1XEPA

Catechol in complex with t4 lysozyme l99a/m102q
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCAAINQVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Decoys for docking.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
total genus 58
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2004-09-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1xepA00
4YXAC 1L53A 3CDVA 1L03A 2LC9A 3F9LA 2B6WA 3DN6A 2B75A 217LA 2QARC 1L82A 1L0JA 2F2QA 4EKSA 1LGWA 2B74A 3HWLA 238LA 1CTWA 4LDEA 4OO9A 3DN4A 4W52A 1PQDA 1C65A 147LA 1G0MA 2RBSA 1L59A 228LA 231LA 1L44A 4EKRA 1LWGA 3CDRA 4I7LA 1XJTA 4W56A 1CU2A 248LA 3FADA 3UONA 1P2RA 126LA 161LA 149LA 216LA 1G06A 4DAJA 3GUNA 1LYJA 3G3XA 3SN6R 1L57A 1L83A 1L49A 250LA 234LA 261LA 173LA 4PK0A 2O4WA 1CU6A 3GUJA 1L84A 4LDLA 1T6HA 1L90A 162LA 1CV5A 1D3MA 1L62A 257LA 1P6YA 198LA 1ZWNA 4EXMA 1L67A 218LA 2RBRA 182LA 1LYDA 1QT7A 2OEAX 1L64A 1L36A 1L24A 3GUKA 2CUUA 114LA 141LA 213LA 142LA 3C82A 1LLHA 4I7JA 1P64A 1C6JA 3DN1A 2IGCA 3L64A 199LA 1SSWA 1ZURA 225LA 1L14A 3HT6A 211LA 1QUHA 1DYGA 163LA 246LA 184LA 1EPYA 1L55A 1OWYA 4W59A 1C6BA 181LA 1C63A 1DYDA 172LA 111LA 1C61A 4EKPA 4W53A 1C6MA 1C6DA 160LA 3CDTA 1PQMA 251LA 1NHBA 255LA 2RBPA 1OVHA 3FA0A 3F8VA 4AQNA 1C6FA 1QT4A 1L21A 214LA 2ANVA 158LA 1L77A 4EPIA 2HULA 1L70A 4E97A 259LA 237LA 3NY8A 4W55A 155LA 3GUPA 187LA 4ARMB 4ARQA 167LA 1L10A 4LDOA 1L79A 212LA 1CVKA 224LA 1L09A 2HUMA 2OTZX 164LA 235LA 3HDEA 4K5YA 3HT7A 4GRVA 1LYIA 2RAZX 7LZMA 1L85A 3HTGA 206LA 254LA 244LA 1D9WA 258LA 4I7QA 1L31A 186LA 3C7ZA 3HUAA 3NYAA 4IAPA 220LA 4W51A 1L91A 1L98A 139LA 3DN8A 1L88A 1LW9A 1JTNA 4I7KA 169LA 122LA 1L22A 256LA 103LA 3G3WA 3HU8A 4I7MA 1KNIA 3DMVA 4I7TA 1G0JA 3SB8A 1QT5A 1T97A 1QSBA 3HT8A 1C6IA 177LA 123LA 1CV0A 1L93A 3D4SA 1P46A 3SBAA 1L17A 1L66A 233LA 1OYUA 3GUOA 4DJHA 1LYFA 3HTFA 1KY0A 227LA 1G0QA 2B73A 1L76A 4I7NA 138LA 1P7SA 1LGUA 1QTZA 2RBQA 1SWYA 221LA 152LA 128LA 1L47A 3K2RA 175LA 1L23A 1OVKA 4DKLA 1L30A 226LA 156LA 1XJUA 1G07A 168LA 1L73A 4ARJA 1L16A 1C60A 150LA 3SB6A 1KY1A 127LA 1K28A 120LA 4ARPA 1L86A 1P3NA 3HH6A 1L19A 1OWZA 1ZYTA 4YX7C 108LA 3DN2A 1LPYA 3RUNA 2RBOA 1L29A 176LA 3SB9A 1T8FA 243LA 1C6TA 2B70A 1L35A 2OE9X 1L0KA 1QTVA 1L34A 2NTGA 1P5CA 1L71A 252LA 185LA 2B72A 1QTBA 209LA 1PQOA 1QT6A 1QUGA 1KW5A 1G0GA 192LA 1P36A 1L15A 1L41A 1CUPA 119LA 3OE0A 113LA 1G0LA 1C6NA 1L72A 1L06A 1C66A 1CV3A 104LA 1LYHA 1C67A 1KS3A 1L58A 2LCBA 1JQUA 1QS5A 2B6YA 148LE 1T8GA 4ARQB 2ANXA 1L38A 1L07A 2B6TA 4EJ4A 3FI5A 1P2LA 2F32A 189LA 6LZMA 3C8SA 143LA 145LA 253LA 1QT3A 1L11A 1LYGA 1L02A 1L97A 1C6CA 3C83A 249LA 5LZMA 1C6PA 2OU9A 1I6SA 110LA 1JTMA 1D3FA 1L68A 1L04A 2B7XA 3EMLA 245LA 2Z6BA 3L2XA 2OE4X 1L87A 201LA 3C81A 4I7OA 4I7SA 137LA 1LI2A 1DYCA 241LA 1C68A 1SWZA 1LWKA 3G3VA 115LA 1L51A 1L37A 1OVJA 3DN0A 5I14A 247LA 157LA 151LA 1L05A 1P56A 1D2WA 102LA 1C6KA 230LA 2HUKA 4PJZA 3SB7A 2Q9DA 1D3NA 1L13A 4W58A 4W54A 1PQIA 3PBLA 1C6QA 1L74A 1L75A 1CV6A 1L61A 4I7RA 3HUKA 1G1WA 4EKQA 215LA 1L95A 2Q9EA 2OE7X 3GUIA 1PQKA 1L27A 3LZMA 1C64A 3OE8A 3SB5A 188LA 1L33A 1OV7A 3CDQA 2OTYX 1L28A 1L20A 1T8AA 4ZPUA 1LI3A 200LA 1QT8A 2B6XA 1C6LA 1L60A 1QUDA 1WTHA 1QUOA 3ODUA 1L46A 1LI6A 118LA 1L65A 1L26A 229LA 2RAYX 1L63A 2B6ZA 1L69A 3V2YA 3DMXA 1L25A 3HDFA 3HU9A 4ARLA 1CX7A 262LA 4I7PA 236LA 1L48A 197LA 1C69A 1QSQA 3QAKA 1L08A 3HTBA 2A4TA 107LA 219LA 2OU0X 1QTDA 2RB1X 3DMZA 3HTDA 1L99A 1LGXA 4YXCA 2RB2X 1L45A 1XEPA 1QTHA 1B6IA 129LA 3C8RA 3HUQA 4EPFA 140LA 1QS9A 1DYBA 1CU3A 1LYEA 3RZEA 232LA 3HH3A 1SX7A 183LA 174LA 3OE9A 3PDSA 2LZMA 3DNAA 3DKEX 178LA 1P37A 1L96A 3OE6A 2O7AA 1L12A 2NTHA 195LA 3JR6A 1L54A 1DYAA 2O79A 2L78A 1DYFA 112LA 1SX2A 3V2WA 1L00A 3GULA 1L94A 3CDOA 1L80A 1L32A 1L43A 1PQJA 4ARMA 1L39A 159LA 1L52A 4LZMA 125LA 1CU5A 1DYEA 223LA 171LA 3VW7A 3GUMA 1SSYA 240LA 239LA 3C8QA 3HH4A 1G0PA 260LA 1G1VA 191LA 1OV5A 1D2YA 146LA 131LA 1L92A 2RH1A 3C80A 2QB0B 3NY9A 1C62A 1L01A 166LA 130LA 1CV4A 1L56A 1L40A 3C7YA 1TLAA 222LA 144LA 1C6AA 4W57A 210LA 205LA 3HT9A 1C6EA 180LA 3SBBC 109LA 1L18A 1L42A 4GBRB 190LA 1D3JA 1L89A 1G0KA 1CX6A 196LA 3DN3A 1C6HA 3HH5A 1CV1A 1KW7A 1L50A 170LA 3C7WA 1CUQA 165LA 2RB0X 1C6GA 2F47A 2OU8A 1CU0A 1QTCA 4S0WA 242LA 1L81A 2RBNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1B5YA 1O23A 4HJZA 2Z12A 2LC9A 1IP1A 2B6WA 2B75A 4LT1A 1ALCA 3OK0A 1LKSA 4NGLA 4TTDA 3W3EA 1C7PA 1LZ9A 4I0CA 1LZ5A 1GFVA 4W52A 1PQDA 3WVXA 1G0MA 4R0FA 228LA 231LA 4WM4A 1OUFA 1JKBA 4TX7A 4W56A 1P2RA 149LA 216LA 5KKJA 5APFA 1LYJA 1JSEA 1PZYA 1QUSA 3T6UA 1L57A 1L83A 3P64A 250LA 4YOPA 1G7HC 4NGYA 261LA 5KXXA 173LA 2O4WA 5ILFA 162LA 5DLAA 1CV5A 198LA 1ZWNA 2RBRA 182LA 3MGWA 1LYDA 1QT7A 1L64A 1G7LC 2DQGY 2BQJA 2CUUA 4LZTA 3P68A 4YEOA 135LA 4YM8A 1LLHA 3DN1A 1VDTA 3F6ZA 1SSWA 1ZURA 4ETDA 4WG1A 4PPOA 1JKAA 1JTPL 1QUHA 3A90A 3WU9A 1HMKA 1GFGA 1LJJA 4TUNA 5HNCA 181LA 4NGJA 111LA 1C61A 4EKPA 4W53A 1C6MA 255LA 2RBPA 4AQNA 2CJLA 1QT4A 1L21A 208LA 4WOAA 158LA 4DT3A 1CKDA 1GF6A 5D5CA 1L70A 3T36A 259LA 2I25L 3CT1A 4W55A 187LA 167LA 1FLQA 1L79A 1B0DA 1IOSA 1L09A 2HUMA 2OTZX 5E4PA 1GFTA 3LHMA 3HDEA 3HT7A 1VAUA 206LA 4FDYA 3A67Y 4J0LA 4DD0A 1GB6A 186LA 3HUAA 3LN2A 1LHJA 1L88A 122LA 1FLUA 2BQMA 4OWCA 5KXNA 4I7TA 1G0JA 1LZYA 177LA 2CDSA 1L93A 1JJ3A 3SBAA 4W94A 5LAGA 1KY0A 2FBBA 3TXBA 1VFBC 2NWDX 1P7SA 1LGUA 1LYOA 2RBQA 4M6DA 128LA 3K2RA 1OVKA 1L23A 1L30A 1XFPL 2CWIA 1LSYA 2HEDA 4B4EA 4ML7A 1RE2A 1HENA 3A95A 3W6BA 4G4HA 3TXFA 120LA 1LZ1A 1DI5A 4ARPA 1L86A 3HH6A 1LCNA 5FELA 4OWEA 1B5UA 1IWTA 5C6JA 4WLXA 3BKVA 4WM6A 4NSHA 1LPYA 1FLYA 132LA 4NGIA 1RJCB 4GN3A 2OE9X 4ET9A 4HP0A 1G7MC 1L34A 5HMJA 1FKVA 1J1XY 1L71A 4NGVA 1KW5A 5L3HA 1G0GA 4ZFPA 1GFAA 1LJGA 1HF4A 5KXMA 1WQPA 154LA 1YAMA 1DPXA 3B0KA 5HNLA 1B7MA 3M18B 4NGOA 1LYHA 1QDRA 2G4QA 3LZ2A 1L58A 1GB5A 2B6YA 2LYOA 1T8GA 1KXWA 1J1PY 4EJ4A 1UCOA 1BWHA 5LVGA 189LA 6LZMA 2F4GA 1UC0A 3WYHA 253LA 3EO5A 1WQNA 1L11A 1GD6A 1L02A 3CQLA 4LT2A 1C46A 1C45A 1GFRA 4BAFA 110LA 4DD9A 1FDLY 3IJVA 2ZQ3A 4HPEA 1L04A 4HPIA 1F6SA 1LSFA 3N9CA 1WVVA 5FCPA 1IC7Y 2BQAA 3C81A 5LVKA 3A6CY 5F16A 1LI2A 4DDAA 1C68A 1SWZA 3D9AC 5KXWA 3G3VA 4MR1A 1LHMA 1OVJA 5HLLA 1L05A 4BADA 2BPUA 4GCDA 1C6KA 2HUKA 5LIOA 2DQCY 2Q9DA 1C6QA 1L74A 1IWUA 2BQFA 4MCKA 1CKGA 4EKQA 1G1WA 1IEEA 2BLYA 4A7DA 1YL0X 5DN5A 1C64A 3OE8A 5KXYA 4H1PA 1FKQA 1HEMA 4ETEA 1T8AA 1BHZA 1L60A 1BQLY 1HFZA 1WTHA 4X3BA 1B7RA 229LA 2B6ZA 1ZV5L 3DMXA 1L25A 3HU9A 1OUEA 2Q0MX 1D0MA 5L3IA 1CNSA 3CT0A 1AM7A 3P65A 4NWEA 2A4TA 2BQEA 2RB1X 1L99A 2A7FA 2RB2X 3G3AB 1L45A 129LA 1QS9A 1LHIA 183LA 174LA 3PDSA 4G4BA 1P37A 1B5ZA 2IFFY 1YAOA 5IHGA 3JR6A 2O79A 2HUBA 4HTQA 1UIHA 4NHQA 3A3QA 1NKHA 2LYZA 5F81A 1LJ3A 4NHIA 159LA 2Y8PA 3VW7A 3A3RX 5DL9A 1G0PA 191LA 1D2YA 1GB0A 1L92A 2RH1A 3WMKA 3C7YA 166LA 222LA 1LZDA 1C6AA 3K3TA 1UIGA 190LA 3WPLA 1D3JA 1WVUA 5LAFA 4H9BA 3HH5A 4TSCA 170LA 3WPKA 165LA 4GLVA 1F6RA 9LYZA 2ZWBA 1CU0A 2YVBA 4HTKA 2H9KA 3A96A 2BQOA 3CDVA 1LYZA 1CKHA 1DKJA 4U3XB 3F9LA 3DN6A 4XJIA 1OUJA 1IP3A 217LA 1L82A 3WUAA 4I8SA 1LGWA 238LA 4LDEA 1IORA 4NSJA 1LZEA 4H9FA 5B1FA 5KKIA 2BQLA 1JKCA 3W6AA 1C65A 2RBSA 1OQMA 1L44A 4NGZA 1LWGA 4CFOA 4QDNA 2HEBA 3FADA 161LA 1G06A 3GUNA 3G3XA 1GFKA 1C10A 1LHKA 3KAMA 5KXTA 2YSSC 1GF7A 2N5ZA 5ILCA 5APCA 1NDMC 1NF5A 3CT5A 3ZVQB 4LDLA 3GUJA 4ET8A 4GCFA 4WM3A 1P6YA 3TXHA 1GWDA 1L67A 1TEWA 218LA 2OEAX 1G7IC 5L9JA 114LA 4YENA 1GB9A 3W6FA 2I6ZA 1UICA 3L64A 4LFXA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1B5Y A;  1O23 A;  4HJZ A;  2Z12 A;  2LC9 A;  1IP1 A;  2B6W A;  2B75 A;  4LT1 A;  1ALC A;  3OK0 A;  1LKS A;  4NGL A;  4TTD A;  3W3E A;  1C7P A;  1LZ9 A;  4I0C A;  1LZ5 A;  1GFV A;  4W52 A;  1PQD A;  3WVX A;  1G0M A;  4R0F A;  228L A;  231L A;  4WM4 A;  1OUF A;  1JKB A;  4TX7 A;  4W56 A;  1P2R A;  149L A;  216L A;  5KKJ A;  5APF A;  1LYJ A;  1JSE A;  1PZY A;  1QUS A;  3T6U A;  1L57 A;  1L83 A;  3P64 A;  250L A;  4YOP A;  1G7H C;  4NGY A;  261L A;  5KXX A;  173L A;  2O4W A;  5ILF A;  162L A;  5DLA A;  1CV5 A;  198L A;  1ZWN A;  2RBR A;  182L A;  3MGW A;  1LYD A;  1QT7 A;  1L64 A;  1G7L C;  2DQG Y;  2BQJ A;  2CUU A;  4LZT A;  3P68 A;  4YEO A;  135L A;  4YM8 A;  1LLH A;  3DN1 A;  1VDT A;  3F6Z A;  1SSW A;  1ZUR A;  4ETD A;  4WG1 A;  4PPO A;  1JKA A;  1JTP L;  1QUH A;  3A90 A;  3WU9 A;  1HMK A;  1GFG A;  1LJJ A;  4TUN A;  5HNC A;  181L A;  4NGJ A;  111L A;  1C61 A;  4EKP A;  4W53 A;  1C6M A;  255L A;  2RBP A;  4AQN A;  2CJL A;  1QT4 A;  1L21 A;  208L A;  4WOA A;  158L A;  4DT3 A;  1CKD A;  1GF6 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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