1QTBA

The introduction of strain and its effects on the structure and stability of t4 lysozyme
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAVKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords LYSOZYME
publication title The introduction of strain and its effects on the structure and stability of T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-06-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1qtbA00
2L78A 3SN6R 1L54A 3DN3A 1L23A 249LA 197LA 1L85A 1CU5A 2OTZX 2B70A 1LPYA 1C60A 4OO9A 4YX7C 111LA 7LZMA 1JTNA 1SWZA 188LA 1OWZA 1C64A 219LA 227LA 1QT4A 234LA 216LA 3CDRA 3SBAA 1L75A 2O79A 4I7SA 108LA 231LA 1L69A 1CTWA 162LA 1L80A 182LA 4YXCA 4EKPA 2RAYX 3FA0A 2HUMA 206LA 2B74A 130LA 1D2YA 1SSWA 3DN1A 1L94A 254LA 3D4SA 1L36A 209LA 1C6AA 1L39A 4DKLA 1L70A 198LA 1QUHA 1CV6A 4LDLA 128LA 1L15A 1L53A 229LA 3G3VA 3SBBC 1L41A 2B6ZA 4W52A 211LA 1KS3A 210LA 1L37A 2Z6BA 1L57A 1QSQA 4EKSA 1I6SA 1P37A 165LA 148LE 104LA 152LA 173LA 115LA 1LYDA 1SWYA 1C6CA 2LCBA 215LA 1L04A 2A4TA 4I7OA 137LA 181LA 1L13A 3HDFA 2ANXA 233LA 131LA 4ARQB 1L22A 3C83A 1L83A 3FADA 4I7QA 1CX7A 1OVHA 1P3NA 146LA 1OVJA 3SB8A 1KNIA 3RUNA 1PQIA 1L02A 2RBSA 170LA 3PDSA 1L91A 4W58A 3HT8A 3HU8A 1L24A 1C6HA 1L30A 1L89A 1SX7A 253LA 183LA 3DKEX 1L09A 1L81A 4S0WA 222LA 1OWYA 1G0KA 1L92A 3ODUA 243LA 228LA 4I7LA 2QB0B 3HTGA 4GRVA 1L50A 110LA 3C82A 3GUMA 1C62A 2OU9A 3C8QA 3C81A 1G0LA 1G0MA 4EPFA 2RB0X 4K5YA 126LA 1OV7A 1XEPA 1L14A 225LA 4I7MA 1EPYA 1L31A 1QTZA 1OVKA 1L79A 109LA 169LA 1PQOA 2HULA 252LA 1PQJA 3DN4A 1G1WA 1C6BA 1L56A 147LA 2HUKA 4PJZA 1CV4A 3HWLA 1OYUA 1QT6A 1L90A 258LA 232LA 4W59A 2NTGA 1CU6A 2RBOA 118LA 3HUKA 4EJ4A 1P7SA 1D3NA 1L12A 112LA 2B6YA 1L66A 2LC9A 142LA 1L62A 1L38A 3FI5A 4ARQA 3C7WA 156LA 2RB1X 1L52A 1G0GA 200LA 3SB5A 240LA 238LA 1C6LA 201LA 1L73A 1QUOA 1L86A 3NY9A 103LA 244LA 2RBNA 3CDOA 1LGXA 1L26A 2O7AA 1L59A 3SB7A 3HUAA 1L01A 1L84A 224LA 4ARLA 3C8SA 1C6MA 2OTYX 1LYFA 178LA 3C8RA 1LYGA 3GUOA 3L2XA 3DMVA 4W51A 3OE9A 3OE0A 2B6TA 1QS9A 145LA 2B75A 192LA 1CU3A 2Q9DA 4DAJA 260LA 1P2RA 119LA 1L33A 262LA 1L43A 1L60A 242LA 3F8VA 3JR6A 157LA 2F32A 4EKQA 3GUNA 191LA 1SSYA 213LA 163LA 1DYGA 1LGUA 1LYIA 3DMXA 1L96A 1CX6A 1L44A 4ARMA 5I14A 1C6PA 1C61A 3HTBA 176LA 180LA 144LA 1L03A 1ZWNA 1CUQA 122LA 1LWGA 2F2QA 1C68A 1L34A 1T8AA 4GBRB 1C6IA 3GUJA 190LA 4LDEA 1QT5A 1L46A 2RH1A 3HDEA 151LA 3HTDA 168LA 3DN0A 1K28A 1DYDA 1D2WA 1L40A 4EKRA 1L49A 4W56A 1QTDA 1DYBA 3HTFA 1KW5A 1C6TA 226LA 1L71A 107LA 1C65A 1C6DA 1L88A 1CV0A 3VW7A 3NYAA 1LI6A 2B6WA 149LA 1C67A 205LA 212LA 1G1VA 1QT8A 3LZMA 3C7ZA 1L18A 1G07A 1QTBA 1C6FA 3DN2A 125LA 1L87A 3C7YA 177LA 1L10A 161LA 4W54A 4W55A 195LA 3GULA 2F47A 1CV1A 2RAZX 3HH6A 1C6QA 3HUQA 4EXMA 2NTHA 1C6NA 1LLHA 1DYAA 3DN6A 1L0KA 3PBLA 2LZMA 4E97A 6LZMA 1L06A 3DNAA 1CV3A 1LI3A 4I7NA 3SB6A 1G0QA 1PQKA 1T8FA 1L68A 2OE7X 3CDVA 1L55A 4I7JA 4I7RA 1L21A 140LA 167LA 1QSBA 1L27A 4EPIA 248LA 166LA 1L35A 1L32A 4YXAC 3K2RA 1L58A 1LGWA 1XJTA 4ZPUA 1L42A 4LZMA 1L77A 1KW7A 1DYFA 1C6EA 4AQNA 1KY0A 3V2WA 1L64A 1L11A 4IAPA 259LA 1L48A 1DYEA 256LA 239LA 1L45A 246LA 1P56A 3SB9A 3C80A 4DJHA 247LA 2RBQA 187LA 4I7TA 1D3MA 1KY1A 3HT7A 257LA 1L74A 186LA 1L28A 120LA 1G0PA 1WTHA 3F9LA 1L65A 5LZMA 1TLAA 1P64A 1C6GA 3G3WA 113LA 1JTMA 3CDQA 4ARJA 1CUPA 143LA 129LA 3G3XA 1P6YA 220LA 4I7PA 261LA 139LA 4I7KA 172LA 4LDOA 189LA 3OE6A 1CVKA 3GUPA 1D3JA 1L25A 1L98A 1QT7A 236LA 150LA 1PQMA 250LA 196LA 160LA 214LA 3OE8A 245LA 2B72A 221LA 1QTCA 237LA 184LA 1QTHA 155LA 218LA 3EMLA 1CU0A 1CV5A 1P2LA 2O4WA 3GUIA 1L99A 3GUKA 175LA 1OV5A 1C6JA 1L19A 1L95A 3HH3A 1P36A 127LA 1C66A 2OE9X 1ZYTA 1LYHA 3CDTA 1L72A 1L20A 1L17A 1C63A 217LA 123LA 114LA 2OE4X 2OU0X 141LA 1L16A 1L93A 2RB2X 3HH5A 1L76A 1LW9A 1P46A 1QT3A 3RZEA 199LA 1C69A 1QUDA 230LA 1D3FA 3DMZA 2ANVA 1DYCA 1L08A 1G06A 1XJUA 3HH4A 164LA 2OEAX 3NY8A 3V2YA 1PQDA 1D9WA 3HU9A 1L05A 1CU2A 2B7XA 1LYJA 2RBPA 3HT6A 1QUGA 2OU8A 1T97A 1LYEA 138LA 1T6HA 2B6XA 1JQUA 171LA 255LA 1T8GA 1L00A 3L64A 1SX2A 1QS5A 1LWKA 4PK0A 235LA 185LA 1L63A 223LA 3QAKA 3DN8A 2Q9EA 1L0JA 102LA 251LA 1L67A 2CUUA 4ARMB 2IGCA 1L61A 1ZURA 4ARPA 1NHBA 1L29A 1B6IA 1L47A 1LI2A 174LA 4W53A 4W57A 1G0JA 1L07A 158LA 3HT9A 1L97A 2QARC 1QTVA 3UONA 1L82A 241LA 2B73A 1L51A 159LA 1C6KA 2RBRA 1P5CA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1HELA 1XGUC 1L54A 3SN6R 2HEAA 4NGJA 1IWYA 3TXDA 249LA 197LA 3A90A 4QDNA 3VWOA 4BADA 111LA 5C6IA 1SWZA 3ZEKA 5KKIA 2IFFY 1GB8A 227LA 1YILA 1CTWA 1UIGA 132LA 1C08C 1IR7A 1FBIX 2B74A 130LA 1D2YA 4H93A 4H9FA 5B59A 4DD2A 1L36A 3ULRA 1QUHA 1HNLA 1L15A 2EIZC 3G3VA 1L41A 211LA 1J1PY 1L37A 2Z6BA 1P37A 1C45A 152LA 173LA 1LYDA 1SWYA 1TCYA 2A4TA 1LZRA 2LZTA 137LA 4DD7A 4GLAA 3HBEX 2ANXA 3C83A 5LYMA 3P65A 2YVBA 4IJ4A 4YEOA 2BQIA 1IY4A 4I7QA 1NDGC 1CX7A 5L3IA 1P2CC 1P3NA 2XBSA 4DYGA 1C46A 4PRQA 2G4NA 1CKFA 9LYZA 5FCPA 4DDCA 1IR9A 5F9XA 1JITA 3GXKA 1UIEA 1B5ZA 4B4EA 1L30A 1L89A 1GF8A 1OUFA 1SX7A 1L81A 1B5YA 222LA 1G0KA 133LA 2QB0B 1HSXA 6LYTA 1AKIA 3C82A 1C62A 1ZV5L 2OU9A 1B7NA 1JKBA 4DD0A 4DD3A 1LSZA 1QSAA 3WULA 3KAMA 1W6ZA 1GXXA 1QTZA 2BQCA 4GCBA 1PQOA 1DQJC 1G1WA 2MEHA 147LA 1TDYA 5LAFA 3J6KA 4NWHA 4PJZA 4LZTA 1QT6A 4H9CA 5APDA 1HEWA 1CU6A 2RBOA 3HUKA 4EJ4A 1D3NA 1DZBX 2BLYA 1L62A 3FI5A 3AW6A 1JEFA 1KXXA 156LA 4TSCA 1LYOA 4G4CA 1B7RA 1C10A 5FEKA 1LMAA 4Z46A 2RBNA 2O7AA 1L26A 2CGIA 3HUAA 1L01A 224LA 4MCKA 1VAUA 3C8RA 3OE9A 4BS7A 3OE0A 4WLXA 3BKHA 1WQMA 1QS9A 1HHLA 2A7FA 1P2RA 119LA 1DI5A 4BAPA 1L60A 157LA 1XSFA 4A7DA 1SSYA 2AUBA 1LGUA 1LYIA 3DMXA 1L96A 1IX0A 1C61A 1UCOA 4IATA 2F2QA 1LSEA 4J7VA 3IWRA 4NHPA 1UICA 1GEVA 3AB6A 1LMCA 5LINA 151LA 1N4FA 3HTDA 5HNCA 1HENA 1K28A 1GF7A 3WMKA 1DKJA 5LIOA 1YAMA 4EKRA 1L49A 2D4KA 1GFUA 4DQ7A 1CNSA 3ATNA 1B7SA 1LSAA 2DQFC 3CT0A 1KW5A 2BPUA 3OK0A 107LA 1C65A 3VW7A 4M6DA 1LJNA 3TMXA 4NSHA 1G1VA 1QT8A 3J4GA 1GF4A 1F6SA 3LZMA 3C7ZA 1IR8A 3AJNA 1LMNA 4H9EA 1F6RA 1GHLA 5KXSA 5T3FA 2ZQ3A 1IWZA 4XJFA 3DN2A 2XJWA 2D91A 2MECA 4W54A 1NHEA 4W55A 5KXWA 4N0JA 4NGYA 3HUQA 2N5ZA 2YBHA 1L0KA 2LZMA 4NHSA 3AYQA 4GN3A 1B5WA 1L68A 1UUZC 1QDTA 4I7RA 2YBLA 1QSBA 1L27A 4P2EA 3RU5A 1WQQA 1FLYA 1TBYA 4YXAC 2YBMA 1XJTA 1RFPA 1L42A 4OWCA 1L77A 5IHGA 1DYFA 1LZ5A 4AQNA 1SLYA 1GDXA 4DD1A 1LZBA 256LA 4ETBA 4NGZA 3C80A 2C8OA 247LA 2RBQA 1LYZA 8LYZA 5LVKA 1LJGA 1GE1A 1LMQA 1JTOL 3AZ7A 1L28A 1L65A 1TLAA 1REXA 1HEPA 2I26L 1C6GA 3W6FA 113LA 143LA 5DLAA 1I56A 2ZWBA 1NMMA 2W1YA 5LAGA 1YIKA 1LAAA 4OWBA 4HJVA 3G3AB 1CVKA 1L98A 150LA 214LA 2B72A 221LA 4NSIA 1IP5A 1P2LA 2O4WA 5F9UA 1JSFA 5E4PA 3GUIA 2A7DA 3GUKA 1SQ2L 4C5FA 4WM3A 1OV5A 3N9CA 1RJCB 5B05A 1I20A 2NWDX 5A3ZA 3CDTA 114LA 4X3BA 153LA 3CT1A 1LKSA 1L16A 4CFPA 4C3WA 1L76A 1LJEA 1C69A 1LJKA 230LA 1YL1X 1QDRA 3A93A 1NWGA 5KXMA 1FKVA 3V2YA 1D9WA 2DQHY 1BB3A 2VB1A 2OU8A 1T97A 1LYEA 1NKHA 2Z19A 4KT3A 1T6HA 1QTKA 1T8GA 2ZQ4A 1OUBA 1L63A 1YAQA 4WO6A 223LA 3A6CY 1RCMA 2Q9EA 2IHLA 2HU1A 4GN4A 102LA 2MEDA 5DM9A 2DBTA 1L61A 5EBHA 1LJIA 2BAAA 4ARPA 1V7TA 1V7SA 3EMSA 5APFA 174LA 1IP4A 1LOZA 1G0JA 1L07A 1D9UA 2B73A 1GFEA 4HJZA 1P5CA 1L23A 154LA 4DD9A 4XENA 1CU5A 2FBBA 2OTZX 3HFMY 1DI3A 2Z37A 1LPYA 1C60A 4YX7C 4QGZA 1JTNA 1ZVHL 1OWZA 1KIQC 2GV0A 1QT4A 234LA 1FKQA 4HP0A 1H87A 4WM2A 2ZYCA 2MEFA 4I7SA 108LA 231LA 4KPMA 3D9AC 4EKPA 3W6BA 2HUMA 206LA 1SSWA 3DN1A 4NG1A 1L94A 254LA 3D4SA 2BQMA 1C6AA 1L39A 4HPEA 4DKLA 1GE2A 198LA 2I25L 128LA 1UBZA 1L53A 4H8ZA 1GE4A 3SBBC 2B6ZA 1KS3A 210LA 1CKGA 1L57A 1QUSA 1LZ6A 1GF3A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1HEL A;  1XGU C;  1L54 A;  3SN6 R;  2HEA A;  4NGJ A;  1IWY A;  3TXD A;  249L A;  197L A;  3A90 A;  4QDN A;  3VWO A;  4BAD A;  111L A;  5C6I A;  1SWZ A;  3ZEK A;  5KKI A;  2IFF Y;  1GB8 A;  227L A;  1YIL A;  1CTW A;  1UIG A;  132L A;  1C08 C;  1IR7 A;  1FBI X;  2B74 A;  130L A;  1D2Y A;  4H93 A;  4H9F A;  5B59 A;  4DD2 A;  1L36 A;  3ULR A;  1QUH A;  1HNL A;  1L15 A;  2EIZ C;  3G3V A;  1L41 A;  211L A;  1J1P Y;  1L37 A;  2Z6B A;  1P37 A;  1C45 A;  152L A;  173L A;  1LYD A;  1SWY A;  1TCY A;  2A4T A;  1LZR A;  2LZT A;  137L A;  4DD7 A;  4GLA A;  3HBE X;  2ANX A;  3C83 A;  5LYM A;  3P65 A;  2YVB A;  4IJ4 A;  4YEO A;  2BQI A;  1IY4 A;  4I7Q A;  1NDG C;  1CX7 A;  5L3I A;  1P2C C;  1P3N A;  2XBS A;  4DYG A;  1C46 A;  4PRQ A;  2G4N A;  1CKF A;  9LYZ A;  5FCP A;  4DDC A;  1IR9 A;  5F9X A;  1JIT A;  3GXK A;  1UIE A;  1B5Z A;  4B4E A;  1L30 A;  1L89 A;  1GF8 A;  1OUF A;  1SX7 A;  1L81 A;  1B5Y A;  222L A;  1G0K A;  133L A;  2QB0 B;  1HSX A;  6LYT A;  1AKI A;  3C82 A;  1C62 A;  1ZV5 L;  2OU9 A;  1B7N A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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