2YBIA

Nitrate x-ray induced reduction on hewl crystals (6.62 mgy)
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
publication title Effective Scavenging at Cryotemperatures: Further Increasing the Dose Tolerance of Protein Crystals.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME C
total genus 45
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2011-03-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2ybiA00
1LTMA 2ZYPA 4QEQA 2DQDY 2BQIA 3WVYA 1C45A 1JISA 1XFPL 5APCA 1NBZC 1IIZA 3TXBA 1LZGA 1YQVY 1UC0A 5KKIA 1LSBA 1LSFA 5LINA 1YAQA 2BQGA 4NGZA 5LA5A 3TMVA 1OUFA 5EBHA 2H5ZA 4CFPA 4DDAA 5KXSA 3WU7A 4NWHA 3M18B 4CFOA 4HV1A 1FLYA 1ALCA 1G7MC 2F4GA 4HPEA 5E9RA 1GE2A 3LN2A 1B5ZA 4RLNA 4LZTA 3GXRA 4J0LA 4OOOA 5HNLA 3HBDA 4TUNA 3SP3A 1WTMA 1AZFA 1GB8A 3AW7A 3CT0A 4LT3A 4N8ZA 6LYTA 3AGGG 3A91A 1IOCA 1FN5A 1UIHA 3MGWA 4A7DA 4MCKA 4XJDA 4ETCA 1QQYA 4UWUA 1YAPA 1JSEA 1B2KA 2BAAA 1IEEA 4TTDA 4XJBA 4ANRA 1IR8A 1KXYA 2CJLA 1VDTA 1QUSA 1GB7A 1GF7A 4II8A 4HTKA 5L9JA 1LJGA 1B7PA 4OWCA 5A3ZA 5LYMA 2I26L 1WVVA 4H9AA 4HTQA 5B1GA 1LMOA 4WM1A 1XGUC 1REZA 1B5VA 4GCCA 2HUBA 5KXMA 1IO5A 3W6AA 1IOQA 1LSNA 4H9FA 3N9CA 4WL6A 1IWVA 1CJ9A 1IC7Y 1ZVYB 4DD2A 3WW5A 1SLYA 4IASA 1BB5A 2LZ2A 2A7FA 4J1AA 193LA 1JSFA 1LZTA 1LZSA 1GBSA 2YSSC 1JTTL 2XBRA 1IY3A 1DXJA 5B07A 3WXTA 4DYGA 4OW1A 1OUAA 1EL1A 1BGIA 1LJFA 2FYDA 2MEDA 4G4BA 4PGJB 4B1AA 1TDYA 4LT0A 2HEFA 1UIAA 1CKDA 1J1PY 1VDSA 2LYOA 3B6LA 4ZEEA 3B0KA 1DZBX 4WM5A 2MEHA 4XADA 4NEBA 2YVBA 1LOZA 3AW6A 4NSJA 4Z98A 2MEIA 1XGTC 3T36A 2B5ZA 1GB0A 1GPQC 2BQBA 4HJZA 4Z46A 1XGRC 4B4JA 1LKRA 2BQOA 4LYOA 1JITA 1HEOA 4H91A 3AZ5A 5APEA 2C8PA 4ET9A 1GFJA 3W6DA 4DT3A 1JJ3A 1QUTA 1UIEA 4NIJA 5APDA 4ETAA 207LA 1GHLA 1LCNA 2CDSA 2ZWBA 3G3AB 4WM6A 1B7NA 5KXPA 3TXKA 4DDCA 1WQRA 1C46A 4ET8A 1UCOA 2MEGA 4NG1A 1QDRA 4RW1A 2BPUA 3P4ZA 1RJCB 1JHLA 4XN6A 1NMMA 4YOPA 3ATNA 5F16A 1LJJA 1JEFA 4GCDA 1LZ4A 4LFXA 5C6IA 3EBAB 1LHHA 1OUCA 1GFEA 1KXWA 3OK0A 1F0WA 1OUBA 4TSCA 1HFZA 1ZMYL 2ZQ3A 1LMTA 1B5YA 4G4HA 1LYSA 1JJ0A 1LZCA 5C6LA 5I53A 4BADA 3BKHA 1LZ5A 1TCYA 1LZRA 1DI5A 1YILA 4X3BA 4G4CA 3D9AC 1OUEA 1YIKA 2F2NA 2ZIJA 2NWDX 2G4QA 4OWBA 1D6QA 2XTHA 1O23A 1XGQC 1GB9A 1I56A 5HQ1A 1C10A 4N5RA 1IP5A 1QTEA 1T6VL 1GBOA 3A3RX 1GAYA 9LYZA 1HSXA 1F6RA 3QNGA 1GFHA 4QY9A 4ZFPA 1YANA 1UIDA 1CKGA 1GF6A 1WTNA 5APFA 3TMWA 5KXWA 1GF4A 1B7LA 2BQLA 1LYOA 3AZ4A 3HFMY 3A93A 3WUMA 5KJ9A 2BQJA 2HEDA 3A67Y 1LSZA 4N1EI 4NGKA 1B5UA 1HMLA 5F9XA 4NHQA 3VWOA 3WMKA 1GB2A 1JKAA 1YAMA 2A7DA 4WM3A 3LYTA 1GFGA 3A34A 1LHIA 1AT5A 1LMPA 2Y8PA 1DI4A 3CSRA 5FHWA 2DBTA 4XYYA 5F9UA 1LZ6A 3WUAA 1XEKA 2I25L 4NGOA 2BQDA 3EMSA 4LT2A 1LYYA 5LYZA 2LYMA 1JIYA 1OUHA 4XJGA 1OUDA 5LIOA 5J7CA 3OJPA 2EPEA 1LHKA 4J1BA 4ETDA 1YKXX 5KXKA 4WLTA 1E8LA 4TWSA 2C8OA 3HBHA 1HEQA 3FI7A 1GXV2 5K7OA 1ZVHL 3P68A 5I5QA 4WM4A 4RW2A 1WQOA 1LHMA 3FE0A 3WUNA 1JUGA 2ZQ4A 1NBYC 4HSFA 1CKCA 5LVIA 2F4AA 1IORA 4NHIA 3TMUA 2DQCY 2HEBA 5LYTA 3LHMA 1HENA 3RW8A 4PHIA 2DQEY 1LJEA 5LXWA 1C08C 1HC0A 4G9SA 2VB1A 1NQIA 4OWAA 5B1FA 2FYCA 3A8ZA 1UA6Y 4H1PA 3IJUA 4BAFA 5I54A 4HTNA 1B7QA 5A3EA 1VDPA 4ML7A 2D91A 3RT5X 1B7SA 1PZYA 4W94A 4GLAA 3ZVQA 1GFTA 3WPJA 1QSAA 1GFVA 3TXFA 1V7SA 1LMQA 2BQMA 1AM7A 1G7IC 1GFKA 1WQQA 4KXIA 1OP9B 4J7VA 1D6PA 4PJ2C 5KXYA 4AGAA 4MSTA 4DD3A 4NGYA 1IWXA 5FSTA 3N9EA 2BQCA 1LZEA 1A4VA 1GAZA 2EQLA 3A94A 3E3DA 2G4PA 1B5XA 4WMGA 4H92A 1IR9A 4WOAA 1QTKA 1D9UA 1JTPL 4QGZA 4MR1A 3A96A 3CT1A 1G7LC 1GDWA 1CJ6A 2FBDA 134LA 4GN3A 4DC4A 2DQFC 1PS5A 2Z39A 194LA 5I4YA 4WLXA 4NSGA 4C3WA 1INUA 4YF2A 1LMCA 2GV0A 3WPKA 1GBYA 1IP2A 4GN4A 1UIFA 4NGWA 2HU1A 1LPIA 133LA 5KXTA 2YBNA 5LVKA 1LZAA 1XGPC 3N9AA 2XBSA 1LZ8A 1NHEA 4N9RA 1TAYA 2EKSC 2IFFY 2Q0MX 4UWNA 1EQ4A 3TXEA 5FELA 1F10A 3CSQA 1CJ7A 208LA 1LZBA 3W6CA 4XJFA 153LA 4NGLA 4B4IA 2ZIKA 4H9IA 2YDGA 2H9JA 4HV2A 2LYZA 5B59A 4HPIA 3AZ6A 4LT1A 4HJYA 3AGHA 5II3A 1LJNA 2AUBA 4L41A 1CKHA 4NG8A 1B7MA 1UICA 4LYMA 4OWEA 4WLDA 3F6ZA 4GCBA 1D0MA 4NGIA 2CWIA 4R6CA 5IHGA 3B0OA 1LHJA 1I1ZA 4H93A 3WXUA 5B05A 2LZTA 4LYZA 4IJ4A 3WPLA 5ILFA 5HLLA 2D4IA 1DPWA 2IHLA 5B06A 3HBEX 1J1OY 1FLWA 4E3UA 3EO5A 1IR7A 1GB5A 3AB6A 1BQLY 1LZDA 4XJHA 3A90A 4ETBA 1GEVA 5IELA 2ZNXY 1DI3A 3W3EA 5HNCA 132LA 1VFBC 1LMNA 1GBXA 5KXZA 3TMXA 2DKVA 4GLVA 1IX0A 1LJKA 1RI8B 2D4KA 2DQGY 4PRQA 1IOSA 1DKKA 1XEIA 3AGIA 2D4JA 1GFRA 1HSWA 2G4NA 3M3UA 2D6BA 3IWRA 4GCEA 3WU9A 1IWWA 3A95A 2MECA 4IATA 7LYZA 4YEMA 2HTXA 3WVXA 4NGVA 1YL1X 5KXNA 1KXXA 5DM9A 2PC2A 1VAUA 1HELA 2WARA 5LVHA 5E4PA 1JKBA 1FLQA 3IJVA 1C43A 1B7OA 1T3PA 2W1YA 2YBJA 1IP7A 5KXRA 1LJ3A 1FKQA 1TEWA 1NDGC 1BB3A 4DDBA 1W6ZA 1UIBA 2LHMA 4DD7A 2YBLA 3WYHA 1GEZA 2HU3A 2DQAA 3ZVQB 4RDSA 2BLXA 1MELL 2Z19A 3CQLA 4ZIXA 1IP3A 1REMA 1GB6A 1XSFA 2YBHA 4UWVA 1BWJA 3A3QA 1JKCA 1B7RA 1BWHA 1GF5A 1BB7A 1IP4A 1REYA 3WU8A 3QY4A 2DQIY 3TXJA 5D5CA 5LAGA 1GF3A 4CHXA 4TSBA 2MEBA 2ZNWY 1CNSA 1LSYA 3ULRA 1LSMA 3AJNA 5KXXA 3CB7A 3ATOA 1GB3A 1Z55A 2F30A 2HEEA 2H9KA 1HEPA 1IVMA 4HP0A 1WQPA 5ILCA 4KPMA 1HHLA 1XEJA 1JTOL 1NWGA 1JPOA 1UACY 4Z41A 4YM8A 1YAOA 2BQEA 1LKSA 3P65A 4TX7A 5KXOA 5KXLA 4O34A 3ZEKA 4KL7A 1C7PA 3T6UA 1WVUA 2HECA 3CT5A 1MLCE 1OUJA 1TBYA 4H8YA 1B5WA 1G7HC 1IWUA 1HFYA 4H90A 2Z12A 3QE8A 3EXDA 3RZ4A 1LSDA 1CKFA 135LA 2I6ZA 3RNXA 5I4XA 3TXDA 4H9HA 1LYZA 5LVGA 4DD9A 3GXKA 1AT6A 1DQJC 1H6MA 3LYZA 1LSGA 1VATA 1UUZC 1B9OA 1KIQC 3P66A 4LYCA 1G7JC 5DN5A 1BVKC 1EQEA 4DD0A 1FBIX 5LVJA 3RU5A 2Z18A 4NHTA 1WQMA 3LZTA 5D5FA 2DQHY 4CJ2A 4OWHA 4BAPA 1IWZA 1GDXA 3TXHA 2DQJY 1BB4A 3A6CY 4PRUA 5T3FA 3WULA 6LYZA 1QDTA 4M6DA 4BS7A 3TXIA 1GBZA 3WW6A 2MEAA 5DLAA 4B0DA 3K3TA 1GFAA 1HEMA 4I0CA 8LYZA 1HMKA 1GE0A 4P2EA 1YKZX 1LJ4A 1GBWA 1LJHA 1LSPA 1BB6A 1JJ1A 1QSWA 4NWEA 4AXTA 4WM2A 1HNLA 1LSCA 1B0DA 2YBIA 3CSZA 1IP1A 4LFPA 1IWYA 1REXA 4PPOA 5FCPA 1JWRA 1LMAA 2RSCA 5LAFA 4U3XB 5KY1A 1RFPA 4D9ZA 1JKDA 1LZ9A 3LZ2A 4WO6A 1CJ8A 5JENB 4GN5C 4DWXA 1RCMA 1LSAA 1BVXA 4EOFA 1H87A 1J1XY 4WG1A 3TXGA 4N1CC 5C6JA 1HF4A 4I8SA 2BLYA 1V7TA 1AKIA 4H8XA 1IP6A 3LYOA 1FDLY 4GCFA 4LYBA 1OUIA 3W6BA 4C5FA 1IC4Y 4EMNA 3J6KA 1BWIA 2W1MA 3WL2A 5M1YA 4NGJA 1FKVA 1YROA 1LJIA 1GFUA 2N5ZA 1GXXA 4WO9A 3BKVA 4YENA 5LA8A 5FEKA 2MEFA 5L3HA 1EQ5A 1HFXA 1LAAA 1NDMC 1LZ1A 4HJVA 4W96A 2MEEA 5I4WA 2Z38A 2XJWA 1GE3A 1IWTA 1GF9A 4OOTA 1GD6A 4NSHA 2BQNA 1BHZA 4ETEA 2YBMA 4Z3MA 1FLUA 4NHPA 1A2YC 3D3DA 1HERA 2BQFA 1YL0X 1UBZA 4WG7A 4XENA 5KKJA 1RE2A 4WLYA 2HEAA 5IDDA 3AZ7A 1YKYX 1OUGA 4B49A 1GF0A 1HEWA 1KIRC 1SQ2L 4NHSA 4WL7A 4KT3A 4CGEA 3A92A 2Z37A 4H9EA 1D0KA 1N4FA 1IY4A 5F14A 2BQAA 1DPXA 1VDQA 2Z2FA 2ZILA 2CGIA 1D0LA 2BQKA 1GE4A 5HMJA 4NY5A 1IC5Y 4RLMA 1NF5A 1GWDA 1WQNA 5DL9A 4NSIA 3WH1A 3AYQA 5DN4A 2BQHA 3W6FA 1W08A 4NFVA 1I20A 5HMVA 1VEDA 4LGKA 1P2CC 4G49A 1LZNA 1LHLA 1GF8A 3B0IA 2X0AA 4LYTA 3P64A 154LA 4XJIA 1F6SA 5FDJA 1NKHA 5AMYA 3LYMA 3A6BY 4H94A 4QDNA 2W1LA 1ZV5L 2Z2EA 4FJRA 4N0JA 4R0FA 2W1XA 1OQMA 4B4EA 1LZYA 4M4OA 1LSEA 3B72A 2EIZC 3KAMA 4DD1A 4FDYA 5F81A 5L3IA 1IOTA 1GE1A 4H9BA 1QIOA 4H8ZA 1KIPC 2ZYCA 2FBBA 3G3BB 1UIGA 1DKJA 4H9CA 4YEOA 3J4GA 3W6EA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1LTMA 2ZYPA 4QEQA 1JISA 3QAKA 178LA 1IIZA 3C8QA 3TMVA 130LA 4CFPA 3WU7A 3M18B 1ALCA 1G7MC 3LN2A 4LDLA 4LZTA 4I7TA 2RB2X 1GB8A 3AW7A 4LT3A 3AGGG 126LA 3HUAA 3MGWA 4YX7C 1YAPA 237LA 1B2KA 1G07A 1IEEA 4ANRA 2LCBA 1QUSA 4II8A 5L9JA 1B7PA 2I26L 5B1GA 2F32A 1IO5A 3W6AA 3N9CA 160LA 1ZVYB 1CJ9A 1IC7Y 1T8FA 2LZ2A 1LZTA 2XBRA 5B07A 4OW1A 3B6LA 239LA 1QUHA 3VW7A 4NEBA 1LOZA 2MEIA 1GB0A 1DYEA 5APEA 3G3WA 3W6DA 207LA 1LCNA 2ZWBA 2QARC 1L68A 1LGXA 3SBBC 4ARMA 1NMMA 180LA 3ATNA 5F16A 1JEFA 1LZ4A 231LA 1KXWA 1F0WA 182LA 4G4HA 1LYSA 1JJ0A 5C6LA 1L82A 258LA 1DYAA 1LZRA 3NY9A 1L31A 1D9WA 1YILA 2ZIJA 4OWBA 4EKRA 1GB9A 1C68A 1L24A 4N5RA 1CU0A 103LA 1GAYA 9LYZA 3QNGA 1GFHA 4W51A 4ZFPA 3TMWA 1WTNA 5KJ9A 3A67Y 2HEDA 1L10A 2QB0B 1JKAA 4WM3A 143LA 1C65A 1OVHA 3A34A 5KXYA 3CSRA 1DI4A 3WUMA 5I14A 216LA 3SB8A 1XEKA 4NGOA 1L79A 3EMSA 1OWYA 5LIOA 1LYHA 2EPEA 1L51A 1GXV2 3P68A 5I5QA 4WM4A 4W53A 5LVIA 1NBYC 2B70A 1CKCA 1QUOA 3TMUA 1L47A 2DQCY 3RW8A 1L91A 1C6KA 1OYUA 209LA 1NQIA 2VB1A 5I54A 4HTNA 1B7SA 1L84A 3DN8A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1LTM A;  2ZYP A;  4QEQ A;  2DQD Y;  2BQI A;  3WVY A;  1C45 A;  1JIS A;  1XFP L;  5APC A;  1NBZ C;  1IIZ A;  3TXB A;  1LZG A;  1YQV Y;  1UC0 A;  5KKI A;  1LSB A;  1LSF A;  5LIN A;  1YAQ A;  2BQG A;  4NGZ A;  5LA5 A;  3TMV A;  1OUF A;  5EBH A;  2H5Z A;  4CFP A;  4DDA A;  5KXS A;  3WU7 A;  4NWH A;  3M18 B;  4CFO A;  4HV1 A;  1FLY A;  1ALC A;  1G7M C;  2F4G A;  4HPE A;  5E9R A;  1GE2 A;  3LN2 A;  1B5Z A;  4RLN A;  4LZT A;  3GXR A;  4J0L A;  4OOO A;  5HNL A;  3HBD A;  4TUN A;  3SP3 A;  1WTM A;  1AZF A;  1GB8 A;  3AW7 A;  3CT0 A;  4LT3 A;  4N8Z A;  6LYT A;  3AGG G;  3A91 A;  1IOC A;  1FN5 A;  1UIH A;  3MGW A;  4A7D A;  4MCK A;  4XJD A;  4ETC A;  1QQY A;  4UWU A;  1YAP A;  1JSE A;  1B2K A;  2BAA A;  1IEE A;  4TTD A;  4XJB A;  4ANR A;  1IR8 A;  1KXY A;  2CJL A;  1VDT A;  1QUS A;  1GB7 A;  1GF7 A;  4II8 A;  4HTK A;  5L9J A;  1LJG A;  1B7P A;  4OWC A;  5A3Z A;  5LYM A;  2I26 L;  1WVV A;  4H9A A;  4HTQ A;  5B1G A;  1LMO A;  4WM1 A;  1XGU C;  1REZ A;  1B5V A;  4GCC A;  2HUB A;  5KXM A;  1IO5 A;  3W6A A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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