1RFPA

Analysis of the stabilization of hen lysozyme with the helix dipole and charged side chains
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords LYSOZYME
publication title Analysis of the stabilization of hen lysozyme by helix macrodipole and charged side chain interaction.
pubmed rcsb
source organism Gallus gallus
total genus 49
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1996-11-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1rfpA00
1LYZA 1GBOA 1GB9A 1ZVHL 3WW5A 4NGIA 1REYA 1PS5A 3T6UA 5KXNA 1D9UA 2G4NA 2YBMA 1IORA 3A6CY 4PRQA 1D0MA 1EL1A 1FLWA 1LCNA 1HNLA 1JJ1A 2BQLA 1SLYA 2BQIA 4QEQA 3W6CA 1CJ6A 1B5VA 3LHMA 3AJNA 3LYOA 4GCBA 4KXIA 1LSMA 4LYTA 2BLYA 3FE0A 5B07A 4KT3A 3B0OA 1LMTA 1QUSA 1I20A 207LA 3WULA 5C6LA 4Z3MA 1B7SA 2DQDY 1RE2A 4ETBA 1UBZA 5LVJA 5I4WA 1B7RA 3W6DA 1HEMA 2Z19A 4HV2A 1B7PA 1YIKA 4LYOA 1DPWA 3MGWA 4J7VA 3W6AA 1LJ3A 3LYZA 1LJFA 1A4VA 1VAUA 1FLUA 4DD3A 2YBIA 2HU1A 1B5YA 4ZFPA 1REXA 4XJIA 4BAFA 1HFZA 2DQHY 5D5CA 1B7QA 1XGPC 4TX7A 1OUHA 4B49A 1CJ8A 1XEKA 1LSAA 1LHHA 1HEOA 2H9JA 4H9FA 4QGZA 5KXKA 4HJZA 4AXTA 1GFKA 2A7FA 3A6BY 3B0IA 2X0AA 3HBHA 4GN4A 1CJ9A 3GXKA 1INUA 3A92A 5F16A 3TXBA 4DT3A 4LYMA 5B59A 1OUDA 4DC4A 3WMKA 3A96A 1QQYA 2BQNA 4I8SA 3RU5A 2FBDA 3TXIA 4WG7A 1LKRA 1LKSA 1HF4A 1FLYA 1NHEA 4L41A 4EOFA 4N1CC 1LZ8A 1LZDA 4H90A 4R0FA 3P4ZA 4HP0A 4B0DA 5LINA 3TXEA 3BKVA 1QUTA 1HFYA 1LOZA 1LZ5A 1TCYA 4NHSA 5AMYA 1OUIA 5LVHA 4FJRA 1NF5A 1LSNA 4TSCA 3AGHA 1W08A 4LT2A 3EMSA 1FDLY 2HTXA 2HEEA 1TDYA 2CDSA 2ZQ3A 4ANRA 4H1PA 1VDSA 1VATA 4NHQA 2VB1A 2HUBA 5KXSA 2BQMA 3RT5X 1LJKA 3CT1A 2DQCY 1GWDA 1BWJA 2MEGA 4GN5C 3WUAA 1GF4A 1KIPC 1SQ2L 1IX0A 2Z38A 5E4PA 5KJ9A 2I6ZA 5LYMA 3E3DA 4WLTA 3J4GA 1IP5A 2CJLA 5I5QA 2F30A 4GLAA 2Z2EA 3F6ZA 4BADA 5IHGA 4NGKA 1IVMA 4UWUA 2BPUA 3LZTA 1HSWA 1NDMC 4PRUA 1BWHA 3WH1A 5KXXA 1LSYA 3N9AA 1T3PA 4NWHA 5KXPA 2MEHA 2MEEA 3TXJA 4G4BA 1UIDA 2DQGY 2F4AA 2Z39A 4NSJA 2HEDA 4W94A 4N9RA 4YF2A 1UCOA 1OUAA 4HPEA 1JITA 1B7NA 1LMNA 1WVUA 2HU3A 4IJ4A 4ZEEA 4H9BA 3CSZA 1GXV2 1NQIA 1VEDA 2XJWA 2Z2FA 1B5XA 1UIFA 2BQOA 1BB5A 1IC5Y 2C8OA 1GBXA 4KL7A 2MECA 5LVGA 2YSSC 2WARA 4TWSA 4U3XB 3LN2A 6LYTA 4NG1A 4EMNA 1GF3A 5DN4A 4YM8A 1DI4A 2BQCA 4WM6A 5KXWA 1LHIA 1UIEA 2YVBA 3LZ2A 4NGJA 3AW7A 4B4IA 3WXUA 1TBYA 1OUFA 1IWTA 1IY4A 1I1ZA 1XGQC 1NWGA 2W1XA 1W6ZA 2YDGA 4WM2A 4XENA 4XADA 1G7LC 1FKVA 1YILA 3EO5A 4H8XA 1LZRA 5HNCA 1JEFA 1RI8B 4OWCA 4OOOA 132LA 5APCA 1GDXA 4TSBA 4XJFA 1DQJC 4H94A 3TMUA 1WTMA 3QE8A 4H9IA 5E9RA 2YBHA 1AT5A 1IR9A 1IO5A 1UIBA 2FYCA 4LFXA 2DQEY 3QNGA 154LA 4BAPA 193LA 4OWHA 1FKQA 4MCKA 2MEIA 3A94A 1GF7A 1LZYA 4P2EA 2I25L 1LZEA 1DKJA 1GF5A 5II3A 1WQMA 2LZ2A 2Z18A 4OW1A 5L3HA 1LJEA 4NHPA 5IELA 2ZNXY 4XJBA 2G4QA 3IWRA 1H87A 3HBDA 3P66A 4NY5A 1IWXA 1GBWA 1AZFA 2W1LA 3D9AC 1MELL 2D91A 4LYCA 3WUMA 1FLQA 1C08C 1DXJA 3TXHA 2GV0A 194LA 1GB7A 1GE0A 4DDBA 1IP2A 3A67Y 2DQAA 1YAMA 1JSEA 1C45A 1UA6Y 1NDGC 3TMXA 5KXMA 3W6BA 2EKSC 3CT0A 3KAMA 3G3BB 5FSTA 2BQFA 1LJNA 1CKHA 2YBJA 5LA8A 5APFA 5C6IA 3P64A 3J6KA 1GFVA 1ZVYB 1GAZA 1IWYA 4LT1A 1GF8A 1JTOL 3AYQA 2F2NA 1CKDA 1JTPL 1JKBA 4H92A 4OWBA 6LYZA 1GFEA 1NBZC 5J7CA 3HFMY 4WMGA 3ATNA 5B1FA 153LA 3CSQA 1JTTL 1LMQA 5KXZA 2BQBA 2D4KA 3W6EA 5LAFA 1EQ5A 2FYDA 1JSFA 4H9AA 1JIYA 1GB3A 1GE1A 2ZWBA 4G9SA 1UACY 2ZILA 5JENB 1D6PA 3AZ6A 1B9OA 1LSGA 1GFGA 4NSIA 1LYSA 1WQOA 1GAYA 4NGWA 5F81A 1UIHA 1JHLA 1LSZA 2D6BA 2DQJY 3AZ7A 1JJ0A 1IWUA 1NBYC 3B6LA 1VDTA 1RCMA 2LZTA 1VFBC 4TUNA 5LVIA 1CKGA 1GFAA 1LZSA 3WXTA 4LT3A 1LJGA 1HSXA 5EBHA 1BB7A 1F0WA 4WLXA 5KXYA 2XBSA 4RLMA 4Z98A 4WG1A 1EQEA 4N5RA 4ETCA 5C6JA 4HPIA 1BB6A 1ZMYL 4J1AA 1GFHA 1B7LA 1DZBX 1GPQC 1ZV5L 4LYZA 1OUJA 2DBTA 2CGIA 1H6MA 1YL1X 4NSGA 1FN5A 1HFXA 5HMJA 2N5ZA 3A3QA 1IP4A 5M1YA 1JWRA 4DD2A 1GFTA 4W96A 1QTEA 5FEKA 5KKJA 4NGZA 5F9XA 3A34A 2RSCA 1LYOA 3WVYA 3VWOA 3A93A 4G4CA 4YOPA 1MLCE 2IFFY 4UWVA 2HECA 1BB3A 1WVVA 2YBLA 3CQLA 1NMMA 3ATOA 1GF9A 1WTNA 3P65A 5FDJA 2W1YA 4OWEA 5F14A 3D3DA 5APDA 1V7TA 2ZQ4A 4NGYA 4DD1A 1LJHA 1GEZA 1WQRA 2DQFC 4RW2A 4B1AA 4NFVA 1YAQA 5KKIA 3SP3A 1GF0A 3GXRA 1OUGA 4CHXA 2HEBA 1JKAA 4II8A 208LA 135LA 4NHTA 4Z46A 4MSTA 4HV1A 1LTMA 1RFPA 3B0KA 3K3TA 4B4JA 1QSAA 5ILCA 4IATA 1LHJA 2A7DA 2F4GA 5LVKA 5KY1A 3WU9A 1NKHA 3WYHA 1GBSA 1LZBA 1LSPA 5KXLA 1GDWA 5HLLA 4PJ2C 1IWWA 4GCCA 1LMPA 5FELA 1YAOA 7LYZA 4NIJA 5KXOA 1QSWA 3M3UA 1IEEA 1JPOA 1XEJA 4NEBA 4NGOA 4RLNA 3TXFA 1IOSA 1LZTA 1GB2A 4WM5A 5K7OA 1B2KA 1LZ9A 1B5UA 1HHLA 4CFOA 1IP1A 1HMLA 1KXXA 1OQMA 4H9CA 5HNLA 1CKFA 4ETAA 4Z41A 2BQDA 4OOTA 1REMA 1OUEA 2BLXA 3WVXA 4CJ2A 1UUZC 5LXWA 3OK0A 4N1EI 4NGLA 4YENA 5A3ZA 1KIQC 5APEA 1HEQA 1ALCA 3ZVQA 1XGTC 4RDSA 4NG8A 1YKYX 1HMKA 1HELA 2NWDX 3IJVA 3WU8A 5B05A 1O23A 1IP3A 1CKCA 3OJPA 3TMVA 5HQ1A 5KXRA 4B4EA 1GBYA 3LYMA 4HTNA 2EIZC 5L3IA 3WPLA 4X3BA 1WQNA 1A2YC 4J1BA 5LIOA 4DD0A 2Z37A 3N9EA 5DLAA 1J1OY 1F6RA 4WM3A 3CT5A 1AT6A 1CNSA 1OUBA 5L9JA 1HERA 4E3UA 1GD6A 3CSRA 1WQQA 4HTQA 1LZGA 4GLVA 8LYZA 1LZAA 1G7IC 3WW6A 4H91A 4G49A 1QIOA 1N4FA 3BKHA 2HEAA 4WO9A 3A8ZA 2H9KA 3P68A 4MR1A 5D5FA 1LZ1A 4OWAA 2D4JA 134LA 3RW8A 3WPKA 1D0KA 1IP6A 1LSFA 1OP9B 2ZYCA 4XYYA 3WU7A 5IDDA 4HTKA 4WLDA 4BS7A 5KXTA 1OUCA 3A90A 1IOQA 2BQEA 4UWNA 1BVXA 4HSFA 3A91A 1IC4Y 1LMAA 1QDRA 4H9HA 3LYTA 2H5ZA 2BQKA 1XFPL 2CWIA 1V7SA 5DL9A 1LAAA 1KXYA 5T3FA 1VDQA 3A3RX 2AUBA 1LYYA 1C10A 1LSBA 4LYBA 3M18B 2C8PA 3EBAB 1FBIX 4ET8A 1IIZA 1IC7Y 5FHWA 1GB6A 4O34A 1YL0X 4H9EA 4QDNA 4LZTA 1G7MC 3FI7A 1D6QA 1GBZA 1KIRC 2I26L 3AZ4A 1IOCA 1I56A 1YANA 3RZ4A 1IP7A 1IY3A 1WQPA 2EQLA 4H93A 1IWVA 2MEDA 1LZ6A 1GFJA 1UIGA 1F6SA 4GN3A 1TAYA 1YAPA 2HEFA 4XJDA 4C3WA 3IJUA 1LJJA 1B5WA 4N8ZA 4XN6A 1GHLA 2W1MA 4R6CA 1YROA 2Q0MX 1LZCA 1LJIA 1JKCA 5LAGA 1G7HC 1LHMA 1LSEA 2IHLA 3AW6A 4NGVA 3T36A 1LZ4A 2BQHA 3WL2A 4TTDA 3WUNA 4NSHA 4CGEA 1UIAA 4WM4A 133LA 4WL7A 4WM1A 1LMCA 2B5ZA 1AM7A 1YKXX 3W3EA 1QDTA 3N9CA 1HEWA 5DM9A 3W6FA 4GCEA 4WLYA 1B7OA 1JUGA 4PGJB 1B5ZA 4HJYA 2XTHA 1JISA 1IWZA 1YQVY 4WL6A 2MEAA 4IASA 1XEIA 1Z55A 1PZYA 4GCFA 1GFUA 2DKVA 3B72A 1IOTA 1CJ7A 2BQAA 1EQ4A 4N0JA 4DD9A 1E8LA 4M4OA 1JKDA 1HEPA 3AZ5A 1GB0A 5HMVA 4DDCA 1VDPA 5I4YA 5I54A 1P2CC 1T6VL 4CFPA 4DD7A 3TMWA 4LGKA 1XSFA 4ETDA 4FDYA 3AGGG 1RJCB 4J0LA 1BHZA 2BQJA 4DWXA 1XGUC 1LHLA 2ZYPA 3AB6A 4ET9A 5LA5A 1LSDA 1AKIA 2LHMA 1BVKC 4WO6A 1G7JC 1UC0A 1HC0A 4ML7A 4ZIXA 4H8YA 3WPJA 1D0LA 1LJ4A 2BAAA 1GFRA 2MEBA 9LYZA 1IR7A 1C46A 1LZNA 5DN5A 1B7MA 1GB8A 1J1XY 2Y8PA 1GB5A 2YBNA 3A95A 3ULRA 3ZEKA 4XJGA 4DDAA 4QY9A 3TXGA 3TXKA 4A7DA 1JJ3A 4AGAA 5FCPA 1DI3A 4YEMA 1GE2A 1GXXA 1LPIA 3HBEX 2ZNWY 1LSCA 1UICA 1C43A 2ZIKA 1GE4A 1GF6A 4LT0A 2LYOA 4NHIA 4PPOA 2LYZA 5B1GA 4YEOA 5I53A 2D4IA 5LYTA 4DYGA 2XBRA 4WOAA 5ILFA 2MEFA 2BQGA 1REZA 3QY4A 1BB4A 1J1PY 2FBBA 5F9UA 2LYMA 3TXDA 1BGIA 1BQLY 1HENA 1QTKA 1XGRC 2DQIY 3EXDA 4XJHA 5B06A 1LHKA 1DPXA 1YKZX 1DKKA 1F10A 1BWIA 3G3AB 4GCDA 4RW1A 4I0CA 4G4HA 2G4PA 4H8ZA 3AGIA 2PC2A 4C5FA 1TEWA 1IR8A 1GEVA 5I4XA 3ZVQB 5A3EA 4M6DA 4LFPA 4D9ZA 1DI5A 2ZIJA 1KXWA 1LMOA 1C7PA 4NWEA 1B0DA 4PHIA 5LYZA 4HJVA 2EPEA 3RNXA 3CB7A 2Z12A 4KPMA 1GE3A 4ETEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1LYZA 3WW5A 1REYA 5KXNA 1D9UA 180LA 1LCNA 1HNLA 2F32A 1B5VA 3LYOA 1LSMA 3B0OA 1LMTA 1I20A 207LA 3WULA 1KNIA 1KW7A 3G3VA 5LVJA 1L00A 1UBZA 4I7JA 5I4WA 3JR6A 1YIKA 119LA 3SB6A 1L0JA 1LLHA 1LJ3A 1VAUA 1FLUA 4DD3A 1B6IA 1NHBA 4TX7A 1OUHA 1XEKA 1LSAA 1LHHA 1HEOA 2HUMA 108LA 1D2WA 1XJUA 3A6BY 2X0AA 3TXBA 2FBDA 3DN4A 3HUQA 3DKEX 1LZ8A 217LA 3P4ZA 5LINA 228LA 222LA 1LZ5A 1TCYA 2RB2X 3AGHA 1W08A 4LT2A 2ZQ3A 1CTWA 175LA 5KXSA 2BQMA 1LJKA 1BWJA 1I6SA 5KJ9A 1SQ2L 2Z38A 1CU6A 3J4GA 2CJLA 1QUOA 2F30A 1L77A 1L44A 4UWUA 4PRUA 1L12A 1D3MA 161LA 3TXJA 4W94A 4N9RA 1UCOA 2RBQA 4ARLA 1B7NA 1WVUA 4H9BA 3C7WA 2XJWA 1B5XA 1UIFA 245LA 2BQOA 1QTCA 4I7TA 4KL7A 2MECA 1CU3A 4U3XB 1L42A 3DN3A 4EMNA 1GF3A 1L98A 1UIEA 3LZ2A 3DMXA 1IY4A 1XGQC 4XENA 1NWGA 1L84A 4XADA 1FKVA 4H8XA 4OWCA 1RI8B 1C6LA 3HUKA 4DKLA 1GDXA 4XJFA 127LA 1QSBA 2DQEY 1GF7A 1LZYA 2I25L 1LZEA 3DMZA 2O79A 1QT7A 5LXWA 1GBWA 1MELL 1T8FA 1G0LA 3TXHA 4DDBA 1QT3A 3TMXA 235LA 1L81A 2BQFA 1L97A 1LJNA 2YBJA 185LA 1GAZA 1IWYA 1GF8A 1JTNA 2F2NA 3GUKA 1L20A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1LYZ A;  1GBO A;  1GB9 A;  1ZVH L;  3WW5 A;  4NGI A;  1REY A;  1PS5 A;  3T6U A;  5KXN A;  1D9U A;  2G4N A;  2YBM A;  1IOR A;  3A6C Y;  4PRQ A;  1D0M A;  1EL1 A;  1FLW A;  1LCN A;  1HNL A;  1JJ1 A;  2BQL A;  1SLY A;  2BQI A;  4QEQ A;  3W6C A;  1CJ6 A;  1B5V A;  3LHM A;  3AJN A;  3LYO A;  4GCB A;  4KXI A;  1LSM A;  4LYT A;  2BLY A;  3FE0 A;  5B07 A;  4KT3 A;  3B0O A;  1LMT A;  1QUS A;  1I20 A;  207L A;  3WUL A;  5C6L A;  4Z3M A;  1B7S A;  2DQD Y;  1RE2 A;  4ETB A;  1UBZ A;  5LVJ A;  5I4W A;  1B7R A;  3W6D A;  1HEM A;  2Z19 A;  4HV2 A;  1B7P A;  1YIK A;  4LYO A;  1DPW A;  3MGW A;  4J7V A;  3W6A A;  1LJ3 A;  3LYZ A;  1LJF A;  1A4V A;  1VAU A;  1FLU A;  4DD3 A;  2YBI A;  2HU1 A;  1B5Y A;  4ZFP A;  1REX A;  4XJI A;  4BAF A;  1HFZ A;  2DQH Y;  5D5C A;  1B7Q A;  1XGP C;  4TX7 A;  1OUH A;  4B49 A;  1CJ8 A;  1XEK A;  1LSA A;  1LHH A;  1HEO A;  2H9J A;  4H9F A;  4QGZ A;  5KXK A;  4HJZ A;  4AXT A;  1GFK A;  2A7F A;  3A6B Y;  3B0I A;  2X0A A;  3HBH A;  4GN4 A;  1CJ9 A;  3GXK A;  1INU A;  3A92 A;  5F16 A; 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 1T6V L;  4CFP A;  4DD7 A;  3TMW A;  4LGK A;  1XSF A;  4ETD A;  4FDY A;  3AGG G;  1RJC B;  4J0L A;  1BHZ A;  2BQJ A;  4DWX A;  1XGU C;  1LHL A;  2ZYP A;  3AB6 A;  4ET9 A;  5LA5 A;  1LSD A;  1AKI A;  2LHM A;  1BVK C;  4WO6 A;  1G7J C;  1UC0 A;  1HC0 A;  4ML7 A;  4ZIX A;  4H8Y A;  3WPJ A;  1D0L A;  1LJ4 A;  2BAA A;  1GFR A;  2MEB A;  9LYZ A;  1IR7 A;  1C46 A;  1LZN A;  5DN5 A;  1B7M A;  1GB8 A;  1J1X Y;  2Y8P A;  1GB5 A;  2YBN A;  3A95 A;  3ULR A;  3ZEK A;  4XJG A;  4DDA A;  4QY9 A;  3TXG A;  3TXK A;  4A7D A;  1JJ3 A;  4AGA A;  5FCP A;  1DI3 A;  4YEM A;  1GE2 A;  1GXX A;  1LPI A;  3HBE X;  2ZNW Y;  1LSC A;  1UIC A;  1C43 A;  2ZIK A;  1GE4 A;  1GF6 A;  4LT0 A;  2LYO A;  4NHI A;  4PPO A;  2LYZ A;  5B1G A;  4YEO A;  5I53 A;  2D4I A;  5LYT A;  4DYG A;  2XBR A;  4WOA A;  5ILF A;  2MEF A;  2BQG A;  1REZ A;  3QY4 A;  1BB4 A;  1J1P Y;  2FBB A;  5F9U A;  2LYM A;  3TXD A;  1BGI A;  1BQL Y;  1HEN A;  1QTK A;  1XGR C;  2DQI Y;  3EXD A;  4XJH A;  5B06 A;  1LHK A;  1DPX A;  1YKZ X;  1DKK A;  1F10 A;  1BWI A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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