2YBIA

Nitrate x-ray induced reduction on hewl crystals (6.62 mgy)
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords LYSOZYME C
publication title Effective Scavenging at Cryotemperatures: Further Increasing the Dose Tolerance of Protein Crystals.
pubmed doi rcsb
total genus 45
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2011-03-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2ybiA00
1D9UA 1XSFA 3P68A 4NGKA 2YBHA 1B2KA 5KXZA 1IOSA 1XEJA 2MEDA 2C8PA 3TXDA 5IELA 1GFGA 1DXJA 3A6BY 5LVJA 5FDJA 1BB5A 3CT1A 1WTNA 3RZ4A 2ZNWY 1IY4A 1JITA 1LMQA 1SQ2L 3WPKA 2YVBA 1I20A 2BQCA 4BS7A 4HPIA 1JJ1A 3F6ZA 1HEOA 1IWWA 1LSYA 4OOTA 3LN2A 1UIFA 3AW6A 3QNGA 153LA 4H9FA 1YROA 2A7DA 1LYZA 1LZ8A 2I26L 2Z37A 1NDGC 3EBAB 2BLYA 4G49A 1B7NA 1LHMA 1F10A 1PZYA 2DQHY 3A90A 3EO5A 1BB4A 1I1ZA 4LFXA 4O34A 1XGUC 1ZVYB 1IP3A 2Z2FA 1LJHA 1CKGA 2CJLA 5I54A 1F6RA 4HV2A 1OUJA 2YBMA 1IC5Y 4HJZA 1GF7A 3M3UA 4H90A 4NFVA 5HNLA 1GE2A 2BQLA 4TSBA 1NWGA 2Z38A 1DI3A 1HERA 4UWVA 3W6CA 1BWJA 2Z18A 3J6KA 4NHQA 3TXJA 4NSJA 1IEEA 1VATA 2YSSC 1DPXA 5KXWA 2FYCA 1QDTA 2MEAA 4QGZA 1JJ3A 5C6LA 3A91A 1LAAA 3A6CY 1OUDA 1VDSA 1CJ6A 1OUBA 5M1YA 4OWBA 1FDLY 1XGPC 3A8ZA 1GF9A 2G4NA 1HEQA 3CSRA 4PRQA 4U3XB 4I0CA 5DM9A 3ULRA 1LYSA 1IP4A 1QDRA 1TDYA 4H9IA 1LZCA 4DT3A 4WM1A 2LYMA 4DYGA 4NGIA 4FJRA 1UIDA 6LYTA 3WW6A 4IATA 1GE0A 4Z41A 3EXDA 4H9EA 3A94A 1LMOA 3RW8A 1HC0A 2DQIY 4CFOA 1TEWA 4P2EA 4DC4A 4WM5A 1RJCB 5KXOA 2FYDA 4B4JA 1A4VA 1LZAA 1NKHA 1BWHA 2LHMA 5B05A 5F14A 3AZ5A 2DQGY 2WARA 1D0LA 4W96A 1IWXA 4KL7A 4XADA 1BB6A 1J1PY 4M4OA 4LT3A 4WLYA 4WM3A 1GFVA 2D6BA 1B7OA 4HTNA 5I5QA 4WG1A 4M6DA 4GN4A 1B5ZA 1IWZA 2BLXA 1D6PA 2Y8PA 4R6CA 1NDMC 2LZTA 1LMAA 1LSAA 1LZRA 3IJUA 1JPOA 1LJEA 3WXTA 4ML7A 5HMVA 1CJ9A 3A95A 3AGHA 4DD7A 5FCPA 5APFA 4RDSA 5HMJA 3WVYA 5E9RA 134LA 3WU8A 5KXRA 4ETBA 1LZ5A 2G4QA 1TCYA 2XBRA 5B07A 2N5ZA 3ZEKA 1G7JC 3WPLA 1D0MA 1B7MA 2HU1A 1GHLA 4ETAA 5II3A 4B4IA 4DD0A 2BQAA 1C7PA 1YKZX 4H94A 1G7MC 4HTKA 1HNLA 2MEIA 1LJGA 3AGGG 2CWIA 2W1YA 1QSWA 1LSFA 3WH1A 3WUNA 1DI5A 3WMKA 5J7CA 3A3QA 1VFBC 1FLQA 5APDA 4QEQA 1QTKA 5KXSA 4II8A 1BB7A 4J1BA 4UWUA 4W94A 4X3BA 5LIOA 3W6AA 4ANRA 2FBDA 3B0KA 4XJHA 3D9AC 4NEBA 3OK0A 1FLYA 1IIZA 1ZMYL 3WPJA 3TXGA 1CJ7A 1PS5A 4IASA 1GB0A 4H9AA 1B5UA 4J7VA 3TXIA 3P65A 4H93A 5L3IA 4H8YA 2H5ZA 5KXLA 1WVVA 4NHIA 4OOOA 5I4YA 1DZBX 1MELL 4YEMA 3AW7A 4LT1A 1LJKA 1OUAA 1LMCA 1ZVHL 1LHKA 4DDCA 4DD3A 4GCBA 3ZVQA 2ZQ3A 4LYOA 4GCDA 1FLUA 1IWUA 2XBSA 1HEPA 3AYQA 1KIRC 5KXNA 4ET9A 2BQHA 2MEBA 3ATNA 3KAMA 2DQJY 5I4XA 4NGYA 1LHLA 1GBOA 1B7LA 5B06A 2Q0MX 1YIKA 1UIAA 4H9BA 4NGVA 2Z12A 3P64A 4G4BA 1V7TA 1WVUA 1LJ4A 1LKRA 4WO9A 5I53A 1OP9B 1IX0A 1H87A 1B5XA 1J1OY 4UWNA 4G9SA 5F81A 1WQNA 2BQEA 2HEBA 1LHJA 1LZNA 3WUAA 4GCCA 4EMNA 1GF8A 2BQMA 4RLMA 1GFEA 3RU5A 3WVXA 4CJ2A 3ATOA 5LXWA 1JKBA 3GXRA 4GN3A 1UC0A 1LCNA 2BQGA 5LAFA 1HHLA 1D0KA 5APCA 1LZSA 1EQEA 1OQMA 3OJPA 4N5RA 4RW1A 4WL7A 3TMWA 3HBEX 1TAYA 1RFPA 1UBZA 3AGIA 4TWSA 3W3EA 2A7FA 3AZ4A 3G3AB 1B5YA 5KXTA 2BQKA 4MSTA 1YL1X 5KY1A 4LYZA 1HELA 1KXWA 2YBIA 1JWRA 4Z3MA 4NG1A 5KXXA 1XGRC 135LA 1BWIA 4HP0A 2H9KA 2I6ZA 2Z2EA 1QUSA 2F30A 4NGWA 2YDGA 1GF3A 4J0LA 1LSEA 1LZTA 4LT2A 4N0JA 4LYMA 2RSCA 5FELA 3TMVA 1YL0X 2D4JA 3TXBA 1GFJA 1REXA 1QTEA 4TX7A 4LYBA 4C3WA 4CGEA 3WUMA 5A3ZA 1CNSA 1OUGA 1IC7Y 2DKVA 5B59A 1LOZA 4TSCA 2BQDA 5KXYA 1UUZC 2CDSA 1XFPL 4PPOA 1HFXA 4OWHA 2BAAA 2W1MA 1LHIA 3A34A 4NIJA 4XENA 4XJBA 1LJFA 3P4ZA 2PC2A 1HF4A 1FKVA 2HTXA 2YBLA 4NGLA 3AZ7A 2BQBA 3CQLA 4HV1A 3WU7A 4PJ2C 2AUBA 1GAYA 1GB2A 1WQOA 2GV0A 5D5CA 2BQFA 1REYA 1UACY 1UICA 2EIZC 207LA 1VDQA 3K3TA 1GDXA 1NBYC 4NHTA 2BQNA 4NSHA 1IP6A 1JTOL 2H9JA 4NSGA 2MEGA 4HPEA 4Z46A 1GFKA 3A96A 1LZ6A 3LZ2A 1JIYA 2Z39A 4I8SA 2MEFA 4GCEA 8LYZA 5JENB 2YBNA 2I25L 1IOQA 2ZILA 1JUGA 1GE1A 2DQDY 1CKFA 4B49A 1GF6A 1IP7A 1DQJC 4LFPA 2LZ2A 4WM2A 5LAGA 1SLYA 2VB1A 3WW5A 1OUCA 1LHHA 3QE8A 4G4HA 3W6EA 5LA8A 133LA 4YF2A 1LMTA 1EQ5A 1GB7A 5IHGA 3EMSA 1DI4A 1UIHA 1JTTL 4WG7A 1P2CC 4XN6A 1RE2A 4EOFA 3B0OA 1GFTA 4YM8A 1C08C 1VEDA 2EQLA 2ZIKA 2MECA 1GEZA 4H8XA 1ALCA 1GB9A 2HEFA 5B1GA 1F6SA 1GB5A 4LYCA 1GD6A 3LZTA 1ZV5L 4DD9A 4ZIXA 1C10A 1UA6Y 4PHIA 2ZNXY 1GEVA 1MLCE 9LYZA 2DBTA 1IOTA 4NG8A 1LZ4A 4RLNA 4ETCA 4ZFPA 1T3PA 1QUTA 1JSFA 1UIEA 1WQPA 3AB6A 4WOAA 5FEKA 4D9ZA 5B1FA 4NGZA 1V7SA 1IP2A 2F4AA 4YEOA 1OUEA 4DDBA 1BHZA 1IO5A 1HSXA 4NGOA 1GF5A 3LYOA 5I4WA 3RNXA 2F4GA 2BQIA 3TXEA 1IVMA 4NGJA 2W1XA 3N9AA 5LYMA 2EPEA 1AT5A 5E4PA 1JISA 1RCMA 194LA 2MEHA 1JKCA 1JKAA 5DN4A 4NY5A 4CHXA 1B0DA 1GF0A 1GWDA 2IFFY 3CSQA 3N9CA 1YAPA 4RW2A 3LYMA 2B5ZA 3A67Y 1LJJA 1GBSA 1VDTA 2HEAA 1GFUA 4TUNA 4YOPA 5IDDA 2ZWBA 1LJNA 1AT6A 1HFZA 4NWHA 1H6MA 208LA 3CB7A 1YAQA 3B72A 5LVKA 1NBZC 4KT3A 1IY3A 1LJIA 1LZDA 1XGQC 2DQFC 5KKIA 2HEEA 4KXIA 4OWEA 1YILA 1LZ1A 1LSBA 2BPUA 1AZFA 1LSCA 2MEEA 4GLAA 1DKKA 3LYZA 3P66A 3TMUA 4NHSA 1WTMA 1LZGA 4AGAA 5KXMA 5L9JA 5LVGA 2HUBA 1GBZA 4XJFA 3GXKA 3A92A 1YKXX 4G4CA 1GDWA 3N9EA 1UCOA 1IR7A 3T6UA 1O23A 1BVKC 1D6QA 3CSZA 3LHMA 2XTHA 4H91A 1C45A 3W6FA 1LYOA 4ETEA 5LVHA 5ILCA 4WMGA 1N4FA 1REZA 1INUA 3WULA 5K7OA 5LINA 4XJGA 5D5FA 4WLTA 5C6JA 5KKJA 1I56A 1G7LC 4HJYA 3SP3A 1IC4Y 5A3EA 1KIPC 1REMA 1RI8B 3FE0A 2FBBA 2ZIJA 4NWEA 4A7DA 1LSPA 4BAFA 4E3UA 4DDAA 3TXHA 5FHWA 1JTPL 4WLDA 1QQYA 1IP1A 4Z98A 4QDNA 2Z19A 1FKQA 3TMXA 5ILFA 2DQCY 5KXKA 2DQEY 4PGJB 5LYTA 4BADA 4ZEEA 5DLAA 1C43A 3W6BA 1CKHA 1JHLA 1B7RA 1JKDA 1J1XY 1LMPA 1QIOA 1JEFA 4XJIA 4GCFA 1B9OA 1GB6A 1CKDA 1LTMA 1BQLY 1WQMA 5L3HA 4XJDA 1JSEA 3FI7A 3WXUA 4KPMA 1GXXA 3A93A 2D91A 4OWCA 1GXV2 4OW1A 5FSTA 1G7IC 4B4EA 5HLLA 1GB3A 2W1LA 5APEA 1FBIX 3B0IA 1LMNA 1LSGA 3TXFA 1LSMA 1IP5A 1HEWA 5DL9A 5HQ1A 1E8LA 3CT0A 1LPIA 4AXTA 3WL2A 5LVIA 4ETDA 2ZQ4A 2NWDX 5EBHA 4QY9A 5KXPA 1LSDA 1GFRA 1IORA 1CJ8A 3BKVA 4R0FA 2X0AA 1OUHA 1LZYA 2DQAA 3E3DA 1NHEA 4IJ4A 1B7SA 1LSNA 1GPQC 1HENA 1NQIA 2LYZA 1YAOA 3AZ6A 1FN5A 1BVXA 1Z55A 1B7PA 4N8ZA 1AKIA 5F9XA 1WQRA 4LZTA 4DWXA 1EL1A 2C8OA 2YBJA 4XYYA 1EQ4A 1HMLA 3D3DA 3T36A 4B0DA 5F16A 1BB3A 1BGIA 1XEKA 1GFAA 2BQJA 4N9RA 1XGTC 1LYYA 3QY4A 1AM7A 3VWOA 1CKCA 1IR9A 4H8ZA 3MGWA 1UIGA 3G3BB 1NMMA 154LA 4WLXA 3HBHA 5LYZA 4BAPA 3IJVA 4NSIA 1YAMA 1G7HC 1HSWA 4OWAA 1IWTA 1W6ZA 1GBXA 4H9CA 2ZYPA 2BQOA 3ZVQB 2EKSC 3W6DA 4MCKA 1B5WA 4YENA 1UIBA 1YANA 1VDPA 3HFMY 1IR8A 1GFHA 2HECA 1YKYX 3RT5X 1NF5A 4N1CC 3IWRA 1W08A 1GAZA 3M18B 4WO6A 2G4PA 2HEDA 3AJNA 2LYOA 4FDYA 5F9UA 4LYTA 1VAUA 1OUFA 2D4IA 1OUIA 4N1EI 2F2NA 1DKJA 1HFYA 1B7QA 4GN5C 4PRUA 1DPWA 1TBYA 3WU9A 1YQVY 1LZBA 4C5FA 1IOCA 4WM6A 3WYHA 1KIQC 4WL6A 5T3FA 5AMYA 1C46A 1IWVA 1B5VA 193LA 5LA5A 2ZYCA 3TXKA 5DN5A 4MR1A 1KXXA 1HMKA 1GE4A 1HEMA 1QSAA 3B6LA 3J4GA 2D4KA 4H9HA 1LKSA 4J1AA 4LT0A 1FLWA 2HU3A 4CFPA 5HNCA 1LSZA 6LYZA 4NHPA 4DD2A 4LGKA 4TTDA 1GE3A 2XJWA 3BKHA 1T6VL 4WM4A 132LA 4HSFA 1IWYA 2CGIA 1KXYA 1LZ9A 1LJ3A 5KJ9A 3CT5A 1GBYA 7LYZA 1GBWA 1GF4A 1LZEA 3HBDA 4GLVA 5C6IA 4B1AA 4DD1A 3A3RX 1JJ0A 4H1PA 4HTQA 2IHLA 4HJVA 4ET8A 1A2YC 1F0WA 3LYTA 4L41A 1GB8A 4H92A 1XEIA 1WQQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1B2KA 1IOSA 1DXJA 1QTCA 3CT1A 1WTNA 1L67A 1IY4A 1JITA 1SQ2L 3WPKA 131LA 1I20A 4BS7A 3F6ZA 1HEOA 3HTFA 1LSYA 1UIFA 2A7DA 4DJHA 1B7NA 2DQHY 1L18A 3EO5A 3DN6A 1L50A 1CKGA 2CJLA 112LA 2YBMA 1IC5Y 1GF7A 3M3UA 4NFVA 1L52A 1DI3A 3CDQA 4UWVA 205LA 3W6CA 3J6KA 3TXJA 4NSJA 4E97A 5KXWA 2FYCA 1C6MA 1G1WA 1OUDA 1VDSA 1OUBA 4S0WA 5M1YA 184LA 143LA 1DYGA 152LA 1LI3A 1HEQA 3NY8A 1TDYA 1L83A 3A94A 1LMOA 1HC0A 4CFOA 242LA 4WM5A 1CX7A 1A4VA 1NKHA 3AZ5A 245LA 2DQGY 1D0LA 1IWXA 225LA 1BB6A 1J1PY 1QUHA 4WLYA 1C61A 1B7OA 5I5QA 4M6DA 1IWZA 1D6PA 1NDMC 2LZTA 1LZRA 1JPOA 1LGUA 1G0KA 3A95A 142LA 4DD7A 5HMJA 1CV5A 3WU8A 1D3NA 4ETBA 3CDTA 1L28A 4DD0A 1C7PA 1LJGA 3G3WA 3SB9A 2CWIA 1LSFA 3DMZA 3JR6A 1L53A 1FLYA 3TXGA 1GB0A 2RBSA 3C7ZA 1L54A 251LA 1LI6A 5KXLA 1QT3A 4OOOA 1MELL 244LA 1LMCA 4DDCA 4DD3A 161LA 4W58A 233LA 3ZVQA 1C6DA 2XBSA 1L94A 102LA 1C6NA 3GUPA 200LA 4NGYA 1B7LA 2Q0MX 4H9BA 1WVUA 120LA 1H87A 4UWNA 5F81A 1WQNA 1DYBA 2BQEA 2HEBA 1L12A 2O7AA 4I7JA 5LXWA 4CJ2A 5LAFA 1HHLA 1NHBA 4RW1A 4TWSA 3W3EA 2A7FA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1D9U A;  1XSF A;  3P68 A;  4NGK A;  2YBH A;  1B2K A;  5KXZ A;  1IOS A;  1XEJ A;  2MED A;  2C8P A;  3TXD A;  5IEL A;  1GFG A;  1DXJ A;  3A6B Y;  5LVJ A;  5FDJ A;  1BB5 A;  3CT1 A;  1WTN A;  3RZ4 A;  2ZNW Y;  1IY4 A;  1JIT A;  1LMQ A;  1SQ2 L;  3WPK A;  2YVB A;  1I20 A;  2BQC A;  4BS7 A;  4HPI A;  1JJ1 A;  3F6Z A;  1HEO A;  1IWW A;  1LSY A;  4OOT A;  3LN2 A;  1UIF A;  3AW6 A;  3QNG A;  153L A;  4H9F A;  1YRO A;  2A7D A;  1LYZ A;  1LZ8 A;  2I26 L;  2Z37 A;  1NDG C;  3EBA B;  2BLY A;  4G49 A;  1B7N A;  1LHM A;  1F10 A;  1PZY A;  2DQH Y;  3A90 A;  3EO5 A;  1BB4 A;  1I1Z A;  4LFX A;  4O34 A;  1XGU C;  1ZVY B;  1IP3 A;  2Z2F A;  1LJH A;  1CKG A;  2CJL A;  5I54 A;  1F6R A;  4HV2 A;  1OUJ A;  2YBM A;  1IC5 Y;  4HJZ A;  1GF7 A;  3M3U A;  4H90 A;  4NFV A;  5HNL A;  1GE2 A;  2BQL A;  4TSB A;  1NWG A;  2Z38 A;  1DI3 A;  1HER A;  4UWV A;  3W6C A;  1BWJ A;  2Z18 A;  3J6K A;  4NHQ A;  3TXJ A;  4NSJ A;  1IEE A;  1VAT A;  2YSS C;  1DPX A;  5KXW A;  2FYC A;  1QDT A;  2MEA A;  4QGZ A;  1JJ3 A;  5C6L A;  3A91 A; 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 3VWO A;  1CKC A;  1IR9 A;  4H8Z A;  3MGW A;  1UIG A;  3G3B B;  1NMM A;  154L A;  4WLX A;  3HBH A;  5LYZ A;  4BAP A;  3IJV A;  4NSI A;  1YAM A;  1G7H C;  1HSW A;  4OWA A;  1IWT A;  1W6Z A;  1GBX A;  4H9C A;  2ZYP A;  2BQO A;  3ZVQ B;  2EKS C;  3W6D A;  4MCK A;  1B5W A;  4YEN A;  1UIB A;  1YAN A;  1VDP A;  3HFM Y;  1IR8 A;  1GFH A;  2HEC A;  1YKY X;  3RT5 X;  1NF5 A;  4N1C C;  3IWR A;  1W08 A;  1GAZ A;  3M18 B;  4WO6 A;  2G4P A;  2HED A;  3AJN A;  2LYO A;  4FDY A;  5F9U A;  4LYT A;  1VAU A;  1OUF A;  2D4I A;  1OUI A;  4N1E I;  2F2N A;  1DKJ A;  1HFY A;  1B7Q A;  4GN5 C;  4PRU A;  1DPW A;  1TBY A;  3WU9 A;  1YQV Y;  1LZB A;  4C5F A;  1IOC A;  4WM6 A;  3WYH A;  1KIQ C;  4WL6 A;  5T3F A;  5AMY A;  1C46 A;  1IWV A;  1B5V A;  193L A;  5LA5 A;  2ZYC A;  3TXK A;  5DN5 A;  4MR1 A;  1KXX A;  1HMK A;  1GE4 A;  1HEM A;  1QSA A;  3B6L A;  3J4G A;  2D4K A;  4H9H A;  1LKS A;  4J1A A;  4LT0 A;  1FLW A;  2HU3 A;  4CFP A;  5HNC A;  1LSZ A;  6LYZ A;  4NHP A;  4DD2 A;  4LGK A;  4TTD A;  1GE3 A;  2XJW A;  3BKH A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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