4NWEA 173LA 1UA6Y 2RB0X 235LA 3HTGA 4E97A 1L39A 1OUHA 1RI8B 1SWYA 3WXUA 4GN3A 2CGIA 2N5ZA 3F6ZA 3LZTA 3A8ZA 4DD3A 5LINA 3C7WA 1D6QA 1EL1A 3CDTA 2RBSA 4GRVA 3V2YA 4HV1A 3RZEA 5LVHA 5DL9A 1CV3A 1I20A 1QTEA 5DLAA 2A7FA 261LA 4RW1A 1L60A 241LA 1GFGA 1H6MA 1LSEA 1L08A 3HWLA 2BQBA 1C62A 1GE0A 2D91A 1DI3A 5L3IA 1GDWA 2B70A 4BAFA 1IWVA 2FBBA 3A96A 3TXIA 1IP4A 161LA 4B4IA 1RFPA 1WQPA 1LJEA 4P2EA 1GFJA 102LA 2OU0X 4OWAA 4ETAA 1CV0A 3A6BY 3P66A 1B7RA 2BQFA 2IHLA 5B59A 1IEEA 1LSCA 4WLDA 1LI6A 2MEIA 4H92A 2Z2FA 1LJJA 7LZMA 3B0IA 2BQCA 1L0KA 4KPMA 4CJ2A 2Z19A 3TXJA 3HBHA 1HENA 1K28A 4DC4A 2RBOA 3D4SA 1QTDA 1DYGA 2HEFA 135LA 4DDAA 1HF4A 1XJUA 176LA 5FSTA 1BB4A 3EMLA 1LJ4A 2IGCA 3WVXA 1SX7A 1JKBA 1LW9A 5KXWA 1P2LA 1G0PA 2B74A 1VAUA 1D0KA 1L99A 5II3A 1LJIA 4HV2A 1LZ4A 1XGUC 2EKSC 4WM4A 3W6BA 1IR9A 3HH4A 5JENB 2O7AA 3CT0A 2YBLA 1GBSA 2ZNWY 1CKGA 4RLNA 3TXKA 1QTZA 3WVYA 1IC4Y 2RB2X 1L21A 2Z2EA 4EJ4A 205LA 3G3XA 1SQ2L 4YF2A 4D9ZA 1LZ9A 4ML7A 5DN4A 4Z46A 1L90A 4DDBA 107LA 1GB2A 4DJHA 1C67A 1LMCA 1VDTA 134LA 1OUAA 133LA 4HSFA 1L52A 4HTQA 1OWYA 1IWXA 3CDRA 1IOSA 3CSRA 4ANRA 1CV5A 1L18A 2A7DA 3ATNA 3DN1A 1IP3A 3PBLA 2B5ZA 1YKZX 2HUMA 3IJVA 1LSMA 5I4YA 3AZ5A 132LA 163LA 4NGYA 1QSWA 1L13A 2BQKA 3SB9A 153LA 1XEJA 1WVVA 4UWNA 1CX7A 4PGJB 1LZEA 1HELA 3HFMY 1L23A 2RBQA 3SB8A 4WM5A 1YAMA 1ZMYL 1LYGA 1HEQA 1L97A 4LDOA 4W51A 3J6KA 1BGIA 2LHMA 5IDDA 4ARQB 1L47A 4H9FA 3HT7A 4AXTA 1BHZA 182LA 4PRUA 2NWDX 1GF9A 1F6SA 3AW7A 4NSIA 5LZMA 1CUQA 4H9IA 4DD2A 2XBRA 1D9WA 1L29A 222LA 3LYTA 5KXKA 1B7NA 162LA 1O23A 4DD0A 4NHPA 3C83A 1HEMA 2OE4X 1B5VA 1G07A 5KXTA 177LA 1T6VL 164LA 4GN5C 2W1MA 1BWIA 3TMXA 2BQHA 4UWVA 1BVXA 1L89A 1QS9A 1QTBA 4I7PA 3HUQA 5E4PA 1CKFA 191LA 1L71A 1IC7Y 1IR8A 1GD6A 3DN0A 2RAZX 217LA 3CT5A 4I7OA 1KW5A 2OTZX 5HMVA 4TWSA 2EQLA 4DQ7A 1GDXA 1TEWA 2OE7X 3SBBC 1LYSA 4DWXA 4ETBA 4NGOA 1UIEA 3G3WA 1LZNA 4O34A 4W56A 1C6BA 123LA 2HEEA 1LJHA 4I7TA 1C63A 2BQEA 4NHQA 4KXIA 4I7NA 1IOQA 4HJYA 126LA 4IAPA 3ULRA 4XN6A 3WH1A 1L95A 3P4ZA 2G4NA 4ETEA 1IY4A 224LA 2B6XA 1GXXA 1L55A 1L45A 1HNLA 3AW6A 3CSZA 1QTHA 1L40A 122LA 6LZMA 2NTHA 1VDSA 4NHSA 223LA 2G4QA 2F4GA 1P37A 175LA 259LA 4LYBA 1CU6A 4CFPA 140LA 4XJDA 1LWKA 2ZIJA 3LN2A 1FKVA 5LVKA 4AGAA 5KXLA 4H94A 4DAJA 1CJ6A 1L11A 1BVKC 1NWGA 3B72A 1IC5Y 1QT7A 199LA 4FDYA 171LA 3SB6A 5F9XA 2XJWA 4WM3A 1B5ZA 3WYHA 4PJ2C 5HNLA 1GB5A 3MGWA 1L25A 1DPXA 1PS5A 2ZIKA 1G0JA 242LA 3IJUA 253LA 1JQUA 1C7PA 1L72A 5LVIA 4EOFA 4WL7A 4NFVA 1P64A 1WQRA 1LHHA 1XEKA 1OUFA 1L30A 1EQEA 4NEBA 4WM1A 2ZQ4A 1L91A 194LA 1LZCA 2DBTA 5I54A 1YL1X 1C45A 3WU9A 4YX7C 1D3NA 1P5CA 3W6AA 2MEEA 1NMMA 1LSAA 2O4WA 4DQJA 1GE1A 3HDEA 183LA 1JKDA 1KXWA 3VW7A 4WOAA 1G0MA 258LA 4EPIA 1GF0A 4OW1A 3HH5A 4IJ4A 2HEDA 1JPOA 1WQNA 125LA 196LA 1QDTA 1L20A 2W1LA 145LA 4MSTA 2GV0A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4OOO A;  1L36 A;  1IWY A;  3EBA B;  2BPU A;  237L A;  1HML A;  1XEI A;  158L A;  3LHM A;  3WPJ A;  4I7L A;  3LYO A;  4DD7 A;  2YBN A;  1L15 A;  2HEA A;  4NGV A;  2HTX A;  5I14 A;  1WTH A;  5E9R A;  3W6D A;  1XGR C;  4NGI A;  1LZ8 A;  1QUO A;  2ZIL A;  3GXR A;  1QSB A;  1WQQ A;  3TXG A;  5LYT A;  4WLT A;  2L78 A;  4DT3 A;  4NIJ A;  1BB3 A;  4N8Z A;  1L07 A;  5FEL A;  2DQA A;  1BB6 A;  1IX0 A;  2Q9D A;  1DKJ A;  3OE6 A;  4LYM A;  1XJT A;  1EQ5 A;  233L A;  4NWE A;  173L A;  1UA6 Y;  2RB0 X;  235L A;  3HTG A;  4E97 A;  1L39 A;  1OUH A;  1RI8 B;  1SWY A;  3WXU A;  4GN3 A;  2CGI A;  2N5Z A;  3F6Z A;  3LZT A;  3A8Z A;  4DD3 A;  5LIN A;  3C7W A;  1D6Q A;  1EL1 A;  3CDT A;  2RBS A;  4GRV A;  3V2Y A;  4HV1 A;  3RZE A;  5LVH A;  5DL9 A;  1CV3 A;  1I20 A;  1QTE A;  5DLA A;  2A7F A;  261L A;  4RW1 A;  1L60 A;  241L A;  1GFG A;  1H6M A;  1LSE A;  1L08 A;  3HWL A;  2BQB A;  1C62 A;  1GE0 A;  2D91 A;  1DI3 A;  5L3I A;  1GDW A;  2B70 A;  4BAF A;  1IWV A;  2FBB A;  3A96 A;  3TXI A;  1IP4 A;  161L A;  4B4I A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
 4OOO A;  1L36 A;  1IWY A;  3EBA B;  2BPU A;  237L A;  1HML A;  1XEI A;  158L A;  3LHM A;  3WPJ A;  4I7L A;  3LYO A;  4DD7 A;  2YBN A;  1L15 A;  2HEA A;  4NGV A;  2HTX A;  5I14 A;  1WTH A;  5E9R A;  3W6D A;  1XGR C;  4NGI A;  1LZ8 A;  1QUO A;  2ZIL A;  3GXR A;  1QSB A;  1WQQ A;  3TXG A;  5LYT A;  4WLT A;  2L78 A;  4DT3 A;  4NIJ A;  1BB3 A;  4N8Z A;  1L07 A;  5FEL A;  2DQA A;  1BB6 A;  1IX0 A;  2Q9D A;  1DKJ A;  3OE6 A;  4LYM A;  1XJT A;  1EQ5 A;  233L A;  4NWE A;  173L A;  1UA6 Y;  2RB0 X;  235L A;  3HTG A;  4E97 A;  1L39 A;  1OUH A;  1RI8 B;  1SWY A;  3WXU A;  4GN3 A;  2CGI A;  2N5Z A;  3F6Z A;  3LZT A;  3A8Z A;  4DD3 A;  5LIN A;  3C7W A;  1D6Q A;  1EL1 A;  3CDT A;  2RBS A;  4GRV A;  3V2Y A;  4HV1 A;  3RZE A;  5LVH A;  5DL9 A;  1CV3 A;  1I20 A;  1QTE A;  5DLA A;  2A7F A;  261L A;  4RW1 A;  1L60 A;  241L A;  1GFG A;  1H6M A;  1LSE A;  1L08 A;  3HWL A;  2BQB A;  1C62 A;  1GE0 A;  2D91 A;  1DI3 A;  5L3I A;  1GDW A;  2B70 A;  4BAF A;  1IWV A;  2FBB A;  3A96 A;  3TXI A;  1IP4 A;  161L A;  4B4I A; 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